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Marcadores moleculares na análise de espécies e composição populacional de peixes marinhos de recifes de corais da família Pomacanthidae (Perciformes).Affonso, Paulo Roberto Antunes de Mello 12 November 2004 (has links)
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Previous issue date: 2004-11-12 / Universidade Federal de Minas Gerais / The Brazilian coast extends over nearly 8,000km. Along the coastline, several marine
ecosystems can be found and determine a rich ichthyofauna, regarding both diversity
and number of species. The reef sites are characterized as the main reason for such
abundance. As a paradox, genetic studies aiming to characterize the several species and
populations from this environment are nearly absent in Brazil. Based on these
statements, the major goals of the present work were to analyze the population structure
and the relationship among marine fish species from a Perciform family, common at
coral reefs and important for aquarium trade Pomacanthidae. The selected species
were Centropyge aurantonotus, Holacanthus ciliaris, H. tricolor, Pomacanthus arcuatus
and P. paru, distributed over nearly all the Brazilian shore, besides another species
from the family Chaetodontidae, closely related to that focused in this work -
Chaetodon striatus. For that, molecular markers obtained from analyses of genomic
DNA by RAPD and microsatellites were adopted. The results based on RAPD profiles,
from a set of primers, indicate that species from both families show a high genetic
variability, with inter-specific and inter-populational differences. Specific marks were
found in all species, useful for the establishment of phylogenetic relationships and
taxonomical discrimination. The dendrogram generated allowed to distinguish each
species, revealing that those from a same genus are more closely related. Albeit the
values of gene flow and genetic identity were relatively high after inter-populational
comparisons, indications of structuring along the Brazilian Province were detected,
particularly if we consider φs t values. The most conspicuous species along the coast,
composing widely distributed populations, tended to exhibit greater genetic similarities
among samples. Animals from oceanic isolates were not quite differentiated from
inshore populations, but showed decreased variability. The isolation and
characterization of microsatellites in the species P. paru and H. ciliaris, according to
PIMA (PCR isolation of microsatellite arrays) methodology, allowed us to select several
microsatellite loci, useful for populational approaches. Primers flanking such regions
were designed and it was verified that one locus, called Pp02 was polymorphic and it is
present in Pomacanthus and Holacanthus representatives. The populational analyses of
the locus Pp02 in P. paru revealed significant values of Fst and genetic differentiation,
in agreement with population structure hypothesis. These data, described for the first
time, are useful for the conservation management of such exploited animals and for the
inferences of dispersal and populational composition of reef species from the Brazilian
Province. / A costa brasileira apresenta cerca de 8.000 Km de extensão. Ao longo do litoral, diversos ecossistemas marinhos podem ser encontrados e determinam uma ictiofauna rica tanto em diversidade quanto quantidade de espécies. Os ambientes recifais são caracterizados como os maiores responsáveis por tal abundância. Paradoxalmente, estudos genéticos que procurem caracterizar as muitas de suas espécies e populações são praticamente ausentes no Brasil. Com base nessas premissas, esse trabalho teve como objetivos básicos analisar a estrutura populacional e a relação entre espécies de peixes
marinhos em uma família de Perciformes comum nos recifes e importante para aquariofilia Pomacanthidae. As espécies selecionadas foram Centropyge aurantonotus, Holacanthus ciliaris, H. tricolor, Pomacanthus arcuatus e P. paru, com ocorrência ao longo de quase todo o litoral do Brasil, além de uma espécie adicional da família
Chaetodontidae, intimamente relacionada com a enfocada nesse trabalho - Chaetodon striatus. Para tal, marcadores moleculares a partir da análise do DNA genômico por RAPD e microssatélites foram adotados. Os resultados obtidos com as análises por
RAPD, a partir de um conjunto de primers, indicam que as espécies dessas famílias apresentam alta variabilidade genética, com diferenças interespecíficas e interpopulacionais. Marcas específicas foram detectadas em todas as espécies, úteis para a identificação e estabelecimento das relações filogenéticas das espécies. O dendrograma obtido permitiu distinguir cada espécie, revelando que aquelas do mesmo
gênero estão intimamente relacionadas. Embora os valores de fluxo gênico e de identidade genética tenham sido relativamente altos nas comparações
interpopulacionais, indícios de estruturação ao longo da Província do Brasil foram detectados, particularmente se considerarmos os valores de φs t. As espécies mais conspícuas ao longo do litoral, formando populações de distribuição mais ampla, foram as que apresentaram maior similaridade genética entre as regiões. Animais de isolados
oceânicos não se mostraram tão diferenciados de populações costeiras, mas apresentaram variabilidade reduzida. A prospecção de microssatélites nas espécies P. paru e H. ciliaris, pelo método PIMA (PCR isolation of microssatelite arrays) permi tiu a seleção de alguns locos microssatélites, informativos para abordagens populacionais. Os primers das regiões flanqueadoras desses locos foram desenhados e foi verificado
que um deles, denominado Pp02, é polimórfico e está presente nas espécies de Pomacanthus e Holacanthus. A análise populacional desse loco em P. paru revelou índices significativos de Fst e de diferenciação genética, condizentes com estruturação populacional. Esses dados, até então inéditos, são importantes para o manejo de
conservação desses animais comercialmente explorados e permitem inferir padrões de dispersão e composição populacional das espécies recifais da Província Brasileira.
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Caracterização genética do pirarucu Arapaima gigas (Cuvier) (Teleostei, Osteoglossidae) da bacia Tocantins-Araguaia, estado do Mato Grosso.Marques, Débora Karla Silvestre 29 August 2003 (has links)
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Previous issue date: 2003-08-29 / Universidade Federal de Sao Carlos / In South America the osteoglossiforms are represented by the Arapaima and the Osteoglossum sorts, which are mostly found in the Amazonic basin, Tocantins Araguaia. There are virtually no genetic studies on this group, which highlights conservation groups need for information. The Arapaima gigas species, of the hydrographic basin Tocantins Araguaia, showed a
2n=56 chromosomes, with cariotypical formula: 28M/SM+28ST/A. Silver nitrate marking revealed a simple RON, located intersticially in the shorter
arm of pair three, confirmed by a fluorescent hybration in situ, with a rDNA 18S probe, that highlighted a polymorphism in the RON sites. The
constituent heterocromatin was found in the centromerical region of all chromosomes. The molecular genetic studies with RAPD marker showed the presence of only one Arapaima gigas population, with a significant intrapopulational variation. The results obtained in this work are an important contribution to the understanding of the genetics of the Arapaima gigas species and the Osteoglossiforms group, providing, moreover, subsidies for genetic handling and conservation of the Arapaima gigas species in the Médio Araguaia, state of Mato Grosso do Sul, Brazil. / Os Osteoglossiformes são representados na América do Sul pelos gêneros Arapaima e Osteoglossum, que ocorrem particularmente na região Amazônica, nas bacias Amazônica e Tocantins-Araguaia. Os estudos genéticos neste grupo são praticamente inexistentes, evidenciando a
necessidade de informações para programas de conservação. A espécie Arapaima gigas da bacia hidrográfica Tocantins-Araguaia apresentou um
2n=56 cromossomos, com fórmula cariotípica 28M/SM+28ST/ A. A marcação por nitrato de prata evidenciou uma RON simples localizada
intersticialmente no braço curto do par três, confirmada pela hibridação fluorescente in situ com sonda de rDNA 18S, que evidenciou um
polimorfismo de tamanho nos sítios de RON. A heterocromatina constitutiva foi localizada na região centromérica de todos os cromossomos. Os estudos genéticos moleculares com marcador RAPD evidenciaram a ocorrência de uma única população de Arapaima gigas na região de coleta, com
variabilidade intrapopulacional significativa. Os resultados obtidos no presente trabalho são contribuições importantes para o conhecimento da
genética da espécie Arapaima gigas e do grupo Osteoglossiformes, fornecendo, ainda, subsídios para programas de manejo e conservação
genética da espécie Arapaima gigas no Médio Araguaia, estado do Mato Grosso, Brasil.
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Estimativa de variabilidade genética em acessos crioulos e cultivares comerciais de tomates (Lycopersicon esculentum Mill.) do sul do Brasil e avaliação da presença do Gene Mi.Carelli, Bernardete Primieri 18 December 2003 (has links)
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Previous issue date: 2003-12-18 / Universidade Federal de Minas Gerais / Cultivated tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) is one of the most important
horticultural crops. Although original from the Andes region, this crop was officially introduced
in Brazil by the European immigrants during the last half of the XIX century. Today, old varieties
and new improved cultivars are planted in the different Brazilian regions. In the last 20 years the
Ecological Center of Ipê proceeded a rescue of old tomato varieties maintained by small
agriculturists in the Northeast region of Rio Grande do Sul State. The present work had the
objective to estimate the variability among 35 tomato accessions, 12 commercial cultivars and 23
Brazilian landraces using morphological descriptors and molecular traits (proteins and DNA),
and to verify the Meloidogyne resistance/susceptibility status of these genotypes, as well as the
presence of the Mi genes. The landraces were separate in five groups by their fruit characteristics:
large oblate, cherry, heart-shape, large cylindrical, and rounded, whereas the commercial
cultivars were restricted to the most common groups in the market. Both the quantitative
evaluation of seed protein electrophoretic profiles, and RAPD markers allowed identifying all the
accessions. The cluster analysis of RAPD data allowed to separate the genotypes in seven
similarity groups that were not related with those formed by the protein analysis. Conversely, a
discriminant analysis showed a relation between RAPD markers and fruit morphology. Landraces
exhibited higher levels of protein and genetic (RAPD) variations compared with the commercial
cultivars confirming the genetic variability reduction caused by the limited number of genotypes
used in breeding programs. Experimental results showed that all the landraces and commercial
cultivars, with the exception of the cultivars Polka Baixo and Gaucho (Feltrin) were susceptible
to M. javanica, M. incognita, and M. arenaria. PCR data showed that the Mi1.2 gene was present
only in the Polka Baixo cultivar, whereas the Mi1.1 was found in 26 accessions, most of which
susceptible to root-knot nematodes, confirming the gene Mi1.2 as the nematode resistant
determinant, and the inefficiency of the Mi1.1. Considering the high incidence of Meloidogyne in
South Brazil, the low frequency of resistant accessions point-out the necessity of a special effort
of breeding programs on the transfer of root-knot nematode resistance genes to Brazilian tomato
varieties and cultivars. / O tomate (Lycopersicon esculentum) é uma das mais importantes hortaliças. Apesar, de
ser nativo da região dos Andes, esta hortaliça foi oficialmente introduzida no Brasil pelos
imigrantes europeus durante a última metade do século XIX. Hoje, variedades antigas e cultivares
melhorados, são cultivados em diferentes regiões brasileiras. Nos últimos 20 anos, o Centro
Ecológico de Ipê realizou um resgate das antigas variedades de tomate mantidas por pequenos
agricultores da região Nordeste do Rio Grande do Sul. O presente trabalho teve como objetivo
estimar o grau de variabilidade entre 35 acessos de tomate, 12 comerciais e 23 acessos crioulos,
utilizando marcadores morfológicos e moleculares (protéicos e DNA), além de verificar a
resistência e/ou susceptibilidade a Meloidogynes destes genótipos, bem como a presença do gene
de resistência Mi através de PCR. A variabilidade morfológica dos frutos apresentada pelos
acessos crioulos formou cinco grupos: os tipo Cereja, Pimentão, Coração de Boi, Gaúcho e
Paulista, enquanto que os materiais comerciais restringiram-se aos grupos mais comuns no
mercado, Gaúcho e Paulista. Os perfis eletroforéticos de proteínas totais solúveis de sementes mostraram a ocorrência de baixa variabilidade qualitativa, mas variações quantitativas permitiram a identificação de todos os materiais avaliados. A análise da variabilidade através de marcadores de RAPD permitiu a identificação de todos os genótipos avaliados, confirmando a eficiência deste tipo de marcadores na caracterização de materiais. A análise de agrupamentos permitiu a
separação em sete grupos, os quais não apresentaram relação com aqueles formados com base nos perfis protéicos. Por outro lado, análise discriminante mostrou a existência de relação entre
os marcadores de RAPD e os grupos de morfologia de fruto. De um modo geral, os materiais
crioulos apresentaram maior variação nas proteínas de sementes e marcadores de RAPD o que
pode ser tomado como indicativo de estreitamento da base genética nos materiais comerciais. Os
resultados obtidos no teste de resistência mostraram que todos os materiais crioulos e comerciais,
com exceção dos cultivares Polka Baixo e Gaúcho (Feltrin) são suscetíveis a Meloidogyne
javanica, M. incognita e M. arenaria. Considerando a alta incidência de Meloidogyne no Sul do
Brasil, a baixa freqüência de acessos resistentes, apontam a necessidade de um esforço especial
na transferência dos genes de resistência aos nematóides das galhas da raiz para os acessos
crioulos e cultivares do tomate comerciais do Brasil.
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Chromobacterium violaceum : Caracterização cultural, bioquímica, molecular e detecção da produção de polihidroxialcanoato-PHAANTUNES, Adriana Almeida January 2006 (has links)
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Previous issue date: 2006 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Estudos foram realizados com treze linhagens de Chromobacterium violaceum
avaliando as características bioquímicas, a variabilidade genética e a produção de
polihidroxialcanoato. Os isolados demonstraram maior crescimento no meio Luria
Bertani, suplementado com glicose. Todos os isolados foram negativos para os
testes de uréia, manitol, lactose e indol, e positivos para frutose, lisina, sacarose,
glicose, catalase, gelatinase, motilidade e oxidase. Todas as linhagens
demonstraram resistência aos antimicrobianos ampicilina e cefalotina. Observouse
ainda, resistência para gentamicina e amicacina (UCP 1035-Ceará) e para
imipenen, cloranfenicol e amicacina (UCP 1489-Pernambuco), evidenciando
características fenotípicas distintas entre as treze linhagens. A variabilidade
genética das linhagens de C. violaceum foi avaliada pelo índice de similaridade de
Jaccard, utilizando-se o método UPGMA nas análises de agrupamento. Os
índices de similaridade variaram de 0,17 a 0,35 para onze isolados, enquanto
que, os isolados UCP 1462 e UCP 1463 apresentaram 100% de similaridade. O
perfil de RAPD foi característico para cada linhagem, permitindo a formação de
dois grupos indicando a variabilidade genética dos isolados analisados. A
detecção da produção de polihidroxialcanoato foi realizada utilizando os corantes
Nilo blue e verde malaquita, destacando-se a linhagem de C. violaceum UCP
1467, como maior produtora do biopolímero
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Estudos fisiológicos, bioquímicos e moleculares de isolados de Ganoderma lucidum (Fr.) karst. cultivados pela técnica Jun-CaoROLIM, Leonardo do Nascimento 31 January 2009 (has links)
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Previous issue date: 2009 / Universidade Federal de Pernambuco / Ganoderma lucidum é um basidiomiceto muito popular na medicina tradicional
chinesa, sendo chamado de Lingzhi ou cogumelo da imortalidade . Estudos revelaram
diversas propriedades farmacológicas benéficas deste fungo, sugerindo sua utilização como
auxiliar em diversos tratamentos contra doenças humanas. Por não ser muito comum na
natureza, o cultivo é a melhor maneira de suprir um mercado cada vez mais amplo. Dentre
os vários métodos de cultivo existentes para a fungicultura, a técnica Jun-Cao é considerada
a mais promissora para a produção de cogumelos em escala que atenda à demanda
crescente. Sabendo que a bioquímica de um organismo pode variar entre diferentes
linhagens, e entendendo a necessidade de descobrir novas variedades de G. lucidum, para
ampliar as opções de cultivo deste fungo, este trabalho buscou comparar linhagens
comerciais chinesas com linhagens brasileiras inexploradas de G. lucidum, para avaliar o
valor bioquimico destas. Os resultados mostram que o cultivo combinado de madeira com
gramínea, na técnica Jun-Cao, foi mais promissor no desenvolvimento das linhagens tanto
em redução no tempo de cultivo quanto na qualidade e quantidade dos cogumelos. A
linhagem brasileira (CC-144) destacou-se tanto na velocidade de crescimento, quanto na
produtividade de basidiomas e na concentração bioquímica de proteínas, carboidratos, β-
glucanas e fenóis, superando as chinesas e se mostrando uma opção para a fungicultura. A
análise RAPD mostrou distinção genética entre as linhagens, descartando a possibilidade de
ocorrência de clones
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Diversidade genética e caracterização molecular em linhagens de Beauveria bassianaPaula Duarte Pires, Ana January 2002 (has links)
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Previous issue date: 2002 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Foram analisadas vinte linhagens de Beauveria bassiana isoladas de diferentes
regiões e hospedeiros, quanto ao perfil de DNA, através da análise da região ITS do
rDNA, de RAPD e Intron, para avaliação da diversidade genética e auxílio na
caracterização. A região ITS1-5.8s-ITS2 do rDNA foram digeridas com as enzimas
Eco RI, Dra I, Msp I e Hae III, onde a Eco RI e Dra I não apresentaram sítio de
restrição e a Hae III e Msp I não apresentaram polimorfismo entre as linhagens,
confirmando a espécie estudada. Para RAPD foram selecionados cinco primers
OPX17, OPW4, OPW7, OPW19, 0PW20, que produziram um total de 442 bandas. Os
dados obtidos foram submetidos à análise estatística pelo programa NTSYS.PC e
construída uma matriz de similaridade utilizando o coeficiente de Jaccard, que gerou
um dendrograma através do método de agrupamento UPGMA. A similaridade foi em
torno de 70%. A análise do dendrograma mostrou a formação de quatro grupos, onde
não houve correlação com o hospedeiro ou origem geográfica, embora duas
linhagens isoladas de Nezara viridula e duas de Deois flavopicta tenham mostrado
maior nível de similaridade. Os dados obtidos pela análise de Intron, mostraram o
aparecimento de cinco grupos
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Caracterização de linhagens do grupo Aspergillus flavus baseada em marcadores de DNABATISTA, Patrícia Pires January 2007 (has links)
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Previous issue date: 2007 / O gênero Aspergillus pertence ao grupo de fungos filamentosos de grande dispersão
no meio ambiente. Algumas espécies estão associadas a doenças, principalmente em
pessoas imunocomprometidas. Outras são importantes por razões econômicas, devido à
aplicação biotecnológica ou à produção de aflatoxinas. A identificação das espécies por
métodos tradicionais, aliados ao uso de marcadores moleculares, estão somando
conhecimentos e estabelecendo maior eficiência na caracterização de isolados. Foram
utilizados os marcadores moleculares ISSR, utilizando os primers (GACA)4 e (GTG)5, e os
marcadores ITS e RAPD, com o objetivo de caracterizar geneticamente linhagens de
Aspergillus flavus e linhagens de outras espécies pertencentes ao grupo A. flavus. Alta
diversidade genética foi obtida com os marcadores RAPD e ISSR, sendo que o primer
(GTG)5 gerou menor diversidade que o (GACA)4, mas apresentou perfis característicos
para cada espécie. A partir destes dados foi construída uma matriz de similaridade e
confeccionados os dendrogramas, através do método de agrupamento UPGMA. Os perfis
dos marcadores ISSR e RAPD mostraram que entre as linhagens estudadas de A. flavus,
quatro apresentaram perfis diferenciados, tendo sido reclassificadas como A. oryzae, A.
parasiticus e duas como A. tamarii. No entanto, uma das linhagens previamente
identificadas como A. parasiticus, devido ao seu perfil de marcadores ser idêntico ao de A.
flavus, foi revisada como sendo desta espécie. Esses resultados reforçam a importância do
uso de marcadores moleculares para a diferenciação de espécies e linhagens fúngicas
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Variação genética em Aedes aegypti e Aedes albopictusPereira Gomes Júnior, Plinio January 2005 (has links)
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Previous issue date: 2005 / Aedes aegypti e Aedes albopictus são espécies invasivas, considerada importante do ponto de vista médico, porque eles são vetores de arboviroses muitos. Uma pesquisa de doze meses de variação sazonal na freqüência de alelos em populações destas espécies foi realizado para verificar as possíveis alterações na estrutura genética e sua relação com as condições ambientais. Padrões de diversidade genética foram examinadas usando Random Amplified Polymorphic DNA e haplótipos de Citochrome c oxidase subunidade II do mtDNA. Amostras de Ae. aegypti e Ae. albopictus foram coletados entre dezembro de 2003 a novembro de 2004 em duas áreas do Recife. Evidência de diferenciação genética significativa foi detectada ao longo do ano para ambas as espécies, sem perdas de diversidade genética dentro das populações (heterozigosidade e polimorfismo). Amostras de Ae. albopictus em áreas silvestres e urbanas mostrou fluxo gênico intensiva (Nm = 4.2 e 22), durante dois momentos distintos. Os dados obtidos podem ser muito úteis para melhorar as estratégias de controle de vetores
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Intraspecific Variability within Globodera tabacum solanacearum and Selection for Virulence Against Flue-Cured TobaccoSyracuse, Aaron James 25 November 2002 (has links)
The tobacco cyst nematode (TCN), Globodera tabacum solanacearum [(Miller and Gray, 1972) Behrens 1975] Stone 1983, is one of the most economically important pests of flue-cured tobacco (Nicotiana tabacum L.) in Virginia. Although TCN has been reported from other countries, the geographical distribution of G. t. solanacearum within the United States is limited to Virginia, North Carolina, and one county in Maryland. Approximately 30% of the tobacco acreage in Virginia is infested; average yield reduction is 15%, but complete crop failure can occur. The objectives of this research were to examine intraspecific variability within G. t. solanacearum and to evaluate the relative adaptability of G. t. solanacearum on a resistant (NC567) and a susceptible (K326) flue-cured tobacco cultivar.
Nineteen geographic isolates of G. t. solanacearum, one isolate each of G. t. virginiae and the Mexican cyst nematode (G. "mexicana"), two isolates of G. t. tabacum, and five Heterodera species were characterized by DNA fingerprinting using the RAPD-PCR technique. Reproducible differences in fragment patterns allowed similar differentiation of the isolates and species with each primer. Hierarchical cluster analysis was performed to illustrate the relatedness between nematode isolates and species. In contrast to reports in the literature, we found a Miller isolate of G. "mexicana" to cluster more closely with G. t. solanacearum than with G. t. tabacum or G. t. virginiae. Although no pathotype differences have been found within G. t. solanacearum, the average Jaccard's similarity index among isolates of G. t. solanacearum was 74%, representing greater variation than that observed across different pathotypes of the closely related potato cyst nematode, Globodera pallida. This result suggests that the emergence of resistance-breaking biotypes is more likely than previous research suggests. If a new pathotype is reported, a RAPD marker associated with virulence against a specific host resistance gene could prove to be a valuable tool in population diagnosis, resistance screening, and overall TCN management.
One isolate of G. t. solanacearum was cultured on a resistant (NC567) and a susceptible (K326) flue-cured tobacco cultivar over five generations. Variable TCN reproduction was observed on both cultivars over each generation. This variability in reproduction could be attributed to differences among generations in the time interval between inoculation and cyst extraction, temperature, possible diapause effects, and/or daylength. Ninety-eight cysts were produced in the fifth and final generation compared to the 14 to 50 cysts produced during each of the previous four generations. Increased reproduction on the resistant variety suggests that increased virulence might be selected, but research involving additional generations would need to be carried out in order to conclude whether or not TCN virulence is being selected. / Master of Science
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Molecular marker analysis of a segregating monoploid potato familyChani, Eduard 13 February 1998 (has links)
Anther culture experiments were conducted to construct a monoploid family. The donor plants used were hybrids between high leptine producing selections of Solanum chacoense Bitt. and anther culture responsive selections of Solanum phureja Juz. et Buk. Several steps of the anther culture process were studied. The results indicated that genotype remains the main factor affecting anther culture response. Growing anther-donor plants in higher greenhouse temperatures (30 degrees C day/20 degrees C night) increased the number of embryos per anther by 40 percent. A heat shock given to anthers in culture for 12h at 35 degrees C was also found to be beneficial resulting in an increase of the anther culture response by 40 percent. However the effect of the high temperature shock resulted in lower regeneration rates. In all experiments a highly significant "date" effect was observed with one or two days differing from the others by showing higher response rates in all hybrids tested. The majority of the regenerated plants was diploid, probably resulting from unreduced gametes. Simple sequence repeat analysis with eight polymorphic primer pairs was used successfully to identify the homozygous diploid plants that were added to the monoploids. In total 34 monoploid plants and 14 homozugous diploids were obtained. The degree of heterozygosity revealed by SSR analysis indicated that the diploid plants originated from unreduced gametes formed by first division restitution (FDR) mechanism. The SSR marker data were used to map the genes with respect to the centromeres by half tetrad analysis. SSR-containing sequences from the public databases, as well as sequences obtained from a genomic library enriched for SSRs, were used to generate 48 primer pairs. Only 12 of them were found to be polymorphic in the monoploid family. Ten primer pairs did not amplify any specific fragment. The monoploid population showed distorted segregation at four of the polymorphic loci, showing overrepresentation of the chacoense alleles in three of them. One of the loci showing distorted segregation (STSTP, amplified by primer pair RV 11+12) is most probably linked to lethal alleles, whereas another one (ST13ST, amplified by primer pair RV 21+22) could be linked to genes affecting anther-culture response. The location of the SSR loci on the potato chromosomes is not known except for one (waxy, primer pair 3+4), but statistical analysis on the segregation data obtained from 70 heterozygous anther-derived diploids showed no linkage between them. The SSR primer pairs developed in this study might be useful in studying genetic relationships among cultivars and accessions in breeding programs. Randomly amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was used in association with bulked segregant analysis to detect linkage with genes controlling leptine biosynthesis. With all the limitations imposed by the population size and contamination from foreign pollen, a band amplified by primer OPA-16 could differentiate the bulks contrasting for leptine content. It is possible that this band is linked to genes suppressing leptine biosynthesis, since it appears only in the plants that do not synthesize leptines. Further investigation with larger populations is needed to confirm this possibility. / Ph. D.
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