Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-11-13T14:38:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 977977 bytes, checksum: 5bc34ca996c2d5f549156130af1ded39 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-13T14:38:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 977977 bytes, checksum: 5bc34ca996c2d5f549156130af1ded39 (MD5) Previous issue date: 2013-10-10 / Spiroplasma citri Saglio et. al é o agente causal de Citrus Stubborn Disease - CSD, doença observada primeiramente em pomares cítricos na Califórnia, EUA, em 1915. A doença tem provocado reduções significativas de produtividade em muitos países produtores de citros e, não ocorrendo no Brasil, representa um risco potencial à citricultura nacional, devido à ampla gama de hospedeiros e à eficiência da transmissão pelas cigarrinhas vetoras. São vetores de S. citri: Circulifer tenellus, Circulifer haematoceps e Scaphytopius nitridus. Os principais hospedeiros de expressão econômica são espécies cítricas, como toranja, limão siciliano, tangerina, laranja doce, laranja azeda, pomelo, lima-da-pérsia, C. limonia, C. madurensis, limoeiro rugoso, satsumas e tangelos, Fortunella spp. e porta-enxertos híbridos, como citranges. Muitas outras plantas nativas ou cultivadas são consideradas hospedeiras na região sudoeste dos Estados Unidos, e provavelmente há muitos outros hospedeiros deste organismo. A ocorrência de S. citri já foi relatada em países do continente europeu, na Ásia, África, América do Norte e Oceania. No estado da Califórnia, EUA, estima-se que de 5 a 10% das árvores estejam infectadas pela bactéria. Devido à grande importância que o setor citrícola tem para a economia brasileira, e considerando ainda os impactos econômicos que a introdução desta praga pode acarretar, S. citri está listada como praga quarentenária ausente para o Brasil e foi escolhida como objeto de elaboração de um plano de contingência, visando a execução de ações de contenção, supressão e erradicação. / Spiroplasma citri is the causal agent of Citrus Stubborn Disease-CSD, first observed in citrus orchards in California, USA, in 1915. The disease has caused significant reductions in productivity in many citrus producing countries and represents a potential risk to Brazilian citrus orchards, due to the wide range of hosts and transmission efficiency by leafhoppers. The vectors of S. citri are: Circulifer tenellus, Circulifer haematoceps (synonym of Neoaliturus haematoceps) and Scaphytopius nitridus. The main economic expression hosts are citrus species, such as grapefruit, lemon, tangerine, sweet orange, sour orange, pomelo, Citrus limettioides, C. limonia, C. madurensis, rough lemons, satsumas and tangelos, Fortunella spp. and hybrid rootstocks as citranges. Many other native or cultivated plants are considered hostesses in the southwestern region of the United States, and probably many other hosts of this organism. The occurrence of S. citri has already been reported in countries of Europe, Asia, Africa, North America and Oceania. In the State of California, USA, it is estimated that 5 to 10% of the trees are infected by the bacteria. Because of the great importance that the citrus fruit sector represents for Brazilian economy, and also considering the economic impacts that the introduction of this pest may cause, S. citri is listed as a quarantine pest and was chosen in order to develop a contingency plan. / Não foi encontrado a URL do currículo lattes do autor e nem documento de identificação.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2015-11-13T15:31:27Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 660202 bytes, checksum: b80e4a16501534366b56fff1fed47ad7 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-13T15:31:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 660202 bytes, checksum: b80e4a16501534366b56fff1fed47ad7 (MD5) Previous issue date: 2013-10-21 / O objetivo principal desta dissertação foi corroborar no avanço da sistemática de inspeções conduzidas pelo Serviço de Vigilância Agropecuária do Ministério da Agricultura, Pecuária e Abastecimento com foco principal na verificação do status fitossanitário de embalagens de madeira (EBM). Para alcançar este objetivo foram conduzidos dois estudos investigativos. O primeiro teve como objetivo fornecer subsídios conceituais e empíricos para a elaboração de um possível sistema de inspeção com checagem reduzida aplicada à inspeção de EBM. Os principais fatores que influenciavam a decisão dos inspetores na seleção de amostras de contêineres para a inspeção foram determinados, 61 fornecedores estrangeiros foram cadastrados e 23 deles foram pré-selecionados devido à constância em seus embarques e por não terem registros de ocorrências fitossanitárias (presença de insetos em geral, fungos, casca, ausência de marca de tratamento, etc) mesmo quando apresentado EBM. O percentual de acerto na tomada de decisão pela não inspeção ou redução baseada no histórico individual de cada fornecedor foi extremamente satisfatório. Os resultados mostraram ser possível elaborar um sistema de inspeção com frequência de checagem reduzida para EMB tendo como base a analise de uma serie temporal de dados de importação e levando se em consideração fatores como país de origem da carga, tipo de embalagem, presença de madeira, histórico de ocorrências fitossanitárias e em especial o fornecedor do produto importado, pré-definindo grupos de menor ou maior risco fitossanitário por meio de um método descritivo para variáveis categóricas. No segundo estudo verificou- se a aplicabilidade da técnica de mineração de dados por meio de árvores de decisão como ferramenta de apoio no processo de tomada de decisão nas inspeções de importação realizadas em contêineres para verificação do status fitossanitário de EBM. A técnica foi aplicada nos registros das inspeções fitossanitárias de contêineres desembarcados no porto Chibatão e no Porto Público de Manaus. As árvores de decisão foram geradas por meio do algoritmo Chi-square Automatic Iteration Detection e sua aplicabilidade testada num conjunto de 200 partidas importadas com resposta positiva e percentual de sucesso de 100% uma vez que não foram verificadas ocorrências fitossanitárias nas partidas inspecionadas com base na seleção orientada pelo modelo estatístico. O resultado mostrou ser possível o uso da mineração de dados e árvores de decisão como ferramenta de apoio na tomada de decisão para realização das inspeções fitossanitárias. / The main objective of this dissertation was to corroborate with advancements on systematic inspections conducted by the Agricultural International Surveillance Office of Brazilian Ministry of Agriculture, Livestock and Food Supply with a primary focus on the verification wooden packaging material (WPM) phytosanitary status. To achieve this goal two research studies were conducted. The first one aimed to provide conceptual and empirical subsidies for the elaboration of a possible inspection system with reduced checks applied to the inspection of wood packaging material (WPM) in Amazon. The Main factors influencing inspectors’ decision in the selection of samples for container inspection in WPM were determined and 61 foreign suppliers were registered. Twenty-three of them were pre-selected due the constancy in their shipments and no phytosanitary incident records even when presented WPM. Accuracy of the decision making by not inspecting or to reduce checks based on supplier's individual history database was extremely satisfactory. Results indicate the possible to develop a system of reduced spot checks in containers for WPM focused in a temporal database series analysis of imported shipments taking into account factors such as country of origin, package type, presence of wood, phitossanitary incidents and foreign supplier in particular to determinate higher or lower risk groups by means of a descriptive data analysis method. In the second study was verified the applicability of data mining techniques using decision trees as a support tool in the decision-making process to verify the phytosanitary status of WPM carried in containers. The technique was applied to the data records of phytosanitary inspections of imported containers landed in port Chibatão and Manaus Public Port. Decision trees were generated by the algorithm Chi- square Automatic Detection Iteration and its practical applicability was tested on a set of 200 imported consignments with a positive response and 100% success rate on decision-making since no phytosanitary occurrences was verified. The result proved to be possible to use data mining and decision trees as a support tool in the decision- making to implementation of phytosanitary inspections. / Não foi encontrado documento de identificação do autor.

Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Mônika Fecury Moura / Coorientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Renate Krause Sakate / Banca: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Regiane Cristina Oliveira de Freitas Bueno / Banca: Valdir Atsushi Yuri / Banca: Julio Massaharu Marubayashi / Resumo: A família Solanaceae é uma das mais importantes na agricultura, pois engloba culturas economicamente expressivas no Brasil e no mundo. Dentre os fatores que podem prejudicar a produção de solanáceas, destacam-se as viroses e a infestação por insetos. Diante dos aspectos de grande importância descritos acima a tese foi dividida em dois capítulos. O capítulo 1, trata-se do primeiro relato de groundnut rigspot virus em jiló Brasil, na qual, anormalidades foram observadas em campos de produção de jiló (Solanum aethiopicum L.) no interior de São Paulo região de Itápolis. Sintomas de anéis necróticos e concêntricos foram observados em folhas e frutos, típicos da infecção por vírus. As plantas foram submetidas a extração de RNA total e RT-PCR. Os amplicons foram purificados e sequenciados, confirmando a identidade de 99% com GRSV vírus foi identificado como groundnut ringspot virus (GRSV). Testes biológicos foram realizados em Solanum melongena cv. Napolitana, S. melongena cv. Napoli, S. melongena cv. Roma, S. aethiopicum cv. Morro Grande, S. aethiopicum cv. Comprido Verde Claro, Datura stramonium, S. lycopersicum Mariana, Nicotiana tabacum "TNN", N. tabacum Virgínia, Capsicum annuum 'Magali R' e S. americanum. Ao final de 30 dias, todas as espécies testadas apresentaram sintomas sistêmica, evidenciando a infecção viral. No capítulo 2 foi abordado o desempenho de espécies crípticas de Bemisia tabaci em cultivares de pimentão. Com a introdução da espécie Mediterranean no Brasil, tamb... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Solanaceae family is one of the most important in agriculture, since it encompasses economically expressive cultures in Brazil and in the world. Among the factors that may impair the production of solanaceous we can cite the viruses and the insect infestations. Faced with the aspects of great importance the thesis was divided into three chapters. Chapter 1, we describe the first report of groundnut rigspot virus in scarlet eggplant Brazil, in which abnormalities were observed in fields of scarlet eggplant (Solanum aethiopicum L.) in the interior of São Paulo region of Itápolis. Symptoms of necrotic and concentric rings were observed on leaves and fruits, typical of virus infection. The plants were submitted to extraction of total RNA and RT-PCR. The amplicons were purified and sequenced, confirming the 99% identity with groundnut ringspot virus (GRSV). Biological tests were performed in Solanum melongena cv. Napolitana, S. melongena cv. Napoli, S. melongena cv. Roma, S. aethiopicum cv. Morro Grande, S. aethiopicum cv. Comprido Verde Claro, Datura stramonium, S. lycopersicum Mariana, Nicotiana tabacum "TNN", N. tabacum Virgínia, Capsicum annuum 'Magali R' e S. americanum. At the end of 30 days, all species tested had systemic infection. In chapter 2, the performance of critical species of Bemisia tabaci in sweet pepper cultivars was addressed. With the introduction of the Mediterranean species in Brazil, also known as Q biotype, and having the information that it is very adapted to the pepper crop and has low susceptibility to different insecticides, pepper genotypes were tested for the performance and attractiveness of MEAM1 species. and MED. The accessions IAC 1549, IAC 1551 and IAC 1544 showed tolerance to Mediterranean species, because they exhibit low hatching of eggs, little adult emergence, and lower insect survival. In addition, IAC 1549 and IAC 1551 were unattractive to MED ... / Doutor

Orientador: Kathia Fernandes Lopes Pivetta / Banca: Fábio Alessandro Padilha Viana / Banca: Maurício José Borges / Resumo: As praças, ao longo dos tempos, levando-se em conta os diversos aspectos que as envolvem, como definição, funções, usos e concepções, sofreram significativas mudanças. No Brasil, os gramados formados por grama-batatais (Paspalum notatum) são os mais utilizados em áreas públicas urbanas. Quando a finalidade do gramado é ornamental, a infestação por plantas daninhas prejudica a qualidade estética e altera o microclima, pois interfere na infiltração de água no solo, na manutenção do equilíbrio da umidade atmosférica e na absorção de luz e calor pelo solo. O presente trabalho objetivou caracterizar a composição florística da comunidade infestante de gramados de oito praças de Jaboticabal, SP, e realizar o levantamento quantitativo dessa vegetação por meio de parâmetros fitossociológicos. Amostras foram coletadas utilizando quadrado vazado de 0,50 x 0,50 m, a partir das quais foram calculados os seguintes parâmetros: freqüência, densidade, freqüência relativa, densidade relativa, dominância relativa, cobertura relativa e importância relativa, tanto para o município quanto para as praças, de maneira independente. No contexto geral, foram identificadas, ao todo, 47 espécies de plantas daninhas, distribuídas em 16 famílias. Asteraceae apresentou o maior número de espécies, seguida de Fabaceae e Poaceae. As espécies com maior índice de valor de importância foram: Desmodium incanum > Brachiaria decumbens > Desmodium triflorum > Synedrellopsis grisebachii > Eleusine indica / Abstract: The squares have changed significantly over time, taking into account the various aspects that involve them, as definition, functions, uses and conceptions. In Brazil, the Paspalum notatum are the most disseminated turfgrasses, constituting different sites and purposes. When the purpose is ornamental, weed infestation can lead to loss of turfgrass aesthetic quality and alters the microclimate, because it interferes in the water infiltration into soil, maintaining the balance of atmospheric moisture and absorption of light and heat by the soil. The present work aimed to distinguish the floristic composition of weed community in turfgrasses areas of eight squares of Jaboticabal, São Paulo State and performing a quantitative survey of the vegetation through phytossociologic index, during April and May, 2011. Samples were collected using square of 0.50 x 0.50 m were used to calculate parameter frequency, density, relative frequency, relative density, relative dominance, relative coverage and relative importance, for both the municipality and for the squares, independently. In the general context, at total of forty-seven weed species were identified, distributed into sixteen families, with Asteraceae presenting the largest number of species. Since the most important species were: Desmodium incanum > Brachiaria decumbens > Desmodium triflorum > Synedrellopsis grisebachii > Eleusine indica / Mestre

Toxinas Cry provenientes de Bacillus thuringiensis, também denominadas de δ- endotoxinas, possuem ampla atividade inseticida e são específicas para insetos de diferentes ordens, não sendo nocivas a mamíferos, aves, anfíbios ou répteis. Devido a esta característica, seus genes vêm sendo utilizados no desenvolvimento de plantas transgênicas, visando o controle de insetos-praga de culturas de importância econômica. Dentre estas, destaca-se o algodoeiro que tem como principais pragas o bicudo-do-algodoeiro (Anthonomus grandis) e a lagarta-do-cartucho (Spodoptera frugiperda), ambas causadoras de grandes prejuízos econômicos. Assim, este trabalho objetivou: caracterizar uma estirpe de Bt (S811) tóxica contra S. frugiperda e A. grandis, identificar e clonar os genes codificadores de toxinas Cry potenciais para o controle dessas pragas, expressar os genes em sistema heterólogo Escherichia coli e testar a toxicidade das toxinas contra as pragas em questão. Os resultados obtidos nas análises da estirpe por microscopia eletrônica revelaram a presença de cristais esféricos e bipiramidais, enquanto que a análise de SDS-PAGE detectou proteínas de massa molecular com cerca de 140 kDa e 80 kDa. Posteriormente, uma caracterização gênica, utilizando oligonucleotídeos específicos para genes cry, identificou três genes, cry1Ab, cry1Ia e cry8, sendo estes dois últimos de maior interesse. O gene cry8, que foi isolado pela técnica TAIL-PCR, codifica uma proteína com 58% de identidade de aminoácidos com outras toxinas Cry8, enquanto que o gene cry1Ia12 (isolado com oligonucleotídeos específicos) codifica uma proteína que possui 99% de identidade com as outras proteínas do tipo Cry1Ia descritas na literatura. As porções tóxicas dos genes foram clonadas e expressadas em E. coli produzindo as proteínas recombinantes Cry8 e Cry1Ia12 de aproximadamente 70 kDa (cada uma). As proteínas recombinantes causaram mortalidade de 50% para larvas de A. grandis com 230 μg/ml e 160 μg/ml de Cry1Ia12 e Cry8, respectivamente, enquanto que para larvas de S. frugiperda, apenas Cry1Ia12 foi tóxica causando mortalidade de 50% com 5 μg/ml. Todos estes estudos contribuirão para o desenvolvimento de plantas transgênicas de algodão, bem como para a geração de novas moléculas com maior toxicidade e especificidade utilizando a evolução molecular in vitro (DNA shuffling) destes genes. / Cry toxins or δ-endotoxins, produced by Bacillus thuringiensis, show broad activity against several orders of insects. In addition, they are harmless to mammals, birds, amphibian, and reptiles. Because of these characteristics, several genes have been used in the development of transgenic plants to control pests in important crops. Among them, the cotton crop is very important in Brazil and it has the cotton boll weevil, Anthonomus grandis, and the fall armyworm, Spodoptera frugiperda, as the major pests in this crop, which cause several economic damages. The objective of this work was: to characterize a Bt strain (S811), which is toxic towards S. frugiperda and A. grandis, to identify and clone the coding genes of the Cry toxins with potential to control these pests, to express the genes in Escherichia coli heterologous system, and to test the toxicity of the recombinant proteins towards the reported pests. Electronic microscopic analysis revealed the presence of bipyramidal and spherical crystals and SDS-PAGE analysis showed proteins with 140 kDa and 80 kDa of molecular weight mass. Further gene characterization, using specific primer sets to detect cry genes, identified three genes, cry1Ab, cry1Ia e cry8, although the cry1Ia e cry8 were the genes of major interest. The cry8 gene was isolated through TAIL-PCR techniques and encodes a protein 58% identical to other Cry8 toxins, while the protein deduced from cry1Ia12 gene showed 99% identity with other Cry1Ia toxins previously described. The cry1A12 and cry8 gene toxic fragments were cloned and expressed in E. coli, and the 70 kDa recombinant proteins of were tested against A. grandis and S. frugiperda. Cry1Ia12 toxin caused 50% mortality at 230 μg/ml and 5 μg/ml towards both A. grandis and S. frugiperda, respectively. Cry8 toxin caused 50% mortality only against A. grandis at 160 μg/ml. In addition to the transgenic cotton development program, these results will permit the generation of new molecules with higher toxicity and specificity for these pests through in vitro molecular evolution (DNA shuffling) of these genes.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2015. / A bananeira (Musa spp.) é cultivada em mais de 100 países, assumindo importante papel social e econômico, visto que é o fruto mais consumido no mundo. A quinta posição no ranking de produção é ocupada pelo Brasil, onde a Sigatoka-amarela é uma doença comum nos cultivos de bananeiras. Mycosphaerellamusicola(R. Leach ex. J. L. Mulder 1979)(Anamorfo: PseudocercosporamusaeZimm. Deighton), agente causal da doença, é a espécie de Mycosphaerellade maior ocorrência no país em relação às demais espécies. Pouco se sabe sobre a diversidade genética desse patógeno. Similarmente, pouco se sabe sobre a sensibilidade de M. musicolaa fungicidas DMI (inibidores da demetilação). Análises da influência de genes efetores LysM na patogênese de membros do gêneroMycosphaerellatambém são reduzidas. Nesse contexto, os objetivos datese foram verificar a ocorrência de recombinação sexual em populações de M. musicola de 13 diferentes zonas produtoras de banana no Brasil, por meio de análises dos genes matingtypes; caracterizar a diversidade genética das populações com base em 19 locos microssatélites; analisar a sensibilidade dos isoladosa fungicidas DMI e correlacionar o resultado com a ocorrência de mutações no gene CYP51 e, como componente adicional do trabalho, caracterizar o efetor de virulência - LysM em Mycosphaerellagraminicola. Com exceção de isolados coletados em uma das áreas do Distrito Federal e no Rio Grande do Norte, as populações mostraram proporção de 1:1 de genes MAT1-1-1 e MAT1-2-1, indicando a ocorrência de recombinação sexual nessas populações. Alto nível de diversidade genética foi observado entre indivíduos dentro das populações, fato que pode ser resultante da recombinação sexual. Um considerável número de migrantes entre populações de diferentes estados foram observados. Isso indica que ações antrópicas, como o transporte de folhas contaminadas, devem ter contribuído para o fluxo gênico e a homogeneização das populações, considerando que a dispersão por ascósporos é incomum a longas distâncias. A alta fração clonal nas populações sugere que a recombinação assexual emprega um importante papel na estrutura genética e apoia as evidências de dispersão conidial dentro das áreas produtoras de banana. Cinco isolados de M. musicolado Distrito Federal exibiram tolerância aos fungicidas tebuconazole, triadimenol e cyproconazole e um ponto de mutação no aminoácido do códon 461 foi observado nos mesmos isolados. Para a caracterização do efetor LysM, a patogenicidade da linhagem B3 de M. graminicolaexpressando GFP (proteína verde fluorescente) foi avaliada em 18 genótipos de trigo o que permitiu predizer que GFP não influencia na colonização do patógeno. A colonização de B3-GFP em folhas de trigo foi acompanhada via microscopiaconfocal de varredura a laser (CLSM) confirmando que GFP é expressa durante todo o ciclo de infecção do patógeno em folhas de trigo suscetíveis. Uma transformação via Agrobacteriumtumefaciensfoi realizada para a obtenção de uma linhagem B3-GFP mutante não funcional para o gene 3LysM. Entretanto, o DNA homólogo de 3LysM não foi integrado ao sítio alvo no genoma, sendo necessários novos experimentos para a obtenção da linhagem esperada. Os resultados obtidos contribuem para otimizar a compreensão sobre a epidemiologia do patógeno e aprimorar as medidas de controle da doença. / Commercial banana varieties (Musa spp.) are cultivated in over 100 countries, assuming important social and economic roles, given that this fruit is the most widely consumed globally. Brazil is the world's fifth largest producer, where yellow Sigatoka is the most common banana disease in production areas. Mycosphaerella musicola (R. Leach ex. J. L. Mulder 1979)(Anamorfo: PseudocercosporamusaeZimm. Deighton), causal organism of the disease, is the most commonly occuring Mycosphaerella species in the country. Limited analysis of genetic diversity of this pathogen has been conducted to date.Similary, little is known regarding fungicide sensitivity of M. musicola to DMI(demethylation inhibitor) fungicides. Analysis of pathogen effector LysM genes and their influence on the pathogenesis of Mycosphaerella members is also limited. In this context, the goals of this study were to verify the occurrence of sexual recombination in M. musicolapopulations from 13 different agroecological zones across Brazil, based on analysis of mating type idiomorphs; characterize population genetic diversity by comparison of 19 microsatellite loci; analyse isolate sensitivity to DMI fungicide and correlate the results with the occurrence of mutations in the CYP51 gene and, as a additional component of the work, characterize the virulence effector – LysM in Mycosphaerellagraminicola. With the exception of isolates collected in one area of the Distrito Federal and Rio Grande do Norte, populations displayed 1:1 proportions of mating type gene idiomorphs MAT1-1 and MAT1-2, indicating the occurrence of sexual reproduction as an evident process in M. musicolapopulations. Greatest genetic diversity occurred among individuals within populations, which may be the result of sexual recombination. A considerable number of migrants between populations from different states were observed. These results indicate that anthropic action such as transport of contaminated germplasm may be contributing to gene flow and the genetic homogenization of populations, when considering that ascospore dispersal is uncommon over large distances. The high clonal fraction in populations suggests that asexual reproduction plays an important role in the genetic structure, supporting documented evidence of conidial dispersal within banana blocks. Five M. musicolaisolates from Distrito Federal exhibited low sensibility to tebuconazole, triadimenol and cyproconazole fungicides, with one point mutation in an amino acid at codon 461 observed across all these isolates. For LysM effector characterization, the pathogenicity of M. graminicolastrainB3 expressing GFP (green fluorescent protein) was evaluated on 18 wheat genotypes, shown that GFP had no influence on pathogen colonization. Colonization of the B3-GFP in wheat leaves was followed via confocal laser scanning microscopy (CLSM). The results confirmed that GFP is expressed during the whole infection cycle of the pathogen on susceptible wheat leaves. Agrobacterium tumefacienswas used to mediate transformation to generate knockout constructs for 3LysM in B3-GFP. The 3LysM homologous DNA was not integrated in the target genomic site, such that continued experiments are required to develop the desired strain for further analysis of the influence of LysM on M. graminicolapathogenesis. The results contribute to our understanding of pathogen epidemiology and contribute to development of enhanced disease control measures.

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:36Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-06-21Bitstream added on 2014-08-13T18:01:08Z : No. of bitstreams: 1 000738502_20150619.pdf: 168048 bytes, checksum: 67974831ca78b6d925c01cebfef1a94c (MD5) Bitstreams deleted on 2015-06-22T12:53:50Z: 000738502_20150619.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-22T12:54:45Z : No. of bitstreams: 1 000738502.pdf: 1467766 bytes, checksum: 7c0de265290f7067173746101d9a2b71 (MD5) / Aminopeptidases N (APNs) são uma classe de ectoenzimas presentes no intestino médio das larvas de lepidópteros, que participa no cenário do modo de ação das toxinas Bacillus thuringiensis (Bt). No presente trabalho, duas aminopeptidases (OnAPN5 e OnAPN6) foram clonadas a partir células do intestino de Ostrinia nubilalis, lepidópteros praga do milho dos climas temperados. As duas sequências foram identificadas como APNs pela da presença dos motivos HEXXH18(X)E e GAMEM, bem como o peptídeo sinal. As mesmas se agruparam corretamente quando analisadas com outras sequências de aminopeptidase em uma arvore fenogenética, Pode-se verificar a expressão em tempo real em diferentes tecidos (intestinal, adiposo e tegumento) da APN5 e APN6 e também de uma terceira aminopeptidase APN7 analisada nesta etapa do trabalho, onde APN7 apresentou expressão de 7,5 vezes mais no tegumento quando comparado com o intestino e de 4,9 vezes mais no tecido adiposo quando comparado com o intestino enquanto que a APN5 e APN6 apresentaram expressão relevante apenas no tecido do intestino. Estas identificações de APNs irão facilitar estudos para caracterizar interações de ligação com as toxinas Bt, proporcionando uma forma de compreender e evitar o desenvolvimento da resistência às proteínas Cry de B. thuringiensis. Estas informações são fundamentais para a elaboração de estratégias adequadas para o manejo da resistência de pragas e seu efetivo controle / Aminopeptidases N (APNs) are a class of ectoenzymes present in the midgut of lepidopteran larvae, which participates in setting the mode of action of Bacillus thuringiensis toxin (Bt). In this work, two aminopeptidases (OnAPN5 and OnAPN6) were cloned from cells of the intestine Ostrinia nubilalis, Lepidoptera pests of temperate maize. The two sequences were identified as APNs for the presence of motifs HEXXH18 (X) and E GAMEM as well as the signal peptide. The same when analyzed correctly grouped with other aminopeptidase sequences in a tree fenogenética, can check in real time the expression in different tissues (gut, adipose tissue and carcass) from APN5 and APN6 and also a third aminopeptidase analyzed in this step APN7 work, where APN7 showed expression of 7.5 times the carcass when compared with the intestine and 4.9 times in adipose tissue when compared with the intestine while APN5 and APN6 relevant only showed expression in tissue of the intestine. These IDs APNs will facilitate studies to characterize binding interactions with Bt toxins, providing a way to understand and prevent the development of resistance to Cry proteins of B. thuringiensis. This information is fundamental to the development of appropriate strategies for managing pest resistance and its effective control

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:37Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2001-10Bitstream added on 2014-06-13T18:35:05Z : No. of bitstreams: 1 hanai_sm_me_botfca.pdf: 494709 bytes, checksum: 99f57d8a097bc9a1b2bcd0aadbd8aa02 (MD5) / Com objetivo de avaliar a reação ao oídio de onze linhagens F5Rc1 de ervilha de vagens comestíveis e avaliar o impacto da doença nas características comerciais, realizou-se um experimento na Fazenda Experimental São Manuel / UNESP Botucatu. Juntamente com as linhagens, foram avaliadas as cultivares Torta de Flor Roxa e Triofin, como padrões de suscetibilidade e resistência ao oídio, respectivamente. Metade das plantas foram tratadas com fungicida fenarimol e a outra metade foi conduzida sem nenhum tipo de controle da doença Para quantificação da severidade do oídio, foram desenvolvidas escalas diagramáticas que se mostraram de fácil e rápida utilização. Todas as linhagens de ervilha de vagens comestíveis avaliadas apresentaram um bom nível de resistência ao oídio, quando comparadas com a cultivar Torta de Flor Roxa, sendo que a doença não afetou o peso total e o comprimento de vagens. / An experiment was set out under vinil house conditions to evaluate eleven pod pea breeding lines to powdery mildew caused by Erysiphe pisi and to check the impact of the disease on pod production. Resistant cultivar Triofin and susceptible cultivar Torta de Flor Roxa were utilized as control and the disease was evaluated by a diagramatic key basead on percentage of affected leaves. Area under the disease progress curve (AUDPC) and percentage of disease were utilized for comparing diferent progenies and checks. It’s observed that progenies were as resistant as Triofin when AUDPC was utilized as a evaluation parameter and that powdery mildew did not affected pod yield and lenght.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2008. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2009-09-17T19:50:29Z No. of bitstreams: 1 2008_PatriciaPereiraSilva.pdf: 2214500 bytes, checksum: c57f837d9a164c820bf25114f49e7812 (MD5) / Approved for entry into archive by Gomes Neide(nagomes2005@gmail.com) on 2010-10-06T13:54:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_PatriciaPereiraSilva.pdf: 2214500 bytes, checksum: c57f837d9a164c820bf25114f49e7812 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-10-06T13:54:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_PatriciaPereiraSilva.pdf: 2214500 bytes, checksum: c57f837d9a164c820bf25114f49e7812 (MD5) Previous issue date: 2008 / A batata (Solanum tuberosum) é um dos alimentos mais consumidos no mundo, depois do arroz, trigo e milho. Sua produção pode ser afetada por fatores bióticos e abióticos, sendo que, em relação aos patógenos, os vírus se encontram entre os mais importantes causando rápida degenerescência dos tubérculos, após multiplicação em campo. O vírus Potato Vírus Y ( PVY) espécie-tipo do gênero Potyvirus tem sido o principal vírus da cultura nos últimos anos. O complexo PVY é formado por várias estirpes que atacam a batateira como: PVYO ( grupo comum), PVYN ( grupo necrótico) e PVYC , sendo essa última ainda não encontrado na Brasil. Ainda existe o sub-grupo necrótico, PVYN:O que causa necrose de nervura em fumo e pode ou não causar necrose em tubérculos de batata. Outro membro do subgrupo necrótico é o PVYNTN, que induz além de mosaico nas folhas, sintomas de anéis em tubérculos. Atualmente, o PVYNTN é o principal vírus ocorrendo em batateira no Brasil e em várias partes do mundo. No Brasil já foram relatados isolados apresentando características bio-sorologicas diferentes, porém, não há dados na literatura sobre suas características moleculares. Devido a esse desconhecimento da diversidade do complexo do PVY no Brasil, neste trabalho foram realizados estudos comparativos, biológicos e moleculares, entre duas estirpes classificadas como PVYN e PVYO e dois isolados do subgrupo necrótico PVYNTN. Esses isolados foram coletados em diferentes regiões produtoras do país sendo designados ITA (Itapetininga-SP), VGS (Vargem Grande do Sul-MG) OBR (região Centro-Oeste) e NBR (região Centro-Oeste). O primeiro passo realizado foi à purificação biológica dos isolados através de diluições seriadas do inóculo, sendo posteriormente, conduzido um estudo de avaliação dos sintomas em oito variedades de batata. Todos os isolados causaram sintomas de mosaico e deformação foliar nas plantas variando em sua intensidade. Em geral, o PVYO (isolado OBR) induziu necrose de nervuras e mosaico, o PVYN (NBR) encurtamento do pecíolo e leve deformação foliar e os isolados de PVYNTN (ITA e VGS) mosaico, deformação foliar e sintomas de anéis nos tubérculos. O isolado VGS, PVYNTN, induziu também sintomas de intensa deformação foliar (topo-crespo ou bouquet) nas variedades Canoinhas, Monalisa e Mondial. Já no estudo molecular foi realizado o sequenciamento de vários genes e regiões não-codantes dos isolados, sendo que o sequenciamento completo dos quatros isolados encontra-se em fase de conclusão. Os resultados das comparações de identidades de nucleotídeos das regiões genômicas seqüenciadas e dos grupamentos obtidos a partir das árvores filogenéticas produzidas, permitem concluir até o momento, que os isolados brasileiros apresentam relacionamento filogenético com isolados americanos e com isolados europeus. O compartilhamento de seqüências desses dois grupos geograficamente distintos pode estar relacionado à importação histórica de batata semente pelo Brasil de países dos dois continentes. Ficou evidente que os isolados do subgrupo PVYNTN possuem seu genoma constituído por uma mistura de segmentos genômicos com traços de PVYN e PVYO. Também foi observado que as regiões do genoma que formam a 5’UTR, 6K1, 6K2, CP e 3’ UTR parece não estarem correlacionadas com a expressão de sintomas. Por outro lado, as regiões VPg, NIa e NIb, podem ser responsáveis pela indução de sintomas de necrose em tubérculos de batata com maior frequência nos isolados PVYNTN, quando comparados com isolados do subgrupo PVYN:O . No entanto, a variabilidade encontrada indica a região P1 com maior potencial para ser empregada no estudo de expressão de sintomas. Porém, somente com a conclusão do sequenciamento completo do genoma dos isolados brasileiros, possibilitando a localização de eventos de seleção e possível recombinação nas proteínas virais e regiões reguladoras permitirá obtermos conclusões sobre a evolução do complexo PVY no país. Essas comparações poderão contribuir para e elucidação das diferenças entre isolados brasileiros e aqueles provenientes de outros países e para o entendimento dos fatores que levam o PVY a produzir variantes. O conhecimento da diversidade de isolados do complexo PVY no Brasil, sem dúvida contribuirá para o estudo epidemiológico dessa virose, assim como, para o estabelecimento de métodos de manejo das infecções virais por estirpes de PVY em condições de campo. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Potato (Solanum tuberosum) is one of the most consumed foods in the world, next to rice, wheat and maize. The production can be affected by biotic and abiotic factors. Viruses are one of most important pathogens because it can cause rapid degeneration of the tubers, after multiplication in the field. PVY has been the main virus species causing severe losses in potatoes in the last six years. The PVY strains infecting potato are: PVYO (ordinary group), PVYN(necrotic group) and PVYC, this last strain has not yet been found in Brazil. There is the sub-group necrotic, PVYN, which causes necrosis when inoculated in tobacco plants and may or may not cause necrosis in potato tubers. The other member of the subgroup is the necrotic PVYNTN, which induces mosaic on the leaves and necrotic ringspot in potato tubers. In Brazil PVYNTN was isolated presenting different biological and serological features, but no molecular characteristics has been published. Because of this lack study in the PVY complex in Brazil, this work carried out comparative studies, of molecular and biological characteristics, between two strains, a PVYN and a PVYO (denoted OBR - Center-West region) e NBR (denoted OBR also from Center-West region of Brazil) two isolates of the subgroup PVYNTN. Denoted ITA (Itapetininga-SP), VGS (Vargem Grande do Sul- MG). For the biological studies an assessment of symptoms in eight varieties of potatoes was made. All isolates caused symptoms of mosaic and leaf deformation on plants varying in its intensity. In general, the PVYO induced veinal necrosis and mosaic, the PVYN shortening of the leaf petiole and mild deformation and PVYNTN caused mosaic, leaf deformation and necrotic rings in the tubers. The VGS isolate PVYNTN, also induced symptoms of intense leaf deformation (bouquet) in the potato varieties Canoinhas, Monalisa and Mondial. In the molecular study the sequencing of several protein isolates was performed and the complete sequencing of four isolated is being completed. Based on the results obtained we can conclude so far, that the Brazilians isolates shared phylogenetic relationships with Americans and Europeans isolates, probably as a consequence of seed potato imports from these countries that allowed virus introduction in Brazilian potatoes fields. The genome of the isolates belonging to the subgroup of PVYNTN consists of a mixture of segments present in PVYN and PVYO genomes. We also observed that the protein regions 5'UTR, 6K1, 6K2, VPg, NIa, NIb, CP AND 3 'UTR are not correlated with the expression of symptoms, and that regions VPg, NIa and NIb, may be responsible for induction of symptoms of necrosis in potato tubers, more frequently in the isolate PVYNTN when compared with isolate from the subgroup PVYN. The region P1 seems to be a putative candidate to study the expression of symptoms. More will be needed to complete the sequencing of the genome of the PVY strains to determine the selection pressure for protein mutation and virus recombination and thereby determine their roles and understand their biological role in the field. The elucidation of biological and molecular characteristics of PVY variants can provide better strategies and establish methods of management of viral infection under field conditions.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2008. / Submitted by Diogo Trindade Fóis (diogo_fois@hotmail.com) on 2009-09-22T13:02:53Z No. of bitstreams: 1 2008_RafaelSilvaMenezes_reduzida.pdf: 20654763 bytes, checksum: 4423ec3685c8657fc6746894fe8ac460 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2010-10-11T10:42:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_RafaelSilvaMenezes_reduzida.pdf: 20654763 bytes, checksum: 4423ec3685c8657fc6746894fe8ac460 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-10-11T10:42:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_RafaelSilvaMenezes_reduzida.pdf: 20654763 bytes, checksum: 4423ec3685c8657fc6746894fe8ac460 (MD5) / Este trabalho teve como objetivo selecionar e caracterizar através de métodos bioquímicos e moleculares estirpes de B. thuringiensis tóxicas contra Agrotis ipsilon. Bioensaios seletivos foram realizados com 71 estirpes selecionadas pela sua atividade contra insetos da ordem Lepidoptera. As estirpes que causaram mortalidade de 100% pertencem aos sorotipos galleriae (S597), sotto (S615), aizawiai (S616) e kurstaki (S1450) descritos na literatura como tóxicos a Lepidopteros. As estirpes denominadas S907 e S1168 também causaram 100% de mortalidade. As estirpes S906, S234 e S844 causaram 75%. Testes moleculares foram realizados com as estirpes S597, S615 e S844, as quais não haviam ainda sido caracterizadas, enquanto as demais já tinham sua caracterização bioquímica e molecular descritas. Os resultados dos testes moleculares obtidos com a estirpe S615 identificaram a presença dos genes cry1Ab, cry1Ac e cry2. A estirpe S844 mostrou a presença dos genes cry2 e cry11. Na estirpe S597 nenhum gene cry foi indentificado, de acordo com a metodologia empregada. Objetivando a identificação da atividade tóxica individual de proteínas Cry foram conduzidos bioensaios para determinação da dose letal necessária para causar mortalidade em 50% da população (CL50) de lagartas de S. frugiperda. Utilizou-se para isso, as proteínas Cry1Aa, Cry1Ab, Cry1Ac e Cry2A presentes no B. thuringiensis subespécie kurstaki HD-1 (Btk). Adicionalmente, foram conduzidos experimentos para verificação da ligação dessas proteínas a receptores de membrana de lagartas de S. frugiperda. Três estirpes recombinantes de B. thuringiensis e uma estirpe nativa foram utilizadas nesse trabalho para a produção das proteínas Cry1Aa, Cry1Ab, Cry1Ac e Cry2A. Bioensaios de dose com lagartas de segundo instar de S. frugiperda apresentaram CL50 de 12,416 ng/cm2, 13.434 ng/cm2, 108,773 ng/cm2 e 164,350 ng/cm2, respectivamente, evidenciando diferentes atividades tóxicas. Os resultados dos ensaios de ligação realizados com VMMAs de S. frugiperda demonstraram ligações de diferentes intensidades a receptores de membrana com as proteínas Cry1Aa e Cry1Ab, Cry1Ac e Cry2A marcadas com biotina. __________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / This work aimed to select and characterize through bioassays and biochemical and molecular methods, strains of B. thuringiensis which are toxic for Agrotis ipsilon. Selective bioassays were done with 71 strains, selected according to toxic activity against Lepdopteran insects. Some Bt strains caused 100% of mortality to A. ipsilon larvae. These strains belonged to serotypes galleriae (S597), sotto (S615), aizawiai (S616), kurstaki (S1450) described as toxic against Lepdopteran insects. The strains named S906, S234 and S844 caused mortality of 75% to A. ipsilon larvae. Molecular analysis were conduced using the strains S597, S615 and S844, which have no characterization described, while all others strains had biochemical and molecular characterization described. The results from molecular tests obtained with strain S615 identified the presence of genes cry1Ab, cry1Ac and cry2. The strain S844 showed the presence of genes cry2 and cry11. On strain S597 wasn’t identified any gene cry, according to methodology employed. Aiming the identification of individual toxic activity of Cry proteins were conduced bioassays for determination of lethal dosis necessary to causes mortality in 50% of population (LC50) of S. frugiperda larvae. Were used the proteins Cry1Aa, Cry1Ab, Cry1Ac and Cry2A present in B. thuringiensis subspecies kurstaki HD- 1 (Btk). Additionally, experiments to verify the binding of these proteins to membrane cell receptors of S. frugiperda larvae were conduced. Three recombinant strains of B thuringiensis and one wild type strain were utilized at this work to produce of proteins Cry1Aa, Cry1Ab, Cry1Ac and Cry2A. Bioassays with S. frugiperda larvae of second instar showed LC50 of 12.416 ng/cm2, 13.434 ng/cm2, 108.773 ng/cm2 and 164.350 ng/cm2, respectively, evidencing different toxic activity. The results of binding assays done with BBMV (brush border membrane vesicles) of S. frugiperda showed binding with membrane cell receptors of proteins Cry1Aa, Cry1Ab, Cry1Ac and Cry2A marked with biotin.