Neste trabalho desenvolvemos métodos analíticos e moleculares para a detecção, isolamento e classificação filogenética de Alicyclobacillus spp. a partir de sucos de laranja e frutos ácidos, pelas técnicas: RT-PCR, nested RT-PCR, RAPD, seqüenciamento do 16S rRNA e análise por métodos eletroforéticos. A sensibilidade na detecção dos A. acidoterrestris foi melhorada por meio de reações de nested RT-PCR, utilizando primers internos (amplicon de 191 bp) que foram desenhados a partir do primeiro amplicom de 294 bp. O limite de detecção foi estudado com as reações RT-PCR e nested RT-PCR, sendo capazes de detectar concentrações de 0,1 UFC mL-1 para culturas puras e 2 UFC mL-1 em sucos de laranja artificialmente inoculados. A inibição de esporos de A. acidoterrestris também foi estudada para monitorar a diminuição da viabilidade com tratamento térmico e Sapindus saponaria (200 mg L-1), utilizando RT-PCR e nested RT-PCR. Com o tratamento térmico de 99 oC por 1 h o grau de inibição dos esporos foi de 96,3%. Enquanto que, com a fração purificada de S. saponaria (200 mg L-1) incubada à 45 oC por 2 dias foi de 93,6%, mas com incubação de 99 oC por 1 h foi de 98,7%, na mesma concentração de saponina. Todas as análises de quantificação de produtos de RT-PCR e nested RT-PCR foram analisadas por meio de eletroforese em gel de agarose e eletroforese capilar em microchip no Bioanalyzer 2100 (Agilent), com os kits DNA 500 e DNA 1000 LabChip®, obtendo-se maior sensibilidade nos microchips. A classificação molecular de dezenove cepas, isoladas a partir de diferentes sucos e frutos ácidos, foram estudadas utilizando RAPD-PCR e eletroforese capilar em microchips. Utilizando cinco primers aleatórios nas reações de RAPD, foi possível estudar os polimorfismos analisados nos microchips. Segundo as análises eletroforéticas, as cepas de suco concentrado e diluído de laranja (1, 2, 6) suco concentrado de limão (lim) e suco de laranja in natura (T2, T3), apresentaram similaridades genéticas com a A. acidoterrestris. O estudo de análise filogenética baseada na comparação de seqüências de DNA da região variável do gene 16S rRNA de Alicyclobacillus acidoterrestris, foi utilizado para identificar e agrupar onze cepas isoladas de superfícies e sucos de frutos ácidos. Na árvore filogenética gerada pelo método neighbor joining e bootstrap 1000x, as cepas analisadas mostraram similaridades de 99% entre todas elas, observando-se uma maior similaridade do controle A. acidoterretris (C2) com a cepa isolada de suco concentrado de limão (lim), e uma boa discriminação entre controles das espécies A. acidocaldarius, A. cicloheptanicus, A. sendaiensis e Sulfobacillus acidophilus. / In this work, we developed analytical and molecular methods for detection, isolation and phylogenetic classification of Alicyclobacillus spp. from orange juice and acid fruits using RT-PCR, nested RT-PCR, RAPD and sequencing of 16S rRNA techniques and electrophoretic methods of analysis. The sensitivity on the detection of A. acidoterrestris in orange juice was improved by nested RT-PCR, using internal primers (amplicon of 191 bp) that were designed after sequencing the first amplicon (294 bp). The detection limit was studied with RT-PCR and nested RT-PCR assay, it was able to detect concentrations of 0.1 UFC mL-1 for media culture and 2 UFC mL-1 in inoculated orange juice. The inhibition in spores from A. acidoterrestris was also studied to monitoring the diminution of viability with heat treatment and Sapindus saponaria (200 mg mL-1), using RT-PCR and nested RT-PCR assays. The inhibition by heat treatment at 99 oC for 1 h was 96.3%. However, incubation with S. saponaria at 45 oC for 2 days inhibited 93,6%, however, with incubation of 99 oC for 1 h was 98,7%, in the same concentration of saponin. The quantification of the RT-PCR and nested RT-PCR amplification product were accomplished by capillary electrophoresis in microchips using the Bioanalyzer 2100 in conjunction with the LabChip (TM) DNA 500 and DNA 1000. The molecular classification of nineteen strains isolated from different juice and acidic fruit, were studied using RAPD-PCR and capillary electrophoresis in microchips. Using five random primers in the RAPD assay, it was possible to study the polymorphisms analyzed in microchips. According to electrophoresis analyses, the strains from concentrated and diluted orange juices (1, 2, 6), lemon concentrated juice (lim) and natural orange juice (T2, T3), showed genetic similarities with the A. acidoterrestris. The study of the phylogenetic analyses based on DNA comparison sequences of the variable region of 16S rRNA gene from Alicyclobacillus acidoterrestris, was utilized for the identification and grouping of eleven strains isolated from surface and juice of acid fruits. In the phylogenetic tree produced by neighbor joining and bootstrap 1000, the strains showed similarities of 99% among all strains, showing a high similarity of A. acidoterrestris with a strain isolated from lemon concentrate juice (lim), and a good discrimination between the species A. acidocaldarius, A. cycloheptanicus, A. sendaiensis and Sulfobacillus acidophilus.

Made available in DSpace on 2017-07-10T17:40:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_Tese_Elisiane_Ines_Chaves.pdf: 3411992 bytes, checksum: d36dc06d42f8f5052c2134c8e95c6996 (MD5) Previous issue date: 2013-12-06 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The plant growth promoting bacteria constitute a large group of plant associated microorganisms that has a huge potential to be explored for beneficial contribution in plant growing. In this context, the aim of this work was to study the diversity of endophytic bacteria obtained from soils in western Paraná, using plants such as wheat and corn baits and evaluate the potential of isolates to promote plant growth (PCV). A total of 136 endophytic bacteria isolates were obtaines from roots in three different locations: area 1 (Argissolo vermelho), area 2 (Latossolo vermelho) and area 3 (Nitossolo vermelho). A total of 136 endophytic bacteria strains were isolated from roots in three different locations: area 1 (Argissolo vermelho), area 2 (Latossolo vermelho) and area 3 (Nitossolo vermelho). The isolates were evaluated for their ability to solubilize insoluble phosphate in NBRIP medium and also their ability to synthesize auxin in DYGS medium. Eighty-four bacterial strains were analyzed by molecular analysis of polymorphism by ARDRA and 41 of these fragments were sequenced 16S rDNA. Six isolates randomly chosen were evaluated according to their ability in promoting the plant growth in vitro, where from these, two contrasting isolates were evaluated for their performances in pots. As results for biochemical characterization, from 136 isolates, 51 % showed no phosphate solubilizing capacity, 14 % had a low level of phosphate solubilization index (ISF) low (IS<2), 9.5% medium (IS<4) and 25.5% higher (IS≥4), the higher ISF was verified in UFPRPALM 3-66 (7.66). IAA (indole-3-acetic) values ranged from 19.94 (UFPRPALM1 -134) to 1170.98 mg IAA mg protein-1 (UFPRPALM 2-32) without tryptophan addition and adding this aminoacid , only 42 strains (31%) were able to produce IAA in higher levels ranging from 362.18 (UFPRPALM 3-65) to 5599.57 (UFPRPALM 3-80) mg IAA mg protein -1. The polymorphism analysis revealed by ARDRA bacterial 8 groups with 70% dissimilarity and only 8 isolates showed clonal profile. The sequences of the 16S rDNA allowed the grouping of 41 isolates in eight different phylogenetic groups, among these the bacteria of the genus: Agrobacterium, Shigella, Stenotrophomonas, Enterobacter, Pantoea, Pseudomonas, Ensifer, Brevibacillus, Escherichia, Acinetobacter, Bacillus and Burkholderia. Of these, six isolates producing IAA and P-solubilization ability wich were evaluated for in vitro growth capacity were chosen. Isolated in this experiment, two contrasting were characterized: UFPRPALM 3-87 (Burkholderia ambifaria), more and UFPRPALT 1-14 (Pantoea ananatis), with lower ability to promote the growth of wheat seedlings in vitro, respectively. In the pot experiment, the isolates showed no responses of plant growth promotion in high fertility soils, but at low fertility condition, the genus Pantoea (UFPRPALT 1-14) showed the best performance in terms of increases in nitrogen concentration of shoots in wheat. There was a differential response of the isolates in terms of epiphytic and endophytic microbial population and between plant species and conditions of fertilization and/or inoculation / As bactérias promotoras de crescimento vegetal constituem um amplo grupo de microrganismos, que associados às plantas representam um enorme potencial a ser explorado, por contribuírem beneficamente com o crescimento de várias espécies vegetais. Neste contexto, o objetivo do presente trabalho foi estudar a diversidade de bactérias endofíticas obtidas de solos do oeste do Paraná, usando plantas de milho e trigo como iscas e avaliar o potencial dos isolados para a promoção do crescimento vegetal (PCV). Foram obtidos 136 isolados bacterianos provenientes de raízes de trigo e milho semeadas em três diferentes locais: área 1 (Argissolo vermelho), área 2 (Latossolo vermelho) e área 3 (Nitossolo vermelho). Os isolados foram avaliados quanto à capacidade de solubilizar fosfato insolúveis em meio NBRIP e quanto à capacidade de sintetizar auxina em meio DYGS. Oitenta e quatro estirpes bacterianas foram analisadas molecularmente através da análise de polimorfismo por ARDRA e 41 destas tiveram fragmentos do gene 16S rDNA sequenciados. A avaliação da capacidade de promoção de crescimento de seis dos isolados foi realizada in vitro, onde destes, dois isolados contrastantes foram avaliados quanto as suas performances em vaso. Como resultados obtidos, dos 136 isolados, 51% não apresentaram capacidade solubilizadora de fosfato, 14% apresentaram índice de solubilização de fosfato (ISF) baixo (IS<2), 9,5% médio (IS<4) e 25,5% alto (IS≥4), destacando-se o isolado UFPRPALM 3-66 (ISF 7,66). Os valores de AIA (ácido indol-3-acético) variaram entre 19,94 μg de AIA mg-1 de proteína (UFPRPALM1-134) a 1170,98 μg de AIA mg-1 de proteína (UFPRPALM 2-32), sem a adição de triptofano, e com adição de triptofano, apenas 42 isolados (31%) foram capazes de produzir AIA, sendo os níveis maiores variando de 362,18 (UFPRPALM 3-65) a 5599,57 (UFPRPALM 3-80) μg de AIA mg-1 de proteína. A análise de polimorfismo por ARDRA revelou 8 grupos bacterianos com 70% de dissimilaridade e apenas 8 isolados apresentaram perfil clonal. As sequencias do gene 16S rDNA permitiu o agrupamento dos 41 isolados em oito grupos filogenéticos diferentes, entre estes estão as bactérias do gênero: Agrobacterium, Shigella, Stenotrophomonas, Enterobacter, Pantoea, Pseudomonas, Ensifer, Brevibacillus, Escherichia, Acinetobacter, Bacillus e Burkholderia. Destes, foram escolhidos seis isolados produtores de AIA e solubilizadores de P que foram avaliados in vitro quanto a capacidade de crescimento. Neste experimento, dois isolados contrastantes foram caracterizados: UFPRPALM 3-87 (Burkholderia ambifaria), com maior e o UFPRPALT 1-14 (Pantoea ananatis), de menor capacidade de promoção de crescimento das plântulas de trigo in vitro, respectivamente. Em vaso, os isolados não apresentaram respostas de promoção de crescimento vegetal em solos de alta fertilidade, mas em condições de baixa fertilidade, o gênero Pantoea (UFPRPALT 1-14) foi o que apresentou a melhor performance em termos de aumentos dos teores de nitrogênio da parte aérea em trigo. Houve uma resposta diferencial dos isolados em termos de população microbiana epifífica e endofítica entre espécies vegetais e condições de fertilização e/ou inoculação

Submitted by Francine Silva (francine.silva@unipampa.edu.br) on 2016-09-28T20:54:58Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Análise Transcricional de Physcomitrium Acutifolium Broth. Por meio da Técnica de RNA-SEG um enfoque sobre o estresse por frio em plantas.pdf: 2456403 bytes, checksum: f125855c91a08aa6e84cb53239871aa3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-28T20:54:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Análise Transcricional de Physcomitrium Acutifolium Broth. Por meio da Técnica de RNA-SEG um enfoque sobre o estresse por frio em plantas.pdf: 2456403 bytes, checksum: f125855c91a08aa6e84cb53239871aa3 (MD5) Previous issue date: 2015-05-29 / Os estresses abióticos são responsáveis pela indução de adaptações em plantas. Estas quando submetidas ao estresse, respondem através de mecanismos de sinalização nas rotas fisiológicas, desencadeando um processo de aclimatação. Entretanto, nem sempre este potencial de adaptação é expresso, mas se persistir ao longo do desenvolvimento da planta, torna-se uma adaptação oriunda de mudança genética. Consequentemente, essas alterações incipientes possam ser identificadas em nível transcricional, os precursores de algumas alterações genéticas importantes tais como splicing alternativo. Em ambientes polares a expressão de genes permitiu a adaptação das plantas a temperaturas de congelamento. Entre estas plantas estão os musgos, presentes nos ambientes de climas contrastantes, isto sugere que estes organismos tenham plasticidade fenotípica e genotípica. Ainda que haja poucos estudos destes organismos em relação a diferentes agentes estressores, é amplamente difundido que estes possuem potenciais de resistência aos estresses ambientais. Para descobrir estes potenciais de resistências é necessário estudar os genes relacionados especificamente com o fator estressor em questão, neste caso o estresse ao frio. Para tanto é necessário um processo de sequenciamento dos genes expressos quando a planta é submetida ao estresse. Neste estudo foram realizados testes com explantes cultivados in vitro do musgo Physcomitrium acutifolium Broth. em diferentes temperaturas, com 6 tratamentos variando de 0 a 25 ºC, seguidos das análises fenotípicas e posteriormente genômicas, incluindo processo de sequenciamento e identificação de genes expressos. Os resultados sugerem relação do estresse por baixas temperaturas e o potencial de expressão de genes relacionados ao estresse por frio neste musgo, principalmente por uma identificação de maiores ocorrências de splicing alternativo nas plantas cultivadas a temperatura mais baixa testada. Assim, o uso potencial de espécies de musgo em estudos relacionados à resistência ao congelamento em plantas, torna-se como uma alternativa interessante em processos de biotecnologia vegetal. / The abiotic stresses are responsible for inducing adaptations in plants. When subjected to stress, plants respond by signaling mechanisms in physiological pathways, starting a process of acclimatization. However, not every adaptation potential is identified in phenotypic level, but if the selection pressure led by the stress persist over plant development, there may be a change in genotypic level. Consequently, these incipient changes can be identified in transcriptional level, the precursors of some important genetic changes such as alternative splicing. In polar environments are noted that the plants were adapted to survive at low temperatures, this adjustment is related to the expression of genes, which confer them resistance to freezing. Among these plants are mosses, present in the environments of contrasting climates, this suggests that these organisms have phenotypic and genotypic plasticity. Even if there are few studies of these organisms in relation to different stressors, we know that these have the potential for resistance to environmental stresses. To discover these potential resistance is necessary to study the genes specifically related to the stressor in question, this study is the cold stress. Then you need a sequencing process is necessary genes expressed when the plant is subjected to stress. In this study were performed tests with cultured explants in vitro moss Physcomitrium acutifolium Broth. at different temperatures, with 6 treatments ranged from 0°C to 25°C, followed by phenotypic analysis and subsequently transcriptome analysis based in RNA sequencing process aiming to identify a differential gene expression. The results suggest stress relationship for low temperatures and the potential for expression of genes related to cold stress in this moss, mainly by an identification of a higher occurrences of alternative splicing in plants growing at lowest temperature tested. Thus, the potential use of moss species in studies related to plant resistance to freeze temperatures becomes as an interesting alternative in plant biotechnology processes.

A doença de Charcot-Marie-Tooth (CMT) é desordem hereditária do sistema nervoso periférico, caracterizada por fraqueza dos membros inferiores, atrofia muscular e perda sensitiva. CMTX é doença ligada ao cromossomo X a qual corresponde aproximadamente 10% das famílias com CMT, sendo a segunda causa mais frequente da doença, após a duplicação 17p11.2-p12. Neste estudo analisamos 66 pacientes com CMT, negativos para duplicação 17p, por método de DHPLC, confirmado por sequenciamento direto. Foram identificadas seis mutações, em que quatro destas não foram descritas. Desta maneira confirmou uma frequência de mutações em torno de 9% no gene da Cx32. Portanto, nesta pesquisa do gene da Cx32 com CMT demonstrou que em uma população brasileira teve um comportamento mutacional semelhante ao das demais populações estudadas. / The Charcot-Marie-Tooth (CMT) is inherited disorder of the peripheral nervous system characterized by weakness of the lower limbs, muscular atrophy and sensory loss. CMTX is X-linked disease which accounts for approximately 10% of families with CMT, the second most frequent cause of disease after duplication 17p11.2-p12. This study analyzed 66 patients with CMT, negative for duplication 17p, by method of DHPLC, confirmed by direct sequencing. We identified six mutations, four of which were not described. In this way confirmed a mutation frequency of around 9% in the Cx32 gene. Therefore, this research Cx32 gene with CMT showed that in a Brazilian population had a mutational behavior similar to that of other populations studied.

Dentre os vários marcadores genéticos existentes, alguns SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) podem estar associados à determinação de uma série de características fenotípicas (cor de pele, olhos e cabelos, estatura, forma do rosto, espessura do fio de cabelo) tendo sua predição um grande valor nas investigações forenses. Dentre os principais genes conhecidos por controlarem a pigmentação humana, através da produção da melanina, o SLC24A5 (solute carrier family 24, member 5) e o MC1R (melanocortin 1-receptor) apresentam um papel fundamental na melanogênese. O advento do sequenciamento de nova geração permitiu o processamento de várias regiões genômicas e indivíduos simultaneamente, aumentando a disponibilidade e precisão de dados de genomas completos, como alcançado em estudos como o 1000 Genomes Project. Nossas análises preliminares demonstraram que os dados de Fase 3 do 1000 Genomes são muito mais confiáveis do que as versões anteriores. Com esses dados, obtidos para 26 populações globais, foram realizadas análises populacionais (diversidade haplotípica, desequilíbrio de ligação, redes de haplótipo e de variância molecular) para os genes MC1R e SLC24A5 a fim de se compreender melhor seus padrões de diversidade, correlacionando-os à prováveis eventos de seleção natural que tenham moldado sua história evolutiva, como por exemplo a intensidade da radiação UV nas diferentes regiões geográficas. Alguns padrões foram encontradas entre os grupos africano, europeu e asiático, de acordo com a história evolutiva já descrita para estes grupos. Apesar disso, foi observado um padrão claro de varredura seletiva para o SLC24A5 nos resultados obtidos, como o alto desequilíbrio de ligação e baixa diversidade haplotípica. As análises da diversidade do SLC24A5 associadas com as zonas de incidência UV, no entanto, não apresentaram uma correlação clara entre a intensidade da radiação UV e a diversidade haplotípica / Among the various existing genetic markers, some SNPs may be associated with the determination of a series of phenotypic characteristics (skin, eyes and hair color, height, face shape, hair thickness) and its prediction could have a great value in forensic investigations. Among the major genes known to control human pigmentation through melanin production, SLC24A5 (solute carrier family 24, member 5) and MC1R (melanocortin-1 receptor) have a major role in melanogenesis. The advent of next-generation sequencing has enabled processing of several individuals and genomic regions simultaneously while increasing the availability and accuracy of whole genomes data, such as 1000 Genomes Project has achieved. Our preliminary analysis showed that Phase 3 data from the 1000 Genomes are far more reliable than previous versions. Using this data, obtained for 26 global populations, several analyzes were performed (haplotype diversity, linkage disequilibrium, haplotype networks and molecular variance) for MC1R and SLC24A5 in order to better understand their diversity patterns, correlating them to natural selection events which may have shaped their evolutionary history, such as UV radiation intensity in different geographical regions. Some patterns were found between African, European and Asian groups, according to the evolutionary history already described for these groups. Nevertheless, a strong pattern of selective sweep was observed for SLC24A5 in our data, such as high linkage disequilibrium and low haplotype diversity. Analysis of SLC24A5 diversity associated to UV, however, did not show a clear correlation between the UV radiation intensity and haplotype diversity

Para conseguirem se alimentar com sucesso, os mosquitos hematófagos possuem componentes em sua saliva capazes de regular a hemostasia e modular a imunidade dos hospedeiros. Entretanto, a avaliação das atividades biológicas dessas moléculas no hospedeiro ainda carece de estudos mais aprofundados. No presente projeto, propomos caracterizar as atividades biológicas do produto do transcrito AET-7393, uma serpina presente nas glândulas salivares de fêmeas do mosquito Aedes aegypti. Nossos dados mostram que a serpina AET-7393 recombinante provoca um aumento no sangramento quando inoculada em camundongos, mas aparentemente esse efeito não está ligado à interferência com a cascata de coagulação. Mostramos ainda que a AET-7393 é capaz de inibir a proteinase 3 e aumentar a produção de IL-1b. Por fim, observamos a ausência de capacidade moduladora sobre a ativação de macrófagos ou sobre a inflamação, e que presença de anticorpos específicos contra a serpina no hospedeiro não interfere no ciclo de vida do mosquito. / In order to successfully feed, hematophagous mosquitoes possess salivary components capable of regulating hemostasis and modulate the host immunity. However, the evaluation of the biological activities of the salivary molecules in the host still needs further investigation. In this study, we intend to characterize the biological activities of the AET-7393, a serpin that is present in the saliva of the females Aedes aegypti mosquitoes. Our data show that the recombinant AET-7393 serpin increases bleeding when inoculated in mice, but apparently this effect is not due to its interference on the coagulation cascade. In addition, AET-7393 is able to inhibit proteinase 3 and enhance the production of IL-1b. Finally, we observed the absence of modulatory effect on macrophage activation or inflammation, and that the presence of host anti-AET-7393 antibodies does not interfere in the life cycle of the mosquitoes.

O presente estudo objetivou detectar a infecção por Leptospira spp. mediante ensaio sorológico, bacteriológico e molecular em 208 fêmeas bovinas do município de Novo Repartimento e em 58 fetos não abortados destas fêmeas. Em um matadouro municipal da região do Baixo Tocantins - PA foram colhidas amostras de soro sanguíneo, urina e fragmentos dos rins das fêmeas bovinas e amostras de líquidos cavitários, fragmentos dos órgãos e conteúdo gástrico dos fetos. Os testes empregados foram a soroaglutinação microscópica (SAM), o cultivo bacteriológico, a reação em cadeia pela polimerase (PCR) e o sequenciamento de DNA. A frequência de fêmeas bovinas reagentes foi de 65,86% (137/208), com títulos variando de 100 a 3.200, sendo L. interrogans sorovar Hardjoprajitnoe L. borgpetersenii sorovar Hardjobovis os mais prevalentes. Não houve o isolamento de leptospiras, mas o DNA da bactéria foi detectado em 5,76% (12/208) das amostras de rins e em 14,90% (31/208) das amostras de urina. O sequenciamento de DNA direto dos produtos da PCR foi possível em 30 amostras, distribuídas em quatro espécies diferentes: L. borgpetersenii a mais prevalente com 56,70% (17/30), seguida por L. kirschneri com 33,30% (10/30), L. interrogans com 6,70% (2/30) e L. santarosai com 3,30% (1/30). Tanto o genótipo Hardjoprajitno como Hardjobovis foram identificados. Em nenhum dos fetos foi detectado anticorpos anti-Leptospira spp. nos líquidos cavitários e nem o DNA da bactéria no pool de órgãos e conteúdo gástrico, mesmo que em alguns fetos foram observadas alterações patológicas macroscópicas sugestivas de leptospirose. Estes resultados inéditos revelam uma diversidade e peculiaridade para a leptospirose bovina em Novo Repartimento, principalmente pela baixa prevalência de L. santarosai e mais surpreendente, a presença de L. kirschneri, comumente não encontrada em bovinos, diferentemente do que ocorre em outras regiões do país. / The present study aimed to detect the infection by Leptospira spp. using serological, bacteriological and molecular assays in 208 bovine females of the municipality of Novo Repartimento and in 58 non-aborted fetuses of these females. At a municipal slaughterhouse in the Baixo Tocantins - PA region were collected samples of blood serum, urine and kidney fragments from bovine females and samples of cavity liquids, fragments of the organs and gastric content of the fetuses. The tests used were microscopic agglutination test (MAT), bacteriological culture, polymerase chain reaction (PCR) and DNA sequencing. The frequency of reactive bovine females was 65.86% (137/208), with titers varying from 100 to 3,200, with L. interrogans serovar Hardjoprajitno and L. borgpetersenii serovar Hardjobovis the most prevalents. There was no isolation of leptospires, but the DNA of the bacterium was detected in 5.76% (12/208) of the kidney samples and in 14.90% (31/208) of the urine samples. Direct DNA sequencing of PCR products was possible in 30 samples, distributed in four different species: L. borgpetersenii, the most prevalent with 56.70% (17/30), followed by L. kirschneri with 33.30% (10 / 30), L. interrogans with 6.70% (2/30) and L. santarosai with 3.30% (1/30). Both genotypes Hardjoprajitno and Hardjobovis were identified. In none of the fetuses was detected antibodies anti-Leptospira spp. in the samples of cavity liquids and neither the DNA of the bacterium in the pool of organs and gastric content, although in some fetuses macroscopic pathological changes suggestive of leptospirosis have been observed. These results reveal a diversity and peculiarity for the bovine leptospirosis in Novo Repartimento, mainly due to the low prevalence of L. santarosai and more surprising, the presence of L. kirschneri, not commonly found in cattle, differrently what happens in other regions of country.

Estudou-se Microsporum gypseum de diferentes fontes regiões geográficas do Brasil.Os fungos foram isolados do solo, de animais e obtidos em coleções de cultura. Em 692 amostras de solo e a taxa de recuperação foi de 19,2%. A atividade queratinolítica e elastinolítica foi avaliada quantitativamente em 138 amostras de M. gypseum. A biotipagem molecular foi realizado através da técnica de PCR-RFLP com a enzima MvaI. O seqüenciamento da região ITS1 do rDNA foi realizado em amostras representativas. M. gypseum de amostras clínicas e do solo mostraram diferenças quantitativas significantes na expressão das enzimas. A PCR-RFLP para a região ITS1 não mostrou diferença. Pelo seqüenciamento foram obtidas duas espécies sexuadas (A. gypseum e A. incurvatum). As atividades enzimáticas sugerem um importante papel na patogenicidade e uma provável adaptação desta espécie de fungo ao parasitismo animal. A análise dos resultados pode auxiliar a identificação e o conhecimento de mecanismos de virulência destes fungos. / Microsporum gypseum from different geographical sources and regions of Brazil were studied. The fungi were isolated from the soil, animals and obtained in collections of culture. In 692 samples of soil, the recovery rate was 19.2%. The keratinolytic and elastinolytic activities were quantitatively performed on 138 samples of M. gypseum. The molecular biotyping was carried out by the technique of PCR-RFLP with the enzyme MvaI. The sequencing of the region ITS1 rDNA was carried out on representative samples. Samples of M. gypseum from clinical isolates and from soil showed significant quantitative differences in the expression of enzymes. The PCR-RFLP for the ITS1 region showed no difference. For the sequencing was obtained two sexual species (A. gypseum and A. incurvatum). The enzyme activities suggest an important role in pathogenicity and a likely adjustment of this kind of parasitic fungus to feed. The results may help the identification and knowledge of mechanisms of virulence of these fungi.

Introdução: A Esclerose Múltipla (EM) é uma doença autoimune desmielinizante que afeta drasticamente a capacidade motora, cognitiva, e sensitiva dos pacientes. Acreditase que o Retrovírus Endógeno Humano da família W (HERV-W) possa ter um papel na patogênese da doença. Assim, o objetivo deste trabalho foi analisar o transcriptoma desses indivíduos, e analisar os loci do HERV-W diferencialmente ativos. Materiais e Métodos: PBMC e soro de pacientes com EM em surto (GS), em condições avançadas (GA) e indivíduos saudáveis (GC) foram coletadas. Amplicons de envelope de HERV-W foram sequenciados em Ion Torrent e o RNAm foi sequenciado na plataforma Illumina HiSeq2500. Além da análise do HERV-W, análises de interação gênica foram feitas e citocinas inflamatórias e quimiocinas foram testadas. Resultados: Foram analisados 23 indivíduos com EM (16 GS e 7 GA) e 36 do GC. Os pacientes com EM apresentam 3x mais expressão de HERV-W do que os indivíduos controle. O sequenciamento de amplicon revelou que os grupos com EM apresentavam mais loci ativos do que o GC. Apesar limitações decorrentes de variações entre corridas, o transcriptoma demonstrou que o HERV-K11 era diferencialmente expresso no GS, e no GA, 19 HERVs estavam diferencialmente expressos. Loci novos e já descritos como ativos em outros estudos foram encontrados no presente trabalho. O perfil de interação gênica do GS demonstrou um caráter inflamatório, confirmados pela dosagem de citocinas, onde IL-6, IL-1?, TNF-?, IFN-? estavam elevadas nos indivíduos do GS. Já os indivíduos do GA apresentavam um perfil não inflamatório com vias de reparo neuronal inativadas. Conclusões: Os pacientes com EM apresentam maior nível de expressão e maior diversidade de expressão de HERV-W do que o GC. Apesar os perfis semelhantes de expressão, há loci diferencialmente expressos dependente do grupo estudado. Os pacientes com EM apresentam perfis distintos de expressão gênica onde os indivíduos GS apresentam um perfil inflamatório e no GA, um perfil neurodegenerativo. / Introduction: Multiple Sclerosis (MS) is an autoimmune disease which drastically affects motor, cognitive and sensitive capability of the patients. It seems that Human Endogenous Retrovirus W family (HERV-W) may play a role in MS pathogenesis. Therefore, the aim of this study was to analyze the transcriptome of these individuals and to analyze the HERV-W loci differentially expressed. Materials and Methods: PBMC and serum samples were collected from MS patients in relapsing conditions (GS), MS patients in advanced conditions (GA) and healthy individuals (GC). HERV-W Env amplicon was sequenced in Ion Torrent and mRNA was sequenced in illumina HISeq2500 platform. Besides HERV-W analysis, genic pathways analysis was performed and inflammatory cytokines and chemokines were tested. Results: A total of 23 MS patients (16 from GS and 7 from GA) and 36 from GC were enrolled in the study. MS patients presented 3-fold higher expression than healthy individuals. Amplicon sequencing revealed that MS groups presented more active loci than GC. Despite the limitations due to variations between sequencing runs, the transcriptome revealed that HERV-K11 was differentially expressed in GS, and 19 HERVs were differentially expressed in GA. New HERV-W loci and other loci that were reported as active loci previously are described here. The genic pathway analysis revealed that individuals from GS presented an inflammatory profile, also confirmed by cytokines dosage, where IL-6, IL-1?, TNF-?, IFN-? were significantly higher in GS. In the other hand, individuals from GA presented a non inflammatory profile with neuronal repair pathways inactivated Conclusions: MS patients present higher level and diversity of HERV-W expression than GC. Regardless the similar profile of HERV-W expression in MS groups, there are differentially expressed HERV-W loci depending of each MS group. MS patients present distinct genic expression profile, where GS presented an inflammatory pathway with vascular permeability, whereas GA presented a neurodegenerative profile

Os solos da floresta tropical Amazônica supostamente abrigam elevada biodiversidade microbiana, visto que suportam, através da ciclagem da serapilheira, um dos ecossistemas mais exuberantes do planeta. Entretanto, as ações antrópicas de corte e queima, especialmente para o estabelecimento de pastagens, induz mudanças profundas nos ciclos biogeoquímicos, principalmente do nitrogênio. Essas mudanças se manifestam na predominância das formas do N mineral. No solo sob floresta os teores de NO3 - são semelhantes ou maiores que os de NH4 +, enquanto na pastagem praticamente não se encontra NO3 -. Pastagens mal manejadas, via de regra são abandonadas e revertem a uma vegetação secundária, ou &#34;capoeira&#34;. As mudanças no uso da terra podem direcionar a predominância de grupos específicos de microrganismos do solo, ou ainda induzir perdas significativas da diversidade como um todo. Para avaliar a extensão do impacto sobre a comunidade microbiana, foram examinadas amostras de solo da camada superficial (0-10 cm) de uma floresta, pastagem e capoeira da região sudoeste da Amazônia. O C e o N orgânico e microbiano, o N mineral nas formas amoniacal e nítrica, as taxas de mineralização e de nitrificação, a diversidade de Bacteria por PCR-DGGE e a diversidade de bactérias oxidadoras de amônio e de nitrito por sequenciamento da região ribossomal 16S foram avaliados, durante as estações chuvosa (fevereiro) e seca (setembro) de 2004. Os resultados indicaram que a área de pastagem bem manejada continha 30 a 42% mais C orgânico do que a capoeira e 47% a mais do que a floresta ao longo do ano. O mesmo padrão foi observado para o N orgânico. O C e o N da biomassa microbiana na pastagem foram 38 e 26%, respectivamente, maiores do que nas áreas de capoeira e floresta durante a estação chuvosa. Entretanto, a falta de umidade durante a estação seca afetou mais intensivamente a biomassa microbiana da pastagem. As relações Cmic:Corg e Nmic:Norg foram reduzidas acentuadamente neste período, indicando condições impróprias para a utilização do substrato. A concentração de nitrato foi maior no solo da floresta, enquanto o amônio foi a forma de N mineral predominante na pastagem e na capoeira. As maiores taxas líquidas de mineralização e de nitrificação foram obtidas nos solos de floresta durante a estação das chuvas, enquanto nos demais sistemas os valores foram negativos ou muito baixos. A abordagem molecular por PCR-DGGE demonstrou que a estrutura das comunidades de Bacteria é distinta nos diferentes sistemas de uso da terra. As causas para as variações estão possivelmente relacionadas ao efeito conjunto da cobertura vegetal e das características químicas do solo. A diversidade de bactérias nitrificadoras, avaliada pelo sequenciamento da região ribossomal 16S, foi maior no solo sob pastagem e capoeira do que sob floresta. As seqüências de AOB encontradas apresentaram maior similaridade com as espécies Nitrosospira sp., Nitrosospira multiformis, Nitrosospira briensis, Nitrosospira tenuis, Nitrosovibrio sp., Nitrosovibrio tenuis e Nitrosolobus multiformis. A diversidade das NOB apresentou a mesma tendência de aumento da diversidade após a mudança do uso da terra para pastagens. No solo sob floresta os clones encontrados estavam relacionados a uma única espécie de Nitrobacter sp., enquanto na pastagem os clones estavam associados às sequências de Nitrobacter sp., Nitrobacter winogradsky, Nitrobacter alkalicus, Nitrobacter hamburgensis e Nitrobacter vulgaris. Por sua vez, no solo sob capoeira foram encontradas somente as espécies Nitrobacter sp. e Nitrobacter hamburgensis. A elevação do pH e das concentrações de amônio no solo pode ter contribuído para a maior diversidade de bactérias nitrificadoras nos solos sob cobertura de gramíneas, em relação à floresta nativa. Entretanto a presença dessas bactérias não resultou em aumentos do teor de NO3 - no solo, devido à sua imediata imobilização pela biomassa microbiana. / Amazonian tropical forest soils are supposed to hold high microbial biodiversity, since they support by litter recycling one of the most luxuriant ecosystems. However, anthropogenic practices of slash and burn, mainly for pasture establishment, induce deep changes in the biogeochemical cycles, mainly of nitrogen. Such changes become noticeable by the predominance of distinct forms of mineral N. While in forest soils NO3 - content is higher or equal to NH4 +, in pasture soils NO3 - is hardly found. Degraded pastures are usually abandoned and turn to a secondary vegetation or &#34;capoeira&#34;. These land-use changes may direct the predominance of specific groups of soil microorganisms, or yet induce significant losses of microbial diversity. To evaluate the extent of microbial community disturbance we analyzed samples from the upper 0-10 cm soil layer from a forest, an effectively grazed pasture and a fallow site, located in the southwest Amazonian Region. Total organic and microbial C and N, mineral N, net mineralization and nitrification rates, as well as Bacteria diversity by PCR-DGGE and AOB, NOB diversity by sequencing the 16S ribossomal region were measured twice, during the rainy (February) and dry (September) seasons 2004. Results showed that this well managed pasture site contained 30 to 42% more organic C than the capoeira and 47% more than the forest site over the year. The same pattern was observed for total N. Microbial biomass C and N in pasture soil were about 38 and 26%, respectively, higher than in fallow and forest sites during the rainy season. However, the shortage of humidity during the dry season affected the pasture microbial biomass more intensively. Corg:Cmicr and Norg:Nmicr ratios were also sharply reduced in this period, indicating improper conditions for substrate utilization. Nitrate concentration was highest in forest soil, while ammonium was the predominant form of mineral N in the pasture and capoeira sites. The highest mineralization and nitrification rates were determined in the forest soils during the wet season, while the other systems showed negative or very low values. The molecular approach by PCR-DGGE revealed that the structure of microbial communities of Bacteria Domain was different among the types of land use. The main reason for these variations is possibly related to the associated effect of land cover and chemical soil characteristics. The diversity of nitrifying bacteria, evaluated by ribosomal 16S region sequencing, was greater in the pasture and capoeira than in the forest soil. AOB 16S rDNA sequences showed more similarity to Nitrosospira sp., Nitrosospira multiformis, Nitrosospira briensis, Nitrosospira tenuis, Nitrosovibrio sp., Nitrosovibrio tenuis and Nitrosolobus multiformis species. The diversity of NOB group followed the same pattern of greater diversity after land use change to pastures. Clone sequences found in forest soil were closely related only to Nitrobacter sp., while pasture soil had clone sequences similar to Nitrobacter sp., Nitrobacter winogradsky, Nitrobacter alkalicus, Nitrobacter hamburgensis and Nitrobacter vulgaris. NOB diversity in capoeira soil was lower. Only Nitrobacter sp. and Nitrobacter hamburgensis were present. Higher pH and NH4 + concentrations may have contributed to greater diversity of nitrifying bacteria in the soils under grass cover compared to the forest site. However, the presence of these bacteria did not raise the soil NO3 - contents, due to its fast immobilization by microbial biomass.