LARANJEIRA, Bruno Jaegger. Sensibilidade a antimicrobianos e sorotipos de Streptococcus pneumoniae isolados de portadores e de indivíduos com infecção sistêmica em Fortaleza, Brasil. 2010. 91 f. Dissertação (Mestrado em Microbiologia Médica) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2010. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2013-06-17T12:56:10Z No. of bitstreams: 1 2010_dis_bjlaranjeira.pdf: 2292819 bytes, checksum: 1ac6325fb3ce6a88e21352be87ad229a (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Fernandes(erikaleitefernandes@gmail.com) on 2013-06-17T14:02:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_dis_bjlaranjeira.pdf: 2292819 bytes, checksum: 1ac6325fb3ce6a88e21352be87ad229a (MD5) / Made available in DSpace on 2013-06-17T14:02:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_dis_bjlaranjeira.pdf: 2292819 bytes, checksum: 1ac6325fb3ce6a88e21352be87ad229a (MD5) Previous issue date: 2010 / Streptococcus (S.) pneumoniae is considered the principal causative agent of morbidity and mortality in children younger than five years of age. All pneumococcal diseases are initiated by establishing a S. pneumoniae colonization in nasopharynx, the disease progressing to systemic disease if natural barrier are crossed. During the last decades, the increasing amount of resistant S. pneumoniae strains to beta-lactams and other classes of antimicrobials has modified the treatment of pneumococcal infection. At present, nearly 13 serotypes respond for more than 85% of invasive isolates. The 7-valent polysaccharide-conjugated pneumococcal vaccine has been widely recommended for use in children younger than five years. The aims of this study were to determine the S. pneumoniae carrier in children, the frequence of serotypes from systemic infection patients, the susceptibility profile to antimicrobials in Fortaleza, Brazil. Carrier state isolates were recovered from nasopharyngeal swabs from children attending day-care center facilities, while the isolates from systemic infection fournished by LACEN-CE. Minimal Inhibitory Concentrations (MIC) to penicillin and ceftriaxone were assessed for all isolates, and levofloxacin MIC only from nasopharyngeal isolates. MIC cut-offs were determined according to CLSI standards (2007). Serotyping of systemic isolates was performed by Quellung reaction, while capsular genotyping of carrier isolates was performed by multiplex PCR assay. OF 215 children attending day-care centers, 152 S. pneumoniae isolates were identified (71%). Penicillin MIC showed 71% of resistance, and for ceftriaxone, 21% of resistance. No resistance was found for levofloxacin MIC testing. When compared to a 10-year old similar study in Fortaleza, our results have shown a significant increase of penicillin and ceftriaxone resistance rates. Of 26 isolates tested, only six nasopharyngeal isolates (23%) were positively genotyped by multiplex PCR. The incidence of invasive isolates was 1/100,000 inhab. per year. Of 52 systemic isolates serotyped, 42% were penicillin-resistant, and 13.5% were ceftriaxone-resistant. Systemic serotypes identified were 19F, 3, 6A, 4, 18C and 9V, with a estimated coverage by the 7-valent and 10-v pneumococcal polysaccharide conjugated vaccines of 31.8%. / O Streptococcus (S.) pneumoniae é considerado como o principal agente causador de morbidade e mortalidade em crianças menores de cinco anos de idade. Todas as doenças pneumocócicas começam com o estabelecimento da colonização do S. pneumoniae na nasofaringe, podendo progredir para doença invasiva se as barreiras naturais forem cruzadas. Nas últimas décadas, o aumento do número de cepas de S. pneumoniae resistentes à antibióticos β-lactâmicos e a outras classes de antimicrobianos tem dificultado o tratamento da infecção pneumocócica. Atualmente cerca de 13 sorotipos de S. pneumoniae respondem por mais de 85% dos isolados invasivos. A vacina pneumocócica polissacarídica conjugada 7-valente tem sido amplamente recomendada para crianças menores de cinco anos. Os objetivos desse estudo foram determinar a prevalência de S. pneumoniae em crianças portadoras, a frequência de isolados de S. pneumoniae de indivíduos com infecção sistêmica, o perfil de sensibilidade a antimicrobianos e os sorotipos mais comuns, em Fortaleza, Brasil. Os isolados de portadores foram recuperados a partir de swabs de nasofaringe de crianças usuárias de creches, enquanto que os isolados de infecção sistêmica foram cedidos pelo LACEN-CE. Foram realizadas as Concentrações Inibitórias Mínimas (CIM) para penicilina e ceftriaxona para todos os isolados, e levofloxacina apenas para os isolados de nasofaringe. Os pontos de corte das CIM foram determinados de acordo com o CLSI (2007). As sorotipagens dos isolados sistêmicos foram realizadas pela reação de Quellung, enquanto que a genotipagem capsular dos isolados de portadores foi realizada pela técnica de multiplex PCR. De 215 crianças usuárias de creches, foram isolados S. pneumoniae em 152 (71%). As CIM de 137 isolados de portadores mostraram uma taxa resistência de 71% para penicilina e de 21% para ceftriaxona. Não houve resistência nos testes com levofloxacina. Comparado a um estudo similar, realizado há 10 anos, em Fortaleza, nossos resultados apresentaram um aumento significativo nas taxas de resistência à penicilina e ceftriaxona. De 26 isolados de nasofaringe que apresentaram resistência plena, apenas, seis isolados (23%) tiveram a genotipagem capsular identificada por multiplex PCR. A incidência de isolados invasivos neste estudo por ano, foi de, aproximadamente, 1 caso/100.000 hab. Dos 52 isolados, 42% apresentaram resistência à penicilina e 13,5% à ceftriaxona. Os sorotipos mais comuns dos isolados sistêmicos foram 19F (12%), 14, 3, 6A (8% cada), 4, 18C e 9V (6% cada), com cobertura estimada, tanto para vacina pneumocócica conjugada 7-valente quanto para a 10-valente, de 31,8%.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-09T14:26:07Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DhianRenatoAlmeidaCamargo.pdf: 3559105 bytes, checksum: 559d79208eea1b927b5dfdc61f96fdc8 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-09T14:26:15Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DhianRenatoAlmeidaCamargo.pdf: 3559105 bytes, checksum: 559d79208eea1b927b5dfdc61f96fdc8 (MD5) / Approved for entry into archive by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2015-04-09T14:26:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DhianRenatoAlmeidaCamargo.pdf: 3559105 bytes, checksum: 559d79208eea1b927b5dfdc61f96fdc8 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-09T14:26:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_DhianRenatoAlmeidaCamargo.pdf: 3559105 bytes, checksum: 559d79208eea1b927b5dfdc61f96fdc8 (MD5) Previous issue date: 2014 / Fundação Oswaldo Cruz. Centro de Pesquisa René Rachou. Belo Horizonte, MG, Brasil / Noventa e dois sorotipos de Streptococcus pneumoniae já foram descritos, mas a vacina pneumocócica conjugada (PCV10) introduzida no calendário básico de vacinação do Brasil, em 2010, cobre somente os mais prevalentes no país. A substituição dos sorotipos vacinais após imunização em massa é uma grande preocupação e monitorar esse fenômeno requer métodos de sorotipagem eficientes e acessíveis. A Sorotipagem clássica de pneumococos baseada em antissoros produzidos em animais é trabalhosa, restrita a poucos laboratórios de referência, e não pode tipar isolados não capsulados. Alternativamente, os métodos de sorotipagem molecular avaliam os polimorfismos dos genes do cluster cps, que codificam enzimas chave para a síntese do CPS em Streptococcus pneumoniae. Em uma abordagem apropriada, cps-RFLP, os loci cps amplificados por PCR são digeridos com uma endonuclease gerando perfis únicos à eletroforese em gel de agarose, permitindo assim a identificação do sorotipo. Neste trabalho, nós combinamos abordagens in silico e in vitro para demonstrar que XhoII é a endonuclease mais discriminante para o método cps-RFLP, e para construir um banco de dados de perfis sorotipo-específico que acomodou a diversidade genética do lócus cps de 91 conhecidos sorotipos de pneumococos. O banco de dados de perfis cps-RFLP foi integrado ao Molecular Serotyping Tool (MST), software anteriormente publicado baseado em web-based para sorotipagem molecular. Usando XhoII, o método cps-RFLP obteve especificidade de 84,6% para sorotipagem e 100 % para sorogrupagem de pneumococos. Esta nova ferramenta pode representar uma colaboração relevante para vigilância epidemiológica em tempo real da diversidade de pneumococos em resposta a programas de imunização em massa. / Ninety-two Streptococcus pneumoniae serotypes have been described, but the pneumococcal conjugate vaccine (PCV10) introduced in the Brazilian basic vaccination schedule, in 2010, covers only the most prevalent in the country. Pneumococcal serotype-shifting after massive immunization is a major concern and monitoring this phenomenon requires efficient and accessible serotyping methods. Classical pneumococcal serotyping based on antisera produced in animals is laborious, restricted to a few reference laboratories, and cannot type non-capsulated isolates. Alternatively, molecular serotyping methods assess the polymorphisms in the cps gene cluster, which encodes key enzymes for CPS synthesis in Streptococcus pneumoniae. In one such approach, cps-RFLP, the PCR amplified cps loci are digested with an endonuclease, generating unique fingerprints on agarose gel electrophoresis, therefore allowing serotype identification. In this work, we combined in silico and in vitro approaches to demonstrate that XhoII is the most discriminating endonuclease for cps-RFLP, and to build a database of serotype-specific fingerprints that accommodates the genetic diversity within the cps locus of 91 known pneumococci serotypes. The database of cps-RFLP fingerprints was integrated to Molecular Serotyping Tool (MST), our previously published web-based software for molecular serotyping. Using XhoII, the cps-RFLP method achieved 84.6% specificity for serotyping and 100% for serogrouping of pneumococci. This new tool may represent a relevant aid to real time epidemiological surveillance of pneumococci diversity in response to mass immunization programs.

Haemophilus parasuis é o agente etiológico da Doença de Glässer, que causa artrite, pneumonia, meningite e poliserosite em suínos e tem assumido grande importância na suinocultura moderna, uma vez que sua ocorrência tem aumentado significativamente nos últimos anos em rebanhos afetados pelo circovirus suíno tipo 2. No presente estudo foram avaliadas 117 amostras de H. parasuis isoladas dentre os anos de 2009 a 2014, isoladas de suínos de diferentes estados do da região Centro-Sul do Brasil. As estirpes foram submetidas à sorotipificação, confirmação do gênero/espécie pela PCR, o perfil de resistência a antimicrobianos foi avaliado através da determinação da concentração inibitória mínima (CIM), foi realizada a caracterização genotípica das amostras por eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE) e por sequenciamento de múltiplos sítios (multilocus sequence typing - MLST) e a presença de genes de virulência vtaA foi analisada. Os sorotipos mais frequentes foram: 4 (21,3%), seguido do 5 (12,9%), do 13 (9,4%), do 14 (7,7%) e do sorotipo 1 (1,7%), e em alguns casos mais de um sorotipo foi identificado na mesma granja e até no mesmo animal, resultado este parecido ao encontrado no restante do mundo. Em todas as amostras o gene vtaA estava presente, para alguns antibióticos os índices de resistência foram elevados, como para tilosina (98,29%), danofloxacina (95,72%), sulfadimetoxina (88,03%), penicilina (77,7%) e a multirrestencia atingiu o índice alarmente de 93,16% das estirpes. Foram identificados 67 perfis diferentes no PFGE e das 9 amostras analisadas pelo MLST foram identificados novos STs, até então, não descritos mundialmente. Quando os novos STs foram comparados com os previamente descritos, estas se dispersaram entre as descritas em diferentes países. Neste estudo foi possível observar que as estirpes de H. parasuis brasileiras possuem alta variabilidade, tanto nos sorotipos, perfis de resistência, análises genômicas de PFGE e MLST / Haemophilus parasuis is the etiological agent of Glässer disease that causes arthritis, pneumonia, meningitis and polyserositis in pigs and has assumed great importance in modern swine production, since its occurrence has increased significantly in recent years in herds affected by porcine circovirus type 2. In the present study 117 strains of H. parasuis isolated between 2009 to 2014 were utilized, isolated from pigs of south center of Brazil. The strains were serotyping, confirmed genus/species by PCR, the antimicrobial resistance profile was evaluated determining the minimum inhibitory concentration (MIC) and strains were genotypically characterized by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), multilocus sequence typing (MLST) and presence of vtA virulence gene. The major serotypes identified were 4 (21.3%), 5 (12.9%), 13 (9.4%), 14 (7.7%) and at last the 1 (1.7%), In some cases more than one serotype was identified in the same farm and in the same animal, this results were identified in others parts of the world. All samples had vtA gene. The resistance for some antibiotics was high for tylosin (98.29%), danofloxacin (95.72%) sulfadimetoxin (88.03%), and penicillin (77.7%). Multidrug resistance rates reached 93.16% of the samples. A total of 67 different profiles were identified in PFGE and nine samples were analyzed by MLST. All nine strains tested were identified as new STs. When these strains were compared with MLST database, they were dispersed among the strains from other countries. In this study, it was clear that the Brazilian H. parasuis strains are highly variable considering serotypes, resistance profiles, genomic analysis of PFGE and MLST

A infecção por Actinobacillus pleuropneumoniae, doença conhecida como pleuropneumonia suína, assumiu grande importância na suinocultura moderna devido à alta ocorrência observada nos rebanhos. O impacto da doença está relacionado à capacidade do agente em causar pneumonia severa, levando os animais a óbito ou doença crônica, resultando em graves prejuízos zootécnicos. Diante desse cenário, o controle e monitoramento do agente se faz importante por meio da identificação dos diferentes sorotipos, da análise genética e da determinação dos perfis de resistência aos antimicrobianos. O objetivo do presente estudo foi caracterizar fenotípica e genotípicamente estirpes de Actinobacillus pleuropneumoniae isoladas a partir de quadros de pneumonia em suínos. Um total de 85 estipes de A. pleuropneumoniae foram submetidas a reação em cadeia pela polimerase (PCR) para identificação e sorotipagem, determinação da concentração inibitória mínima de antimicrobianos, polimorfismo do comprimento de fragmentos amplificados (AFLP) e eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Os sorotipos mais frequentes foram: 5 (38,8%), 10 (29,4%), 7 (5,9%), 8 (5,9%) e 6 (3,5%), sendo que 14 (16,5%) estirpes foram não tipáveis. Foi observada alta heterogeneidade de perfil genético entre as estirpes analisadas, tanto pelo AFLP quanto pelo PFGE, e o índice discriminatório para cada técnica foi 0,97 e 0,84, respectivamente. Todas as estirpes foram sensíveis ao ceftiofur, gentamicina, tulatromicina e tilmicosina, sendo que 98,8% das estirpes foram resistentes à tilosina e altas taxas de resistência foram observadas ainda para as tetraciclinas, clindamicina e sulfadimetoxina. / Infection by Actinobacillus pleuropneumoniae, a disease known as swine pleuropneumonia, has gained greater relevance to modern pig farming due to the high recurrence rate observed in herds. The impact of the disease relates to the capacity of the agent to cause severe pneumonia, leading to animal death or chronic conditions, thus resulting in severe zootechnical losses. In view thereof, the control and monitoring of the agent is key, being performed through the identification of different serotypes, genetic analysis and determination of antimicrobial resistance profiles. The objective of this study was to characterize phenotypically and genotypically Actinobacillus pleuropneumoniae strains isolated from swine with clinical presentation of pneumonia. A total of 85 strains of A. pleuropneumoniae were subject to polymerase chain reaction (PCR) for identification and serotyping, determination of the minimal inhibitory concentration, amplified fragment length polymorphism (AFLP) and pulsed field gel electrophoresis typing techniques (PFGE). Most recurring serotypes were: 5 (38.8%), 10 (29.4%), 7 (5.9%), 8 (5.9%) and 6 (3.5%), of which 14 (16.5%) strains were nontypeable. High genetic heterogeneity was observed for both AFLP and PFGE, and the discriminatory index for each technique was 0.97 and 0.84, respectively. All 85 strains were susceptible to ceftiofur, gentamicin, tulatromicin and tilmicosin, 84 of which were resistant to tylosin, and high resistance rates were also observed for clindamycin, tetracyclines and sulfadimethoxine.

Entre os microrganismos relevantes para a segurança alimentar, bactérias do gênero Salmonella tem se destacado como causadoras de toxinfecções, sendo motivo de preocupação constante para a cadeia de produção de aves e suínos. Os objetivos deste trabalho foram estudar a ocorrência de Salmonella spp. em suínos sadios ao abate e em animais apresentando sinais clínicos de salmonelose, tipificação dos isolados através da sorotipagem, polimorfismo do comprimento de fragmentos amplificados (AFLP) e eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Foram examinados 50 animais com sintomatologia sugestiva de salmonelose de 12 granjas dos Estados de São Paulo, Paraná e Rio Grande do Sul e analisadas amostras de fezes, linfonodos e suabes de carcaças de 124 animais de quatro frigoríficos do Estado de São Paulo. Dos suínos com sintomatologia clínica, 38% dos animais foram positivos para o isolamento de Salmonella spp., sendo selecionadas 45 cepas, classificadas como S.Typhimurium (29/45), S. Choleraesuis (9/45), S. Infantis (3/45) e S. enterica subsp. enterica (4/45). Dos 124 suínos sadios, 16,12% foram positivos para o agente, sendo isoladas 39 cepas que foram classificadas como S. London (11/39), S. Anatum (11/39), S. Typhimurium (8/39), S. Agona (2/39), S. Enteritidis (2/39) e S. enterica subsp. enterica (5/39). Através do AFLP, a caracterização genética dos isolados revelou índice discriminatório igual a 0,85 e gerou 12 perfis distintos. O índice discriminatório do PFGE foi 0,96 apresentando 31 padrões distintos. Ambas as técnicas possibilitaram uma boa correlação entre isolados, seus sorotipos e locais de isolamento, sugerindo grande potencial para sua aplicação na genotipagem de Salmonella spp. / Among relevant microorganisms to food security, Salmonella has been highlighted as a major cause of food borne diseases, being a constant concern for poultry and pig production chain. The goal of this study was to investigate the Salmonella spp incidence in healthy pigs at slaughter, as well as in pigs showing salmonellosis clinical signs, characterize strains by serotyping, Amplified fragment length polymorphism (AFLP) and Pulsed field gel electrophoresis (PFGE). Fifty animals, presenting salmonelosis suggestive clinical symptoms, from 12 swine herds from Sao Paulo, Parana and Rio Grande do Sul states were examined and clinical materials such as stool samples, lymph nodes and carcass swab from 124 animals from four Slaughterhouses in Sao Paulo state were analyzed. Among the pigs with clinical symptoms, 38% of the animals were positive for the Salmonella spp. isolation. Forty five strains were selected and classified as S.Typhimurium (29/45), S. Choleraesuis (9/45), S. Infantis (3/45) and S. enterica subsp. enterica (4/45). From the 124 healthy pigs studied, 16.12% were positive for the agent. Thirty nine strains were isolated and classified, by serotyping, as S. London (11/39), S. Anatum (11/39), S. Typhimurium (8/39), S. Agona (2/39), S. Enteritidis (2/39) and S. enterica subsp. enterica (5/39). Through AFLP, genetic characterization of isolates showed discriminatory index of 0.85 and generated 12 distinct profiles. The PFGE discriminatory index was 0.96, showing 31 distinct patterns. Both techniques allowed a good correlation between the isolates, its serotypes and isolation locations, suggesting great potential of its application in genotyping of Salmonella spp.

Haemophilus parasuis é um dos agentes bacterianos que tem assumido grande importância na indústria suinícola nos últimos anos. Por muitos anos foi considerada uma doença esporádica de suínos jovens, no entanto, com o surgimento de doenças imunossupressoras ou com o aumento da criação de suínos com alto status sanitário, sua freqüência vem assumindo proporções cada vez maiores. A caracterização das cepas através de métodos fenotípicos como a sorotipagem não tem sido suficiente para os estudos epidemiológicos sobre esta bactéria, uma vez que muitos isolados não são sorotipificáveis. Os objetivos deste estudo foram caracterizar os isolados através da sorotipagem, do Polimorfismo do Comprimento de Fragmentos Amplificados (AFLP) e da Eletroforese em Gel de Campo Pulsado (PFGE), comparando os resultados obtidos. Dentre as 51 cepas de Haemophilus parasuis avaliadas uma foi classificada como sorotipo 2, doze como sorotipo 4, seis como sorotipo 5, quatro como 13 e sete como sorotipo 14, sendo que vinte e uma amostras não foram sorotipificáveis. Através do AFLP foi possível caracterizar todos os isolados, com um índice discriminatório de 0,98, porém esta técnica não demonstrou uma boa reprodutibilidade. Através da PFGE utilizando a enzima Sma I apenas 14 cepas foram genotipadas, porém com a enzima Not I, todas apresentaram padrões de bandas e o índice discriminatório obtido foi de 0,95. Os perfis obtidos através da PFGE com a enzima Not I apresentaram a melhor correlação com os dados de origem das cepas e seus sorotipos, indicando que a técnica possui um bom potencial para aplicação em estudos epidemiológicos. / In recent years, Haemophilus parasuis has had a growing impact on the swine industry. In the past, Haemophilus parasuis infections were considered to be sporadic in young pigs. However, the incidence is increasing due to immunosuppressive diseases and the increase in the production of pigs with high sanitary status. Characterization of strains using methods based on phenotype identification is not enough to perform epidemiological studies on thebacterium, since a large percentage of isolates are nontypeable). The aim of this study was to characterize isolates according to serotyping, Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP), and Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE), and to compare characterization results. Out of the 51 strains of Haemophilus parasuis evaluated in this study: one was serotype 2; twelve serotype 4; six serotype 5; four serotype 13; and seven serotype 14. Serotyping could not be performed on the remaining 21 samples. All isolates were characterized using AFLP, with a discriminatory index of 0.98, but reproducibility of this technique is not good. Regarding PFGE, 14 strains were genotyped using enzyme Sma I; yet, with enzyme Not I, all strains presented band size and discriminatory index power of 0.95. The profiles obtained using PFGE with Not I presented better correlation with the origin and serotype of the strains, suggesting that this technique could be used in epidemiological studies with promising results.

Submitted by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-30T17:23:45Z No. of bitstreams: 1 DIS_CYNTHIA_ROCHA_DULLIUS_PARCIAL.pdf: 1616329 bytes, checksum: b78ba61ceee893e19c9a37cda76e7f26 (MD5) / Approved for entry into archive by Caroline Xavier (caroline.xavier@pucrs.br) on 2017-06-30T17:23:52Z (GMT) No. of bitstreams: 1 DIS_CYNTHIA_ROCHA_DULLIUS_PARCIAL.pdf: 1616329 bytes, checksum: b78ba61ceee893e19c9a37cda76e7f26 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-30T17:23:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_CYNTHIA_ROCHA_DULLIUS_PARCIAL.pdf: 1616329 bytes, checksum: b78ba61ceee893e19c9a37cda76e7f26 (MD5) Previous issue date: 2017-03-31 / Introduction: Respiratory infections are responsible for high morbidity and mortality in most countries. Streptococcus pneumoniae (pneumococcus) remains the main agent responsible for these infections, whether they are invasive or not. Invasive pneumococcal disease (IPD) is one in which pneumococcus is found in noble liquids, that is, previously sterile material. This study aimed to evaluate the microbiological characteristics of pneumococcus in patients admitted to a terciary hospital. Methods: A cross-sectional study with descriptive and analytical analysis, consisted of patients hospitalized at the S?o Lucas Hospital of PUCRS (HSL /PUCRS, Porto Alegre, RS) who had laboratory identification of Streptococcus pneumoniae in noble liquid from January 2005 to July 2016. Results: The majority of the population was male (58.6%) and had a mean age of 55 years (P25-75 31-71). The most frequent diagnostic was pneumonia and pneumococcus was more frequently recovered from blood culture. More than 25% of the studied population had some degree of known immunosuppression (25.3%). There was no difference in mortality when subdividing the population into having comorbidities and / or need for ICU/MV. The overall mortality of the sample was 31.1%. The most common serotypes were 19A, 3, 12F e 8. The theoretical vaccine coverage in the sample was 34.4% for the PPV23 and 50.5% for PCV13 and PPV23 associated. Conclusions: In this IPD sample, the most common serotypes were 19A, 3, 12F and 8, although it was not possible to relate them to a higher mortality ou need to ICU/MV. / Introdu??o: As infec??es respirat?rias s?o respons?veis por alta morbi-mortalidade na maioria dos pa?ses. O Streptococcus pneumoniae (pneumococo) segue sendo o principal agente destas infec??es, sendo elas invasivas ou n?o. Doen?a pneumoc?cica invasiva (DPI) ? aquela em que o pneumococo ? encontrado em l?quidos nobres, isto ?, material previamente est?ril. Este trabalho teve por objetivo avaliar as caracter?sticas microbiol?gicas do pneumococo em pacientes internados em hospital terci?rio. M?todos: Estudo transversal, com an?lise descritiva e anal?tica, realizado com pacientes internados no Hospital S?o Lucas da PUCRS (HSL/PUCRS, Porto Alegre, RS) que apresentaram identifica??o laboratorial de Streptococcus pneumoniae em l?quido nobre, de janeiro de 2005 at? julho de 2016. Resultados: Foram avaliadas 99 cepas de pneumococo. Os pacientes dos quais foram obtidas essas amostras eram em sua maioria do sexo masculino (58,6%) e com idade mediana de 55 anos (P25-75 31-71). O agravo mais frequente foi pneumonia e o pneumococo foi mais frequentemente recuperado em hemocultura. Mais de 25% da popula??o estudada tinha algum grau de imunossupress?o conhecida (25,3%). N?o houve diferen?a de mortalidade ao se subdividir a popula??o em comorbidades e/ ou necessidade de UTI/VM. A mortalidade global da amostra foi 31,1%. Os sorotipos mais comuns foram o 19A, 3, 12F e 8. A cobertura vacinal te?rica na amostra foi de 34,3% para PPV23 isoladamente e de 50,5% para a PCV13 e PPV23 associadas. Conclus?es: Nesta amostra de DPI, os sorotipos mais frequentes foram 19A, 3, 12F e 8, embora n?o tenha sido poss?vel relacionar com maior mortalidade ou necessidade de UTI/VM.

A infecção por Actinobacillus pleuropneumoniae, doença conhecida como pleuropneumonia suína, assumiu grande importância na suinocultura moderna devido à alta ocorrência observada nos rebanhos. O impacto da doença está relacionado à capacidade do agente em causar pneumonia severa, levando os animais a óbito ou doença crônica, resultando em graves prejuízos zootécnicos. Diante desse cenário, o controle e monitoramento do agente se faz importante por meio da identificação dos diferentes sorotipos, da análise genética e da determinação dos perfis de resistência aos antimicrobianos. O objetivo do presente estudo foi caracterizar fenotípica e genotípicamente estirpes de Actinobacillus pleuropneumoniae isoladas a partir de quadros de pneumonia em suínos. Um total de 85 estipes de A. pleuropneumoniae foram submetidas a reação em cadeia pela polimerase (PCR) para identificação e sorotipagem, determinação da concentração inibitória mínima de antimicrobianos, polimorfismo do comprimento de fragmentos amplificados (AFLP) e eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Os sorotipos mais frequentes foram: 5 (38,8%), 10 (29,4%), 7 (5,9%), 8 (5,9%) e 6 (3,5%), sendo que 14 (16,5%) estirpes foram não tipáveis. Foi observada alta heterogeneidade de perfil genético entre as estirpes analisadas, tanto pelo AFLP quanto pelo PFGE, e o índice discriminatório para cada técnica foi 0,97 e 0,84, respectivamente. Todas as estirpes foram sensíveis ao ceftiofur, gentamicina, tulatromicina e tilmicosina, sendo que 98,8% das estirpes foram resistentes à tilosina e altas taxas de resistência foram observadas ainda para as tetraciclinas, clindamicina e sulfadimetoxina. / Infection by Actinobacillus pleuropneumoniae, a disease known as swine pleuropneumonia, has gained greater relevance to modern pig farming due to the high recurrence rate observed in herds. The impact of the disease relates to the capacity of the agent to cause severe pneumonia, leading to animal death or chronic conditions, thus resulting in severe zootechnical losses. In view thereof, the control and monitoring of the agent is key, being performed through the identification of different serotypes, genetic analysis and determination of antimicrobial resistance profiles. The objective of this study was to characterize phenotypically and genotypically Actinobacillus pleuropneumoniae strains isolated from swine with clinical presentation of pneumonia. A total of 85 strains of A. pleuropneumoniae were subject to polymerase chain reaction (PCR) for identification and serotyping, determination of the minimal inhibitory concentration, amplified fragment length polymorphism (AFLP) and pulsed field gel electrophoresis typing techniques (PFGE). Most recurring serotypes were: 5 (38.8%), 10 (29.4%), 7 (5.9%), 8 (5.9%) and 6 (3.5%), of which 14 (16.5%) strains were nontypeable. High genetic heterogeneity was observed for both AFLP and PFGE, and the discriminatory index for each technique was 0.97 and 0.84, respectively. All 85 strains were susceptible to ceftiofur, gentamicin, tulatromicin and tilmicosin, 84 of which were resistant to tylosin, and high resistance rates were also observed for clindamycin, tetracyclines and sulfadimethoxine.

Estudos indicam que indivíduos com lesões periodontais severas apresentam maior probabilidade de serem colonizados por aggregatibacter actinomycetemcomitans de máxima leucotoxicidade (max LTX), enquanto, clones de mínima leucotoxicidade (min LTX) se associam a indivíduos com reduzida perda de inserção conjuntiva e óssea alveolar. Além disso, a severidade da doença periodontal pode se relacionar com a expressão de antígenos sorotipos-específicos de A. actinomycetemcomitans. Objetivo: Assim, este estudo transversal avaliou a prevalência de A. actinomycetemcomitans, a expressão de max LTX e min LTX leucotoxicidade e seus sorotipos a, b, c, d, e e f nas amostras positivas de A. actinomycetemcomitans oriundas desta população. Método: Foram alocados no presente estudo 764 indivíduos adultos diagnosticados com periodontite incipiente, periodontite crônica 1, 2 e 3 e periodontite agressiva. Após detalhada anamnese, profundidade de sondagem, nível clínico de inserção, Índice de Placa e Índice Gengival foram mensurados e amostras subgengivais foram coletadas dos primeiros molares e incisivos centrais. O procedimento de identificação dos genótipos e sorotipos foi realizado por meio da reação em cadeia da polimerase. Teste Qui-quadrado (P<0,05) foi utilizado para comparar as médias dos valores clínicos em relação aos microbianos. Resultados: A prevalência do microrganismo para a população em geral foi de 15,18%. Cepas de min LTX foram mais prevalentes do que as de max LTX (p<0,05) em toda população estudada. Indivíduos diagnosticados com periodontite agressiva apresentaram somente cepas de min LTX. O sorotipo b mostrou-se mais prevalente em indivíduos diagnosticados com periodontite agressiva enquanto os sorotipos a e c estiveram associados com indivíduos diagnosticados com periodontite crônica. Conclusões: Os dados obtidos neste estudo mostram similaridade com os estudos de prevalência de A. actinomycetemcomitans em diferentes países. Cepas de max LTX nem sempre estão relacionadas com indivíduos diagnosticados com periodontite agressiva. Nossos dados confirmaram ainda a relação dos sorotipo b com periodontite agressiva, e os fatores idade e gênero não foram associados com leucotoxicidade e sorotipos. / Previous studies suggest that individuals with advanced periodontal lesions harbor significantly more highly leucotoxic Aggregatibacter actinomycetemcomitans than minimally leucotoxic A.actinomycetemcomitans, while, minimally leucotoxic A. actinomycetemcomitans samples are related to less severe periodontal disease. In addition, some authors have also implicated the serotype-specific antigens of A. actinomycetemcomitans with the severity of disease. Aim: Thus, the aim of the present study was to consider the prevalence of A. actinomycetemcomitans, the expression of higly leucotoxic A. actinomycetemcomitans and minimally leucotoxic of A. actinomycetemcomitans and the presence of serotype-specific a, b, c, d, e and f antigens from positive samples of A. actinomycetemcomitans. Methods: A total of 764 adult individuals diagnosed early onset periodontitis, chronic periodontitis 1, 2 and 3 and also aggressive periodontitis will be enrolled in this survey. After anamnese, all of the patients will receive clinical examinations such as: periodontal pocket deep; clinical attachment loss; plaque and gingival indexes. Subgingival samples from first molars and central incisors were collected to microbial analysis. The genomic and serotype-specific DNA of A. actinomycetemcomitans were provided by polymerase chain reaction (PCR). Chi-square test (P<0.05) was provided to compare the mean values of clinical data according to microbial results. Results: Our results showed that the prevalence of positive samples of A. actinomycetemcomitans reached 18.4%. In general, minimally leucotoxic A.actinomycetemcomitans were statistically significantly more prevalent than highly leucotoxic A. actinomycetemcomitans (p<0.05). Subjects diagnosed aggressive periodontitis showed only samples of minimally leucotoxic of A. actinomycetemcomitans, however, these patients harbored more serotype-specific b when we compared with chronic periodontitis subjects. On the other hand, serotypes-specific a and c were associated with chronic periodontitis subjects. Conclusions: Our prevalent data was similar with several prevalent studies with different populations around the world. Very few samples of higly leucotoxic A. actinomycetemcomitans were detected. This particular condition not allowed to associate higly leucotoxic A. actinomycetemcomitans with severity of disease and also with serotype-specific. We observed a positive relationship between serotype b and aggressive periodontitis subjects. The risk factors, age and gender were not associated with leucotoxic or serotypes of A. actinomycetemcomitans.

Entre os microrganismos relevantes para a segurança alimentar, bactérias do gênero Salmonella tem se destacado como causadoras de toxinfecções, sendo motivo de preocupação constante para a cadeia de produção de aves e suínos. Os objetivos deste trabalho foram estudar a ocorrência de Salmonella spp. em suínos sadios ao abate e em animais apresentando sinais clínicos de salmonelose, tipificação dos isolados através da sorotipagem, polimorfismo do comprimento de fragmentos amplificados (AFLP) e eletroforese em gel de campo pulsado (PFGE). Foram examinados 50 animais com sintomatologia sugestiva de salmonelose de 12 granjas dos Estados de São Paulo, Paraná e Rio Grande do Sul e analisadas amostras de fezes, linfonodos e suabes de carcaças de 124 animais de quatro frigoríficos do Estado de São Paulo. Dos suínos com sintomatologia clínica, 38% dos animais foram positivos para o isolamento de Salmonella spp., sendo selecionadas 45 cepas, classificadas como S.Typhimurium (29/45), S. Choleraesuis (9/45), S. Infantis (3/45) e S. enterica subsp. enterica (4/45). Dos 124 suínos sadios, 16,12% foram positivos para o agente, sendo isoladas 39 cepas que foram classificadas como S. London (11/39), S. Anatum (11/39), S. Typhimurium (8/39), S. Agona (2/39), S. Enteritidis (2/39) e S. enterica subsp. enterica (5/39). Através do AFLP, a caracterização genética dos isolados revelou índice discriminatório igual a 0,85 e gerou 12 perfis distintos. O índice discriminatório do PFGE foi 0,96 apresentando 31 padrões distintos. Ambas as técnicas possibilitaram uma boa correlação entre isolados, seus sorotipos e locais de isolamento, sugerindo grande potencial para sua aplicação na genotipagem de Salmonella spp. / Among relevant microorganisms to food security, Salmonella has been highlighted as a major cause of food borne diseases, being a constant concern for poultry and pig production chain. The goal of this study was to investigate the Salmonella spp incidence in healthy pigs at slaughter, as well as in pigs showing salmonellosis clinical signs, characterize strains by serotyping, Amplified fragment length polymorphism (AFLP) and Pulsed field gel electrophoresis (PFGE). Fifty animals, presenting salmonelosis suggestive clinical symptoms, from 12 swine herds from Sao Paulo, Parana and Rio Grande do Sul states were examined and clinical materials such as stool samples, lymph nodes and carcass swab from 124 animals from four Slaughterhouses in Sao Paulo state were analyzed. Among the pigs with clinical symptoms, 38% of the animals were positive for the Salmonella spp. isolation. Forty five strains were selected and classified as S.Typhimurium (29/45), S. Choleraesuis (9/45), S. Infantis (3/45) and S. enterica subsp. enterica (4/45). From the 124 healthy pigs studied, 16.12% were positive for the agent. Thirty nine strains were isolated and classified, by serotyping, as S. London (11/39), S. Anatum (11/39), S. Typhimurium (8/39), S. Agona (2/39), S. Enteritidis (2/39) and S. enterica subsp. enterica (5/39). Through AFLP, genetic characterization of isolates showed discriminatory index of 0.85 and generated 12 distinct profiles. The PFGE discriminatory index was 0.96, showing 31 distinct patterns. Both techniques allowed a good correlation between the isolates, its serotypes and isolation locations, suggesting great potential of its application in genotyping of Salmonella spp.