Diverses études hydrologiques suggèrent que les changements climatiques anticipés entraîneront une diminution des débits d'étiage pour une majorité des rivières du sud du Québec. Cette situation risque de devenir particulièrement préoccupante dans le bassin versant de la rivière Yamaska, car son débit estival est déjà faible. Puisque cette rivière est la principale source d'approvisionnement en eau pour différentes municipalités et les industries qu'elles desservent, des actions doivent être entreprises avant d'en arriver à des situations critiques. Un système d'alerte basé sur des débits seuils jumelé à une prévision météorologique constituerait un outil de gestion puissant. L'élaboration d'un tel système d'alerte nécessite une bonne connaissance de la rivière. Des analyses statistiques des différents épisodes d'étiage survenus dans les années passées permettent d'en faire ressortir les débits historiques ainsi que d'en comprendre le comportement en tarissement. Une revue bibliographique et l'analyse de différents modèles de prévision des débits permettent de déterminer les modèles qui s'appliquent le mieux au bassin de la rivière Yamaska. Des mesures de restriction pour chacun des différents niveaux du système d'alerte proposé doivent être déterminées en s'inspirant des différentes mesures de restriction présentes dans différents pays, tout en tenant compte des facteurs économiques et politiques. Aussi, les critères écologiques et fonctionnels doivent être pris en compte lors de l'établissement de ces débits seuils. Sur la base d'un suivi d'indicateurs et de prévisions associées, ce mémoire propose donc un système d'alerte qui indiquera le moment où des mesures restrictives de prélèvement et de consommation doivent commencer à être appliquées. En plus de constituer un outil puissant pour le bassin versant de la rivière Yamaska, ce prototype de système d'alerte aux étiages pourra être adapté à d'autres bassins versants du Québec enclins aux étiages sévères.

L'atmosphère des régions polaires peut être considérée comme une atmosphère de "bruit de fond" à l'échelle d'un hémisphère, et constitue, de ce fait, un terrain privilégié pour appréhender la réponse de l'atmosphère à des phénomènes naturels globaux. Les régions côtières antarctiques sont, elles, particulièrement bien adaptées à l'étude des émissions en provenance de l'océan Austral. Un programme d'étude de la chimie de la troposphère a donc débuté à Dumont d'Urville (66°40' Sud, 140°01Est) fin 1990. Des prélèvements atmosphériques effectués simultanément à Dumont d'Urville et sur une île éloignée de la station ont montré que les activités humaines sur la base n' influençaient pas de manière significative la collecte atmosphérique. En revanche, la présence d'une avifaune abondante perturbe les concentrations atmosphériques en NH3 NH4, C2024 2-, K+, Ca 2+. L'étude des composés soufrés atmosphériques (acide méthanesulfonique et sulfate) a mis en évidence l'existence d'un fractionnement du au gel de l'aérosol marin durant l' hiver. Ce fractionnement se traduit par un déficit de sulfate et une augmentation du rapport Cl -/Na +. Nous avons pu mettre en évidence la présence d'une perturbation en sulfate durant l'été 1991 - 1992 dans la troposphère des régions côtières antarctiques. Cette perturbation est provoquée par la sédimentation du nuage volcanique émis lors de l'éruption du Cerro Hudson (15 août 1991). Par ailleurs, nous avons montré que le cycle saisonnier de ces composés soufrés est corrélé aux variations saisonnières de l'activité phytoplanctonique dans l'Océan Austral. De plus, la variabilité géographique des concentrations atmosphériques peut être expliquée par une différence de productivité entre les différents secteur de l'Océan circumpolaire. Enfin, l'étude des composés azotés atmosphériques (NH4+, HNO3, NO3-) a montré que les valeurs de NH4+ mesurées à Mawson (67.6°S, 62.5°E) sont certainement influencées par l' activité animale. Les variations saisonnières du nitrate atmosphérique peuvent être provoquées par la sédimentation des nuages stratosphériques polaires ..

Des études récentes démontrent que les périodes d’étiage des rivières du sud du Québec seront plus sévères et plus fréquentes en raison du réchauffement climatique attendu. Les municipalités s’approvisionnant en eau brute à même ces rivières devront s’adapter à cette nouvelle réalité. L’objectif de l’étude présentée est de déterminer le prélèvement ultime en eau brute qu’une ville peut effectuer en rivière sans compromettre l’intégrité du milieu naturel. Une étude d’impact en conditions de changements climatiques est effectuée et des mesures d’adaptation sont proposées pour assurer la viabilité à long terme du prélèvement à la prise d’eau. L’étude porte sur la prise d’eau de la ville de Bromont, située sur le tronçon centre de la rivière Yamaska. Une approche de soutien d’étiage en utilisant le lac Brome est retenue. Le modèle hydrologique SWAT est utilisé pour reconstituer les apports naturels sur le bassin versant. Il est également utilisé pour produire des séries de débits en période de référence et en période future pour sept projections climatiques. Un modèle de simulation maison est utilisé pour reproduire la gestion du barrage au lac Brome. Le débit prélevable est déterminé en utilisant quatre méthodes différentes pour le calcul des débits réservés écologiques. Les résultats démontrent que la ville de Bromont est en mesure de prélever de l’eau jusqu’à la quantité permise par son certificat d’autorisation sans avoir d’impact sur l’intégrité du milieu naturel uniquement pour une des quatre méthodes de détermination du débit réservé écologique et ce uniquement au printemps, à l’été et à l’automne. Avec les changements climatiques, le prélèvement jusqu’à la valeur autorisée engendre le non-respect des débits réservés écologiques pour toutes les méthodes. Finalement, les méthodes d’adaptation sont en mesure de pallier l’impact des changements climatiques et de permettre un prélèvement équivalent à celui prévu au certificat d’autorisation de la ville.

L’anesthésie-réanimation est une discipline qui n’a acquis son autonomie que récemment. Jadis sous la direction du chirurgien, l’anesthésiste-réanimateur est, comme son nom l’indique, au cœur d’une profession multidisciplinaire. Si l’acte anesthésique suppose, en aval, l’application de techniques de réanimation, l’inverse n’est pas systématiquement le cas. En effet, l’anesthésiste-réanimateur peut être confronté, dans sa fonction de réanimateur, à la problématique du prélèvement d’organes dont la pratique fait appel à la définition de la mort, définition nécessairement sujette à discussion. Par son objet même, le contentieux civil en anesthésie-réanimation est particulièrement vaste. Son étude mettra en évidence l’élaboration des normes encadrant la discipline, sur laquelle le contexte professionnel exerce une influence déterminante, leur mise en pratique par l’anesthésiste-réanimateur, puis leur adéquation au cas clinique par le juge civil, lorsqu’un patient exercera une action en responsabilité / Anaesthetics and intensive care are closely linked in the French health care system and are always carried out by the same professional. Anaesthetics and intensive care thus form a common discipline which has acquired only recently its autonomy. Formerly under the direction of the surgeon, the anaesthetist is at the core of a multidisciplinary profession. If the anaesthetic treatment supposes, down the line, application of techniques of intensive care, the opposite is not systematically true. Indeed, the anaesthetist, taken as a member of an intensive care unit, can be confronted with the issue of organ removal which practice necessarily relates back to the difficult definition of death. Concerning its object itself, civil dispute regarding anaesthetics and intensive care covers a large-scale field. This in-depth study would highlight the drafting of norms ruling the discipline upon which the professional context has a decisive influence, then their practice by the anaesthetist itself, and finally their appropriateness to the clinical case as considered by the civil judge whenever a patient had brought legal action in responsibility before a tribunal

Plus de la moitié des enfants survivant à une maladie critique sont anémiques à leur sortie des soins intensifs pédiatriques (SIP). Cette proportion est inquiétante puisqu’il existe une association entre l’anémie et un développement neurocognitif anormal chez le jeune enfant. Les causes d’anémie aux soins intensifs sont multiples. Le volume de sang prélevé à visée diagnostique est un facteur de risque probable mais aussi un facteur de risque qui est potentiellement modifiable. Ce mémoire explore la contribution des prélèvements sanguins à la prévalence d’anémie chez les enfants atteints d’une maladie critique. L’objectif global est d’une part d’évaluer les pratiques cliniques actuelles de prélèvements sanguins et d’autre part d’évaluer les stratégies étudiées dans la littérature pouvant nous permettre de réduire de manière sécuritaire les quantités de sang retirées à ces enfants. On présente deux articles : une étude de cohorte prospective observationnelle des pratiques de prélèvements sanguins dans notre service de soins intensifs pédiatriques ainsi qu’un scoping review de la littérature des interventions visant à réduire les pertes sanguines à visée diagnostique. La 1ère étude souligne le problème d’anémie iatrogène aux soins intensifs pédiatriques. Cette étude démontre que le volume de sang prélevé pour des raisons diagnostiques est significatif et égal à environ 5% du volume de sang circulant total. Nous démontrons également qu’il y a une association entre les prélèvements sanguins et un risque élevé d’anémie à la sortie des soins intensifs. La 2ème étude résume la littérature actuelle des stratégies efficaces destinées à réduire le sang prélevé en volume et fréquence, réduire l’anémie et également les besoins en transfusion. Les systèmes de prélèvement à circuit clos, les tubes de petit volume, et les tests sanguins réalisés au chevet pour répondre à une question clinique, sont tous des interventions prometteuses. La modification des habitudes de prescription de l’équipe médicale semble également essentielle. Ce mémoire nous permettra de mieux comprendre le problème de l’anémie iatrogène chez les enfants admis aux soins intensifs. Il est important de continuer à améliorer notre pratique actuelle et de minimiser le volume de sang prélevé et/ou gaspillé. / More than 50% of pediatric intensive care unit (PICU) survivors are anemic at PICU discharge. This proportion is worrisome because of the known negative association between anemia and neurocognitive development of young children. The etiology of critical care anemia is multifactorial. Diagnostic blood sampling is an iatrogenic contributor to this problem, but it is also a potentially modifiable factor. The overall objective of our project is to explore current clinical practice for diagnostic blood sampling in PICU and to look for solutions to improve patient care. In this thesis, we present two articles: a prospective observational cohort study, conducted in our PICU, and a scoping review of the existing literature on interventions to minimize diagnostic blood loss. The 1st study highlights the existing problem of iatrogenic anemia in PICU. Our study demonstrates that the volume of blood sampled for diagnostic purposes is significant. Nearly 5% of total circulating blood volume is removed from a critical ill child during a PICU stay. This study detected an association between blood sampling volume and a higher risk of anemia at PICU discharge. The 2nd study summarizes current evidence on efficacious strategies to minimize blood sampling volume and frequency, anemia, and transfusion. Closed blood sampling devices, small volume blood collection tubes, point-of-care testing, and medical education, are all promising interventions. This thesis, which includes both articles, helps us to better understand the problem of iatrogenic anemia in critically ill children admitted to the intensive care unit. It is important to continue to improve daily practice and to minimize blood volume sampled and/or wasted.

Le secteur du tri des déchets est en pleine expansion. De par la nature de leurs activités, les centres de tri des déchets sont une source d’émission de bioaérosols dont l’exposition peut entrainer diverses troubles sur la santé des travailleurs. La composition des bioaérosols dans les centres de tri est peu documentée. Dans ce contexte, les objectifs de la thèse étaient de caractériser et de déployer dans un centre de tri (pour un suivi d’un an) une méthode d’analyse de la biodiversité microbienne dans les bioaérosols par séquençage à haut débit. Les travaux ont permis de connaitre les avantages et les limites de plusieurs méthodes d’analyse de la biodiversité et de mettre en lumière la nécessité de standardiser un processus de mesure dans le cadre d’études de comparaison. Le suivi de la biodiversité microbienne dans les bioaérosols émis en centre de tri a permis de mettre en évidence la grande complexité et la variabilité des taxons bactériens et fongiques à différents postes de l’entreprise. L’analyse statistique a mis en évidence le caractère multifactoriel de la variation et de la composition des bioaérosols émis en environnement professionnel. La quantité importante de données a permis d’améliorer les connaissances sur la composition des bioaérosols émis en centre de tri des déchets et sur la stratégie de prélèvement à adopter pour une évaluation du risque biologique représentative de l’entreprise / The waste sorting activities is constantly increasing. Due to the nature of their activities, waste sorting plants are a source of bioaerosol emissions whose exposure can lead to various health problems for workers. The composition of bioaerosols in sorting centers is poorly documented. In this context, the aims of the thesis were to characterize and deploy in a sorting center (for a follow- up of one year) a method of analysis of microbial biodiversity in bioaerosols using high throughput sequencing. The work provided information about the advantages and the limits of several methods of analysis of the biodiversity and highlighted the need to standardize a process of measurements for comparative studies. The monitoring of microbial biodiversity in bioaerosols emitted in a sorting plant revealed the high complexity and the variability of bacterial and fungal taxa at different places in the company. Statistical analysis highlighted the multifactorial nature of the variation and composition of bioaerosols emitted in this occupational environment. The large amount of collected data improved the knowledge on the composition of bioaerosols emitted in the waste sorting plant and the sampling strategy to be conducted for a representative biological risk assessment in the company

La littérature fait suspecter mais n’indique pas clairement un lien entre la contamination du réseau d’eau et les infections nosocomiales à Pseudomonas aeruginosa. Les recommandations de prélèvements d’eau sont différentes selon les pays. Notre travail s’appuie sur les données des résultats des prélèvements d’eau et des prélèvements positifs à P. aeruginosa chez les patients (colonisation ou infections nosocomiales), réalisés au CHU de Dijon entre 2005 et 2013. Les contaminations des points d’eau étaient fréquentes (17%, IC95% 15,5-18,2). Des modèles mixtes n’ont pas montré de diminution d’incidence des cas de P. aeruginosa dans le nouveau bâtiment, moins souvent contaminé, pour les unités qui ont déménagé d’un bâtiment à un autre. La méthode de Kulldorff a permis de détecter peu d’agrégats temporels de cas. Des modèles GEE (Generalized Estimated Equations) ont montré une association positive entre la proportion de prélèvements d’eau positifs dans le trimestre dans le bâtiment et l’incidence des cas nosocomiaux. Cette association était retrouvée dans les analyses en sous-groupe des données de réanimation mais ne l’était plus lorsque les unités de réanimation et d’hématologie étaient exclues.Peu d’arguments en faveur d’un rôle du réseau d’eau dans la survenue de cas de P. aeruginosa sont apportés, en dehors des services de réanimation ou d’hématologie. En raison du coût associé aux prélèvements et aux mesures correctrices, il pourrait être proposé de limiter les prélèvements à ces unités à risque. Des études prospectives génotypiques devraient être conduites afin de mieux explorer l’association entre qualité microbiologique de l’eau à l’hôpital et infections nosocomiales. / Scientific literature allows suspecting but does not clearly indicate a link between water network contamination and Pseudomonas aeruginosa healthcare-associated infections. Guidelines for water samples vary across countries.Our work is based on water samples and P. aeruginosa patients’ samples (healthcare-associated colonizations or infections) in Dijon University hospital between 2005 and 2013.Water outlets contaminations were frequent (17%, CI95% 15.5-18.2). Mixed models on units that moved from a building to another did not show a lower incidence of P. aeruginosa cases in the new building than in the others, although it was less contaminated. Kulldorff’s method allowed detecting few temporal clusters of cases. GEE (Generalized Estimated Equations) models showed a positive association between the proportions of positive water samples in the building in the quarter and the incidence of healthcare-associated cases. This association was still observed in subgroup analyses of intensive care units but was no more observed in the database excluding hematology and intensive care units. Few arguments for an association between water network contamination and P. aeruginosa healthcare-associated colonizations or infections are provided, except in hematology and intensive care units. Given the costs associated with the samples and correctives measures, it could be proposed to limit the samples to these units at risk. Prospective studies with molecular typing methods should be conducted in order to better understand the association between hospital water network microbiologic quality and healthcare-associated infections.

L'étude des réseaux trophiques nécessite une compréhension des phénomènes naturels relatifs à la distribution et l'abondance des organismes dans leur environnement. Les oiseaux marins tropicaux ont une distribution hiérarchique qui dépend de la position de leurs colonies vis à vis des structures physiques du milieu favorisant la production biologique, et de la capacité de dispersion des oiseaux, qui est fortement influencée par leur statut (reproducteur, migrateur, ...). A macro-échelle (103km) cette distribution reflète les limites de leurs habitats, à méso-échelle (10²km) la présence de structures qui agrègent les proies et à micro-échelle (101 km), la présence temporaire en surface, de proies rendues accessibles le plus souvent par les bancs de prédateurs en chasse, tels que les thons. Dans le sud-ouest de l'océan Indien, plus de 6 millions d'oiseaux sont présents, dont 99% sont des sternes fuligineuses. Elles se reproduisent de façon saisonnière en hiver austral aux Seychelles et à Europa, en été austral à Juan de Nova. La concentration en chlorophylle plus élevée autour des colonies saisonnières favorise le développement de chaînes alimentaires qui aboutissent aux sternes. La position des Glorieuses semble avoir favorisé une reproduction sub-annuelle,soutenue par la présence de proies autour des colonies toute l'année. Les rélèvements de biomasse effectués par les sternes en reproduction sont estimés à plus de 55 000 tonnes par an, dans le canal du Mozambique. Ces prélèvements concernent des calmars, des poissons pélagiques et des larves de poissons, avec des proportions variables suivant les sites.

Le fuligule milouin (Aythya ferina) est une espèce de canard plongeur répandue dans l’ensemble du Paléarctique. Montrant des signes de déclin de ses effectifs nicheurs en Europe depuis les années 2000, son statut de conservation IUCN a été réévalué de « Préoccupation Mineure » à « Vulnérable ». Etant une espèce chassée, la question du maintien de ces prélèvements cynégétiques est légitime. L’objectif de ce travail de thèse est donc de comprendre son fonctionnement démographique et les mécanismes sous-jacents à sa dynamique de population, pour proposer des mesures de gestion et de conservation. Pour cela, nous nous sommes attachés à estimer la tendance de ce déclin sur sa voie de migration nord-ouest européenne à partir des données de recensements de la mi-janvier. Puis, nous avons étudié la connectivité migratoire de cette voie de migration avec les autres voies préssuposées, afin de mieux comprendre l’origine de ce déclin. Enfin, nous avons estimé deux paramètres démographiques clés, la survie et le succès de nidification, pour les intégrer dans un cadre matriciel permettant d’estimer un taux de croissance asymptotique et comprendre quels sont les paramètres démographiques clés sur lesquels doivent reposer les actions de gestion. Il ressort de ce travail de thèse que le déclin du fuligule milouin est probalement dû surtout à une diminution de sa productivité en Europe de l’Est et en Russie. Le contrôle et la gestion de la productivité par l’Homme étant limités, uniquement des travaux de gestion autour des habitats liés à la nidification sont envisageables. Ces travaux pourraient être facilement menés en Europe mais beaucoup plus difficilement en Sibérie, principale aire de reproduction des milouins caractérisée par une vaste superficie et un fort isolement. Les taux de survie des oiseaux bagués en France sont plus faibles que pour les oiseaux bagués dans d’autres pays, potentiellement du fait d’une pression de chasse plus élevée. Amener le taux de survie en France au même niveau que dans les pays voisins (Suisse et Grande-Bretagne), par une modification de la réglementation sur la chasse, serait de nature à ramener le taux de croissance à l’équilibre. La mise en place de la gestion adaptative pourrait faciliter les objectifs de conservation fixés en adaptant annuellement ces prélèvements aux effectifs présents et aux connaissances dont on dispose. / The Common Pochard (Aythya ferina) is a regular diving duck species in the western Palearctic. However, a worrisome decline of its wintering population led to an up-listed IUCN status from “Least Concern” to “Vulnerable”. This species is still hunted in Europe despite this decline. Hence, one may wonder about the sustainability of its harvest. The aim of this work was to understand the population dynamics of this species, and the drivers of these mechanisms. For this purpose, we assessed the declining trend in northwestern Europe using the mid-january censuses. Then, we studied the migratory connectivity with the two others flyways, in order to better understand the origin of the decline. Finally, we assessed two main demographic parameters (survival rate and nesting success) and combined these into a matrix population model. This model allowed us to assess an asymptotic growth rate and to determine the key demographic parameters on which management actions should focus. The main results of this thesis indicate that the decrease in productivty in Europe and in Russia could have been the main reason of the decline. However, given the limited human action to improve Pochard productivity, only breeding habitat improvement could be considered. Such improvements could be easily considered in Europe, but not in Siberia, the main breeding region characterized by a large area and a strong geographic isolation. Survival rates were lower in France than in neighbouring countries, possibly owing to a greater hunting pressure. A more moderate hunting pressure could lead to higher survival rates, and a balanced growth rate. Setting up an adaptative harvest management scheme could help reaching defined management goals, by annually adapting hunting quotas to current knowledge and assessment of Pochard population size.

Les canalopathies cardiaques congénitales constituent la principale hypothèse diagnostique dans les cas de mort subite inexpliquée chez les sujets de moins de 35 ans. Notre travail a eu pour objectif demettre au point une stratégie de détection post-mortem des mutations sur les gènes connus pour être impliqués dans les canalopathies cardiaques, applicable en routine, à partir de la principale source d'ADN post-mortem disponible en France à savoir les prélèvements fixés au formol et inclus en paraffine (FFIP). A partir d'une cohorte de 12 cas, deux techniques de détection de variants génétiques ont été évaluées, une technique de criblage par l'analyse des courbes de fusion haute résolution et une technique de génotypage par spectrométrie de masse MALDI-TOF, respectivement sur le gène KCNQ1 et le gène RyR2. Quelle que soit la technique utilisée, il n'est pas possible de s'affranchir du séquençage de type Sanger afin d'explorer les séquences d'intérêts qui n'ont pu être optimisées avec l'une ou l'autre des méthodes à la fois sur les prélèvements congelés et FFIP. L'arrivée des séquenceurs de nouvelles générations ouvrent ainsi de nouvelles perspectives dans ce domaine.