Orientadores: Marcos Antonio Machado, Marcio Alves Ferreira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-21T12:49:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Mafra_ValeriaSiqueira_D.pdf: 24593212 bytes, checksum: 99883266609f22224577609d713195c0 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O desenvolvimento floral envolve uma rede complexa de genes que agem no meristema apical para especificar a identidade do meristema floral e, mais adiante, a identidade de órgãos florais. Outros genes controlando a simetria e polaridade dos órgãos, assim como a influência de giberelinas e auxinas, desempenham um papel importante no estabelecimento do tamanho final e arquitetura da flor. Este trabalho propôs avaliar as alterações no transcriptoma do meristema durante a indução e diferenciação floral e em diferentes fases do desenvolvimento do botão floral em laranja doce. Para isto, foi construído um chip de microarranjo de citros contendo cerca de 32 mil unigenes de laranja doce, presentes no banco de dados CitEST. Para se avaliar o perfil global de expresssão, foram coletadas gemas em dois estágios de desenvolvimento, quatro estágios de desenvolvimento do botão floral e flores abertas. As análises estatísticas foram feitas por meio da comparação 2x2, considerando um dado estágio em relação ao estágio anterior. Foram encontrados 3.590 unigenes nãoredundantes com diferença de expressão em pelo menos uma das comparações e a análise de enriquecimento de ontologias (GSEA) definiu os processos biológicos mais representativos. Foram identificados vários unigenes de citros envolvidos com a sinalização do florescimento, regulação e morfogênese de órgãos florais. A validação por PCR em tempo real (RT-qPCR) foi feita com 29 genes candidatos e o perfil de expressão mostrou a mesma tendência do microarranjo. Para normalizar o nível de expressão dos genes alvo no RT-qPCR, foram usados os normalizadores GAPC2 e SAND. Esses genes foram selecionados como bons genes de referência em uma avaliação sistemática comparando a estabilidade de expressão de 15 genes em diferentes condições experimentais . As discussões sobre o possível papel dos genes e vias na regulação do desenvolvimento floral em citros são apresentadas. Uma vez que vários reguladores chave do florescimento são proteínas da família MADS-box, foi proposto identificar os genes MADS-box nos genomas de laranja doce e Clementina e avaliar o relacionamento filogenético entre o MADS-box de citros e Arabidopsis. As análises dos genomas de laranja doce e Clementina revelaram 83 e 92 genes MADS-box, respectivamente. Os MADS-box tipo II de citros foram distribuídos dentre as sub-famílias de MIKCc e MIKC*, enquanto que os genes do tipo I em geral não agruparam com os MADS-box de Arabidopsis. Este estudo espera obter uma maior compreensão sobre os eventos moleculares relacionados com o florescimento de citros e fornecer as bases para análises funcionais para descobrir o papel desses genes / Abstract: Flower development involves a complex gene network that acts in the shoot apical meristem to specify the floral meristem identity and, later, to determine the floral organ identity. Other genes controlling symmetry and polarity of floral organs, as well as the influence of gibberellins and auxins, play important roles in establishing the final size and architecture of the flower. This work aimed to evaluate changes in the meristem's transcriptome during floral induction and differentiation, and in different stages of flower bud development in sweet orange. For this purpose, we built a citrus microarray chip containing about 32,000 unique assemblies (unigenes) of sweet orange, present in the CitEST database. To assess the global expression profile, we collected buds at two developmental stages, bud flowers at four stages and open flowers. Statistical analyses were performed in a 2x2 comparison, taking into account a given developmental stage compared to the stage before. It was found 3,590 nonredundant unigenes that were differentially expressed at least one comparison and a Gene Set Enrichment Analysis defined the most representative biological processess. Several citrus unigenes differentially modulated involved with flowering signaling, regulation and floral organs morphogenesis were identified. Validation by real time PCR (RT-qPCR) was performed to 29 candidate genes and the expression profile showed the same tendency of microarray. To normalize the expression level of the target genes, we used GAPC2 and SAND reference genes. These genes were selected as good reference genes in a systematic evaluation comparing the expression stability of 15 genes in different experimental conditions. Discussions about the possible role of the genes and pathways in the regulation of citrus flower development are presented. Since several key regulators of flowering are proteins belonging the MADS-box family, we proposed to identify MADS-box genes in the sweet orange and Clementine genomes and to evaluate the phylogenetic relationship between citrus and Arabidopsis MADS-box genes. Analysis of the sweet orange and mandarin genomes revealed 76 and 91 MADS-box genes, respectively. Type II MADS-box genes of citrus were grouped into MIKCc and MIKC* sub-families whereas tipo I MADS-box genes of citrus and Arabidopsis were grouped in separated clades. This work will help in the understanding of the genetic events related to citrus flowering and provide the basis for functional analyses to uncover the role of these genes / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientador: Maria do Carmo Estanislau do Amaral / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T21:01:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gil_AndredosSantosBraganca_D.pdf: 338780013 bytes, checksum: 13cac58601581455c711676d6b3ccde9 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O gênero Neomarica s.l. (Iridaceae) pertence à tribo Trimezieae, assim como os gêneros Trimezia Salisb. ex Herb., Pseudotrimezia Foster e Pseudiris Chukr & A. Gil. Os três últimos gêneros apresentam sistema subterrâneo do tipo cormo, envolto por catáfilos fibrosos, persistentes, de filotaxia espiralada (semelhante á túnica dos bulbos), enquanto que, na circunscrição proposta na presente revisão, Neomarica s.s. apresenta sistema subterrâneo do tipo rizoma, sem catáfilos. A última revisão do gênero (Capellari Jr., 2000) reconheceu 20 espécies. Após esta revisão muitos táxons novos, pertencentes à Neomarica s.l. foram criados (Ravenna 2000; Chukr & Giulietti 2001; Ravenna 2003; Capellari Jr. 2003) e alguns outros inéditos apareceram através de novas coletas e cultivo. Logo, fez-se necessário uma nova revisão para Neomarica s.l. objetivando, principalmente, complementar, quando necessário, a revisão taxonômica de Neomarica s.l. (Capellari Jr. 2000), acrescentando novos táxons e determinando quais nomes devem ser aceitos, qual a distribuição de suas espécies, quais caracteres são realmente importantes para discriminar suas espécies, e finalmente delimitar Neomarica s.l. dentro da tribo Trimezieae. Como sugerido por Capellari Jr. (2000), o presente estudo priorizou novas coletas e, principalmente, a observação das mesmas em cultivo. Após o estudo das coleções de herbário, das plantas na natureza, em cultivo, contagens cromossômicas, estudos preliminares filogenéticos moleculares e anatômicos (pedúnculo do ramo florífero), estão sendo apresentadas 24 espécies de Neomarica s.s., distribuídas, no Brasil, desde o estado do Ceará até o estado do Rio Grande do Sul, com uma única espécie também nativa na Argentina, Paraguai e Uruguai. Também estão sendo propostas para Neomarica s.s. seis sinônimos novos, uma nova combinação, e oito espécies novas e ainda, estão sendo propostas designações de nove lectotypi, quatro neotypi e um epitypus. Estão sendo sugeridos dois novos gêneros de Trimezieae (ainda não nomeados): "Gennov1" e "Gennov2". Para o "Gennov2" é sugerida a transferência de uma espécie de Neomarica s.l. e para o "Gennov1" sugere-se a transferência de duas espécies de Neomarica s.l., e ainda, estão sendo sugeridas para o "Gennov1" duas espécies novas, uma nova combinação, sete sinônimos novos e designados dois lectotypi e um neotypus. Uma espécie está sendo excluída de Neomarica s.l. e outras duas estão sendo tratadas como duvidosas. São apresentadas novas chaves de identificação, descrições, mapas de distribuição e ilustrações das espécies de Neomarica s.l. / Abstract: The genus Neomarica s.l. (Iridaceae) belongs to the tribe Trimezieae, as do the genera Trimezia Salisb. ex Herb., Pseudotrimezia Foster, Pseudiris Chukr & A. Gil. The last-named three genera present a corm as underground organ, surrounded by fibrous persistent cataphylls, with spiral phyllotaxy (similar to the tunica of bulbs), while in the circumscription proposed in the present revision, Neomarica s.s. presents a rhizome without cataphylls as underground organ. In the last revision of the genus, Capellari Jr. (2000) recognized 20 species. After this revision many new taxa, belonging to Neomarica s.l. were described (Ravenna 2000; Chukr & Giulietti 2001, Ravenna 2003; Capellari Jr. 2003) and some other unpublished ones appeared in new collections and in cultivation. Therefore, a new revision of Neomarica s.l. became necessary aiming principally in complementing, whenever necessary, the taxonomic revision of Neomarica s.l. by Capellari Jr. (2000). This by adding new taxa, determining which names should be accepted, which is the distribution of the species of the genus, which characters are really important to distinguish its species, and finally define Neomarica s.l. within the tribe Trimezieae. As suggested by Capellari Jr. (2000), this study gave emphasis to new collections, and especially observations of these in cultivation. After the study of herbarium specimens, plants in their native habitat and under cultivation, chromosome counts, preliminary molecular phylogenetic and anatomical (peduncle of the flowering branch) studies, 24 species for Neomarica s.s. are presented, with a distribution in Brazil from the state of Ceará to the state of Rio Grande do Sul, with a single species being also native in Argentina, Paraguay and Uruguay. For Neomarica s.s. six new synonyms, a new combination, and eight new species are presented and nine lectotypes, four neotypes, and one epitype are designated. The description of two new genera (not yet named) for Trimezieae is suggested: "Gennov1" and "Gennov2", because Neomarica s.l. is polyphyletic. The transfer of one species of Neomarica s.l. to genus "Gennov2" is proposed. Furthermore, the transfer of two species of Neomarica s.l. to "Gennov1", the description of two new species under this new genus and a new combination are suggested, as well as the designation of seven new synonyms, two lectotypes, and one neotype. One species is excluded from Neomarica s.l. and two others are being treated as doubtful. New identification keys, descriptions, distribution maps and illustrations of species of Neomarica s.l. are presented / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Orientadores: Fernando Roberto Martins, Antonio Alberto Jorge Farias Castro / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T23:22:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Vieira_LeandroTavares_D.pdf: 7635886 bytes, checksum: 45fc56134fa579c8535dcd8758bab3d6 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: O Cerrado é um domínio fitogeográfico que apresenta diversas fitofisionomias que vão do campestre (campo limpo), passando pelo savânico (campo sujo, campo cerrado e cerrado sensu stricto) até o florestal (cerradão). Cerrado com inicial maiúscula refere-se ao domínio fitogeográfico enquanto com inicial minúscula às diferentes fitofisionomias. O Cerrado é o segundo maior domínio fitogeográfico do Brasil e abrange vários estados em sua área central, além de diversas áreas disjuntas na Amazônia, Caatinga e Mata Atlântica. Conhecido por sua grande biodiversidade e endemismo, o Cerrado é um dos 25 "hotspots" de biodiversidade com prioridade para conservação devido à sua baixa porcentagem de área protegida em unidades de conservação. Além disso, a destruição dos ecossistemas que constituem o Cerrado continua de forma muito acelerada, resultado da expansão econômica da região central do Brasil iniciada nos anos de 1970, restando hoje 51,54% de sua vegetação. A flora do Cerrado pode ser dividida em seis províncias fitogeográficas distintas. O Cerrado do nordeste, uma dessas províncias, faz fronteiras com outros domínios fitogeográficos: Caatinga a leste, Amazônia a oeste-noroeste, Mata Atlântica a sudeste e com cerrado central ao sul-sudoeste. A pressão antrópica por novas áreas de cultivos de grãos e oleaginosas em direção ao norte do Cerrado faz com que os cerrados nordestinos sejam foco de atenção conservacionista e pesquisa para que se garanta sua diversidade biológica e funcionalidade ecossistêmica em longo prazo. O primeiro capítulo desta tese introduz ao banco de dados FLORACENE (FLORA do CErrado do nordeste - NE), também utilizado nos demais capítulos, em que foram reunidos 160 levantamentos florísticos. Foram contabilizadas 936 espécies de plantas lenhosas em 376 gêneros e 84 famílias, mostrando que o cerrado nordestino é muito mais rico do que se pensava e diferente do cerrado central. Mostramos como a estrutura florística encontrada para o cerrado nordestino pode ser fruto da história evolutiva do Cerrado. No segundo capítulo, foi avaliado áreas de endemismo locais dentro dos cerrados do nordeste, que por sua vez, é uma área de endemismo regional dentro do domínio fitogeográfico Cerrado, também endêmico. Cinco áreas de endemismo foram determinadas: cerrados litorâneos, Chapada do Araripe, Chapada Diamantina, região norte do estado do Piauí e região sudoeste do cerrado nordestino (oeste da Bahia e sudoeste do Maranhão). A flora de cada uma das áreas de endemismo sofreu influências diferentes dos domínios fitogeográficos adjacentes. As características e semelhanças ambientais de cada área, além da história evolutiva, poderia ter causado tal padrão. No terceiro e último capítulo, foi testado se a severidade ambiental do nordeste poderia causar um agrupamento filogenético nas plantas do cerrado, ou se a competição por recursos limitados ou a influência dos domínios fitogeográficos adjacentes teriam causado uma dispersão filogenética. Através do índice de parentesco líquido (net relatedness index - NRI) e do índice do táxon mais próximo (nearest taxon index - NTI) verificou-se uma leve indicação para o agrupamento filogenético como um todo, e um padrão geral de que severidade climática e condições de solo relacionadas à seca podem agir como filtros abióticos / Abstract: The Cerrado is a phytogeographic domain which has many different physiognomies, ranging from pure grassland ("campo limpo"), through savanna ("campo sujo", "campo cerrado", "cerrado sensu stricto"), to pure forest ("cerradão"). The Cerrado is the second largest phytogeographic domain of Brazil, covering several states in the central area, as well as several disjunct areas in the Amazon, Caatinga and Atlantic Forest. Widely known for its high biodiversity and endemism, the Cerrado is one of 25 "hotspots" of biodiversity with priority for conservation due to its low percentage of protected area in conservation units. Furthermore, the destruction rate of the Cerrado's ecosystems remains high as a result of the economic expansion in central Brazil that started early 1970s. Today, there are 51.54% of the Cerrado vegetation remnants. The flora of the Cerrado can be divided into six distinct phytogeographic provinces. The Northeast Cerrado, one of these provinces, is located in an area under influence from others phytogeographic domains: Caatinga at east, Amazonia at west-northwest, Atlantic Forest at southeast and Cerrado central at south-southwest. The anthropic pressure for new areas for grain and oilseed crops makes the northeastern cerrados a focus for conservation actions and scientific research to ensure that its biological diversity and ecosystem function be guaranteed in the long term. The first chapter of this thesis introduces the database FLORACENE (flora of the cerrado of northeast), also used in the other chapters, which 160 floristic surveys were gathered. We recorded 936 species of woody plants in 376 genera and 84 families, showing that the northeastern cerrado is much richer than previously thought and different from the core cerrado. The floristic structure found for northeastern cerrado may be an outcome of the evolutionary history of the Cerrado. In the second chapter, we evaluate local areas of endemism within northeastern cerrado, which, in its turn, is a regional area of endemism within the Cerrado phytogeographical domain, also endemic. We found five areas of endemism: coastal cerrados, Araripe plateau, Diamantina plateau, the northern state of Piauí and southwestern of northeast region (western Bahia and southwestern Maranhão). The flora of each area of endemism was differently influenced by its adjacent phytogeographic domains. We discuss the similarities and environmental characteristics of each area, and evolutionary history that could have produced such a pattern. In the third and last chapter, we tested whether the environmental severity of the northeast region could have produced a phylogenetic clustering, or if the competition for limited resources or the influences of adjacent phytogeographic domains have produced a phylogenetic overdispersion in the cerrado wood species analyzed. Using the net relatedness index (NRI) and nearest taxon index (NTI) there was a slight overall indication for the phylogenetic clustering, and a general pattern that harsh climate and soil conditions related to drought may act as abiotic filters, leading to phylogenetic clustering / Doutorado / Ecologia / Doutor em Ecologia

Orientador: Julio Antonio Lombardi / Coorientador: Finn Borchsenius / Banca: Pedro Luis Rodrigues de Moraes / Banca: Fábio Pinheiro / Banca: Lívia Godinho Temponi / Banca: Rafaela Campostrini Forzza / Resumo: Este trabalho está estruturado em dois capítulos, a saber: 1. "Revisão taxonômica das espécies extra-amazônicas de Goeppertia Nees, clado Breviscapus (Marantaceae)"; e 2. "Estudos filogenéticos em Goeppertia e biogeografia do clado Breviscapus em áreas extra-amazônicas". No primeiro capítulo, é apresentada uma revisão taxonômica das espécies extra-amazônicas de Goeppertia pertencentes ao clado Breviscapus. O gênero Goeppertia compreende cerca de 250 espécies de um clado segregado do gênero Calathea. O clado Breviscapus é um grupo heterogêneo, abrigando espécies de várias seções taxonômicas e grupos morfológicos informais. A partir de excursões de campo, análise de espécimes depositados em herbários nacionais e internacionais, e revisão bibliográfica, 70 espécies de distribuição extra-amazônica foram consideradas. São apresentadas chaves de identificação para os grupos de Goeppertia e para as espécies tratadas, descrições e figuras contendo fotografias e mapas de distribuição, quando possíveis. Lectotipificações, neotipificações, sinonimizações e treze novas espécies são indicados, a serem designados ou publicados futuramente. Cerca de 40 espécies se enquadram em alguma categoria de ameaça de acordo com os critérios analisados. No segundo capítulo, foi realizada uma filogenia datada para a família Marantaceae e para o gênero Goeppertia, com enfoque nas espécies extra-amazônicas. Objetivando uma maior compreensão da história biogeográfica das espécies do clado Breviscapus, uma ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present work provides a taxonomic study of the species of the family Lauraceae that occurs at Reserva Natural Vale in Linhares, ES, located at north of the State, within the Atlantic Forest biome. An analysis was conducted with all Lauraceae specimens collected in the Reserve that are housed at the herbaria CVRD and HRCB, totalizing ca. 700 exsiccatae. The research recorded 54 species, distributed in 14 genera: Aiouea (one species), Aniba (three species), Beilschmiedia (one species), Cassytha (one species), Cinnamomum (two species), Cryptocarya (three species), Endlicheria (one species), Licaria (two species), Mezilaurus (one species), Nectandra (four species), Ocotea (32 species), Persea (one species), Rhodostemonodaphne (one species) and Urbanodendron (one species). For all species, descriptions, discussions and comments about their morphology, geographic distribution, phenology, uses, and vernacular names are provided, as well as the images of their flowers and floral parts. Furthermore, an interactive key has been built for the identification of such species, by using 229 morphological characters subdivided into 598 states, which were taken from their descriptions. This key has proven to be an efficient tool for identifying either the species of the Reserve or those with a broader distribution. For a group of such complexity, importance, abundance and richness, it is desirable to have devices that facilitate the identification of species, the key being one of them / Doutor

La sección Huicungo del género Astrocaryum es un grupo de 15 especies de palmeras neotropicales, que habita la región amazónica occidental, de las cuales se conocen 4 especies endémicas de las 12 reportadas en el Perú. Las aparentes barreras hidrográficas y geomorfológicas presentes en su distribución parecen no constituir, según concluyen estudios filogenéticos realizados, barreras para su diversificación genética. A partir de este hecho, el presente estudio evalúa la importancia del clima y condiciones edafológicas en la diversificación de la sección Huicungo del género Astrocaryum, a través de reconstrucciones filogenéticas basadas en 5 marcadores moleculares nucleares y 6 cloroplastidiales, modelamiento de distribuciones potenciales y reconstrucciones de caracteres anatómicos y morfológicos ancestrales; con especial énfasis en dos clados correspondientes con las regiones norte y sur de su distribución. Los resultados soportan la idea de que la diversificación de la sección Huicungo del género Astrocaryum se corresponde con la especialización ecológica en las dos regiones características de su distribución, una asociada a la cuenca amazónica (NAFB) y la otra asociada a las vertientes orientales de la cordillera andina (CAF), esto estaría soportado por los siguientes hallazgos: 1) en los análisis filogenéticos realizados mediante máxima verosimilitud e inferencia bayesiana se distinguen los dos clados asociados a CAF y NAFB, 2) las distribuciones conocidas, contrastadas mediante un análisis de componentes principales (ACP), y análisis de distribuciones potenciales, estimadas en MAXENT, encuentran escasa intersección y se muestran como áreas con características climáticas independientes definidas por la diferentes regímenes de precipitación, principalmente 3) características anatómicas foliares ancestrales contrastantes en ambos clados como el grosor de la pared celular externa de la hipodermis (mayor en CAF, menor en NAFB) así como el tamaño de las mismas en la cara adaxial (pequeñas en CAF, del mismo tamaño en NAFB), además de la presencia de aerénquima (presente en NAFB sin A. murumuru, ausente en CAF). / Tesis

Orientador: Ana Maria Goulart de Azevedo Tozzi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-16T00:59:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Silva_MarcosJoseda_D.pdf: 19424513 bytes, checksum: 8c7cb269238ddaf0c944b29ae376b8d3 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Lonchocarpus Kunth (Leguminosae, Papilionoideae, Millettieae) é predominantemente neotropical e inclui cerca de 150 espécies. Estudos considerando a sistemática de Lonchocarpus são necessários, devido à sua classificação infragenérica que apresenta problemas nomenclaturais e taxonômicos, correlacionados com a alta diversidade morfológica de seus representantes. Há controvérsias referentes ao número, ao nome e à definição de suas séries, seções e subgêneros, bem como à sua própria circunscrição genérica. Entre as seções de Lonchocarpus, L. sect. Laxiflori (Benth.) Taub. e L. sect. Punctati (Benth.) Taub. são distintas morfologicamente das demais e têm distribuição geográfica quase que restrita à América do Sul, sendo a revisão taxonômica delas fundamental para a delimitação de Lonchocarpus. Ainda neste contexto, a precisa circunscrição do gênero só é possível com o entendimento das relações de Lonchocarpus com gêneros relacionados. Entre as poucas referências de estudos filogenéticos que incluem espécies de Lonchocarpus, uma apresenta Lonchocarpus s. str. como monofilético se as espécies sulamericanas da seção Punctati forem excluídas. Considerando os resultados apresentados nos estudos filogenéticos e os problemas relacionados à circunscrição e à classificação infragenérica de Lonchocarpus, esta tese teve como objetivos 1) estudar a filogenia de Lonchocarpus, com o intuito de precisar sua circunscrição, bem como sua origem, idade, diversificação geográfica, e de elucidar suas relações com alguns gêneros cotribais, e 2) revisar Lonchocarpus sect. Punctati e L. sect. Laxiflori. O estudo filogenético baseou-se em fragmentos seqüências de macromoléculas derivadas do DNA do cloroplasto (trnL-F e matK) e nuclear (ITS1+5.8S+ITS2), analisadas individualmente ou de maneira combinadas entre si e com dados morfológicos, através dos métodos de parcimônia e bayesiano, enquanto que os estudos taxonômicos revisionais fundamentaram-se nos procedimentos taxonômicos tradicionais. No capítulo 1, que trata da filogenia e biogeografia de Lonchocarpus e afins, as análises cladísticas mostraram que Lonchocarpusconforme atualmente circunscrito é parafilético e que em Lonchocarpus sensu lato três grandes clados podem ser reconhecidos: clado Laxiflori, clado Dahlstedtia e clado Lonchocarpus s. str., sendo os dois primeiros predominantemente sulamericanos e o último principalmente mesoamericano. As espécies de Lonchocarpus sect. Punctati ficaram no clado Dahlstedtia, enquanto que no clado Laxiflori também foram incluídas as espécies de Bergeronia Micheli e Margaritolobium Harms. Com estes resultados, em adição à consistência da delimitação morfológica, houve a necessidade de se propor o reestabelecimento de Muellera L.f., gênero neotropical com apenas duas espécies antes de sua sinonimização com Lonchocarpus, para incluir as espécies do clado Laxiflori, e a ampliação da circunscrição de Dahlstedtia, para incluir as espécies até então subordinadas à seção Punctati. Na recircunscrição e revisão do gênero Dahlstedtia Malme (capítulo 2) foram reconhecidas 16 espécies incluindo as duas anteriormente aceitas e as 3 novas para a ciência, e propostas 12 combinações novas e dois sinônimos novos. Dahlstedtia possui distribuição neotropical, com centro de diversidade na porção sudeste da América do Sul. O estudo visando o restabelecimento e revisão do gênero Muellera L.f. (capítulo 3) resultou na sinonimização de Lonchocarpus sect. Laxiflori e dos gêneros Bergeronia e Margaritolobium com Muellera, totalizando 26 espécies, das quais 10 novas. O gênero é sulamericano, com duas espécies atingindo a América Central. Estão sendo propostas seis lectotipificações, 10 sinonimizações e 17 combinações novas. Descrições, ilustrações, comentários taxonômicos, mapas de distribuição geográfica e chaves para identificação das espécies foram apresentadas. A análise de datação molecular revelou que Lonchocarpus s.s originou-se a cerca de 8,7±0,05Ma na América Central, diferentemente dos clados Dahlstedtia e Laxiflori que surgiram na América do Sul, em 6,3±0,05Ma e 8,0±0,09Ma, respectivamente, e que ocorreu pelo menos três eventos de migração deste gênero da América Central para a do Sul e um único para o continente africano. / Abstract: Lonchocarpus Kunth (Leguminosae, Papilionoidae, Millettiae) is predominantly neotropical and it includes around 150 species. It is necessary to make studies of the systematics of Lonchocarpus owing to its problematic nomenclatural and taxonomical infrageneric classification, which is related to the great morphological diversity of its representatives. There is a controversy over the number, the name, the definition of itsseries, sections and subgenus, as well its generic circumscription. Among the sections of Lonchocarpus, only L. sect. Laxiflori (Benth) Taub. and L. Sect. Punctati (Benth) Taub. Are morphologically distinct from the others. And their geographical distribution is mostly restricted to South America. Hence, it is extremely important to perform a taxonomical revision to delimit Lonchocarpus. Moreover, a precise circumscription of the genus is only possible if one has an understanding of the relationship between Lonchocarpus and related genera. Among the few references to phylogenetic studies which include species of Lonchocarpus, one refers to Lonchocarpus s. str. as monophyletic if the South American species of the section Punctati are excluded. Considering the resulted presents in the phylogenetic studies, the problems related to circumscription and the infrageneric classification of Lonchocarpus, this thesis aims at: 1) Studying the phylogeny of Lonchocarpus in order to determine its exact circumscription, its age and origin, and its geographic diversification, as well as elucidating its relationships with some cotribal genera, and 2) at revising Lonchocarpus sect Punctati and L. sect Laxiflori. The phylogenetic study was based on sequence fragments of macromolecules derived from the DNA of the chloroplast (trnL-F AND matk) AND of nuclear (ITS1 + 5.85 + ITS2), analyzed individually or combined among themselves (or with morphological data) using the parsimony and bayesian methods, while the revisional taxonomic studies were based on traditional taxonomic procedures. Chapter 1 deals with phylogeny and biogeography of Lonchocarpus and allies. In this chapter the cladistic analysis shows that according to the current circumscription Lonchocarpus is paraphyletic and that in Lonchocarpus sensu lato three great clade can be recognized: clade Laxiflori, clade Dahlstedia and clade Lochocarpus s. str., where the first two are predominantly southamerican and the last one ismainly mesoamerican. The species of Lonchocarpus sect. Punctati remained in the clade Dahlstedtia, while the species of Bergeronia Micheli and Margaritolobium Harms were also included in the clade Laxiflori. Based on these results which support the consistency of the morphological delimitation, it was necessary to propose the reestablishment of Muellera L.f., a neotropical genus with only two species before its synonymization with Lonchocarpus, in order to include the species of the clade Laxiflori. Furthermore, the circumscription of Dahlstedtia was extended to include the species which were still subordinated to the section Punctati. During the recircumscription and revision of the genus Dahlstedtia Malme (chapter 2), 16 species were recognized including the two species which were previously accepted and 3 unknown species to science. Also, 12 new combinations and 2 new synonyms were proposed. Dahlstedtia has a neotropical distribution, with its diversity center in the southern region of South America. The study intended for the reestablishment and revision of the genus Muellera L.f. (chapter 3) resulted in the synonymization of Lonchocarpus sect. Laxiflori and of the genera Bergeronia and Margaritolobium with Muellera, totalling 26 species (10 of them new). The genus is South American, with two species reaching Central America. Six lectotypifications, tem synonymizations and 17 new combinations are being proposed. Descriptions, illustrations, taxonomic commentaries, maps of the geographic distribution and species identification keys have been presented. The analysis of the molecular dating revealed that Lonchocarpus s. str. originated in Central America around 8.7± 0.05Ma. Unlike the clades Dahlstedia and Laxiflori that appeared in South America in 6.3± 0.05Ma and 8.0± 0.09Ma, respectively. The analysis also revealed that there have been at least three migrations of this genus from Central America to South America, and only one to Africa. / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Maria do Carmo Estanislau do Amaral / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-10T06:25:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Koehler_Samantha_D.pdf: 6443365 bytes, checksum: 6a01c884fb24c1fbf015cf1b2ab4e212 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Não informado / Abstract: Not informed. / Doutorado / Biologia Vegetal / Mestre em Biologia Vegetal

Orientador: Fernando Roberto Martins / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-23T02:32:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 VanMelis_Juliano_D.pdf: 2552550 bytes, checksum: 8227a941fa221a10cce8b272ae92449f (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Apesar da importância que as trepadeiras apresentam em florestas tropicais, estudos sobre a montagem da comunidade de lianas (trepadeiras lenhosas e sublenhosas) que investiguem desde a contribuição dos fatores abióticos e bióticos até fatores intrínsecos (coexistência entre indivíduos) são escassos. O objetivo geral desta tese é pesquisar a estruturação da comunidade das espécies de lianas em uma Floresta Estacional Semidecídua (FES), investigando (1) a importância relativa dos fatores ambientais e espaciais para diferentes espécies de lianas, (2) a estruturação filogenética da comunidade de trepadeiras em diferentes ambientes, e (3) os efeitos diretos ou mediados das árvores e arbustos para o número de espécies e indivíduos de trepadeiras. Mostramos que (1) grande parte da variação na composição de espécies de lianas em uma FES é devido a fatores não investigados (fatores estocásticos) e o espaço (autocorrelação espacial). Portanto, concluímos que os maiores determinantes na variação da composição de espécies de lianas em uma FES é a aleatoriedade (sendo reflexo da variação estocástica das populações) e a limitação por dispersão (demonstrada pela alta autocorrelação espacial). No segundo capítulo (2), encontramos que uma maioria discreta das parcelas apresentou maior aproximação filogenética do que o esperado ao acaso na comunidade de trepadeiras amostrada. Houve pouca influência de variáveis relacionadas à dinâmica florestal na variação da aproximação filogenética, sendo que áreas com árvores mais altas e maior proporção de árvores do presente apresentavam maior aproximação filogenética que outras áreas. Concluímos que em áreas de dossel mais baixo e menor proporção de árvores do presente (clareiras) não apresentam menor sinal filogenético, pois todas as espécies de lianas apresentariam potencial de existirem nestas áreas, enquanto que nas áreas de floresta madura haveria a existência de filtros ambientais para a existência de poucos ramos filogenéticos. Por último (3), encontramos que os atributos da comunidade de árvores e arbustos são fatores importantes na variação dos atributos da comunidade de lianas, sendo parte dele decorrente do distúrbio no dossel. Mas o distúrbio no dossel como fator direto é mais importante na variação da abundância e número de espécies de lianas em uma Floresta Estacional Semidecídua / Abstract: Despite the fact that climbing plants present in tropical forests, studies which investigate the contribution of abiotic and biotic factors or intrinsic factors (coexistence between individuals) on community assembly of lianas (woody and sub-woody climbers) are scarce. The overall objective of this thesis is to research the community structure of liana species in a Seasonal Semideciduous Forest (SSF), investigating (1) the relative importance of environmental and spatial factors on community assembly of lianas, (2) the phylogenetic structure of climbing plants community along the forest development (treefall gaps to old-growth forest), and (3) the direct or indirect effects of trees and shrubs for the number of species and individuals of climbing plants. We show that (1) much of the variation in species composition of lianas in a SSF is due to stochastic factors and space. Therefore, we conclude that the major determinants of variation in lianas' species composition in a TSF are stochastic variance of populations, shown by the unexplained factors, and dispersion limitation, shown by spatial autocorrelation. In the second chapter (2), we found that a slight majority of the sample plots showed cluster phylogenetic structure in the climbing plants community. There was a slight influence of variables related to forest dynamics in the variation of the phylogenetic structure, and areas with tall trees and higher proportion of present trees had higher values of clustering in phylogenetic structure than other areas. We conclude that in areas of lower canopy and smaller proportion of present trees (treefall gaps) showed few phylogenetic branches, since all species of climbing plants would be existing in these areas, while areas of old-growth forest would demonstrate environmental filters for the climbing plants. Finally, we also found (3) that the community of trees and shrubs' attributes (abundance and species richness) are important factors in the variation of attributes liana community (species richness and abundance), being part of it due to the canopy disturbance. But canopy disturbance was the more important direct factor in variance of abundance and species richness of lianas in a Seasonal Semideciduous Forest / Doutorado / Doutor em Biologia Vegetal

Orientador: Carlos Alfredo Joly / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-20T14:31:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cavalin_PedroOrtman_D.pdf: 3253505 bytes, checksum: 2c0255c7d1c447ec6f4badb5c03b3993 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Um grande número de espécies co-ocorre em florestas tropicais. Diferenciação de nicho e processos estocásticos são invocados como mecanismos que possibilitam essa coexistência de espécies. Recentemente, métodos filogeneticamente explícitos ou com base em atributos funcionais (considerados bons indicadores de nicho de regeneração, história de vida e tolerância ambiental) vem sendo usados para analisar tais mecanismos. No presente trabalho, estudei comunidades de espécies lenhosas no sub-bosque ao longo de um gradiente de altitude na Floresta Ombrófila Densa (FOD) Atlântica no Parque Estadual da Serra do Mar, SP, tentando relacionar a estrutura de comunidades com variáveis ambientais, e se tais relações variam de acordo com a altitude. Analisamos a estrutura filogenética em três sítios localizados em diferentes cotas altitudinais (FOD de Terras Baixas, 70 m; FOD Submontana, 370 m; FOD Montana, 1070 m). Em nenhum dos sítios foi observada estruturação filogenética, tampouco relações da estrutura filogenética com variáveis ambientais. Em seguida, analisamos a estrutura de comunidade baseada em atributos funcionais. Apesar de haver correlações entre atributos funcionais e variáveis ambientais no nível das espécies, as comunidades não apresentaram estrutura significativamente diferente do esperado pelo acaso, embora o conjunto de espécies comuns tenha apresentado boa correlação entre atributos funcionais e variáveis ambientais. Por fim, analisamos como a estrutura de comunidades, baseada em atributos funcionais, em um sítio (FOD Submontana) varia entre coortes de plantas de diferentes tamanhos. Em geral, plantas de menor tamanho são mais similares entre si do que o esperado pelo acaso, enquanto que plantas de maior tamanho não diferem do esperado pelo acaso. Quando árvores de dossel são analisadas em separado, nenhuma das classes de tamanho difere do esperado pelo acaso. Mortalidade causada pela abundância de vizinhos, e independente de suas identidades, pode ser responsável pela ausência de mudança na estrutura da comunidade baseada em atributos ao longo das coortes. Discutimos a ausência de variação na estruturação das comunidades ao longo do gradiente de altitude na FOD Atlântica, levando em consideração as características do mesmo, e propomos estratégias para o melhor entendimento da dinâmica dessas comunidades / Abstract: A large number of species co-occur in tropical forests. Niche differentiation and stochastic processes are commonly invoked to explain species co-occurrence. Recently, phylogenetically explicit or traitbased (functional traits are considered to be good proxies for regeneration niche, life history, and environmental tolerance) methods have been used to assess these mechanisms. In the present study, We have surveyed understory woody species communities along an altitudinal gradient on the Atlantic Dense Ombrophilous Forest at the Serra do Mar State Park, São Paulo State, Brazil, analyzing the relationships between community structure and environmental variables, and how these relationships vary along the gradient. Community phylogenetic structure was assessed in three sites differing in altitude (Lowland, 70 m; Lower Montane, 370 m; Montane, 1070 m). No phylogenetic structure was found in any site, nor correlations between phylogenetic structure and environmental variables. We then analyzed trait-based community structure. We observed no community structure, even though there were significant correlations between functional traits and environmental variables at specieslevel on a set of frequent species. Finally, we assessed how trait-based community structure varied between plant cohorts of differing sizes. In general, smaller plants were functionally more similar to each other than expected by chance, while larger plants showed no significant structuring. When only canopy trees are separately analyzed, no size-class cohort differs from the random expectation. This lack of change in structuring among cohorts may be due to mortality caused by neighboring stem density, irrespective of species identity. We then discuss the absence of community phylogenetic and functional structuring of understory woody plants communities along the altitudinal gradient on the Atlantic Forest, taking into account its peculiarities, and propose strategies that could advance the understanding of these communities' dynamics / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal