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Seleção de oligonucleotídeos iniciadores visando compor um arranjo de sondas de DNA que identifique estirpes de pectobactérias / Selection of primers for builfing an array of DNA probres for identification of pectobacteria strainsPalma, Janine January 2007 (has links)
A diferenciação entre espécies e subespécies de pectobactérias e outras bactérias fitopatogênicas é feita, basicamente, por testes bioquímicos e fisiológicos. Através de arranjos, macro e micro, de sondas de DNA, uma matriz, semelhante á gerada pelos resultados dos testes bioquímicos e fisiológicos, poderia ser construída e utilizada na identificação das estirpes. Para isto, há a necessidade da seleção de sondas de características a nível de gênero, espécie e subespécie. Como as sondas são obtidas por PCR, o objetivo desta pesquisa foi selecionar oligonucleotídeos iniciadores baseados em características fenotípicas e genotípicas. A maioria dos oligonucleotídeos iniciadores selecionados gerou produto, diferindo o padrão de amplificação entre os oligonucleotídeos iniciadores e entre as espécies ou subespécies de pectobactérias. Alguns não produziram fragmentos e outros geraram muitos produtos inespecíficos. Os oligonucleotídeos iniciadores 149LF/L1r amplificaram o DNA de todas as Pectobacterium spp., enquanto Y1/Y2 amplificaram o DNA apenas da espécie P. carotovorum. ADE1/ADE2 gerou produto apenas com a espécie P. chrysanthemi. Y45/Y46 e ECA1F/ECA1R são específicos para a subespécie P. carotovorum subsp. atrosepticum. Outros oligonucleotídeos iniciadores amplificam o DNA de alguns indivíduos dentro da espécie ou subespécie, como RdgF/RdgR e PnlF/PnlR com P. carotovorum, Br1F/L1R e HrpNF/HrpNR com P. caratovorum subsp. brasiliensis e CytR-RdF/CytR-BR com P. carotovorum subsp. atrosepticum. A análise do coeficiente de similaridade da matriz gerada mostrou uma alta similaridade entre as estirpes de cada subespécie, com exceção de P. carotovorum subsp. carotovorum que mostrou uma alta variabilidade. Estes resultados indicam que esta estratégia gera uma matriz que pode ser utilizada no cálculo do coeficiente de similaridade e auxiliar na identificação de estirpes de pectobactérias. / The differences among species and subspecies of pectobacteria and other phytopathogenic bacteria are identified mainly by biochemical and physiological methods. Through arrays (macro and micro) of DNA probes, a matrix, similar to one generated by the results of biochemical and physiological tests, could be built and used to identify strains. To accomplish this, it is necessary to choose probes associated to characteristics at genus, species and subspecies levels. As probes are obtained by PCR, the objective of this research was to select primers based on phenotypic and genotypic traits. Most selected primers amplified the bacterial DNA, giving a distinct pattern to species and subspecies. However, some primers produced no bands or non-specific ones. Primers 149LF/L1r amplified DNA from all Pectobacterium spp., while ADE1/ADE2 generated band only with the DNA of P. chrysanthemi. Y45/Y46 and ECA1F/ECA1R are specific to P. carotovorum subsp. atrosepticum. Other primers amplified DNA of some strains inside of a specific species or subspecies: RdgF/RdgR and PnlF/PnlR to P. carotovorum, Br1F/L1R and HrpNF/HrpNR to P. carotovorum subsp. brasiliensis, and CytR-RdF/CytR-BR to P. carotovorum subsp. atrosepticum. The analysis of the similarity coefficient of the matrix revealed a high level of similarity among the strains of each subspecies, with the except to P. carotovorum subsp. carotovorum. These results indicate that this strategy can be used to create a matrix for the calculation of a similarity coefficient which could be used to identify all major strains of pectobacteria.
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Predisposição de macieiras (Malus domestica Borkh.) com infecções virais a Cryptosporiopsis perennans (Zeller & Childs) Wollenweber em frutos e Colletotrichum gloeosporioides (Penzig. & Sacc. em folhas / Predisposing of apple plants (Malus domestica Borkh.) with viral infections to Cryptosporiopsis perennans (Zeller & Childs) Wollenwebwe in fruits and to Colletotrichum gloeosporioides (Penzig.) Penzig. & Sacc. in leavesGuerra, Denis Salvati January 2007 (has links)
A cultura da macieira no Brasil ocupa cerca de 35 mil hectares com uma produção que chega, em alguns anos, a 1 milhão de toneladas. Dentre os principais vírus que infectam as plantas estão os chamados latentes Apple stem grooving virus (ASGV), Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) e Apple stem pitting virus (ASPV) como também o Apple mosaic virus (ApMV). Atualmente, entre as doenças fúngicas mais importantes estão à podridão de olho de boi causadas por Cryptosporiopsis perennans e a mancha foliar da gala causada por Colletotrichum gloeosporioides. O objetivo deste trabalho foi o de avaliar a predisposição em frutos e folhas da cultivar Maxi Gala com infecções virais a C. perennans e a C. gloeosporioides, respectivamente. Em frutos as infecções virais utilizadas foram: ACLSV (C), ACLSV+ ASPV+ ApMV (C+P+M), ASGV (G), ASGV + ASPV (G+P), ASGV + ACLSV + ASPV (G+C+P), ASGV + ACLSV + ASPV + ApMV (G+C+P+M). Foram analisadas nos frutos durante a colheita e após o armazenamento as variáveis de incidência e o número de lenticelas necrosadas, teor de açúcar, firmeza, escala iodo-amido, lenticelas abertas (l.a.), atividade das enzimas peroxidases (PO) e polifenol oxidase (PPO) e teor de fenóis. Em plantas com infecção do vírus ASGV foram avaliadas a incidência, número de manchas, severidade, taxa de progresso da doença, período de incubação, a atividade de enzimas PO e PPO e teor de fenóis analisadas em ramos. Os frutos com infecções virais apresentam maior predisposição a C. perennans, pois tiveram mais incidência, exceção de C, durante a colheita e após armazenamento e número de lenticelas necrosadas após o armazenamento. Os frutos com G+C+P+M apresentaram-se mais maduros e mais l.a. na colheita e após o armazenamento. Os frutos com infecção de G e G+C+P+M apresentaram menor atividade da PO, mas sem alteração da PPO ou do teor de fenóis. As plantas com ASGV apresentaram maior predisposição à infecção de C. gloeosporioides, pois apresentaram maior incidência, número de manchas, severidade e menor tempo de incubação e PPO. / Apples are grown in Brazil on approximately 35 thousand hectares with a production that reaches 1 million ton in some years. The so called latent apple viruses Apple stem grooving virus (ASGV), Apple chlorotic leaf spot virus (ACLSV) and Apple stem pitting virus (ASPV) as well as Apple mosaic virus (ApMV) stand out as the most commonly involved in apple viral infections. Bull´s eye rot caused by Cryptosporiopsis perennans and the Gala leaf spot caused by Colletotrichum gloeosporioides are among the most important fungal diseases. The objective of this study was to evaluate the effect of viral infections on predisposing apple plants, cv. Maxi Gala, to subsequent infections by C. perennans and by C. gloeosporioides in fruits and leaves, respectively. In fruits the treatments ACLSV (C), ACLSV+ ASPV+ ApMV (C+P+M), ASGV (G), ASGV + ASPV (G+P), ASGV + ACLSV + ASPV (G+C+P), ASGV + ACLSV + ASPV + ApMV (G+C+P+M) were analyzed at harvest and after cold room storage period in relation to disease incidence, number of necrotic lenticels, sugar content, firmness, iodine-starch, lenticel opening (l.o.), the activity of peroxydases (PO), polyphenol oxydase (PPO) and the phenol content. In plants pre-infected with ASGV the incidence and the number of leafspots per leaf, severity and the rate of disease progress, incubation period of Colletotrichum gloeosporioides, the activity of the enzymes PO and PPO and phenol content in twigs were analysed. The incidence of C. perennans in fruits pre-infected with viruses was higher, excepting C, in these fruits at harvest and after cold storage, and the number of necrotic lenticels was higher. Ripeness of fruits pre-infected with G+C+P+M was advanced and fruits had higher l.o. at harvest and after storage. Fruits pre-infected with G and G+C+P+M showed a lower PO activity, but their PPO activity and phenolics contents were unaltered. C. gloeosporioides had a higher infectivity on leaves of plants with ASGV,showed higher disease incidence, leafspots and disease severity and lower incubation period and activity of PPO.
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Dinâmica populacional de Cryptoblabes gnidiella (Lepidoptera, Pyralidae) e parasitóides associados em pomares de videira, mantidos sob dois sistemas de manejo, no Rio Grande do Sul / Population dynamics of Cryptoblabes gnidiella (Lepidoptera, Pyralidae) and parasitoids associate in grapevine orchards, under two management systems, in Rio Grande do SulOliveira, Ricardo Bisotto de January 2006 (has links)
A traça-dos-cachos, Cryptoblabes gnidiella (Millière) (Lepidoptera, Pyralidae) é um inseto polífago associado a diversas espécies vegetais, dentre estas a videira. Nesta cultura, as lagartas alimentam-se nos cachos causando lesões nas bagas e o extravasamento do suco, o qual favorece a proliferação de doenças fúngicas que inviabilizam a utilização dos frutos para processamento ou consumo in natura. Neste trabalho foram investigados aspectos da dinâmica populacional da traça-doscachos em dois pomares de Vitis vinifera cv. Pinot Noir, sendo um mantido com aplicações de inseticida e o outro sem, no período de julho de 2004 a julho de 2005, em Bento Gonçalves, RS. A população de adultos de C. gnidiella foi monitorada utilizando-se armadilhas Delta iscadas com feromônio sexual sintético e os imaturos através da coleta e o exame de cachos e ramos de videira. Não houve diferença significativa no tamanho das populações de C. gnidiella entre os dois pomares. Constatou-se correlação significativa entre a temperatura máxima e a umidade relativa do ar e o número de imaturos nos cachos. O estágio fenológico da videira (período de cachos secos) foi o fator mais relacionado com a presença do inseto na cultura. Quatro espécies de microimenópteros foram registradas pela primeira vez parasitando a traça-dos-cachos: Pimpla croceiventris (Cresson) (Ichneumonidae), Venturia sp. (Ichneumonidae), Macrocentrus sp. (Braconidae) e uma espécie identificada apenas em nível de família (Perilampidae), sendo Apanteles sp., a primeira ocorrência para o Brasil. Com base nos resultados obtidos constatou-se que a permanência de cachos nos pomares após a colheita pode servir como refúgio para os imaturos de C. gnidiella no período de inverno e contribuir para as infestações na safra seguinte. / The honeydew moth, Cryptoblabes gnidiella (Millière) (Lepidoptera, Pyralidae) is a polyphagous insect associated to several vegetable species, including grapevine. In this culture, the larvae feed on grapes allowing leaking of juice and proliferation of fungus. It makes unfeasible the use of grapes for processing or consuming in natura. In this work, population dynamics aspects of honeydew moth were investigated in two vineyards of Vitis vinifera cv. Pinot Noir, one maintained with insecticide applications and the other, without it, from July/2004 to July/2005, in Bento Gonçalves, RS. The adults of C. gnidiella population were monitored by using Delta traps baited with synthetic sexual pheromone and, the immatures, through the collection and exam of berries and grapevine branches. Immatures of C. gnidiella were only registered in the berries. There was no significant difference in the size of the populations, in any insect stages, between the two orchards. Correlation was verified among the factors, maximum temperature and relative air humidity and the number of immatures in the berries. The largest number of adults and immatures was observed in the period of dry grapes. Four species of microhimenopterous were registered for the first time as parasitoids of honeydew moth: Pimpla croceiventris (Cresson) (Ichneumonidae), Venturia sp. (Ichneumonidae), Macrocentrus sp. (Braconidae) and one identified species just at family level (Perilampidae), being Apanteles sp., the first occurrence in Brazil. Based on the results, it was verified that the permanence of the dry grapes in the orchards after the crop, could serve as refuge for the immatures of C. gnidiella in the winter period, contributing for the infestations in the following harvest.
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Caracterização citogenética de populações de Hypericum caprifoliatum Cham. & Schltdl. (Clusiaceae) em comparação com outras espécies do gênero / Cytogenetic characterization of Hypericum caprifoliatum Cham. & Schltdl. (Clusiaceae) populations in comparison with other species of the genusNavarini, Ana Paula Guisso January 2008 (has links)
O gênero Hypericum, originário da Europa e Ásia, apresenta uma ampla distribuição em regiões tropicais e subtropicais e compreende aproximadamente 460 espécies. Destas, 20 têm ocorrência natural no Brasil, e concentram-se principalmente na Região Sul do país. As espécies deste gênero são amplamente utilizadas na medicina popular, devido as suas propriedades antivirais, antimicrobianas e antidepressivas. Devido à possibilidade de se explorar tais propriedades, há necessidade de estudos que auxiliem na compreensão taxonômica das espécies nativas da flora brasileira, buscando melhor entender a citogenética e a biologia floral, a fim de se obter meios que possibilitem incluí-las em programas de melhoramento genético. O presente trabalho teve por objetivos determinar o número cromossômico, analisar a meiose e a fertilidade do pólen em diferentes populações de H. caprifoliatum em comparação com H. cf carinatum, H. polyanthemum e H. perforatum. Um total de 18 populações foram analisadas. Os resultados constituem-se nas primeiras informações citogenéticas para as espécies, com exceção de H. perforatum. Os cromossomos destas espécies são muito pequenos (ca. 1,0 - 2,0 μm), numerosos e de difícil análise. O número cromossômico obtido foi de 2n cerca de (ca.) 48, para H. caprifoliatum e H. cf carinatum, e de 2n=32 para H. perforatum e cerca de 2n=32 para H. polyanthemum. Irregularidades na meiose foram observadas com maior freqüência em H. caprifoliatum e H. cf carinatum. A fertilidade do pólen variou de 42% e 89% entre as populações, sendo que foi observada uma grande variabilidade no tamanho dos grãos entre e dentro de populações, para H. caprifoliatum e H. cf carinatum, sugerindo que estas espécies, assim como outras do gênero, se reproduzem por apomixia. / The genus Hypericum, originated from Europe and Asia, is widely distributed in tropical and subtropical regions and contains around 460 species. From these, 20 occur naturally in Brazil, concentrated in the Southern Region. Hypericum species are widely used in folk medicine, due to their antiviral, antimicrobian and antidepressive properties. In order to explore these properties, studies that help to a better understanding of the Brazilian native species taxonomy, cytogenetics and floral biology are needed, aiming to include these species in genetic breeding programs. The objective of the present work was to determine chromosome numbers and to analyse meiosis and pollen fertility in different H. caprifoliatum populations, in comparison to H. cf carinatum, H. polyanthemum and H. perforatum. A total of 18 populations were studied. The results obtained are the first cytogenetic informations for these species, except H. perforatum. These species chromosomes are very small (ca. 1- 2 μm) in relative large numbers and of difficult analyses. The number of chromosomes was ca. 2n=48 for a H. caprifoliatum e H. cf carinatum, and 2n=32 for H. perforatum and ca. 2n=32 for H. polyanthemum. Meiotic irregularities were more frequent in H. caprifoliatum and H. cf carinatum. Pollen fertility ranged from 42% to 89% among the populations and a great variability in pollen grain sizes was found within and among H. caprifoliatum and H. cf carinatum populations, suggesting that these species, as other of the genus, reproduce by apomixis.
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Aspectos etiológicos e epidemiológicos do complexo Mancha Branca do Milho / Etiological and epidemiological aspects of the maize white leaf spot complexDe Carli, Márcio Luiz January 2008 (has links)
O experimento foi realizado em quatro locais: Cruz Alta, Mato Queimado, Machadinho e Vila Maria no Rio Grande do Sul. A avaliação da severidade da doença foi realizada com escala diagramática representando a porcentagem de área foliar afetada. A Área Abaixo da Curva de Progresso da Doença (AACPD) foi calculada e a média diária das variáveis climáticas como: precipitação, temperatura e umidade relativa foram correlacionadas com os índices da doença. Foram testados modelos matemáticos e os que melhor se ajustaram a curva de progresso da doença foi o linear para o híbrido suscetível, e o exponencial para o híbrido resistente. Observou-se correlação (R²) significativa de algumas variáveis climáticas com os índices da doença. Em geral foi verificado que o híbrido suscetível teve rendimento menor do que o híbrido resistente. Os componentes da resistência analisados (número e tamanho de lesão) se comportaramde maneira conflitante entre os ambientes. Só permitiram detectar diferenças entre os híbridos em dois ambientes estudados A Mancha Branca do Milho é uma doença que atinge as folhas do milho principalmente após o florescimento. Trabalhos sobre a etiologia desta doença não esclareceram qual é o verdadeiro agente etiológico no Brasil. As análises da epidemiologia da doença são importantes para observar as relações do patógeno com seu hospedeiro e a interferência das variáveis climáticas nesse sistema. Portanto, o objetivo deste trabalho foi identificar agentes causais e aspectos epidemiológicos da Mancha Branca do Milho. Para identificar os agentes etiológicos presentes nas lesões, foram coletadas folhas de milho dos híbridos AS1570 e AS 1567 em seis ambientes: Ribeirão Preto (SP), Chapadão do Sul (MS), Guarapuava (PR), Lages (SC), Mato Queimado e Vila Maria (RS). Foram encontrados dois fungos associados às lesões de Mancha Branca do Milho. Phoma sorghina foi o fungo predominante em quatro ambientes e Phoma sp. apenas em dois ambientes. Para o estudo da epidemiologia foram semeados dois híbridos, o AS32 e o AS3466, suscetível e resistente à Mancha Branca do Milho, respectivamente... / The analyses were done in randomize block design with four replications at locations: Cruz Alta, Mato queimado, Machadinho and Vila Maria in Rio Grande do Sul. Disease index was assessed percentage of leaf area affected. The Area Under Disease Progress Curve (AUDPC) was calculated and weather variables as average daily precipitacion, daily average temperature and daily average relative humidity. Were correlated with the disease index. Mathematical models were tested and the best adjusted to the disease progress curve were the linear model, for the susceptible hybrid, and the exponential model, for the resistant one. Significant correlation was observed for some climatic variables with the disease index. In general, it was verified that the susceptible hybrid had the lowest yields. The components of resistance analized (number and size of lesions) had a conflicting behavior at the environments studied. Differences between hybrids were found only in two environments. The Maize White Leaf Spot is a disease that affects the maize crop mainly at the physiological maturation period. Although knowledge is available about the etiology of this disease, there are many uncertainties about the etiological agent in Brazil. Also, the epidemiological analysis of the disease is important to observe disease patterns in relation to weather conditions. Therefore, the objective of this work was to identify the causal agents and to study epidemiological aspects of the Maize White Leaf Spot. Leaves of maize hybrids of AS1570 and AS1567 were collected in six different environments: Ribeirão Preto (SP), Chapadão do Sul (MS), Guarapuava (PR), Lages (SC), Mato queimado and Vila Maria (RS). In these locations two fungi had been found associated with the lesions: Phoma Sorghina was the predominant fungi in the four locations and Phoma sp. was found in higher frequency in two. For the epidemiological study, two hybrids were sown: the AS32 and the AS3466, respectively susceptible and resistant to the Maize White Leaf Spot...
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Respostas das plantas e modificação de propriedades do solo pela aplicação de escória básica de aciaria / Plant response and soil properties changes by aplication of steel basic slagWally, Marcio do Sacramento January 2007 (has links)
As escórias siderúrgicas, resultantes da fabricação de aços, possuem características químicas que indicam um possível uso na agricultura, como corretivos de acidez do solo e fontes de alguns nutrientes para as plantas. Porém, possuem componentes indesejáveis, como metais pesados, que podem provocar situações de risco ambiental. Com o objetivo de avaliar a eficiência agronômica e o aporte de metais pesados ao solo pela aplicação de escória básica de aciaria, foi conduzido um estudo em colunas de solo (Argissolo Vermelho distrófico típico – PVd; volume de 10 dm3/coluna), mantidas a céu aberto, em delineamento completamente casualizado, com quatro repetições. Os tratamentos aplicados ao solo, com base na dose para elevar o pH a 6,5 pelo método SMP, foram: 1 - Testemunha; 2 - CaCO3+MgCO3 (PRNT 100%) 3 - Trat. 2 + adubação NPK; 4 - Escória (partículas < 0,149 mm e PRNT 60%); 5 - Trat. 4 + NPK; 6 - Escória 2 x dose (1/3 partículas < 0,149 mm e 2/3 partículas 0,149 – 0,5 mm) + NPK; 7 - Trat. 4 + N; 8 - Escória 5 x dose (partículas 0,5 – 2,0 mm) + Trat. 3; 9 - Escória 10 x dose (partículas 2,0 – 15,0 mm) + Trat. 3. Foram feitos três cultivos (aveia – Avena sativa/inverno de 2002, aveia/inverno 2003 e milho – Zea mays/verão 2004). Após cada cultivo, foi feita a amostragem do solo (12, 18 e 24 meses após aplicação dos tratamentos). Quando em doses equivalentes, a escória proporcionou aumentos dos valores de pH, CTC efetiva e saturação por bases e teores de Ca e Mg do solo semelhantes ao carbonato. À exceção do Mg, estes atributos foram maiores nos tratamentos com maiores doses e diâmetro de partículas, indicando a reatividade também das frações mais grossas da escória. Tanto para o carbonato como para a escória, a produção de matéria seca das plantas aumentou com a adição de NPK, indicando que o resíduo não supre adequadamente os nutrientes P e K, conforme também demonstrado pelas análises das plantas e do solo. Entre os micronutrientes, apenas o Mn teve aumento de disponibilidade, mas tendeu a diminuir com o aumento do pH do solo. Nos tratamentos com escória, os teores dos metais Cd, Cr, Ni e Pb nas plantas não diferiram da testemunha e, em geral, suas quantidades absorvidas não diferiram do tratamento com carbonato e NPK. Dentre os metais avaliados, somente Mn, Cr e Ni nas maiores doses de escória (2, 5 e 10 X) tiveram acúmulo no solo maior que os tratamentos testemunha e com carbonato. Os resultados indicam que a escória utilizada é eficiente na correção da acidez do solo e que, quando aplicada em dose para elevar o pH até 6,5, em solos com características semelhantes ao estudado, não representa risco de acúmulo excessivo de metais pesados. / The siderurgic slags, byproducts of steel production, have chemical characteristics that indicate a possible use in agriculture, as liming materials and sources of some plant nutrients. However, they may enclose undesired components, like heavy metals, which may result in situations of environmental hazard. In order to evaluate its agronomic efficiency and the heavy metals accumulation in the soil by the application of steel basic slag, an experiment was carried out in soil columns (Typic Paleudult; 10 dm3/column soil volume), under natural rainfall conditions, in a completely randomized design with four replications. Soil treatments based on the liming rate do achieve pH 6,5 by the SMP method were: 1 - Control; 2 - CaCO3+MgCO3 (neutralizing value - NV 100%) 3 - Treat. 2 + NPK fertilizers; 4 - Slag - 1 x rate (particles < 0,149 mm e NV 60%); 5 - Treat. 4 + NPK; 6 – Slag - 2 x rate (1/3 particles < 0,149 mm e 2/3 particles 0,149 – 0,5 mm) + NPK; 7 - Treat. 4 + N fertilizer; 8 – Slag - 5 x rate (particles 0,5 – 2,0 mm) + Treat. 3; 9 – Slag - 10 x rate (particles 2,0 – 15,0 mm) + Treat. 3. Oat plants (Avena sativa) in 2002 and 2003 winters and corn plants (Zea mays) in 2004 summer were grown on the treated soil, which was sampled after each crop (12, 18 and 24 months after treatments application). At equivalent rates both slag and carbonate increased similarly the values of pH, effective CEC and bases saturation and the Ca and Mg contents in the soil. Except for Mg, these attributes were higher for the treatments with slag at higher rates and larger particle size showing the reactivity of the coarse factions. For both carbonate and slag, plant dry matter yield increased only with NPK fertilization, showing that this residue did not supply P and K, as also observed in plants and soil analysis. Among micronutrients only Mn showed increase in availability, but tended to decreased with soil pH rise. In general, there was no significant difference for plant concentration of the metals Cd, Cr, Ni and Pb among slag and control treatments as well as their plant accumulation among slag and carbonate+NPK treatments. Among the analysed metals, only Mn, Cr and Ni at higher slag rates (2, 5 and 10 x) increased in the soil to values significantly higher than control and carbonate treatments. The results show that the used slag is efficient as liming material and that it is not expected to provide excessive heavy metals accumulation when applied at rates to rise pH value up to 6,5 in soils with similar characteristics to the one in this study.
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Detecção de Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis em plantas de batata através de PCR com oligonucleotídeos iniciadores a partir das seqüências dos genes pnl e rdg / Detection of Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis in potato plants through pcr with primers based on pnl and rdg gene sequencesRibas, Aícha Daniela Ribas e January 2007 (has links)
A canela-preta, causada por Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis (Pcbr), está entre as principais doenças bacterianas da batata. Estudos epidemiológicos desta doença dependem de métodos eficientes de detecção. Como a principal característica das pectobactérias é a produção de enzimas pectolíticas em grande quantidade, os genes pnl e rdg, relacionados à pectina liase foram selecionados para a projeção de oligonucleotídeos iniciadores (primers) específicos para Pcbr. Os alinhamentos das seqüências de nucleotídeos dos genes pnl e rdg mostraram a existência de seqüências conservadas entre as estirpes de Pcbr, a partir das quais foram projetados os primers PcbrPnlF/ PcbrPnlR e PcbrRdgF/PcbrRdgR, que geraram produtos de 130 e 180 pb, respectivamente. Para a avaliação dos primers e métodos de extração de DNA Total, 10 hastes de plantas de batata com sintomas de canela-preta, foram coletadas de cada uma de quatro lavouras (Ágata: 3, Asterix: 1) no município de São Francisco de Paula, RS. Pcbr foi detectada através de PCR com PcbrRdgF/PcbrRdgR e DNA extraído por fervura e FTACard em 25 e 55% das amostras, e com PcbrPnlF/ PcbrPnlR em 12 e 45%, respectivamente. Estes resultados indicaram que os primers PcbrRdgF/PcbrRdgR foram mais eficientes, tanto na extração com FTACard (22%) quanto por fervura (108%). A detecção por PCR com ambos pares de primers foi maior quando o DNA foi extraído pelo método FTACard. / Blackleg, caused by Pectobacterium carotovorum subsp. brasiliensis (Pcbr), is among the major bacterial diseases of potato. Epidemiological studies of this disease depend on efficient methods of detection. As the main trait of pectobacteria is the production of large amounts of pectolytic enzymes, genes pnl and rdg, related to pectin liase, were chosen to project primers specific to Pcbr. The nucleotide sequence alignments of the genes pnl and rdg showed the existence of conserved sequences among Pcbr strains. Primers PcbrPnlF/PcbrPnlR (130 bp product) and PcbrRdgF/PcbrRdgR (180 bp product) were designed based on them. To evaluate them and the total DNA extraction methods, 10 stems of potato plants, with blackleg, were harvested from each of four fields (Ágata: 3; Asterix: 1) in the São Francisco de Paula county, RS. Pcbr was detected through PCR with PcbrPnlF/ PcbrPnlR and PcbrRdgF/PcbrRdgR primers and DNA extracted by boiling and FTACard in 25 and 55%, and in 12 and 45% of stems, respectively. These results indicated the PcbrRdgF/PcbrRdgR primers were more efficient with DNA extracted by both boiling (108%) and FTACard (22%). Pcbr detection using both primer sets was higher with DNA extracted by FTACard method.
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Relações ecológicas entre Euryades corethrus BOISDUVAL e Euryades. duponchelii LUCAS (LEPDOPTERA: TROIDINI) avaliadas através de modelagem preditiva de distribuição de espécies e interações com suas plantas hospedeiras e biogeografiaAtencio, Guilherme Wagner Gutierrez January 2014 (has links)
Euryades corethrus e Euryades duponchelii são duas espécies de borboletas classificadas na família Papilionidae, que se distribuem nas províncias biogeográficas do Chaco e Pampa ao longo da Argentina, Uruguai, Paraguai e sul do Brasil. Os registros de ocorrência, obtidos através de levantamento em coleções entomológicas e inventariamentos de fauna presentes na literatura, sugerem que não há grande sobreposição ecológica entre estas espécies, apesar delas utilizarem as mesmas plantas como hospedeiras (Aristolochia sessilifolia, Aristolochia fimbriata, Aristolochia lingua, Aristolochia angustifolia e Aristolochia labiata). De acordo com os registros obtidos, as populações de ambas as espécies apresentam distribuições que sugerem uma especiação por alopatria. Contudo, como não existem barreiras geográficas à dispersão das espécies, os motivos de tal separação espacial entre as populações não são conhecidos. O objetivo deste trabalho é estudar os fatores ecológicos que possam estar relacionados às distribuições geográficas das duas espécies de Euryades. Inicialmente foi feita uma modelagem preditiva de distribuição (MPD) para as duas espécies de borboletas, utilizando para tanto as ocorrências registradas em coleções e publicações científicas. A seguir, o mesmo procedimento foi aplicado às plantas hospedeiras, a fim de relacionar a área de distribuição das borboletas com o recurso alimentar dos imaturos. A análise da sobreposição entre estas MPDs não demonstrou relação entre a ocorrência da borboleta com uma espécie particular de Aristolochia. Entre as espécies de Euryades foi verificada sobreposição de ocorrência, o que sugere requerimentos ecológicos similares, hipótese corroborada pela análise de NMDS (Nonmetric Multidimensional Scaling). A análise Panbiogeográfica suporta a hipótese de que um processo biogeográfico histórico possa ter causado a separação de uma espécie ancestral nas duas atuais. Possivelmente tenha ocorrido uma especiação por alopatria, o que levou as duas populações separadas a evoluírem adaptações específicas às condições microecológicas as quais foram submetidas.
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Avaliação do dano e da suscetibilidade de cultivares de arroz A Sitophilus zeamais (Col., Curculionidae) e incidência fúngica durante o armazenamento / Evaluation of damage and susceptibility of cultivars rice to Sitophilus zeamais (Col., Curculionidae) and impact fungal during storageColares, Tatiane January 2014 (has links)
Atualmente o arroz (Oryza spp.) é o cereal de maior importância alimentar no mundo. O Brasil está entre os dez principais países produtores, a safra 2012/2013 foi de 11,9 milhões de toneladas. Um dos principais problemas está na etapa de armazenagem, onde prejuízos causados por ataques de pragas chegam a 10%. Assim, os objetivos deste trabalho foram avaliar os danos e a suscetibilidade dos grãos de arroz ao ataque de Sitophilus zeamais (Col., Curculionidae). O experimento foi realizado no laboratório de pós-colheita de grãos, da Universidade Federal do Rio Grande do Sul, utilizando grãos de arroz de nove cultivares. No Experimento 1 foi realizado teste sem chance de escolha para verificar a suscetibilidade dos grãos. No experimento 2 foi avaliada a perda de qualidade nos grãos, quando submetidos à infestação com Sitophilus zeamais, durante seis meses de estocagem. Também foram avaliadas a emergência e mortalidade dos insetos. A contaminação microbiológica, a umidade, o peso de mil grãos e o desempenho industrial. Através dos resultados obtidos podemos concluir que no Experimento 1 a cultivar IRGA 426 é a mais suscetível e as variedades IRGA 425 e 427, são as menos suscetíveis. Já no experimento 2 os gêneros de fungos isolados foram Fusarium sp., Aspergillus sp., Penicillium sp., Alternaria sp., Bipolaris sp., Nigrospora sp. e Phoma sp., com predominância do gênero Fusarium sp. A variação no peso de mil grãos está relacionada tanto ao consumo de grãos pelos insetos, quanto, com a quantidade de água nos grãos. A umidade dos grãos de arroz apresentou inicialmente uma tendência de equilíbrio higroscópico e posteriormente um aumento em função da presença dos insetos. As variedades Avaxi e IRGA-426 apresentaram as maiores variações no rendimento de grãos inteiros, entre o início e final do armazenamento. A emergência de insetos aumentou durante o armazenamento para todas as cultivares avaliadas, sendo que a cultivar IRGA 426 apresentou o maior índice de insetos emergidos. Os índices de mortalidade aumentaram em todas as cultivares avaliadas durante o armazenamento e na cultivar IRGA 426, foram superiores aos demais. Ao final do período de armazenamento a variedade IRGA 426 apresentou a maior perda de peso. / Currently, rice (Oryza spp.) is the cereal most important cereal in the world. Brazil is among the ten major producing countries, the 2012/2013 harvest was about 11,9 million tons. One of the main problems is the storage phase, where damages caused by pest attacks can reach to losses of 10%. The objectives of this study were to assess the damage and susceptibility of rice grains attacked by Sitophilus zeamais (Col., Curculionidae). The experiment was conducted in the laboratory of post-harvest grains, at Federal University of Rio Grande do Sul, using nine different rice cultivars. In Experiment 1 the no-choice test was conducted to verify the susceptibility of the grains. In experiment 2, we assessed the quality loss in the grains when subjected to infestation with Sitophilus zeamais during six months of storage. During this experiment, was evaluated the emergence and insect mortality, microbiological contamination, grain moisture and weight and industrial performance. From the results obtained we can conclude that in Experiment 1 cultivar IRGA 426 and is the most susceptible and IRGA 425 and 427 are the less susceptible. In the second experiment, seven fungal genera were isolated: Fusarium sp, Aspergillus sp., Penicillium sp., Alternaria sp., Bipolaris sp., Nigrospora sp. and Phoma sp., with predominance of Fusarium sp. The variation in grain weight is related to both grain consumption by insects and the amount of water in the grains. The moisture of the rice grains initially tended to equilibrium moisture content and subsequently increased due to the presence of insects. The Avaxi and IRGA 426 varieties showed the greatest variations in yield of whole grains, between the beginning and end the end period of storage. The emergence of insects increased during storage for all cultivars, and cultivar IRGA 426 showed the highest proportion of emerged insects. Mortality rates increased in all cultivars evaluated during storage and cultivar IRGA 426 presented the higher rates. At the end of the storage period the variety IRGA 426 showed the greatest weight loss.
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Desenvolvimento de qPCR para detecção de Xanthomonas oryzae em sementes de arroz / Development of qPCR for detection of Xanthomonas oryzae in rice seedsSouza Júnior, Ismail Teodoro de January 2014 (has links)
Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) e X. oryzae pv. oryzicola (Xoc), agentes causais do crestamento foliar bacteriano (CFB) e estria bacteriana da folha (EBF), respectivamente, são pragas ausentes no Brasil, transmitidas por sementes, com potencial de comprometer seriamente a produção brasileira de arroz. O intercâmbio comercial de sementes aponta o exame laboratorial como estratégia fundamental na exclusão de tais pragas. O objetivo desta pesquisa foi desenvolver e validar um método detecção, dos patovares de X. oryzae (Xo) em sementes de arroz através de qPCR. A sonda XRS foi desenvolvida e, apesar de não distinguir os dois patovares, sua alta sensibilidade, 30 fg/μL de DNA, equivalendo a seis células bacterianas, evidenciou sua eficiência. O método sem isolamento em meio de cultura permitiu detectar até 4,2x102 UFC.mL-1. A análise de 468 amostras (162 nacionais e 306 importadas) de sementes de arroz de três safras não indicou a presença de Xo. A caracterização de 21 isolados de Xanthomonas sp., positivos no ELISA (Agdia, BRA 85000) para Xoo, mostrou variabilidade entre os isolados e a distinção destes de Xo. / Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Xoo) and X. oryzae pv. oryzicola (Xoc), the causal agents of bacterial leaf blight (BLB) and bacterial leaf streak (BLS), respectively, are pests absent in Brazil, transmitted by seeds, with potential to seriously compromised the Brazilian rice production. The commercial interchange of seeds indicates the laboratory analysis as a fundamental strategy in the exclusion of such pests. The objective of this research was to develop and validate a method for detection of pathovars of X. oryzae (Xo) in rice seeds by qPCR. The XRS probe was developed and, despite not distinguish the two pathovars of Xo, its high sensitivity, 30 fg/μL of DNA, equivalent to six bacterial cells, demonstrated its efficiency. The method without isolation in culture medium, allowed to detect up to 4,2 x102 CFU.mL-1. The analysis of 468 samples of rice seeds (162 national and 306 imported) in three crops, not indicated the presence of Xo. Characterization of 21 isolates of Xanthomonas sp. positive on ELISA (Agdia, BRA 85000) to Xoo, showed variability among isolates and distinction from Xo.
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