A resistência aos antibióticos dos patógenos mais comuns do trato respiratório está aumentando mundialmente. Recentemente, Streptococcus pneumoniae resistente à penicilina tem sido isolado em diversos países, e a freqüência dessas cepas tem elevado de modo alarmante. O aumento da resistência, com conseqüentes implicações terapêuticas, tem levado a uma reavaliação do uso dos antibióticos ß-lactâmicos para o tratamento de infecções pneumocócicas. No presente trabalho, um total de 107 amostras de Streptococcus pneumoniae, obtidas de materiais provenientes de pacientes adultos ambulatoriais e hospitalizados, em dois centros médicos de duas cidades do Rio Grande do Sul (Porto Alegre e Caxias do Sul), os quais apresentavam quadro clínico-radiológico de infecção pulmonar, foram analisadas com o objetivo de estudar-se a resistência do germe à penicilina. As amostras constituídas de escarro (80,4%), lavado brônquico (13,5%) e aspirado traqueal (6,6%) foram coletadas no período compreendido entre Julho de 1998 e Julho de 1999. O material foi semeado em meio de Agar sangue e as colônias suspeitas de Streptococcus pneumoniae foram transferidas para meio de Mueller-Hinton para teste de optoquina e de sensibilidade à penicilina com discos de oxacilina. Um halo de inibição da oxacilina menor do que 20 mm indicava a realização de teste para determinação da concentração inibitória mínima (MIC) com E-test. Um total de nove cepas foi identificado como tendo resistência intermediária à penicilina (MIC 0,1-1,0μg/ml) e nenhuma cepa resistente (resistência elevada: MIC > 2,0 μg/ml) foi identificada. Uma monitorização local das cepas quanto à resistência antimicrobiana é de grande importância para os clínicos no manejo de infecções pneumocócicas. / Antibiotic resistance to the common respiratory tract pathogens is increasing worldwide. Recently, penicillin-resistant pneumococci have been isolated in several countries, and the incidence of these strains has risen alarmingly. The increased of resistance with consequence therapeutic implications has led to a re-evaluation of ß-lactam antibiotics for the treatment of streptococcal infections. In present study a total of 107 isolates of Streptococcus pneumoniae from samples of adult hospitalizated patients ando outpatients were prospectively collected in 2 different medical centers of Rio Grande do Sul - Brazil (Caxias do Sul and Porto Alegre) with clinical and radiologyc signs of respiratory infections, were analyzed with objective to study the penicillin-resistant pneumococci. The samples consisting of sputum (80,4%), bronchial lavage (13,5%) and inhaled traqueal (6,6%) had been colected in the period understood between 98 July and 99 July. The material was sown in agar-blood and the colonies suspicion of Streptococcus pneumoniae had been transferred to Mueller-Hinton for test of optochin and for sensitivity to penicillin test with oxacilin disks. One inhibition of the lesser that 20 mmm for oxacilin indicates the test accomplishment to determine minimum inhibitory concentration (MIC) with E-test. A total of 9 strains were intermediate-resistant to penicillin (MIC 0,1-1,0μg/ml) and neither was resistant to penicillin (MIC > 2,0 μg/ml). Monitoring local of antimicrobial resistant strains is of great importance to clinicians for the management of pneumococcal infections.

A gonorréia permanece até os dias atuais como um problema de saúde pública. A resistência plasmidial à penicilina, em cepas de Neisseria gonorrhoeae, constitui um problema crescente, preocupando autoridades sanitárias em todo o mundo. O conhecimento das características epidemiológicas e da dinâmica destas cepas na população é imperativo, para o sucesso de intervenções de combate e controle da gonorréia no Brasil e no mundo. Os fenômenos de instalação, manutenção e propagação da Neisseria gonorrhoeae produtora de penicilinase são ainda pouco conhecidos. Este trabalho estudou as características fenotípicas (comportamento de sensibilidade às drogas antimicrobianas, características do plasmídio de resistência, auxotipo e sorotipo), da Neisseria gonorrhoeae produtora de penicilinase (NGPP), objetivando fornecer conhecimentos quanto aos fenômenos de instalação, manutenção e propagação destas cepas, de forma a contribuir com o programa de combate e controle da gonorréia na cidade de São Paulo e no Brasil. Foram estudadas 15 cepas de Neisseria gonorrhoeae produtora de penicilinase (NGPP) e 50 de Neisseria gonorrhoeae não produtora penicilinase (não NGPP), isolados no serviço de Doenças Sexualmente Transmissíveis (DST) da Faculdade de Saúde Pública da Universidade de São Paulo, no período de abril de 1985 a abril de 1990. Com uma incidência de 3,11 por cento de cepas de NGPP, os resultados permitiram colaborar para formação de perfil epidemiológico das cepas produtoras de penicilinase na cidade de São Paulo. Quanto as características de sensibilidade aos antimicrobianos, foram observados altos níveis de resistência a tetraciclina. As demais características fenotípicas, plasmídios, auxotipo e sorotipo, demonstram que a cidade de São Paulo é uma região geográfica \"aberta\" ao fenômeno de \"importação\", tendo sido observadas características epidemiológicas descritas em várias outras localidades no mundo. Os resultados obtidos neste trabalho reforçam a necessidade da instalação de um programa de vigilância epidemiológica, visando manter sob controle a dinâmica da Neisseria gonorrhoeae, colaborando com o programa de combate e controle da gonorréia na cidade de São Paulo e no Brasil. / Gonorrhoea has been considered as a public health problem up to these days. The plasmid penicilin resistance, in Neisseria gonorrhoeae strains, is an increasing problem which concerns authorities from the whole world. The Knowledge on the epidemiological characteristics and on the dynamics of these strains in the populations is extremely important for the success of interventions and gonorrhoea contrai programmes in Brazil and in the world. The onset phenomena, maintenance and proliferation of the penicilin producing Neisseria gonorrhoeae (PPNG) are not well known yet. This study presents the phenotype characteristics (sensibility to antimicrobial drugs, plasmid resistance characteristics, auxotype and serotype) of the PPNG. The objectives of the study are to contribute to the knowledge related to the onset phenomena, maintenance and proliferation of these strains, so that we can contribute to the gonorrhoea contrai programme in the city of São Paulo and in Brazil. We studied 15 strains of penicilin producing Neisseria gonorrhoeae (PPNG) and 50 of non penicilin producing Neisseria gonorrhoeae (non PPNG), which were isolated in the Sexually Transmitted Disease Service of the Faculty of Public Health of the University of São Paulo, from April 1985 to April 1990. With an incidence rate of 3.11 per cent of Neisseria gonorrhoeae, the results allowed us to design an epidemiological profile of the penicilin producing strains in São Paulo. Regarding the antimicrobial sensibility characteristics, we observed high leveis of resistance to tetracycline. The other phenotype characteristics (plasmid, auxotype, and serotype) show that the city of São Paulo is a geographic region open to \"importation\" phenomenon, since we have observed epidemiologic charactéristics described in several places in the world. The results of this reinforce the necessity of setting up an epidemiological surveillance programme with the objective of controlling the Neisseria gonorrhoeae dynamics and, in this way, to colaborate with the gonorrhoea control programme in the city of São Paulo and in Brazil.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-31T12:20:37Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudoTeoricoComplexo.pdf: 2354484 bytes, checksum: 80f0f32eb8a6fac1bd5aa7978b92d56f (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-02-01T12:21:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudoTeoricoComplexo.pdf: 2354484 bytes, checksum: 80f0f32eb8a6fac1bd5aa7978b92d56f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-01T12:21:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_EstudoTeoricoComplexo.pdf: 2354484 bytes, checksum: 80f0f32eb8a6fac1bd5aa7978b92d56f (MD5) Previous issue date: 2014-12-12 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Penicillin Binding Proteins (PBPs) are important for the development of new drugs against bacterial infections biological targets. This study was aimed to understand the interaction between the protein and cefoxitin 5 Penicillin-Binding (PBP5) of Escherichia coli (deposited in the PDB under the code 3MZE) through simulation Molecular Dynamics (MD), using the approach hybrid quantum molecular mechanics (QM/MM) and mechanical. As well as develop a prototype to evaluate, through computer simulation, the susceptibility of Gram negative bacteria against antibiotics. The analysis of antimicrobial susceptibility to antibiotics tested has shown that this strain of E. coli ATCC 8739 was sensitive to 5 antimicrobials study. The strain of E. coli derived from the clinical isolate was resistant to ciprofloxacin 5 μg and gentamicin 10 μg, intermediate sensitivity to cefepime 30 μg and ceftazidime 30 μg, and sensitivity to cefoxitina 30 μg. The difference in susceptibility of E. coli strain ATCC 8739 and strain of E. coli isolated from a clinical can show a molecular immunological memory of the bacteria. We observed no production of β-lactamases by the strain of E. coli derived from clinical isolate, suggested because no observed difference in antimicrobial susceptibility with respect to the presence or absence of EDTA on the disks containing the antibiotics. The analysis has revealed that protonation of the deprotonated His146, His151, His216 and His320 residues. The stabilization of the complex was studied after 0,6 ns of MD simulation. Moreover, a decomposition analysis in terms of energy was performed to determine the contributions of individual amino acid residues for protein-ligand interactions. The results revealed that cefoxitin has a strong interaction with Lis44, Lis210, Ser41, Gli212, His213, Glu246 residue, apart from water, which are important for stabilizing cefoxitin-PBP5 complex. The electrostatic potential map Molecular cefoxitin revealed a highly electrophilic center corresponding to the β-lactam ring, which promotes hydroxyl attack nuceofílico the serine residue of the E. coli PBP5 active site region. These results can give support the planning of new more selective and effective drugs to control bacterial infections. The experimental results were statistically consistent with the theoretical results thus this work can be used as a prototype for computing theoretical evaluate the antimicrobial susceptibility to Gram negative bacteria. This study may find applications in future planning and development of new and potent compounds with antimicrobial activity. Mainly in attempts to modify an inhibitor, particularly of the cephalosporin class in order to improve its selectivity and its activity. / As Proteínas de Ligação à Penicilina/“Penicillin Binding Proteins” (PLPs/PBPs) são alvos biológicos importantes para o desenvolvimento de novos fármacos contra infecções bacterianas. Neste estudo, objetivou-se, compreender a interação entre a cefoxitina e a Proteína 5 de Ligação à Penicilina (PBP5) da Escherichia coli (depositado no PDB sob o código 3MZE), através de simulação de Dinâmica Molecular (DM), usando a abordagem híbrida de mecânica quântica e mecânica molecular (QM/MM). Assim como, desenvolver um protótipo para avaliar, através de simulação computacional, a suscetibilidade de bactérias Gram negativas frente a antimicrobianos. A análise da suscetibilidade antimicrobiana aos antibióticos testados revelou que a cepa de E. coli ATCC 8739 foi sensível aos 5 antimicrobianos do estudo. A cepa de E. coli proveniente do isolado clínico apresentou resistência à ciprofloxacina 5 μg e à gentamicina 10 μg, sensibilidade intermediária à cefepime 30 μg e à ceftazidima 30 μg e sensibilidade à cefoxitina 30 μg. A diferença na suscetibilidade entre a cepa de E. coli ATCC 8739 e a cepa de E. coli proveniente de isolado clínico pode evidenciar uma memória imunológica molecular da bactéria. Observou-se ausência de produção de β-lactamases pela cepa de E. coli oriunda de isolado clínico, sugerida por não se ter observado diferença de suscetibilidade antimicrobiana com relação à presença ou à ausência de EDTA nos discos contendo os antimicrobianos. A análise de protonação revelou estarem desprotonados os resíduos His146, His151, His216 e His320. A estabilização do complexo estudado ocorreu após 0,6 ns de simulação de DM. Além disso, uma análise de decomposição em termos de energia foi realizada para determinar as contribuições individuais dos resíduos de aminoácidos para as interações proteína-ligante. Os resultados revelaram que a cefoxitina apresenta forte interação com os resíduos Lis44, Lis210, Ser41, Gli212, His213, Glu246, além da água, os quais são importantes para estabilizar o complexo cefoxitina-PBP5. O Mapa do Potencial Eletrostático Molecular da cefoxitina revelou um centro altamente eletrofílico na região correspondente ao anel β-lactâmico, o que favorece o ataque nuceofílico da hidroxila do resíduo de serina do sítio ativo da PBP5 de E. coli. Estes resultados podem dá suporte para o planejamento de novos fármacos mais seletivos e eficazes no controle de infecções bacterianas. Os resultados experimentais foram estatisticamente condizentes com os resultados teóricos, portanto, esse trabalho pode ser utilizado como um protótipo teórico computacional para avaliar a suscetibilidade antimicrobiana para bactérias Gram negativas. Esse estudo poderá encontrar aplicações futuras no planejamento e desenvolvimento de novos e potentes compostos com atividade antimicrobiana. Principalmente, nas tentativas de modificar um inibidor, em particular da classe das cefalosporinas, a fim de melhorar a sua seletividade e a sua atividade.

A gonorréia permanece até os dias atuais como um problema de saúde pública. A resistência plasmidial à penicilina, em cepas de Neisseria gonorrhoeae, constitui um problema crescente, preocupando autoridades sanitárias em todo o mundo. O conhecimento das características epidemiológicas e da dinâmica destas cepas na população é imperativo, para o sucesso de intervenções de combate e controle da gonorréia no Brasil e no mundo. Os fenômenos de instalação, manutenção e propagação da Neisseria gonorrhoeae produtora de penicilinase são ainda pouco conhecidos. Este trabalho estudou as características fenotípicas (comportamento de sensibilidade às drogas antimicrobianas, características do plasmídio de resistência, auxotipo e sorotipo), da Neisseria gonorrhoeae produtora de penicilinase (NGPP), objetivando fornecer conhecimentos quanto aos fenômenos de instalação, manutenção e propagação destas cepas, de forma a contribuir com o programa de combate e controle da gonorréia na cidade de São Paulo e no Brasil. Foram estudadas 15 cepas de Neisseria gonorrhoeae produtora de penicilinase (NGPP) e 50 de Neisseria gonorrhoeae não produtora penicilinase (não NGPP), isolados no serviço de Doenças Sexualmente Transmissíveis (DST) da Faculdade de Saúde Pública da Universidade de São Paulo, no período de abril de 1985 a abril de 1990. Com uma incidência de 3,11 por cento de cepas de NGPP, os resultados permitiram colaborar para formação de perfil epidemiológico das cepas produtoras de penicilinase na cidade de São Paulo. Quanto as características de sensibilidade aos antimicrobianos, foram observados altos níveis de resistência a tetraciclina. As demais características fenotípicas, plasmídios, auxotipo e sorotipo, demonstram que a cidade de São Paulo é uma região geográfica \"aberta\" ao fenômeno de \"importação\", tendo sido observadas características epidemiológicas descritas em várias outras localidades no mundo. Os resultados obtidos neste trabalho reforçam a necessidade da instalação de um programa de vigilância epidemiológica, visando manter sob controle a dinâmica da Neisseria gonorrhoeae, colaborando com o programa de combate e controle da gonorréia na cidade de São Paulo e no Brasil. / Gonorrhoea has been considered as a public health problem up to these days. The plasmid penicilin resistance, in Neisseria gonorrhoeae strains, is an increasing problem which concerns authorities from the whole world. The Knowledge on the epidemiological characteristics and on the dynamics of these strains in the populations is extremely important for the success of interventions and gonorrhoea contrai programmes in Brazil and in the world. The onset phenomena, maintenance and proliferation of the penicilin producing Neisseria gonorrhoeae (PPNG) are not well known yet. This study presents the phenotype characteristics (sensibility to antimicrobial drugs, plasmid resistance characteristics, auxotype and serotype) of the PPNG. The objectives of the study are to contribute to the knowledge related to the onset phenomena, maintenance and proliferation of these strains, so that we can contribute to the gonorrhoea contrai programme in the city of São Paulo and in Brazil. We studied 15 strains of penicilin producing Neisseria gonorrhoeae (PPNG) and 50 of non penicilin producing Neisseria gonorrhoeae (non PPNG), which were isolated in the Sexually Transmitted Disease Service of the Faculty of Public Health of the University of São Paulo, from April 1985 to April 1990. With an incidence rate of 3.11 per cent of Neisseria gonorrhoeae, the results allowed us to design an epidemiological profile of the penicilin producing strains in São Paulo. Regarding the antimicrobial sensibility characteristics, we observed high leveis of resistance to tetracycline. The other phenotype characteristics (plasmid, auxotype, and serotype) show that the city of São Paulo is a geographic region open to \"importation\" phenomenon, since we have observed epidemiologic charactéristics described in several places in the world. The results of this reinforce the necessity of setting up an epidemiological surveillance programme with the objective of controlling the Neisseria gonorrhoeae dynamics and, in this way, to colaborate with the gonorrhoea control programme in the city of São Paulo and in Brazil.

Infecções por Neisseria meningitidis são uma importante causa de morbidade e mortalidade em todo o mundo devido à habilidade do patógeno em provocar epidemias e até pandemias. Por ser capaz de se recombinar geneticamente existe uma grande variabilidade de tipos circulantes que podem diferir de acordo com a população atingida e localização geográfica. Por isso os objetivos deste estudo foram: avaliar a epidemiologia da doença meningocócica (DM) em pacientes do Rio Grande do Sul (RS), caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados de N. meningitidis utilizando métodos convencionais e propor um novo método de tipagem para o estudo de surtos, bem como avaliar sua susceptibilidade à penicilina. Para isso foi realizado um estudo retrospectivo de coorte em 2.215 casos de DM notificados entre 1995 a 2003 no RS. Foi observada uma redução de quase 50% dos casos durante o período e a taxa de letalidade foi de 22%. Ainda assim, uma incidência marcante continua sendo observada mesmo depois do final do período epidêmico, em 1999, onde as faixas etárias de crianças entre 1 e 4 anos e menores de 1 ano representam juntas quase 55% dos casos notificados, com uma média de incidência de 11,3/100.000 hab e 31.3/100.000 hab, respectivamente. A maioria dos casos foi atribuída ao sorogrupo B (69,8%), que aumentou significativamente. Também foi observada uma diminuição significativa dos casos pelo sorogrupo C. Os fenótipos B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 e B:NT:P1.3 representam quase 50% de todos os isolados sorotipados. Cinqüenta e seis isolados obtidos de pacientes do RS, durante o primeiro ano não-epidêmico, somados a 20 isolados dos estados de Santa Catarina e Paraná, Dinamarca e França foram genotipados por Multilocus Sequence Typing (MLST). Foram identificados 20 Sequence Types (STs) distintos, dos quais 8 foram caracterizados como tipos novos, encontrados somente no RS. ST-33 (27%) e ST-259 (18%) foram os tipos mais freqüentes, ambos pertencentes ao complexo clonal ST-32/ET-5. Os casos ST-259 do RS demonstraram uma maior tendência de desfecho de casos fatais. Não foram encontrados isolados ST-259 entre os controles geográficos ou em outros estudos previamente realizados no Brasil. Nossos resultados sugerem que estes dois clones observados durante todo o período de estudo, somados à emergência do ST-103 contribuem para a manutenção da alta incidência da DM no RS. Quase 18% dos isolados apresentaram suscetibilidade reduzida à penicilina. A presença de suscetibilidade reduzida ou plena à penicilina associada ao clone ST-461 foi estatisticamente significativa (P=0,017) quando comparada à resistência nos demais clones. Nenhum isolado demonstrou atividade para a ß-lactamase. Também foi padronizado um novo método de genotipagem, chamado de Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) que apresentou um excelente poder discriminatório, de baixo custo operacional e de fácil execução e interpretação, que poderá ser utilizado em estudos de surtos da DM, assim que seja validado. / Neisseria meningitidis infections are an important cause of morbidity and mortality worldwide because of the pathogen ability to cause epidemics and pandemics. The recombination ability results in a large variability of circulating types that can differ depending on the infected population and geographic localization. Considering these aspects, the aims of this study were: to evaluate meningococcal disease epidemiology affecting patients from the state of Rio Grande do Sul (RS), phenotypic and genotypic characterization of N. meningitidis isolates, using conventional methods and standardizing a new method for outbreak study; and evaluation of penicillin susceptibility. A retrospective cohort study was carried out among 2,215 meningococcal disease (MD) cases reported from 1995 to 2003 in RS, Brazil. A reduction of almost 50% in the overall incidence was observed, and the case-fatality rate during this period was 22%. Even so, high incidence of MD continued to be observed after the epidemic period which ended in 1999. The age group of 1-4 years old and infants under 1 year of age represent together almost 55% of the reported cases with a mean incidence of 11.3/100,000 pop and 31.3/100,000 pop, respectively. The majority of cases were caused by N. meningitidis serogroup B (69.8%), which increased significantly. There was a significant decrease in serogroup C cases. The phenotypes B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 and B:NT:P1.3 represented almost 50% of all serotyped cases. Fifty-six isolates obtained from RS patients during the first non-epidemic year 2000 plus 20 isolates from other southern Brazilian states (Santa Catarina and Paraná), Denmark and France were typed by Multilocus Sequence Typing (MLST). Twenty different Sequence Types (STs) were identified, 8 of them found only in RS. ST-33 (27%) and ST-259 (18%) were the most frequent, both belonging to the ST-32/ET-5 complex. The ST-259 cases showed a trend towards higher risk of fatal outcome. ST-259 isolates were not detected among geographic controls or in other studies carried out in Brazil. Our data suggest that these two clones wich occurred over the entire study period and the emergence of the ST-103 isolates contributed to the continued high incidence of MD in RS. Almost 18% of isolates presented moderate resistance to penicillin. The decreased susceptibility or complete resistance to penicillin associated to ST-461 clone was statistically significant (P=0,017) when compared to the other clones. None of the isolates have showed ß-lactamase activity. We standardized a new genotyping method, called Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) that shows high discriminatory power, lower costs, easy performance and interpretation, which may be used in MD outbreaks, after its validation.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2012-08-01T18:23:08Z No. of bitstreams: 1 Milena Soares dos Santos Análise da composição clonal dos Streptococcus pneumoniae não susceptíveis a penicilina....pdf: 2536157 bytes, checksum: ee1fe922b8d1366faa0d4a8bea4d3b9f (MD5) / Made available in DSpace on 2012-08-01T18:23:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Milena Soares dos Santos Análise da composição clonal dos Streptococcus pneumoniae não susceptíveis a penicilina....pdf: 2536157 bytes, checksum: ee1fe922b8d1366faa0d4a8bea4d3b9f (MD5) Previous issue date: 2010 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / O Streptococcus pneumoniae permanece como principal causa de doenças infecciosas que conduzem a elevada morbi-mortalidade em todas as faixas etárias, principalmente nas crianças. Desde a década de 1990, a resistência antimicrobiana deste microrganismo tem aumentado mundialmente, representando mais de 30% de resistência à penicilina em todos os isolados de doença pneumocócica invasiva em algumas áreas geográficas. Neste estudo, relatamos os casos identificados através de uma vigilância ativa para a meningite bacteriana em Salvador, Bahia, no período de janeiro de 1996 a dezembro de 2007. Para avaliar o perfil de susceptibilidade aos antimicrobianos dos isolados dos pacientes com meningite por S.pneumoniae, utilizamos a microdiluição em caldo e isolados com CIM de penicilina ≥ 0.125μg/mL foram considerados como não-susceptíveis à penicilina (PNSP). A diversidade clonal foi estudada por Box-A PCR, PFGE e MLST e a distribuição de pili foi investigada em 133 amostras, selecionadas de forma aleatória em cada grupo clonal, através das técnicas de PCR e seqüenciamento do gene rlrA. Um total de 748 pacientes com meningite por S.pneumoniae foi identificado durante os 12 anos de vigilância. Foram encontrados 135 (19%) isolados de S. pneumoniae não-susceptíveis à penicilina sendo que destes, 85 (63%) eram crianças <5 anos de idade e 28 (20,7%) dos pacientes apresentavam alguma doença precedendo a meningite. A incidência média anual de PNSP foi estimada em 2,47 por 100.000 habitantes para todas as faixas etárias, 1,69 casos/100.000 habitantes para crianças menores de 5 anos e 1,37 casos/100.000 habitantes para crianças menores de 1 ano. A taxa de letalidade obtida para todas as idades foi de 39,2%. Os sorotipos mais prevalentes entre os isolados de PNSP foram: 14 (46,7%; 63/135) 23F (17,8%; 24/135), 6B (14,8%; 20/135), 19F (8,1%; 11/135) e 19A (4,4%; 6 / 135). Os isolados do sorotipo 14 foram identificados como o grupo clonal predominante 32,6% (44/135) e foram caracterizados como ST66 e como ST156 com alta resistência à ceftriaxona. Os outros sorotipos apresentaram maior diversidade clonal e novos STs foram encontrados, entre outros sorogrupos. Foram detectados 22% (29/133) de isolados portadores de pili, independente de composição clonal ou perfil de resistência. Baseada na vacina pneumocócica conjugada 10-valente, prevista para ser implementada no Brasil este ano, esperamos 89% de proteção contra PNSP em crianças menores de 5 anos de idade. As alterações previstas na população pneumocócica, ao longo dos anos após a implementação desta vacina, ressaltam a importância do monitoramento através de vigilância ativa. / Streptococcus pneumoniae remains an important cause of infectious diseases leading to high morbidity and mortality in all age groups, especially in children. Since the 1990s, resistance of this organism to penicillin has emerged worldwide accounting for >30% of all invasive pneumococcal isolates in some geographic areas. In this study, active surveillance for bacterial meningitis was performed from January 1996 to December 2007. Antimicrobial susceptibility testing used broth microdilution and isolates with penicillin MIC ≥ 0.125μg/mL were considered penicillin non-susceptible. Clonal diversity was studied by Box-A PCR, PFGE and MLST and pili detection was determinated by PCR and sequencing of rlrA gene. A total of 748 patients with pneumococcal meningitis were identified during 12 years of surveillance. We found 135 (19%) S. pneumoniae isolates to be penicillin-nonsusceptible, which 85 (63%) were children < 5 years age and 28 (20.7%) patients had previous acute illness. The annual incidence of PNSP was estimated to 2.47 per 100,000 for all age groups, 1.69 cases/100.000 population for children younger than 5 years, and 1.37 cases/100.000 inhabitants for children under 1 year. The case-fatality rate obtained for all ages was 39.2%. The most prevalent serotypes PNSP isolates were among the 14 (46.7%; 63/135), 23F (17.8%; 24/135), 6B (14.8%; 20/135), 19F (8.1%; 11/135) and 19A (4.4%; 6/135). Serotype 14 isolates were identified as the predominant clonal group [32.6% (44/135)] and were characterized as ST66 and as ST156 with high resistance to ceftriaxone. The other serotypes were more diverse and new ST´s were found among others serogroups. We detected 22% (29/133) of pili positive among the isolates, independently of clonal patterns or susceptibility profile. Based on 10-valent pneumococcal vaccine, which will be implemented in Brazil in 2010, we expect 89% protection against PNSP in children < 5 years of age. Changes in the pneumococcal population over the coming years following implementation of this vaccine should be monitoring throughout active surveillance.

Submitted by Ana Maria Fiscina Sampaio (fiscina@bahia.fiocruz.br) on 2013-04-16T19:40:46Z No. of bitstreams: 1 raquel_simbalista_de queiroz. Aspectos da admissao. 2010.pdf: 39174617 bytes, checksum: e35efd5722282aa850fa314a2345a654 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-04-16T19:40:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 raquel_simbalista_de queiroz. Aspectos da admissao. 2010.pdf: 39174617 bytes, checksum: e35efd5722282aa850fa314a2345a654 (MD5) Previous issue date: 2010 / Universidade Federal da Bahia. Faculdade de Medicina. Salvador, Bahia, Brasil / Fundação OSwaldo Cruz. Centro de Pesquisas Gonçalo Moniz. Salvador, Bahia, Brasil / A pneumonia na infância permanece um assunto relevante, tendo em vista a sua elevada taxa de mortalidade mundial, principalmente nos países em desenvolvimento. Objetivo: Descrever o resultado da hospitalização de crianças internadas com suspeita diagnostica de pneumonia. Desenho do estudo: Coorte retrospectiva. Material e métodos: Foi realizado acompanhamento retrospectivo de pacientes internados com suspeita de pneumonia em um centro pediátrico, de outubro de 2002 a outubro de 2005. A partir dos prontuários médicos, dados demográficos, de história clínica, do exame físico, do tratamento, da evolução e do desfecho foram coletados e registrados em formulário específico para o estudo. Todos os casos incluídos tiveram as radiografias de tórax avaliadas por radiologista cego às informações clínicas, com o objetivo de definir a presença ou não de infiltrado pulmonar e avaliar a presença de alterações radiológicas outras. A população do estudo foi alocada -“m quatro grupos diferente? para que pudessem ter suas variáveis comparadas entre pacientes com características semelhantes. Resultados: No grupo das crianças > 2 meses de idade, internadas com diagnóstico clínico-radiológico de pneumonia e tratadas com penicilina cristalina, as freqüências de febre (46,4% vs. 26,3%, /’=0,002), taquipnéia (73,6% vs. 59,4%, ^=0,003), tiragem subcostal (29,4% vs. 12,7%, /’<0,001) e aleteo nasal (10,2% vs. 1,6%, 7^=0,001) diminuíram de forma significante entre a admissão e o primeiro dia de tratamento. A penicilina foi substituída após 48 horas por outros antibióticos em 28 (18,2%) dos pacientes, nos quais houve redução significante da taquipnéia entre o primeiro e o segundo dia de tratamento (86,4% ví. 50,0%, /*=0,008). Nas crianças com idade < 2 meses, internadas com diagnóstico clínico ou clínico-radiológico de pneumonia e tratadas com antibióticos diversos, o esquema antibiótico mais utilizado foi a monoterapia com penicilina cristalina e derivados ou associação com cefalosporinas (68,9%). A antibioticoterapia inicial foi modificada em 8,9% dos casos, tendo 62,5% e 58,5% recebido alta após cura ou melhora, respectivamente. Entre aqueles que não modificaram a terapêutica inicial, 58,5% foram classificados como cura e 41,5% como melhora. Nas crianças com idade > 2 meses, com diagnóstico clínico ou clínico-radiológico de pneumonia, tratadas com antibióticos diversos, excluindo-se aquelas pertencentes aos outros grupos, a escolha inicial por penicilina cristalina foi mais frequente. Com relação ao desfecho, 191 (64,1%) dos pacientes receberam alta após cura e 107 (35,2%) após melhora clínica. 13 Finalmente, entre as crianças com idade > 2 meses internadas com diagnóstico clínico ou clínico-radiológico de pneumonia tratadas com penicilina cristalina, o que incluiu aquelas do primeiro grupo, todas foram consideradas curadas (72,6%) ou com melhora clínica (27,4%) no momento da alta hospitalar. A freqüência de cura foi maior entre os pacientes que não modificaram a antibioticoterapia inicial (p<0,001). Conclusões principais: Pôde-se observar que em todos os grupos, indistintamente, a antibioticoterapia concordante permaneceu como uma conduta fundamental para o tratamento da pneumonia. Além disso, a aderência à antibioticoterapia empírica conforme as diretrizes foi considerável, principalmente quando o diagnóstico clínico foi confirmado pelo radiológico, sendo essa conduta uma das chaves para o tratamento eficaz da pneumonia na faixa etária pediátrica. / Childhood pneumonia remains a relevant issue, due to its mortality rates worldwide, especially in developing countries. Objective: The present study has the main purpose to describe the outcome among children hospitalized with suspected pneumonia. Design: Retrospective cohort. Methods: This is a retrospective review of suspected cases of pneumonia in children hospitalized in a pediatric center of Salvador, North-east Brazil, from October/2002 to October/2005. A standardized form containing data on demographics and clinical history, physical examination, treatment, evolution and outcome during the first five or seven days of hospitalization was filled in for each patient, according to medical charts. The radiological reading was performed by a pediatric radiologist blind to clinical information, to define the presence of pulmonary infiltrate or other findings. The study population was allocated in four distinct groups, to compare each group with homogeneous aspects. Results: Among the group of children aged ¿ 2 months hospitalized wi" radiographically diagnosed pneumonia, treated with intravenous aqueous penicillin G, fever (46.4% vs. 26.3%, P=0.002), tachypnea (73.6% v^. 59.4%, P=0.003), chest indrawing (29.4% V5. 12.7%, /'<0.001) and nasal flaring (10.2% vs. 1.6%, F-O.OOl) frequencies significantly decreased from admission to first day of treatment. Penicillin was substituted by other antibiotics in 28 (18.2%) patients in whom the sole significant decrease was on tachypnea frequency from first to second day of treatment (86.4% vs. 50.0%, P=0.008). Among children aged < 2 months hospitalized with suspected pneumonia, treated with several antibiotic schemes, the most frequent first antibiotic scheme were penicillin and derivates alone or associated with cephalosporines (68.9%). The antibiotic had been changed after 48 hours in 8.9% of cases during hospitalization, and 62.5% were discharged after cure, against 37.5% improvements. From those who did not switched therapy, 58.5% were cured and 41.5% improved. In the group of children aged > 2 months old hospitalized with suspected pneumonia, excluding those of the other three groups, the choice for penicillin G had higher frequencies than the other schemes registered, among all age groups. According to outcome, 191 (64.1%) those children > 2 months old hospitalized with suspected pneumonia, treated with intravenous aqueous penicillin G, what includes children from the first group, all were considered improved (27.4%) or cured (72.6%) at the time of hospital discharge, and there was significantly more cure among those who 15 did not switched therapy (p<0.001). Main conclusions: From the aforementioned data, it is possible to observe that guideline-concordant empiric antibiotic remains an important procedure to an effective treatment of pneumonia among children of all age groups. Besides, the adherence of empiric antibiotic therapy was good among physicians in our study, especially when there was concordance between the clinical and radiological diagnosis; and this approach is one of the keys to an effective treatment of childhood pneumonia.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:57:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DissFCT.pdf: 1275381 bytes, checksum: 37915954a1c8462e3ded3fb6eff3f70b (MD5) Previous issue date: 2005-09-08 / Universidade Federal de Minas Gerais / In the present work it was studied the influence of operational conditions particularly dissolved oxygen concentration in the penicillin G acylase (PGA) production. The experiments were carried out in aerated and agitated bioreactor employing bacteria Bacillus megaterium. The production of PGA is sensitive to dissolved oxygen concentration during its cultivation. As much its lack as its excess can be reduces PGA production. As regarding dissolved oxygen concentration the experiments realized in 10% of its saturation showed the better results. The media composition was not significantly influence on enzyme production. The use of potassium acetate instead of phenyl acetic acid as well as the reduction of eighteen for seven amino acids did not have effect on the cells and enzyme concentrations obtained. It was proposed an hybrid model combining mass balance equation with artificial neural network to infer the cellular concentration during the process. The proposed model showed good results to modeling cellular concentration in both training and validate data sets. / Este trabalho teve por objetivo estudar a influência de condições operacionais, particularmente a concentração de oxigênio dissolvido, na produção da penicilina G acilase (PGA) em cultivos empregando bactéria Bacillus megaterium em biorreator tipo tanque agitado e aerado. A importância desta variável reside no fato que tanto sua falta como seu excesso pode prejudicar a produção da enzima. A análise dos dados experimentais permitiu identificar a melhor condição experimental: experimento realizado com controle de oxigênio dissolvido em 10% da saturação. Em relação à composição dos meios, esta não se mostrou significativa. A substituição do ácido fenilacético pelo acetato de potássio, bem como a redução de dezoito para sete aminoácidos não teve efeito sobre as concentrações de células e de enzima obtidas. A operação do cultivo em batelada alimentada e o controle de pH não se mostraram efetivos para melhorar a produção da enzima. Propôs-se modelo híbrido combinando equação de balanço com redes neurais artificiais para inferir a concentração celular ao longo do processo. O modelo proposto foi capaz de inferir com boa precisão a concentração celular nos ensaios de treinamento e obteve boas previsões nos ensaios de validação para alguns testes realizados.

Infecções por Neisseria meningitidis são uma importante causa de morbidade e mortalidade em todo o mundo devido à habilidade do patógeno em provocar epidemias e até pandemias. Por ser capaz de se recombinar geneticamente existe uma grande variabilidade de tipos circulantes que podem diferir de acordo com a população atingida e localização geográfica. Por isso os objetivos deste estudo foram: avaliar a epidemiologia da doença meningocócica (DM) em pacientes do Rio Grande do Sul (RS), caracterizar fenotípica e genotipicamente isolados de N. meningitidis utilizando métodos convencionais e propor um novo método de tipagem para o estudo de surtos, bem como avaliar sua susceptibilidade à penicilina. Para isso foi realizado um estudo retrospectivo de coorte em 2.215 casos de DM notificados entre 1995 a 2003 no RS. Foi observada uma redução de quase 50% dos casos durante o período e a taxa de letalidade foi de 22%. Ainda assim, uma incidência marcante continua sendo observada mesmo depois do final do período epidêmico, em 1999, onde as faixas etárias de crianças entre 1 e 4 anos e menores de 1 ano representam juntas quase 55% dos casos notificados, com uma média de incidência de 11,3/100.000 hab e 31.3/100.000 hab, respectivamente. A maioria dos casos foi atribuída ao sorogrupo B (69,8%), que aumentou significativamente. Também foi observada uma diminuição significativa dos casos pelo sorogrupo C. Os fenótipos B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 e B:NT:P1.3 representam quase 50% de todos os isolados sorotipados. Cinqüenta e seis isolados obtidos de pacientes do RS, durante o primeiro ano não-epidêmico, somados a 20 isolados dos estados de Santa Catarina e Paraná, Dinamarca e França foram genotipados por Multilocus Sequence Typing (MLST). Foram identificados 20 Sequence Types (STs) distintos, dos quais 8 foram caracterizados como tipos novos, encontrados somente no RS. ST-33 (27%) e ST-259 (18%) foram os tipos mais freqüentes, ambos pertencentes ao complexo clonal ST-32/ET-5. Os casos ST-259 do RS demonstraram uma maior tendência de desfecho de casos fatais. Não foram encontrados isolados ST-259 entre os controles geográficos ou em outros estudos previamente realizados no Brasil. Nossos resultados sugerem que estes dois clones observados durante todo o período de estudo, somados à emergência do ST-103 contribuem para a manutenção da alta incidência da DM no RS. Quase 18% dos isolados apresentaram suscetibilidade reduzida à penicilina. A presença de suscetibilidade reduzida ou plena à penicilina associada ao clone ST-461 foi estatisticamente significativa (P=0,017) quando comparada à resistência nos demais clones. Nenhum isolado demonstrou atividade para a ß-lactamase. Também foi padronizado um novo método de genotipagem, chamado de Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) que apresentou um excelente poder discriminatório, de baixo custo operacional e de fácil execução e interpretação, que poderá ser utilizado em estudos de surtos da DM, assim que seja validado. / Neisseria meningitidis infections are an important cause of morbidity and mortality worldwide because of the pathogen ability to cause epidemics and pandemics. The recombination ability results in a large variability of circulating types that can differ depending on the infected population and geographic localization. Considering these aspects, the aims of this study were: to evaluate meningococcal disease epidemiology affecting patients from the state of Rio Grande do Sul (RS), phenotypic and genotypic characterization of N. meningitidis isolates, using conventional methods and standardizing a new method for outbreak study; and evaluation of penicillin susceptibility. A retrospective cohort study was carried out among 2,215 meningococcal disease (MD) cases reported from 1995 to 2003 in RS, Brazil. A reduction of almost 50% in the overall incidence was observed, and the case-fatality rate during this period was 22%. Even so, high incidence of MD continued to be observed after the epidemic period which ended in 1999. The age group of 1-4 years old and infants under 1 year of age represent together almost 55% of the reported cases with a mean incidence of 11.3/100,000 pop and 31.3/100,000 pop, respectively. The majority of cases were caused by N. meningitidis serogroup B (69.8%), which increased significantly. There was a significant decrease in serogroup C cases. The phenotypes B:4,7:P1.19,15, B:15:P1.7,16 and B:NT:P1.3 represented almost 50% of all serotyped cases. Fifty-six isolates obtained from RS patients during the first non-epidemic year 2000 plus 20 isolates from other southern Brazilian states (Santa Catarina and Paraná), Denmark and France were typed by Multilocus Sequence Typing (MLST). Twenty different Sequence Types (STs) were identified, 8 of them found only in RS. ST-33 (27%) and ST-259 (18%) were the most frequent, both belonging to the ST-32/ET-5 complex. The ST-259 cases showed a trend towards higher risk of fatal outcome. ST-259 isolates were not detected among geographic controls or in other studies carried out in Brazil. Our data suggest that these two clones wich occurred over the entire study period and the emergence of the ST-103 isolates contributed to the continued high incidence of MD in RS. Almost 18% of isolates presented moderate resistance to penicillin. The decreased susceptibility or complete resistance to penicillin associated to ST-461 clone was statistically significant (P=0,017) when compared to the other clones. None of the isolates have showed ß-lactamase activity. We standardized a new genotyping method, called Variable Site Specific-PCR (VSS-PCR) that shows high discriminatory power, lower costs, easy performance and interpretation, which may be used in MD outbreaks, after its validation.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Alternanthera brasiliana (L.) Kuntze (Amaranthaceae) is a species known as penicilina, terramicina, doril or carrapichinho. Studies have proved that the extract of the leaves has analgesic, anti-inflammatory and healing. Based on the medicinal use of this species work aimed to propagate vegetatively in vitro and ex vitro A. brasiliana, and to evaluate the genotoxic, anti-proliferative and anti-mutagenic aqueous extract of the leaves of plants from four cropping systems through the Allium cepa test as well as the quantification of the content of polyphenols, flavonoids and chlorogenic acid. Propagation by cuttings of new shoots ex vitro were used, apical, medium and basal cuttings treated medium MS (0 and 20%) with addition of AIB to the liquid medium (0.0 and 2.5 mg L-1). For micropropagation were used apical and nodal segments were inoculated on MS medium with combinations of NAA (0.0 and 0.05 mg L-1) and BAP (0.0 and 0.5 mg L-1). Evaluations of potential genotoxic, anti-proliferative and anti-mutagenic, roots of Allium cepa bulbs were immersed for 24 hours in aqueous extracts by infusion of the dried leaves of A. brasiliana four sources: Campus UFSM; micropropagation, cuttings and greenhouse, all with concentrations of 5 and 20 g L-1. The same extracts were used for the quantification of secondary metabolites, flavonoids and polyphenols, through spectrophotometer and chlorogenic acid by high performance liquid chromatography. Apical cuttings, median and basal can be used for propagation presenting rooting and survival above 62%. In general, plants from middle and basal cuttings show better results than the apical, suggesting that these would be the most suitable for the production of seedlings. In vitro micropropagation apices showed significantly higher results for nodal segments and the use of growth regulators naphthaleneacetic acid (NAA) (0.05 mg L-1) and benzylaminopurine (BAP) (0.5 mg L-1) was not significant. Plants regenerated in vitro acclimatized showed no significant difference between treatments, with the highest survival percentage (72.57%) occurred in plants from the apical medium supplemented with 0.05 mg L-1 NAA and 0, 5 mg L-1 BAP. In Allium cepa was observed that the mitotic index is superior in cell subjected to leaf extracts from the field (5 g L-1) and leaf extract of cuttings (20 g L-1) did not differ from the negative control in distilled water. The other treatments showed potential anti-proliferative with reduced mitotic index did not differ from the positive control in glyphosate 5%. Only the extract of the leaves of the greenhouse (20 g L-1) cells to genotoxic effects of A. cepa, where the number of cells with chromosomal abnormalities did not differ from the positive control. Occurred anti-mutagenic activity of the leaf extract of Campus UFSM (20 g L-1), on the cells of A. cepa, undergoing changes in glyphosate 5%, recovering from the mutagenic effect. Regarding the quantification of metabolites produced higher concentration of polyphenols and flavonoids chlorogenic acid in the samples collected from the field. / Alternanthera brasiliana (L.) Kuntze (Amaranthaceae) é um espécie conhecida como penicilina, terramicina, doril ou carrapichinho. Trabalhos comprovam que o extrato das folhas apresenta atividade analgésica, anti-inflamatória e cicatrizante. Com base no uso medicinal desta espécie o trabalho visou propagar vegetativamente in vitro e ex vitro A. brasiliana, e avaliar o potencial genotóxico, anti-proliferativo e anti-mutagênico do extrato aquoso das folhas de plantas provenientes de quatro sistemas de cultivo, através do Teste Allium cepa, bem como a quantificação do conteúdo de polifenóis, flavonoides e ácido clorogênico. Na propagação por estaquia de ramos aéreos ex vitro foram utilizadas estacas apicais, medianas e basais tratadas em meio nutritivo MS (0 e 20%) com acréscimo de AIB ao meio liquido (0,0 e 2,5 mg L-1). Para a micropropagação foram utilizados segmentos apicais e nodais inoculados em meio MS com as combinações de ANA (0,0 e 0,05 mg L-1) e BAP (0,0 e 0,5 mg L-1). Nas avaliações do potencial genotóxico, anti-proliferativo e anti-mutagênico, raízes de bulbos de Allium cepa foram imersas por 24 horas em extratos aquosos por infusão das folhas secas de A. brasiliana de quatro proveniências: Campus da UFSM; micropropagação; estaquia e casa de vegetação, todos com concentrações de 5 g L-1 e 20 g L-1. Estes mesmos extratos foram utilizados para a quantificação dos metabólitos secundários, polifenóis e flavonoides, através de espectrofotômetro e ácido clorogênico através de cromatografia líquida de alta eficiência. Estacas apicais, medianas e basais podem ser utilizadas na propagação, apresentando porcentagem de enraizamento e sobrevivência acima de 62%. Em geral, plantas provenientes de estacas medianas e basais apresentam melhores resultados que as apicais, sugerindo que estas seriam as mais adequadas na produção de mudas. Na micropropagação in vitro os segmentos apicais apresentaram resultados significativamente superiores aos segmentos nodais e o uso de fitorreguladores Ácido naftalenoacético (ANA) (0,05 mg L-1) e Benzilaminopurina (BAP) (0,5 mg L-1) não foi significativo. As plantas regeneradas in vitro aclimatizadas não apresentaram diferença significativa entre os tratamentos, sendo que a porcentagem de sobrevivência máxima (72,57%) ocorreu em plantas provenientes de segmentos apicais com meio acrescido de 0,05 mg L-1 de ANA e 0,5 mg L-1 de BAP. No teste Allium cepa foi observado que o índice mitótico é superior em células de A. cepa submetidas aos extratos de folhas do campo (5 g L-1) e extrato de folhas da estaquia (20 g L-1), não diferindo do controle negativo em água destilada. Os demais tratamentos apresentaram potencial anti-proliferativo com a redução do índice mitótico, não diferindo do controle positivo em glifosato 5%. Apenas o extrato das folhas da casa de vegetação (20 g L-1) apresentou efeito genotóxico às células de A. cepa, onde o número de células com alterações cromossômicas não diferiu do controle positivo. Ocorreu atividade anti-mutagênica do extrato de folhas do Campus da UFSM (20 g L-1), sobre as células de A. cepa, submetidas à alteração em glifosato 5%, recuperando-se do efeito mutagênico. Quanto à quantificação dos metabólitos ocorreu maior concentração de polifenóis flavonoides e ácido clorogênico nas amostras coletadas do campo.