Made available in DSpace on 2016-08-17T18:39:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2590.pdf: 1752867 bytes, checksum: 7dd2196f0a9d489b35a0759a6cc018c6 (MD5) Previous issue date: 2009-09-04 / Pipeline systems for genomic and transcriptomic analysis aim to create communication bridges among the existing analysis tools, therefore reducing researchers efforts. Most of the pipelines found in the literature lack important features which would be useful to the development of genome or transcriptome sequencing projects. Among them, the capacity of tracking the project results along its development, including the generation of partial reports; the presence of a collaborative environment where the involved laboratories can contribute with new data and chromatograms; the possibility to configure analysis parameters; multiple pipeline support and the possibility to include new tools and modules. In this work, a pipeline prototype was developed to overcome these shortcomings. Sequencing projects progresses are tracked along all over their developments. Chromatograms are progressively received along the development of the project and partial reports over newly received data are generated. The communication with the processing server is done via Web service, which offers a universal language interface, allowing client applications in heterogeneous platforms to submit data and execute operations and queries. Pipelines are configured in XML documents written in a predefined format, through which the researchers choose the tools and parameters to be used. The prototype offers support to multiple pipelines executed simultaneously in the same project. Pipelines are executed in parallel by the means of thread pools, what increases efficiency by distributing the workload in multiprocessed systems. Another feature of the prototype is the extensibility as each pipeline step is wrapped in a module. New modules can be easily inserted in the system through the implementation of a programming interface, therefore without the needing of recompilation. Module insertions are done in a declarative way through XML documents. A client application was also developed in the collaborative platform Sakai, allowing different research groups involved in a sequencing project to create pipelines, view results and exchange information on the project current status. To evaluate the efficiency of the prototype, a case study was carried out. Sequences generated from sequencing of Sphenophorus levis transcriptome were submitted and a pipeline was configured to analyze the data. The case study has pointed out that the prototype is efficient and produces good results. / Sistemas de pipeline para análise de genomas e transcriptomas têm o objetivo de criar pontes de comunicação entre as diferentes ferramentas no intuito de reduzir os esforços do pesquisador no processo de análise. A maioria dos pipelines descritos na literatura carece de funcionalidades importantes para o desenvolvimento de projetos de sequenciamento. Entre elas, a capacidade de acompanhar e gerar resultados parciais das análises ao longo do desenvolvimento do projeto; a presença de um ambiente colaborativo onde os diferentes laboratórios envolvidos possam contribuir com novos dados e cromatogramas; a possibilidade da configuração dos parâmetros da análise; o suporte a múltiplos pipelines com diferentes configurações; e o suporte à inclusão de novos programas e módulos. Neste trabalho, foi desenvolvido um protótipo que supre essas deficiências. O progresso dos projetos é acompanhado ao longo de todo o seu desenvolvimento. Para isso, recebe dados brutos de cromatogramas, realiza análises dos dados parciais e emite relatórios com os resultados. A comunicação com o servidor de processamento é realizada via Web service, oferecendo uma interface na linguagem universal XML que permite que aplicações cliente em plataformas heterogêneas submetam dados e realizem operações e consultas. Os pipelines são configurados através de arquivos XML em formato específico, no qual o pesquisador define os programas a parâmetros a utilizar. O protótipo dá suporte a múltiplos pipelines com execução simultânea em um mesmo projeto. A execução dos pipelines é realizada em paralelo por meio de um pool de threads, o que aumenta a eficiência dividindo a carga de processamento em servidores com mais de um núcleo. Uma aplicação cliente foi desenvolvida na plataforma colaborativa, permitindo que os diferentes grupos de pesquisa envolvidos no sequenciamento criem pipelines, visualizem resultados e troquem informações sobre o andamento do projeto. Outro diferencial do protótipo desenvolvido é a extensibilidade. Cada etapa do pipeline é encapsulada em um módulo. Novos módulos podem ser facilmente inseridos sem a necessidade de recompilação de todo o sistema, bastando para isso que o mesmo implemente uma interface específica. A inserção no sistema é realizada declarativamente em arquivos XML. Um estudo de caso foi realizado com a submissão de cromatogramas a partir do sequenciamento de ESTs (Expressed Sequence Tags) de Sphenophorus Levis. Um pipeline foi configurado para o estudo, e sua execução mostrou que o sistema é eficiente e apresenta bons resultados.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:50:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1799.pdf: 2261469 bytes, checksum: c783824f1301d0a0c33f62f223981224 (MD5) Previous issue date: 2008-04-03 / Universidade Federal de Sao Carlos / This work studies the integrated lot sizing and scheduling problem in the animal feed compound industry. The lot sizing problem in this industry consists of deciding which and how much to produce in each period, in order to minimize overtime and storage costs. The sequencing problem consists of sequencing the production lots, in order to minimize the setups (that eat into the available capacity), and to avoid the risks of residual contamination. The main difference of this problem in relation to the ones in literature is the structure of the setup times. Using a case study in a company of the sector, four approaches are proposed to model and solve the problem. The first two are based on the General Lot Sizing and Scheduling Problem (GLSP) with sequence dependent setup times. The other two approaches consist of a reformulation of the GLSP model, considering the lot sequencing as an Asymetric Travelling Salesman Problem (ATSP). Either modeling approach GLSP and ATSP is proposed for two company strategies related to the cleaning of the production line, called (1) Independent Sequences , where it is assumed that at the end of each period a complete cleaning in the production line is carried out; and (2) Dependent Sequences , where the sequence at the beginning of each period depends on the preparation state of the line in the previous period (setup carryover). The model GLSP Independent Sequences is solved by the branch-and-cut method (using the software AMPL/CPLEX), with limited computational time. To solve the model GLSP Dependent Sequences , besides the branch-and-cut method, two heuristic relax-and-fix procedures are proposed . To solve the model ATSP Independent Sequences the subtour elimination method is used. In the case of the model ATSP Dependent Sequences , as well as the subtour elimination method, the patching subtours method is used. According to experiments carried out with real data, the models and methods proposed solve the problem satisfactorily, getting better results that the company. Of the different approaches proposed, the most appropriate for the problem appears to be the reformulation ATSP with the patching method and the strategy Dependent Sequences . / Este trabalho estuda o problema integrado de dimensionamento e seqüenciamento de lotes de produção na indústria de suplementos para nutrição animal. O problema de dimensionamento de lotes nesta indústria consiste em determinar o que e quanto produzir em cada período, minimizando os custos de estocagem e horas extras. O problema de seqüenciamento de lotes consiste em ordenar a produção dos lotes, de forma a minimizar o número de preparações necessárias, que consomem capacidade produtiva, e evitar os riscos de contaminação residual. O principal diferencial deste problema em relação aos tratados na literatura é a estrutura dos tempos de preparação. A partir de um estudo de caso em uma empresa do setor, são propostas quatro abordagens para modelar e resolver o problema. As duas primeiras abordagens são baseadas no modelo Genérico de Dimensionamento e Seqüenciamento de Lotes (GLSP) com tempos de preparação dependentes da seqüência. As outras duas abordagens consistem em uma reformulação do modelo GLSP, considerando o seqüenciamento dos lotes como um problema do caixeiro viajante assimétrico (ATSP). Cada uma das abordagens de modelagem GLSP e ATSP são propostas para duas estratégias da empresa em relação à limpeza da linha, denominadas: (1) Seqüências Independentes , onde se pressupõe que ao final de cada período do planejamento é realizada uma limpeza completa na linha de produção; e, (2) Seqüências Dependentes , onde a seqüência no início de cada período depende do estado de preparação da linha no período anterior (setup carryover). O modelo GLSP Seqüências Independentes é resolvido pelo método branch-and-cut (utilizando o software AMPL/CPLEX), com tempo computacional limitado. Para resolver o modelo GLSP Seqüências Dependentes , além do método branch-and-cut, são propostos dois procedimentos heurísticos relax-and-fix. Para resolução do modelo ATSP Seqüências Independentes é utilizado o método de eliminação de sub-rotas (sub-tours). No caso do modelo ATSP Seqüências Dependentes , além do método de eliminação de sub-rotas, é utilizado o método de combinação de sub-rotas (patching). De acordo com experimentos realizados com dados reais, os modelos e métodos propostos resolvem satisfatoriamente o problema, obtendo resultados melhores que a empresa. Entre as diferentes abordagens propostas, a mais adequada para o problema parece ser a reformulação ATSP com o método de eliminação e combinação de sub-rotas e a estratégia Seqüências Dependentes .

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:51:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2820.pdf: 746407 bytes, checksum: 8dba34a22c959017a0c27b0c233087b3 (MD5) Previous issue date: 2009-08-28 / The modeling process of the fine (detailed) production scheduling is responsible for mapping and planning of all activities relative to the production tasks. Conceptual models are references for these activities and also to support the implementation of the scheduling. In this work, a model is proposed considering data collection, analysis, data processing and provided information. Using this model it's possible to take decision based on data that are accurated, detailed and easy to get. / O processo modelagem de programação detalhada da produção é responsável pelo mapeamento e planejamento de todas as atividades de programação produção. Modelos conceituais são referências para implantação e organização deste processo. É proposto um modelo que considera a coleta de dados, análise, tratamento e disponibilização destes dados, permitindo que sejam tomadas decisões com base em dados mais precisos, detalhados e fáceis de serem obtidos.

Submitted by Maike Costa (maiksebas@gmail.com) on 2016-04-27T14:06:26Z No. of bitstreams: 1 arquivo total.pdf: 1831708 bytes, checksum: edf5d3b8c2b5483f249063f565ba3024 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-27T14:06:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivo total.pdf: 1831708 bytes, checksum: edf5d3b8c2b5483f249063f565ba3024 (MD5) Previous issue date: 2015-04-14 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / This work proposes a uni ed heuristic algorithm for a large class of earlinesstardiness (E-T) scheduling problems. We consider single/parallel machine E-T problems that may or may not consider some additional features such as idle time, setup times and release dates. In addition, we also consider those problems whose objective is to minimize either the total (average) weighted completion time or the total (average) weighted ow time, which arise as particular cases when the due dates of all jobs are either set to zero or to their associated release dates, respectively. The developed local search based metaheuristic framework is quite simple, but at the same time relies on sophisticated procedures for e ciently performing local search according to the characteristics of the problem. The algorithm was tested in hundreds of instances of several E-T problems and particular cases. The results obtained show that our general heuristic is capable of producing high quality solutions when compared to the best ones available in the literature that were obtained by speci c methods. Moreover, the algorithm was tested on a new set of instances proposed for the most general case (Rjrj ; sk ij jPw0j Ej + wjTj) of the class of problems considered, in order to validate the method. / Esta disserta c~ao prop~oe uma heur stica uni cada para uma classe de problemas de sequenciamento da produ c~ao com penalidades por antecipa c~ao e atraso. S~ao considerados problemas que envolvem uma ou m ultiplas m aquinas e que podem, ou n~ao, considerar algumas particularidades, tais como: a inser c~ao de tempos ociosos entre as tarefas, tempos de setup e datas de libera c~ao distintas. Al em desses problemas, tamb em s~ao considerados os em que a fun c~ao objetivo e de minimizar tanto o a soma (ponderada) dos tempos de t ermino das tarefas, quanto a soma (ponderada) dos tempos de uxo das tarefas, que surgem como casos particulares quando as datas de entrega de todas as tarefas s~ao de nidas com zero ou iguais a suas respectivas datas de libera c~ao, respectivamente. A meta-heur stica baseada em busca local proposta e simples, mas cont em procedimentos so sticados que possibilitam uma execu c~ao e ciente da busca local, de acordo com as caracter sticas do problema. O algoritmo foi testado em centenas de inst^ancias de problemas envolvendo penalidades por antecipa c~ao e atraso e em casos particulares. Os resultados obtidos mostram que a heur stica proposta e capaz de produzir solu c~oes de alta qualidade quando comparadas com os melhores dispon veis na literatura, os quais foram obtidos por m etodos espec cos. Al em disso, o algoritmo foi testado em um novo conjunto de inst^ancias propostas para caso mais geral (Rjrj ; sk ij jPw0j Ej +wjTj) da classe de problemas considerados, com o intuito de validar o m etodo.

Submitted by INAÊ CRISTINA REGATIERI null (iregatieri@hotmail.com) on 2016-10-25T11:32:21Z No. of bitstreams: 1 Tese_Inae_Cristina_Regatieri.pdf: 1026482 bytes, checksum: 93ce299c664eb44473c4cdf6c6496fb4 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-10-31T17:37:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 regatieri_ic_dr_jabo.pdf: 1026482 bytes, checksum: 93ce299c664eb44473c4cdf6c6496fb4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-31T17:37:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 regatieri_ic_dr_jabo.pdf: 1026482 bytes, checksum: 93ce299c664eb44473c4cdf6c6496fb4 (MD5) Previous issue date: 2016-10-19 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O transportador de monocarboxilato isoforma 1 (MCT1), presente na membrana das hemácias, e sua proteína auxiliar CD147 têm como função transportar H+ e lactato do plasma para dentro das hemácias, mantendo assim, a homeostase ácido-base e retardando a acidose sistêmica e fadiga muscular. Dessa forma, o objetivo desse estudo foi comparar as quantidades das proteínas MCT1 e CD147 em hemácias de cavalos Árabes e Quartos de Milha com diferentes níveis de desempenho atlético. Além disso, objetivou-se buscar por polimorfismos para os genes MCT1, CD147, DMRT3 e PDK4, a fim de checar associações entre os polimorfismos e o desempenho nas raças. Cavalos Árabes e Quartos de Milha foram divididos em dois grupos de acordo com o desempenho em provas de enduro e provas de corridas, respectivamente. A quantidade de MCT1 e CD147 na membrana plasmática das hemácias foi determinada por western blotting com unidades arbitrárias de densidade óptica (OD) e anticorpos reagentes à espécie humana anti-MCT1 e anti-CD147. Os dados para as quantidades de proteínas foram analisados pelo PROC MIXED do SAS. O modelo incluiu a idade como covariável e os efeitos fixos de sexo, raça e grupo de desempenho dentro de raça. As correlações foram analisadas pelo teste de Pearson pelo procedimento PROC CORR. P-valores <0,01 foram considerados estatisticamente significantes. Os polimorfismos dos genes foram analisados por sequenciamento (MCT1 e CD147), PCR-RFLP (DMRT3) e ARMS-PCR (PDK4). Os pacotes estatísticos Genetics, Lattice e GenABEL foram utilizados para comparar as frequências dos grupos de desempenho no software R, com o teste exato de Fisher a 5% de significância. As proteínas MCT1 e CD147 foram encontradas nas hemácias de todos os animais. A quantidade de MCT1 foi significativamente (p<0,0001) maior em Quartos de Milha (2,99 ± 0,35 OD) do que em Árabes (1,04 ± 0,08 OD). Quartos de Milha (3,23 ± 0,38 OD) também apresentaram maior conteúdo de CD147 do que Árabes (0,88 ± 0,06 OD). Não houve diferença estatística nas quantidades de proteínas para os grupos de desempenho de ambas as raças. Correlação positiva foi encontrada entre as quantidades de MCT1 e CD147 (r=0,95; p<0,0001). O Alelo A dos polimorfismos Lys457Gln:1573A>C do gene MCT1 e Ile51Val:168A>G do gene CD147 estavam fixados em ambas as raças. Um novo polimorfismo (AY457175.1:c1498G>A) foi encontrado na sequência do gene MCT1. Para o DMRT3, todos os animais apresentaram o alelo C fixado para o polimorfismo. Árabes mostraram maior frequência para o alelo G do que Quartos de Milha (p<0,01) para o polimorfismo no gene PDK4. Entretanto, não houve diferença entre os grupos de desempenho para as duas raças. Dessa forma, conclui-se que Quartos de Milha têm maiores quantidades de MCT1 e CD147 do que Árabes. Não foi possível determinar a influência dos polimorfismos nos genes MCT1, CD147 e DMRT3 no desempenho atlético das duas raças visto que seus alelos estavam fixados. Além disso, houve diferença significativa nas frequências do polimorfismo no gene PDK4 entre Árabes e Quartos de Milha, mas não houve diferença entre os grupos de desempenho. / Monocarboxylate transporter isoform 1 (MCT1), present in the red blood cell membranes and its ancillary protein CD147 have as function transport H+ and lactate ions from the plasma into the red blood cells, thereby maintaining acid/base homeostasis and retarding systemic acidosis and muscular fatigue. Thereby, the aim of this study was to compare the amount of MCT1 and CD147 proteins in the red blood cells of Arabian and Quarter Horses with different levels of athletic ability. Furthermore, we investigated polymorphisms for MCT1, CD147, DMRT3, and PDK4 genes in Arabian and Quarter Horses in order to check associations between the polymorphisms and the performance in these breeds. Arabian horses were divided into two groups according to their performance in endurance competition and Quarter Horses were separated by its performance in races, determined by Speed Index. The amount of MCT1 and CD147 proteins in the plasma membrane of red blood cells was determined by western blotting analysis with arbitrary optical density units (OD), using a human specific anti-MCT1 and anti- CD147 antibody. Data for the amounts of proteins were analyzed using the PROC MIXED procedure of SAS software. The model for the analysis included the effects of sex, breed and performance group within breed as fixed effect and age as covariate. The correlations were analyzed by Pearson correlation test using the PROC CORR procedure of SAS software. P values <0.01 were considered statistically significant. Polymorphisms of the genes were analyzed by sequencing (MCT1 and CD147), PCR-RFLP (DMRT3) and ARMS-PCR (PDK4) techniques. The statistical packages Genetics, Lattice and GenABEL were used to compare the frequencies of the groups using the software R, with the Fisher's exact test being performed with significance level of 5%. MCT1 and CD147 proteins were found in the red blood cell membranes of all studied animals. The amount of MCT1 was significantly (p<0.0001) higher in Quarter Horses (2.99 ± 0.35 OD) than in Arabians (1.04 ± 0.08 OD). Quarter Horses (3.23 ± 0.38 OD) also showed bigger contents of CD147 than Arabians (0.88 ± 0.06 OD). There was not statistical difference in the amounts of MCT1 and CD147 between the performance groups of both breeds. Positive correlation was found between the amounts of MCT1 and CD147 (r=0.95; p<0.0001). The A allele from the polymorphisms Lys457Gln:1573A>C of MCT1 and Ile51Val:168A>G of CD147 gene, were fixed in both breeds. A new polymorphism (AY457175.1:c1498G>A) was found in the MCT1 gene sequence. For DMRT3 mutation, all the animals shown to have the C allele fixed for the polymorphism. Arabians showed significant greater frequency of the G allele than Quarter Horses (p<0.01) for the PDK4 polymorphism. However, there was not difference between the groups of performance for both breeds. In summary, it follows that the Quarter Horses have greater amount of MCT1 and CD147 proteins than Arabian. It was not possible to determine the influence of polymorphisms in MCT1, CD147 and DMRT3 genes in the athletic performance of these breeds since they had alleles fixed. There was a significant difference in the frequencies of the PDK4 polymorphism between Arabians and Quarter Horses, but there was not difference between the performance groups. / FAPESP: 2012/24193-0 / FAPESP: 2012/20697-9

Submitted by RENATA ZUGAIB null (rzugaib@gmail.com) on 2017-01-20T15:02:38Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Renata - Defesa.pdf: 1638667 bytes, checksum: f166690438b6f00c2e9fe2b0da55497d (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2017-01-24T18:09:13Z (GMT) No. of bitstreams: 1 zugaib_r_me_bot.pdf: 1638667 bytes, checksum: f166690438b6f00c2e9fe2b0da55497d (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-24T18:09:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 zugaib_r_me_bot.pdf: 1638667 bytes, checksum: f166690438b6f00c2e9fe2b0da55497d (MD5) Previous issue date: 2017-01-13 / O vírus da hepatite C (VHC) constitui a principal causa de doença hepática crônica, que representa um dos maiores problemas de saúde pública. O carcinoma hepatocelular (CHC), altamente associado a infecção crônica pelo vírus da hepatite C (VHC), é um dos tumores malignos mais comuns no mundo, com um alto índice de causa de óbito. Com o avanço das técnicas moleculares, tornou-se possível uma nova abordagem nos estudos gênicos para um melhor entendimento molecular de processos infecciosos e crônicos. Estudos evidenciando uma associação da transcrição gênica ao processo patológico e a importância de análises mais abrangentes. O sequenciamento de nova geração fornece uma maneira poderosa para a avaliação global do transcriptoma com alta resolução e um menor custo, possibilitando uma análise do perfil transcricional da doença. Assim, este estudo teve por objetivo avaliar o perfil de expressão gênica diferencial de pacientes infectados pelo VHC com CHC e comparar com amostras de tecidos não tumorais através do sequenciamento em larga escala do transcriptoma, a fim de identificar potenciais biomarcadores de diagnóstico e prognóstico de CHC. Foram analisados três fragmentos de tecido tumoral e três fragmentos de tecido hepático não tumoral como controle através do sequenciamento de RNAs (RNA-Seq). Os resultados obtidos demonstraram uma expressão diferencial de 4.792 genes. Avaliando os 10 genes mais e menos expressos, foi observada uma grande associação de variações nesses genes em diversos tipos de tumores. Também foram observados, entre os menos expressos, genes intimamente relacionados a função hepática ou relacionados a componentes produzidos pelo fígado. Esses achados sugerem que COL11A1, SFRP4, SFRP2, LRRC15, CCL18, ADAMDEC1, COL1A1, COL10A1, CTHRC1 e OLR1, superexpressos, possam atuar juntos no processo tumoral servindo como marcadores moleculares tumorais, e que a presença do tumor possa provocar uma desregulação nos genes associados ao fígado aqui encontrados, contudo, estudos mais específicos devem ser conduzidos para a confirmação dessa hipótese. / Hepatitis C virus (HCV) is the leading cause of chronic liver disease, one of the major public health problems. Hepatocellular carcinoma (HCC), highly associated with chronic hepatitis C virus (HCV) infection, is one of the most common malignant tumors in the world, with a high cause of death. With the advancement of molecular techniques, a new approach in gene studies has become possible for a better molecular understanding of infectious and chronic processes. Studies evidencing an association of the gene transcription to the pathological process and the importance of more comprehensive analyzes. Next generation sequencing provides a powerful way for the global evaluation of the transcriptome with high resolution and a lower cost, allowing an analysis of the transcriptional profile of the disease. Thus, this study aimed to evaluate the differential gene expression profile of HCV infected patients in their highest degree of chronicity (HCC) and to compare with non-tumor tissue samples through large-scale sequencing of the transcriptome in order to identify potential biomarkers for diagnosis and prognosis of HCC. Three fragments of tumor tissue and three fragments of non-tumor liver tissue were analyzed through the sequencing of RNAs (RNA-Seq). The results obtained demonstrated a differential expression of 4.792 genes. Evaluating the 10 over and down regulated genes, a high association of variations in these genes was observed in several types of tumors. Among the least expressed, genes closely related to liver function or related to components produced by the liver were also observed. These findings suggest that COL11A1, SFRP4, SFRP2, LRRC15, CCL18, ADAMDEC1, COL1A1, COL10A1, CTHRC1 and OLR1, overexpressed, may act together in the tumor process serving as molecular tumor markers, and that the presence of the tumor may lead to dysregulation in the genes associated with the liver found here, however, more specific studies should be conducted to confirm this hypothesis.

Made available in DSpace on 2016-12-08T16:24:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGCA11MA068.pdf: 13593 bytes, checksum: bb2118cc19310d22381d61f71c63aee7 (MD5) Previous issue date: 2011-06-01 / The mitochondrial enzyme Glutamate Dehydrogenase (GDH: EC 1.4.1.2) catalyzes the reversible deamination of the L-glutamate for 2-oxoglutarate (&#945;-ketoglutarate) using NAD+ and NADP+ as coenzymes. It is a complex allosteric enzyme that consists of six identical subunits being its activity influenced by both, the ADP its positive modulator, and by the GTP, its negative modulator.It is one of the most important liver enzymes found in hepatocytes of cattle, sheep and goats. Infections by Fasciola spp or severe acute intoxication by toxins of plants such as Xanthium spp and Senecio spp as well as intoxication by copper result in the release of this enzyme in blood. The increase of the GDH indicates damage or hepatic necrosis in cattle and sheep. This is an enzyme of choice to evaluate the function of the ruminants. In the present study the cDNA, that codifies the GDH enzyme of the hepatocyte of sheep, was synthesized by means of the RT-PCR making use of mRNA extracted from the liver of sheep. Part of the region where the cDNA of the GDH of the ovine is codified was amplified by PCR from primers synthesized through the comparison of the aligned sequences of Ovis aries with those of the Bos taurus,. Homo sapiens, Rattus norvegicus and Mus musculus available in the database, where highly conserved regions, as well as variable regions were identified.The cDNA was cloned in the vector pGEM®-T Easy Vector Systems and inserted in competent cells of the Escherichia coli DH10B by means heat shock. The plasmid DNA was purified and after sequencing, the presence of an insert of 1292 pb was confirmed. The alignment of the sequence deduced of amino acid with other species revealed high homology among the GDH / A enzima mitocondrial Glutamato Desidrogenase (GDH : EC 1.4.1.2) catalisa a desaminação reversível do L- glutamato para 2-oxoglutarato (&#945;-cetoglutarato) usando o NAD+ e NADP+ como coenzimas . É uma enzima alostérica complexa que consiste em seis subunidades idênticas sendo sua atividade influenciada tanto pelo ADP, seu modelador positivo, como pelo GTP, seu modelador negativo. É uma das mais importantes enzimas hepáticas encontradas em hepatócitos de bovinos, ovinos e caprinos. Infecções por Fasciola spp ou intoxicação grave aguda por toxinas de plantas tais como Xanthium spp e Senecio spp e intoxicação por cobre resultam na liberação dessa enzima no sangue. O aumento da GDH indica danos ou necrose hepática em bovinos e ovinos. Esta é a enzima de escolha para avaliar a função hepática dos ruminantes. No presente trabalho o cDNA que codifica a enzima GDH do hepatócito de ovino foi sintetizado por meio de RT-PCR utilizando mRNA extraído do fígado de ovino. Parte da região de codificação do cDNA da GDH de ovino foi amplificada por PCR a partir de oligonucleotídeos iniciadores sintetizados através da comparação das sequências alinhadas de Ovis aries com de Bos taurus, Homo sapiens, Rattus norvegicus e Mus musculus disponíveis em banco de dados, onde foram identificadas regiões bastante conservadas e regiões variáveis. O cDNA foi clonado no vetor pGEM® -T Easy Vector Systems e inserido em células competentes de Escherichia coli DH10B através de choque térmico. O DNA plasmidial foi purificado e após o sequenciamento a presença de um inserto de 1292 pb foi confirmado. O alinhamento da sequência deduzida de aminoácidos com outras espécies revelou alta homologia entre as GDH

Orientador: Cristiane Yumi Koga-Ito / Co-orientador: Fernanda Lourenção Brighenti / Banca: Janete Dias Almeida / Banca: Ana Cláudia Okamoto / Banca: Elizabete Brasil dos Santos / Banca: Rebeca Di Nicolo / Resumo: O estudo da microbiota bucal de bebês e como ela se altera com o tempo é de grande importância para a prevenção, diagnóstico e tratamento de doenças bucais num estágio precoce. O objetivo desse estudo foi avaliar longitudinalmente, nos períodos de 6, 12, 18 e 24 meses de idade, o microbioma oral de bebês saudáveis e suas respectivas mães por análise de pirosequenciamento. Setenta e quatro pares de mães e bebês acompanhados em um programa de saúde bucal foram incluídos no estudo. Um total de cinquenta e oito participaram em todo o período experimental. A população de bebês foi acompanhada durante todo o período, recebendo orientações e procedimentos previstos no protocolo do programa. Dados sobre dieta, higiene bucal, presença de dentes, prevalência de cárie e condições periodontais de bebês e suas respectivas mães foram coletados. Para a análise de pirosequenciamento, foram selecionados 5 pares de bebês e mães seguindo rigorosos critérios de inclusão para obtenção de amostra homogênea de bebês que se mantiveram sem a ocorrência de doenças bucais durante todo o período de avaliação. Também foram analisadas amostras do único bebê que desenvolveu cárie ao longo do estudo. Foram coletadas amostras de saliva e biofilme dentário do bebê e suas respectivas mães para análise da diversidade microbiana por pirosequenciamento 454 dos produtos de PCR do gene 16S ribossomal. A eficácia do programa de promoção de saúde bucal para este estudo foi reiterada com a ocorrência de cárie em apenas 1 dos bebês (1,51%) acompanhados durante 24 meses. A diversidade microbiana da saliva e biofilme dentário dos bebês manteve-se estável em relação ao número de Filos ao longo dos períodos. Observou-se aumento considerável de gêneros na saliva dos bebês dos 6 meses aos 12 meses de idade do bebê, sendo que esta distribuição se manteve nos demais períodos. Aos ... / Abstract: Data on infants' oral microflora and how it changes in time is of utmost importance for the prevention, diagnosis and treatment of oral diseases in early stages. The goal of this study was evaluate, longitudinally, in the periods of 6, 12, 18 and 24 months of age, the oral microbiome of healthy babies and their mothers by pyrosequencing analysis. Seventy-four pairs of mothers/babies followed in a Program of Oral Healthy were included in the study. A total of fifty-eight participated in all the experimental period. The population of babies was followed during all the period, receiving orientation on oral health and procedures foreseen in the protocol of the referred program. Data on diet, oral hygiene, presence of teeth, prevalence of caries, and periodontal conditions of babies and their mothers were collected. For pyrosequencing analysis, 5 pairs of babies and mothers were selected following rigorous criteria of inclusion, in order to obtain a homogeneous sample of babies who did not develop caries during all the evaluation period. Also, samples from of the only baby who developed caries along the study were analyzed. Samples of saliva and dental biofilm from the babies and mothers were analyzed for the microbial diversity by pyrosequencing 454 of products of PCR of 16S ribosomal gene. The effectiveness of the Oral Health Program in this study was confirmed with the occurrence of caries in only 1 of the babies (1.51%) followed during 24 months. Salivary and biofilm microbial diversities of babies were stable in relation to the number of Phyla during the evaluation periods. A considerable increasing in the number of genus in babies' saliva was observed in the period of 6 to 12 months of age. After this period, the distribution was stable. At the age of 12 months, 77 different genus were found in the microbioma of infants' dental biofilm and this value was higher when compared to ... / Doutor

A correta adoção de medidas de manejo de resistência de insetos-pragas é motivo de preocupação constante, inclusive para as novas tecnologias disponíveis, como as plantas geneticamente modificadas para a expressão de toxinas da bactéria Bacillus thuringiensis (Bt). Portanto, para manter a eficiência das plantas-Bt comercialmente disponíveis, é preconizada a manutenção de áreas de refúgio (livres de plantas Bt) para evitar a rápida seleção de insetos resistentes. No caso de insetos polífagos, a determinação das áreas de refúgio pode levar em consideração a contribuição que fontes não-comerciais e/ou não-transgênicas têm na produção de adultos colonizadores que não sofreram seleção para o evento de transgenia de interesse. A identificação da fonte alimentar pode determinar a procedência de insetos e tornar mais eficiente e segura a implementação de zonas de refúgio e a determinação dos riscos de desenvolvimento de resistência pelo inseto-praga alvo. O objetivo deste trabalho foi o de avaliar o potencial de dois marcadores biológicos, a assinatura isotópica e a microbiota intestinal, para a identificação da fonte de alimento do imaturo pela análise de adultos de Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) (Lepidoptera, Noctuidae), como subsídio para o monitoramento da origem de insetos migrantes em áreas de cultivo Bt para a adoção de estratégias adequadas de manejo de resistência. A análise isotópica de adultos foi realizada utilizando-se insetos criados em 12 plantas hospedeiras distintas, seis de metabolismo C3 e seis de metabolismo C4. Parte dos adultos provenientes dessa criação foram liofilizados, macerados e submetidos à análise isotópica para a determinação dos níveis de ?13C e ?15N. Amostras das plantas utilizadas na alimentação desses insetos também foram submetidas ao mesmo processo de análise. A outra parte dos adultos recémemergidos de S. frugiperda foi utilizada para a determinação da microbiota intestinal pela análise de região do gene do 16S rRNA após sequenciamento em plataforma 454. Os resultados da análise isotópica de carbono para as plantas utilizadas como fonte alimentar apresentaram médias entre -31,37? e -25,07? para plantas C3 e entre -13,03? e -12,26? para plantas C4. Adultos de S. frugiperda oriundos de lagartas criadas em plantas do grupo C3 apresentaram média de ?13C entre - 30,36? e -23,72?, enquanto aqueles do grupo C4 apresentaram média entre - 18,25? e -13,28?. O sequenciamento da microbiota via metagenômica produziu 126,970 sequências com cerca de 421 pb. O alimento influenciou substancialmente a diversidade da microbiota intestinal associada ao intestino de adultos, independentemente do metabolismo fotossintético da planta hospedeira. Análises comparativas de diversidade em que a abundância relativa dos diferentes componentes foi considerada (Unifrac ponderado) permitiu a distinção de praticamente todas as microbiotas. Foram identificadas várias UTOs exclusivamente associadas à microbiota intestinal de adultos provenientes de cada fonte de alimento, mas a maioria apresentou abundância relativa extremamente baixa. Apenas as UTOs 1199 e 2255 foram exclusivamente associados ao milho com abundância relativa superior a 2,5%. / The correct insect resistant management has been a topic of constant concern, even for the newer technologies available, such as genetically modified crops expressing Bacillus thuringiensis (Bt) toxins. The use of refuge areas with non-Bt crops to avoid the fast selection for resistant insects is proposed for maintaining the efficiency of Bt-crops. The implementation of refuge areas for polyphagous insects can consider non-commercial and non-Bt crops as sources of susceptible insects. The identification of the food source used during immature development can make the implementation of refuge areas safer and more efficient and allow for better estimates of risk assessment for insect resistance development. The objective of this study is to determine the potential use of, the isotopic signature and gut microbiota of adults as biological markers to allow for the identification of the food source during the larval stage of Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) (Lepidoptera, Noctuidae). Adults were obtained from larval rearing on 12 food sources, six host-plants with a C3 photosynthetic metabolism and six host-plants with a C4 metabolism. Part of the adults obtained and the food source used during their immature development were lyophilized and macerated, and subjected to ?13C e ?15N isotopic analysis. The remaining adults of S. frugiperda were used to determine the composition of the gut microbiota by metagenomic analysis of the V1-V3 region of the 16S rRNA gene using a 454 sequencing platform. The carbon isotopic signatures obtained for the hostplants used as food source were between -31.37? and -25.07? for C3 plants, and - 13.03? and -12.26? for C4 plants. Adults of S. frugiperda obtained from larval rearing on C3 plants had a carbon isotopic signature between -30.36? and -23.72?, while those from C4 host-plants has between -18.25? and -13.28?. The metagenomic sequencing yielded 126,970 reads with an average of 421bp. The larval food source substantially influenced the diversity of the adult gut microbiota regardless of the plant\'s photosynthesis metabolism. Comparative analysis among gut microbiota in which the relative abundance was taken into account (weight- Unifrac) allowed the discrimination of the majority of the communities. Several OTUs were identified as exclusive to the adult gut microbiota from different food sources, but most of these OTUs were minor components of the community. OTUs 1199 and 2255, both exclusively associated with corn, were the only ones to represent at least 2.5% of their community.

O presente estudo teve como objetivo caracterizar o genoma de estirpes de Leptospira isoladas no Brasil e realizar a análise comparativa destes com os genomas disponíveis no banco de dados GenBank. Foram caracterizadas 17 estirpes isoladas de distintas espécies animais, em diferentes regiões do Brasil, no período de 1998 a 2012. Estas foram previamente tipificadas por sequenciamento do gene 16S rRNA e soroaglutinção microscópica em seis espécies (L. interrogans, L. santarosai, L. inadai, L. kirschneri, L. borgpetersenii e L. noguchii) e mais de oito sorogrupos. Foi realizado o sequenciamento em plataforma Illumina&trade; MiSeq e montagem dos genomas com algoritmo ab initio. Para ordenação e anotação foram utilizados genomas de referência das respectivas espécies estudadas. Foi realizada a análise in silico da Tipagem por Sequenciamento de Multilocus (MLST) para os três protocolos vigentes de Leptospira. A análise comparativa dos genomas, incluindo wgSNP, foi realizada intra-espécie avaliando as variações existentes entre os sorogrupos das espécies de Leptospira estudadas. As estirpes de L. interrogans apresentaram resultados na MLST congruentes com a sua identificação prévia. No caso de L. kirschneri, apenas uma estirpe apresentou novos alelos nos três protocolos de MLST e se distancia das demais estirpes brasileiras de L. kirschneri. As estirpes de L. santarosai, assim como as de L. borgpetersenii e L. noguchii, possuem novos alelos e/ou perfis alélicos para pelo menos dois dos protocolos vigentes de MLST, sendo que ainda se destacam em um agrupamento próprio de origem brasileira. Os genomas de L. interrogans apesar de apresentarem alta identidade e sintenia com a referência sorovar Copenhageni, também apresentaram regiões de diferença entre os respectivos sorogrupos. Os genomas dos sorogrupos Australis e Serjoe se destacaram por apresentarem inserções e deleções, respectivamente, principalmente no cromossomo 2. O genoma de L. borgpetersenii também apresentou grande variação de composição, como esperado para espécie, sendo esta proporcionada por sequências de inserção e transposição de elementos móveis. Os sorogrupos Canicola e Pomona apresentaram maior proximidade entre si na análise wgSNP. Também foram identificados dois plasmídeos nos genomas do sorogrupo Canicola com alta identidade aos plasmídeos descritos na estirpe chinesa do mesmo sorovar. Na espécie L. kirschneri, a estirpe 47 (M36/05) apresentou alta identidade e sintenia com os genomas do sorovar Mozdok, como esperado, incluindo a estirpe brasileira de origem humana. Já a estirpe 55 (M110/06) se diferenciou dos demais genomas de L. kirschneri tanto no MLST quanto no wgSNP. O genoma brasileiro de L. inadai apresentou alta identidade à referência americana de origem humana, incluindo a presença de um bacteriófago próprio da espécie. A distinção das estirpes brasileiras de L. santarosai na MLST, também foi evidenciada na análise comparativa e no wgSNP, sendo que a estirpe 68 (M52/8-19), que não apresentou reatividade aos sorogrupos testados, ainda se diferencia das demais reafirmando a possibilidade de novo sorogrupo/sorovar. Dessa forma, o estudo genômico possibilitou a identificação de particularidades das estirpes brasileiras de Leptospira, incluindo a existência de elementos extra-cromossomais, proximidade com estirpes de origem humana indicando maior risco para saúde pública, além da possibilidade de novo sorogrupo de L. santarosai. / The present study aimed to characterize the genome of Leptospira strains isolated in Brazil and to perform their comparative analysis with GenBank available genomes. 17 strains isolated from distinct species, in different regions of Brazil, from 1998 to 2012 were characterized. These were previously typified through 16S rRNA sequencing and microscopic agglutination into six species (L. interrogans, L. santarosai, L. inadai, L. kirschneri, L. borgpetersenii and L. noguchii) and over eight serogroups. Illumina&trade; MiSeq sequencing and genome assembly with ab initio algorithm were performed. For ordering and annotation, reference genomes of the respective species were used. The in silico analysis of Multilocus Sequencing Typing (MLST) was performed for the three current Leptospira protocols. The comparative genomic analysis, including wgSNP, was performed intra-species evaluating the existing variations between the serogroups of the studied Leptospira species. The L. interrogans strains presented MLST results congruent with their previous identification. In the case of L. kirschneri, only one strain presented new alleles in the three MLST protocols and distanced itself from the other Brazilian L. kirschneri strains. The L. santarosai strains, as well as L. borgpetersenii and L. noguchii, presented new alleles and/or allelic profiles for at least two of the current MLST protocols, and still stand out in a separate group of Brazilian origin. Even though the L. interrogans genomes presented high identity and synteny with serovar Copenhageni reference, they also presented regions of difference between the respective serogroups. Serogroups Australis and Serjoe genomes stood out for having insertions and deletions, respectively, mainly in chromosome 2. The L. borgpetersenii genome also presented great variation of composition, as expected for the species, which is provided by insertion sequences and transposition of mobile elements. The serogroups Canicola and Pomona presented higher proximity in the wgSNP analysis. Two plasmids were also identified in the serogroup Canicola genomes with high identity to the plasmids described in the Chinese strain of the same serovar. In the L. kirschneri species, the strain 47 (M36/05) presented high identity and synteny with the serovar Mozdok genomes, as expected, including the Brazilian strain of human origin. The strain 55 (M110/06) differed from other L. kirschneri genomes in both MLST and wgSNP. The Brazilian L. inadai genome presented high identity to the American reference of human origin including the presence of bacteriophage specific for the species. The distinction of the Brazilian L. santarosai strains in the MLST was also evidenced in the comparative analysis and in the wgSNP, and the strain 68 (M52 / 8-19), which showed no reactivity to the tested serogroups, also differs from the others reaffirming the possibility of a new serogroup/serovar. Therefore, the genomic study allowed the identification of particularities of Brazilian Leptospira strains, including the existence of extrachromosomal elements, proximity to strains of human origin indicating a greater risk for public health, in addition to the possibility of a new L. santarosai serogroup.