Les logiques modales sont des logiques permettant la représentation et l'inférence de connaissances. La logique hybride est une extension de la logique modale de base contenant des nominaux, permettant de faire référence à un unique individu ou monde du modèle. Dans cette thèse nous présentons plusieurs algorithmes de tableaux pour logiques hybrides expressives. Nous présentons aussi une implémentation de ces calculs, et nous décrivons les tests de correction et de performance que nous avons effectués, ainsi que les outils les permettant. De plus, nous étudions en détail une famille particulière de logiques liée aux logiques hybrides : les logiques avec opérateurs de comptage. Nous étudions la complexité et la décidabilité de certains de ces langages.

Les travaux présentés dans cette thèse sont lies aux problèmes de vérification de l'atteignabilité et de la terminaison de programmes qui manipulent des données entières non-bornées. On décrit une nouvelle méthode de vérification basée sur une technique d'accélération de boucle, qui calcule, de manière exacte, la clôture transitive d'une relation arithmétique. D'abord, on introduit un algorithme d'accélération de boucle qui peut calculer, en quelques secondes, des clôtures transitives pour des relations de l'ordre d'une centaine de variables. Ensuite, on présente une méthode d'analyse de l'atteignabilité, qui manipule des relations entre les variables entières d'un programme, et applique l'accélération pour le calcul des relations entrée-sortie des procédures, de façon modulaire. Une approche alternative pour l'analyse de l'atteignabilité, présentée également dans cette thèse, intègre l'accélération avec l'abstraction par prédicats, afin de traiter le problème de divergence de cette dernière. Ces deux méthodes ont été évaluées de manière pratique, sur un nombre important d'exemples, qui étaient, jusqu'a présent, hors de la portée des outils d'analyse existants. Dernièrement, on a étudié le problème de la terminaison pour certaines classes de boucles de programme, et on a montré la décidabilité pour les relations étudiées. Pour ces classes de relations arithmétiques, on présente un algorithme qui s'exécute en temps au plus polynomial, et qui calcule l'ensemble d'états qui peuvent générer une exécution infinie. Ensuite on a intégré cet algorithme dans une méthode d'analyse de la terminaison pour des programmes qui manipulent des données entières.

Le tristement célèbre Ecran Bleu de la Mort de Windows introduit bien le problème traité. Ce bug est souvent causé par la non-terminaison d'un pilote matériel : le programme s'exécute infiniment, bloquant ainsi toutes les ressources qu'il s'est approprié pour effectuer ses calculs. Cette thèse développe des techniques qui permettent de décider, préalablement à l'exécution, la terminaison d'un programme donné pour l'ensemble des valeurs possibles de ses paramètres en entrée. En particulier, nous nous intéressons aux programmes qui manipulent des nombres flottants. Ces nombres sont omniprésents dans les processeurs actuels et sont utilisés par pratiquement tous les développeurs informatiques. Pourtant, ils sont souvent mal compris et, de fait, source de bugs. En effet, les calculs flottants sont entachés d'erreurs, inhérentes au fait qu'ils sont effectués avec une mémoire finie. Par exemple, bien que vraie dans les réels, l'égalité 0.2 + 0.3 = 0.5 est fausse dans les flottants. Non gérées correctement, ces erreurs peuvent amener à des évènements catastrophiques, tel l'incident du missile Patriot qui a fait 28 morts. Les théories que nous développons sont illustrées, et mises à l'épreuve par des extraits de codes issus de programmes largement répandus. Notamment, nous avons pu exhiber des bugs de terminaisons dues à des calculs flottants incorrects dans certains paquets de la distribution Ubuntu. / The infamous Blue Screen of Death of Windows appropriately introduces the problem at hand. This bug is often caused by a non-terminating device driver: the program runs infinitely, blocking in the process all the resources it allocated for its calculations. This thesis develops techniques that allow to decide, before runtime,termination of a given program for any possible value ​​of its inputs. In particular, we are interested in programs that manipulate floating-point numbers. These numbers are ubiquitous in current processors andare used by nearly all software developers. Yet, they are often misunderstood and, hence, source of bugs.Indeed, floating-point computations are tainted with errors. This is because they are performed within a finite amount of memory. For example, although true in the reals, the equality 0.2 + 0.3 = 0.5 is false in the floats. Not handled properly, these errors can lead to catastrophic events,such as the Patriot missile incident that killed 28 people. The theories we develop are illustrated, and put to the test, by code snippets taken from widely used programs. Notably, we were able to exhibit termination bugs due toincorrect floating-point computations in some packages of the Ubuntu distribution.

Cette thèse est dédiée à l’étude, à la réalisation et à la caractérisation de nouvelles périphéries de TRIAC. L’objet de cette recherche est de réduire l’espace occupé par la périphérie en tentant de conserver le même niveau de performances au blocage. Deux voies d’amélioration ont été poursuivies : l’une concerne la réalisation de caissons d’isolation par thermomigration d’aluminium, l’autre implique l’intégration du silicium poreux dans le caisson d’isolation. La thermomigration d’aluminium est une technique attractive permettant de remplacer les techniques de diffusion conventionnelles. Son industrialisation subit cependant quelques verrous technologiques, notamment le retrait des résidus aluminés et la formation de billes. Deux procédés de gravure ont été développés en vue d’enlever sélectivement l’ensemble de résidus. L’origine des billes a été analysée à l’aide d’observations expérimentales et de modélisations numériques. En utilisant un motif incluant des trous carrés aux intersections, des résultats encourageants ont été démontrés malgré une uniformité thermique encore optimisable. La deuxième voie d’innovation consiste à profiter des propriétés diélectriques du silicium poreux. Un procédé de masquage par fluoropolymère a été développé pour la localisation du silicium poreux. Les conditions d’anodisation adéquates ont été déterminées. La caractérisation de prototypes a montré des tenues au blocage largement améliorées par rapport à l’étude précédente. Bien que les tenues en tension nécessaires n’aient pas été atteintes, des courants de fuite inférieures à 10 μA ont été constatés jusqu’à plusieurs centaines de volts. / This thesis is dedicated to the study, the realization and the testing of “Planar” type TRIAC with novel peripheries. The aim of this research is to shrink the device periphery while maintaining the same level of blocking performances. Two paths of innovation have been pursued: one concerning Al-Si thermomigration for the production of through-wafer isolation walls, and the other involving porous silicon and its integration in the isolation walls. Al-Si thermomigration is an attractive mean allowing to replace conventional diffusion technologies. However, several remaining issues, such as the removal of the unintentional residues and the ball formation phenomenon, block its commercial application. Two different etching procedures have been developed in order to selectively remove all residues. The origin of the ball phenomenon has been analyzed using experimental observations and numerical modeling. By using a new pattern including square holes at intersections, encouraging results have been demonstrated in spite of an optimizable thermal uniformity. The second way of innovation is to take advantage of the dielectric properties of the porous silicon. A fluoropolymer masking process has been developed for local porous silicon formation. The appropriate anodization conditions have been determined. The characterization results showed improved blocking performances compared to the previous study. Although the necessary voltage requirements are not met, leakage currents of less than 10 μA have been observed up to several hundred volts.

Les gènes IMA (Inhibitor of Meristem Activity) et MIF2 (MIni zinc Finger 2) codent des protéines de la famille des « MIni zinc Finger » impliquées dans le développement et la réponse hormonale. Leur fonction est intimement liée à leur capacité d’interaction avec des protéines partenaires au travers de leur unique domaine, un doigt de zinc non-canonique. La génération et la caractérisation de plantes gain- et perte-de-fonction pour ces gènes chez Solanum lycopersicum et Arabidopsis thaliana nous a permis de mettre en évidence leur homologie fonctionnelle dans le mécanisme d’arrêt de la prolifération des cellules souches méristématiques : la terminaison florale. Au cours du développement floral précoce, leur expression est induite par le facteur de transcription à MADS-BOX AGAMOUS. Les protéines codées sont capables d’intéragir avec le facteur de transcription à doigt de zinc C2H2 KNUCKLES (KNU) et de recruter le co-facteur TOPLESS (TPL) ainsi que l’HISTONE DEACETYLASE19 (HDA19) pour former un complexe multimérique impliqué dans le remodelage de la chromatine. Ce complexe intervient ensuite afin de réprimer l’expression du régulateur majeur de la prolifération des cellules souches méristématiques WUSCHEL. Les travaux qui ont suivi ont permis de montrer qu’au-delà de leur intervention dans ce processus, les protéines IMA et MIF2 sont impliquées d’une manière plus générale dans le développement floral et l’organogenèse. Leur fonction de protéine adaptatrice est sans doute permise par le désordre intrinsèque qui les caractérise et qui leur permettrait une spécificité d’interaction avec divers partenaires protéiques. / IMA (Inhibitor of Meristem Activity) and MIF2 (MIni zinc Finger 2) are two members of the MIni zinc Finger family (MIF) involved in the regulation of floral development and hormonal signaling pathways. Their ability to control physiological events is linked to their unique domain, a non canonical zinc finger, which confers to MIF the capacity to interact with other proteins. The characterization of gain- and loss-of-function lines for these genes in Solanum lycopersicum and Arabidopsis thaliana allowed us to unravel their functional homology in the termination of floral stem cell maintenance. During early floral development, IMA and MIF2 gene expression is induced by the MADS-Box transcription factor AGAMOUS. Then, IMA and MIF2 proteins recruit the C2H2 zinc finger KNUCKLES (KNU), in a transcriptional repressor complex together with TOPLESS (TPL) and HISTONE DEACETYLASE19 (HDA19). This complex binds to the WUSCHEL (WUS) locus leading to WUS repression via a chromatin deacetylation mechanism. Further work allowed us to demonstrate that IMA and MIF2 play a wider role in floral development and organogenesis. Their function as adaptor protein is probably linked to their intrinsic disorder leading to structural flexibility and interaction specificity with a large range of partners.

La désadénylation des ARNm fait intervenir les complexes de désadénylation PAN2-PAN3 et CCR4-NOT-TOB mais aussi le complexe de terminaison de la traduction eRF1-eRF3. Ces trois complexes ont la capacité d'interagir avec la protéine PABP. Cependant, le rôle d'eRF3 n'est pas clairement établi. Il a été décrit que les facteurs eRF3, PAN3 et TOB sont en compétition pour l'interaction avec PABP et qu'il y a un couplage entre la terminaison de la traduction et la désadénylation assuré par eRF3. Chez l'homme, le gène eRF3/GSPT1 présente 5 formes alléliques qui diffèrent par le nombre de répétitions de codons GGC à l'extrémité 5' du cadre de lecture (7, 9, 10, 11 et 12-GGC). Une corrélation entre l'allèle 12-GGC et le risque de développement de cancer du sein et de l'estomac a été mis en évidence. Notre objectif est (i) d'améliorer notre compréhension du rôle d'eRF3 dans le processus de couplage traduction-dégradation des ARNm, (ii) de comprendre l'effet du polymorphisme de la région N-terminale d'eRF3 sur son interaction avec PABP. A travers la méthode de résonnance plasmonique de surface (SPR), nous montrons que l'affinité de la forme allélique 12-GGC est 10 fois plus faible que celle d'eRF3a (10-GGC). Cette différence est essentiellement due à la plus faible association de la forme 12-GGC avec PABP. La plus faible affinité de la forme 12-GGC d'eRF3 entrainerait une dérégulation de la désadénylation au moins pour certains ARNm et pourrait ainsi promouvoir la prolifération cellulaire et la carcinogenèse. La région N-terminale d'eRF3 contenant la répétition de glycine joue un rôle crucial dans l'interaction eRF3-PABP, dans la désadénylation et donc dans la stabilité de l'ARNm. / The mRNA deadenylation involves the deadenylation complexes PAN2-PAN3 and CCR4-NOT-TOB and the translation termination complex eRF1-eRF3. All three proteins, eRF3, PAN3 and TOB, interact with the PABP protein. However, the role of eRF3 is still unclear. It has been reported that eRF3, TOB and PAN3 compete for the binding to PABP. Recently, it has been suggested that eRF3 may regulate mRNA deadenylation in a translation termination-coupled manner. In human, the gene eRF3/GSPT1, contains a trinucleotide GGC repeat in its 5’ end which lead to 5 allelic forms of the gene. There are five known alleles of this gene (7, 9, 10, 11 and 12-GGC). A strong correlation between the longest allele (12-GGC) and gastric and breast cancer development has been reported. Our project was (i) to improve our understanding on the role of eRF3 in the coupling of mRNA deadenylation with translation termination, (ii) to understand whether the GGC repeat polymorphism of eRF3 influences eRF3-PABP interaction. The kinetic measurements of eRF3-PABP interaction obtained by Surface Plasmon Resonance (SPR) show that the affinity of the allelic 12-GGC form is 10 fold lower than that of eRF3a (10-GGC). This decrease is mostly due to difference in the association rate of the complex. The weaker affinity of the 12-GGC allelic form may result in a deregulation of deadenylation, at least for some mRNAs, and thus, could promote cell proliferation and carcinogenesis. In fine, we show that the N-terminal region of eRF3 containing the glycine expansion plays a key role in the eRF3-PABP interaction, in the deadenylation process, and hence, in mRNA stability.

Ces dernières décennies ont été marquées par la découverte de la transcription dite « cachée » ou « pervasive ». Il a été en effet montré que la majeure partie du génome des eucaryotes est transcrite, donnant naissance à la formation de nombreux ARNs non-codants. La délimitation des unités de transcription apparait essentielle dans le contrôle de l’expression des gènes mais également dans le maintien de l’intégrité des processus associés à l’ADN en limitant notamment l’apparition de conflits avec la transcription. Dans ce contexte, l’initiation et la terminaison de la transcription représentent des étapes clés dans le partitionnement du génome et le métabolisme des ARNs. Nous avons montré que certains facteurs de transcription, appelés GRFs (General Regulatory Factors) chez la levure S. cerevisiae, jouent un rôle important dans le contrôle de la transcription pervasive à la fois au niveau de l’initiation mais également de la terminaison de la transcription et sont également requis pour assurer la fidélité de la transcription des gènes codant les ARN messagers. Nous avons prouvé que les GRFs liés au niveau des régions promotrices sont capables d’induire la terminaison de la transcription en bloquant physiquement la progression d’ARN polymérases issues de la translecture des terminateurs situés en amont. D’après nos études, cette voie de terminaison appelée « roadblock » est très répandue à l’échelle du génome et joue un rôle important dans la protection des promoteurs contre l’interférence transcriptionnelle. Nous avons également découvert que les GRFs limitent la transcription pervasive en obstruant les sites d’initiations ectopiques situés à proximité de leur site de fixation sur l’ADN. Ces facteurs sont aussi impliqués dans le contrôle de l’expression des gènes codants en favorisant l’utilisation de sites d’initiations les plus appropriés, c’est-à-dire, permettant la synthèse d’ARNs ayant un fort potentiel codant. Le rôle des GRFs dans le contrôle de l’initiation apparait intimement lié à leur capacité à correctement positionner les nucléosomes au niveau des promoteurs en collaboration avec les facteurs de remodelage de la chromatine. / The last decades have been marked by the discovery of pervasive transcription. Indeed, many studies have shown that transcription by RNA polymerase II is not restricted to annotated regions but is widespread in eukaryotic genomes, leading to the production of a plethora of non-coding RNAs. Precise delimitation of transcriptional units appears to be essential to ensure robust fidelity of gene expression and to maintain the integrity of DNA-associated events by preventing the occurrence of conflicts with transcription. In this respect, accurate transcription initiation and termination represent crucial mechanisms to partition the genome and define the correct processing of RNA molecules. Here, we show that yeast general regulatory factors (GRFs), a class of highly expressed transcription regulators, control pervasive transcription at the level of initiation and termination and are also involved in the fidelity of initiation of mRNA-coding genes. We demonstrate that GRFs bound at promoter regions can elicit transcription termination by physically impeding the progression of polymerases mainly deriving from readthrough transcription at upstream canonical termination sites. We provide evidence that this termination pathway named roadblock is widespread throughout the yeast genome and protects promoter regions from transcriptional interference. Furthermore, we establish that the presence of general regulatory factors also limits pervasive transcription at the level of initiation, notably by occluding spurious transcription start sites present in the vicinity of their binding sites. We also unveil the importance of these factors in promoting correct transcription start site selection at mRNA-coding genes thus favouring the synthesis of transcripts with an appropriate coding potential. Finally, we determine that the role of GRFs in controlling proper initiation is intimately linked to their ability to correctly position nucleosomes in promoters, a role that occurs independently from but in cooperation with chromatin remodelers.

Entre 10% et 30% des maladies humaines sont liées à l'apparition d'une mutation non-sens (PTC). La synthèse protéique est alors arrêté prématurément. Cet arrêt peut être inhibé par des molécules inductrices de translecture qui permettent l’incorporation d’un ARNt suppresseur naturel au niveau du PTC (translecture). Le ribosome peut alors franchir le PTC et restaurer l’expression de la protéine.Au cours de ma thèse, je me suis intéressé à la suppression des codons stop en caractérisant de nouvelles molécules inductrices de translecture et en analysant les mécanismes de la fidélité de la traduction.J’ai tout d’abord mis au point un système de criblage innovant avec lequel j’ai testé plus de 17 000 molécules et identifié la molécule TLN468. J’ai pu mettre en évidence que cette molécule est capable d’induire la réexpression d’une protéine p53 active.J'ai aussi caractérisé de nouveaux composés dérivés d’aminoglycosides. J’ai pu montré que le NB124 est capable d’induire l’apoptose de cellules tumorales via la réexpression de la protéine p53 tout ayant une toxicité bien plus faible que la gentamicine.En parallèle, j’ai développé une approche en molécule unique permettant d’étudier les erreurs programmées du ribosome (recodage). J’ai ainsi pu analyser la cinétique d’élongation des ribosomes eucaryotes et montré que l’initiation de la traduction sur un site d’entrée interne (IRES) ralentit le ribosome lors des premiers cycles d’élongation. / Nonsense mutations, also known as premature termination codons (PTCs) are responsible for 10% to 30% of all human genetic diseases. Nonsense translation suppression can be induced by readthrough inducers. The presence of such PTC leads to premature translation termination. These stop therapeutic strategies have emerged which attempt to use molecules that facilitate tRNA incorporation at the PTC (readthrough). The, translation continue in the same reading frame until the next stop codon. I first developed an innovative screening system I used to test more than 17,000 molecules and have identified one hit, TLN468 molecule. I have shown that this molecule is able to induce re-expression of an active p53 protein.I also characterized new compounds derived from aminoglycosides. I have shown that the NB124 induces apoptosis of tumor cells by re-expressing p53 protein while having a much lower toxicity than gentamicin.I developed a single molecule approach for studying the ribosome programmed errors (recoding). I was able to analyze the kinetics of elongation eukaryotic ribosomes and showed that the initiation of translation at an internal entry site (IRES) slows the ribosome during the first elongation cycle.

Le sujet de thèse sur lequel je travaille depuis trois ans est l’étude et le développement des systèmes photoamorceurs pour des applications holographiques. Ce travail a lieu en collaboration avec l’équipe BMS (Bayer Material Science) de Bayer-Leverkusen (Allemagne). Mes études se sont limitées aux systèmes utilisables avec une source d’irradiation appartenant à la partie visible du spectre électromagnétique de la lumière (400 nm – 700 nm).Parmi les différents types des réactions de polymérisation, nous avons choisi la polymérisation radicalaire. L’étape cruciale dans cette réaction réside dans la génération des radicaux qui amorcent la réaction. Ces derniers sont formés par transformation, via absorption de lumière, d’un composé photosensible. La formation de ces espèces est en général en compétition avec plusieurs processus de désactivation. Les polymérisations radicalaires sont en particulier fortement inhibées par l’oxygène de l’air. Pour réduire l’effet de l’oxygène et pour avoir des conditions comparables à ceux appliqués dans l’industrie, nos échantillons ont été préparés en utilisant la technique laminée (l’échantillon est mis entre deux films de polypropylène). [...] / The subject of the thesis I have been working on for three years is the study and development of photoinitiating systems for holographic applications. This work takes place in collaboration with the BMS (Bayer Material Science) team from Bayer Leverkusen (Germany). My studies have been limited to systems used with a radiation source belonging to the visible part of the electromagnetic spectrum of light (400 nm - 700 nm). Among the different types of polymerization reactions, we chose the radical polymerization. The critical step in this reaction is the generation of radicals which initiate the reaction. These are formed by transformation via absorption of light of a photosensitive compound. The formation of these species is generally in competition with several deactivation process. [...]

L’ARN polymérase II (ARNPII) synthétise des ARNs codants et des ARNs non-codants (ARNnc) tels que les petits ARNs nucléaire/nucléolaire (sn/snoRNAs) et les CUTs (Cryptic Unstable Transcripts). Les CUTs sont des transcrits ubiquitaire souvent produits dans des régions codants dont la transcription peut interférer avec l’expression des gènes. Le contrôle de l’expression des ARNnc est essentiel et se fait aux niveaux de la terminaison de la transcription et la dégradation de l’ARN. Chez la levure Saccharomyces cerevisiae la terminaison de la transcription des gènes codants est effectuée par le Facteur de Clivage et de Polyadénylation (CPF), tandis que les ARNnc courts sont terminés par le complexe Nrd1p-Nab3p-Sen1p (NNS). La terminaison de la transcription est régulée par la phosphorylation du domaine C-terminal (CTD) de l’ARNPII composé de répétitions du motif Y1S2P3T4S5P6S7. Un niveau élevé de phosphorylation des résidus Ser5 près du promoteur permet l’activité du complexe NNS. La phosphorylation des résidus Ser2 est catalysée durant la transcription par la kinase Ctk1p et ces résidus sont reconnus par des éléments de la voie CPF. Mon travail de thèse a porté sur le mécanisme de terminaison de la transcription par le complexe NNS. La terminaison NNS dépend de la liaison de Nrd1p et Nab3p à des motifs dans l’ARN naissant et l’activité hélicase de Sen1p qui provoque le relarguage de la polymérase. La sous-unité Nrd1p interagit avec le domaine CTD de l’ARNPII phosphorylé sur Ser5 à travers son domaine CID (CTD-interaction domain). Le rôle du CID dans la terminaison à été proposé mais pas encore clairement démontré. En collaboration avec le groupe de P. Cramer (Université Louis-et-Maximilien de Munich Allemagne) nous avons mis en évidence que le CID est requis pour une terminaison efficace par la voie NNS et qu’il est important pour le recrutement de Nrd1p sur l’ARNPII. Le CID est aussi impliqué de manière directe ou indirecte dans l’interaction de Sen1p avec Nrd1p et Nab3p. En parallèle, avec le groupe de F. Holstege (Université Centre Médicale de Utrecht, Pays-Bas) nous avons montré que la phosphorylation en Ser2 du domaine CTD est requise pour une terminaison efficace par la voie NNS. De manière surprenante, ce résidu joue un rôle mineur dans la terminaison des ARNs codants effectuée par le complexe CPF. Les ARNs naissant terminés par le complexe NNS sont rapidement ciblés par le complexe nucléase exosome/Rrp6p et son cofacteur TRAMP ce qui mène a la maturation des sn/snoRNAs et la destruction des CUTs. Le complexe NNS interagit in vivo avec l’exosome et le complexe TRAMP, ce qui facilite la dégradation. Cependant les détails moléculaires de cette interaction restent inconnus. Nous avons montré que le domaine CID est requis et suffisant in vivo et in vitro pour l’interaction de Nrd1p avec la partie C-terminale de la sous-unité Trf4p du complexe TRAMP, que nous avons appelé NIM (Nrd1p-Interaction Motif). En collaboration avec le groupe de R. Stefl (Université Masaryk, République Tchèque) nous avons étudié par spectroscopie RMN la structure de ce motif NIM lié au CID. Nous avons mis en évidence que le CID lie le NIM et le CTD de façon similaire, et que ces interactions sont mutuellement exclusives. Le NIM se lie au CID environ 100 fois plus fortement qu’au CTD. Nous proposons que ces interactions alternatives de Nrd1p définissent des formes différentes du complexe NNS, une qui fonctionne dans la terminaison de la transcription, l’autre qui est active dans la dégradation. In vitro l’interaction du NIM avec le CID stimule l’activité poly(A)-polymérase de Trf4p ce qui suggère une fonction importante de cette interaction dans la dégradation. Nous montrons aussi que Rrp6p interagit directement avec Trf4p et cette liaison in vivo sert à recruter le complexe TRAMP à l’exosome Nous proposons que ce jeu serré d’interactions entre les complexes NNS, TRAMP et l’exosome/Rrp6p contribue à augmenter l’efficacité de dégradation de l’ARN in vivo / The RNA polymerase II (RNAPII) synthesizes protein-coding RNAs and many non-coding RNAs (ncRNAs) such as small nuclear/nucleolar (sn-/snoRNAs) and Cryptic Unstable Transcripts (CUTs). CUTs are ubiquitously transcribed including overlapping and antisense to genes, which can interfere with gene expression. Control of ncRNA expression is vital and also operates at the level of transcription termination and RNA degradation.In yeast Saccharomyces cerevisiae transcription of protein-coding genes is terminated by the Cleavage and Polyadenylation Factor (CPF), while short ncRNAs are generated by transcription termination dependent from the Nrd1p-Nab3p-Sen1p (NNS) complex. Transcription termination is regulated by phosphorylation of the carboxy-terminal domain (CTD) of the Rpb1p subunit of RNAPII, composed of repeats of the Y1S2P3T4S5P6S7 motif. Promoter-proximal high levels of serine 5 phosphorylated (Ser5P) CTD favors the function of the NNS pathway while the Ser2 phosphorylated mark (Ser2P), which is gradually introduced during transcription by Ctk1p, is recognized by components of the CPF pathway. The study of the mechanism of action of the NNS complex was the subject of my PhD work.NNS-dependent transcription termination is driven by the recognition of four nucleotide motifs in the nascent RNA by Nrd1p and Nab3p and the release of the RNAPII by the Sen1p helicase. Nrd1p interacts with the CTD-Ser5P via its CTD-interaction domain (CID). Thus a role of the CID in termination was anticipated but not demonstrated. In collaboration with the group of P. Cramer (Ludwig Maximilian University of Munich, Germany), we have shown that the Nrd1p CID domain is required for efficient transcription termination at most NNS-target genes and that it is important for the recruitment of Nrd1p to the RNAPII. This domain is also involved, directly or indirectly, in the interaction of the Sen1p helicase with Nrd1p and Nab3p. In the second project, in collaboration with F. Holstege group (University Medical Center Utrecht, Netherlands), we have shown that the CTD-Ser2P mark is important for efficient transcription termination by the NNS pathway but, surprisingly, it appears to play a minor role in termination of mRNA-coding genes by the CPF-complex.Shortly after NNS-dependent termination, the released ncRNAs are targeted by the nuclear exosome/Rrp6p nuclease complex and its cofactor the TRAMP which results in trimming of sn-/snoRNAs to a mature form and complete degradation of CUTs. The NNS complex co-purifies in vivo with the TRAMP/exosome, which is believed to facilitate subsequent degradation and processing. However, the molecular details of this interaction are unknown. We show that the CID is required and sufficient in vivo and in vitro for the interaction of Nrd1p with a motif present in the C-terminal region of Trf4p, which we called NIM (for Nrd1p-Interaction Motif). In collaboration with the group of R. Stefl (Masaryk University, Czech Republic), we obtained the NMR structure of the CID bound to the NIM and demonstrated that the CID binds in a similar manner to the CTD and the NIM. The CID interacts with the CTD and the NIM in a mutually exclusive manner and the former interaction is roughly 100 times stronger than the first. We propose that these alternative interactions represent two forms of the NNS complex, one functioning in termination and the other in degradation. Importantly, the NIM-CID interaction is likely to be functionally relevant since in vitro it results in the stimulation of the polyA polymerase activity of the Trf4p. We further show that Trf4p interacts directly with Rrp6p, which in vivo serves to recruit the TRAMP to the core exosome complex. This tight interplay between the NNS, TRAMP and exosome/Rrp6p complexes most likely accounts for the efficiency of RNA degradation in vivo.