Le mercure est un contaminant présent dans l'ensemble des compartiments de l'environnement et l'homme y est directement exposé via l'alimentation. Actuellement, les organismes gouvernementaux évaluent la sécurité des produits alimentaires en se basant essentiellement sur la concentration totale de cet élément. Cependant, la toxicité du mercure dépend, entre autre, de l'espèce absorbée (dont le méthylmercure, sa forme la plus toxique). Par conséquent, l'analyse de spéciation, c'est à dire la détection et quantification des différentes formes chimiques de cet élément, présente un intérêt croissant. Le principal objectif de ce projet a donc été de développer et de valider, sous assurance qualité, une méthode sensible et d'une grande exactitude, basée sur l'utilisation de la dilution isotopique. Elle sera par la suite appliquée comme méthode de référence par l'agence pour l'analyse en spéciation du mercure dans les produits de la pêche afin de permettre une meilleure évaluation des risques encourus par le consommateur. La première partie de ce travail a porté sur l'étude du cycle biogéochimique du mercure et de l'état de l'art des diverses méthodes de préparation de l'échantillon, de séparation et de quantification du Hg dans les matrices biologiques, afin d'émettre des choix analytiques. Ainsi, les principaux composés mercuriels susceptibles d'être retrouvés dans les produits de la pêche (le méthylmercure et le mercure inorganique) ont été déterminés par couplage GC-ICP-MS et une quantification par dilution isotopique. La seconde partie des travaux a été consacrée à l'optimisation de la méthode de préparation des échantillons et de la technique de quantification. Ces travaux sur différents matériaux de référence certifiés ont montré que des modifications de la distribution naturelle de l'échantillon pouvaient survenir dès l'étape d'extraction, préconisant un marquage isotopique avant extraction solide-liquide par digiPREP des espèces mercurielles et dérivation par propylation par le tétrapropylborate de sodium et agitation rotative. Les résultats expérimentaux ont été traités par dilution isotopique simple et multiple. Les teneurs obtenues ont été similaires, pour l'ensemble des matrices analysées, montrant que peu ou pas de transformation inter-espèces surviennent au cours de la procédure analytique. Une quantification par double marquage isotopique et dilution isotopique simple a donc été conservée. L'évaluation des critères analytique a démontré que la méthode est validée pour la spéciation du mercure dans les produits de la pêche, selon les normes françaises AFNOR NF V03-110 de 1998 et de 2010. La dernière partie des travaux a porté sur l'application de la méthode validée à la spéciation du mercure dans des échantillons biologiques réels, ainsi qu'à la participation à plusieurs essais interlaboratoires d'aptitudes organisés par le CSL-FAPAS sur un échantillon de thon en conserve et par l'IRMM sur le matériau IMEP-109 de homard. / Mercury is a contaminant which is found in all compartments of the environment and to which human beings are directly exposed when eating food. Government agencies assess the safety of food products by using total mercury concentrations. However, its toxicity depends on the species absorbed (among which methylmercury is its most toxic form). Therefore, the analysis of speciation, i.e. detection and quantification of different chemical forms of this element, is of high interest. The main objective of this project was to develop and validate, under quality assurance, a sensitive and highly accurate method, based on the use of isotope dilution. This method will then be applied as a reference method by the agency for speciation analysis of mercury in seafood, in order to better assess risks to the consumer. The first part of this work focused on the biogeochemical cycle of mercury and the state of art of the various methods of sample preparation, separation and quantification of Hg in biological matrices in order to make analytical choices. Thus, mercury compounds (methyl mercury and inorganic mercury) were determined by gas chromatography (GC) coupled with an inductively coupled plasma mass spectrometer (ICP-MS) and quantified by isotope dilution. The second part of the work was dedicated to the optimization of the method of sample preparation and the quantification technique. The work was made on different certified reference materials and showed that changes of the natural distribution of the sample could occur during the extraction step. Therefore, isotopic tracers had been added to the sample before this step. Mercury species were extracted by a solid-liquid extraction by using a digiPREP and derivated by propylation using tétrapropylborate the sodium and a rotary agitation. Data were treated by simple and multiple isotope dilution. Achieved concentrations were similar for all analyzed matrices. Results showed that inter-species transformation hardly occurred during the analytical procedure. This was the reason why the use of two isotopic tracers for quantification by simple isotope dilution was kept. To end, the method was validated for the speciation of mercury in seafood, in respect with the French norms AFNOR NF V03-110 of 1998 and 2010. Finally, the work ended with the applicability of the validated method for mercury speciation analysis in real biological samples and our participation in several inter-laboratory proficiency tests organized by the CSL-FAPAS on a sample of tuna and by the IRMM on the material IMEP-109 (lobster).

Cette étude archéologique et archéo-ichtyologique a pour but d’aborder une activité rarement décrite par les historiens : la pêche sur le littoral de l’Aquitaine romaine (Ier - IIIe siècle). Le renouvellement des informations, peu nombreuses sur ce sujet, nécessitait une approche archéo-ichtyologique, menée sur quatre sites archéologiques : Barzan (Charente-Maritime), Bordeaux et Biganos (Gironde), et un site de production de sauces et salaisons de poisson à Guéthary (Pyrénées-Atlantiques). Pour la première fois dans cette région, le matériel archéo-ichtyofaunique a été récolté selon des stratégies d’échantillonnage adaptées aux caractéristiques de chaque gisement, afin de disposer de données représentatives des espèces consommées. Ces données ont été confrontées aux sources écrites et figurées antiques et aux travaux plus récents d’époques moderne et contemporaine portant sur la pêche et l’écologie des écosystèmes concernés. Cette méthode comparative a permis d’éclairer des textes antiques quelquefois obscurs et d’émettre des hypothèses sur les techniques de pêche utilisées en fonction des espèces de poisson présentes sur les sites, de leur taille et de leur saison de capture. En fonction de la finalité économique (consommation de poisson frais ou transformation en sauces et salaisons), les spécificités de la pêche et les relations entre les milieux exploités et les techniques utilisées ont été étudiées. L’activité de pêche répondait à une adaptation aux milieux et aux espèces ciblées mais également à des critères économiques et culturels, propres à l’époque romaine. Les échanges entre les agglomérations étudiées ont été abordés afin de réfléchir sur l’approvisionnement de Bordeaux en poissons marins. Dans ce cadre, la portée économique de l’unique établissement à salaisons d’Aquitaine romaine, situé à Guéthary, a été discutée. La part de l’influence romaine dans le développement de cette production a été démontrée par la convergence de multiples données archéologiques et historiques. / The goal of this archaeological and archaeo-ichthyological study is to address an activity rarely described by historians: the fishing on the coast of Aquitaine during the Roman period (1st – 3rd century AD). The renewal of the information, few concerning this subject, required an archaeo-ichthyological study conducted on four archaeological sites: Barzan (Charente-Maritime), Bordeaux and Biganos (Gironde), and the salting installation of Guéthary (Pyrénées-Atlantiques). For the first time in this region, the fish bones remains were collected according to sampling strategies adapted to the characteristics of each archaeological site, in order to obtain representative data of the consumed fish species. These data were compared with ancient written and iconographic sources and with modern and contemporary works concerning the fishing and the ecology of the studied ecosystems. This comparative method allowed to clarify ancient texts, and to suggest hypothesis about the fishing techniques used thanks to the fish species discovered on the sites, their size and their season of capture. According to the economic purpose (fresh fish consumption or fish processing), the fishing specificities but also the connections between the exploited environments and the used techniques were studied. The fishing activity involved an adaptation to ecosystems targeted but also to economic and cultural criteria, specific to the Roman period. The exchanges between the studied sites were discussed in order to think about the supply of marine fishes to Bordeaux. In this context, the economic significance of the unique salting installation of Roman Aquitaine, situated in Guéthary, was discussed. The part of the Roman influence in the development of this production was demonstrated by the convergence of several archaeological and historical data.

Sous les effets combinés de la surexploitation des ressources marines et du changement climatique la mer Méditerranée se transforme progressivement en un point chaud du changement global. En dépit d’un grand nombre de modèles développés localement ou régionalement en mer Méditerranée, aucun ne s’est encore attelé aux modifications d'assemblages d’espèces à l’échelle du bassin avec une modélisation intégrée des écosystèmes de la physique jusqu’aux prédateurs et représentant explicitement les dimensions à la fois multi-spécifique, spatiale, et trophique. Ces travaux de thèse présentent donc un triple enjeu : (i) mettre en œuvre une telle modélisation de la richesse spécifique en Méditerranée basée sur les traits de vie et représentant l'intégralité du cycle de vie d’espèces en interaction ; (ii) projeter les conséquences des changements physiques et biogéochimiques induits par le changement climatique sur la distribution spatiale des espèces et sur la structure et le fonctionnement trophique de l'écosystème méditerranéen ; (iii) explorer des scénarios de gestion des pêches visant à reconstituer certains stocks d'intérêts commerciaux dans un contexte de changement climatique. Pour répondre à ces enjeux, un modèle end-to-end, OSMOSE-MED, s’appuyant sur le couplage d’un modèle de hauts niveaux trophiques OSMOSE à des modèles de physique et de biogéochimie NEMOMED12 et ECO3M-S, a été développé. Avec cent espèces modélisées, représentant près de 95 % des captures effectuées en Méditerranée, il s’agit du premier modèle trophique de ce type intégrant une aussi grande richesse spécifique, sur une échelle spatiale aussi vaste (la mer Méditerranée dans son ensemble) et à fine résolution (20x20 km²). Selon le scénario d'émissions de gaz à effet de serre RCP8.5, les projections réalisées avec le modèle OSMOSE-MED mettent en évidence une augmentation globale de la biomasse et des captures, respectivement de 22% et 7% d'ici la fin du siècle. Ces augmentations masquent néanmoins de grandes disparités géographiques. Le bassin oriental se démarque par une augmentation globale de la biomasse associée aux espèces exotiques. Au regard des captures, le modèle prévoit des augmentations dans le bassin oriental et une diminution importante dans la partie occidentale. Un changement de la composition spécifique des captures pourrait apparaître au cours du 21ème siècle avec l'apparition d'espèces gagnantes (e.g. anchois) et perdantes (e.g. merlu). Les espèces gagnantes seraient principalement les espèces de petits pélagiques, thermophiles et/ou exotiques, de plus petites tailles et de plus bas niveaux trophiques tandis que les espèces perdantes seraient généralement les grands démersaux et pélagiques, pouvant pâtir d'un décalage spatial avec leurs proies potentielles à la suite d'une contraction ou d'un déplacement de leur aire de répartition géographique. Dans ce contexte, les projections de scénarios de gestion des pêches mettent en évidence les avantages d'une plus grande sélectivité ou d'une réduction de la mortalité par pêche pour reconstituer certains stocks d'intérêts commerciaux, en particulier parmi les organismes appartenant au groupe des démersaux, benthiques et grands pélagiques. Une réduction de la mortalité par pêche pourrait en outre inverser les tendances projetées à la baisse de la biomasse et des captures totales en Méditerrannée occidentale. / Under the combined effects of overexploitation of marine resources and climate change the Mediterranean Sea is gradually becoming a hotspot of global change. Despite a large number of models developed locally or regionally in the Mediterranean Sea, no previous studies have addressed changes in species assemblages at the basin scale with an integrated ecosystem modelling from physics to predators and explicitly representing the multi-species, spatial, and trophic dimensions. This thesis work presents a threefold challenge: (i) implementing such a model of the species richness in the Mediterranean Sea based on life history traits and representing the entire life cycle of interacting species; (ii) projecting the consequences of physical and biogeochemical changes induced by climate change on the spatial distribution of species and on the structure and trophic functioning of the Mediterranean ecosystem; (iii) exploring fisheries management scenarios aiming at rebuilding some stocks of commercial interest in a climate change context. To address these challenges, an end-to-end model, OSMOSE-MED, based on the coupling of a high trophic level OSMOSE model with NEMOMED12 and ECO3M-S physical and biogeochemical models, has been developed. With 100 modelled species, representing nearly 95% of the catches made in the Mediterranean Sea, it is the first trophic model of this type to integrate such a large diversity of species, on such a large spatial scale (the Mediterranean Sea as a whole) and at fine resolution (20x20 km²). According to the greenhouse gas emissions scenario RCP8.5, projections made with the OSMOSE-MED model show an overall increase in biomass and catches of 22% and 7% respectively by the end of the century. However, these increases mask large geographical disparities. The eastern basin is characterized by an overall increase in biomass associated with exotic species. With regard to catches, the model projects increase in the eastern basin and a significant decrease in the western part. A change in the species composition of catches could appear during the 21st century with winner (e.g. anchovy) and loser (e.g. hake) species. Winner species would mainly belong to the small pelagics group, are thermophilic and/or exotic, of smaller sizes and of low trophic level while loser species are generally large-sized, some of them of great commercial interest, and could suffer from a spatial mismatch with potential prey subsequent to a contraction or shift of their geographic range. Fisheries management scenario projections highlight the benefits of greater selectivity or reduced fishing mortality for the recovery of certain stocks of commercial interest, particularly among organisms belonging to the demersal, benthic and large pelagic groups. A reduction in fishing mortality could also reverse the projected decline in biomass and total catches in the Western Mediterranean.

Le denté commun, plus couramment appelé denti, Dentex dentex (Linnaeus, 1758), est un poisson marin côtier (0-200m) emblématique et patrimonial en Méditerranée. Il représente un intérêt économique important pour la pêche artisanale et récréative, en Corse en particulier. En tant que prédateur supérieur, il occupe une position clé au sommet de la pyramide trophique. Il dispose un statut de conservation en étant classé comme « Vulnérable » par l’UICN. Malgré son importance écologique et économique, les données disponibles sur cette espèce sont encore limitées. L’objectif de cette thèse vise à améliorer l’état des connaissances sur l’exploitation, la biologie et la structure de population du denti en Corse. En premier lieu, un travail de synthèse bibliographique a été effectué, qui compile toutes les informations parcellaires existantes sur la biologie, l’exploitation, et la structure de population du denti sur l’ensemble de son aire de répartition. De manière générale, il existe un manque d’information, mais à travers les axes développés, ce manuscrit fourni une vision claire de l’état des connaissances actuelles sur le denti et des lacunes qu’il reste à combler. Deuxièmement, une étude a été menée pour déterminer quels facteurs pouvaient influencer les variations spatio-temporelles des captures (CPUE) du denti par la pêche artisanale et décrire la structure démographique de la population exploitée à l’échelle de la Corse. Les CPUE ont varié dans l’espace (profondeur) et dans le temps (mois), mais ont montré une stabilité annuelle. Les résultats ont montré un pic d’exploitation (des individus grands/âgés) au mois de mai pendant la période de reproduction. Cette étude a fourni également les premières cartes à fine échelle de l’exploitation au niveau spatial du denti, avec l’identification de «hot spots», qui représentent probablement des habitats essentiels dans l’histoire de vie de cette espèce. Troisièmement, une étude a comparé l’exploitation du denti par la pêche artisanale et récréative au sein de la Réserve Naturelle des Bouches de Bonifacio. Le denti est ciblé par une grande variété d’engins, ce sont la palangre (pêche artisanale) et la traine (pêche récréative) qui présentent les taux d’exploitation les plus élevés. Au niveau spatial, les captures étaient quantitativement maximales dans les zones de protection renforcée. Les résultats indiquent que la pêche récréative contribue significativement à la mortalité par la pêche de cette espèce dans la zone d’étude (3.4 t/an soit 37 % de l’ensemble des captures). Ensuite, une comparaison de trois différentes méthodes d’estimation d’âge (écailles, otolithes entiers et sectionnés) a été effectuée pour évaluer quelle structure etait la plus fiable et précise et définir les paramètres de croissance du denti en Corse. A partir des résultats obtenus, la lecture sur écaille apparait comme fiable jusqu’à cinq ans, la lecture sur otolithe entier jusqu'à 12 ans et sur otolithe sectionné peut être employée sur toutes les tranches d'âges (âge record de 36 ans). Le taux de croissance dans l’étude est relativement élevé et semble assez rapide par rapport aux études antérieures en Méditerranée. Pour finir, le dernier chapitre avait pour but d'identifier la structure du stock de denti autour de la Corse, par une approche holistique, avec une combinaison de marqueurs : les microsatellites, l'analyse de la forme des otolithes et les communautés de parasites. L’étude a mis en lumière une structuration spatiale complexe de la population, donnant de nouvelles perspectives pour la conservation des stocks de denti en Corse. Cette thèse fourni de nouvelles connaissances sur l’exploitation, la biologie et la structure de population du denti en Corse et préconise des mesures de protection pour promouvoir une gestion durable de cette importante ressource halieutique en Corse. / The common dentex, Dentex dentex (Linnaeus, 1758), is an iconic marine coastal bony fish in the Mediterranean Sea. The common dentex, due to its large size, flesh quality, and high commercial value, is targeted by both artisanal and recreational fishing, especially in Corsica. As a top predator, it is a potential indicator species for the structure and functioning of the coastal ecosystems on which it depends. D. dentex is classified by the IUCN as «Vulnerable». Despite its economic and ecological importance, scientific data on this species in its natural environment are still very scant.The aim of this thesis is to improve the state of knowledge on fisheries, biology and population structure of D. dentex in Corsica. First, a review evaluates the current literature on D. dentex biology, ecology, stock structure, fisheries on its global geographical range. In general, there is a lack of information, but across the developed axes, this manuscript provided a clear view of the current state of knowledge on D. dentex and suggests future research directions to fill important gaps. Secondly, a study was conducted to determine which factors could influence the spatial and temporal variations in catches (CPUE) by artisanal fisheries and describe the demographic structure of the population exploited in Corsica. The CPUE varies over spatial (depth) and temporal scales (month), but show annual stability. The results exhibits a peak of exploitation during May (large/old specimens), probably related to reproductive strategies,. This study generated the first fine scale maps showing the spatial exploitation of common dentex and the identification of exploited fishing grounds clearly indicates the existence of ‘hot spots’, which probably represent essential habitats, of the life history of this species. Third, a study compared the exploitation of common dentex by artisanal and recreational fishing in the Bonifacio Strait Natural Reserve. It is targeted by a wide variety of gears; longline (artisanal fishing) and trolling (recreational fishing) have the highest rate of exploitation. Spatially, catches were quantitatively maximal in partially protected areas. The results suggest also that recreational fishing contributes significantly to total fishing mortality of the common dentex in the study area (3.4 t/year or 37 % of the total catch). Then, a comparison of three methods of age estimation (scales, whole and sectioned otoliths) was performed to evaluate which structure was the most reliable and accurate and define the growth parameters in Corsica. The scales appear suitable for estimating age between 0 and 5 years old, whole otoliths can be used up to 12 years and sectioned otoliths are the most accurate and reliable structure for all age ranges (age record of 36 years). The growth rate of the Corsican common dentex seems very high and quite fast compared to previous studies in the Mediterranean Sea. Finally, the aim of the last chapter was to identify the stock structure of the common dentex around Corsica Island, using a combination of markers that have different spatial and temporal scales of integration: microsatellite DNA markers, otolith shape analysis and parasites communities. A complex population structure around Corsican coasts has been reported, providing a new perspective on common dentex fishery stock conservation and management strategies.This thesis make a significant contribution to the knowledge of several aspects of the fisheries, biology and population structure of common dentex around Corsica Island and recommends protection measures to promote sustainable management of this important halieutic resource in Corsica.

L'augmentation de la production de matière plastique depuis les années 1950 combinée à une mauvaise gestion des déchets plastiques ainsi qu'aux mauvais comportements des citoyens conduit à la contamination des écosystèmes terrestres comme marins. L'ingestion par des organismes marins de particules plastiques mesurant moins de 5 mm, appelées microplastiques, a été décrite. L'objectif de ces travaux de thèse était d'évaluer le danger "microplastique" pour le consommateur de produits de la pêche. Afin de répondre à cet objectif, la sélection et la caractérisation d'une méthode permettant de digérer les tissus des produits de la pêche a été. En parallèle, une méthode de Pyrolyse-GC/MS a été optimisée afin d'identifier les microplastiques les plus petits possibles. Ses limites d'applications ont été calculées puis la méthode a été appliquée sur des microplastiques provenant de différents produits de la pêche. Ces deux méthodes ont été appliquées dans la recherche de microplastiques dans deux espèces de bivalves et trois espèces de poissons. Pour les bivalves, la contamination aux microplastiques était comprise entre 0.15 et 0.74 MP/g de chair humide alors que pour les poissons la contamination était assez faible : 0,01 MP/g de tractus gastro-intestinal et 0,001 MP/g de filet. Pour finir, une étude exploratoire de la lixiviation d'un additif plastique en utilisant un modèle de digestion in vitro a été entreprise. Globalement, ces travaux de thèse permettent de proposer des voies d'harmonisation des méthodes pour l'étude des microplastiques dans les produits de la pêche pour, in fine, évaluer le danger pour le consommateur. / Increase in plastic production since the 1950's in combination with plastic waste mismanagement lead to the presence of plastic particle in terrestrial and marine environment. Plastic particles measuring less than 5 mm, called microplastics, are ingested by a wide range of organisms. The goal of this PhD thesis was to evaluate the microplastic hazard for seafood consumers. firstly, method for digesting seafood tissue without degrading plastic polymer was selected and applications limits were determined for digestion of fish digestive tracts. Concurrently, a Pyrolysis-GC/MS method was optimized, limit of detection were determined and this method was applied on environmental samples. Both methods were used to study microplastics contamination in bivalve and fish species used for human consumption. Bivalve contamination was between 0.15 and 0.74 MP/g of tissue wet weight whereas contaminations in fish were low. Indeed, digestive tracts were contaminated by in mean 0.01 MP/g of tissue wet weight and muscles were contaminated by in mean 0.001 MP/g of tissue wet weight. Lately, leaching of a plastic additive was studied using an in vitro enzymatic model of digestion. However, such phenomenon was not highlighted. Overall, these results will help to standardize the study of microplastics in seafood products.

La pêche, activité ancestrale, contribue aux moyens d’existence de 10 à 12% de la population mondiale. La pêche artisanale génère plus de la moitié des captures mondiales et fournit 90% des emplois correspondants. Au Mexique, elle fournit de l’emploi à plus de 350 000 pêcheurs, organisés principalement en coopératives. Au Sinaloa, « terrain » de la thèse, les coopératives de pêcheurs artisanaux se sont progressivement enfoncées dans une crise qui met en péril leur survie. Elles sont soumises à des défis endogènes et exogènes qui se renforcent mutuellement. Les politiques publiques liées à la pêche artisanale privilégient la préservation de l’environnement et ne contribuent pas à la sortie de la pauvreté des populations côtières. La thèse fait l’hypothèse que cette sortie de la pauvreté nécessite des politiques publiques qui prennent appui sur les coopératives de pêcheurs artisanaux et qui intègrent les trois piliers du développement durable : l’environnement, l’économie et les droits humains. Sur la base d’une étude de cas approfondie et pluridisciplinaire, la recherche propose des outils et des pistes pour l’action qui s’articulent autour d’un modèle ad hoc de renforcement des coopératives. Elle propose notamment un outil de diagnostic de celles-ci, et les conclusions suivantes ont été dégagées : 1) leur rôle économique, social et environnemental justifie leur pérennité 2) cette pérennité incombe tant aux coopératives elles-mêmes qu'à d'autres acteurs 3) les politiques publiques environnementales doivent non seulement intégrer les dimensions économiques et socioculturelles concernant la pêche artisanale, mais doivent aussi mettre en place des moyens légaux qui garantiront leur efficacité. / Fishing, an ancestral activity, contributes to the livelihoods of 10 to 12% of the world's population. Artisanal fisheries generate more than half of the world's catches and provide 90% of the corresponding jobs. In Mexico, it provides employment to over 350,000 fishers, organized mainly in cooperatives. In Sinaloa, the location of the fieldwork, artisanal fisher’s cooperatives have gradually sunk into a crisis that threatens their survival. They are subject to mutually reinforcing endogenous and exogenous challenges. Public policies related to artisanal fisheries that favour the preservation of the environment do not contribute to lifting poverty out of coastal populations. The thesis hypothesizes that poverty exit requires public policies that rely on artisanal fisher's cooperatives and that integrate the three pillars of sustainable development : the environment, the economy and the human rights. On the basis of an in-depth and multidisciplinary case study, the research proposes tools and avenues for action based on an ad hoc model for strengthening cooperatives. In particular, it proposes a tool for diagnosing them, and the following conclusions have been reached : 1) their economic, social and environmental role justifies their perpetuity 2) this perpetuity is the responsibility of both, the cooperatives and other stakeholders 3) environmental public policies must not only integrate the economic and sociocultural dimensions of artisanal fisheries but must also establish legal means to ensure their effectiveness.

Les contextes national et international sont marqués par une prise de conscience de plus en plus grande de l’importance du poisson pour la sécurité alimentaire des populations des pays sous-développés. En Mauritanie, les petits pélagiques constituent une source de protéines animales accessibles aux faibles pouvoirs d’achat et contribuent à garantir la sécurité alimentaire de nombreuses populations. Malgré la présence d’une variabilité naturelle importante des espèces pélagiques, ce travail de thèse montre qu’il existe des éléments de stabilité dans l’écosystème pélagique dans la zone nord-ouest africaine. L’hypothèse de la présence des stocks sédentaires au niveau des zones de nourriceries en Mauritanie et au Sénégal est démontrée. La répartition spatio-temporelle des sardinelles en relation avec la dynamique de l’océan (upwelling, température de surface et chlorophylle) a été examinée. L’analyse des statistiques de la pêche sur une série de plus de trente (30) ans ne soutiennent pas l’immigration en provenance du Sénégal vers la Mauritanie d'Avril à Septembre selon l’hypothèse de Boëly (1978). Ce travail de thèse examine des hypothèses de migrations possibles des sardinelles dans la zone nord-ouest africaine et d’importantes implications en matière de gestion sont discutées. Pour finir, ce travail est replacé dans son contexte plus global de l’aménagement de la pêcherie des petits pélagiques. De nouvelles perspectives pour l’application des techniques géostatistiques (indicatrices et co-krigeage) et modélisation statistique sont envisagées pour l’étude de la dynamique des stocks des sardinelles et chinchards. / National and international context marked by an awareness of growing importance of pelagic fish for food security of people in underdeveloped countries . The depletion of demersal species also makes this extremely important resource for the future pelagic fisheries in Mauritania. Mauritanian EEZ is characterized by the existence of a favorable development of several species hydro-climatic and morphological phenomena , small pelagic species that represent more than 90% of the fisheries potential is about one million tones. The major problems facing the management of these species is understanding the roles played by them in their biogeography intrinsic spatio- temporal dynamics ( short-lived , aggregation , etc. ..) and the evaluation of their abundances . Assessment of exploited fish stocks is a priority. However, the recurring difficulty of evaluations of these fisheries, naturally very unstable, often reflected a lack of precision in the methods used , the incompleteness of the data ( which is also a problem of sampling) or sampling uncontrolled .The Mauritanian small pelagic fisheries are multi-species (sardines , horse mackerel , sardinella ) . In addition to the data provided by the logbooks including the holding is mandatory for industrial units, survey data for the landing craft and coastal segment often used to calculate the abundance, acoustic surveys , are an important means for quantify the abundance and study the distribution of these resources. The data collected by observers on board fishing industrial units are also a source of important information.Based on these data , this work aims at the reconstruction of the main series of abundances of small pelagic stocks in the northern part of West Africa , to be used in the adjustment of stock assessments models. Given the importance of the environmental component in very large fluctuations observed, the integration of this dimension in the analysis of this series catches the role of each of these factors (fisheries and environment) in the variability of abundance seasonal and amplitude of their migration.In addition to these conventional data Mauritania introduced on board commercial fishing vessels with VMS . This system allows the transmission by satellite to the body control the ship's position every hour is an important technological advance. This new type of data could therefore be a new source for estimating abundance and fishing effort of small pelagic species through appropriate statistical methods. A method for the interpretation in terms of paths abundance index was applied. The coupling of VMS and logbook will help to improve the definition of nominal fishing effort and catch location at fine spatial and temporal.The general problem is how to improve the estimation of the abundance of small pelagic stocks , understand fluctuations in the abundance and migration strategy of the species as well as tactics and strategies implemented by fleets to fish resources whose behavior is often erratic . It is therefore to adresse several issues in particular:What is the trend of the evolution of the abundance of pelagic species in the North West African area? The interpretation of the trajectories in terms of VMS fishing can it be used to map the abundance of key species? What are the seasons abundances? Environmental parameters they play an important role on the distribution of species? Will there a difference between tactics and strategies of the different fleets fishing for small pelagic? Data logs and data collected by observers on board can be used as a priori knowledge? To address these issues , we proceed to the mobilization of all relevant time series and implement innovative statistical and geostatistical methods , some of which applied for the first time in the sub -region for these stocks.

Les caractéristiques d’un espace, ses potentiels et ses contraintes varient selon les sociétés qui l’habitent ou le parcourent. L’appréhension d’un « territoire » − au sens d’espace approprié à une activité donnée et chargé d’identité − exige de préciser le rapport complexe des groupes sociaux au temps, qui est une donnée aussi peu homogène que l’espace auquel il se rapporte. On n’évoque pas là un temps uniquement historique ou calendaire, mais un temps que l’on pourrait qualifier de géographique tant il contribue à caractériser le territoire auquel il s’attache : d’où la notion proposée de « territoire-temps ».L’objectif est de considérer le rapport entre Temps et Territoire à partir de l’activité de pêche des communautés somono et bozo sur la partie encore peu étudiée du Niger supérieur. Le terrain de 600 kilomètres s’étend du village de Baro situé sur le Niandan en Guinée et lieu d’une pêche exceptionnelle en mare à la ville de Ségou au Mali, à l’entrée du delta intérieur. Dans des contextes à la fois ruraux mais aussi urbains − principalement celui de Bamako − cette recherche met à jour l’existence de maîtrises d’eau fluviales et lacustres qui instaurent des formes spécifiques d’organisation de pêches, collectives et individuelles.Quatre composantes principales, variables et croisées, sont à distinguer : l’inscription spatiale, les pratiques et techniques de pêche, les systèmes d’autorités et enfin les relations au symbolique et au religieux. Servant d’échelles réciproques de mesure et de construction du temps et de l’espace, elles sont constitutives d'une série de « territoires-temps » à l’échelle du Niger supérieur. / The characteristics of a given space, its potentials and restrictions, vary according to the social groups which live or travel there. The knowledge of a territory - i.e. a space dedicated to a specified activity loaded with identity - requires to clarify the complex relationship between social groups and time, which is a data as little homogeneous as the space it refers to. It is not a time only historical or calendar, but a time which could be called geographical since it much contributes to characterize the territory it is related to: hence this suggested notion of "territory-time".The aim is to study the relationship between Time and Territory, based on the Somono and Bozo communities' fishing activity in the rarely studied region of the Upper Niger. The 600 km field of research extends from the Baro village, on the Niandan River in Guinea, an exceptional pond fishing location, to the city of Ségou in Mali, at the entrance of the inner delta. In both rural and urban contexts  particularly in Bamako  this study reveals the control of river and lake waters which leads to specific forms of individual and collective fishing organisations.Four main components, variable and alternate, will be singled out: spatial inscription, fishing practises and techniques, authority systems, and finally symbolic and religious relationships. As reciprocal scales to measure and build time and space, they lead to several "territories-time" in the Upper Niger area.

Les littoraux sont des espaces d'interfaces non seulement écologiques, mais aussi humaines. De tout temps peuplés ou traversés par des hommes de cultures et de langues différentes, ils sont des lieux où savoirs, savoir-faire et représentations symboliques sont en constante tension. Ma recherche doctorale, s'appuyant majoritairement sur des missions de terrain réalisées au Gabon, a une double vocation : mieux appréhender les interrelations existant entre les hommes et le littoral et entre les communautés humaines partageant ce même milieu, et mieux comprendre comment les populations acquièrent, adoptent et partagent les savoirs.<br />Plus globalement, à travers cette étude de cas concrète, c'est le problème de la dynamique des savoirs et savoir-faire en matière environnementale qui est abordée.<br />Sur le littoral du Gabon cohabitent des populations autochtones et des communautés migrantes qui, ensemble, construisent des espaces de vie en mutation continuelle. Ma recherche au sein de cet espace pluriculturel m'a permis de constater des bouleversements, des variantes, ou de quasi-imperceptibles changements dans les connaissances et les pratiques des individus et des communautés. J'ai mis au jour des dynamiques culturelles diverses qui se réalisent selon des critères techniques et identitaires : emprunt, refus d'emprunt, réhabilitation, transfert de savoir d'une communauté vers une autre, innovation, etc.<br />Au-delà de l'étude de la relation entre les hommes et le littoral, grâce à une contextualisation fine de la pratique et de l'apprentissage d'une dizaine d'objets culturels étudiés plus spécifiquement, j'ai identifié des facteurs internes et externes aux communautés, engendrant des changements non seulement dans les savoirs et savoir-faire, mais aussi dans les modalités de leur transmission. Avec l'assistance des analyses factorielles, mes données m'ont alors conduite à poser l'hypothèse finale que les changements et les raisons de ceux-ci sont étroitement liés aux contextes sociaux, techniques, écologiques et symboliques qui définissent fondamentalement chaque type de savoir.

Les agences gouvernementales évaluent généralement les risques alimentaires liés à la présence d'arsenic dans les produits de la pêche en analysant uniquement l'arsenic élémentaire, sans prendre en compte les différentes formes en présence ni leur biodisponibilité. Le principal objectif de cette étude a été de développer et de valider une méthode permettant à l'Agence Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA) de proposer à ses tutelles une meilleure évaluation des risques encourus par le consommateur en déterminant la spéciation et la bioaccessibilité des différentes formes arséniées présentes dans les produits de la pêche. La première partie de ce travail a porté sur la mise au point d'une méthode de séparation des principales espèces arséniées couramment retrouvées dans les produits de la pêche par couplage entre la chromatographie d'échanges d'ions (IEC) et la détection par ICPMS. La méthodologie des plans d'expériences utilisée dans ces travaux, a permis, en un minimum d'essais, d'une part d'évaluer l'influence des différents facteurs et de leurs interactions éventuelles sur la séparation de 7 à 9 espèces arséniées et d'autre part, de déterminer les conditions analytiques optimales tout en minimisant le temps d'analyse (moins de 15 minutes), en conservant des résolutions satisfaisantes et en améliorant les sensibilités des composés considérés. La deuxième partie de ces travaux a concerné le développement de la mise en solution des espèces arséniées dans les produits de la pêche par extraction assistée par micro-ondes (MAE). L'optimisation des conditions d'extraction sur différents matériaux de référence certifiés a montré clairement qu'un solvant uniquement composé d'eau était suffisant pour obtenir des taux de récupération satisfaisants en As total et en spéciation. L'évaluation des critères analytiques a démontré que la méthode était pratiquement validée pour la spéciation de l'arsenic dans les produits de la pêche, même si la reproductibilité interne devra nécessairement être affinée en l'évaluant à plus long terme. La méthode validée a pu ensuite être appliquée à la spéciation de l'As dans des échantillons aqueux, ainsi qu'à la certification d'un échantillon de foie d'aiguillat organisée par le NRC canadien. La dernière partie de ces travaux a concerné le développement d'une méthode in vitro rapide et pragmatique d'évaluation de la bioaccessibilité maximale de l'arsenic et des formes arséniées dans les produits de la pêche, en combinant une méthode de lixiviation en continu (pour la mesure en temps réel par ICP-MS de la part d'As libérée par des fluides gastrointestinaux artificiels) et la méthode de spéciation validée. Les résultats montrent que la totalité de l'As bioaccessible (environ 50 % de l'As total présent dans les échantillons) est libérée très rapidement (en moins de 5 min) par la salive sans que rien d'autre ne soit ensuite libéré par les sucs gastrointestinaux. D'autre part, ces travaux ont mis en évidence que la bioaccessibilité des espèces arséniées inorganiques apparaît moins importante que celle des espèces organiques dans les produits de la pêche.