Avec l’omniprésence au quotidien du numérique et de l’informatique, de plus en plus d’utilisateurs souhaitent avoir accès à Internet et à leurs applications via n’importe quel périphérique, de n’importe où et n’importe quand. Les appareils domestiques intelligents se développant, les besoins d’échanger des données au domicile même se font de plus en plus sentir. C’est dans ce contexte, celui des services à domicile avec besoin d’interconnexion que se situe notre étude. Ce type de service est qualifié de Home Service (HS) alors que le réseau à domicile est nommé Home Network (HN). La problématique pour les opérateurs est alors de concevoir des architectures appropriées à l’interconnexion des HN de manière sécurisée tout en permettant un déploiement facile et à grande échelle. Dans la première étape, nous considérons la livraison de services sécurisés à travers un réseau de nouvelle génération (NGN) : IMS (IP Multimedia Subsystem). IMS étant l’architecture de référence pour son caractère réseau NGN des opérateurs, diverses architectures peuvent être développées comme support aux HS. Nous avons choisi d'analyser et de mettre en place une architecture P2P centralisée et de le comparer à l’architecture de référence. Plusieurs mécanismes d'authentification sont mis en place autour du P2P centralisé afin de sécuriser la prestation de services. La modélisation et l’évaluation de notre proposition ont permis d’identifier sa relation à l’IMS mais aussi des problèmes inhérents aux solutions centralisées : la protection des données personnelles, l’impact de la taille sur réseau sur les performances, l’existence d’un point de faiblesse unique face aux attaques et la congestion au niveau du serveur centralisé. Par conséquent, nous nous sommes tournés vers les solutions distribuées pour résoudre ces problèmes. Dans la deuxième étape, nous considérons l’architecture P2P non-structurée, qualifiée de pur P2P. La cryptographie basée sur l'identité (IBC) est ajoutée au P2P pur afin d’authentifier les utilisateurs et de protéger leurs communications. Pour chacune des solutions une analyse du coût de signalisation est effectuée révélant une faiblesse en ce qui concerne l’étape de recherche. Dans un déploiement à grande échelle, le coût de cette phase est trop élevé. Aussi, nous examinons le P2P structuré basé sur les Dynamic Hash Tables, une autre solution distribuée. Cette architecture est étudiée par l'IETF en tant qu’une des dernières générations de P2P: REsource LOcation And Discovery (RELOAD) Base Protocol. Nous proposons son utilisation dans le cadre des HSs. Comme preuve du concept, cette solution a été implantée et déployée sur un petit réseau en utilisant TLS/SSL comme mécanisme de sécurité. Cette plateforme nous a permis d’étudier les délais et les coûts de cette solution. Pour terminer, un bilan est établi sur toutes les solutions proposées En outre, nous introduisons d’autres types de HS et leurs possibilités de déploiement futur. / With digital life enhancement, more users would like to get seamless Internet and information with any devices, at any time and from anywhere. More and more home devices need to exchange data or to control other devices. The type of services is labelled Home Service (HS) and it is deployed though a Home Network (HN). Some users need to use their HS outside their HN, some others need to interconnect other HN. Operators have to provide suitable network architectures to ensure this interconnection and to provide at the same time, scalability, remote access, easy deployment and security. Here is the topic of our work. In the fist step, we consider a practical illustration around the Next-Generation Network (NGN) and the secured services. It is the IMS (IP Multimedia Subsystem) approach for the management of services that is generally supported by the NGN network operators. However, various network operator architectures can be developed to support these services. An alternative way is the P2P architectures. We choose to analyze and implement a centralized P2P and we compare it with the IMS solution. Several authentication mechanisms are introduced to secure the centralized P2P. An evaluation of these architectures is conducted. Since the previous solutions present some issues due to their centralized feature, we consider distributed solutions in a second step. The non-structured P2P, called pure P2P, can also support HS. Identity Based Crytography (IBC) is added to these architectures in order to offer authentication and protection to user communications. The different solutions are compared through their signaling and transmission cost. The study shows that searching step in this architecture is really costly, facing a scalability problem. Thus, we propose to use a structured P2P (called Dynamic Hash Table) for delivering HS between HN. This type of architecture is studied by IETF with the REsource Location And Discovery (RELOAD) Base Protocol. This solution is implanted and deployed here to be a proof of the concept. This test-bed enables the study of delay and security overhead in a real system. Eventually, the presented solutions are recaptured in order to see their advantages/ disadvantages. In addition, we introduce other perspectives in terms of HSs and network interconnection.

Nous proposons une nouvelle structure de données distribuée et scalable appelée LH*RSP2P conçue pour les environnements pair à pair(P2P).Les données de l'application forment un fichier d’enregistrements identifiés par les clés primaires. Les enregistrements sont dans des cases mémoires sur des pairs, adressées par le hachage distribué (LH*). Des éclatements créent dynamiquement de nouvelles cases pour accommoder les insertions. L'accès par clé à un enregistrement comporte un seul renvoi au maximum. Le scan du fichier s’effectue au maximum en deux rounds. Ces résultats sont parmi les meilleurs à l'heure actuelle. Tout fichier LH*RSP2P est également protégé contre le Churn. Le calcul de parité protège toute indisponibilité jusqu’à k cases, où k ≥ 1 est un paramètre scalable. Un nouveau type de requêtes, qualifiées de sûres, protège également contre l’accès à toute case périmée. Nous prouvons les propriétés de notre SDDS formellement par une implémentation prototype et des expérimentations. LH*RSP2P apparaît utile aux applications Big Data, sur des RamClouds tout particulièrement / We propose a new scalable and distributed data structure termed LH*RSP2P designed for Peer-to-Peer environment (P2P). Application data forms a file of records identified by primary keys. Records are in buckets on peers, addressed by distributed linear hashing (LH*). Splits create new buckets dynamically, to accommodate inserts. Key access to a record uses at most one hop. Scan of the file proceeds in two rounds at most. These results are among best at present. An LH*RSP2P file is also protected against Churn. Parity calculation recovers from every unavailability of up to k≥1, k is a scalable parameter. A new type of queries, qualified as sure, protects also against access to any out-of-date bucket. We prove the properties of our SDDS formally, by a prototype implementation and experiments. LH*RSP2P appears useful for Big Data manipulations, over RamClouds especially.

Les systèmes de recommandation (RS) et le pair-à-pair (P2) sont complémentaires pour faciliter le partage de données à grande échelle: RS pour filtrer et personnaliser les requêtes des utilisateurs, et P2P pour construire des systèmes de partage de données décentralisés à grande échelle. Cependant, il reste beaucoup de difficultés pour construire des RS efficaces dans une infrastructure P2P. Dans cette thèse, nous considérons des communautés en ligne à grande échelle, où les utilisateurs notent les contenus qu'ils explorent et gardent dans leur espace de travail local les contenus de qualité pour leurs sujets d'intérêt. Notre objectif est de construire un P2P-RS efficace pour ce contexte. Nous exploitons les sujets d'intérêt des utilisateurs (extraits automatiquement des contenus et de leurs notes) et les données sociales (amitié et confiance) afin de construire et maintenir un overlay P2P social. La thèse traite de plusieurs problèmes. D'abord, nous nous concentrons sur la conception d'un P2P-RS qui passe à l'échelle, appelé P2Prec, en combinant les approches de recommandation par filtrage collaboratif et par filtrage basé sur le contenu. Nous proposons alors de construire et maintenir un overlay P2P dynamique grâce à des protocoles de gossip. Nos résultats d'expérimentation montrent que P2Prec permet d'obtenir un bon rappel avec une charge de requêtes et un trafic réseau acceptables. Ensuite, nous considérons une infrastructure plus complexe afin de construire et maintenir un overlay P2P social, appelé F2Frec, qui exploite les relations sociales entre utilisateurs. Dans cette infrastructure, nous combinons les aspects filtrage par contenu et filtrage basé social, pour obtenir un P2P-RS qui fournit des résultats de qualité et fiables. A l'aide d'une évaluation de performances extensive, nous montrons que F2Frec améliore bien le rappel, ainsi que la confiance dans les résultats avec une surcharge acceptable. Enfin, nus décrivons notre prototype de P2P-RS que nous avons implémenté pour valider notre proposition basée sur P2Prec et F2Frec. / Recommendation systems (RS) and P2P are both complementary in easing large-scale data sharing: RS to filter and personalize users' demands, and P2P to build decentralized large-scale data sharing systems. However, many challenges need to be overcome when building scalable, reliable and efficient RS atop P2P. In this work, we focus on large-scale communities, where users rate the contents they explore, and store in their local workspace high quality content related to their topics of interest. Our goal then is to provide a novel and efficient P2P-RS for this context. We exploit users' topics of interest (automatically extracted from users' contents and ratings) and social data (friendship and trust) as parameters to construct and maintain a social P2P overlay, and generate recommendations. The thesis addresses several related issues. First, we focus on the design of a scalable P2P-RS, called P2Prec, by leveraging collaborative- and content-based filtering recommendation approaches. We then propose the construction and maintenance of a P2P dynamic overlay using different gossip protocols. Our performance experimentation results show that P2Prec has the ability to get good recall with acceptable query processing load and network traffic. Second, we consider a more complex infrastructure in order to build and maintain a social P2P overlay, called F2Frec, which exploits social relationships between users. In this new infrastructure, we leverage content- and social-based filtering, in order to get a scalable P2P-RS that yields high quality and reliable recommendation results. Based on our extensive performance evaluation, we show that F2Frec increases recall, and the trust and confidence of the results with acceptable overhead. Finally, we describe our prototype of P2P-RS, which we developed to validate our proposal based on P2Prec and F2Frec.

Nous considérons une plate-forme pair-à-pair pour la Recherche d'Information (RI) collaborative. Chaque pair héberge une collection de documents textuels qui traitent de ses sujets d'intérêt. En l'absence d'un mécanisme d'indexation global, les pairs indexent localement leurs documents et s'associent pour fournir un service distribué de réponse à des requêtes. Notre objectif est de concevoir un protocole décentralisé qui permette aux pairs de collaborer afin de transmettre une requête depuis son émetteur jusqu'aux pairs en possession de documents pertinents. Les réseaux logiques sémantiques (Semantic Overlay Networks, SON) représentent la solution de référence de l'état de l'art. Les pairs qui possèdent des ressources sémantiques similaires sont regroupés en clusters. Les opérations de RI seront alors efficaces puisqu'une requête sera transmise aux clusters de pairs qui hébergent les ressources pertinentes. La plupart des approches actuelles consistent en une reconfiguration dynamique du réseau de pairs (peer rewiring). Pour ce faire, chaque pair exécute périodiquement un algorithme de marche aléatoire ou gloutonne sur le réseau pair-à-pair afin de renouveler les pairs de son cluster. Ainsi, un réseau à la structure initialement aléatoire évolue progressivement vers un réseau logique sémantique. Jusqu'à présent, les approches existantes n'ont pas considéré que l'évolution de la topologie du réseau puisse influer sur les performances de l'algorithme de reconfiguration dynamique du réseau. Cependant, s'il est vrai que, pour une configuration initiale aléatoire des pairs, une marche aléatoire sera efficace pour découvrir les pairs similaires, lorsque des clusters commencent à émerger une approche gloutonne devient alors mieux adaptée. Ainsi, nous proposons une stratégie qui applique un algorithme de recuit simulé (Simulated Annealing, SA) afin de faire évoluer une stratégie de marche aléatoire vers une stratégie gloutonne lors de la construction du SON. Cette thèse contient plusieurs avancées concernant l'état de l'art dans ce domaine. D'abbord, nous modélisions formellement la reconfiguration dynamique d'un réseau en un SON. Nous identifions un schéma générique pour la reconfiguration d'un réseau pair-à-pair, et après le formalisons en une procédure constituée de trois étapes. Ce framework cohérent offre à ses utilisateurs de quoi le paramétrer. Ensuite, le problème de la construction d'un SON est modélisé sous la forme d'un problème d'optimisation combinatoire pour lequel les opérations de reconfiguration du réseau correspondent à la recherche décentralisée d'une solution locale. Fondée sur ce modèle, une solution concrète à base de recuit simulé est proposée. Nous menons une étude expérimentale poussée sur la construction du SON et la RI sur SONs, et validions notre approche. / A Peer-to-Peer (P2P) platform is considered for collaborative Information Retrieval (IR). Each peer hosts a collection of text documents with subjects related to its owner's interests. Without a global indexing mechanism, peers locally index their documents, and provide the service to answer queries. A decentralized protocol is designed, enabling the peers to collaboratively forward queries from the initiator to the peers with relevant documents. Semantic Overlay Network (SONs) is one the state of the art solutions, where peers with semantically similar resources are clustered. IR is efficiently performed by forwarding queries to the relevant peer clusters in an informed way. SONs are built and maintained mainly via peer rewiring. Specifically, each peer periodically sends walkers to its neighborhood. The walkers walk along peer connections, aiming at discovering more similar peers to replace less similar neighbors of its initiator. The P2P network then gradually evolves from a random overlay network to a SON. Random and greedy walk can be applied individually or integrated in peer rewiring as a constant strategy during the progress of network evolution. However, the evolution of the network topology may affect their performance. For example, when peers are randomly connected with each other, random walk performs better than greedy walk for exploring similar peers. But as peer clusters gradually emerge in the network, a walker can explore more similar peers by following a greedy strategy. This thesis proposes an evolving walking strategy based on Simulated Annealing (SA), which evolves from a random walk to a greedy walk along the progress of network evolution. According to the simulation results, SA-based strategy outperforms current approaches, both in the efficiency to build a SON and the effectiveness of the subsequent IR. This thesis contains several advancements with respect to the state of the art in this field. First of all, we identify a generic peer rewiring pattern and formalize it as a three-step procedure. Our technique provides a consistent framework for peer rewiring, while allowing enough flexibility for the users/designers to specify its properties. Secondly, we formalize SON construction as a combinatorial optimization problem, with peer rewiring as its decentralized local search solution. Based on this model, we propose a novel SA-based approach to peer rewiring. Our approach is validated via an extensive experimental study on the effect of network wiring on (1) SON building and (2) IR in SONs.

L’évolution technologique du web durant ces dernières années a favorisé l’arrivée d’environnements virtuels collaboratifs pour la modélisation 3D à grande échelle. Alors que la collaboration réunit dans un même espace partagé des utilisateurs distants géographiquement pour un objectif de collaboration commun, les ressources matérielles qu'ils apportent (calcul, stockage, 3D ...) avec leurs connaissances sont encore trop rarement utilisées et cela constitue un défi. Il s'agit en effet de proposer un système simple, performant et transparent pour les utilisateurs afin de permettre une collaboration efficace à la fois sur le volet computationnel mais aussi, bien entendu, sur l'aspect métier lié à la modélisation 3D sur le web. Pour rendre efficace le passage à l’échelle, de nombreux systèmes utilisent une architecture réseau dite "hybride", combinant client serveur et pair-à-pair. La réplication optimiste s'adapte bien aux propriétés de ces environnements répartis : la dynamicité des utilisateurs et leur nombre, le type de donnée traitées (3D) et leur taille. Cette thèse présente un modèle pour les systèmes d’édition collaborative en 3D sur le web. L'architecture cliente (3DEvent) permet de déporter les aspects métiers de la 3D au plus près de l’utilisateur sous la forme d’évènements. Cette architecture orientée événements repose sur le constat d’un fort besoin de traçabilité et d’historique sur les données 3D lors de l’assemblage d’un modèle. Cet aspect est porté intrinsèquement par le patron de conception event-sourcing. Ce modèle est complété par la définition d’un intergiciel en pair-à-pair. Sur ce dernier point, nous proposons d'utiliser la technologie WebRTC qui présente une API familière aux développeurs de services en infonuagique. Une évaluation portant sur deux études utilisateur concernant l’acceptance du modèle proposé a été menée dans le cadre de tâches d’assemblage de modèles 3D sur plusieurs groupes d’utilisateurs. / Web technologies evolutions during last decades fostered the development of collaborative virtual environments for 3D design at large scale. Despite the fact that collaborative environments gather in a same shared space geographically distant users in a common objective, the hardware ressources of their clients (calcul, storage, graphics ...) are often underused because of the challenge it represents. It is indeed a matter of offering an easy-to-use, efficient and transparent collaborative system to the user supporting both computationnal and 3D design visualisation and business logic needs in heterogeneous web environments. To scale well, numerous systems use a network architecture called "hybrid", combining both client-server and peer-to-peer. Optimistic replication is well adapted to distributed application such as 3D collaborative envionments : the dynamicity of users and their numbers, the 3D data type used and the large amount and size of it.This document presents a model for 3D web-based collaborative editing systems. This model integrates 3DEvent, an client-based architecture allowing us to bring 3D business logic closer to the user using events. Indeed, the need of traceability and history awareness is required during 3D design especially when several experts are involved during the process. This aspect is intrinsec to event-sourcing design pattern. This architecture is completed by a peer-to-peer middleware responsible for the synchronisation and the consistency of the system. To implement it, we propose to use the recent web standard API called WebRTC, close to cloud development services know by developers. To evaluate the model, two user studies were conducted on several group of users concerning its responsiveness and the acceptance by users in the frame of cooperative assembly tasks of 3D models.

Le routage dans Internet est basé sur des tables dites de routage, formées de blocs d’adresses IP. Cependant, la construction et la maintenance de telles tables de routage nécessitent l’utilisation de protocoles complexes qui ne passent pas à l’échelle en termes de mémoire et d’utilisation CPU. De plus, l’expérience montre que le plan d’adressage IP est insuffisant, car la sémantique d’une adresse IP est à la fois un identificateur et un localisateur. Dans nos travaux, nous proposons un système de réseau recouvrant pair-à-pair libre de toute contrainte topologique et utilisant des coordonnées virtuelles prises dans le plan hyperbolique nommé CLOAK (Covering Layer Of Abstract Knowledge en anglais). Les schémas de routages locaux basés sur des coordonnées virtuelles extraites du plan hyperbolique ont suscité un intérêt considérable ces dernières années. Dans cette thèse, nous proposons une nouvelle approche pour saisir le potentiel de la géométrie hyperbolique. L’objectif est de construire un système extensible et fiable pour créer et gérer des réseaux recouvrants dans Internet. Le système est implémenté comme une infrastructure pair-à-pair structuré basé sur les protocoles de la couche transport entre les pairs. Quant à l’organisation des données dans l’espace virtuel, nous employons la réplication pour améliorer la disponibilité et l’accessibilité des objets de l’overlay potentiellement instable. Nous avons implémenté et évalué différentes méthodes de réplication (réplication radiale, réplication circulaire).A l’aide de simulations, nous évaluons notre proposition à travers un certain nombre de métriques et nous montrons que les réseaux recouvrants pair-à-pair basés sur la géométrie hyperbolique ont de bonnes performances par rapport aux autres DHT existantes tout en introduisant flexibilité et robustesse dans les réseaux recouvrants dynamiques. / Internet routing is based on forwarding tables populated by blocks of IP addresses. However, the construction and maintenance of such tables require the use of complex routing protocols that are typically not scalable in terms of memory and CPU usage. Moreover, experience shows that the IP addressing plane is insufficient due to the semantic of an IPaddress being both an identifier and a locator. In this paper, we propose a P2P overlay system of freed topology and using virtual coordinates taken from the hyperbolic plane named CLOAK(Covering Layer Of Abstract Knowledge en anglais). Local knowledge routing schemes based on virtual coordinates taken from the hyperbolic plane have attracted considerable interest in recent years. In this thesis we propose a new approach for seizing the power of the hyperbolic geometry. We aim at building a scalable and reliable system for creating and managing overlay networks over the Internet. The system is implemented as a structured peer-to-peer infrastructure based on the transport layer connections between the peers. Concerning data organisation in the virtual space, we use replication strategy for improve overlay objects disponibilty and accessibility in context potentially unstable. We have implemented and evaluated various replication methods (radial replication, circular replication). Using simulations, we assess our proposal across a certain number of metric and show that overlay Peer-to-Peer network based on the hyperbolic geometry have good performances in comparison with other existent DHT while introducing suppleness and robustness in the dynamic overlay network.

Chen, Zhang. / Thesis (M.Phil.)--Chinese University of Hong Kong, 2011. / Includes bibliographical references (p. 109-114). / Abstracts in English and Chinese. / ABSTRACT --- p.I / 摘要 --- p.III / ACKNOWLEDGEMENTS --- p.IV / PUBLICATIONS --- p.VI / CONTRIBUTORS --- p.VII / TABLE OF CONTENTS --- p.VIII / LIST OF TABLES --- p.XIII / LIST OF FIGURES --- p.XIV / LIST OF ABBREVIATIONS --- p.XVI / Chapter SECTION I : --- BACKGROUND --- p.1 / Chapter CHAPTER 1: --- PRENATAL DIAGNOSIS OF FETAL TRISOMY BY NEXT GENERATION SEQUENCING TECHNOLOGY --- p.2 / Chapter 1.1 --- FETAL TRISOMY --- p.2 / Chapter 1.2 --- CONVENTIONAL PRENATAL DIAGNOSIS OF FETAL TRISOMIES --- p.3 / Chapter 1.3 --- CELL FREE FETAL D N A AND ITS APPLICATION IN PRENATAL DIAGNOSIS --- p.5 / Chapter 1.4 --- NEXT GENERATION SEQUENCING TECHNOLOGY --- p.5 / Chapter 1.5 --- SUBSTANTIAL BIAS IN THE NEXT GENERATION SEQUENCING PLATFORM --- p.9 / Chapter 1.6 --- PRENATAL DIAGNOSIS OF TRISOMY BY NEXT GENERATION SEQUENCING --- p.10 / Chapter 1.7 --- AIMS OF THIS THESIS --- p.11 / Chapter SECTION I I : --- MATERIALS AND METHODS --- p.13 / Chapter CHAPTER 2: --- METHODS FOR NONINVASIVE PRENATAL DIAGNOSIS OF FETAL TRISOMY MATERNAL PLASMA DNA SEQUENCING --- p.14 / Chapter 2.1 --- STUDY DESIGN AND PARTICIPANTS --- p.14 / Chapter 2.1.1 --- Ethics Statement --- p.14 / Chapter 2.1.2 --- "Study design, setting and participants" --- p.14 / Chapter 2.2 --- MATERNAL PLASMA D N A SEQUENCING --- p.17 / Chapter 2.3 --- SEQUENCING DATA ANALYSIS --- p.18 / Chapter SECTION I I I : --- TRISOMY 13 AND 18 DETECTION BY THE T21 BIOINFORMATICS ANALYSIS PIPELINE --- p.21 / Chapter CHAPTER 3: --- THE T21 BIOINFORMATICS ANALYSIS PIPELINE FOR TRISOMY 13 AND 18 DETECTION --- p.22 / Chapter 3.1 --- INTRODUCTION --- p.22 / Chapter 3.2 --- METHODS --- p.23 / Chapter 3.2.1 --- Bioinformatics analysis pipeline for trisomy 13 and 18 detection --- p.23 / Chapter 3.3 --- RESULTS --- p.23 / Chapter 3.3.1 --- Performance of the T21 bioinformatics analysis pipeline for trisomy 13 and 18 detection --- p.23 / Chapter 3.3.2 --- The precision of quantifying chrl 3 and chrl 8 --- p.27 / Chapter 3.4 --- DISCUSSION --- p.29 / Chapter SECTION IV : --- IMPROVING THE T21 BIOINFORMATICS ANALYSIS PIPELINE FOR TRISOMY 13 AND 18 DETECTION --- p.30 / Chapter CHAPTER 4: --- IMPROVING THE ALIGNMENT --- p.31 / Chapter 4.1 --- INTRODUCTION --- p.31 / Chapter 4.2 --- METHODS --- p.32 / Chapter 4.2.1 --- Allowing mismatches in the index sequences --- p.32 / Chapter 4.2.2 --- Calculating the mappability of the human reference genome --- p.33 / Chapter 4.2.3 --- Aligning reads to the non-repeat masked human reference genome --- p.34 / Chapter 4.2.4 --- Trisomy 13 and 18 detection --- p.34 / Chapter 4.3 --- RESULTS --- p.34 / Chapter 4.3.1 --- Increasing read numbers by allowing mismatches in the index sequences --- p.34 / Chapter 4.3.2 --- Increasing read numbers by using the non-masked reference genome for alignment . --- p.38 / Chapter 4.3.3 --- Allowing mismatches in the read alignment --- p.42 / Chapter 4.3.4 --- The performance of trisomy 13 and 18 detection after improving the alignment --- p.47 / Chapter 4.4 --- DISCUSSION --- p.50 / Chapter CHAPTER 5: --- REDUCING THE GC BIAS BY CORRECTION OF READ COUNTS --- p.53 / Chapter 5.1 --- INTRODUCTION --- p.53 / Chapter 5.2 --- METHODS --- p.54 / Chapter 5.2.1 --- Read alignment --- p.54 / Chapter 5.2.2 --- Calculating the correlation between GC content and read counts --- p.55 / Chapter 5.2.3 --- GC correction in read counts --- p.55 / Chapter 5.2.4 --- Trisomy 13 and 18 detection --- p.56 / Chapter 5.3 --- RESULTS --- p.56 / Chapter 5.3.1 --- GC bias in plasma DNA sequencing --- p.56 / Chapter 5.3.2 --- Correcting the GC bias in read counts by linear regression --- p.59 / Chapter 5.3.3 --- Correcting the GC bias in read counts by LOESS regression --- p.65 / Chapter 5.3.4 --- Bin size --- p.72 / Chapter 5.4 --- DISCUSSION --- p.75 / Chapter CHAPTER 6: --- REDUCING THE GC BIAS BY MODIFYING THE GENOMIC REPRESENTATION CALCULATION --- p.77 / Chapter 6.1 --- INTRODUCTION --- p.77 / Chapter 6.2 --- METHODS --- p.78 / Chapter 6.2.1 --- Modifying the genomic representation calculation --- p.78 / Chapter 6.2.2 --- Trisomy 13 and 18 detection --- p.78 / Chapter 6.2.3 --- Combining GC correction and modified genomic representation --- p.78 / Chapter 6.3 --- RESULTS --- p.79 / Chapter 6.3.1 --- Reducing the GC bias by modifying genomic representation calculation --- p.79 / Chapter 6.3.2 --- Combining GC correction and modified genomic representation --- p.86 / Chapter 6.4 --- DISCUSSION --- p.89 / Chapter CHAPTER 7: --- IMPROVING THE STATISTICS FOR TRISOMY 13 AND 18 DETECTION --- p.91 / Chapter 7.1 --- INTRODUCTION --- p.91 / Chapter 7.2 --- METHODS --- p.92 / Chapter 7.2.1 --- Comparing chrl 3 or chrl8 with other chromosomes within the sample --- p.92 / Chapter 7.2.2 --- Comparing chrl 3 or chrl 8 with the artificial chromosomes --- p.92 / Chapter 7.3 --- RESULTS --- p.93 / Chapter 7.3.1 --- Determining the trisomy 13 and 18 status by comparing chromosomes within the samples --- p.93 / Chapter 7.3.2 --- Determining the trisomy 13 and 18 status by comparing chrl3 or chrl 8 with artificial chromosomes --- p.97 / Chapter 7.4 --- DISCUSSION --- p.100 / Chapter SECTION V : --- CONCLUDING REMARKS --- p.102 / Chapter CHAPTER 8: --- CONCLUSION AND FUTURE PERSPECTIVES --- p.103 / Chapter 8.1 --- THE PERFORMANCE OF THE T21 BIOINFORMATICS ANALYSIS PIPELINE DEVELOPED FOR TRISOMY 21 DETECTION IS SUBOPTIMAL FOR TRISOMY 13 AND 18 DETECTION --- p.103 / Chapter 8.2 --- THE ALIGNMENT COULD BE IMPROVED BY ALLOWING ONE MISMATCH IN THE INDEX AND USING THE NON-REPEAT MASKED HUMAN REFERENCE GENOME AS THE ALIGNMENT REFERENCE --- p.104 / Chapter 8.3 --- THE PRECISION OF QUANTIFYING CHR13 AND CHR18 COULD BE IMPROVED BY THE G C CORRECTION OR THE MODIFIED GENOMIC REPRESENTATION --- p.104 / Chapter 8.4 --- THE STATISTICS FOR TRISOMY 13 AND 18 DETECTION COULD BE IMPROVED BY COMPARING CHR13 OR CHR18 WITH ARTIFICIAL CHROMOSOMES WITHIN THE SAMPLE --- p.105 / Chapter 8.5 --- PROSPECTS FOR FUTURE WORK --- p.106 / REFERENCE --- p.109

Avec l'émergence de l'informatique dans les nuages, une nouvelle approche consiste à externaliser des tâches de calcul, de façon à réduire les coûts d'hébergement et à augmenter la flexibilité des systèmes. L'infrastructure actuelle des services permettant cette externalisation repose sur l'utilisation de centres de traitement de données centralisés, qui sont dédiés à l'approvisionnement de ressources de calcul. Dans cette thèse, nous étudions la possibilité de fournir de tels services en utilisant une infrastructure pair-à-pair, c'est-à-dire une infrastructure totalement décentralisée pouvant être déployée sur une fédération de noeuds de calcul hétérogénes et de provenances diverses. Nous nous focalisons sur le problème de l'allocation des noeuds et présentons Salute, un service d'allocation de noeuds, qui organise les noeuds en réseaux virtuels non-structurés et repose sur des mécanismes de prédiction de disponibilité pour assurer, avec une grande probabilité, que les requêtes d'allocation sont satisfaites dans le temps, malgré le dynamisme de l'environnement hôte. Pour ce faire, le service Salute repose sur la collaboration de plusieurs protocoles pair-à-pair appartenant à la catégorie des protocoles épidémiques. Afin de valider nos propositions, nous évaluons Salute en utilisant des traces provenant d'un échantillonnage de plusieurs systèmes pair-à-pair de référence. / With the emergence of Cloud computing, a new trend is to externalize computing tasks in order to decrease costs and increase flexibility. Current Cloud infrastructures rely on the usage of large-scale centralized data centers, for computing resources provisioning. In this thesis, we study the possibility to provide a peer-to-peer based Cloud infrastructure, which is totally decentralized and can be deployed on any computing nodes federation. We focus on the nodes allocation problem and present Salute, a nodes allocation service that organizes nodes in unstructured overlay networks and relies on mechanisms to predict node availability in order to ensure, with high probability, that allocation requests will be satisfied over time, and this despite churn. Salute's implementation relies on the collaboration of several peer-to-peer protocols belonging to the category of epidemic protocols. To convey our claims, we evaluate Salute using real traces.

Les éditeurs collaboratifs permettent à des utilisateurs éloignés de collaborer à une tâche commune qui va de l'utilisation d'un agenda partagé à la réalisation de logiciels. Ce concept est né avec SCCS en 1972 et connait un engouement récent (ex: Wikipedia). L'absence de centralisation et l'asynchronisme sont des aspects essentiels de cette approche qui relève d'un modèle pair-à-pair (P2P). D'un autre côté, le format XML est devenu une référence pour la manipulation et l'échange de documents. Notre travail vise à la réalisation d'un éditeur collaboratif P2P pour l'édition de documents semi-structurés qui sont une abstraction du format XML. Le problème est difficile et de nombreuses propositions se sont révélées erronées ou ne passant pas à l'échelle. Nous rappelons les concepts et l'état de l'art sur l'édition collaborative, les modèles centralisés et le P2P. Ensuite, nous explorons deux approches différentes : les transformées opérationnelles et le CRDT (Commutative Replicated Data Type) avec différentes structures de données arborescentes. L'objectif est de réaliser les opérations de base (ajout, suppression et ré-étiquetage) tout en garantissant la convergence du processus d'édition. Nous proposons un algorithme générique pour l'approche CRDT basée sur une notion d'indépendance dans la structure de données. Nous avons étendu nos travaux afin de réaliser l'opération de déplacement d'un sous-arbre et de prendre en compte le typage XML. Peu de travaux abordent ces deux points qui sont très utiles pour l'édition de documents. Finalement, nous donnons les résultats expérimentaux obtenus avec un prototype permettant de valider notre approche.

À l'interface entre informatique distribuée et en génie logiciel, nous présentons trois contributions liées aux problématiques de réutilisation du logiciel dans trois cas représentatifs de systèmes distribués grande échelle: les réseaux logiques pair-à-pair, les protocoles épidémiques, et les intergiciels de grille. Les travaux que nous présentons portent sur trois problématiques différentes mais néanmoins liées de ces systèmes: la tolérance aux pannes modulaire (dans les réseaux pair-à-pair), la programmabilité des systèmes à composants (dans les protocoles épidémiques), et l'analyse interactive de performances (dans les intergiciels de grille). Le message qui se dégage de nos travaux est double. Nos contributions démontrent tout d'abord en termes concrets l'intérêt d'abstractions logicielles réutilisables pour les systèmes distribués grande échelle. Nos travaux illustrent par ailleurs la tension inhérente entre réutilisation et complexité logicielle dans les plates-formes distribuées modernes. Notre travail sur les protocoles épidémiques montre par exemple comment une approche de développement par composants peut être combinée à un langage métier dédié pour une plus grande programmabilité. De même notre analyse d'un intergiciel de grille (Globus) illustre clairement les difficultés introduites par la réutilisation logicielle dans les plates-formes distribuées d'aujourd'hui, et comment ces difficultés peuvent être abordées dans le cas du diagnostic en combinant des principes de rétro-conception architecturale avec une analyse dynamique de performances.