An influence of variations in human genome is perceptible at a first glance on human itself to see differences between the individuals and entire populations. Also, behavior or probability of certain diseases are influenced in large way by differences at genome's level. This work presents methods for detecting variations in the human genome that were developed after an arose of the second-generation sequencing technologies. A new tool that combines read pair and split read methods, with information about a depth of coverage was also designed and implemented. The tool was tested on simulated and real data and compared with a reference outputs.

Das Schicksal einer differenzierten Zelle wird durch epigenetische Grenzen bestimmt und mittels Schutzmechanismen bewahrt, wodurch die Reprogrammierung in andere Zelltypen verhindert wird. In dieser Studie haben wir ein Chromatin-regulierendes Protein, das konservierte MORF4-Verwandte-Gen (MRG) Protein MRG-1, als Barriere für die Reprogrammierung von Zellen in Caenorhabditis elegans (C. elegans) identifiziert. RNAi gegen MRG-1 ermöglicht es uns Keimzellen mittels Überexpression des Neuronen-induzierenden Transkriptionsfaktors CHE-1 in neuronenartige Zellen umzuwandeln. Mittels ChIP-seq fanden wir heraus, dass MRG-1 unterschiedliche DNA Bindungsstellen in den Keimbahnen und somatischen Geweben von C. elegans aufweist. Wir konnten zeigen, dass MRG-1 besonders stark am Genkörper angereichert ist und sich hauptsächlich auf Genen befindet, welche die aktive Histonmarkierung H3K36me3 tragen. Die Charakterisierung der Protein-Protein-Interaktionspartner von MRG-1 mittels Co-IP/MS ergab, dass MRG-1 mit der Histon-H3K9-Methyltransferase SET-26 und der b-gebundenen N-Acetylglucosamin Transferase OGT-1 zusammenarbeitet, um die Umwandlung von Keimzellen in Neuronen zu verhindern. Basierend auf RNA-Seq Experimenten in mrg-1-Mutanten und Wildtyp konnten wir weitreichende Veränderungen der Genexpression mit Auswirkung auf Signalwege wie den Notch Signalweg enthüllen, welcher bekanntermaßen die Zelltyp-Reprogrammierung fördern. Mittels Long-Read basiertem RNA-seq in mrg-1-Mutanten und der Integration entsprechender ChIP-seq Daten habe ich die Beteiligung von MRG-1 am prä-mRNA-Spleißen in C. elegans gezeigt, analog zum Säugetierortholog MRG15. Diese Ergebnisse weisen darauf hin, dass MRG-1 durch die Regulierung des Chromatins und die Sicherstellung des korrekten Spleißens die Expressionsniveaus kritischer Gene und Signalwege aufrechterhält, um eine ordnungsgemäße Keimbahnentwicklung zu gewährleisten und das Schicksal der Keimzellen zu schützen. / Das Schicksal einer differenzierten Zelle wird durch epigenetische Grenzen bestimmt und mittels Schutzmechanismen bewahrt, wodurch die Reprogrammierung in andere Zelltypen verhindert wird. In dieser Studie haben wir ein Chromatin-regulierendes Protein, das konservierte MORF4-Verwandte-Gen (MRG) Protein MRG-1, als Barriere für die Reprogrammierung von Zellen in Caenorhabditis elegans (C. elegans) identifiziert. RNAi gegen MRG-1 ermöglicht es uns Keimzellen mittels Überexpression des Neuronen-induzierenden Transkriptionsfaktors CHE-1 in neuronenartige Zellen umzuwandeln. Mittels ChIP-seq fanden wir heraus, dass MRG-1 unterschiedliche DNA Bindungsstellen in den Keimbahnen und somatischen Geweben von C. elegans aufweist. Wir konnten zeigen, dass MRG-1 besonders stark am Genkörper angereichert ist und sich hauptsächlich auf Genen befindet, welche die aktive Histonmarkierung H3K36me3 tragen. Die Charakterisierung der Protein-Protein-Interaktionspartner von MRG-1 mittels Co-IP/MS ergab, dass MRG-1 mit der Histon-H3K9-Methyltransferase SET-26 und der b-gebundenen N-Acetylglucosamin Transferase OGT-1 zusammenarbeitet, um die Umwandlung von Keimzellen in Neuronen zu verhindern. Basierend auf RNA-Seq Experimenten in mrg-1-Mutanten und Wildtyp konnten wir weitreichende Veränderungen der Genexpression mit Auswirkung auf Signalwege wie den Notch Signalweg enthüllen, welcher bekanntermaßen die Zelltyp-Reprogrammierung fördern. Mittels Long-Read basiertem RNA-seq in mrg-1-Mutanten und der Integration entsprechender ChIP-seq Daten habe ich die Beteiligung von MRG-1 am prä-mRNA-Spleißen in C. elegans gezeigt, analog zum Säugetierortholog MRG15. Diese Ergebnisse weisen darauf hin, dass MRG-1 durch die Regulierung des Chromatins und die Sicherstellung des korrekten Spleißens die Expressionsniveaus kritischer Gene und Signalwege aufrechterhält, um eine ordnungsgemäße Keimbahnentwicklung zu gewährleisten und das Schicksal der Keimzellen zu schützen.

The purpose of this study was to explore, study, outline and describe tutoring strategies applied by American Reads (AR) tutors and non-America Reads (nAR) tutors helping young tutees develop early literacy skills. There is limited research on the implementation of effective tutoring strategies during one-on-one tutoring with elementary school children in terms of early literacy development. Most of the literature is split between peer tutoring and program tutoring. This lack of research presents a particular challenge when it comes to identifying an effective tutor and effective tutoring methodologies. Using a qualitative approach, this study utilizes survey data, session recordings, and interviews to not only explore the process of tutoring, but also the strategies, learned or otherwise improvised, applied by volunteer and paid tutors. Based on the data and analysis, the researcher identified effective tutoring strategies of early literacy tutors and made suggestions for further research.

The goal of my thesis is to describe which campaigns and projects support reader and which are suitable for work with children in the kindergarten's heterogeneous classes. As part of the thesis, project is created base of the studied literature which should support reading literacy in a kindergarten's heterogeneous class and cooperate on its implementation with other subjects. I define the terms closely related to the given topic in the theoretical part, namely literacy and numeracy, reading literacy (in relation to RVP PV). Focus is on the role of kindergarten and the necessity of developing a child in reading literacy with the emphasis on the heterogeneous classes. I also emphasize the role of the family in reading literacy. Finally, I describe specific campaigns and projects in the Czech Republic that support readership and reading literacy. I devote myself to the implementation of the project itself in the maternal Schools with heterogeneous classes in the practical part. In more detail, I focus on the Celé Česko čte dětem, Noc s Andersenem and Listování. While the Celé Česko čte dětem a whole range of uses, Listování and Noc s Andersenem serves as a mere addition to the development of reading literacy. I value positively the cooperation with the city's library and parents.