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Dans le cadre d’explications darwiniennes, il est nécessaire de référer minimalement à deux niveaux d’organisation biologique, soit celui de l’individu et celui de la population. Dans ce mémoire, nous cherchons à fournir des outils pour distinguer ces deux niveaux et, du même coup, ces deux concepts. À la lumière des travaux de Millstein (2010b) et de la conception de l’individualité défendue par Hull (1978) et Ghiselin (1974), nous proposons un continuum de l’individualité pensé en termes d’intégration sur lequel se situent les individus et les populations. Les populations sont associées à un faible degré d’intégration alors que les individus présentent un degré d’intégration élevé. En adoptant la méthodologie des paramètres gradients de Godfrey-Smith (2009b), la distinction catégorique entre les deux concepts est repensée comme étant une distinction graduelle. Dans ce mémoire, nous explorons les fondements pragmatistes de cette méthode et argumentons pour son utilisation en philosophie de la biologie. / Darwinian explanations require the distinction between two levels of biological organisation, that of the individual and that of the population. This research aims at identifying tools to distinguish these two levels and the related concepts. Building on Millstein’s work concerned with the notion of population (2010b) and on the theory of individuality defended by Hull (1978) and Ghiselin (1974), we propose a continuum of individuality understood in terms of integration and on which figure both populations and individuals. The population concept is associated with a low degree of integration, while the notion of individuality refers to a high degree. Such a continuum of individuality relies on a specific philosophical standpoint associated with Godfrey-Smith’s gradient parameters methodology (2009b). Our research will explore the pragmatist foundations of this methodology in order to argue for its use in philosophy of biology.

L’objet de ce travail de thèse est l’analyse des monstruosités biologiques en tant qu’elles posent question quant à la nature même de la vie et quant à la puissance de la raison à pouvoir l’appréhender. En mettant l’accent sur le travail d’Étienne et d’Isidore Geoffroy Saint-Hilaire, nous nous sommes attachés à montrer en quoi la tératologie parvenait à intégrer les monstres dans des procédures rationnelles – ici celles des sciences biologiques. Mais cette intégration se fait au prix d’un oubli : la dimension nécessairement normative du concept de monstre. Nous nous sommes alors efforcés d’intégrer cette dimension normative et nous avons alors mis au jour la question de savoir ce qu’est la vie en elle-même pour qu’elle soit capable de produire des êtres vivants monstrueux. Cette question nous a amené à élaborer une métaphysique de la vie selon laquelle elle est, en son être même, errance vitale. Penser les monstres revient à devoir penser la vie comme puissance d’écart. / This thesis analyses the concept of biological monstrosity. This concept questions the nature of life and the power of reason. We study the teratology of E. and I. Geoffroy Saint-Hilaire in order to understand how they are successful to think monsters rationally. But both forget the normative dimension in the concept of monster. We try to take this normative dimension into consideration. What should be life to product monstrous beings ? This question leads to develop a metaphysic of life which puts forward the notion of “vital wandering” (“errance vitale”) and the notion of “variation” (“écart”)

Biologiste reconnu, notamment, pour sa contribution à la fondation de la génétique des populations, J.B.S. Haldane (1892-1964) est également membre du Parti Communiste de Grande-Bretagne entre 1942 et 1950 et, à partir de 1937, il défend avec force l'opinion que le marxisme est utile au travail scientifique. Notre étude porte sur les idées marxistes de Haldane et sur la manière dont elles sont historiquement produites. Elle examine d'abord son parcours intellectuel et propose de comprendre son adoption du marxisme dans le cadre d'une dynamique de recherche d'unité entre des conceptions des sciences, de la philosophie et de la politique. L'étude porte ensuite sur la manière dont fonctionne ce qui est caractérisé comme une vision marxiste du monde, c'est-à-dire un mode de production et de circulation de concepts. En particulier, l'assertion que fait Haldane d'un usage du marxisme dans son travail scientifique est confrontée à certains de ses travaux en génétique des populations, ainsi qu'aux idées qu'il émet concernant l'eugénisme. Cette confrontation permet de confirmer et de généraliser, contre Sarkar (1992) et Shapiro (1993), le résultat proposé par Hammond (2004) d'une effectivité du marxisme de Haldane dans ses sciences, et de préciser la manière dont elle se réalise. Finalement, nous proposons une compréhension du marxisme de Haldane comme un cas particulier de processus historiques plus généraux. Nous examinons l'histoire des idées marxistes sur les sciences et le phénomène d'engagement politique de scientifiques britanniques à cette époque, et interrogeons par là les racines politiques et sociales du marxisme de Haldane. / A prominent biologist, remembered as a prominent contributor to the theoretical foundations of population genetics, JBS Haldane (1892-1964) was also a member of the Communist Party of Great Britain from 1942 to 1950. From 1937 on, he vigorously advocated the idea that Marxism was useful to scientific work.Our study focuses on Haldane's Marxist ideas and discusses the ways in which they were historically produced. We first consider the development of Haldane's intellectual positions and interpret his adoption of Marxism in the context of a dynamic search for unity between conceptions of science, philosophy and politics. Our study then focuses on the working of his Marxist thinking, which we characterize as a worldview, that is to say a mode of production and circulation of ideas. In particular, we examine the claim that Haldane made use of Marxism in his science using as evidence some of his work in population genetics and eugenics. This leads us to strengthen and generalize the case made by Hammond (2004) against Sarkar (1992) and Shapiro (1993) in favour of the impact of Haldane's Marxism on his science, and to a clarification concerning how this took place. Finally, we propose the interpretation of Haldane's Marxism as a special case of more general historical processes. We investigate the history of Marxist ideas of science and that of British scientists' political commitment at the time, and thus question the social and political roots of Haldane's Marxism.

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L’objectif de cette thèse est de fournir un cadre théorique pour l’analyse philosophique des pratiques classificatoires en sciences. La classification, définie comme étant un geste épistémique dont l’objectif est de fournir une description du monde par découpage et discrimination, et par mise en relation des catégories ainsi formées, est un point de rencontre naturel entre philosophie et sciences. La tradition des espèces naturelles, considérée en philosophie des sciences comme la principale approche disponible pour l’analyse des pratiques classificatoires, est toutefois lacunaire. Dans le cadre de cette thèse, je démontre les faiblesses de cette approche et le besoin de mobiliser d’autres ressources épistémologiques pour penser la classification. À cet effet, je m’inspire de travaux en philosophie de la mesure s’inscrivant dans un courant de pensée que j’appelle le cohérentisme historique. Ces approches mettent l’accent sur les pratiques inférentielles et sur la charge théorique des observations en plus d’insister sur le dynamisme scientifique et la multitude de facteurs qui l’influencent (principe de respect, impératif de progrès, développements théoriques, nouveaux outils [mathématiques ou matériels], nouvelles données, histoire du champ disciplinaire, structure sociale de la recherche, etc.). Une fois ce cadre d’analyse épistémologique présenté en détail, je le mobilise pour étudier un ensemble de pratiques classificatoires en sciences, soit les pratiques phylogénétiques contemporaines. La phylogénétique est la discipline biologique qui vise à retracer les liens généalogiques qui unissent les êtres vivants. Les gènes et organismes sont ainsi regroupés au sein d’unités taxonomiques qui sont par la suite mises en relation. Ce champ disciplinaire a longtemps été associé de façon intime et exclusive au modèle arborescent, lui-même associé à la théorie de l’évolution par voie de sélection naturelle : les liens phylogénétiques entre organismes sont généralement représentés sous la forme d’un arbre, soit l’Arbre du vivant. Or, les dernières décennies ont vu émerger, au sein de la discipline, un compétiteur : le modèle réticulé. En analysant les différences et similarités qui lient ces deux types de modèles (modèles arborescents et modèles réseaux), je démontre que la transition d’un modèle à l’autre n’influence que superficiellement la pratique puisque la majorité de ses déterminants demeure inchangée. En bref, cette thèse présente un cadre d’analyse philosophique pour appréhender les pratiques classificatoires en sciences. J’importe des principes et des outils issus de travaux de la philosophie de la mesure afin de développer une philosophie de la classification qui comble les lacunes de la tradition des espèces naturelles. En s’ancrant dans ce que j’appelle le cohérentisme historique, cette thèse contribue non seulement à la bonne compréhension des pratiques classificatoires d’un point de vue épistémologique, mais aussi à la bonne compréhension des pratiques phylogénétiques contemporaines et de l’importante transition qui éloigne cette discipline de son modèle classique, soit l’Arbre du vivant. / The main objective of this dissertation is to offer a philosophical framework for the analysis of scientific classificatory practices. Classification, here defined as an epistemic action that describes the world by breaking down phenomena into categories and by establishing relevant relationships between these categories, is a natural bridge between philosophy and science. The tradition of natural kinds, which is currently the main approach in philosophy of science for analysing classificatory practices, has important shortcomings when it comes to epistemologically analyzing scientific classification. In this dissertation, I highlight these weaknesses and the consequent need to develop a novel framework for tackling classificatory practices. To achieve this, I draw on an existing trend in philosophy of measurement, which I coined historical coherentism. This approach is centered on the analysis of inferential practices and stresses the importance of the theoretical charge of observations. It also focuses on the dynamic nature of scientific fields and on the variety of factors that determine scientific progress (principle of respect, imperative of progress, theoretical developments, mathematical and material innovations, new data, the history of a field of research, the social structure of the scientific community, etc.). After the detailed presentation and exploration of this epistemological framework, I use it to tackle a set of scientific classificatory practices, namely contemporary phylogenetic practices. Phylogenetics is the biological discipline that aims to reconstruct the genealogical relationships uniting living beings. Genes and organisms are grouped into operative taxonomic units, and these units are then connected within a system. Since its inception, phylogenetics has been intimately tied to tree-based models, with these tree-based models themselves tied to the theory of evolution by means of natural selection: the phylogenetic system connecting all living organisms takes the form of a tree, the Tree of Life. In the last few decades, however, an alternative type of models has gained more attention and support within the field: network-based models. Using historical coherentism, I analyze the differences and similarities between the two competing types of models (tree-based models and network-based models) and show that the transition from one to the other only superficially changes phylogenetic practices. Indeed, many factors that constrain these practices remain unchanged whether researchers use tree-based or network-based models. In short, this thesis presents a philosophical framework for the analysis of classificatory practices in sciences. I use various principles and tools imported from the philosophy of measurement to develop a philosophy of classification that covers the weaknesses of the tradition of natural kinds. By anchoring my work in historical coherentism, I contribute not only to our understanding of classificatory practices, from an epistemological perspective, but also to a better understanding of contemporary phylogenetic practices and of the significant transition that leads this discipline away from its classical model, the Tree of Life.