Submitted by Angelo Silva (asilva@icict.fiocruz.br) on 2016-07-20T13:39:17Z No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 71861.pdf: 5007629 bytes, checksum: 55da00139dd89620d62ea58fe070c552 (MD5) / Approved for entry into archive by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2016-07-28T16:45:07Z (GMT) No. of bitstreams: 2 71861.pdf: 5007629 bytes, checksum: 55da00139dd89620d62ea58fe070c552 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-28T16:45:07Z (GMT). No. of bitstreams: 2 71861.pdf: 5007629 bytes, checksum: 55da00139dd89620d62ea58fe070c552 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2016 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O vírus dengue infecta um número estimado de 50-100 milhões de pessoas 100 milhões de pessoas anualmente em todo o mundo e no Brasil, dengue foi relatada pela primeira vez em 1981, desde então, a infecção tornou-se hiper-endêmica. As práticas atuais de diagnóstico não detectam o vírus em cerca de 50% dos casos suspeitos. Metagenômica é uma estratégia que pode ser aplicada na identificação de qualquer organismo em uma amostra, uma vez que recupera sequências de ácidos nucléicos que são analisadas contra bases de dados. Neste estudo, o nosso objetivo foi aplicar abordagens de metagenômica para analisar casos fatais de pacientes que apresentaram sintomas similares a dengue, mas com teste negativo para este vírus e também amostras de pacientes com suspeita febre amarela. e também amostras de pacientes com suspeita febre amarela. e também amostras de pacientes com suspeita de febre amarela. DNA e RNA genômico foram extraídos, amplificados com iniciadores randômicos e processados no sequenciador Illumina HiSeq2500. Em seguida, aplicamos um pipeline de bioinformática para filtragem de sequências de baixa qualidade e remoção de sequências humanas. Vários programas foram utilizados para classificar as reads metagenômicas: Kraken, GOTTCHA, SURPI, Metaphlan2, Taxoner e Blastn. As análises in silico identificaram patógenos que foram posteriormente confirmados por ensaios in vitro aplicando reagentes específicos Deste modo, identificamos vírus e bactérias em 13% das amostras. Quatro desses vírus, com potencial de patogenicidade estavam em amostras distintas: Parvovírus B19, vírus da Hepatite A, vírus da Hepatite G e vírus Torque-teno. Todos eles, com exceção do vírus da Hepatite A estavam nos casos fatais. As bactérias identificadas foram N. meningitidis do serogrupo C em duas amostras e S. pneumoniae em duas outras amostras. Esses são patógenos que causam surtos e epidemias no Brasil e têm alta taxa de mortalidade. Particularmente, N. meningiditis sorogrupo C é o determinante de surtos atuais de N. meningiditis no Brasil. Além disso, dois genomas completos foram recuperados, o do Parvovírus B19 de um dos casos fatais (5,6 kb) e o do vírus Chikungunya (12 kb) que estava presente na amostra utilizada como controle positivo para as análises de metagenômica. Aqui, podemos demonstrar a aplicabilidade da metagenômica tanto na identificação quanto recuperação de genomas completos de patógenos a partir de amostras clínicas humanas / Dengue virus infects an estimated 50-100 million people annually worldwide and in Brazil, dengue was first reported in 1981, since then the infection became hyper-endemic. The current diagnostic practices cannot detect the virus around 50% of suspected cases. Metagenomic is a strategy that can be applied to recover any organism in a sample. In this study, our aim was to apply metagenomics approaches to analyse fatal cases of patients presenting dengue-like symptoms, but testing negative for this virus and samples of patients with suspect yellow fever. Genomic DNA and RNA were extracted, amplified with random primers and sequenced in the Illumina HiSeq2500 sequencer. We then followed a bioinformatics filtering pipeline to remove both low-quality sequences and human sequences. Several tools were used to classify the metagenome reads: Kraken, GOTTCHA, SURPI, Metaphlan2, Taxoner and Blastn. The in silico analysis identified pathogens that were further confirmed by in vitro assays applying specific reagents. In this way, we were able to detect viruses and bacteria in 13% of the samples Four viruses, with pathogenicity potential were identified in distinct samples: Parvovirus B19, Hepatitis A virus, Hepatitis G virus and Torque-teno virus. All of them, except Hepatitis A virus were present in fatal cases. The Parvovirus B19 is in fact a pathogen that has been eventually associated to fatal cases. The bacteria identified were N. meningitides serogroup C in two samples and S. pneumoniae in two other samples. Those are pathogens that cause outbreaks and epidemics in Brazil and have high mortality rate. Particularly, N. meningiditis outbreaks in Brazil. Moreover, two complete genomes were recovered, the B19V from one of the fatal cases (5.6 kb) and the Chikungunya virus (12 kb) that was in the sample used as a positive control to the metagenomics approach. Here, we demonstrated th applicability of metagenomics in both the identification and recovery of complete genomes of pathogens from human clinical samples

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-09-25Bitstream added on 2014-06-13T19:54:05Z : No. of bitstreams: 1 crialesi_pcb_me_jabo.pdf: 717305 bytes, checksum: ddf9d322f3798935db316f769791eac7 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A traça-das-crucíferas (Plutella xylostella) é uma praga que ataca culturas de brássicas, causando enormes prejuízos econômicos aos agricultores. O aparecimento de populações resistentes a inseticidas tem dificultado seu manejo, fazendo-se necessário a busca por alternativas de controle que viabilizem a economia do custo de produção, preservando o ambiente de inseticidas químicos em altas doses. As plantas possuem um mecanismo constitutivo de resistência que atua na sua defesa frente às diferentes adversidades bióticas e abióticas, o que representa altos gastos metabólicos. O mecanismo de resistência pode ser melhorado com a indução de resistência por um ou mais elicitores, como é o caso das bactérias promotoras de crescimento. O objetivo deste estudo foi detectar sequências gênicas expressas em resposta à indução de resistência de repolho à traça das crucíferas. A bactéria utilizada como indutora das respostas de defesa foi a Kluyvera ascorbata devido à ação já descrita anteriormente com repolho e traça-das-cruciferas, onde ficou evidente sua influência na defesa contra essa praga. Por meio do sequenciamento de cDNA foi possível identificar uma significativa alteração no metabolismo de plantas que abrigavam esta bactéria, suprimindo da ação de muitos genes, durante o processo de defesa da planta contra o estresse causado pela injúria de lagartas de P. xylostella / The diamondback moth Plutella xylostella is a pest that attacks brassics causing great economic losses to the growers. The rise of resistant populations to the chemical insecticides imposes difficulties on this pest management, so the search of other ways to overcame this situation became quite relevant so as to help to reduce production costs and at the same time avoiding the use of high dosage of the commonly used pesticides. Plants exhibit a constitutive resistance mechanism that acts favoring their defense towards biotic and abiotic stress situations, which involves high metabolic energetic challenges. The defense mechanisms may be improved with the induction of resistance by a number of different elicitors, such as the use of plant growth promoting bacteria. The aim of the present work was to detect plant gene sequences in response to cabbage resistance induction against the diamondback moth. Kluyvera ascorbata was used to induce the plant’s growth promotion elicitor due to previously described influence. Analyzing DNA sequencing procedures from cDNA library samples, it was possible to observe drastic differences on the plants metabolism when such bacteria was used, either by suppressing the action of several genes while the plant’s defense mechanisms was in action against injuries caused by P. xylostella larvae

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-11-12Bitstream added on 2014-06-13T20:03:24Z : No. of bitstreams: 1 stafuzza_nb_dr_jabo.pdf: 3950530 bytes, checksum: 7762a1b85de88115c5c16380df8c26e1 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O crescimento da população bubalina em território brasileiro está relacionado ao interesse dos produtores nesse animal, como uma alternativa para a produção de carne, leite e seus derivados. Diante deste panorama, torna-se necessário o aprimoramento de programas de melhoramento genético, visando a seleção de animais geneticamente superiores para a reprodução. Por essa razão, o conhecimento do genoma da espécie é de extrema valia para o setor, uma vez que gera informações necessárias à identificação e avaliação de genes associados com características de interesse econômico. Desse modo, o presente trabalho envolveu a construção de uma nova ferramenta genômica para búfalo, denominada biblioteca BAC, a qual permitirá um novo direcionamento nos estudos moleculares do genoma bubalino, destacando-se a definição da estrutura e organização de genes de interesse econômico, fornecendo informações em nível de seqüência de DNA para o entendimento dos mecanismos e regulação dos mesmos. Com a disponibilidade dessa ferramenta, as primeiras regiões a serem caracterizadas serão aquelas que contêm genes de interesse econômico, as quais se destacam as regiões com genes relacionados com produção e qualidade do leite, regiões com genes relacionados com resposta imune e adaptativa, e regiões com genes da família das lipocalinas, os quais estão envolvidos com características de produção e reprodução. Porém, para que esses genes possam ser caracterizados por meio da biblioteca BAC de búfalo, há a necessidade de gerar marcadores para identificar e isolar clones específicos para esses genes. Marcadores derivados do genoma bovino têm sido utilizados com sucesso em estudos de mapeamento do genoma bubalino, os quais podem ser uma fonte importante de marcadores. Porém, para famílias gênicas, há a necessidade da geração de marcadores específicos para búfalo... / The increase of the buffalo population in Brazil is the result of the great interest of the producers as an alternative source for the production of meat, milk and dairy products. Thus, it becomes necessary genetic improvement programs more effective, in order to select genetically superior animals for breeding. The knowledge of the buffalo genome is valuable in this regard, since it generates information to identify and evaluate genes associated with economically traits. In this project we constructed a new genomic tool for buffalo - a genomic BAC library - which can be used in molecular studies of buffalo genome especially those related with the definition of the molecular structure and organization of economically important genes. Once this genomic tool is available, the first target regions of the buffalo genome to be characterized are those containing genes related to milk production, adaptive and innate immune response, and regions lipocalin genes involved in reproduction and production traits. However, to characterize these regions using the BAC library is necessary to have molecular markers to be able to identify and isolate the specific clones. Markers derived from the bovine genome have been successfully used in buffalo genome mapping studies, showing to be an important source of markers. On the another hand, for those genes found in the genome as gene families, there is a need for buffalo specific markers. The evaluation of new markers will contribute to the characterization of those target regions of the buffalo genome, providing information about the genomic architecture of this specie when compared with other bovid

Orientador: Prof. Dr. Cassius Carvalho Torres-Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Odontologia. Defesa: Curitiba, 2016 / Inclui referências : f. 69-79 / Área de concentração / Resumo: A anemia de Fanconi (AF) é uma síndrome genética rara caracterizada por instabilidade cromossômica e dificuldade de reparo do DNA. Pacientes com AF desenvolvem o carcinoma de células escamosas (CCE) na boca mais cedo e com maior frequência que a população em geral, especialmente após o transplante de células tronco hematopoéticas (TCTH). Embora tenha aumentado a evidência de um papel etiológico da microbiota local e o processo de carcinogênese; não existem informações sobre a microbiota bucal de pacientes com AF. O objetivo desse estudo foi explorar a microbiota salivar de 61 pacientes com AF e comparar os resultados com a condição de saúde bucal e fatores de riscos associados ao desenvolvimento do CCE. Depois de responder a um questionário e ser submetido a um exame clínico intrabucal, todos os pacientes passaram por um etapa de coleta de saliva e as amostras foram analisadas utilizando o sequenciamento do gene 16S rRNA (Região Hipervariável :V3-V4 Miseq, Illumina). O perfil microbiano associado aos parâmetros clínicos e dados retirados de prontuário médico foram analisados utilizando modelos lineares. A mediana de idade da amostra estudada foi de 22 anos e a maioria deles haviam sido submetidos ao TCTH (n=53). Os filos bacterianos mais abundantes foram Firmicutes (média da abundância relativa ± desvio padrão(DP)) (42,1% ± 10,1%) e Bacteroidetes (25,4% ± 11,4%). O histórico de doença do enxerto contra o hospedeiro (DECH) bucal (n=27) estava associada com maiores proporções de Firmicutes (43,8% x 38,5%, p = 0,05) quando comparados com os que não apresentaram DECH. Altos níveis de sangramento gengival foram associados com os genêros Prevotella (22,25% x 20%), Streptococcus (19,83% x 17,61%), Porphyromonas (3,63% x 1,42%, p = 0,03), Treponema (1,02% x 0,28%, p = 0,009), Parvimonas (0,28% x 0,07%, p = 0,02) e Dialister (0,27% x 0,10%, p = 0,04). Por fim, pacientes transplantados à mais de 11 anos mostraram níveis mais elevados de Streptococcus (18,4%), Haemophilus (12,7%) e Neisseria (6,8%). Em conclusão, pacientes com AF que apresentavam piores condições de higiene bucal abrigavam maiores proporções de gêneros de bactérias compatíveis com doença periodontal. Foram observadas diferenças microbianas específicas, na presença de longo tempo de transplante, histórico de GVHD e mucosite, bem como, na presença de lesões com potencial de malignidade. Palavras-chave: Anemia de Fanconi. Câncer bucal. Microbiota. Saliva. Bactéria. Sequenciamento de Nucleotídeos de Alto Rendimento. / Abstract: Fanconi anemia (FA) is a rare genetic disease characterized by chromosomal instability and impaired DNA damage repair. FA patients develop oral squamous cell carcinoma (OSCC) earlier and more frequently than the general population, especially after hematopoeitic stem cell transplantation (HSCT). Although evidence of an etiological role of the local microbiome and carcinogenesis has grown, no information exists regarding the oral microbiome of FA patients. The aim of this study was to explore the salivary microbiome of 61 FA patients regarding their oral health status and OSCC risk factors. After answering a questionnaire and receiving oral clinical examination, saliva samples were collected and analyzed using 16rRNA sequencing (V3-V4 hypervariable region, MiSeq, Illumina). The microbial profiles associated with medical and clinical parameters were analyzed using general linear models. Patients were young (mean age = 22 yrs old) and most of them had received HSCT (n=53). The most abundant phyla were Firmicutes (mean relative abundance ± SD) (42.1%±10.1%) and Bacteroidetes (25.4%±11.4%). A history of graft-versus-host disease (GVHD) (n=27) was associated with higher proportions of Firmicutes (43.8% x 38.5%, p=0.05). High levels of gingival bleeding were associated with the genera Prevotella (22.25% x 20%), Streptococcus (19.83% x 17.61%), Porphyromonas (3.63% x 1.42%, p=0.03), Treponema (1.02% x 0.28%, p=0.009), Parvimonas (0.28% x 0.07%, p=0.02) and Dialister (0.27% x 0.10%, p=0.04). Finally, participants transplanted longer than 11 years showed highest levels of Streptococcus (18.4%), Haemophilus (12.7%) and Neisseria (6.8%). In conclusion, FA patients with poor oral hygiene harbored higher proportions of genera of bacteria compatible with gingival disease. Specific microbial differences were observed in the presence of a history of long time since HSCT, history of oral GVHD and mucositis as well when potential malignant oral lesion was present. Keywords: Fanconi anemia. Oral cancer. Microbiome. Saliva. Bacteria. Massively-Parallel Sequencing.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 3871.pdf: 3349931 bytes, checksum: 699bd6092d3da7218a1550f52bb10cdb (MD5) Previous issue date: 2011-05-27 / Financiadora de Estudos e Projetos / Litopenaeus vannamei is known as Pacific white shrimp and is the main species marketed worldwide. Its geographical distribution includes the Pacific coast, ranging from Mexico to Peru. Due to its outstanding economic importance, this species has been farmed and showing great adapting levels to captivity, having been introduced in several countries, including Brazil. However, despite all the concern to properly manage the farming populations, many countries have not had a renewal of their breeding herds because of the risk of introduction of exogenous pathogens, which has increased the degree of inbreeding of these stocks and decreased levels of genetic diversity. To monitor this loss, microsatellite markers or SSRs (Simple Sequence Repeats), from genome arbitrary and expressed regions have been used. In the specific case of SSRs present in expressed regions of the genome (ESTs, Expressed Sequence Tags) or SSRs-ESTs, they allow the access to the genetic variability of populations, and the ESTs markers devoid of SSRs may be related to genes of interest, subsidizing the development of breeding programs based on Marker Assisted Selection (MAS). Moreover, EST-SSRs loci may show an excellent rate of transferability in taxonomically related species, since they are in more conserved regions of the genome. Within this context, this study aimed (i) the validation population of EST-SSR loci isolated through dataming from L. vannamei ESTs database (www.shrimp.ufscar.br), (ii) the genomic annotation of ESTs and EST-SSRs markers (iii) the determination of EC numbers (Enzyme Codes), aiming respectively, (i) the characterization of polymorphic markers (ii) the description of genes and their protein products and (iii) the establishment of information to describe the possible pathways for the penaeid group. Therefore, we tested 32 EST-SSRs loci in PCR reactions. After establishing the best pattern of reaction and subsequent loci genotyping, nine SSRs-ESTs were polymorphic, with allele number ranging from two to 20, levels of observed heterozygosity from 0.32 to 0.86 and average PIC (Polymorphism Information Content) of 0.78. No pair of loci presented in linkage disequilibrium. However, after Bonferroni correction, we found that one of these showed a significant deficit of heterozygotes. The nine polymorphic loci from L.vannamei showed satisfactory amplification in at least one of the seven native species tested: the marine ones Xiphopenaeus kroyeri, Farfantepenaeus brasiliensis, Farfantepenaeus paulensis, Rimapenaeus constrictus and Litopenaeus schmitti and the freshwater ones Macrobrachium amazonicum and Macrobrachium jeskii, being useful also for genetic studies of these species. The genome annotation performed by access in ShEST website (Litopenaeus vannamei EST Genome Project) showed that only three of nine loci 4 have the gene and its protein product described. The other loci showed no matches with any other genomic database available for research. In this work, gene product could be elucidated for 99% of ESTs, being possible to establish 209 EC numbers, highlighting enzymes responsible for xenobiotics metabolism, immunity, energy production, reproduction, oxidative stress, among others. These codes were used for construction of some metabolic pathways present in the penaeid group, contributing for building a wide database of the genome of this important animal group. These data may be applied in genetic improvement programs as well as gene expression studies, such as realtime PCR and microarrays. / Litopenaeus vannamei é conhecido como camarão branco do Pacífico e é a principal espécie de peneídeo comercializada no mundo. Sua distribuição geográfica compreende a costa do Oceano Pacífico, indo desde o México até o Peru. Devido a sua relevante importância econômica, esta espécie passou a ser cultivada, adaptando-se bem às condições de cativeiro, tendo sido introduzida em diversos países, incluindo o Brasil. Entretanto, apesar de toda preocupação em manejar adequadamente as populações de cultivo, muitos países não têm tido renovação de seus estoques reprodutores ou plantéis, devido ao risco de introdução de patógenos exógenos, o que tem aumentado o grau de endogamia desses estoques e diminuição dos níveis de diversidade genética. Para monitorar esta perda de variabilidade genética, marcadores microssatélites ou SSRs (Simple Sequence Repeats), oriundos de regiões arbitrárias e expressas do genoma desta espécie, vêm sendo utilizados. No caso específico de SSRs presentes em regiões expressas do genoma (ESTs, Expressed Sequence Tags) ou SSRs-ESTs, além destes permitirem acessar a variabilidade genética das populações, as ESTs desprovidas de SSRs podem estar relacionadas a genes de interesse, podendo auxiliar o desenvolvimento de programas de melhoramento genético baseados na Seleção Assistida por Marcadores (MAS). Além disso, locos SSRs-ESTs podem apresentar uma excelente taxa de transferabilidade em espécies taxonomicamente relacionadas, uma vez que se encontram em regiões mais conservadas do genoma. Dentro deste contexto, este trabalho teve como objetivos (i) a validação populacional de locos SSRs-ESTs, isolados via dataming no banco de dados de ESTs de L. vannamei (www.shrimp.ufscar.br); (ii) a anotação genômica de marcas ESTs e locos SSRs-ESTs (iii) e a determinação dos EC numbers (códigos enzimáticos), visando, respectivamente, (i) a caracterização de marcadores polimórficos, (ii) a descrição de genes e seus respectivos produtos protéicos e (iii) o estabelecimento de informações para descrever as possíveis vias metabólicas para o grupo de peneídeos. Para tanto foram testados 32 locos SSRs-ESTs em reações de PCR. Após estabelecimento do melhor perfil de reação e posterior genotipagem dos locos, nove SSRs-ESTs mostraram-se polimórficos, com número de alelos variando de 4 a 20, níveis de heterozigozidade observada de 0,32 a 0,86 e valores médios de PIC (Polymorphism Information Content) de 0,78. Nenhum loco apresentou-se em desequilíbrio de ligação. Entretanto, após correção de Bonferroni, constatou-se que um deles apresentou déficit significativo de heterozigotos. Os nove locos polimórficos para L. vannamei apresentaram amplificação satisfatória em pelo menos uma das sete espécies nativas testadas: as marinhas Xiphopenaeus kroyeri, 2 Farfantepenaeus brasiliensis, Farfantepenaeus paulensis, Rimapenaeus constrictus e Litopenaeus schmitti e as de água doce Macrobrachium amazonicum e Macrobrachium jeskii podendo se constituir em marcas úteis para os estudos genéticos também dessas espécies. A anotação genômica realizada via acesso à página de anotação do Projeto ShEST (Projeto Genoma EST de Litopenaeus vannamei) demonstrou que apenas três dos nove locos polimórficos têm o seu gene e produto protéico já descritos. Os demais locos não apresentaram blasts positivos com nenhuma outra base de dados genômicos disponíveis para pesquisa. No caso das sequências anotadas, o produto gênico pôde ser elucidado para 99% destas, sendo possível estabelecer 209 EC numbers, destacando-se enzimas responsáveis pela degradação de xenobióticos, imunidade, produção de energia, reprodução, estresse oxidativo, dentre outras. Estes códigos enzimáticos foram utilizados para determinação de algumas vias metabólicas presentes no grupo dos peneídeos, contribuindo assim para a construção de uma ampla base de dados do genoma deste importante grupo animal, podendo ser utilizada em estudos de conservação, programas de melhoramento genético e em análises de expressão gênica, como PCR em tempo real e microarrays.

Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-07-23. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:47:23Z : No. of bitstreams: 1 000828384.pdf: 1799745 bytes, checksum: 62d94c169b45d13aee9881b05c12e0d6 (MD5) / O estudo da microbiota bucal de bebês e como ela se altera com o tempo é de grande importância para a prevenção, diagnóstico e tratamento de doenças bucais num estágio precoce. O objetivo desse estudo foi avaliar longitudinalmente, nos períodos de 6, 12, 18 e 24 meses de idade, o microbioma oral de bebês saudáveis e suas respectivas mães por análise de pirosequenciamento. Setenta e quatro pares de mães e bebês acompanhados em um programa de saúde bucal foram incluídos no estudo. Um total de cinquenta e oito participaram em todo o período experimental. A população de bebês foi acompanhada durante todo o período, recebendo orientações e procedimentos previstos no protocolo do programa. Dados sobre dieta, higiene bucal, presença de dentes, prevalência de cárie e condições periodontais de bebês e suas respectivas mães foram coletados. Para a análise de pirosequenciamento, foram selecionados 5 pares de bebês e mães seguindo rigorosos critérios de inclusão para obtenção de amostra homogênea de bebês que se mantiveram sem a ocorrência de doenças bucais durante todo o período de avaliação. Também foram analisadas amostras do único bebê que desenvolveu cárie ao longo do estudo. Foram coletadas amostras de saliva e biofilme dentário do bebê e suas respectivas mães para análise da diversidade microbiana por pirosequenciamento 454 dos produtos de PCR do gene 16S ribossomal. A eficácia do programa de promoção de saúde bucal para este estudo foi reiterada com a ocorrência de cárie em apenas 1 dos bebês (1,51%) acompanhados durante 24 meses. A diversidade microbiana da saliva e biofilme dentário dos bebês manteve-se estável em relação ao número de Filos ao longo dos períodos. Observou-se aumento considerável de gêneros na saliva dos bebês dos 6 meses aos 12 meses de idade do bebê, sendo que esta distribuição se manteve nos demais períodos. Aos ... / Data on infants' oral microflora and how it changes in time is of utmost importance for the prevention, diagnosis and treatment of oral diseases in early stages. The goal of this study was evaluate, longitudinally, in the periods of 6, 12, 18 and 24 months of age, the oral microbiome of healthy babies and their mothers by pyrosequencing analysis. Seventy-four pairs of mothers/babies followed in a Program of Oral Healthy were included in the study. A total of fifty-eight participated in all the experimental period. The population of babies was followed during all the period, receiving orientation on oral health and procedures foreseen in the protocol of the referred program. Data on diet, oral hygiene, presence of teeth, prevalence of caries, and periodontal conditions of babies and their mothers were collected. For pyrosequencing analysis, 5 pairs of babies and mothers were selected following rigorous criteria of inclusion, in order to obtain a homogeneous sample of babies who did not develop caries during all the evaluation period. Also, samples from of the only baby who developed caries along the study were analyzed. Samples of saliva and dental biofilm from the babies and mothers were analyzed for the microbial diversity by pyrosequencing 454 of products of PCR of 16S ribosomal gene. The effectiveness of the Oral Health Program in this study was confirmed with the occurrence of caries in only 1 of the babies (1.51%) followed during 24 months. Salivary and biofilm microbial diversities of babies were stable in relation to the number of Phyla during the evaluation periods. A considerable increasing in the number of genus in babies' saliva was observed in the period of 6 to 12 months of age. After this period, the distribution was stable. At the age of 12 months, 77 different genus were found in the microbioma of infants' dental biofilm and this value was higher when compared to ...

A cardiomiopatia hipertrófica (CMH) é a principal cardiopatia dos felinos, caracterizada por hipertrofia ventricular esquerda, sem dilatação. A prevalência em humanos é de um a cada 500 indivíduos e, em pelo menos 60% dos casos, a doença é de origem familial. Há mais de 1400 mutações em mais de 11 genes que codificam proteínas do sarcômero relacionadas à CMH. Em algumas famílias de gatos, a CMH é transmitida de forma autossômica dominante sendo muito similar à humana. No Maine Coon, redução na miomesina e mutação no gene que codifica a proteína C miosina ligante (MYBPC3) são alterações encontradas nos acometidos pela CMH. No Ragdoll, a CMH está relacionada com mutação no mesmo gene, porém em um códon diferente e altamente conservado na espécie. Em outras raças como Persa, British Shorthair, Norwegian Forest também há evidências da CMH familial, porém não há comprovação do tipo de herança envolvida. No presente estudo, uma população de 100 gatos da raça Persa foi avaliada por meio de exames ecocardiográfico, eletrocardiográfico, laboratoriais, mesuração da pressão arterial e pesquisa da mutação relacionada à doença renal policística (PKD), prevalente em gatis de Persas. Os animais foram classificados quanto à presença ou não da CMH e, após seleção dos grupos experimentais (20 gatos sem CMH e 22 gatos com CMH), amostras de sangue foram submetidas à extração do DNA, genotipagem pela técnica de PCR e sequenciamento dos genes da alfa-actina cardíaca (exon 5 do gene ACTC1) e da proteína C miosina ligante (exon 27 do gene MYBPC3), com posterior correlação das mutações com a presença da afecção. À avaliação da população total, a CMH foi mais prevalente em gatos machos e de maior faixa etária; ocorreu em 22 animais; e a forma assimétrica com hipertrofia miocárdica em região septal basal foi a mais comum na raça. A presença de mutação relacionda à PKD foi mais comum nos gatos com hipertrofia ventricular, apesar dos mesmos apresentarem pressão arterial e função renal normais. Foi identificado um polimorfismo de nucleotídeo único (SNP) na posição 890 do exon 5 do gene ACTC1 e três SNP no intron 5-6 do mesmo gene. Nenhum polimorfismo, adição ou deleção foi observado em outras regiões do gene ACTC1 ou no gene MYBPC3. Apesar dos SNP observados no estudo, os mesmos não se enquadram nos critérios de mutação causal da CMH porque não provocam mudança em aminoácidos e não ocorreram exclusivamente em animais com CMH. Desta forma, a mutação causal da CMH em gatos da raça Persa não foi elucidada e mutações nestes dois exons de genes cardíacos não parecem ser a causa da cardiomiopatia na referida raça. Avaliações de genes cardíacos adicionais são necessárias para a identificação da causa molecular desta cardiopatia no Persa. Em relação aos resultados encontrados nos gatos PKD positivos, há necessidade de mais estudos para avaliar a relação causal (PKD e hipertrofia) ou associação genética entre ambas. Faz-se necessária a avaliação cardiológica de gatos PKD positivos, bem como é necessário incluir a PDK como diagnóstico diferencial da CMH no Persa. / Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is the most important feline heart disease and it is characterized by ventricular hypertrophy in absence of dilated left ventricle. In humans, the prevalence is 1 to 500 individuals and the familial HCM occurs in at least 60% of cases. There are more than 1400 mutations in more than 11 sarcomeres genes related to HCM. In some families of cats, HCM is an autosomal dominant genetic disease very similar to the human HCM. Reduction in miomesine and a mutation in myosin binding protein C gene (MYBPC3) are observed in Maine Coon cats with HCM. In Ragdoll cats, HCM is associated with a mutation in the same gene, but in a different codon highly conserved in feline species. In other breeds such as Persian, British Shorthair and Norwegian Forest there is also evidence of familial HCM, but the type of genetic inheritance is unknown. In this study, a population of 100 Persian cats was assessed by: echocardiography, electrocardiography, laboratorial tests, blood pressure determination and genetic test for the presence of the polycystic kidney disease (PKD) mutation, common in Persians. The animals were classified according to the presence or not of HCM. Blood samples from experimental groups (20 cats without HCM and 22 cats with HCM) were subjected to DNA extraction, genotyping by PCR and sequencing of cardiac alpha-actin gene (exon 5 of ACTC1) and myosin binding protein C gene (exon 27 of MYBPC3) with subsequent correlation with the presence of mutations and HCM. In the evaluated population, HCM was more prevalent in older and male cats; it occurred in 22 animals; and the asymmetric hypertrophy at basal region of septum was the most common. The PKD mutation was more common in cats with left ventricular hypertrophy, despite they presenting normal blood pressure and renal function. One single nucleotide polymorphism (SNP) at position 890 of exon 5 of the gene ACTC1 and three SNP in intron 5-6 of the same gene were identified. No polymorphism, addition or deletion was observed in other regions of the gene ACTC1 or MYBPC3 gene. Despite the SNP observed in the study, they do not fit the criteria of HCM causal mutation because they do not cause changes in amino acids and do not occurred exclusively in animals with HCM. Thus, a causal mutation of HCM in Persians cat has not been elucidated and mutations in these two exons of cardiac genes do not seem to be the cause of HCM in this breed. Additional screening of cardiac genes is necessary to identify the molecular cause of this feline disease in Persian cats. Regarding the results founded in PKD positive cats, it is important for further studies to evaluate the genetic association or causal relationship (PKD and hypertrophy). The cardiologic evaluation of PKD positive cats is necessary, and the PDK must be included as a differential diagnosis of HCM in Persian.

O Vírus de Influenza aviária pertence à família Orthomyxoviridae. Nos últimos anos vários subtipos da gripe aviária de baixa patogenicidade têm causado surtos e epidemia em humanos e aves domésticas. As aves selvagens e migratórias participam da manutenção e transmissão interespécie dos 16 subtipos de hemaglutinina e 9 subtipos de Neuraminidase na natureza. Nosso estudo teve como objetivo subtipar as amostras positivas através de teste sorológico de inibição da hemaglutinação (HI) e técnica de Biologia Molecular. Foram positivas as amostras das espécies: Elaenia mesoleuca (2), Sporophila lineola (1) Sporophila caerulescen (1), Vireo olivaceus (3), Columbina talpacoti (3), Paroaria dominicana (2), foram coletadas das reservas experimentais de campo localizadas no estado de São Paulo-Brasil,durante os anos de 1997 e 1998. Tais amostras foram identificadas por teste preconizado HI(de acordo com WHO) usando 20 soros imunes anti-influenza do tipo A e um do tipo B e análise de RT-PCR com sequenciamento do gene Hemaglutinina e Neuraminidase. O teste HI demonstrou que 12 amostras apresentou estreita afinidade com com soros imune A/HongKong/1/68 (H3N2), A/Equine/Miami/63 (H3N8) and A/Duck/Ukraine/63 (H3N8). As análises de sequenciamento do gene hemaglutinina e Neuraminidase desses isolados revelaram uma alta homologia com os do subtipos H3N2. As análise filogenética e variabilidade genética em comparação com as seqüências de Genbank representando diversos países, mostraram que nossas amostras apresentou estreita homologia com os vírus do subtipos que circularam em Victoria (1990), Siena (1991) e Beijim (1989). A análise de amino ácido indicou que há mutações não sinônimas no gene da Hemaglutinina exclusiva de nossas amostras e as mutações da Neuraminidase são sinônimos, quando comparadas com amostras de AIV de outros paises. Nossas Amostras quando análisadas a NA, não apresentaram mutações nos aminoácidos y285t e r297n que conferem resistencia aos inibidores da Neuminidase. / Avian Influenza virus belongs to Orthomyxoviridae family. The last years several low pathogenic avian influenza subtypes have caused outbreaks and epidemic in human and poultry. The wild and migrating birds may be participating of maintenance and interspecies transmission of the sixteen subtypes of the Hemagglutinina and nine Neuraminidase in nature. Our study was aimed to subtype the positive samples for influenza A isolated from migrating and wild birds by molecular technique and Haemagglutination inhibition test (HI). The samples from species Elaenia mesoleuca (2), Sporophila lineola (1) Sporophila caerulescens (1), Vireo olivaceus (3), Columbina talpacoti (3), Paroaria dominicana (2), were collected in reserves and experimental field stations located in the São Paulo State - Brazil, during the years 1997 and 1998. The samples were identified by HI test (according WHO) using the 20 antibody patterns anti-influenza A type and one for the influenza type B and RT-PCR and Sequence analysis of Hemaglutinina and Neuraminidase gene. The HI test demonstrated that 12 samples presented an antigenic close relationship with A/HongKong/1/68 (H3N2), A/ Equine/Miami /63 (H3N8) and A/Duck/ Ukraine/ 63 (H3N8) antiserum.The sequencing analyses of Hemaglutinin and Neuraminidase gene of these 12 isolates revealed a high homology with H3N2. Phylogenetic analysis and genetic variability compared with genbank sequence representing several countries, showed that our current samples submitted close homology to that circulated in Victoria (1990), Siena (1991) and Beijim (1989). Amino acid analysis compared our samples with representative genbank samples all of mutation are synonymous.

As regiões costeiras estão sendo ameaçadas por apresentarem uma exploração desordenada e predatória de seus recursos naturais alterando a biodiversidade. Leveduras fazem parte do ecossistema marinho, entretanto algumas espécies estão associadas à micoses superficial, subcutânea e/ou sistêmicas. O objetivo deste estudo foi quantificar leveduras, isolar e caracterizar Trichosporon spp., em amostras água de mar e areia em três regiões costeiras do estado de São Paulo: Baixada Santista, Canal de São Sebastião e Ubatuba. Foram coletadas 126 amostras de água de mar e areia. As áreas foram caracterizadas usando parâmetros microbiológicos. A contagem de leveduras variou de <1 a 1.300UFC/100mL em água de mar e <1 a 3.200UFC/g em areia. As leveduras isoladas foram identificadas usando a metodologia tradicional e testes genotípicos. De um total de 102, 30,5% foi confirmado pelo API ID 32C, 40,2% pelo auxanograma e 63,7% pelo PCR. Os isolados identificados pelo PCR foram seqüenciados e 41,5% foram Trichosporon spp. / Coastal regions are being threatened because they have a predatory and uncontrolled exploitation of natural resources by changing biodiversity. Yeasts are part of the marine ecosystem, though some species are associated with superficial mycoses, subcutaneous and / or systemic. The objective of this study was to quantify yeast, isolation and Trichosporon spp. In samples of sea water and sand in three regions of the state of São Paulo: Santos, Canal de São Sebastião and Ubatuba. We collected 126 samples of sea water and sand. The areas were characterized by microbiological parameters. Yeast counts ranged from <1 to 1.300UFC/100mL in sea water and <1 to 3.200UFC / g in sand. The yeasts were identified using the traditional methods and genotypic tests. From a total of 102, 30.5% was confirmed by API ID 32C, by 40.2% and 63.7% auxanograma PCR. The isolates identified by PCR were sequenced and 41.5% were Trichosporon spp.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:05:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2733.pdf: 1056937 bytes, checksum: 42fea813ed397029b2e24a21fad4ea51 (MD5) Previous issue date: 2006-10-15 / The production sequencing is an area of great importance in Production Planning and Control, because businesses are looking for higher productivity and competitivity, in order to meet the demands and expectations of their respective markets. To hasten and to be flexible the production processes through efficient production sequencing contributes to satisfy this market. Simulation technologies have been used to model, plan and control complex manufacturing systems. To accomplish the production sequencing in these environments, with the support of the simulation, it is necessary to reduce the total amount of simulated scenarios and evaluate the simulation results. Artificial Intelligence techniques can help these tasks. This work has proposed an intelligent system for production sequencing, supported by simulation techniques and Artificial Intelligence. This goal is based on ideas already studied in the research group of the Computer Science Department at Federal University of São Carlos. The system was implanted and many tests were accomplished. First, some sequences are selected with products that are able to enter the production system. Then the sequences are simulated and, forward, put on action an estimate process that classifies them. To run the tests was considered a specific Flexible Manufacturing System (FMS). / O seqüenciamento da produção é uma área de fundamental importância dentro do Planejamento e Controle da Produção, pois empresas buscam alta produtividade e competitividade, visando atender as expectativas do seu mercado consumidor. Tornar ágeis e flexíveis os processos produtivos, por meio de um eficiente seqüenciamento da produção, contribui muito para satisfazer este mercado. Tecnologias de simulação têm sido utilizadas para modelar, planejar e controlar ambientes complexos de manufatura. Para realizar o seqüenciamento da produção nesses ambientes, com a ajuda de simulação, é necessário reduzir a quantidade total de cenários simulados e avaliar os resultados da simulação. Técnicas de Inteligência Artificial podem auxiliar nessas tarefas. Este trabalho teve como proposta desenvolver um sistema inteligente para o seqüenciamento da produção, com a ajuda de técnicas de simulação e Inteligência Artificial. Tal objetivo se apoiou em técnicas já trabalhadas no grupo de pesquisa do Departamento de Computação da Universidade Federal de São Carlos. O sistema foi implementado e diversos testes foram realizados. Inicialmente, são selecionadas algumas seqüências com produtos que estão aptos a entrar no sistema produtivo. Simulam-se tais seqüências e, em seguida, aciona-se um processo de avaliação que as classifica. Para a realização dos testes foi considerado um Sistema Flexível de Manufatura (FMS) específico.