Foram coletadas amostras de água de piscinas térmicas e não térmicas na cidade de Porto Alegre, RS, Brasil entre os meses de maio de 2006 e março de 2007, com o objetivo de determinar a presença do gênero Acanthamoeba, bem como realizar a caracterização fenotípica e genotípica dos isolados. Amebas foram isoladas em cultivo monoxênico com Escherichia coli. A identificação dos isolados foi baseada na morfologia dos cistos e trofozoítos e na amplificação por PCR com oligonucleotídeos gênero-específico. O potencial patogênico foi avaliado usando testes de osmotolerância e termotolerância. Das 65 amostras analisadas, 13 (20%) foram positivas para amebas de vida livre e identificados morfologicamente como pertencentes ao gênero Acanthamoeba. Destas, 9 possuíam características compatíveis com o grupo morfológico II e 4 com o grupo III. Todos os isolados identificados morfologicamente quando submetidos à Reação de PCR, confirmaram pertencer ao gênero Acanthamoeba e 38% (5/13) dos isolados foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Neste estudo, o método molecular de RAPD ("Random Amplified Polymorphic-DNA") foi utilizado para investigar a relação genética entre os 13 isolados de piscinas e dois isolados de referência da ATCC. De 10 oligonucleotídeos decaméricos testados, quatro foram selecionados por gerarem produtos de amplificação passíveis de análise. A similaridade entre os isolados foi calculada utilizando-se o coeficiente de Jaccard e o dendrograma construído pelo método da média das distâncias entre grupos ("Average Linkage"). Quatro grupos distintos (G1-G4) de isolados foram formados de acordo com a similaridade genética entre eles. Sugeriu-se que os isolados do G1 por agruparem-se aos isolados de referência de A. castellanii (ATCC 30010 e 50492) possam pertencer a esta espécie. Os dados fenotípicos, tais como, morfologia e testes de tolerância foram relacionados aos dados genotípicos de RAPD e permitiram a caracterização dos isolados. Os resultados deste primeiro estudo de isolamento e caracterização de Acanthamoeba de água de piscinas na cidade de Porto Alegre-RS, Brasil confirmam a presença de isolados potencialmente patogênicos que podem representar um risco à saúde humana. / Water samples were collected from both heated and unheated swimming pools in the city of Porto Alegre, RS, Brazil between May 2006 and March 2007, to determine the presence of Acanthamoeba in the water of swimming pools as well as perform the phenotypic and genotypic characterization of the isolates. Amoebae were isolated in monoxenic culture with Escherichia coli. The identification of the isolates was based on the trophozoites and cysts morphology and on the amplification through PCR with genus-specific oligonucleotides. The potential pathogenic was assessed by osmotolerance and temperature tolerance assays. From the 65 samples analyzed, 13 (20%) were positive for free-living amoebae, and the isolates morphologically identified as belonging to the genus Acanthamoeba. Out of these, 9 presented characteristics compatible with morphological group II, and 4 with group III. All the morphologically identified isolates, when submitted to PCR, were confirmed as belonging to the genus Acanthamoeba, and 38% (5/13) of the isolates were considered potentially pathogenic according to osmotolerance and temperature tolerance assays. In this study, the molecular RAPD method (Random Amplified Polymorphic-DNA) was used to investigate the genetic relationship among 13 isolates from swimming pools and two strains from the ATCC reference. From the ten decameric oligonucleotides tested, four were selected for generating products of amplification possible to be analyzed. The similarity between isolates was calculated using the Jaccard coefficient and the dendrogram constructed by using the method of the average distances between groups ("Average Linkage"). Four distinct groups (G1-G4) of isolates were separated according to genetic similarity between them. It was suggested that the isolates from G1 once group up with the reference isolates of A. castellanii may belong to this species. The phenotypic data such as morphology and tolerance tests were related to RAPD genotypic data and led to the characterization of isolates. The results of this study about isolation and characterization of Acanthamoeba in swimming pools water at Porto Alegre, RS, Brazil confirm the presence of potentially pathogenic isolates which can present risks to human health.

Foram coletadas amostras de água de piscinas térmicas e não térmicas na cidade de Porto Alegre, RS, Brasil entre os meses de maio de 2006 e março de 2007, com o objetivo de determinar a presença do gênero Acanthamoeba, bem como realizar a caracterização fenotípica e genotípica dos isolados. Amebas foram isoladas em cultivo monoxênico com Escherichia coli. A identificação dos isolados foi baseada na morfologia dos cistos e trofozoítos e na amplificação por PCR com oligonucleotídeos gênero-específico. O potencial patogênico foi avaliado usando testes de osmotolerância e termotolerância. Das 65 amostras analisadas, 13 (20%) foram positivas para amebas de vida livre e identificados morfologicamente como pertencentes ao gênero Acanthamoeba. Destas, 9 possuíam características compatíveis com o grupo morfológico II e 4 com o grupo III. Todos os isolados identificados morfologicamente quando submetidos à Reação de PCR, confirmaram pertencer ao gênero Acanthamoeba e 38% (5/13) dos isolados foram considerados potencialmente patogênicos a partir dos testes de osmotolerância e termotolerância. Neste estudo, o método molecular de RAPD ("Random Amplified Polymorphic-DNA") foi utilizado para investigar a relação genética entre os 13 isolados de piscinas e dois isolados de referência da ATCC. De 10 oligonucleotídeos decaméricos testados, quatro foram selecionados por gerarem produtos de amplificação passíveis de análise. A similaridade entre os isolados foi calculada utilizando-se o coeficiente de Jaccard e o dendrograma construído pelo método da média das distâncias entre grupos ("Average Linkage"). Quatro grupos distintos (G1-G4) de isolados foram formados de acordo com a similaridade genética entre eles. Sugeriu-se que os isolados do G1 por agruparem-se aos isolados de referência de A. castellanii (ATCC 30010 e 50492) possam pertencer a esta espécie. Os dados fenotípicos, tais como, morfologia e testes de tolerância foram relacionados aos dados genotípicos de RAPD e permitiram a caracterização dos isolados. Os resultados deste primeiro estudo de isolamento e caracterização de Acanthamoeba de água de piscinas na cidade de Porto Alegre-RS, Brasil confirmam a presença de isolados potencialmente patogênicos que podem representar um risco à saúde humana. / Water samples were collected from both heated and unheated swimming pools in the city of Porto Alegre, RS, Brazil between May 2006 and March 2007, to determine the presence of Acanthamoeba in the water of swimming pools as well as perform the phenotypic and genotypic characterization of the isolates. Amoebae were isolated in monoxenic culture with Escherichia coli. The identification of the isolates was based on the trophozoites and cysts morphology and on the amplification through PCR with genus-specific oligonucleotides. The potential pathogenic was assessed by osmotolerance and temperature tolerance assays. From the 65 samples analyzed, 13 (20%) were positive for free-living amoebae, and the isolates morphologically identified as belonging to the genus Acanthamoeba. Out of these, 9 presented characteristics compatible with morphological group II, and 4 with group III. All the morphologically identified isolates, when submitted to PCR, were confirmed as belonging to the genus Acanthamoeba, and 38% (5/13) of the isolates were considered potentially pathogenic according to osmotolerance and temperature tolerance assays. In this study, the molecular RAPD method (Random Amplified Polymorphic-DNA) was used to investigate the genetic relationship among 13 isolates from swimming pools and two strains from the ATCC reference. From the ten decameric oligonucleotides tested, four were selected for generating products of amplification possible to be analyzed. The similarity between isolates was calculated using the Jaccard coefficient and the dendrogram constructed by using the method of the average distances between groups ("Average Linkage"). Four distinct groups (G1-G4) of isolates were separated according to genetic similarity between them. It was suggested that the isolates from G1 once group up with the reference isolates of A. castellanii may belong to this species. The phenotypic data such as morphology and tolerance tests were related to RAPD genotypic data and led to the characterization of isolates. The results of this study about isolation and characterization of Acanthamoeba in swimming pools water at Porto Alegre, RS, Brazil confirm the presence of potentially pathogenic isolates which can present risks to human health.

Jatropha curcas L. (Euphorbiaceae) has attracted considerable interest in recent years because of its high potential to provide oil for the production of biofuel. This interest has resulted in increased investments in the cultivation of J. curcas in many areas all over the world. However, J.curcas remains an un-domesticated crop and there is a lack of scientific evidence for its productive potential and agronomic properties. This situation could lead to unsustainable practices with economic, social and environmental risks. To reduce these risks and to improve the performance of the J.curcas in different agroclimatic conditions, it is very important to invest in the domestication, selection and genetic breeding of J.curcas. At this point, it is necessary to know the degree of genetic diversity of the species in natural, isolated cultivated, commercial and experimental populations. Due to the importance in this area, this work had as objective to genetically characterize genotypes of J. curcas cultivated in experimental areas in two cities of Sergipe, State of Brazil (Umbaúba and Carira) by means of molecular markers RAPD. The methodology of DNA extraction from leaves of 40 genotypes, collected in the cities of Umbaúba and Carira, was carring out according to method CTAB 2% and to DNA amplification were used 31 primers of arbitrary sequence. DNA markers were scored for the presence (1) and absence (0) of homologous amplified, which were used in the construction of the binary matrix in order to calculate the percentage of polymorphism of each primer used. This data was also used to estimate the genetic similarity among the pairs of genotypes, using Jaccard coefficient, and group them out for the UPGMA and PCoA methods. Afterwards, the similarity error associated with the minimum value of similarity was calculated. Fragments (101) were generated from 31 primers, 30 of which were polymorphics. A similarity average of 0,54 (±0,09) among the genotypes was found and the amplitude similarities varied from 0,18 (±0,07) to 1,00 (±0,00). The average genetic similarity was equal to 0,67, and from this value it was possible to observe the formation of nine clusters. Two of them were unit clusters and formed by the most divergent genotypes, three and five. In conclusion, it was not possible verify low genetic variability in physic nut using RAPD markers at these experimental areas. / Jatropha curcas L. (Euphorbiaceae) tem atraído bastante interesse nos últimos anos por apresentar elevado potencial de fornecer óleo para produção de biocombustível e isso tem provocado grandes investimentos e expansão rápida das áreas de cultivo em todo mundo. No entanto, é uma cultura que não foi domesticada e carece de provas científicas sobre o seu potencial produtivo e propriedades agronômicas. Esta situação pode levar a práticas insustentáveis com riscos econômico, social e ambiental. A fim de reduzir estes riscos e melhorar o desempenho da cultura em diferentes condições agroclimáticas é primordial investir na domesticação, seleção e melhoramento genético. Para isso, se faz necessário conhecer o grau de diversidade genética da espécie em populações naturais, plantios isolados, comerciais e experimentais. Diante de tal importância, este trabalho teve como objetivo caracterizar geneticamente genótipos de pinhão manso, cultivados em plantios experimentais, em dois municípios de Sergipe (Umbaúba e Carira), por meio de marcadores moleculares RAPD. Folhas de 20 genótipos de cada área foram submetidas à extração de DNA pelo método CTAB 2%, com modificações. Para amplificação do DNA foram empregados 31 iniciadores de seqüência arbitrária. Na avaliação dos géis, a presença (1) e ausência (0) de bandas foram usadas para a construção da matriz binária, que foi utilizada para calcular a porcentagem de polimorfismo obtida com cada primer utilizado, além de estimar as similaridades genéticas entre cada par de genótipos empregando o coeficiente de Jaccard e agrupá-los pelos métodos UPGMA e ACoP. Posteriormente também foi calculado o erro de similaridade associado e a similaridade genética média (Sgm). Os 31 primers geraram 101 fragmentos, dos quais 30 foram polimórficos. Foi encontrada uma similaridade média entre os genótipos de 0,54 (±0,09) e a amplitude das similaridadesvariou de 0,18 (±0,07) a 1,00 (±0,00). O valor de Sgm foi igual a 0,67, e, a partir desta foi possível a formação de nove agrupamentos heteróticos, com dois grupos sendounitários e formados pelos genótipos mais divergentes entre os demais, três e cinco.Pode-se concluir, através dos marcadores RAPD, que a variabilidade genética do pinhãomanso é baixa nos cultivos em Carira e Umbaúba.

Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Salmonella infection is a relevant problem in the public health, being one of the most important causes of the world´s enteric pathologies, with 1,3 million ill people, resulting in 600 deaths/year. The Salmonella spp. transmission occurs especially through water consumption and contaminated food. The diagnosis is realized using biochemical, serologic, and molecular tests. The RAPD (Randomly Amplified Polymorphic DNA) test is able to detect the genetic variation present in the isolated Salmonella spp. samples, allowing a molecular typing. This research aimed at achieving molecular typing from Salmonella spp. samples isolated from various resources (oyster, chicken, potable water, blood, and human feces) utilizing the RAPD technique. 33 Salmonella spp. samples, that came from bacteria located at the Laboratório de Virologia Comparada-DMO/CCBS/UFS, and two standard samples were utilized. Six randomized primers were used from the Ready-To-Go System RAPD; the products amplified were submitted to an electrophoretic run in a 5% polyacrilamid gel, and silver dyed. The band standard observed was analyzed by the NTSYS program. After a computational analysis it was possible to discriminate the 35 Salmonella spp. samples, resulting in 35 RAPD individual and distinct patterns, showing that the samples are genetically diversed and that there is an ample genetic biodiversity in the circulating samples in Aracaju-SE. To the grouping the Salmonella spp. samples was observed the epidemiological relationship between human samples and chicken. / A infecção por Salmonella é um relevante problema de saúde pública, sendo uma das mais importantes causas de patologias entéricas do mundo, com 1,3 milhões de doentes, resultando em aproximadamente 16000 hospitalizações e 600 mortes/ano. A transmissão da Salmonella spp. ocorre principalmente através do consumo de água e alimentos contaminados. O diagnóstico é realizado através de testes bioquímicos, sorológicos e moleculares. A técnica de RAPD (Randomly Amplified Polymorfhic DNA) é capaz de detectar as variações genéticas presente nos isolados, permitindo a tipagem molecular. Este estudo teve como objetivo realizar a tipagem molecular das amostras de Salmonella spp. isoladas de diversas fontes (ostra, frango, água residual, sangue e fezes humanas) utilizando a técnica de RAPD. Foram utilizadas 33 amostras de Salmonella spp. da bacterioteca do Laboratório de Virologia Comparada DMO/CCBS/UFS e duas amostras padrões. Foram utilizados seis primers randômicos do Sistema Read-To-Go RAPD, os produtos amplificados foram submetidos à corrida eletroforética em gel de poliacrilamida 5% e corado pela prata. O padrão de bandas observadas foi analisado pelo programa NTSYS. Após análise computacional foi possível discriminar as 35 amostras de Salmonella spp., resultando em 35 padrões de RAPD individuais e distintos, mostrando que as amostras são geneticamente diversas e que existe uma ampla biodiversidade genética nas amostras circulantes em Aracaju-SE. Ao grupar as amostras de Salmonella spp. observou-se o relacionamento epidemiológico entre as amostras humanas e de frango.

The genetic diversity within and among natural populations is critical to developing strategies for conservation in situ and ex situ, due to forest fragmentation alters ecological processes that are essential to maintaining this diversity. This study was conducted to evaluate the genetic variability within and between populations of Zizyphus joazeiro Mart. and Cassia grandis L.f. by molecular markers, to define strategies for collect of the seed to produce seedlings for the rehabilitation of degraded areas. The study was realized in different municipalities in the Baixo São Francisco sergipano. Populations of Z. joazeiro were sampled in Santana do São Francisco, Canhoba e Canindé do São Francisco, while populations of C. grandis were sampled in Santana do São Franciso, Canhoba e Nossa Senhora de Lourdes. To evaluate the genetic structure of populations were used isozymes and RAPD-DNA marker. From the observed results can be inferred that due to forest fragmentation, mainly caused by human occupation in the Baixo São Francisco, the populations are structured. However, the species showed high genetic diversity within populations, inbreeding and lack of rare alleles and unique. These results should be linked, in addition to forest fragmentation, pollination characteristics of the studied species (insects), for as short distances, gene flow is not large, which can lead to the genetic structure of populations. Thus, strategies for conservation of variability, such as the collection of genetic material in all populations studied, should be adopted. / O conhecimento da diversidade genética entre e dentro de populações naturais é de suma importância para a elaboração de estratégias de conservação in situ e ex situ, devido a fragmentação florestal que altera processos ecológicos essenciais à manutenção desta diversidade. Assim, este trabalho foi realizado com o objetivo de avaliar a variabilidade genética dentro e entre populações de Zizyphus joazeiro Mart. e Cassia grandis L.f., por meio de marcadores moleculares, visando definir estratégias de coleta de sementes para a produção de mudas destinadas à recuperação de áreas degradadas. O estudo foi realizado em diferentes municípios localizados na região do Baixo São Francisco sergipano. As populações de Z. joazeiro foram amostradas em Santana do São Francisco, Canhoba e Canindé do São Francisco, enquanto as populações de C. grandis foram amostradas em Santana do São Francisco, Canhoba e Nossa Senhora de Lourdes. Para a avaliação da estrutura genética das populações foram utilizados os marcadores isoenzimáticos e o marcador de DNA-RAPD. A partir dos resultados observados pode-se inferir que devido ao processo de fragmentação florestal, causada principalmente pela ocupação humana na região do Baixo São Francisco, as populações estão estruturadas. No entanto, as espécies apresentam elevada diversidade genética intrapopulacional, ausência de endogamia e alelos raros e exclusivos. Estes resultados devem estar ligados, além do processo de fragmentação florestal, às características do agente polinizador das espécies estudadas (insetos), pois, como percorre pequenas distâncias, o fluxo gênico não é amplo, o que pode ocasionar a estruturação genética das populações. Assim, estratégias para a conservação da variabilidade existente, como coleta de material genético em todas as populações estudadas, devem ser adotadas.

Jatropha curcas L. (Euphorbiaceae) has attracted considerable interest in recent years because of its high potential to provide oil for the production of biofuel. This interest has resulted in increased investments in the cultivation of J. curcas in many areas all over the world. However, J.curcas remains an un-domesticated crop and there is a lack of scientific evidence for its productive potential and agronomic properties. This situation could lead to unsustainable practices with economic, social and environmental risks. To reduce these risks and to improve the performance of the J.curcas in different agroclimatic conditions, it is very important to invest in the domestication, selection and genetic breeding of J.curcas. At this point, it is necessary to know the degree of genetic diversity of the species in natural, isolated cultivated, commercial and experimental populations. Due to the importance in this area, this work had as objective to genetically characterize genotypes of J. curcas cultivated in experimental areas in two cities of Sergipe, State of Brazil (Umbaúba and Carira) by means of molecular markers RAPD. The methodology of DNA extraction from leaves of 40 genotypes, collected in the cities of Umbaúba and Carira, was carring out according to method CTAB 2% and to DNA amplification were used 31 primers of arbitrary sequence. DNA markers were scored for the presence (1) and absence (0) of homologous amplified, which were used in the construction of the binary matrix in order to calculate the percentage of polymorphism of each primer used. This data was also used to estimate the genetic similarity among the pairs of genotypes, using Jaccard coefficient, and group them out for the UPGMA and PCoA methods. Afterwards, the similarity error associated with the minimum value of similarity was calculated. Fragments (101) were generated from 31 primers, 30 of which were polymorphics. A similarity average of 0,54 (±0,09) among the genotypes was found and the amplitude similarities varied from 0,18 (±0,07) to 1,00 (±0,00). The average genetic similarity was equal to 0,67, and from this value it was possible to observe the formation of nine clusters. Two of them were unit clusters and formed by the most divergent genotypes, three and five. In conclusion, it was not possible verify low genetic variability in physic nut using RAPD markers at these experimental areas. / Jatropha curcas L. (Euphorbiaceae) tem atraído bastante interesse nos últimos anos por apresentar elevado potencial de fornecer óleo para produção de biocombustível e isso tem provocado grandes investimentos e expansão rápida das áreas de cultivo em todo mundo. No entanto, é uma cultura que não foi domesticada e carece de provas científicas sobre o seu potencial produtivo e propriedades agronômicas. Esta situação pode levar a práticas insustentáveis com riscos econômico, social e ambiental. A fim de reduzir estes riscos e melhorar o desempenho da cultura em diferentes condições agroclimáticas é primordial investir na domesticação, seleção e melhoramento genético. Para isso, se faz necessário conhecer o grau de diversidade genética da espécie em populações naturais, plantios isolados, comerciais e experimentais. Diante de tal importância, este trabalho teve como objetivo caracterizar geneticamente genótipos de pinhão manso, cultivados em plantios experimentais, em dois municípios de Sergipe (Umbaúba e Carira), por meio de marcadores moleculares RAPD. Folhas de 20 genótipos de cada área foram submetidas à extração de DNA pelo método CTAB 2%, com modificações. Para amplificação do DNA foram empregados 31 iniciadores de seqüência arbitrária. Na avaliação dos géis, a presença (1) e ausência (0) de bandas foram usadas para a construção da matriz binária, que foi utilizada para calcular a porcentagem de polimorfismo obtida com cada primer utilizado, além de estimar as similaridades genéticas entre cada par de genótipos empregando o coeficiente de Jaccard e agrupá-los pelos métodos UPGMA e ACoP. Posteriormente também foi calculado o erro de similaridade associado e a similaridade genética média (Sgm). Os 31 primers geraram 101 fragmentos, dos quais 30 foram polimórficos. Foi encontrada uma similaridade média entre os genótipos de 0,54 (±0,09) e a amplitude das similaridadesvariou de 0,18 (±0,07) a 1,00 (±0,00). O valor de Sgm foi igual a 0,67, e, a partir desta foi possível a formação de nove agrupamentos heteróticos, com dois grupos sendounitários e formados pelos genótipos mais divergentes entre os demais, três e cinco.Pode-se concluir, através dos marcadores RAPD, que a variabilidade genética do pinhãomanso é baixa nos cultivos em Carira e Umbaúba.

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Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:56Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-01-28Bitstream added on 2014-06-13T20:40:52Z : No. of bitstreams: 1 corabiadell_c_dr_rcla.pdf: 6736961 bytes, checksum: 2fe0d3faffabe9123c2196abfd1b12ec (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A diversidade do gênero Trichoderma no estado de São Paulo (BRASIL) foi analisada sob diferentes aspectos. Foi estabelecida uma coleção de 539 linhagens obtidas a partir de 52 pontos de coleta, distribuídos pelo estado, e uma coleção de referência com 30 linhagens. Durante o período de trabalho avaliou-se a viabilidade das culturas de acordo com os métodos de preservação utilizados Castellani e câmara fria. As avaliações do potencial de biocontrole pelas técnicas de pareamento e difusão de metabólitos inibidores não apresentaram uma correspondência clara com os testes em casa de vegetação. Para as observações microscópicas de culturas de lâminas foi desenvolvida uma técnica que permitiu visualizar mais facilmente o sistema de ramificação dos conidióforos. A avaliação celulolítica dos isolados permitiu identificar linhagens com atividade superior a da linhagem de referência, indicando alto potencial biotecnológico. A análise molecular dos isolados a partir do seqüenciamento da região ITS1-5,8S-ITS2 mostrou a ocorrência de 17 espécies distribuídas no estado, sobretudo nas áreas de mata e capoeira. As espécies mais freqüentes, T. harzianum, T. spirale e T. koningii ocorreram em quase todos os ecossistemas avaliados, enquanto a ocorrência da seção Longibrachiatum foi pouco expressiva. A técnica de RAPD se mostrou eficiente na identificação de linhagens redundantes indicando seu potencial de uso durante procedimentos de triagem. A aplicação de métodos de taxonomia numérica permitiu gerar fenogramas e gráficos multidimensionais coerentes com os dados morfológicos e moleculares em diversos casos. É sugerida a aplicação de métodos topológicos para a melhor descrição do sistema de ramificação e diferenciação de hifas e da teoria de sistemas não-lineares para a compreensão do seu comportamento morfológico in e ex vitro... / The diversity of the genus Trichoderma in São Paulo State (BRAZIL) was analised under different views. A collection of 539 strains was isolated from 52 different areas and a reference collection of 30 strains was established from different brazilian culture collections. The preservation techniques of Castellani and cold storage were evaluated during the course of the study. The biocontrol potential was evaluated through pairing cultures methodology and inhibitory metabolites production. There was no clear evidence of correspondence between the data obtained in vitro and under greenhouse conditions. For microscopic observation a new technique of slide culture was developed in order to visualise the branching system easily. Cellulolytic activitiy assay identified several high-producing cellulase strains comparing to the reference QM9414 indicating a biotechnological potential. The molecular analysis from the sequencing of ITS1-5,8S-ITS2 region indicated the ocurrency of 17 different species all over the state with predominance in forest and 'capoeira' ecossystems. The most frequently species were T.harzianum, T.spirale and T.koningii, ocurring in almost all environmental conditions sampled, while the presence of section Longibrachiatum was inexpressive. The RAPD technique in separate redundants strains was demonstrated indicating its potential for using in screening procedures. Numerical taxonomy methods produced phenograms and multidimensional graphics consistent with molecular and morphological data in some cases. The use of topological methods in describing the branching system and the non-linear system theory in the comprehension of its morphological behaviour in and ex vitro (anamorphic, teleomorphic and synanomorphic states) is suggested. For the first time the total evidence analysis was applied to the genus, showing consistent results with those reported in literature.

Thesis (M.Sc. (Molecular and Life Sciences)) --University of Limpopo, 2007 / Colophospermum mopane (sensu lato) is currently recognised on morphological and physiological characteristics. To add to the suite of taxonomic characters, the genetic variability of C. mopane (sensu lato) was investigated using the RAPD technique. DNA was extracted from young seedlings and mature leaves using the CTAB method. Initially, the DNA extraction was problematic due to the presence of polysaccharides, making PCR nearly impossible. An additional phenol precipitation step was introduced to purify the DNA used to perform RAPD analyses. Twenty random primers were tested for their suitability and reproducibility to reveal polymorphism in C. mopane (sensu lato). Nine of the primers tested amplified the genomic DNA. Subsequently, three primers (OPA 03, OPA 08 and OPA 09) were selected based on their reproducibility and demonstration of polymorphism. OPA 03 amplified most of the samples tested whereas OPA 08 and OPA 09 amplified 50% of the samples. RAPD bands ranged from 180 bp to 2000 bp. RAPD profiles of C. mopane (sensu lato) with three random primers showed few polymorphisms. Individual trees of different ecotypes show similar RAPD banding pattern, instances were found where trees of the same ecotype showed different bands. The total character difference based on presence and absence of bands revealed both variability and similarity of C. mopane (sensu lato). Phylogenetic trees from individual primers and combined primers were constructed using Neighbour Joining and Parsimony analysis. The phylogenetic tree from the combined primers of bootstrap parsimony generated three clades with low and high parsimony bootstrap values. The first clade receives weak support (61%) while the second and third clades receive support of 90% and 70%, respectively. The other remaining entities collapsed resulting in basal polytomy. The third clade shows some members of Alba (Alba 11 Phala, Alba 1 Phala and Alba 7 Musina) grouped together. The overall results of C. mopane (sensu lato) show high (84.1%) genetic similarity. No ecotypic marker was obtained. Most of the ecotypes have not diverged genetically far from one another or from the parental material (Mopane – sensu stricto). The genetic results partially support the perceived morphological differences. In this study the RAPD technique has established its value as an additional tool to express the genetic variability in C. mopane (sensu lato). / The National Research Foundation