Objetivou-se com este trabalho avaliar o potencial agrícola do lodo de esgoto produzido no estado de São Paulo, bem como, verificar a possibilidade de interação entre a composição química e a abundância relativa de bactérias no lodo. Foram realizadas coletas de amostra de lodo de esgoto em 19 estações de tratamento de esgoto, em três épocas distintas. Nas amostras provenientes das três épocas foram determinados as concentrações dos 16 hidrocarbonetos policíclicos aromáticos (HPAs) listados como prioritários no monitoramento ambiental pela USEPA (acenafteno, acenaftileno, antraceno, benzo(a)antraceno, benzo(a)pireno, benzo(b)fluoranteno, benzo(ghi)perileno, benzo(k)fluoranteno, criseno, dibenzo(a,h)antraceno, fenantreno, fluoranteno, fluoreno, indeno(1,2,3-cd)pireno, naftaleno e pireno). Nas amostras da segunda época de coleta, além da presença de HPAs, determinou-se as concentrações de poluentes orgânicos emergentes (hormônios, produtos farmacêuticos e produtos de uso industrial), realizou-se a caracterização completa segundo a Resolução CONAMA 375/2006 (umidade, pH, N-Kjeldahl e inorgânico, carbono orgânico, cálcio, potássio, fósforo, magnésio, enxofre, boro, cobre, ferro, níquel, manganês, molibdênio, selênio, zinco, alumínio, arsênio, bário, cádmio, cromo, chumbo, mercúrio e sódio) e a caracterização da comunidade bacteriana através de metodologia independente de cultivo (sequenciamento illumina). Os macronutrientes em maiores concentrações no lodo de esgoto são: N > Ca > S > P > Mg > K. Os elementos inorgânicos Ni e Zn apresentaram concentração superior à máxima permitida para utilização agrícola pela resolução Conama 375/2006 em 1 e 3 amostras, respectivamente. A substância inorgânica que mais limita o enquadramento do lodo de esgoto como adubo orgânico (Instrução Normativa 27/2006) é o Hg. Os compostos benzilparabeno, bisfenol AF (BPAF), ácido perfluorooctanoico (PFOA) e tetrabromobisfenol A (TBBPA) não foram detectados. Por outro lado, cimetidina, metilparabeno, bisfenol A (BPA) e triclocarban foram detectados nas 19 amostras avaliadas. O composto presente em maior concentração é o triclocarban. As concentrações de hidrocarbonetos policíclicos aromáticos são baixas, de acordo com a norma Europeia. Os filos Proteobacteria e Bacteroidetes estão presentes em maior abundância relativa. Existe uma comunidade bacteriana núcleo nas estações de tratamento de esgoto do estado de São Paulo, composta por 81 gêneros, presentes nas 19 ETEs avaliadas, dos quais, os que estão em maior abundância relativa são Treponema, Clostridium, Propionibacterium, Syntrophus e Desulfobulbus. A elevação do pH a valores próximos de 12 reduz a diversidade microbiana. Considerando a abundância relativa e a composição química do lodo de esgoto, as estações podem ser agrupadas em três grupos distintos, sendo que um deles é influenciado principalmente pelos teores de Ca, Zn e Cu, o outro pelos teores de Fe e S e o terceiro grupo que foi influenciado pelos demais fatores avaliados. / The aim of this work was to evaluate the agricultural potential of sewage sludge produced in the São Paulo state - Brazil, as well as to verify the possibility of interaction between the chemical composition and sewage sludge bacterial abundance. Samples were collected from 19 wastewater treatment plants in three different periods. On the samples from the three times were determined the presence and concentrations of 16 polycyclic aromatic hydrocarbons (HPAs) that are listed as priorities in environmental monitoring by the USEPA (acenaphthene, acenaphthylene, anthracene, benzo (a) anthracene, benzo (a) pyrene, benzo (b) fluoranthene, benzo (ghi) perylene, benzo (k) fluoranthene, chrysene, dibenz (a, h) anthracene, phenanthrene, fluoranthene, fluorene, indeno (1,2,3-cd) pyrene, naphthalene and pyrene). On the samples of the second collect time, besides HPAs, were determined the concentrations of emerging organic pollutants (hormones, pharmaceuticals and industrial products). It was performed the complete characterization according to CONAMA 375/2006 (moisture, pH, Kjeldahl and inorganic Nitrogen, organic carbon, calcium, potassium, phosphorus, magnesium, sulfur, boron, copper, iron, nickel, manganese, molybdenum, selenium, zinc, aluminum, arsenic, barium, cadmium, chromium, lead, mercury and sodium); and characterization of bacterial communities through cultivation-independent methods (Illumina sequencing). Macronutrients in higher concentrations in sewage sludge are: N > Ca > S > P > Mg > K. The inorganic elements Ni and Zn showed up in higher concentration than the maximum allowable for agricultural use by CONAMA Resolution 375/2006, at 1 and 3 samples, respectively. The inorganic element that most limits sewage sludge usage as organic fertilizer (MAPA, 2006) is the Hg. The compounds benzylparaben, bisphenol AF (BPAF), perfluorooctanoic acid (PFOA) and tetrabromobisphenol A (TBBPA) were not detected. On the other hand, methylparaben, cimetidine, bisphenol A (BPA) and triclocarban were detected in all 19 samples. The compound present in highest concentration is triclocarban. The concentrations of polycyclic aromatic hydrocarbons are low, according to the European standard. Proteobacteria and Bacteroidetes phyla are present in greatest relative abundance. There is a bacterial core in the sewage sludge treatment plants of the São Paulo State, comprising 81 genera present in all WWTPs evaluated. Those who are at a higher relative abundance are Treponema, Clostridium, Propionibacterium, Syntrophus and Desulfobulbus. The elevation of pH to values close to 12 reduces the microbial diversity. Considering the relative abundance and chemical composition of sewage sludge, the stations can be grouped into three distinct groups, one of which is influenced mainly by Ca, Zn and Cu, the other by Fe and S and the third group that was influenced by the others evaluated factors.

A cardiomiopatia hipertrófica (CMH) é a principal cardiopatia dos felinos, caracterizada por hipertrofia ventricular esquerda, sem dilatação. A prevalência em humanos é de um a cada 500 indivíduos e, em pelo menos 60% dos casos, a doença é de origem familial. Há mais de 1400 mutações em mais de 11 genes que codificam proteínas do sarcômero relacionadas à CMH. Em algumas famílias de gatos, a CMH é transmitida de forma autossômica dominante sendo muito similar à humana. No Maine Coon, redução na miomesina e mutação no gene que codifica a proteína C miosina ligante (MYBPC3) são alterações encontradas nos acometidos pela CMH. No Ragdoll, a CMH está relacionada com mutação no mesmo gene, porém em um códon diferente e altamente conservado na espécie. Em outras raças como Persa, British Shorthair, Norwegian Forest também há evidências da CMH familial, porém não há comprovação do tipo de herança envolvida. No presente estudo, uma população de 100 gatos da raça Persa foi avaliada por meio de exames ecocardiográfico, eletrocardiográfico, laboratoriais, mesuração da pressão arterial e pesquisa da mutação relacionada à doença renal policística (PKD), prevalente em gatis de Persas. Os animais foram classificados quanto à presença ou não da CMH e, após seleção dos grupos experimentais (20 gatos sem CMH e 22 gatos com CMH), amostras de sangue foram submetidas à extração do DNA, genotipagem pela técnica de PCR e sequenciamento dos genes da alfa-actina cardíaca (exon 5 do gene ACTC1) e da proteína C miosina ligante (exon 27 do gene MYBPC3), com posterior correlação das mutações com a presença da afecção. À avaliação da população total, a CMH foi mais prevalente em gatos machos e de maior faixa etária; ocorreu em 22 animais; e a forma assimétrica com hipertrofia miocárdica em região septal basal foi a mais comum na raça. A presença de mutação relacionda à PKD foi mais comum nos gatos com hipertrofia ventricular, apesar dos mesmos apresentarem pressão arterial e função renal normais. Foi identificado um polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) na posição 890 do exon 5 do gene ACTC1 e três SNP no intron 5-6 do mesmo gene. Nenhum polimorfismo, adição ou deleção foi observado em outras regiões do gene ACTC1 ou no gene MYBPC3. Apesar dos SNP observados no estudo, os mesmos não se enquadram nos critérios de mutação causal da CMH porque não provocam mudança em aminoácidos e não ocorreram exclusivamente em animais com CMH. Desta forma, a mutação causal da CMH em gatos da raça Persa não foi elucidada e mutações nestes dois exons de genes cardíacos não parecem ser a causa da cardiomiopatia na referida raça. Avaliações de genes cardíacos adicionais são necessárias para a identificação da causa molecular desta cardiopatia no Persa. Em relação aos resultados encontrados nos gatos PKD positivos, há necessidade de mais estudos para avaliar a relação causal (PKD e hipertrofia) ou associação genética entre ambas. Faz-se necessária a avaliação cardiológica de gatos PKD positivos, bem como é necessário incluir a PDK como diagnóstico diferencial da CMH no Persa. / Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is the most important feline heart disease and it is characterized by ventricular hypertrophy in absence of dilated left ventricle. In humans, the prevalence is 1 to 500 individuals and the familial HCM occurs in at least 60% of cases. There are more than 1400 mutations in more than 11 sarcomeres genes related to HCM. In some families of cats, HCM is an autosomal dominant genetic disease very similar to the human HCM. Reduction in miomesine and a mutation in myosin binding protein C gene (MYBPC3) are observed in Maine Coon cats with HCM. In Ragdoll cats, HCM is associated with a mutation in the same gene, but in a different codon highly conserved in feline species. In other breeds such as Persian, British Shorthair and Norwegian Forest there is also evidence of familial HCM, but the type of genetic inheritance is unknown. In this study, a population of 100 Persian cats was assessed by: echocardiography, electrocardiography, laboratorial tests, blood pressure determination and genetic test for the presence of the polycystic kidney disease (PKD) mutation, common in Persians. The animals were classified according to the presence or not of HCM. Blood samples from experimental groups (20 cats without HCM and 22 cats with HCM) were subjected to DNA extraction, genotyping by PCR and sequencing of cardiac alpha-actin gene (exon 5 of ACTC1) and myosin binding protein C gene (exon 27 of MYBPC3) with subsequent correlation with the presence of mutations and HCM. In the evaluated population, HCM was more prevalent in older and male cats; it occurred in 22 animals; and the asymmetric hypertrophy at basal region of septum was the most common. The PKD mutation was more common in cats with left ventricular hypertrophy, despite they presenting normal blood pressure and renal function. One single nucleotide polymorphism (SNP) at position 890 of exon 5 of the gene ACTC1 and three SNP in intron 5-6 of the same gene were identified. No polymorphism, addition or deletion was observed in other regions of the gene ACTC1 or MYBPC3 gene. Despite the SNP observed in the study, they do not fit the criteria of HCM causal mutation because they do not cause changes in amino acids and do not occurred exclusively in animals with HCM. Thus, a causal mutation of HCM in Persians cat has not been elucidated and mutations in these two exons of cardiac genes do not seem to be the cause of HCM in this breed. Additional screening of cardiac genes is necessary to identify the molecular cause of this feline disease in Persian cats. Regarding the results founded in PKD positive cats, it is important for further studies to evaluate the genetic association or causal relationship (PKD and hypertrophy). The cardiologic evaluation of PKD positive cats is necessary, and the PDK must be included as a differential diagnosis of HCM in Persian.

Os fungos micorrízicos arbusculares (FMAs, filo Glomeromycota) formam associações simbióticas com a maioria das plantas vasculares. Normalmente, as hifas dos FMAs crescem no solo e colonizam o interior das raízes. No entanto, não se sabe se as espécies mais abundantes detectadas no solo, por meio da identificação com base na morfologia dos esporos assexuais, são também as mais abundantes no interior das raízes, devido às dificuldades para a identificação dos FMAs com base nas estruturas intrarradiculares. Assim, o objetivo do presente trabalho foi avaliar a estrutura da comunidade de FMAs em cana-de-açúcar sob dois manejos de colheita por meio da identificação das espécies que estão no solo na forma de esporos assexuais e aquelas que estão nas raízes usando o sequenciamento de clones do gene rRNA 18S. Amostras de solo e raízes de cana-de-açúcar de três variedades e dois manejos de colheita: SEM QUEIMA prévia e COM QUEIMA prévia à colheita, foram coletadas em um experimento localizado no município de Novo Horizonte, SP. Foram utilizadas três abordagens para a identificação dos FMAs no interior das raízes: emprego de (1) iniciador específico para fungos em geral, (2) iniciador específico para FMAs e (3) iniciadores específicos para grupos de FMAs. O número de esporos por 50 g de solo, a riqueza de espécies observada e estimada e a diversidade de esporos não diferiram significativamente entre os manejos SEM QUEIMA e COM QUEIMA. Efeitos significativos de variedades de cana-de-açúcar ou na interação dos fatores manejo e variedade não foram observados. A análise de ordenação com base nos esporos identificados também não indicou separação das amostras em função dos tratamentos. Entretanto, plantas do tratamento sob manejo SEM QUEIMA apresentaram as maiores taxas de colonização micorrízica arbuscular, quando comparadas às plantas do tratamento sob manejo COM QUEIMA. Esses dados indicam que a taxa de colonização micorrízica arbuscular é um indicador mais sensível à mudança de manejo de colheita da cana-de-açúcar do que os outros indicadores avaliados. Após a extração de DNA das raízes, o uso dos iniciadores específicos para fungos em geral, para FMAs e iniciadores específicos para grupo de FMAs não resultou em sequências de Glomeromycota. Mesmo assim, a comunidade de fungos associados às raízes detectada por sequenciamento do gene rRNA 18S foi avaliada. Os resultados indicam que a estrutra da comunidade fúngica associada às raízes de cana-de-açúcar diferiu significativamente entre os manejos de colheita SEM QUEIMA e COM QUEIMA prévia, apesar de não haver diferenças na riqueza e índices de diversidade de unidades taxonômicas operacionais observadas. Em geral, estudos adicionais devem ser feitos para otimizar as condições para amplificação do gene rRNA 18S de FMAs para melhor entender a ecologia dos mesmos. / Arbuscular mycorrhizal fungi (AMF, Glomeromycota) form mutualistic symbioses with most land plants. AMF hypha generally grow through the soil and colonize the cortical tissue of the plant roots. However, it is not known whether the most abundant species in the soil, determined based on the morphology of asexual spores are the most abundant inside the roots, due the difficulties in identifying AMF based on intraradical structures. Therefore, the aim of this study was to evaluate the AMF community structure in sugarcane rhizosphere and roots under two harvesting managements, based on spores in the soil and sequencing of 18S rRNA gene clones, respectively. Sugarcane rhizosphere soil and roots were sampled from three varieties, under two harvesting managements: without pre-harvesting burning and with pre-harvesting burning, at an experimental field located in Novo Horizonte (São Paulo, Brazil). Three approaches were used to identify AMF inside the roots: (1) using fungi-specific primers, (2) using AMF-specific primers and (3) using AMF group-specific primers. The number of spores in the soil, the observed and estimated species richness and the diversity of AMF spores in the treatments without and with pre-harvesting burning were not statistically different. Statistically significant effects of sugarcane varieties or the interaction of the factors Harvesting Management and Varieties were not observed. Ordination analysis based on the identified spores did not show clustering by treatments. However, intraradical root colonization rates were higher in the treatment without pre-harvesting burning, as compared to the treatment with pre-harvesting burning. These data indicate that intraradical colonization rate may be used as a more sensitive indicator of environmental changes due to harvesting management, as compared to the other indicators evaluated. The use of fungi-specific, AMF-specific and AMF group-specific primers did not allow the detection of Glomeromycota in the sugarcane roots sampled from the field experiment. Nonetheless, the fungal communities associated with sugarcane roots detected by 18S rRNA gene clone sequencing were evaluated. The results indicate that the fungal communities associated with sugarcane roots from the treatments without and with pre-harvesting burning were statistically different, even though no differences in operational taxonomic unit richness and diversity indices were observed. In general, additional studies are necessary to optimize AMF 18S rRNA gene amplification for a better understanding of their ecology.

A avicultura brasileira tem alcançado altos índices de desempenho na produção de carne e ovos, como resultado da atualização constante de tecnologias no setor. A biotecnologia vem contribuindo nesse sentido, atuando especialmente em programas de seleção de animais com maior potencial de desenvolvimento e crescimento. Como toda a fisiologia animal é controlada direta e/ou indiretamente pela hipófise e hipotálamo, este trabalho propôs identificar e analisar genes expressos nestas estruturas de galinhas de duas linhagens divergentes quanto ao potencial de crescimento e avaliar a expressão dos genes correspondentes a transcritos cuja identidade não pôde ser revelada (sem similar nos bacos de dados), uma vez que estes podem representar possíveis genes novos. Para isto, foram construídas e analisadas bibliotecas a partir da hipófise e hipotálamo de aves de 21 dias de idade de uma linha macho de corte (TT) e uma linhagem de postura (CC), provenientes da Embrapa Suínos e Aves. Um total de 4.286 ESTs válidas foi obtido (no mínimo150 pb com qualidade PHRED acima de 20), correspondendo a 2.133 ESTs da biblioteca da linhagem TT e 2.153 ESTs da biblioteca da linhagem CC. O exercício de montagem, via programa Cap3, revelou 3.074 seqüências únicas, sendo 1.643 da biblioteca da linhagem TT e 1.649 da CC. Estas seqüências únicas foram automaticamente classificadas, de acordo com as categorias do GeneOntology, sendo que as seqüências de ambas as bibliotecas apresentaram uma distribuição similar entre os termos. Após montagem das ESTs e análise do padrão de expressão digital das seqüências constituintes, dos 389 contigs obtidos, 194 foram compostos por seqüências diferencialmente expressas entre as bibliotecas. Foram detectados 28 contigs contendo SNPs linhagem específicos, sendo 52 SNPs TT específicos e 25 CC específicos. Um total de 146 ESTs não pôde ter sua identidade revelada, porém destas, 133 puderam ser localizadas no genoma da galinha e apresentaram pelo menos uma fase de leitura aberta (ORF). Após análise de expressão gênica, os genes correspondentes a 78 destas ESTs sem identidade apresentaram-se diferencialmente expressos entre pelo menos dois dos tecidos de aves de uma linhagem comercial de corte de 21 dias de idade estudados: hipófise, hipotálamo, cérebro, fígado e músculo. Os resultados apresentados são promissores e merecem ser investigados em estudos futuros com o objetivo de identificar marcadores moleculares para programas de seleção e melhoramento animal. / The brazilian aviculture has reached a high development level in both meat and egg production as a result of constant technological atualization in the sector. Biotechnology can contribute in this way acting in selection programs of animals that show higher growth and development potential. The global animal physiology is direct or indirectly controlled by pituitary and hypothalamus. The aim of this work was to identify and analyse genes expressed in these structures of two divergent line chickens according to growth potential and evaluate the gene expression of corresponding transcripts classified as "no hit", once these ESTs could represent new genes. In this way, two pituitary and hypothalamus libraries of 21 days broiler (TT) and a layer (CC) chickens supplied by Embrapa Swine and Poultry National Research Center were constructed and analysed. A total of 4,286 valid ESTs was obtained (showing at least 150 bp with PHRED quality above 20) corresponding to 2,133 ESTs of TT line library and 2,153 ESTs of CC line library. The clustering process by Cap3 resulted in 3,074 unique sequences corresponding to 1,643 TT library sequences and 1,649 of CC sequences. These unique sequences were automatically annotated according GeneOntology categories and both library sequences showed a similar distribution between the terms. After ESTs clustering and northern digital analysis, 389 contigs were obtained – 194 of them showed differentially expressed sequences between the libraries. A total of 28 contigs showed line specific SNPs, corresponding to 52 TT specific SNPs and 25 CC specific SNPs. 146 ESTs were classified as "no hit" but 133 of these sequences were localized in chicken genome and showed open reading frame (ORF). After gene expression analysis, the genes of 78 "no hit" ESTs showed different expression level between the five tissues of commercial broilers with 21 days old: pituitary, hypothalamus, brain, liver and muscle. These results are promising and must be more investigated in future studies to identify molecular markers for use in animal selection and improvement programs.

Submitted by Leticia Alvarenga (leticiaalvarenga@fdv.br) on 2018-08-28T13:15:25Z No. of bitstreams: 1 BRUNO BUBACK TEIXEIRA.pdf: 1310000 bytes, checksum: 6cb8ccf7f24777fad17556ff274c2e7e (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Galdino (repositorio@fdv.br) on 2018-08-29T14:16:49Z (GMT) No. of bitstreams: 1 BRUNO BUBACK TEIXEIRA.pdf: 1310000 bytes, checksum: 6cb8ccf7f24777fad17556ff274c2e7e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-29T14:16:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 BRUNO BUBACK TEIXEIRA.pdf: 1310000 bytes, checksum: 6cb8ccf7f24777fad17556ff274c2e7e (MD5) Previous issue date: 2011-01-14 / Atualmente, a declaração e garantia dos direitos fundamentais é requisito para formulação de um Estado Constitucional de Direito. A Jurisdição, como função do Estado e garantia dos cidadãos, possibilita a realização dos direitos fundamentais nas situações em que foram violados e a promoção naquelas em que nunca foram antes alcançados. Na prestação da atividade jurisdicional, por meio do processo judicial de solução de conflitos, o fator tempo é determinante para a efetiva garantia dos direitos fundamentais. Nesse contexto, nasce a garantia fundamental à razoável duração do processo, que, além de atender às exigências do tempo, deve proteger os outros direitos fundamentais. O direito à igualdade, em especial, é inerente à própria determinação de um prazo razoável, tendo em vista que os jurisdicionados em situações iguais fazem jus ao mesmo critério de razoabilidade quanto à duração do processo, evitando-se preferências ou dilações indevidas. Assim, a ordem de escolha dos processos que aguardam a prática do mesmo ato considerará o tempo do processo como fator determinante para celeridade ou retardamento na realização do ato, em prol da razoável duração do processo, privilegiando uns em detrimento de outros, ponderando o direito fundamental à igualdade. Desta forma, o problema consiste na seguinte pergunta: Qual impacto da ordem de processos na realização dos atos processuais sobre o direito fundamental à igualdade? Foram traçados como objetivos: determinar o sentido do direito fundamental à igualdade; identificar a relação da isonomia com o fator tempo e com a garantia da razoável duração do processo; determinar o sentido da garantia da razoável duração do processo; e, por fim, estabelecer uma maneira de ordenar os processos para a prática dos atos judiciais que considere o direito fundamental à igualdade, sem desamparo da razoável duração do processo. Quanto aos primeiros objetivos, o método foi o dedutivo e a pesquisa bibliográfica buscou desenvolver teoricamente o direito à igualdade e à garantia da razoável duração do processo. Relativamente ao último objetivo, para encontrar uma maneira de ordenação de processos que envolva a igualdade e a razoável duração, foi utilizada uma pesquisa transdisciplinar, a fim de estudar as regras de seqüenciamento, da disciplina Planejamento e Controle da Produção, do curso de Engenharia da Produção das ciências exatas, que, em síntese, correlaciona diversos fatores (como prioridades, data de entrega, tempo de processamento, limitações, dentre outros) para alcançar determinados objetivos, especificando uma seqüência adequada. Desta forma, percebeu-se que a ordem de escolha dos processos para a prática dos atos processuais, caso não seja racionalmente pensada, poderá violar a igualdade em sentido formal ou material. Além disso, na formulação de uma ordem de processos, não é possível pensar exclusivamente no direito fundamental à igualdade, sob pena de risco de dano à garantia da razoável duração do processo. Como conclusão da pesquisa, procurou-se formar uma maneira de pensar uma ordenação de processos baseada no direito fundamental à igualdade, em primeiro lugar, e, em seguida, na garantia da razoável duração do processo. / Actually, the declaration and guarantee of fundamentals rights are requirements to formulation of the Constitutional State of Law. The Jurisdiction, as a function of the State and the citizens guarantees, provides accomplish of the fundamentals rights in the situations where the rights were violated and the promotion those it never were achieved before. The time factor is determinant to effective guarantee of fundamentals rights accomplishing of jurisdictional activities through judicial process of conflict resolution. In this context, it‟s originated the fundamentals guarantees of the reasonable process duration. It should attend time requirements beyond protect others fundamentals rights. Specially, the equality right is inherent to own determination of a reasonable duration considering that the citizens in equals situations have rights in the same criterion of reasonable as to process duration avoiding preferences or undue delay. Therefore, the process choice order waiting practice of the same act will consider the process time as a determinant factor to celerity or retardation of the act achieving, in favor of reasonable process duration, privileging same over others and pondering the fundamental rights to equality. Of this way, the problem consists to answer this question: What the impact of process order achieving the procedural acts on fundamental right to equality? The established goals are: to determine the sense of fundamental right to equality; to identify the relationship among isonomy, time factor and reasonable process duration guarantee; to determine the sense of reasonable process duration guarantee; and, finally, to establish a way of sort the process to practice of the judicial acts considering the fundamentals rights to equality without abandonment of reasonable process duration. Regarding the first goals, the method was the deductive and the bibliography research sought develop theoretically the rights to equality and to guarantee of reasonable process duration. For the final goal was used a transdisciplinary research to discover a way of process ordering involving the equality and the reasonable duration of process to study the sequence rules in the discipline of Planning and Control of Production in the Production Engineering Course of Exact Science. In summary, its correlates several factors (like priorities, due date, process time, restrictions, and else) to obtain certain goals specifying the appropriate sequence. Thus, perceives that the choice order of process to practice the procedurals acts may violate the equality in formal or material sense. Also, it‟s not possible to think only in the fundamental right to equality in the formulation of the process order at the risk of harm in the guarantee of reasonable process duration. In conclusion of this research, tried to educate a way to think a process ordering first based on the fundamental rights to equality and, then, based on in the guarantee of reasonable process duration.

Orientador: Rinaldo Poncio Mendes / Resumo: Introdução. A correlação entre gravidade da paracoccidioidomicose e patogenicidade e imunogenicidade dos fungos causadores tem sido pouco investigada e foi o objetivo deste estudo. Metodologia. As cincos cepas Pb192, Pb234, Pb326, Pb417 e Pb531 foram identificadas pelo seqüenciamento da região Exon 2 da gp43. A patogenicidade foi determinada pelo cálculo da dose letal 50% (DL50%) e pela contagem do número de unidades formadoras de colônias, realizada na sexta semana pós-infecção de camundongos BALB/c. A imunogenicidade foi determinada pela avaliação da resposta imune humoral específica, utilizando-se a reação de imunodifusão dupla em gel de ágar e da imunidade celular, determinada pela concentração das citocinas interleucina -2, interleucina-10, interferon-γ, fator de necrose tumoral – α e do fator de crescimento do endotélio vascular, em tecido pulmonar. Quatro amostras clínicas foram recém-isoladas de pacientes com paracoccidioidomicose, provenientes da Região de Botucatu - os isolados Pb234 e Pb417, de pacientes com a forma crônica moderada; o Pb326 de um caso com a forma aguda grave; e o Pb531, de um caso com a forma crônica grave. As demais cepas Pb192, Pb01 e 8334 foram cedidas pelo laboratório de Moléstias infecciosas. Resultados. As cepas Pb417 e Pb326 agruparam-se às cepas identificadas como P. brasiliensis S1a, a Pb531 às P. brasiliensis S1b e as cepas Pb234 e Pb192 às cepas depositadas como P. restrepiensis (PS3). Os resultados demonstraram correlação direta entre ... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Introduction. The investigation of paracoccidioidomycosis and pathogenicity and immunogenicity of the provoking fungi has been little investigated and was the objective of this study. Methodology. As strains, Pb192, Pb234, Pb326, Pb417 and Pb531 were included by sequencing the Exon 2 region of gp43. The pathogenicity was determined by calculating the 50% lethal dose (LD50%) and by counting the number of colony forming units performed in the sixth week post-infection of BALB / c mice. Immunogenicity was determined by the humoral immune response, using the agar gel immunodiffusion reaction and the cellular immunity, determined the concentration of cytokines interleukin-2, interleukin-10, interferonγ, tumor necrosis factor - and factor of vascular endothelial growth in lung tissue. Surgical has been associated with patients with paracoccidioidomycosis, derived from the Botucatu - the Pb234 and Pb417; the Pb326 of a case with a severe severe form; and Pb531, of a case with severe chronic form. The other strains Pb192, Pb01 and 8334 were transferred by the laboratory of Infectious Diseases. Results. Pb417 and Pb326 strains were grouped into the associated strains P. brasiliensis S1a, Pb531 to P. brasiliensis S1b and strains Pb234 and Pb192 to strains deposited as P. restrepiensis (PS3). The results demonstrate the pathogenicity of disease error and severity. The small LD 50 values were measured in the following cases: severe disease, Pb531 and Pb326. Pb531 strain was considered to... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) é um gênero endêmico da América do Sul, constituído por nove espécies. O objetivo do trabalho foi a reconstrução da filogenia do gênero, por meio de evidências químicas e moleculares. Foram avaliados nove terminais, sete dos quais são espécies correntemente reconhecidas, um é uma espécie que entrou em sinonímia (C. triphylla = C. axillaris) e outro é um suposto híbrido. Como grupos externos, foram utilizadas as espécies Peixotoa reticulata e Janusia guaranitica. Foram analisados os n-alcanos das ceras epicuticulares e os flavonóides de todas as espécies. Os n-alcanos principais foram C29, C31 e C33, todos da série normal. Como flavonóides característicos de Camarea, foram identificados glicosídeos de apigenina, luteolina, crisoeriol, campferol e quercetina. A análise de agrupamentos baseada na distribuição de alcanos, usando UPGMA e distâncias euclideanas, resultou em dois grupos principais, um com C29 como homólogo principal, constituído por C. hirsuta, C. affinis x C. hirsuta, C. affinis e C. ericoides. O outro grupo caracteriza-se por homólogos principais C31 ou C33, e é formado por C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris e C. triphylla (= C. axillaris). Esses dois principais agrupamentos contêm grupos internos menores. Uma análise de UPGMA usando coeficiente de DICE e baseada na distribuição de agliconas de flavonóides forneceu um dendrograma com alguns agrupamentos coerentes com as afinidades reveladas pela distribuição de alcanos, como as associações: 1) C. hirsuta, C. affinis e C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata e C. axillaris; 3) C. sericea e C. humifusa. Uma inferência filogenética molecular foi obtida com seqüências de duas regiões do cloroplasto (trnL-F e rps16) e uma nuclear (ITS). Dentre as análises com um só marcador, resultados mais consistentes foram conseguidos com ITS, que forneceu 49 caracteres filogeneticamente informativos, enquanto trnL-F e rps16 forneceram 10 e 18 caracteres informativos, respectivamente. A análise de consenso estrito de quatro árvores mais parcimoniosas de uma análise combinando-se as três seqüências resultou em um cladograma em que Camarea é um grupo monofilético, com \"bootstrap\" (BS) 100, várias politomias e clados com baixa consistência. Foi realizada análise por AFLP utilizando quatro combinações de iniciadores seletivos, obtendo-se 217 fragmentos polimórficos. Uma análise combinando as evidências moleculares resultantes de seqüências de DNA e marcadores AFLP forneceu uma única árvore mais parcimoniosa com uma politomia agrupando C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta, mas boa resolução e elevada sustentação em outros clados. A combinação de todas as evidências moleculares e químicas (estas compreendendo três caracteres derivados da análise de alcanos e cinco de flavonóides) resultou numa única árvore mais parcimoniosa completamente resolvida. Os resultados apóiam a fusão de C. triphylla em sinonímia com C. axillaris e indicam forte associação entre: 1) C. humifusa e C. sericea (BS 94); 2) C. affinis, C. affinis x hirsuta, C. hirsuta e C. ericoides (BS 83); 3) C. axillaris e C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta e C. affinis x C. hirsuta compartilham a presença crisoeriol. C. affinis e C. affinis x C. hirsuta, compartilham também luteolina e formam um clado com BS 70. O presente trabalho demonstra a utilidade de caracteres químicos para melhorar a resolução de filogenias e elevar a sustentação de clados. / Camarea St.-Hil. (Malpighiaceae) is a genus with eight species endemic in South America. The purpose of the present work was the attainment of a phylogenetic inference of the genus by means of chemical and molecular evidences. Nine accessions were analyzed: seven correspond to currently recognized species; one is a species sunk into synonymy (C. triphylla = C. axillaris); and a last one is a hypothesized hybrid. Peixotoa reticulata and Janusia guaranitica were used as out-groups. n-Alkanes from epicuticular waxes and flavonoids were analyzed from all species. The main alkanes of all distributions were either C29 or C31 or C33, all from the normal series. The characteristic flavonoids of Camarea were shown to be apigenin, luteolin, chrysoeriol, kaempferol and quercetin. A cluster analysis based on the alkane distribution using UPGMA and Euclidean distances provided two main clusters. One cluster is characterized by C29 as main homologue and is formed by C. hirsuta, C. affinis, C. affinis x hirsuta and C. ericoides. The other cluster has species with either C31 or C33 as main homologue and is formed by C. elongata, C. humifusa, C. sericea, C. axillaris and C. triphylla (= C. axillaris). These two main clusters contain smaller inner clusters. An analysis using UPGMA and DICE coefficients and based on the distribution of flavonoid aglycones provided a dendrogram with clusters congruent with affinities revealed by the alkane evidence, such as the groupings: 1) C. hirsuta, C. affinis and C. affinis x hirsuta; 2) C. elongata and C. axillaris; 3) C. sericea and C. humifusa. A phylogenetic molecular inference was obtained with sequences from two chloroplast (trnL-F and rps16) and one nuclear (ITS) DNA regions. Among the analyses based on a single marker, more consistent results were obtained with ITS, which provided 49 informative phylogenetic characters, while trnL-F and rps16 provided 10 and 18 informative characters, respectively. A strict consensus analysis based on four more parsimonious trees from an analysis combining sequences of the three DNA regions gave a cladogram showing Camarea as a monophyletic group with bootstrap support (BS) 100. The cladogram contains several polytomies and clades with low support. An AFLP analysis, using four combinations of selective primers, provided 217 polymorphic fragments. Data from sequencing and AFLP were combined in a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, with most clades completely resolved with and high support. A polytomy remained, grouping C. affinis, C. ericoides, C. hirsuta and C. affinis x hirsuta. The combination of all molecular and chemical evidences (the latter comprising three alkane and five flavonoid characters) was used for a phylogenetic analysis. A sole more parsimonious tree was obtained, completely resolved and with clades highly supported. The results support sinking C. triphylla into synonymy of C. axillaris and indicate strong kinship: 1) between C. humifusa and C. sericea (BS 94); 2) among C. affinis, C. affinis x C. hirsuta, C. hirsuta and C. ericoides (BS 83); 3) between C. axillaris and C. elongata (BS 100). C. affinis, C. hirsuta and C. affinis x C. hirsuta share the possession of chrysoeriol. C. affinis and C. affinis x C. hirsuta share the possession also of luteolin and form a clade with BS 70. The present work reveals the utility of chemical characters to improve resolution of phylogenies and increment clade support.

A citricultura paulista pode ser considerada uma das mais competitivas e importantes atividades agroindustriais do Brasil, gerando aproximadamente 400 mil empregos e adicionando anualmente U$ 1,4 bilhões ao país. Entretanto ainda apresenta uma produtividade inferior àquela encontrada na Flórida, principalmente devido a deficiências nutricionais e hídricas e a doenças que há diversos anos atingem às lavouras. Nos últimos dez anos a clorose variegada dos citros (CVC), conhecida popularmente como a doença do amarelinho, apresenta-se como o principal problema, sendo a bactéria gram-negativa Xylella fastidiosa seu agente causal. Em vista da importância do cultivo da laranja no país, o projeto \"Genoma Xylella fastidiosa\" foi proposto, visando o seqüenciamento total do genoma deste fitopatógeno bem como o treinamento de pessoal capacitado na utilização das modernas técnicas de biologia molecular. Segmentos de DNA provenientes de 7 cosmídeos e diversos clones provenientes de bibliotecas de \"shotgun\" genômico foram seqüenciados em nosso laboratório, totalizando 271.220 pb do genoma da bactéria. Em seguida foi feita a anotação das orfs preditas por programa GLIMMER, sendo que em nosso laboratório foram anotadas aproximadamente 290 ORFs. Seqüenciamentos diretamente do genoma e de clones das bibliotecas de RDA foram também realizados, complementando as metodologias de primer walking e construção de bibliotecas de fago utilizadas em outros laboratórios do projeto para o fechamento de \"gaps\". Todos os resultados obtidos em nosso laboratório, somados às contribuições de todos os grupos do projeto, serão base para a melhor compreensão dos mecanismos utilizados pela bactéria, podendo favorecer o desenvolvimento de novas estratégias para o combate desta praga. / The São Paulo\'s citriculture can be considered one of the most competitive and important agroindustrial activity from Brazil. It provides aproximately 400,000 jobs and adds US$ 1,4000,000,000 for the country\'s economy. This activity, however, still shows less productivity than the one from Florida, mainly due to nutritional and hydric deficiencies and plagues that are already present for a long time. In the last ten years, the citrus variegated chlorosis (CVC), also known as little yellow disease, constitutes the main problem for the orange farmers. This disease is caused by gram-negative bacterium Xylella fastidiosa. Due to the importance of the orange cultive in the country, the project called Xylella fastidiosa\'s Genome was proposed. The main goals of this project are to sequence the entire genome of this phytopathogen and the trainning of specialized people in the use of modern techniques of molecular biology. DNA fragments cloned in 7 cosrnids and also form genomic shotgun libraries were sequenced in our laboratory. A total of 271,220 bp of bacteria genome were obtained. The next step was the annotation of the open reading frames (ORFs). This was made using the GLIMMER computer program which generates, in our laboratory, aproximately 290 ORFs. Direct sequencing of the genome and clones of RDA libraries were also done for obtaining nucleotide sequences form gaps. These methodologies complement the primer walking and phage library construction used by other laboratories included in the project. All results, obtained either by our laboratory or the other groups from the project, will be used for a better understanding of the mechanisms used by the bacteria, Altogether, they can be favor the development of new strategies in the plague combact.

A correta adoção de medidas de manejo de resistência de insetos-pragas é motivo de preocupação constante, inclusive para as novas tecnologias disponíveis, como as plantas geneticamente modificadas para a expressão de toxinas da bactéria Bacillus thuringiensis (Bt). Portanto, para manter a eficiência das plantas-Bt comercialmente disponíveis, é preconizada a manutenção de áreas de refúgio (livres de plantas Bt) para evitar a rápida seleção de insetos resistentes. No caso de insetos polífagos, a determinação das áreas de refúgio pode levar em consideração a contribuição que fontes não-comerciais e/ou não-transgênicas têm na produção de adultos colonizadores que não sofreram seleção para o evento de transgenia de interesse. A identificação da fonte alimentar pode determinar a procedência de insetos e tornar mais eficiente e segura a implementação de zonas de refúgio e a determinação dos riscos de desenvolvimento de resistência pelo inseto-praga alvo. O objetivo deste trabalho foi o de avaliar o potencial de dois marcadores biológicos, a assinatura isotópica e a microbiota intestinal, para a identificação da fonte de alimento do imaturo pela análise de adultos de Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) (Lepidoptera, Noctuidae), como subsídio para o monitoramento da origem de insetos migrantes em áreas de cultivo Bt para a adoção de estratégias adequadas de manejo de resistência. A análise isotópica de adultos foi realizada utilizando-se insetos criados em 12 plantas hospedeiras distintas, seis de metabolismo C3 e seis de metabolismo C4. Parte dos adultos provenientes dessa criação foram liofilizados, macerados e submetidos à análise isotópica para a determinação dos níveis de ?13C e ?15N. Amostras das plantas utilizadas na alimentação desses insetos também foram submetidas ao mesmo processo de análise. A outra parte dos adultos recémemergidos de S. frugiperda foi utilizada para a determinação da microbiota intestinal pela análise de região do gene do 16S rRNA após sequenciamento em plataforma 454. Os resultados da análise isotópica de carbono para as plantas utilizadas como fonte alimentar apresentaram médias entre -31,37? e -25,07? para plantas C3 e entre -13,03? e -12,26? para plantas C4. Adultos de S. frugiperda oriundos de lagartas criadas em plantas do grupo C3 apresentaram média de ?13C entre - 30,36? e -23,72?, enquanto aqueles do grupo C4 apresentaram média entre - 18,25? e -13,28?. O sequenciamento da microbiota via metagenômica produziu 126,970 sequências com cerca de 421 pb. O alimento influenciou substancialmente a diversidade da microbiota intestinal associada ao intestino de adultos, independentemente do metabolismo fotossintético da planta hospedeira. Análises comparativas de diversidade em que a abundância relativa dos diferentes componentes foi considerada (Unifrac ponderado) permitiu a distinção de praticamente todas as microbiotas. Foram identificadas várias UTOs exclusivamente associadas à microbiota intestinal de adultos provenientes de cada fonte de alimento, mas a maioria apresentou abundância relativa extremamente baixa. Apenas as UTOs 1199 e 2255 foram exclusivamente associados ao milho com abundância relativa superior a 2,5%. / The correct insect resistant management has been a topic of constant concern, even for the newer technologies available, such as genetically modified crops expressing Bacillus thuringiensis (Bt) toxins. The use of refuge areas with non-Bt crops to avoid the fast selection for resistant insects is proposed for maintaining the efficiency of Bt-crops. The implementation of refuge areas for polyphagous insects can consider non-commercial and non-Bt crops as sources of susceptible insects. The identification of the food source used during immature development can make the implementation of refuge areas safer and more efficient and allow for better estimates of risk assessment for insect resistance development. The objective of this study is to determine the potential use of, the isotopic signature and gut microbiota of adults as biological markers to allow for the identification of the food source during the larval stage of Spodoptera frugiperda (J.E. Smith) (Lepidoptera, Noctuidae). Adults were obtained from larval rearing on 12 food sources, six host-plants with a C3 photosynthetic metabolism and six host-plants with a C4 metabolism. Part of the adults obtained and the food source used during their immature development were lyophilized and macerated, and subjected to ?13C e ?15N isotopic analysis. The remaining adults of S. frugiperda were used to determine the composition of the gut microbiota by metagenomic analysis of the V1-V3 region of the 16S rRNA gene using a 454 sequencing platform. The carbon isotopic signatures obtained for the hostplants used as food source were between -31.37? and -25.07? for C3 plants, and - 13.03? and -12.26? for C4 plants. Adults of S. frugiperda obtained from larval rearing on C3 plants had a carbon isotopic signature between -30.36? and -23.72?, while those from C4 host-plants has between -18.25? and -13.28?. The metagenomic sequencing yielded 126,970 reads with an average of 421bp. The larval food source substantially influenced the diversity of the adult gut microbiota regardless of the plant\'s photosynthesis metabolism. Comparative analysis among gut microbiota in which the relative abundance was taken into account (weight- Unifrac) allowed the discrimination of the majority of the communities. Several OTUs were identified as exclusive to the adult gut microbiota from different food sources, but most of these OTUs were minor components of the community. OTUs 1199 and 2255, both exclusively associated with corn, were the only ones to represent at least 2.5% of their community.

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Porém, a facilidade em obter a sequência do DNA contrasta com a dificuldade em processar, analisar e anotar o genoma, para que então seja possível obter informações biológicas relevantes sobre aquele organismo. Para auxiliar os pesquisadores que se utilizam desta técnica, alguns softwares estão disponíveis, porém, geralmente são pagos, não realizam toda a tarefa ou são de difícil utilização, neste último caso, por serem em sua grande maioria executados através de terminais de comando, que não contam com um ambiente gráfico para guiar os usuários. Com base nesta problemática, o presente trabalho teve por objetivo criar um software de anotação de genomas de fácil utilização e com interface gráfica amigável, gratuito e que anote com as informações necessárias para submissão ao GenBank. Para implementação do software, denominado Square, as linguagens de programação Python e Object Pascal foram utilizadas. Os algoritmos Prodigal, NCBI BLAST e tRNAscan-SE também foram integrados no software. Ao final da etapa de desenvolvimento, o Square foi testado com três genomas e comparado com dois anotadores populares: o RAST e o BASys. O resultado mostrou que o Square possui maior precisão que os dois outros anotadores, por se aproximar mais do resultado depositado no NCBI, e mais rápido, por ser executado localmente com rapidez. O Square demonstrou-se uma boa alternativa para usuários que não estão acostumados com o terminal de comando Linux e está disponível no endereço http://sourceforge.net/projects/sqgenome/. / DNA sequencing is a technique that provides a vast source of information on various organisms. Currently, new sequencing methods known as Next-Generation Sequencing, are making this technique many times more rapid, accurate and affordable, making it popular and widespread in the scientific community. With the popularization of genome sequencing, laboratories that do not have an emphasis on DNA sequencing, are using this approach to complement their studies. However, the ease in obtaining a DNA sequence contrasts with the difficulty to process, analyze and annotate the genome, in order to obtain relevant biological information. To assist researchers who use this technique, several programs are available, however, they are generally not free, do not perform all the necessary analysis or are difficult to use, mainly because a considerable number of them make use of command line to be executed, which is not intuitive. The objective of this study was to create a genome annotation software easy to use, with a user friendly interface, free and able to provide all the necessary information for the annotated genome to be submitted to GenBank. For software implementation named Square, Python and Object Pascal programming languages were used. The Prodigal algorithms, NCBI BLAST and tRNAscan-SE were also integrated in the software. At the end of the development stage, Square was tested with three genomes and compared to two popular annotators: RAST and BASYS. The result showed that the Square has higher accuracy than the other two annotator programs, as the results are similar to what is deposited in NCBI, and produce the result in a shorter time, as it runs locally. The Square proved to be a good alternative for users not familiar with the Linux command terminal and is available in http://sourceforge.net/projects/sqgenome/ address.