Le palmier dattier (Phoenix dactylifera L.) est une espèce fruitière dioïque tropicale qui revêt une importance capitale sur le plan alimentaire, socio-économique et écologique pour les régions arides du globe. Malgré l'intérêt de disposer d'un outil moléculaire pour discriminer les plante s mâles et femelles pour les programmes d'amélioration génétique, aucun marqueur spécifique du sexe n'a été identifié et validé à ce jour. Afin de pouvoir étudier et comprendre le déterminisme sexuel du palmier dattier, nous avons entrepris la description et la caractérisation des processus cellulaires et moléculaires associés à la différenciation des organes sexuels. L'étude histologique du développement reproducteur a montré que le bourgeon floral est d'apparence bisexuelle jusqu'à l'initiation des primordia de l'androcée et du gynécée. Le premier dimorphisme sexuel observé à ce stade correspondant à un gynécée plus large dans les fleurs femelles résulterait d'une activité mitotique plus importante dans les cellules du gynécée fertile par rapport à son équivalent non fonctionnel. Les organes sexuels stériles, staminodes et pistillodes, cessent ensuite leur développement et présentent une différentiation incomplète. Des études d'hybridation in situ de l'expression du gène codant l'histone H4, marqueur de l'activité mitotique, ont montré que le blocage du développement des staminodes et des pistillodes serait dû à un arrêt des divisions cellulaires. Nos investigations de l'intégrité cellulaire par des observations en microscopie électronique à transmission et par coloration de l'ADN confirmeraient que l'avortement des organes stériles ne résulte pas d'un processus de dégradation cellulaire et nucléaire. De plus, l'étude de la méthylation de l'ADN par immunodétection des cytosines méthylées révèle que, par rapport aux organes fertiles, les pistillodes et les staminodes se distinguent par leur niveau plus élevé de méthylation. Ces résultats sont en cohérence avec la réversibilité du blocage de ces organes observés in planta ou in vitro en réponse à une induction hormonale. L'ensemble de ces données montrent que l'unisexualisation des fleurs de palmier dattier est associée à une hyperméthylation globale de l'ADN suivi d'un arrêt des divisions cellulaires dans les organes sexuels stériles. Cette étude a permis d'améliorer nos connaissances sur les mécanismes qui gouvernent la différenciation des organes sexuels et permettra d'ouvrir des perspectives pour l'identification de marqueurs moléculaires du sexe chez le palmier dattier. / The date palm (Phoenix dactylifera L.) is a dioecious tropical fruit crop plant which has vital dietary, socio-economic and ecological importance in arid regions of the world. Despite the interest of developing molecular tools to discriminate male and female plants for the benefit of biodiversity preservation and genetic improvement programs, no sex-specific markers have been identified and validated to date. To study and understand the sex determination of date palm, we undertook to characterise the cellular and molecular processes underlying sex organ differentiation in this plant.A histological study of date palm reproductive development showed that the immature flower is bisexual in appearance until the initiation of the androecium and gynoecium. The first sign of sexual dimorphism is observed at this stage, namely a wider gynoecium in female flowers resulting from greater mitotic activity in the functional gynoecium of female flowers compared to the pistillode of male ones. The sterile sex organs (pistillode and staminodes) were observed to cease their development by progressive loss of cell proliferation and ultimately displayed incomplete differentiation.Cell division patterns and the nuclear integrity of reproductive organs were investigated respectively by RNA in situ hybridization to a histone H4 gene probe and by DNA coloration combined with scanning electron microscopy. The results obtained revealed an absence of cell cycle activity and nuclear degradation in the residual sex organs. In addition, a study of DNA methylation, by immunodetection of methylated cytosines revealed that compared to the fertile reproductive organs, staminodes and pistillodes displayed relatively high levels of global DNA methylation. These results are consistent with the observed reversibility of sterile organ developmental arrest observed in planta or in vitro in response to hormonal induction. Overall, these data demonstrate that the floral unisexuality of date palm is characterized by cell cycle arrest, higher DNA methylation in sterile sexual organs and an absence of cell degeneration rather than a cell death process. This study has improved our understanding of the mechanisms that govern the differentiation of sex organs and forms a useful starting point for research on the identification of molecular markers of sex determination in date palm.Kewords: Date palm - flower - sex determination - cell cycle - DNA methylation

La Maladie de la Feuille Cassante du Palmier dattier (Phoenix dactylifera L.) constitue un cas d'émergence d'une maladie à fort impact économique causée par un agent étiologique inconnu. Notre stratégie a visé à élaborer une approche sans à priori de l'émergence pouvant être transposée à n'importe quelle situation de ce type. En nous appuyant sur des caractérisations successives des compartiments viraux, bactériens et fongiques de tissus sains et malades, nous avons cherché à mettre en évidence des différences de composition spécifiques et de distribution de ces flores sur 2 campagnes de prélèvements réalisées en 2010 et 2012. Alors que la microscopie électronique à transmission nous a permis de visualiser des structures d'origine virale probable au niveau des chloroplastes du parenchyme chlorophyllien, une étude moléculaire de séquençage de gènes ribosomaux nous a permis de corréler l'apparition de ces structures a de profondes modifications qualitative et quantitative de la microflore endophyte. Ainsi il nous est apparu que la symptomologie de la maladie était corrélée à une modification profonde de la distribution spécifique de la microflore endophyte, visible à la fois au niveau du compartiment fongique et bactérien, suggérant la complète disparition de la pression de sélection exercée par le palmier sain sur sa flore et mise en évidence dans les 2 cas, par un shift d'une répartition de type Poisson vers une répartition normale. Dans le compartiment fongique, une claire déplétion des Pleosporaceae, associées à la plante saine pouvait ainsi être liée à une apparition de nouvelles familles (Trichocomaceae et Mycosphaerellaceae). De même, parmi les bactéries, une disparition des Rhizobium et Ensifer sp associés au compartiment racinaire de la plante saine a ainsi pu être mise en évidence, ces espèces pouvant servir ultérieurement d'indicatrices de bonne santé des palmiers. Dans une deuxième partie de notre travail nous avons cherché à utiliser des éléments de la flore endophyte mais également de substances naturelles dans la lutte biologique contre d'autres pathogènes du palmier. Ainsi, un antagonisme a été mis en évidence entre une souche endophyte d'Arthrobacter agilis et un pathogène majeur, Fusarium oxysporum sp Albedinis / The Brittle Leaf Disease of the Date Palm Tree (Phoenix dactylifera L.) constitutes a case study of an emerging disease of economic impact caused by a yet uncharacterized etiologic agent. Our strategy was to develop an approach that could be indistinctly transposed to any situation of this type. While basing our investigations on the successive characterization of the diversity of viral, bacterial and fungal endophytic compartments of healthy and diseased Palm trees, we aimed at enlightening differences in species composition but also distribution over two sampling campaigns performed in 2010 and 2012. While transmission electronic microscopy allowed us to visualize structures of probable viral origin affecting chloroplasts of the chlorophyllic cell layer, a molecular approach based on ribosomal gene sequencing allowed us to evidence correlations between the occurrence of such structures and deep modifications of the structure of the palm date tree associated endophytic flora suggesting a strong depletion of the ability of the palm to control its associated endophytes. This was evidenced in both fungal and bacterial compartments by a shift from a Poisson like diversity distribution towards a Gaussian distribution in the flora associated to MFC affected palms. In the fungal compartment, Pleosporaceae, that dominated in healthy palms were replaced by an opportunistic flora of Trichocomaceae and Mycosphaerellaceae. Among bacteria, the disappearance of Rhizobium and Ensifer species, typically associated to the root compartment of healthy palms was enlighten, suggesting that these species could indeed be used as biomarkers of healthy plant status. In a second part of this study, we investigated the potential use of cultivable palm endophytes, but also natural compounds for biocontrol applications. In particular, we evidence the antagonistic potential of Arthrobacter agilis, a palm endophyte, against a major palm date disease agent, Fusarium oxysporum sp. Albedinis.

L’abscission des organes chez les végétaux est hautement régulée au cours du développement. Ce processus physiologique qui consiste à diminuer l’adhésion entre deux cellules adjacentes dépend de l’environnement, du stress, de l’attaque de pathogènes ou encore de l’état physiologique de la plante. L’abscission du fruit et de la graine jouent un rôle déterminant dans le cycle de vie de la plante et en particulier, un rôle central dans la dispersion des graines. C’est également un caractère commun de domestication avec des conséquences économiques pour la plus part des espèces cultivées. Le palmier à huile (Elaeis guineensis) est largement cultivé dans toutes les zones tropicales et l’huile de palme représente aujourd’hui plus d’un tiers des huiles végétales produites dans le monde. La maturation des fruits au sein des régimes est asynchrone. Ainsi, les fruits les plus murs tombent avant le murissement complet du régime, entrainant une baisse du rendement d’une part et rendant leur collecte manuelle fastidieuse et couteuse d’autre part. Dans ce context, le contrôle ou la réduction de la chute des fruits permettrait une meilleure gestion de la récolte à des couts réduits. Dans le cadre de cette étude, un protocole de phénotypage du processus d’abscission du fruit du palmier à huile a été développé et utilisé pour identifier des génotypes à faible ou retard d’abscision des fruits arrivés à maturité. En parallèle, des analyses comparatives de transcriptomes et de protéomes issus de la zone d’abscission (ZA) du fruit ont été conduites tout au long du processus de séparation cellulaire, déclenché au laboratoire par un traitement à l’éthylène ou bien de manière naturelle au champ. Au total 1957 gènes présentent une expression différentielle significative dans la ZA du fruit au cours du processus d’abscission induit par l’éthylène. Parmi ces gènes, 64 sont spécifiquement (ou majoritairement) exprimés dans la ZA des fruits arrivés à maturité par comparaison avec les tissus où le processus de séparation cellulaire n’est pas observé (pédicelle et mésocarpe des fruits murs ; ZA non fonctionnelle des fruits immatures). Le profil d’expression de ces 64 gènes candidats a été également analysé dans la ZA des fruits mûrs prélevés au champ, afin de conforter leur rôle potentiel au cours de l’abscission déclenchée naturellement. Ainsi, en utilisant les nouvelles technologies de séquençage du transcriptome et du protéome, couplées à une analyse biochimique et cellulaire des modifications de la paroi dans la ZA, ce travail a permis de mettre en évidence la conservation de certains processus moléculaires associés à l’abscission des organes chez les monocotylédones par comparaison avec les espèces modèles dicotylédones, telles que la tomate et Arabidopsis. Par exemple, l’identification de gènes codant des polygalacturonases très proches de celles qui sont impliquées dans l’abscission de la fleur chez Arabidopsis suggère la conservation de leur fonction dans l’hydrolyse de la pectine des cellules des ZA, malgré la divergence phylogénétique entre les espèces. Enfin, ce travail a permis également d’identifier de nouveaux régulateurs associés au processus de séparation cellulaire et fournir une liste de gènes associés à des processus biologiques étroitement liés à la fonction de la ZA chez le fruit du palmier à huile. / Plant organ abscission is a complex developmental process that involves cell separation regulated by the environment, stress, pathogens and the physiological status of the plant. In particular, seed and fruit abscission play a central role in seed dispersion and plant reproductive success, and are common domestication traits with important agronomic consequences for many crop species. Oil palm (Elaeis guineensis) is cultivated throughout the tropical regions as one of the most economically important oil crop species in the world. The unsynchronized ripening of the oil palm fruit bunch leads to the abscission of the ripest fruit and consequently high labor cost for harvest and loss of yield. In this context, the control of oil palm ripe fruit abscission is an important agricultural concern for the cultivation of oil palm in a sustainable and cost effective way. In the present study, a protocol to phenotype the oil palm fruit abscission process was developed and used to identify a tree in the field that does not undergo ripe fruit abscission. In parallel, transcriptome and proteome analyses of the oil palm ripe fruit abscission zone (AZ) during abscission induced experimentally by ethylene compared to the AZ undergoing natural abscission in the field was performed. A total of 1,957 candidate genes were identified statistically as differentially expressed in the ripe fruit AZ during ethylene-induced abscission. Furthermore, a total of 64 of these differentially abundant candidates were statistically specific or enriched at least during one time point of the ethylene induced abscission, compared to their profiles in the AZ of immature fruit and the pedicel of ripe fruit, where cell separation is not observed. The profiles of these gene candidates were examined in the ripe fruit AZ undergoing natural abscission in the field to validate their potential role during abscission. Finally, the profiles of selected candidate genes were then examined in the AZ of the tree observed not to undergo fruit abscission in the field. The combined approaches provide evidence of wide scale conservation of the molecular components involved in organ abscission of this monocot compared with the model dicot plants tomato and Arabidopsis. For example, the identification of polygalacturonases very similar to those that function during Arabidopsis floral organ abscission suggests a conservation of the components for pectin disassembly despite the phylogenetic distance between these species. In addition, the data from the global analysis and complementary molecular, cellular and biochemical approaches suggest novel components and provide a robust list of genes and processes important for AZ function during ripe fruit abscission of this important monocot crop species.

A travers cette thèse, nous avons pu valoriser les rejets agricoles du palmier dattier (Phoenix L. dactylifera) (fibres issues des folioles) par leur introduction comme renfort fibreux dans la préparation des biocomposites à matrice polyépoxyde (DGEBA/IPD). Le but de la première partie de la thèse était l'étude de la modification chimique des fibres de palmier par oxydation au 2,2, 6,6-tétraméthylpipéridine-1-oxyle (TEMPO). Le suivi cinétique et la topologie de la réaction, ainsi que la caractérisation des fibres à l'état brut et à l'état oxydé, ont été aussi étudiés. Un modèle cinétique original a été proposé ensuite rendant compte du caractère hétérogène de cette réaction chimique. La deuxième partie était consacrée à l'étude cinétique et rhéocinétique de la polymérisation du système DGEBA/IPD seul et en présence de fibres brutes et oxydées. Parallèlement, l'étude thermique de la polymérisation du réseau final a été également réalisée. La dernière partie avait comme but l'étude des propriétés mécaniques aux petites et grandes déformations de ces composites et mettre en évidence l'effet de l'oxydation des fibres sur ces propriétés. D'autre part, le suivi de mise en forme par RTM (moulage par transfert de résine) a montré un effet positif de l'oxydation sur le déroulement de l'injection. Une meilleure mouillabilité du mat des fibres oxydées par la résine est à l'origine de l'amélioration du procédé.

En raison de sa richesse en ressources génétiques, et des utilisations traditionnelles locales qui en sont faites, la biodiversité végétale issue du bassin amazonien constitue une véritable source de principes actifs à valoriser. L’espèce Euterpe oleracea Mart., vernaculairement appelée baie d’açai, qui connaît un intérêt scientifique important, est le parfait exemple de ressources naturelles bioactives valorisées issues de cette zone géographique. Les études scientifiques lui confèrent de très nombreuses propriétés biologiques, mais, la plus connue et la plus médiatisée est sa capacité antioxydante liée majoritairement à sa composition polyphénolique. En Guyane française, on peut parler de « diversité » au sein de la famille des Palmiers puisque plus de 75 espèces y ont été recensées. Parmi lesquelles, on peut citer une espèce très commune ayant des propriétés surtout alimentaires, et dont la connaissance phytochimique reste, à l’heure actuelle, très limitée : l’Oenocarpus bataua Mart dit patawa. Ce sujet de thèse de doctorat s’articule autour de la mesure de l’activité antioxydante du fruit mûr de ce palmier, et de la détermination des polyphénols responsables de cette dernière. La singularité de ce travail réside dans l’étude des différentes composantes tissulaires du fruit : mésocarpe, épicarpe et mélange épicarpe/mésocarpe (MEM). Dans un premier temps, les conditions les plus favorables d’extraction de biomolécules (notamment de l’épicarpe et du mésocarpe) ont été définies à l’aide du test DPPH. Les tests préliminaires effectués sur les tissus pris séparément, ont conduit à sélectionner un mélange acétone/eau (70/30, v/v) pour révéler, au mieux, la capacité antioxydante de chaque partie du fruit. Une étape de délipidation initiale s’est avérée nécessaire dans le cas de l’étude du mésocarpe. La confirmation de l’activité antioxydante a été réalisée au moyen d’autres tests d’activité chimique (TEAC, FRAP, ORAC), et a été complétée par l’utilisation d’un test d’activité biologique (KRL) en raison de ses mécanismes réactionnels plus complets. Il en ressort que le tissu végétal le plus antioxydant est le mésocarpe qui contient des proanthocyanidines, famille de composés phénoliques connue pour ses nombreuses activités biologiques.Le même travail a été effectué sur les tissus regroupés (fruit global ou MEM). Ainsi, a été retenue l’utilisation du solvant mixte acétone/eau sans étape de délipidation initiale. La capacité antioxydante du fruit étudié a été comparée à celle de l’açai, espèce choisie comme référence. Il s’avère que les extraits d’açai ont une activité antioxydante très supérieure à celle du patawa lorsqu’ils sont testés vis-à-vis de l’ORAC et du KRL. Le tissu mésocarpe a, lui, démontré une capacité antioxydante supérieure à celle de l’açai. Ces résultats sont à associer avec la composition phytochimique propre à chaque fruit. La composition polyphénolique du fruit de patawa, déterminée par UPLC/MSn, supposerait la présence d’anthocyanes, de tanins condensés, de stilbènes et d’acides phénoliques. Ces travaux, qui méritent d’être approfondis, en particulier pour le mésocarpe, ouvrent de nouvelles perspectives d’utilisation du fruit patawa, en particulier l’incorporation de composés phénoliques issus du mésocarpe dans des formulations galéniques ayant attrait aux domaines de la Nutrition, de la Cosmétique et de la Pharmaceutique. / Due to its wealth in genetic resources, and to traditional uses, plant biodiversity issued from the Amazonian Basin is a real source of active process to valorize. The specie Euterpeoleracea Mart., usually called acai berry, which is experiencing a huge scientific interest, is the perfect example of valued natural bioactive resources from the geographic area. Scientific studies give it many biological properties, but the most known is its antioxidant property mainly due to its polyphenolic composition. In French Guiana, we can use the term “diversity” within the palm family with more than 75 species identified. Among them is a common species, Oenocarpus bataua Mart., called “Patawa”, mainly with alimentary properties but for which knowledge of phytochemical properties is until now very poor. The present research deals with determining the antioxidant activity of this palm fruit and with the identification of the polyphenols responsible for it.The uniqueness of this work lays in the study of the different tissue components of this fruit namely the mesocarp, the epicarp and mixing epicarp / mesocarp (MEM). In a first time, the most favorable extraction conditions of biomolecules (particularly of the epicarp and mesocarp) were defined using the DPPH test. The preliminary tests performed on those tissues taken separately, have led to select an acetone / water (70/30, v / v) to reveal, at best, the antioxidant capacity of each part of the fruit. An initial defatting step was necessary in the case of the study of the mesocarp. The confirmation of the antioxidant activity was carried out by other tests of chemical activity (TEAC, FRAP, ORAC), and was supplemented by the use of a bioassay (KRL) due to its more complete reaction mechanisms. Results point out that the most antioxidant tissue is the mesocarp that contains proanthocyanidins, phenolics of a chemical family known for its numerous biological activities.The same work was performed on tissues combined (overall result). The mixed solvent acetone / water, without initial defatting step, has been selected. The antioxidant capacity of fruit was compared to that of the Acai specie chosen as a reference. It turns out that acai extracts have antioxidant activity much greater than that of Patawa when tested vis-à-vis of ORAC and KRL. In contrary, mesocarp tissue has a greater antioxidant capacity than that of Acai. These results can be associated with the phytochemical composition of each fruit. The polyphenolic composition of the fruit of Patawa determined by UPLC / MSn, reflects the presence of anthocyanins, condensed tannins, stilbene and phenolic acids. This work, which deserves to be deepened, especially for the mesocarp tissue, opens new prospects for the use of Patawa fruit, especially the incorporation of phenolic compounds from the mesocarp in pharmaceutical formulations linked to the fields of Nutrition, of Cosmetics and Pharmaceuticals.

Je conseille aujourd'hui de se reporter à l'ouvrage qui reprend les idées de cette thèse, paru en 2005 aux éditions IRD, en libre accès à cette adresse:<br />http://hal.archives-ouvertes.fr/halshs-00004609/<br />------------------------<br />L'objectif de ce travail portait sur les relations entre les sociétés et leur milieu naturel. Plusieurs éléments m'incitèrent à travailler sur un modèle de la vie oasienne plus complexe. Ce fut d'abord l'ubiquité d'un déconcertant exotisme dans l'analyse scientifique et ce fut par ailleurs une tendance simplificatrice à concevoir l'oasis comme un « point fertile dans le désert » facile à saisir et comme définie exclusivement par une approche essentialiste de l'élément rare, l'eau.<br /><br />Mes études antérieures en biologie m'encouragèrent à consacrer spécialement mon travail aux palmeraies des oasis. J'ai surtout travaillé sur une région du Sud tunisien, le Jérid, mais aussi sur Djanet, dans le sud de l'Algérie, et Zagora au Maroc.<br /><br />Pour saisir ces relations entre les sociétés oasiennes et leur environnement, j'ai évité le dualisme nature / culture, en fusionnant ces catégories et poursuivant le projet d'établir une socioécologie oasienne.<br /><br />La construction de la nature oasienne fut analysée en se basant sur sa structure spatiale à trois niveaux, du large (l'oasis en général) au restreint (le jardin). Selon leur localisation dans l'espace, trois niveaux de possibilités de praxis oasienne sont différenciés. Dérivant de l'organisation de l'espace, les niveaux correspondants de temporalités peuvent être distingués ; ils autorisent ces différentes praxis.<br /><br />S'il est toutefois illusoire de définir une « norme oasienne » (ethnographique) pour les procès socioécologiques. Les praxis varient selon les différentes catégories d'acteurs. Ou plutôt, les acteurs du monde oasien usent de ressources variées selon la situation dans laquelle ils sont engagés et ces ressources sont certes des ressources naturelles, mais tout aussi des ressources d'ordre conceptuel ou idéel : ce que tel ou tel ensemble d'idées de la nature (de la nature) permet et facilite comme type de relation à l'environnement.<br /><br />Les jardiniers des oasis, on le vérifie, n'agissent pas sur leur environnement selon une norme dont la praxis serait déterminée strictement par le milieu ou la société. Il n'y a pas de préséance de la société ou du milieu comme facteur déterminant. Il y a conjugaison des deux et on peut évaluer leurs influences relatives selon la trame oasienne d'espace et de temps. Cette approche circonspecte de la complexité oasienne éclaire les relations équivoques du chercheur à son objet (méthodologie), de l'individu à sa société (sociologie) et de la société à son milieu (écoanthropologie).

Ce travail s’inscrit dans le cadre d’un programme de recherches appuyé par le Conseil de recherches en sciences humaines du Canada. / Les forêts de Bornéo sont inestimables. En plus d’une faune et d’une flore riche et diversifiée, ses milieux naturels constituent d’efficaces réservoirs de carbone. En outre, la matière ligneuse qui y est abondante fait l’objet d’une exploitation intensive. Par contre, c’est le potentiel agricole de l’île qui crée le plus d’enthousiasme, principalement en ce qui concerne la culture du palmier à huile. Pour tenter de mieux comprendre et surveiller le phénomène, nous avons développé des méthodes de détection de la déforestation et de la dégradation des forêts. Ces méthodes doivent tenir compte des caractéristiques propres à l’île. C’est que Bornéo est abondamment affectée par une nébulosité constante qui complexifie considérablement son observation à partir des satellites. Malgré ces contraintes, nous avons produit une série chronologique annuelle des points chauds de déforestation et de dégradation des forêts pour les années 2000 à 2009. / Borneo’s forests are priceless. Beyond the richness and diversity of its fauna and flora, its natural habitats constitute efficient carbon reservoirs. Unfortunately, the vast forests of the island are rapidly being cut down, both by the forestry industry and the rapidly expanding oil palm industry. In this context, we’ve developed methods to detect deforestation and forest degradation in order to better understand and monitor the phenomena. In doing so, the peculiarities of Borneo, such as the persistent cloud cover, had to be accounted for. Nevertheless, we succeeded in producing a time series of the yearly forest degradation and deforestations hotspots for the year 2000 through the year 2009.

Le motif du palmier, qui apparaît dès la fin du IVe millénaire av. J.-C. en Égypte et en Mésopotamie, connaît une très large diffusion dans la Méditerranée antique, durant les second et premier millénaires av. J.-C. Il s’inscrit dans la tradition artistique, culturelle et religieuse d’un grand nombre de régions : le Levant, l’île de Chypre, la Grèce, la Méditerranée occidentale. Bâtie sur ce champ d’étude, géographiquement et chronologiquement très large, cette thèse examine la répartition du motif résultant de contacts et d’échanges entre les différentes civilisations et met en lumière l’élaboration d’une iconographie spécifique, propre à chacune d’entre elles. Certains développements symboliques – tels l’aspect cultuel du palmier et le rapprochement ou l’assimilation de l’arbre avec l’être humain, et plus particulièrement avec la femme –, apparaissent récurrents et permettent d’examiner la question de la continuité, ou non, du motif dans les différents groupes d’images étudiées et la façon dont la vision de l’arbre se manifeste dans chacune des civilisations. / The pattern of the palm-tree, which appears as soon as the end of the IVth millennium BC in both Egypt and Mesopotamia, experiences a vast diffusion across the Ancient Mediterranean world during the IInd and Ist millennium BC. Its style situates it in the artistic, cultural, and religious tradition of a large number of regions: the Levant, Cyprus island, Ancient Greece, and the Western Mediterranean. This thesis, built on wide geographical and chronological fields of study, investigates the geographical distribution of the pattern arising from contacts and exchanges between various civilizations and highlights how a specific iconography, proper to each civilization, has been elaborated. Some symbolic developments, such as the religious aspect of the palm-tree and the connection or assimilation of the tree to humans, in particular to women, appear recurrent and allow one to address the question of the continuity of the pattern in various picture samples and the way the view of the tree manifests itself in each of these civilizations.

Les perturbations environnementales d’origine anthropique favorisent l’établissement de populations invasives. La gestion de ces populations est primordiale pour la santé publique (zoonose, famine), l’environnent (perte de biodiversité), et l’économie (dégâts). L’objectif de cette thèse pluridisciplinaire, menée en conditions naturelles, est d’améliorer les connaissances sur les populations invasives de rongeurs dans des paysages agricoles à grande échelle et d’appréhender les mécanismes d’adaptation qui favorisent une réponse positive aux pressions anthropiques. Les résultats montrent que (1) le rat endémique Rattus tiomanicus, dont la présence est associée à la typologie de l’habitat naturel, et le rat introduit Rattus tanezumi-R3, dont la présence est associée aux activités humaines, constituent les populations invasives des plantations de palmier à huile en Indonésie; (2) leur distribution géographique clinale est probablement contemporaine à l’anthropisation des milieux, et suppose une compétition inter-spécifique; (3) ces grandes populations sont spatialement continues avec un flux génique limité par la distance géographique (caractérisées par un patron d’isolement par la distance) et potentiellement influencé par les transports routiers; (4) R. tanezumi-R3 possède une forte résistance physiologique aux raticides AVK, dont l’origine n’est pas associée à une mutation génétique de la molécule cible mais probablement liée aux enzymes du métabolisme. Ces travaux soulignent des stratégies d’adaptations comportementales et physiologiques des populations invasives de rongeurs en milieux agricoles et procurent des bases pour l’élaboration de stratégies de lutte adaptée / Anthropogenic activities modulate landscape and promote the establishment of invasive populations. Management of these populations represents a major issue for public health (zoonotic disease, famine), environment (biodiversity loss) and economy (damages). This multidisciplinary thesis has been conducted in natural conditions on populations of rodents infesting agricultural landscapes at large scale. This work aims to understand biological mechanisms that promote adaptations to anthropogenic pressures. The results suggest that (1) two species may infest oil palm plantations in Indonesia: an endemic rat Rattus tiomanicus - which presence is associated with natural habitat typology - and an introduced rats Rattus tanezumi-R3 - which occur in association with the Human Footprint- ; (2) clinal geographic distribution of these species is probably due to both phylogeography and contemporary human activities, and suggest interspecific competition; (3) genetic isolation by distance patterns among these populations, and restricted gene flow potentially influenced by road transport; (4) R. tanezumi-R3 developed a strong physiological resistance to coumatetralyl under AVK exposure. This resistance is not associated with a genetic mutation of the target molecule, and may relate to metabolic enzymes. This work highlights behavioral and physiological adaptations of invasive populations of rodents in agricultural landscape, and thus provides scientific basis for integrated pest management

Le palmier-dattier constitue une des rares cultures à vocation alimentaire adaptées aux conditions climatiques extrêmes (sécheresse, salinité), telles que rencontrées à Djibouti. Dans un contexte de ressources en eau fortement limitées, la connaissance des modalités de l’alimentation hydrique du palmier dattier est essentielle. L’objectif de ce travail de recherche est d’acquérir cette connaissance, dans le contexte pédoclimatique de Djibouti, par la réalisation d’un suivi in situ du fonctionnement hydrique du système sol-palmier, à l’échelle d’un individu, et la quantification du puits racinaire du palmier-dattier. Un palmier-dattier, pleinement développé, a été instrumenté à l’échelle de la cuvette d’irrigation, à l’aide de plusieurs tubes d’accès de sonde à neutrons, pour le suivi de la teneur en eau volumique du sol, et de plusieurs tensiomètres, répartis de 10 à 160 cm de profondeur. Trois expériences d’infiltration/redistribution a été réalisées successivement, la première sans altérer le fonctionnement du système sol-palmier, la seconde après avoir coupé le palmier, tout en permettant l’évaporation de la surface du sol, la dernière après avoir couvert la surface du sol afin d’empêcher l’évaporation. Les résultats mettent en évidence une forte hétérogénéité des propriétés hydriques du sol, avec une stratification liée au contexte sédimentaire littoral. L’impact du puits racinaire sur la dynamique hydrique du sol est observé jusqu’à 80 cm de profondeur. Pour la période fraîche, les besoins en eau du palmier dattier sont estimés à 130 L par jour, avec une fréquence d’irrigation d’une fois toutes les 2 semaines. Pour la première fois, le coefficient cultural du palmier dattier (kc = 1,39) a été établi dans les conditions climatiques de Djibouti. Les résultats obtenus contribueront à une meilleure gestion de l’irrigation et à une meilleure maîtrise du risque de salinisation du sol dans le contexte pédoclimatique de la République de Djibouti. / Date palm is one of the few food crops adapted to the extreme weather conditions (drought, salinity), such as encountered in Djibouti. In the context of highly limited water resources, knowledge of the date palm water requirements is essential. The objective of this research was to determine the date palm water requirements, in the Djibouti pedoclimatic context, using in situ monitoring of water transport in the soil-plantatmosphere system, at the scale of a single date palm tree, and to quantify the date palm root water uptake. A fully developed date palm tree was instrumented at the irrigation basin scale, using several access tubes for neutron probe for monitoring the soil volumetric water content, and several tensiometers, installed from 10 to 160 cm depth. Three infiltration/redistribution experiments have been performed successively, the first without alteration of the soil-plant system, the second after cutting off a date palm tree while allowing the surface evaporation, the last with covering the soil surface to avoid evaporation. The results show large heterogeneity in soil hydraulic properties, with stratification linked to the coastline sedimentary context. The root water uptake is observed up to 80 cm depth. The date palm water requirements in the fresh period are estimated at 130 liters per day with a frequency of irrigation of one time every two weeks. For the first time, the date palm cultural coefficient has been established in the Djibouti climatic conditions (kc = 1.39). The obtained results will contribute to better management of irrigation and to improve the control of soil salinization in the pedoclimatic context of the Republic of Djibouti.