O presente trabalho tem como objetivo estudar alternativas de controle químico e biológico de isolados de Pythium para aplicação na formação de mudas de tabaco. Estudou-se por meio de bioensaios a compatibilidade de duas cepas de Trichoderma harzianum (ESALQ 1306 e 1316) com sete fungicidas. Os mesmos fungicidas foram avaliados quanto à capacidade de inibição de quatro isolados de Pythium spp. A atividade antagônica das cepas de T. harzianum foram testadas in vitro, em três momentos de inoculação a 23 e 28ºC para quatro isolados de Pythium spp. A eficiência de controle in vivo de Pythium sp., bem como germinação, massa seca e mudas aptas foram avaliadas em condições de casa de vegetação, com os fungicidas químicos Ridomil Gold MZ e Infinito, e biológicos Trichodermil 1306 e o produto experimental Trichodermil 1316. As cepas de T. harzianum apresentaram compatibilidade com todos os fungicidas testados. Todos os isolados de Pythium foram inibidos pelos fungicidas Censor, Amistar WG 500, Infinito e Ridomil Gold MZ em ensaios. A cepa ESALQ 1316 apresentou maior eficiência de inibição dos isolados de Pyhtium, em cultivo pareado, sendo 100% eficiente, independente do momento de inoculação, após 14 dias. Isoladamente o Trichodermil cepa ESALQ 1306 foi mais eficiente que o produto experimental Trichodermil cepa ESALQ 1316 no controle de Pythium sp. em mudas de tabaco. A combinação do Ridomil Gold MZ ou Infinito com o Trichodermil 1316 apresentou maior eficiência de controle de Pythium sp. quando comparada ao agente de biocontrole isoladamente em mudas de tabaco. / The present work aims to study alternatives for chemical and biological control of Pythium isolates for application in tobacco seedlings. It was studied by bioassays the compatibility of two strains of Trichoderma harzianum (ESALQ 1306 and 1316) with seven fungicides. The same fungicides were evaluated for their ability to inhibit four isolates of Pythium sp. The antagonistic activity of strains of T. harzianum were tested in vitro on three different occasions inoculation at 23 and 28 º C for four isolates of Pythium sp. The control efficiency in vivo of Pythium sp. and germination, seedling dry weight and suitable conditions were evaluated in a greenhouse with chemical fungicides Ridomil Gold MZ and Infinito, and biological products, Trichodermil 1306 and Trichodermil 1316. The strains of T. harzianum showed compatibility with all fungicides tested. All the isolates of Pythium were inhibited by fungicides Censor, Amistar WG 500, Infinito and Ridomil Gold MZ in trials. The strain ESALQ 1316 was more efficient inhibition of isolates Pyhtium in paired culture, being 100% effective, regardless of time of inoculation, after 14 days. On average Trichodermil 1306 was more efficient than the experimental product Trichodermil 1316 in the control of Pythium sp. in tobacco seedlings. The combination of Ridomil Gold MZ or Infinito with Trichodermil 1316 was more effective control of Pythium sp. compared with the biological control agent alone in tobacco seedlings.

Made available in DSpace on 2014-07-29T15:16:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao andrei.pdf: 2548450 bytes, checksum: dedf19335cba3686a528075fb5da8300 (MD5) Previous issue date: 2010-02-26 / Species of Trichoderma are commercially applied as biological control agents against plant fungal pathogens. Their action is based on a set of events, such as the production of antifungal metabolites, competition for space and nutrients and mycoparasitism. However the biocontrol mechanism of the interaction between Trichoderma harzianum and Fusarium solani is not yet understanded at the transcriptome level. This study aimed to initiate the preliminary development of an expressed sequence tag (EST) database for Trichoderma harzianum and thereby gain potentially useful information on Trichoderma gene sequences in order to elucidate the integrated biocontrol mechanism. Partial sequencing of anonymous cDNA clones is a widely used technique for gene identification. A directional cDNA library has been constructed from mycelium of Trichoderma harzianum grown on cell wall isolated from Fusarium solani. 3984 clones have been randomly selected, subjected to single-pass sequencing from the 5 end of the vector, and identified by sequence similarity searches against gene sequences in GenBank fungal database. Of the 3984 mycelium clones, 40.8% exhibit similarity to known genes. Analysis of the identified clones indicated sequence similarity to a broad diversity of genes encoding proteins such as enzymes, structural proteins, and regulatory factors. A significant proportion of genes identified were involved in processes related to mycoparasitism (3,81%), as would be expected in biocontrol fungus. These results present the successful application of EST analysis in the interaction of Trichoderma harzianum and Fusarium solani to provide a preliminary indication of gene expression. / Espécies do gênero Trichoderma são comercialmente aplicadas como agentes de controle biológico contra fungos patógenos de plantas. Sua ação é baseada em diferentes mecanismos como a produção de antibióticos voláteis e não-voláteis, competição por espaço e nutrientes e micoparasitismo. O mecanismo de biocontrole da interação entre Trichoderma harzianum e Fusarium solani ainda não foi explorado ao nível de transcriptoma. Este estudo buscou iniciar o desenvolvimento de uma base de dados de EST (Expressed Sequence Tags) para assim obter informações úteis nas sequências de Trichoderma harzianum e entender melhor as vias integradas do mecanismo de biocontrole. Uma biblioteca direcional de cDNA foi construída a partir do micélio de Trichoderma harzianum crescido em parede celular isolada de Fusarium solani. 3984 clones foram selecionados aleatoriamente, submetidos ao seqüenciamento da região 5 do vetor e identificados por similaridade contra a base de dados de seqüências de fungos GenBank. Dentre os 3984 clones, 40,8% mostraram similaridade com genes conhecidos e descritos na literatura. Análises dos genes identificados indicam similaridade com uma grande diversidade de genes que codificam para enzimas, proteínas estruturais e fatores de regulação. Uma proporção significante dos genes identificados está envolvida com processos relacionados ao icoparasitismo (3,81%), como esperado para um fungo envolvido no controle biológico. Estes resultados mostram uma aplicação bem sucedida da análise de ESTs na interação entre Trichoderma harzianum e Fusarium solani e dar uma sugetão da expressão gênica.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2015-01-30T10:46:22Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertação - Suya Samara Moreira - 2014.pdf: 2393381 bytes, checksum: d33b03a55460f56088ea55108e33f916 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-01-30T12:57:42Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertação - Suya Samara Moreira - 2014.pdf: 2393381 bytes, checksum: d33b03a55460f56088ea55108e33f916 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-30T12:57:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Dissertação - Suya Samara Moreira - 2014.pdf: 2393381 bytes, checksum: d33b03a55460f56088ea55108e33f916 (MD5) Previous issue date: 2014-03-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fungi of the genus Trichodermaspp. can be used as biological control agents and also as inducer of growth in different plants. Its action is based on different mechanisms such as the production of secondary metabolites, competition for space and nutrients, production of hydrolytic enzymes and signaling molecules. However, only a few works were made about morphological and anatomical aspects of the interaction between Trichodermaspp. and plants. This project aims to watch and determine the effects of inoculation of Trichoderma harzianum(ALL42 and T22) and Trichoderma asperellum(T34) strains in morphological and anatomical aspects of the bean (Phaseolus vulgarisL.). Morphological parameters as size of the root, root volume, dry mass and leaf area were analyzed, and some anatomical parameters like quantitative analysis of mesophile thickness leaf epidermis in stages V2, V4, R5, R7and R8, and the alteration of the structural characteristics of the root in stages V2, V4 and R5. The treatments were performed in seeds free from inoculation with Trichodermaspp. (control) and seeds treated with Trichodermaspp. T 22, ALL42 and T34 with three replicates each, totaling twelve treatments for stage analyzed. Statistical analysis was performed by ANOVA analysis of variance and separation of means test. The obtained data suggest that changes occurred inthe biomass of the dried plant, leaf area, length and volume of the root in most of the analyzed stages. However, in thickness of mesophyle analyse, significant differences was found only in stages V4 and R7. It was observed that the treated samples showed a greater Trichodermaspp. secondary cylinder vascular growth of roots, mainly in V4 stage. Was observed in R5 stage a further development of secondary xylem in the vascular cylinder of roots when treated with Trichodermaspp.. These data suggest that the fungus accelerates the development in P. vulgarisL. roots. Among the parameters analyzed, isolates of T. harzianum(ALL42 and T22) was those who shows a bigger difference when compared with the control. / Fungos do gênero Trichodermaspp. são utilizados como agentes de controle biológico e indutores de crescimento em plantas. A sua ação é baseada em mecanismos como a produção de metabólitos secundários, competição por espaço e nutrientes, produção de enzimas hidrolíticas e metabólitos análogos a fitormônios. Entretanto, poucos estudos foram realizados sobre os aspectos morfológicos e anatômicos da interação entre Trichodermaspp. e plantas. Este trabalho teve como objetivo verificar os efeitos da inoculação de dois isolados de Trichoderma harzianum (ALL42 e T22) e um Trichoderma asperellum(T34) em aspectos morfológicos e anatômicos do feijoeiro comum (Phaseolus vulgarisL.). Foram analisados variáveis como comprimento da raiz, volume da raiz, massa seca e área foliar, e anatômicos como análise quantitativa da espessura do mesofilo e da epiderme da folha nos estágios V2, V4, R5, R7 e R8, e mudanças nas características estruturais da raiz nos estágios V2, V4 e R5. Os tratamentos realizados foram com sementes sem inoculação do Trichoderma spp. (controle) e sementes tratadas com isolados de Trichodermaspp. T 22, ALL42 e T34 com três repetições cada, somando doze tratamentos por estágio analisado. A análise estatística ocorreu pela análise de variância ANOVA e teste de separação das médias. Os dados mostram que ocorreram alterações na biomassa da planta seca, área foliar, comprimento e volume da raiz na maioria dos estágios analisados. Entretanto, em relação à espessura do mesofilo foram encontradas diferenças significativas apenas nos estágios V4 e R7. Foi observado que as plantas tratadas com Trichodermaspp. apresentaram um maior crescimento secundário do cilindro vascular das raízes, principalmente no estágio V4. Foi observado no estágio R5 um maior desenvolvimentodo xilema secundário no cilindro vascular das raízes, quando tratado com Trichodermaspp.. Estes dados mostram que a presença do fungo acelera o desenvolvimento de raízes em P. vulgaris. Dentre os parâmetros analisados, os isolados de T. harzianum(ALL42 e T22) foram os que apresentaram uma maior diferença quando comparados com o controle

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-11-01T18:52:54Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karina Roterdanny Araújo dos Santos - 2017.pdf: 1875951 bytes, checksum: b8afa2140cacad832c547e18a95b2b41 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-11-06T09:46:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karina Roterdanny Araújo dos Santos - 2017.pdf: 1875951 bytes, checksum: b8afa2140cacad832c547e18a95b2b41 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-11-06T09:46:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Karina Roterdanny Araújo dos Santos - 2017.pdf: 1875951 bytes, checksum: b8afa2140cacad832c547e18a95b2b41 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The presence of heavy metals in the soil has increased, causing many problems of an agricultural nature. Trichoderma are a species which is among the most well know and used biocontrol agents wordwide, as well as possessing qualities such tha parasitism and antibiosis, they have great resistance to metals and can also absorb them. Therefore, it is necessary for more detailed studies of the resistance of this fungus to metals and to research further the processes involved. In this work, we aimed to better understand the tolerance of T. harzianum to aluminum chloride, though a series of experiments performed in BDA, MEX e MYG, as well Bradford tests for quantification of proteins. In addition, we evaluated the gene response to metal stress through the sequencing RNA samples obtained when the fungus was created in BDA medium and submitted to concentrations of 1.5 and 3.0 mg / mL of aluminum chloride, 1.5 mg / mL, the fungus showed significant inhibition. It was observed that T. harzianum showed higher mycelial growth when grown in BDA medium compared to MEX and MYG, presenting levels of protein secretion inversely proportional to increasing concentrations of aluminum. The amount of transcriptionspecific factors of the stress response was increased, as well as the induction of genes involved in G-mediated cell signaling and increase in genes involved in vacuolar transport and carrier proteins. A repression of genes encoding proteins associated with cellular processes important for the growth of T. harzianum was also observed. These results show that T. harzianum is resistant to aluminum since it is able to tolerate and absorb large concentrations of this metal, which is commonly harmful to agriculture. / A presença de metais pesados no solo tem sido cada vez mais frequente, aumentando dentre vários problemas, os de cunho agrícola. Espécies de Trichoderma estão entre os agentes de biocontrole mais conhecidos e empregados mundialmente, pois além de possuir ações como parasitismo e antibiose, possui grande resistência a metais, podendo também absorvê-los. Sendo assim, faz-se necessário, estudos mais aprofundados a cerca da resistência desse fungo a metais, envolvendo pesquisas que esclareçam melhor os processos envolvidos. Neste trabalho, objetivamos melhor compreensão a cerca da tolerância de Trichoderma harzianum ao alumínio, através do seu crescimento em diferentes meios de cultura com variadas concentrações do metal. Avaliamos também a secreção de proteínas quando o fungo crescia na presença de alumínio. Além disso, analisamos a resposta gênica ao estresse pelo metal através do sequenciamento de amostras de RNA obtidas quando o fungo foi crescido em meio BDA e submetido às concentrações de 1,5 e 3,0 mg/mL de cloreto de alumínio. Foi possível constatar que T. harzianum apresenta maior crescimento micelial quando crescido em meio BDA, comparado aos meios MEX e MYG, apresentando níveis de secreção de proteínas inversamente proporcionais às concentrações crescentes de alumínio. Foi observada alteração na expressão gênica através do aumento da quantidade de determinados fatores de transcrição de resposta a estresse, além da indução de genes envolvidos em sinalização celular mediada por proteína G e aumento em genes envolvidos com transporte vacuolar e proteínas transportadoras. A repressão de genes que codificam proteínas associadas a processos celulares importantes para o crescimento de T. harzianum também foi observada. No entanto, nossos resultados evidenciam que T. harzianum apresenta resistência significativa ao alumínio, uma vez que se mostra capaz de tolerar e absorver grandes concentrações deste metal, comumente prejudicial à agricultura.

Submitted by Rosangela Silva (rosangela.silva3@unioeste.br) on 2018-05-25T11:53:11Z No. of bitstreams: 2 Indianara Kawana Bueno.pdf: 2050489 bytes, checksum: 3865a86596759f1ff761267b04d8a615 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-25T11:53:11Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Indianara Kawana Bueno.pdf: 2050489 bytes, checksum: 3865a86596759f1ff761267b04d8a615 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2018-03-09 / The research for renewable energy sources became even more essential due the imminent depletion of the fossil fuel sources. In this context Brazil has a prominent position on the world stage, since it has already used ethanol from sugar cane for some decades. The second generation ethanol (2G) is produced from the lignocellulosic biomass of the vegetable, which is composed by cellulose, hemicellulose and lignin. The hydrolysis of these compounds requires a specific and high cost enzymatic cocktail. On this scenario, the Trichoderma reesei fungus gains spotlight, since it is one the microorganisms with the highest potential to produce hydroliytic enzymes. Therefore, the attempt to increase the cellulases production of this fungus is an important for the production of biofuels more attractive to the market. The aim of this work is to confirm the deletion of the sequence which codifies the zinc finger motif of the transcription factor ACE1 for cellulose repression from the T. reesei RUT-C30 strain and to characterize the enzymatic production of these mutant strains named T. reesei RUT-C30Δzface1. The enzymatic quantification was carried using the substrates carboxymethyl cellulose, microcrystalline cellulose and Whatman paper filter. The deletion confirmation occurred by the absence of the amplification gene ace1 on the mutants and the amplification of a 429 pb fragment of the RUT-C30 parental strain when the same primers and PCR conditions where used. These results suggest that the deletion of the zinc finger motif of the from ACE1 transcription factor is a prominent way to achieve an economically viable production of bioethanol. / Com a depleção eminente das fontes de combustíveis fósseis, torna-se cada vez mais imprescindível a busca por fontes renováveis de energia. Neste âmbito, o Brasil tem destaque no cenário mundial, pois já utiliza o etanol a partir da cana-de-açúcar há algumas décadas. O etanol de segunda geração (2G) é produzido a partir da massa lignocelulolítica do vegetal, que é composta de celulose, hemicelulose e lignina. A hidrólise desses compostos necessita de um coquetel enzimático específico e de alto custo. Neste cenário, o fungo Trichoderma reesei ganha destaque, pois é um dos microrganismos com maior potencial para produção de enzimas hidrolíticas. Desta forma, as tentativas de aumentar a produção de celulases desse fungo, torna a produção do bioetanol uma alternativa mais atrativa ao mercado. Este trabalho teve como objetivos confirmar a deleção da sequência que codifica o dedo de zinco do fator de transcrição do repressor de celulase ACE1 da linhagem T. reesei RUT-C30 e caracterizar a produção enzimática dessas linhagens mutantes denominadas T. reesei RUT-C30Δzface1. A confirmação de deleção ocorreu pela ausência de amplificação do gene ace1 nos mutantes e amplificação de um fragmento de 479 pb na linhagem parental RUT-C30, quando utilizados os mesmos primers e condições de reação de PCR. A dosagem enzimática com os substratos carboximetilcelulose (CMC), celulose microcristalina (Avicel®) e papel de filtro Whatman (PF), mostraram que o RUT-C30Δzface1 tem a atividade celulolítica aumentada em até 3,2 vezes em Avicel e 2,1 vezes em CMC e PF em comparação à linhagem parental RUT-C30. Em 24 horas de hidrólise os mutantes apresentaram liberação de açúcar 1,4 vezes maior em relação ao RUT-C30. Estes resultados sugerem que a deleção parcial do fator de transcrição ACE1 é um proeminente caminho para a conquista de uma produção de bioetanol economicamente viável.

Atualmente, a produtividade do feijoeiro comum (Phaseolus vulgaris L.) pode ser reduzida devido à ocorrência de doenças em todo o território nacional, destacando-se a murcha de fusário, causada por Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli (Fop). No campo, o patógeno é disseminado a longas distâncias através das sementes infectadas e/ou contaminadas e a sua sobrevivência ocorre, principalmente, no solo. Os objetivos deste trabalho foram: avaliar a inibição do crescimento micelial de Fop por Trichoderma spp.; classificar a sensibilidade in vitro de Fop e Trichoderma spp., separadamente, a fungicidas e verificar a compatibilidade entre fungicidas químicos e biológicos para controle de Fop, presente nas sementes e no solo. Para avaliar a inibição do crescimento micelial de Fop, foram utilizados três isolados do patógeno, os quais foram confrontados, in vitro, com três isolados de Trichoderma spp. em testes de cultura pareada e produção de metabólitos voláteis a 20-22°C. Os experimentos foram conduzidos em delineamento inteiramente casualizado, com cinco repetições para cada isolado de Trichoderma. Para a classificação da sensibilidade in vitro de Fop e Trichoderma a fungicidas, foram avaliados os mesmos isolados anteriormente utilizados. Foram comparados dez fungicidas, em doses entre 0 a 100 mg L-1 que foram ajustadas de acordo com a CI50 de cada fungicida. Com base na percentagem de inibição do crescimento micelial, foram estimados os valores da concentração inibitória de 50% (CI50) e 100% (CI100) e selecionaram-se os fungicidas compatíveis com Trichoderma spp. A compatibilidade entre tratamentos químico e biológico foi avaliada através da inoculação artificial de sementes de feijão com um isolado de Fop (IAC 11.299-1) e infestação do mesmo no solo. As sementes foram tratadas com os fungicidas fludioxonil, flutriafol e tiofanato metílico, e com os três produtos biológicos, separadamente e em misturas. Avaliou-se o efeito dos tratamentos por meio dos testes de sanidade, germinação, comprimento de plântulas, massa da matéria seca em laboratório e índice de velocidade de emergência e porcentagem de emergência em estufa não climatizada. O efeito protetor dos tratamentos foi verificado através do teste de transmissão do patógeno solo-planta. Todos os isolados de Trichoderma apresentaram antagonismo in vitro contra Fop. No teste de cultura pareada foi observada uma redução de 15 a 20% no crescimento micelial do patógeno. No teste de produção de metabólitos voláteis, o isolado T12-1086G05 foi responsável pela maior inibição do crescimento micelial de Fop (10 a 48%). Os testes de sensibilidade in vitro mostraram que tiofanato metílico, flutriafol e fludioxonil foram compatíveis com Trichoderma (CI50 > 2 mg L-1). Com exceção do flutriafol e do GF 422 isolados e em mistura, todos os tratamentos foram eficientes na erradicação de Fop nas sementes, sem afetar a sua qualidade fisiológica. No teste de transmissão, verificou-se que a incidência de Fop foi de 5 a 40% no hipocótilo e de 5 a 30% nas raízes de feijoeiro provenientes de sementes tratadas com os produtos. / Currently, the common bean (Phaseolus vulgaris L.) productivity can be reduced due to the occurrence of diseases in all over the country, especially Fusarium wilt, caused by Fusarium oxysporum f. sp. phaseoli (Fop). In the field, the pathogen is spread to long distances through infected and/or contaminated seeds and its survival occurs, mainly, in the soil. The objectives of this work were: to evaluate the micelial growth inhibition of Fop promoted by Trichoderma spp.; to classificate in vitro sensitivity of Fop and Trichoderma spp., separately, to fungicides and to verify the compatibility between chemical and biological fungicides to control Fop, applied on the seeds and on the soil. To evaluate the micelial growth inhibition of Fop, it was used three Fop isolates, which were in vitro confronted with three isolates of Trichoderma spp., by paired culture and antibiosis assays at 20-22°C. The experiments were conducted entirely casualized design, with five replications for each Trichoderma isolate. For the in vitro sensitivity classification, it was evaluated the same isolates of Fop and Trichoderma previously used. It was compared ten fungicides and the concentrations of 0 to 100 mg L-1, which were adjusted according to the IC50 of each fungicide. Based on the percentage of micelial growth inhibition, it was estimated the values of inhibitory concentration of 50% (IC50) and 100% ((IC100) and it was selected the compatible fungicides with Trichoderma spp. The compatibility between chemical and biological treatments were evaluated through artificial inoculation of common bean seeds with the Fop isolate IAC 11.299, following the infestation of the pathogen in the soil. Seeds were treated with fludioxonyl, flutriafol and tiofanate methyl, and with three biological products, separately and mixed. It was evaluated the treatment effects by the following assays: sanity, germination, seedling lenght, seedling dry matter in laboratory conditions and emergence speed rate and percentage of emergence in greenhouse conditions. The protective effect of the treatments was verified through the pathogen transmission experiment from soil to plant. All Trichoderma isolates showed in vitro antagonism against Fop. In the paired culture assay it was observed 15 to 20% reduction in the pathogen micelial growth. In the antibiosis assay, the isolate T12-1086G05 was responsible for the maximum micelial inhibition growth of Fop (10 to 48%). in vitro sensitivity experiments showed that thiofanate methyl, flutriafol and fludioxonyl were compatible with Trichoderma (IC50 > 2 mg L-1). Except the treatments with fluatrifol and GF 422 alone and in mixture, all the products were efficient in eradicating Fop in the seeds, without affect its physiological quality. In the transmission experiment, it was verified that the Fop incidence was 5 to 40% in the hypoticol and 5 to 30% in the common bean roots from seed treated with the products.

Orientador: Maria Helena Andrade Santana / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Química / Made available in DSpace on 2018-08-23T11:23:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Motta_FernandaLopes_D.pdf: 3417734 bytes, checksum: 1bedbddf5299dc8332b4762b7c232081 (MD5) Previous issue date: 2013 / Resumo: Ácidos húmicos (AH) são macromoléculas orgânicas de alta complexidade estrutural. Na agricultura, seus efeitos diretos na produtividade e na qualidade de diversos cultivos têm sido explorados desde 1940 e na última década houve um grande crescimento no seu emprego na medicina e na biologia. Embora suas inúmeras aplicações tenham atraído a atenção de muitos pesquisadores, os AH comerciais são ainda extraídos da turfa e do carvão mineral, fontes não renováveis de carbono, indicando a necessidade do desenvolvimento de um processo biotecnológico para sua produção. Empty-fruit-bunches (EFB) são resíduos do processamento do óleo de palma subutilizados ou descartados. Além disso, EFB são fibras constituídas de celulose, hemicelulose e lignina, cuja degradação pode ser alcançada por meio da ação de micro-organismos com alta capacidade de degradação de material lignocelulósico, como o Trichoderma. Neste contexto, este trabalho visou produção de AH a partir da fermentação de EFB com cepas de Trichoderma. Os resultados obtidos demonstraram que aveia é um substrato adequado para produção de esporos de Trichoderma em profundidade para sua aplicação como inóculo das fermentações submersas (FS) de EFB para produção de AH. A investigação dos precursores dos AH dentre os polímeros constituintes do EFB indicaram um efeito sinergético destes polímeros. Quanto à substituição do extrato de leveduras por peptonas vegetais nos meios de cultivo, para ambas fontes de nitrogênio os resultados encontrados para produção de biomassa e de AH foram muito similares. Através da otimização da produção dos AH por FS utilizando ferramentas de planejamento experimental foram obtidos 428,4±17,5 mg/L destes ácidos, permitindo um aumento de 7 vezes em relação às condições inicialmente utilizadas neste trabalho. A comparação da performance de espécies de Trichoderma na produção de AH por FS indicou a superioridade do T. reesei na produção destes ácidos. Por fim, a caracterização do processo de produção dos AH por fermentação em estado sólido (FES) utilizando colunas de Raimbault, onde foram obtidos 88,1 ±2,9 mg/L destes ácidos, confirmou a relação entre a esporulação do fungo e a produção dos AH, assim como a hipótese do efeito sinérgico dos polímeros. Os resultados obtidos demonstraram a factibilidade da produção dos AH por processos fermentativos, cuja descrição na literatura ainda é muito limitada, o que confere a este trabalho um caráter inovador / Abstract: Humic acids (HA) are organic macromolecules of high structural complexity. In agriculture, their direct effects on yield and quality of many crops have been exploited since 1940 and the last decade there was a large increase in their use in medicine and biology. Although they have attracted the attention of many researchers due to their numerous applications, commercials AH are still extracted from peat and coal, non-renewable carbon sources, indicating the necessity to develop a biotechnological process for their production. Empty-fruit-bunches (EFB) are waste of oil palm processing, which are underutilized or discarded, and their accumulation brings environmental problems due to the attraction and proliferation of pests. In addition, EFB fibers are composed of cellulose, hemicellulose and lignin, whose degradation can be achieved by the action of microorganisms with high capacity of lignocellulosic material degradation, such as Trichoderma. In this context, this work aimed to produce HA from the fermentation of EFB with Trichoderma species. The results showed that oats is a suitable substrate for the production of Trichoderma spores to be used as inoculum for application in submerged fermentations (SF) of EFB for the HA production. The investigation of the HA precursor among the constituents polymers from the EFB indicate a synergistic effect of these polymers. Regarding the replacement of yeast extract by vegetable peptones in the culture medium, for both nitrogen sources the results in the production of biomass and HA were very similar. Through the optimization of the HA production by SF using experimental design, were obtained 428.4 ± 17.5 mg/L of these acids, allowing an increase of 7-fold compared to initial conditions used in this work.. A comparison of the performance of Trichoderma species in the HA production by FS indicated the superiority of the T. reesei in the production of these acids. Finally, characterization of HA production process by solid state fermentation (SSF) using Raimbault columns, where were obtained 88.1 ±2.9 mg/L of these acids, confirmed the relationship between the fungal sporulation and the HA production as well as the hypothesis of synergistic effect of the polymers. The results demonstrated the feasibility of the HA production by fermentation process, whose description in the literature is still very limited, which confers an innovative character to this work / Doutorado / Desenvolvimento de Processos Biotecnologicos / Doutora em Engenharia Quimica

Parmi les ressources d'origines agricole et forestière utilisables aujourd'hui en tant que biomasse à destination énergétique, le miscanthus apparait comme l'une des espèces de graminées les plus prometteuses pour la production de bioéthanol de seconde génération grâce à son haut potentiel en biomasse. Ce procédé dit "2G" convertit la cellulose contenue dans ces biomasses lignocellulosiques en bioéthanol et ce via un procédé intégrant prétraitement physico-chimique, hydrolyse enzymatique et fermentation. Le principal objectif de ce projet de thèse visait à étudier l'impact de l'hétérogénéité tissulaire et structurale du miscanthus sur sa saccharification et s'est décliné en différents volets liés à l'étude de l'efficacité des prétraitements et à l'analyse des performances de différents cocktails enzymatiques de Trichoderma reesei. L'hydrolyse enzymatique est essentiellement limitée par la structure et la porosité des complexes pariétaux qui réduisent l'accessibilité de la cellulose aux cellulases. En plus des constituants hémicelluloses et lignines qui recouvrent la cellulose, les parois cellulaires du miscanthus sont riches en acides hydroxycinnamiques (pCA et FA) qui jouent un rôle important dans la cohésion du réseau pariétal complexe. L'application de prétraitements acide et alcalin sur le miscanthus a ainsi révélé une différence de réactivité en fonction des types cellulaires. Les parois secondaires du sclérenchyme sont plus facilement dégradées par les cellulases fongiques après prétraitement acide. L'étude de la distribution des composés phénoliques au niveau cellulaire par micro spectrophotométrie UV a rapporté une nette diminution de l'absorbance UV dans tous les tissus après chaque prétraitement. Ceci n'expliquant pas totalement les différences de réactivité observées, d'autres facteurs physicochimiques seraient donc impliqués. Une approche visant à évaluer la progression des cellulases au sein des parois par immunocytochimie a également été initiée mais elle s'est heurtée à des problématiques techniques liées à la nature des tissus et aux anticorps employés. Les performances en terme de conversion de la cellulose ont été évaluées avec des cocktails enzymatiques de T. reesei comprenant des activités (hemi-)cellulolytiques variables. Une meilleure efficacité du prétraitement par explosion à la vapeur a ainsi pu être montrée par réduction de la quantité d'enzymes mises en œuvre. Comme c'est le cas pour d'autres graminées, ces travaux ont permis de confirmer le rôle crucial de l'enzyme β-glucosidase, permettant de limiter l'inhibition par le cellobiose et améliorant la cinétique initiale de saccharification. L'amélioration du rendement d'hydrolyse par l'utilisation d'un sécrétome comprenant une bonne activité hémicellulolytique a pu être ensuite démontrée. L'utilisation de cocktails enzymatiques reconstitués à partir d'enzymes pures a enfin permis de définir un mélange "optimal" composé des quatre principales cellulases de T. reesei (CBH1, CBH2, EG1 et EG2) associées à une hémicellulase (XYN1). / Among agricultural and forest resources, the grass specie miscanthus has emerged as one of the most promising feedstock candidates for 2G-biofuel production due to its high biomass yield. The biofuels 2G-production process is based on cellulose conversion into bioethanol via physicochemical pretreatment, enzymatic hydrolysis and fermentation. The main objective of this Ph.D. project was to evaluate the effect of tissue and structure heterogeneity of miscanthus on its saccharification by evaluating pretreatment efficiency and analyzing the performance of different Trichoderma reesei cellulolytic cocktails.Enzymatic hydrolysis is mainly hindered by cell wall structure and porosity which limit cellulose accessibility to cellulase. In addition to hemicelluloses and lignin polymers, miscanthus cell walls, contain high amounts of hydroxycinnamic acids (pCA and FA) that play a significant role in cross-linking polymers into cohesive network. Applying acid and alkali pretreatments on miscanthus revealed a distinctive reactivity depending on cell types. Secondary cell walls of sclerenchyma appeared more digested by fungal cellulases after acid pretreatment. Addressing phenolics distribution (lignin and hydroxycinnamic acids) at cell level by UV micro spectrophotometry highlighted a significant decrease in UV absorbance after both pretreatments irrespective to cell type indicating that other physicochemical and structural features are involved in distinct cell wall reactivity. We have also attempted to evaluate cellulase progression into miscanthus cell walls by immunocytochemistry but we have had many technical problems due to the nature of miscanthus tissues and used antibodies. Cellulose conversion ability was then evaluated using enzymatic cocktails of T. reesei which vary in their (hemi-)cellulolytic activities. Higher efficiency of the steam explosion pretreatment was demonstrated by reducing enzymes loading. As reported previously on other grasses, β-glucosidase plays a crucial role by limiting the inhibiting effect of cellobiose and improving the initial saccharification step. We furthermore showed that the use of hemicellulases-improved cocktails allowed significant increase in saccharification yields. We finally identified an optimal reconstituted enzyme mixture composed of four major cellulases of T. reesei (CBH1, CBH2, EG1 and EG2) and the hemicellulase XYN-1.

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Sindélia Freitas Azzoni / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-26T11:06:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Crucello_Aline_D.pdf: 3829574 bytes, checksum: b0eb3f1e3e0030f42a0081e3bf8b5ef8 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: O Brasil é hoje referência mundial na produção de etanol produzido a partir da cana-de-açúcar, cujo consumo tem aumentado significativamente nos últimos anos. Entretanto, a produção atual de etanol a partir do suco da cana-de-açúcar é insuficiente para atender a demanda do mercado nacional e internacional. Nesse contexto, a produção de etanol celulósico (de segunda geração) emergiu como uma alternativa promissora ao bioetanol de primeira geração. O fungo filamentoso Trichoderma harzianum IOC-3844 é uma linhagem brasileira que se destaca pela alta capacidade de produção de enzimas do complexo das celulases e hemicelulases, característica de grande interesse em biocatálise para conversão de biomassa em monômeros de açúcar fermentáveis. Apesar de seu comprovado potencial, há poucos dados de literatura disponíveis a respeito de sua capacidade celulolítica. Desta forma, este projeto teve como objetivo principal contribuir para o conhecimento básico sobre regiões do genoma de T. harzianum IOC-3844 envolvidas na via de hidrólise de compostos celulósicos, através da construção de uma biblioteca genômica de BAC (bacterial artificial chromosome). A biblioteca de BACs conta com 5760 clones, com insertos de DNA de tamanho médio de 90 kb, o que dá uma cobertura de aproximadamente 12 vezes o genoma de T. harzianum. Através da seleção de clones contendo genes de interesse, foram identificadas regiões com altas concentrações de genes relacionados à hidrólise de biomassa. Além disso, a combinação de dados genômicos, obtidos através da biblioteca de BACs, juntamente com dados de transcriptoma possibilitou a identificação de novos potenciais genes regulatórios. Os resultados trazem grande contribuição para a pesquisa associada a T. harzianum e à genômica de fungos relacionada à produção de etanol de segunda geração / Abstract: Brazil is a world reference in sugarcane ethanol production, whose consumption has increased significantly in recent years. However, the current production of ethanol from sugarcane juice is insufficient to meet the demand of national and international market. In this context, the production of cellulosic ethanol (second generation) has emerged as a promising alternative to first-generation bioethanol. The filamentous fungus Trichoderma harzianum IOC-3844 is a Brazilian strain known for its high ability to produce enzymes of cellulosic and hemicellulosic complex, characteristic of great interest in biocatalysis for conversion of biomass into fermentable sugar monomers. Despite its potential, there are few published data available regarding its cellulolytic ability. Thus, this project aimed to contribute to the basic knowledge about regions of the genome of T. harzianum IOC-3844 involved in the hydrolysis of cellulosic compounds pathway, through the construction of a genomic BAC (bacterial artificial chromosome) library. The BAC library comprises 5,760 clones with an average DNA insert size of 90 kb, which represents about 12-fold coverage of the T. harzianum genome. Through the selection of clones containing genes of interest, regions containing high concentrations of genes related to biomass hydrolysis were identified. Furthermore, the combination of genomic data obtained from BAC library together with transcriptome data allowed the identification of novel potential regulatory genes. The results bring great contribution to studies related to T. harzianum and to fungal genomics regarding second generation bioethanol production / Doutorado / Genetica de Microorganismos / Doutora em Genética e Biologia Molecular

Fungos da espécie Trichoderma harzianum são estudados como agentes de controle biológico de fitopatógenos que habitam o solo, sendo sua estratégia um processo complexo que pode ocorrer por diferentes mecanismos ou uma combinação deles, incluindo micoparasitismo. Neste trabalho, foram analisadas consequências da deleção do gene que codifica a proteína Epl-1, descrita como elicitora de resistência em plantas nos processos de: modulação da expressão de genes envolvidos no processo de micoparasitismo de T. harzianum contra o fungo fitopatogênico Sclerotinia sclerotiorum; estabelecimento do processo de micoparasitismo; interação entre T. harzianum e plantas de feijão comum. Os resultados mostram que a deleção do gene epl-1 alterou a modulação da expressão de todos os genes relacionados ao processo de micoparasitismo analisados. Além disso, Epl-1 apresentou um papel no processo de modulação de expressão desses genes em T. harzianum, no reconhecimento da própria parede celular e da parede de diferentes hospedeiros, na interação com fitopatógenos hospedeiros, no processo de formação de estruturas de micoparasitismo, bem como na indução de resistência local e sistêmica em plantas de feijão comum / Fungal species Trichoderma harzianum, are studied as soilborne plant pathogens biological control agent and its strategy is a complex process, which can occur by different mechanisms or a combination thereof, including mycoparasitism. In this work, the consequences of epl-1 gene deletion, which encoding for Epl-1 protein, described as plants resistance elicitor, were analyzed on: modulation of gene expression involved in T. harzianum mycoparasitism process against phytopathogenic fungus Sclerotinia sclerotiorum; mycoparasitism establishment process and T. harzianum interaction with bean plants. The results showed that epl-1 encoding gene deletion altered the expression modulation of all analyzed genes related to mycoparasitism process. Furthermore, Epl-1 presented a role in modulating expression of these genes in the process of self and host cell wall recognition; the interaction with host plant pathogens in formation of mycoparasitism structures as well as local and systemic resistance in beans plants