Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Botânica, 2011. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-06-01T15:22:12Z No. of bitstreams: 1 2011_AndrielleCamaraAmaral.pdf: 7647817 bytes, checksum: 9a226ce288a2a38967f5b6b2009c3f9d (MD5) / Approved for entry into archive by Elzi Bittencourt(elzi@bce.unb.br) on 2012-06-02T15:42:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_AndrielleCamaraAmaral.pdf: 7647817 bytes, checksum: 9a226ce288a2a38967f5b6b2009c3f9d (MD5) / Made available in DSpace on 2012-06-02T15:42:52Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_AndrielleCamaraAmaral.pdf: 7647817 bytes, checksum: 9a226ce288a2a38967f5b6b2009c3f9d (MD5) / O conhecimento sobre a diversidade de espécies dos principais gêneros de Amaryllidaceae nativos do Brasil é insuficiente, e os caracteres taxonômicos utilizados para a delimitação dos próprios gêneros e distinção das espécies necessitam de aprimoramento. As Amaryllidaceae constituem-se em um importante objeto de estudo devido à importância de suas espécies com potencial ornamental na flora tropical. Há controvérsias entre os autores em relação à delimitação dos gêneros na família. A delimitação de Habranthus é muito confusa, em muitas espécies as descrições foram baseadas apenas na parte reprodutiva, a partir do material herborizado. Por isso, ainda carece de maior detalhamento, o que deve começar ao nível de espécie. O presente estudo foca nas espécies brasileiras do gênero Habranthus e traz três abordagens principais. A primeira, com o levantamento das espécies do gênero Habranthus no Brasil, trazendo lista de espécies, caracterização morfológica, descrições, ilustrações e mapas de distribuição e chaves de identificação. A segunda abordagem traz os resultados da pesquisa taxonômica realizadas no material original das espécies e seus protólogos e apresenta tipificações e sinonimizações das espécies de ocorrência no Brasil. E a terceira abordagem procura esclarecer o posicionamento de Habranthus em relação a outros gêneros de Amaryllidaceae, tendo em vista a antiga controvérsia na família sobre a validade dos gêneros Habranthus e Zephyranthes. Os resultados desses estudos indicam a presença de 21 espécies de Habranthus para o Brasil. Dez espécies foram tipificadas. Os resultados moleculares suportam melhor o tratamento de Habranthus e Zephyranthes como um único gênero monofilético sob o nome mais antigo, Zephyranthes Herb. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Knowledge of the species diversity of the major genera of Amaryllidaceae native to Brazil is inadequate, and the taxonomic characters used to delimit the genus and the species should be improved. The Amaryllidaceae constitute an important object of study because of the importance of its members as potential ornamental species of the tropical flora. There is controversy among authors concerning the delimitation of genera in the family. The delimitation of Habranthus is very confusing; in many species descriptions were based only on the reproductive characters, taken from herbarium specimens. Therefore, further more detailed research, which must begin at the species level is needed. This study focuses on species of the genus Habranthus and provides three main approaches. The first, to survey the species of the genus Habranthus in Brazil, including the list of species, morphological characterization, descriptions, illustrations and distribution maps and identification keys. The second approach brings the results of taxonomic research done as the original material of the species and its protologue with typifications and synonyms of the species occurring in Brazil. The third approach strives to clarify the positioning of Habranthus in relation to other genera of Amaryllidaceae, in view of the old family dispute about the validity of the genera Habranthus and Zephyranthes. The results of these studies indicate the presence of 21 species of Habranthus in Brazil. Ten lectotypifications are proposed. A molecular data support treating Habranthus and Zephyranthes as a monophyletic genus under the name Zephyranthes Herb.

Resumo: Orchidaceae é uma das maiores famílias dentre as angiospermas, possui cerca de 25.000 espécies e apresenta distribuição cosmopolita, porém em maior número nas regiões tropicais e subtropicais. Em relação ao neotrópico, a Floresta Atlântica Brasileira é uma das áreas mais ricas em orquídeas. No Brasil o número de espécies é de cerca de 2.400 distribuidas em 240 gêneros. Phymatidium é um gênero monofilético pertencente a subfamília Epidendroideae, tribo Cymbidiae e subtribo Oncidiinae. É caracterizado por plantas epífitas, que crescem geralmente na borda das matas, frequentemente encontradas no tronco e ramos de Myrtaceae e Rutaceae. O gênero é endêmico da América do Sul, restrito ao bioma Mata Atlântica no Brasil, Argentina e Uruguai. Consiste de nove espécies e duas variedades, algumas com ampla distribuição e outras altamente restritas. Dividido em três capítulos este trabalho tem como objetivo investigar as relações filogenéticas intra-genéricas e o melhor método para representar sua filogenia (Capitulo 1), estabelecer padrões de riqueza, diversidade, complementaridade e áreas de endemismo do gênero (Cap. 2) e apresentar sua flora para o estado do Paraná (Cap. 3). A partir de consultas a materiais de herbários nacionais e estrangeiros e coletas, levantaram-se características morfológicas qualitativas e quantitativas além de dados de ocorrência. Como hipótese filogenética para o gênero, escolheu-se a análise combinada de dados moleculares e morfológicos qualitativos, apesar dos dados morfológicos quantitativos possuírem sinal filogenético e fornecerem algumas sinapomorfias adicionais. As regiões com maior riqueza e diversidade estão concentradas no litoral brasileiro, iniciando no sul do Espírito Santo e alcançado o sul do estado de Santa Catarina. Nesta faixa também se encontram as áreas consideradas prioritárias para a conservação in situ e de alto endemismo para o gênero. No estado do Paraná, foram encontradas cinco espécies e duas variedades, distribuídas por 35 municípios, ocorrendo principalmente na Floresta Ombrófila Densa e Floresta Ombrófila Mista.

Orientador: Maria de Fatima Aleixo Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-17T07:21:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lagoa_AnaMariaMagalhaesAndrade_M.pdf: 4505655 bytes, checksum: 5acffcdefb50091ffd20b68682793c53 (MD5) Previous issue date: 1983 / Resumo: Pouco é conhecido a respeito da germinação de sementes de Ricinus communis , apesar da importância econômica destas sementes O objetivo deste trabalho, foi estudar alguns fatores que afetam a germinação desta espécie. As sementes de R. communis (mamona) cv. guarani são fotoblásticas negativas, sendo que esta sensibilidade à luz é dependente da temperatura, pois a ¿20 GRAUS¿ as sementes germinam igualmente na luz e no escuro. O tegumento destas sementes também afeta o fotoblastismo , uma vez que sementes nuas atingem altas porcentagens de germinação na luz. O tegumento das sementes de mamona afeta a germinação impedindo, em parte a protrusão da radicula. A carúncula,outro tipo de tegumento das sementes, retarda a germinação, sendo este efeito mais evidente em sementes mais velhas. Supõe-se que o efeito da carúncula de deva à presença de substâncias fenólicas, que utilizariam parte do oxigênio do meio, diminuindo a disponibilidade deste gás para o embrião. A lixiviação das sementes de mamona inibe a germinação. Acredita-se que este efeito de deva a modificações nos níveis de substâncias com atividade giberelinica e de substâncias inibidoras, causadas pela lixiviação.Em extratos de frações ácidas de sementes não lavadas ocorrem substâncias com atividade giberelinica cujo nível é bem menor em sementes lavadas. Nestas últimas encontra-se um pico de inibição não encontrado em sementes não lavadas. ...Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Not informed. / Mestrado / Biologia Vegetal / Mestre em Ciências Biológicas

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-06-05T18:35:12Z No. of bitstreams: 1 2017_PedroMarettiBrant.pdf: 2836357 bytes, checksum: 9d3963f4506e49546ec09c79daaa34f4 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-06-20T21:20:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_PedroMarettiBrant.pdf: 2836357 bytes, checksum: 9d3963f4506e49546ec09c79daaa34f4 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-20T21:20:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_PedroMarettiBrant.pdf: 2836357 bytes, checksum: 9d3963f4506e49546ec09c79daaa34f4 (MD5) Previous issue date: 2017-06-20 / A floricultura no Brasil teve início como atividade secundária da fruticultura nos estados de São Paulo e Santa Catarina no início do século XX e atualmente apresenta um crescimento anual de exportação maior que a média mundial. O Distrito Federal (DF) é o décimo em valor de mercado no país, sendo um mercado altamente promissor por apresentar a maior renda per capita do país. Com a expansão do setor, aumento na incidência das doenças e a constante introdução de mudas e sementes exóticas no país, fatores de cultivo, manejo e sanidade vegetal podem constituir um entrave à produção de ornamentais no país e DF. Ainda assim, pesquisas direcionadas a detecção precisa de espécies virais ocorrendo em plantas ornamentais são incipientes no país e escassas no DF. O estudo de viroma em combinação com as estratégias de Next Generation Sequencing (NGS), tendo o apoio das metodologias de bioinformática, têm possibilitado uma eficiente descrição de diferentes organismos presentes em diferentes amostras biológicas nos mais diversificados ambientes e proporcionado avanços significativos em diferentes campos das ciências, incluindo a virologia vegetal. Neste trabalho, um pool composto por dez espécies de plantas ornamentais provenientes do Viveiro I da NOVACAP (Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil) foi submetido ao sequenciamento NGS. Após análise dos dados gerados, por meio de diferentes técnicas de bioinformática, sequências novas foram encontradas, indicando seis prováveis novas espécies virais em diferentes gêneros e famílias. Duas prováveis espécies novas de Nucleorhabdovirus (família Rhabdoviridae) foram identificadas, sendo uma delas em Pachystachys lutea (camarão-amarelo) e a outra em Coreopsis lanceolata (margaridinha). Nesta mesma ornamental, margaridinha, identificou-se também uma provável espécie nova do gênero Umbravirus (família Tombusviridae). Outro representante da família Tombusviridae, neste caso uma espécie classificada no gênero Pelarspovirus, foi identificada em Jasminum nitidum (jasmim estrela). As demais espécies, uma do gênero Cytorhabdovirus e outra uma do gênero Potyvirus, foram detectadas no pool de amostras. Dentre essas prováveis espécies novas de vírus, duas sequências detectadas nas plantas ornamentais C. lanceolata e P. lutea apresentaram maior proximidade com os vírus Sonchus yellow net nucleorhabdovirus (SYNV) e Potato yellow dwarf nucleorhabdovirus (PYDV), respectivamente, e foram denominadas como Coreopsis mottle-associated virus (CMaV) e Pachystachys mosaic-associated virus (PMaV). Para CMaV e PMaV, o genoma total foi recuperado mediante amplificação genômica nas amostras originais utilizando primers internos sobrepostos, sendo as extremidades 3’ e 5’ recuperadas através da técnica RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends - RACE). Após estes procedimentos, sequências foram obtidas via sequenciamento Sanger, confirmando a alta identidade com a sequência montada in silico pelo NGS. Com a sequência completa dos dois vírus procedeu-se análises filogenéticas. A partir de análises comparativas via alinhamento múltiplo de sequências (MSA), alinhamento pairwise e filogenéticas, propôs-se que CMaV e PMaV sejam prováveis espécies novas para o gênero Nucleorhabdovirus, tendo em vista a identidade nucleotídica de 56,99% entre os genomas de CMaV e SYNV e 46,99% entre PMaV e PYDV. / In Brazil, the floriculture agribusiness started as a minor activity in the São Paulo and Santa Catarina states in the early 20th century and currently its annual market growth is bigger than worldwide’s mean. The Federal District (DF) is ranked in the 10th place in terms of market value in Brazil, being a highly promising market due to the high average per capita income of its population. With the expansion of this sector, it was observed a significant increase in the incidence of diseases due to the constant transit and introduction into the country of exotic plant material and seeds. In addition, the implementation of new crop management practices is also having direct effects on disease outbreaks. These factors may affect the sustainability of the ornamental plant agribusiness sector in the country. Research efforts aiming to develop accurate diagnostic tools for viral species occurring in ornamental plants are yet incipient in the country. The virome study employing Next Generation Sequencing (NGS) techniques, combined with bioinformatics methods, has been considered as the most powerful strategy aiming to exploit the genetic diversity of organisms present in any biological sample and allowed significant advances in different fields of science, including plant virology. For this work a pool of ten ornamental plants from NOVACAP (Companhia Urbanizadora da Nova Capital do Brasil) Nursery 1 was sent to NGS. Posterior to data analysis, the sequences obtained were compared to reference genomes from DNA data banks and assembled, producing potential six plant virus sequences in different genera and families. Two probable new species from Nucleorhabdovirus (Rhabdoviridae family) were identified, one in Pachystachys lutea and other in Coreopsis lanceolata. In this ornamental plant, C. lanceolata, it was identified as well a probable new species of the genus Umbravirus (Tombusviridae family). Other member of the Tombusviridae family, now from the Pelarspovirus genus, was identified in Jasminum nitidum. Two of the assembled species, one of the Cytorhabdovirus genus and other from the Potyvirus genus, were detected in the pool only. Among these probable new viral species, two sequences that were detected in the ornamental plants C. lanceolata and P. lutea were close to the Sonchus yellow net nucleorhabdovirus (SYNV) and Potato yellow dwarf nucleorhabdovirus (PYDV) viruses, respectively, and were named as Coreopsis mottle-associated virus (CMaV) and 4 Pachystachys mosaic-associated virus (PMaV). For CMaV and PMaV, the total genome was recovered by amplifying the genome from the original samples using sintesyzed primers, while the 3’ and 5’ ends with the RACE (Rapid Amplification of cDNA Ends) technique. Posterior to these assays, sequences were obtained from Sanger sequencing method, confirming the high identity with the in silico assembled sequence from NGS. With the complete sequence of both viruses, phylogenetics assays were made. With the multiple sequence alignment (MSA), pairwise alignment and phylogenetics, we propose that CMaV and PMaV are probable new viruses from the Nucleorhabdovirus genus, as the nucleotide identity of the genome were 56.99% from CMaV and SYNV and 46.99% from PMaV and PYDV.

Orientador: Maria do Carmo Bittencourt de Oliveira / Banca: Luiz Henrique Zanini Branco / Banca: Mariana Cabral de Oliveira / Resumo: As cianobactérias apresentam uma ampla variabilidade fenotípica e ecológica. Porém, esta variabilidade, muitas vezes, não corresponde à sua diversidade genética. Assim, o uso de marcadores moleculares é fundamental para os estudos de filogenia neste grupo. Entretanto, a filogenia molecular enfrenta um desafio na seleção dos marcadores devido à ocorrência relativamente frequente da transferência de genes de forma lateral entre os procariotos. Em cianobactérias os marcadores dos espaçadores dos genes ribossomais (16S-23S-ITS rDNA) e do operon da ficocianina (PC-IGS) estão entre os mais utilizados nestes estudos. Contudo, alguns trabalhos sugerem que o PC-IGS possa ter sito transferido lateralmente em sua história evolutiva. A identificação de morfoespécies dos gêneros Microcystis e Geitlerinema é baseada em caracteres morfológicos que em geral não correspondem à sua variabilidade genética. Com o objetivo de investigar a transferência lateral do operon da ficocianina em Geitlerinema e Microcystis, foram obtidas e comparadas árvores filogenéticas de ambas espécies baseadas nos marcadores PC-IGS e 16S-23S-ITS rDNA. As topologias das árvores obtidas para ambos os marcadores foram muito semelhantes e indicaram que o PC-IGS é estável e indicado para os estudos de taxonomia e filogenia de linhagens de Geitlerinema e Microcystis. Assim, hipótese inicial de transferência lateral foi refutada. Algumas linhagens tiveram seu posicionamento divergente entre um marcador e outro, o que ressalta a importância do uso de mais de um marcador em estudos de filogenia. O marcador PC-IGS apresentou melhor desempenho que 16S-23S-ITS rDNA. As árvores filogenéticas de Geitlerinema baseadas em ambos os marcadores indicaram a ocorrência de espécies crípticas dentre as linhagens estudadas e corroboraram que G. amphibium e G. unigranulatum devem ser consideradas sinonímias... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Cyanobacteria show a wide phenotypic and ecological variability, but frequently this variability does not correspond to their genetic variation. Therefore, the use of molecular markes is critical for phylogenetic studies in this group. At the same time, the selection of molecular markers represents a challenge for the molecular phylogeny due to the horizontal gene transfer, witch is a relatively common process among the prokaryotes. In cyanobacteria, makers for the ribosomal genes spacer (16S-23S-ITS rDNA) and for the phycocyanin operon spacer (PC-IGS) are among of the most used for phylogeny. However, some studies suggest that the PC-IGS marker may have been horizontally transferred during its evolutionary history. The identification of the morphospecies from the genus Microcystis and Geitlerinema is based in their morphological characters, but they generally do not correspond to genetic variability. In order to investigate the possibility of horizontal transfer of the phycocyanin operon in Microcystis and Geitlerinema, phylogenetic trees based on the PC-IGS and 16S- 23S-ITS rDNA were generated and compared. The topologies obtained for both markers were very similar, indicating that the PC-IGS marker is stable and suitable for taxonomical and phylogenetic studies in Microcystis and Geitlerinema. Therefore, the initial hypothesis of horizontal transfer was rejected. Some strains were found to have divergent positions between the trees based on the two molecular markes, witch highlights the importance of using more than one marker in phylogenetic studies. The PC-IGS marker performed better than 16S-23SITS rDNA. The Geitlerinema phylogenetic trees based on both markers indicated the occurrence of cryptic species among the strains and corroborated that G. amphibium and G. unigranulatum should be treated as synonyms. The phylogenetic tree based on PC-IGS formed a monophyletic clade... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: George John Shepherd / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T11:39:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ribeiro_JoseEduardoLahozdaSilva_D.pdf: 15364889 bytes, checksum: aff367f6d443eb922d7c26df60d67b5c (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A família Moraceae é extremamente bem representada em número de indivíduos e espécies em florestas neotropicais de baixa altitude. Entretanto, a maior parte das informações disponíveis sobre o grupo, até o presente, refere-se apenas as espécies de Ficus. São raros os trabalhos sobre a evolução dos caracteres presentes nas diferentes inflorescências que ocorrem na família, que, em alguns casos, estão entre as mais complexas dentro das Angiospermae, e as informações sobre o relacionamento filogenético infrafamiliar, assim como as delimitações de suas tribos, precisam ser enriquecidas com mais dados para serem melhor compreendidas. Neste contexto, foi desenvolvido o presente trabalho, que teve como objetivos o estudo da filogenia de Moraceae, especialmente, as neotropicais, a partir de dados moleculares do segmento trnL-F do cloroplasto e de 50 caracteres morfológicos; o levantamento e análise da evolução de caracteres relacionados às inflorescências do grupo, e a caracterização morfológica das tribos da família. Além da árvore filogenética gerada a partir das análises realizadas para desenvolvimento do presente trabalho, cladogramas disponíveis na literatura, gerados a partir de informações moleculares de outros segmentos gênicos, também foram utilizados para avaliação da delimitação das tribos de Moraceae e estudo da evolução dos caracteres analisados. Os resultados das análises realizadas permitiram a proposição de uma nova tribo, Maclureae; uma nova delimitação para as tribos Dorstenieae e Moreae, correntemente aceitas; a elaboração de uma chave de identificação; a caracterização morfológica de todas as tribos apresentadas, e inferências sobre a evolução de alguns caracteres reprodutivos. Além disso, o sistema reprodutivo das 278 espécies neotropicais foi inferido a partir da observação em campo de 40 espécies, entre essas 28 espécies arbóreas, indicando que monoicia é o sistema reprodutivos mais comum no grupo, seguido de dioicia e androdioicia. As inflorescências de Antiarideae (Castilleae) bem como estruturas associadas a elas receberam novas interpretações após estudos morfológicos / Abstract: The Moraceae family is extremely well represented in individual and species number, in lowland neotropical forests. However, the most expressive part of the available information about this group, up to now, refers to Ficus species. There are few studies focusing on character evolution of the different types of inflorescences in this family, which are, in some cases, among the most complexes in the Angiospermae; and information on within-family phylogenetic relationship, as well as its tribes¿s delimitation, must be enhanced with more data, in order to be better understood. The present work was developed bearing in mind this context and aiming i) the study of the Moraceae phylogeny, especially the neotropical species, using molecular data from the chloroplast trnL-F region and from 50 morphological data; ii) the cataloging and evolutionary analysis of characters related to inflorescences of this group, and iii) the morphological characterization of the tribes. In addition to the phylogenetic tree generated from analysis carried out for the development of the present work; cladograms available in the literature, based on information of different DNA segments, were also used to evaluate the delimitation of Moraceae tribes and to study the evolution of the analyzed characters. The results of the performed analysis allowed the proposition of a new tribe, Maclureae; a new delimitation of Dorstenieae and Moreae, currently accepted; the elaboration of an identification key; the morphological characterization of all depicted tribes, and inferences about the evolution of some reproductive characters. Additionally, the reproductive system of the 278 neotropical species was inferred from field observation of 40 species, 28 of which were tree species, indicating that monoecy is the most common reproductive system in the group, followed by dioecy and androdioecy. After morphological studies, Antirideae (Castilleae) inflorescences, as well as related structures, have received new interpretation / Doutorado / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Vinicius Castro Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-19T11:20:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Romao_GersonOliveira_D.pdf: 127922008 bytes, checksum: 8d69c511b2d94b53f8bea2adcc04fa1f (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: O presente estudo refere-se à revisão taxonômica e estudos filogenéticos em Gaylussacia Kunth (Ericaceae). O objetivo principal foi contribuir para o conhecimento da taxonomia e das relações filogenéticas do grupo, procurando verificar se o gênero e as seções são monofiléticos. A família é cosmopolita e possui cerca de 160 gêneros e 4500 espécies. O gênero Gaylussacia é tipicamente americano e reúne 63 espécies, sendo que seis são possivelmente novos para a ciência. São levantadas 52 espécies nativas do Brasil, as quais se concentram principalmente nos campos de altitude da Floresta Atlântica e nos campos rupestres como a Cadeia do Espinhaço, além da planície litorânea e bordas de rios na Floresta Amazônica. Na região dos Andes, são encontradas três espécies, uma distribuída pela região entre Argentina e Bolívia, uma entre o Equador e Peru e outra distribuída pela Colômbia até a Venezuela. Ao leste da América do Norte são encontradas outras oitos espécies, concentradas principalmente ao longo da planície costeira até a Cadeia dos Apalaches. O trabalho está baseado no levantamento das espécies obtidas em consultas bibliográficas, atividades de campo, consultas aos acervos dos principais herbários, bem como nos resultados obtidos através da análise de seqüenciamento de DNA. Desse modo, o trabalho consta de descrições das espécies, ilustrações, chaves de identificação, mapas de distribuição geográfica, comentários, fotografias das plantas e suas estruturas, além de análise filogenética do gênero utilizando marcadores como ITS e trnL-F. A análise filogenética indica que o gênero é monofilético, mas não sustenta o reconhecimento das seções. Ao longo dos estudos, foram publicadas três novas espécies, sendo elas: Gaylussacia luizae G.O. Romão & V.C. Souza, G. paranaensis G.O. Romão & Kinoshita e G. rupestrís G.O. Romão & V.C. Souza, além de propor a elevação de três variedades a espécies: G. bocainae (Sleum.) G.O. Romão & V.C. Souza, G. hilaireana (Sleum.) G.O. Romão & V.C. Souza e G. salviifolia (Sleum.) G.O. Romão & V.C. Souza. Aqui foram designados 37 lectótipos e três neótipos. Foram identificados 12 padrões de distribuição geográfica para as espécies do gênero / Abstract: The present proposal is to support the taxonomic and philogenetic study of Gaylussaaa Kunth. The mainly objective was to accomplish a taxonomic study of the species and of the Gaylussacia section, moreover, to accomplish a phylogenetic study of Vaccinieae tribe, and to verify the relationships among Gaylussacia and other near genera. Ericaceae is a cosmopolitan family, including around 160 genera and nearly 4500 species, it includes herbs until small trees and is distributed mainly in temperate and subtropical regions worldwide. Gaylussacia is typically a American genera, are 63 recognized species and 6 taxa probably unpublished to the science, which 52 are brazilian, eight are Noth Americans and three are from Andes, one between Ecuador/Peru, one between Bolilva/Argentina and one is from Colombia to Venezuela. The elaboration of the taxonomic revision is based on the survey of the Gaylussacia species, first, through bibliographical consults, second, through analysis of the specimens deposited in the Brazilian and European herbaria, third, through field expeditions around Brazil in order to collect fresh material for the phylogenetic studies and to observe the natural habitat. The study will present a monograph of Gaylussacia species, that will consist of descriptions, illustrations, maps and geographical distribution, identification keys for the species and varieties besides taxonomical comments, photografies and phylogenetic study using ITS and trnL~F sequences. The phylogenetic analysis indicates the monophyly of the genus, but it is not the sections. During the research, three new species were published, Gaylussacia luizae G.O. Romão & V.C. Souza, G. paranaensis G.O. Romão & Kinoshita e G. rupestris G.O. Romão & V.C. Souza, besides proprosing three new status: G. bocainae (Sleum.) G.O. Romão & V.C. Souza, G. hilaireana (Sleum.) G.O. Romão & V.C. Souza e G. salviifolia (Sleum.) G.O. Romão & V.C. Souza. It were designed here 37 lectotypes and three neotypes, and identified 12 patterns of geographical distribution for the species of Gaylussacia / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Eva Gonçalves Magalhães / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Quimica / Made available in DSpace on 2018-08-03T18:30:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ruiz_AnaLuciaTascaGois_D.pdf: 7045910 bytes, checksum: f2a83b47d53b65ef2f36bc15e5e264df (MD5) Previous issue date: 2003 / Doutorado

Orientadores: Luiza Sumiko Kinoshita, Marilia de Moraes Castro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T02:39:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Simoes_AndreOlmos_D.pdf: 13560628 bytes, checksum: de0239e8c1c26eb5a2dbf132611e05f0 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Mesechiteae Miers é uma das tribos da subfamília Apocynoideae (Apocynaceae s.l.), e segundo Endress & Bruyns (2000) é formada por nove gêneros (Allomarkgrafia, Galactophora, Macrosiphonia, Mandevilla, Mesechites, Quiotania, Secondatia, Telosiphonia, Tintinnabularia) e cerca de 150 espécies. O presente trabalho visa um amplo estudo da tribo baseado em dados filogenéticos e anatômicos. De forma a testar o monofiletismo da tribo e determinar os limites genéricos, em especial no caso de Mandevilla, o maior gênero da tribo com cerca de 120 espécies, foram realizadas duas análises filogenéticas baseadas em dados moleculares de regiões do DNA de cloroplasto e morfologia. Os resultados obtidos demonstraram que Mesechiteae sensu Endress & Bruyns (2000) é parafilética. Apenas a exclusão dos gêneros Secondatia e Galactophora e a inclusão de Forsteronia tornam a tribo monofilética. Assim circunscrita, Mesechiteae é composta por sete gêneros distribuídos em três subclados: o subclado Mesechites (incluindo Tintinnabularia, Allomarkgrafia e Mesechites), o subclado Forsteronia (composto exclusivamente pelo gênero Forsteronia) e o subclado Mandevilla (composto por Macrosiphonia, Mandevilla e Telosiphonia). Secondatia forma com Odontadenia, um gênero neotropical da tribo Apocyneae, um clado fortemente sustentado. A posição do gênero Galactophora é incerta, porém este não está relacionado com nenhum táxon do clado Mesechiteae. Allomarkgrafia e Mesechites formam um grupo monofilético, e o primeiro deve ser incluído na sinonímia deste ultimo. Quiotania colombiana, a única espécie deste gênero, é idêntica a Mandevilla ligustrifolia e, portanto, Quiotania deve ser incluído em Mandevilla. Macrosiphonia e Telosiphonia não são congenéricos, mas sim formam clados distintos em Mandevilla. Uma análise mais detalhada do subclado Mandevilla mostrou que Mandevilla sensu Woodson (1933) é parafiletico, porém Mandevilla sensu Pichon (1948) é monofilético, com a inclusão de Macrosiphonia e Telosiphonia em sua circunscrição. Assim definido, Mandevilla forma um clado fortemente sustentado dividido em dois subclados principais: Clado I, formado por Macrosiphonia e 14 espécies de Mandevilla, e Clado II, formado por Telosiphonia e as demais espécies amostradas de Mandevilla. O Clado II, por sua vez, também é divido em dois outros clados: Clado III, incluindo as espécies sul-americanas de Mandevilla com 2 nectários mais M. pycnantha, e Clado IV, incluindo as espécies de Mandevilla com 5 nectários e Telosiphonia. O Clado IV ainda pode ser divido em dois clados menores, um incluindo espécies de Mandevilla que ocorrem predominantemente no norte da América do Sul (Clado V), e o outro incluindo Telosiphonia e as espécies de Mandevilla do México e América Central (Clado VI). Ainda de forma a investigar a morfologia do ginostégio e coléteres calicinais em Mesechiteae, foram analisadas séries transversais e longitudinais das flores de sete espécies (Macrosiphonia longiflora, Mandevilla pycnantha, M. scabra, M. tenuifolia, Mesechites mansoana, Secondatia densiflora e S. floribunda). A estrutura dos coléteres calicinais mostrou-se variada, com quatro tipos estruturais observados: standard, bifurcado, laminar e séssil. O tipo standard já havia sido relatado em outras espécies de Apocynaceae, porém os outros três tipos encontrados são descritos aqui pela primeira vez. Estes novos tipos morfológicos possivelmente originaram-se a partir de modificações do tipo standard por três mecanismos distintos: separação, proliferação e alongamento celular. Os coléteres calicinais podem estar organizados de três formas diferentes, em relação às lacínias do cálice: alternos, opostos ou indefinidamente distribuídos. O padrão alterno não é homogêneo, com três subtipos observados: um com quatro, outro com cinco e o último com 10 grupos de glândulas dispostas na margem das lacínias do cálice. Não foram detectados padrões estruturais, numéricos ou de distribuição dos coléteres calicinais nas espécies analisadas para caracterizar a tribo e corroborar os resultados obtidos pela análise filogenética. Em Macrosiphonia, Mandevilla e Mesechites a estrutura do ginostégio segue o mesmo padrão, com cinco projeções da cabeça do estilete formadas por uma proliferação de células parenquimáticas adnatas ao conectivo dos estames. Em Secondatia, no entanto, a estrutura do ginostégio é diferente, sem a proliferação de células parenquimáticas na cabeça do estilete. Neste gênero, um tênue contato entre os estames e a cabeça do estilete é promovido por tricomas unicelulares do conectivo que tocam levemente a epiderme da cabeça do estilete. Os resultados obtidos corroboram as análises filogenéticas, com Macrosiphonia, Mandevilla e Mesechites em sua circunscrição e exclusão de Secondatia / Abstract: Mesechiteae Miers is one of the tribes of subfamily Apocynoideae (Apocynaceae s.l.), and according to Endress & Bruyns (2000) it comprises nine genera (Allomarkgrafia, Galactophora, Macrosiphonia, Mandevilla, Mesechites, Quiotania, Secondatia, Telosiphonia, Tintinnabularia) and about 150 species. The aims of the present work were to make a broad study of the tribe based on phylogenetic and anatomical data. To test the monophyly of the tribe and evaluate intergeneric relationships, especially for Mandevilla, by far the largest genus of the tribe with about 120 species, two phylogenetic analyses were conducted based on DNA plastid regions and morphology. The results showed that Mesechiteae, as circumscribed by Endress and Bruyns (2000), was found to be parayphyletic. Only removal of Secondatia and Galactophora and inclusion of Forsteronia rendered the tribe monophyletic. Thus defined, Mesechiteae forms a strongly supported clade including seven genera in three subclades: the Mesechites subclade (comprising Tintinnabularia, Allomarkgrafia, and Mesechites), the Forsteronia subclade (containing only Forsteronia) and the Mandevilla subclade (comprising Macrosiphonia, Mandevilla, and Telosiphonia). Secondatia forms a strongly supported clade with Odontadenia, a neotropical genus from the tribe Apocyneae. The position of Galactophora is uncertain, but it never grouped with taxa from Mesechiteae clade. Allomarkgrafia is nested in Mesechites, and should be included in its synonymy. Quiotania colombiana is cospecific with Mandevilla ligustrifolia and thus should be included in the synonymy of the latter. Macrosiphonia and Telosiphonia are not congeneric, but also form two distinct, well-supported clades nestes within Mandevilla. Mandevilla, as circumscribed by Woodson (1933), was found to be paraphyletic, but the circumscription of Pichon (1948) proved to be monophyletic, with the inclusion of Macrosiphonia and Telosiphonia in its synonymy. Thus defined, Mandevilla forms a strongly supported clade in divided in two major clades: Clade I, comprising Macrosiphonia and 14 species of Mandevilla, and Clade II, comprising the remaining species of Mandevilla. The Clade II also included two strongly supported clades: Clade III, comprising the South American species of Mandevilla with 2 nectaries plus M. pycnantha, and Clade IV, comprising the remaining Mandevilla with five nectaries plus Telosiphonia. The clade IV also includes two other clades: one comprising species of Mandevilla species mainly distributed in northern South America (Clade V) and another comprising Telosiphonia plus the Mexican and Mesoamerican species of Mandevilla (Clade VI). In order to investigate the morphology of the gynostegium and calycine colleters in Mesechiteae, serial sections of flowers from seven species of Mesechiteae (Macrosiphonia longiflora, Mandevilla pycnantha, M. scabra, M. tenuifolia, Mesechites mansoana, Secondatia densiflora and S. floribunda) were performed and analysed. The structure of calycine colleters was more variable than expected, with four structural types observed: standard, bifurcate, laminar and sessile. The standard type has already been reported in Apocynaceae, but the other three types are here described for the first time in the family. These new types are possibly originated from deviations of the standard type by three distinct mechanisms: separation, proliferation and elongation of cells. The calycine colleters can be organized in three different ways in relation to the calyx lobes: alternate, opposite or indefinitely distributed. The alternate pattern is not homogeneous, and three subtypes were observed: one with four groups, another with five groups and the latter with 10 groups disposed on the margins of the calyx lobes. No specific patterns of calycine colleters characterize the tribe Mesechiteae in terms of structure, number and distribution, but a combination of these characters can be diagnostic for some groups within the tribe, as the infrageneric classification of Mandevilla. The gynostegium structure of Macrosiphonia, Mandevilla and Mesechites follow the same pattern, with a proliferation of parenchyma cells in the style head forming five projecting ribs that are adnated to the expanded conective. The gynostegium of Secondatia has a different pattern, with no detectable proliferation of parenchyma cells in the style head. The contact between stamens and style head is promoted by unicellular trichomes of the connective that are close to the secretory epidermis of the style head, with no adnation between the parts. Our results support the new phylogeny of the tribe, with Macrosiphonia, Mandevilla and Mesechites in its circumscription and the segregation of Secondatia / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Vera Nisaka Solferini, Jose Roberto Trigo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T04:07:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva-Brandao_KarinaLucas_D.pdf: 3484343 bytes, checksum: 217e21d76131f077485dd6273837a84f (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Uma filogenia dos membros Neotropicais da tribo Troidini (Lepidoptera: Papilionidae) foi obtida a partir da seqüência de três genes codificadores de proteínas: dois mitocondriais (COI e COII) e um nuclear (EF-1?). Análises de Parcimônia e Bayesiana de 33 taxa resultaram em árvores bastante similares, independentemente do método utilizado, com os 27 Troidini sempre formando um ramo monofilético. O gênero Battus é grupo irmão dos demais Troidini, seguido pelo ramo formado pelos taxa Paleotropicais (aqui representados por três espécimes). O gênero Euryades é o próximo ramo, e grupo irmão dos Parides. O gênero Parides é monofilético, e está dividido em quatro grupos principais pela análise de Máxima Parcimônia, com o grupo mais basal composto das espécies com cauda do SE do Brasil. Otimizações de Caráter de dados ecológicos e morfológicos sobre a filogenia proposta para os troidines indicaram que o uso de várias espécies de Aristolochia é o caráter ancestral, ao invés do uso de poucas ou de uma única planta hospedeira. Para os outros três caracteres, os estados ancestrais foram ausência de uma cauda longa, floresta como habitat primário e oviposição de ovos solitários ou em grupos dispersos de vários ovos. Uma filogenia baseada no gene cloroplástico matK e na região não-codificadora entre os genes trnL-trnF, e uma relação química baseada no seu padrão de sesquiterpenos, foram propostas para as plantas do gênero Aristolochia do SE do Brasil. Aristolochia é um gênero monofilético, cujo estado ancestral é a presença de ácidos aristolóquicos (AAs) nas suas folhas. Espécies consideradas derivadas mostram apenas ácidos labdanóicos (LAs) nas folhas. A relação fenética recuperada com os sesquiterpenos não concorda com a relação filogenética para as Aristolochia, e três grupos principais podem ser reconhecidos: germacreno-D, germacreno-C e Z-cariofileno. A distribuição de AAs e LAs sobre a filogenia de Aristolochia pode ser vista como um resultado da evolução de defesas contra herbivoria de insetos fitófagos através da história evolutiva destas plantas. Por outro lado, a diferenciação das estruturas dos sesquiterpenos em espécies filogeneticamente próximas pode ser hipotetizada como resultado de adaptações relacionadas à atração de polinizadores. Análises filogenéticas foram conduzidas para se determinar relações e para investigar a evolução de caracteres na evolução da interação entre Troidini e Aristolochia, tentando responder as seguintes questões: 1) qual o padrão de utilização de Aristolochia por estas borboletas? 2) o padrão visto atualmente está relacionado à filogenia das plantas ou à sua composição química? 3) a distribuição geográfica das Aristolochia pode explicar a utilização de plantas hospedeiras observada atualmente? e 4) como a interação entre Troidini e Aristolochia evoluiu? Foi encontrada uma congruência significativa entre as filogenias de Troidini e Aristolochia e entre a filogenia dos Troidini e o quimiograma de Aristolochia quando apenas as associações com as plantas hospedeiras preferenciais de Troidini foram consideradas. No entanto, o padrão atual do uso de plantas hospedeiras não parece ser limitado pela filogenia das mesmas, nem pelos químicos secundários encontrados nestas plantas nem pela sua similaridade geográfica. O uso atual de plantas hospedeiras nestas borboletas parece ser simplesmente oportunístico, com espécies com uma ampla distribuição geográfica usando mais espécies de plantas hospedeiras do que aquelas com distribuição mais restrita / Abstract: A phylogeny of the Neotropical members of the tribe Troidini (Lepidoptera: Papilionidae) was obtained with sequences of three protein-coding genes: two mitochondrial (COI and COII) and one nuclear (EF-1?). Parsimony and Bayesian analyses of 33 taxa resulted in very similar trees regardless of method used, with the 27 troidines always forming a monophyletic clade. The genus Battus is sister group to the remaining troidines, followed by a clade formed by the Paleotropical taxa (here represented by three specimens). The genus Euryades is the next branch, and sister group of Parides. The genus Parides is monophyletic, and is divided into four main groups by Maximum Parsimony analysis, with the most basal group composed of tailed species restricted to SE Brazil. Character optimization of ecological and morphological traits over the phylogeny proposed for troidines indicated that the use of several species of Aristolochia is ancestral over the use of few or a single host-plant. For the other three characters, the ancestral states were the absence of long tails, forest as the primary habitat and oviposition solitary or in loose group of several eggs. A molecular phylogeny based both on the plastid gene matK and on the non-coding region between the genes trnL-trnF, and a chemical relationship based on their sesquiterpenes pattern, were proposed for plants in the genus Aristolochia from SE Brazil. Aristolochia is a monophyletic genus, whose ancestral state is the presence of aristolochic acids (AAs) in the leaves. Species considered derived show only labdanoic acids (LAs) in leaves. The phenetic relationship recovered with sesquiterpenes does not agree with the phylogenetic relationships for Aristolochia, and three main clusters can be recognized, germacrene-D, germacrene-C and Z-caryophyllene groups. The distribution of AAs and LAs over the phylogeny of Aristolochia can be viewed as a result of the evolution of defenses against herbivory of phytophagous insects through the evolutionary history of these plants. On the other hand, the differentiation of sesquiterpene structures in species phylogenetically close can be suggested to be adaptations related to attraction of pollinators. Molecular phylogenetic analyses were conducted to determine relationships and to investigate character evolution in the Troidini/Aristolochia interaction, trying to answer the following questions: 1) what is the present pattern of use of Aristolochia by these butterflies? 2) is the pattern we see today related to the phylogeny of plants or to their chemical composition? 3) can the geographical distribution of Aristolochia explain the host-plant use observed today? and 4) how did the interaction between Troidini and Aristolochia evolve? We found a significant congruence between the phylogenies of Troidini and Aristolochia and between the phylogeny of Troidini and the chemogram of Aristolochia when only the preferred host-plant associations were considered. However, the current pattern of host-plant use of these butterflies does not seem to be constrained by the phylogeny of their food plants, neither by the secondary chemicals in these plants nor by their geographical similarity. The current host-plant use in these butterflies seems to be simply opportunistic, with species with a wide geographical range using more species of host-plants than those with a more restricted distribution / Doutorado / Ecologia / Doutor em Ecologia