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Inaug.-diss.--Basel. / "Literatur": p. 50-52.

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O estudo da expressão gênica é de grande aplicabilidade nas áreas de pesquisa científica e clínica. Por ser um método pouco invasivo e permitir coletas seriadas, a utilização de amostras sanguíneas facilita a análise da transcrição gênica. O maior desafio para a precisão nos ensaios moleculares é manter uma amostra com qualidade desde a coleta, armazenamento e transporte até o momento de sua análise. Este estudo utilizou um sistema de conservação de RNA sanguíneo que manteve amostras de qualidade após a coleta, transporte e armazenamento, permitindo extração de RNA e identificação da expressão do gene MDR1 em cavalos da raça Crioulo. Foram coletadas amostras sanguíneas de 27 cavalos a campo em tubos PAXgene® Blood RNA, que após o transporte e armazenamento a -20°C por 90 dias foram processadas em laboratório. A extração do RNA sanguíneo foi realizada com o kit Nucleo Spin® RNA II, a conversão em cDNA foi com o kit High-Capacity cDNA Reverse Transcription, utilizando a fluorimetria para as avaliações. A identificação da expressão do gene MDR1 em sangue conservado utilizou primer específico para cDNA e PCR em tempo real. Houve extração de RNA em todas as amostras coletadas, sendo que as leituras das concentrações de RNA das amostras com DNA contaminante não tiveram diferença estatística das amostras sem DNA contaminante. Ocorreu amplificação do gene MDR1 a partir do RNA das amostras, independente de contaminação de DNA. A coleta de sangue venoso dos cavalos a campo com os tubos PAXgene foi realizada sem complicações. A amplificação do mRNA com primer específico para transcrito do gene MDR1, de amostras submetidas aos métodos de coleta, armazenamento e processamento executados neste trabalho, confirma que o mRNA extraído, com a metodologia descrita, é viável, sendo sua expressão identificada em leucócitos sanguíneos de equinos da raça Crioulo. / Efficient nucleic acid extraction methods are paramount for gene expression studies and applications in the scientific and clinical research. Whole blood samples provide material for gene transcription analysis allowing serial trials with a not much invasive procedure. Still, a major challenge for molecular assays accuracy and reliability is to maintain RNA stability during sample collection and storage. A whole blood collection system for RNA preservation was used during collection, transport and storage of samples intended for RNA extraction and identification of the MDR1 gene in Crioulo horses. The blood samples were obtained from 27 horses in the field using the PAXgene® Blood RNA tubes. After 2h transport at room temperature, the samples were stored at -20oC for 90 days before processing. RNA extraction was performed with the Nucleo Spin® RNA II kit and cDNA conversion carried out with the High-Capacity cDNA Reverse Transcription kit. RNA concentration was determined by fluorometry. MDR1 gene expression was assessed using real time polymerase chain reaction (PCR) with a specific primer for cDNA. RNA was successfully extracted from all samples. Total RNA yield from DNA contaminated samples was not statistically different from those without DNA contamination. MDR1 gene amplification occurred regardless of DNA contamination. There were no complications during horse handling and blood sampling direct into PAXgene tubes in the field. Successful amplification of MDR1 gene transcript with a specific primer showed that blood samples collected, stored and processed under the described methodology provided viable mRNA for down-stream applications of molecular analyses. This study allowed the identification of the gene MDR1 in blood leucocytes of Crioulo horses.

O estudo da expressão gênica é de grande aplicabilidade nas áreas de pesquisa científica e clínica. Por ser um método pouco invasivo e permitir coletas seriadas, a utilização de amostras sanguíneas facilita a análise da transcrição gênica. O maior desafio para a precisão nos ensaios moleculares é manter uma amostra com qualidade desde a coleta, armazenamento e transporte até o momento de sua análise. Este estudo utilizou um sistema de conservação de RNA sanguíneo que manteve amostras de qualidade após a coleta, transporte e armazenamento, permitindo extração de RNA e identificação da expressão do gene MDR1 em cavalos da raça Crioulo. Foram coletadas amostras sanguíneas de 27 cavalos a campo em tubos PAXgene® Blood RNA, que após o transporte e armazenamento a -20°C por 90 dias foram processadas em laboratório. A extração do RNA sanguíneo foi realizada com o kit Nucleo Spin® RNA II, a conversão em cDNA foi com o kit High-Capacity cDNA Reverse Transcription, utilizando a fluorimetria para as avaliações. A identificação da expressão do gene MDR1 em sangue conservado utilizou primer específico para cDNA e PCR em tempo real. Houve extração de RNA em todas as amostras coletadas, sendo que as leituras das concentrações de RNA das amostras com DNA contaminante não tiveram diferença estatística das amostras sem DNA contaminante. Ocorreu amplificação do gene MDR1 a partir do RNA das amostras, independente de contaminação de DNA. A coleta de sangue venoso dos cavalos a campo com os tubos PAXgene foi realizada sem complicações. A amplificação do mRNA com primer específico para transcrito do gene MDR1, de amostras submetidas aos métodos de coleta, armazenamento e processamento executados neste trabalho, confirma que o mRNA extraído, com a metodologia descrita, é viável, sendo sua expressão identificada em leucócitos sanguíneos de equinos da raça Crioulo. / Efficient nucleic acid extraction methods are paramount for gene expression studies and applications in the scientific and clinical research. Whole blood samples provide material for gene transcription analysis allowing serial trials with a not much invasive procedure. Still, a major challenge for molecular assays accuracy and reliability is to maintain RNA stability during sample collection and storage. A whole blood collection system for RNA preservation was used during collection, transport and storage of samples intended for RNA extraction and identification of the MDR1 gene in Crioulo horses. The blood samples were obtained from 27 horses in the field using the PAXgene® Blood RNA tubes. After 2h transport at room temperature, the samples were stored at -20oC for 90 days before processing. RNA extraction was performed with the Nucleo Spin® RNA II kit and cDNA conversion carried out with the High-Capacity cDNA Reverse Transcription kit. RNA concentration was determined by fluorometry. MDR1 gene expression was assessed using real time polymerase chain reaction (PCR) with a specific primer for cDNA. RNA was successfully extracted from all samples. Total RNA yield from DNA contaminated samples was not statistically different from those without DNA contamination. MDR1 gene amplification occurred regardless of DNA contamination. There were no complications during horse handling and blood sampling direct into PAXgene tubes in the field. Successful amplification of MDR1 gene transcript with a specific primer showed that blood samples collected, stored and processed under the described methodology provided viable mRNA for down-stream applications of molecular analyses. This study allowed the identification of the gene MDR1 in blood leucocytes of Crioulo horses.

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O estudo da expressão gênica é de grande aplicabilidade nas áreas de pesquisa científica e clínica. Por ser um método pouco invasivo e permitir coletas seriadas, a utilização de amostras sanguíneas facilita a análise da transcrição gênica. O maior desafio para a precisão nos ensaios moleculares é manter uma amostra com qualidade desde a coleta, armazenamento e transporte até o momento de sua análise. Este estudo utilizou um sistema de conservação de RNA sanguíneo que manteve amostras de qualidade após a coleta, transporte e armazenamento, permitindo extração de RNA e identificação da expressão do gene MDR1 em cavalos da raça Crioulo. Foram coletadas amostras sanguíneas de 27 cavalos a campo em tubos PAXgene® Blood RNA, que após o transporte e armazenamento a -20°C por 90 dias foram processadas em laboratório. A extração do RNA sanguíneo foi realizada com o kit Nucleo Spin® RNA II, a conversão em cDNA foi com o kit High-Capacity cDNA Reverse Transcription, utilizando a fluorimetria para as avaliações. A identificação da expressão do gene MDR1 em sangue conservado utilizou primer específico para cDNA e PCR em tempo real. Houve extração de RNA em todas as amostras coletadas, sendo que as leituras das concentrações de RNA das amostras com DNA contaminante não tiveram diferença estatística das amostras sem DNA contaminante. Ocorreu amplificação do gene MDR1 a partir do RNA das amostras, independente de contaminação de DNA. A coleta de sangue venoso dos cavalos a campo com os tubos PAXgene foi realizada sem complicações. A amplificação do mRNA com primer específico para transcrito do gene MDR1, de amostras submetidas aos métodos de coleta, armazenamento e processamento executados neste trabalho, confirma que o mRNA extraído, com a metodologia descrita, é viável, sendo sua expressão identificada em leucócitos sanguíneos de equinos da raça Crioulo. / Efficient nucleic acid extraction methods are paramount for gene expression studies and applications in the scientific and clinical research. Whole blood samples provide material for gene transcription analysis allowing serial trials with a not much invasive procedure. Still, a major challenge for molecular assays accuracy and reliability is to maintain RNA stability during sample collection and storage. A whole blood collection system for RNA preservation was used during collection, transport and storage of samples intended for RNA extraction and identification of the MDR1 gene in Crioulo horses. The blood samples were obtained from 27 horses in the field using the PAXgene® Blood RNA tubes. After 2h transport at room temperature, the samples were stored at -20oC for 90 days before processing. RNA extraction was performed with the Nucleo Spin® RNA II kit and cDNA conversion carried out with the High-Capacity cDNA Reverse Transcription kit. RNA concentration was determined by fluorometry. MDR1 gene expression was assessed using real time polymerase chain reaction (PCR) with a specific primer for cDNA. RNA was successfully extracted from all samples. Total RNA yield from DNA contaminated samples was not statistically different from those without DNA contamination. MDR1 gene amplification occurred regardless of DNA contamination. There were no complications during horse handling and blood sampling direct into PAXgene tubes in the field. Successful amplification of MDR1 gene transcript with a specific primer showed that blood samples collected, stored and processed under the described methodology provided viable mRNA for down-stream applications of molecular analyses. This study allowed the identification of the gene MDR1 in blood leucocytes of Crioulo horses.

Submitted by (edna.saturno@ufrpe.br) on 2016-06-21T12:40:06Z No. of bitstreams: 1 Josiene Maria Falcao Fraga dos Santos.pdf: 264173 bytes, checksum: 6f0d56e7366db3eb10d2634261864512 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-21T12:40:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Josiene Maria Falcao Fraga dos Santos.pdf: 264173 bytes, checksum: 6f0d56e7366db3eb10d2634261864512 (MD5) Previous issue date: 2010-06-21 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Considering the importance of herbaceous vegetation, the influence of seasonal change on biological diversity and the wide area modified by agricultural activities in caatinga, aimed to characterize the floristic composition and phytosociological structure of the herb community established during the process of natural regeneration in cultivation area abandoned in consecutive years, and identify similarities and differences in biological attributes of the herb community located in a fragment preserved and a anthropized. In Caruaru, Pernambuco, was established 105 plots of 1m2 and within these plots, each individual herb was identified and measured by the height and diameter of the stem / pseudostem at soil level in the years 2008 and 2009. To identify similarities and differences between the fragment preserved and disturbed, was referred to the literature available with information on flora and structure of the herbs in the fragment preserved. In order to determine whether intense disturbance caused byhuman influence on the frequency of life forms, the herbaceous, species were classified according to life form in therophytes, geophytes and chamaephytes. In two years, the herbaceous flora of the area impacted was represented by 86 species, 70 genera and 27 families. Diversity and evenness between years showed no significant differences in contrast and density that varied significantly (albeit with strong variations in total rainfall between years) with 8035 ind.105m-2 and 9284 ind.105m-2 in the first and second years of sampling, respectively. Considering the areas impacted and preserved, 123 herbs were listed and the similarity was low (43%). There was significant difference in diversity, density and evenness among the areas impacted and preserved. Both between years and between areas, the proportion of life-form of the herb has not changed, and the therophytes responsible for the highest percentage in all situations. The differences in the floristic composition and structure of the herbs present in the fragment preserved and habitats, indicate that the time 15 years of natural regeneration on abandoned cropland in the caatinga is not sufficient to recuperate the native flora, with respect to the herbaceous. / Considerando a importância da vegetação herbácea, a influência da sazonalidade climática sobre a diversidade biológica e a vasta área modificada por atividades de agricultura na caatinga, objetivou-se caracterizar a composição florística e a estrutura fitossociológica da comunidade herbácea que se estabelece durante o processo de regeneração natural numa área de cultivo abandonado em anos consecutivos e ainda identificar semelhanças e divergências nos atributos biológicos entre a comunidade herbácea localizada num fragmento preservado e num antropizado. Em Caruaru, Pernambuco, foram estabelecidas 105 parcelas de 1m2 e no interior dessas parcelas, cada indivíduo herbáceo foi identificado e mensurado quanto à altura e diâmetro do caule/pseudocaule ao nível do solo nos anos de 2008 e 2009. Para identificar semelhanças e divergências entre o fragmento preservado e antropizado, foi consultada a literatura disponível com informações sobre florística e estrutura da ervas no fragmento preservado. Visando verificar se perturbações intensas provocada pelo homem influenciariam na freqüência de formas de vida do componente herbáceo, as espécies foram classificadas quanto à forma de vida, em terófitas, geófitas e caméfitas. Nos dois anos, a flora herbácea da área antropizada esteve representada por 86 espécies, 70 gêneros e 27 famílias. Diversidade e equabilidade entre anos não apresentaram diferenças significativas ao contrário da densidade que variou significativamente, (mesmo não tendo forte variação no total de chuva entre anos) com 8.035 ind.105m-2 e 9.284 ind.105m-2 no primeiro e segundo ano de amostragem, respectivamente. Considerando as áreas antropizada e preservada, 123 herbáceas foram listadas e a similaridade foi baixa (43%). Houve diferença significa na diversidade, densidade e equabilidade entre as áreas antropizada e preservada. Tanto entre anos quanto entre áreas, a proporção de forma de vida das herbáceas não foi alterada, sendo as terófitas responsável pelo maior percentual em todas as situações. As diferenças apresentadas na composição florística e estrutura das ervas presenteno fragmento preservado e antropizado, apontam que o tempo de 15 anos de regeneração natural em áreas de cultivo abandonado na caatinga não é suficiente para restabelecer sua flora nativa, no que diz respeito ao componente herbáceo.

There is a potential in the field of medicine and finance of doing collaborative machine learning. These areas gather data which can be used for developing machine learning models that could predict all from sickness in patients to acts of economical crime like fraud. The problem that exists is that the data collected is mostly of confidential nature and should be handled with precaution. This makes the standard way of doing machine learning - gather data at one centralized server - unwanted to achieve. The safety of the data have to be taken into account. In this project we will explore the Federated learning approach of ”bringing the code to the data, instead of data to the code”. It is a decentralized way of doing machine learning where models are trained on connected devices and data is never shared. Keeping the data privacypreserved.