Dissertação apresentada para obtenção do grau de Doutor em Ciências, na especialidade de Investigação Operacional, na Universidade de Coimbra

Orientador : Ennio Luz / Dissertaçao (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciencias Biológicas, Programa de Pós-Graduaçao em Ciencias Biológicas (Microbiologia, Parasitologia e Patologia Básica). Defesa: Curitiba, 2005 / Inclui bibliografia / Resumo: Dengue é uma arbovirose que vem contribuindo com milhões de casos por ano, preocupando a saúde pública no mundo. É um agravo originário da Ásia onde há dois vetores envolvidos na sua transmissão Stegomyia aegypti e Stegomyia albopicta. No continente americano o vetor apontado como responsável pela transmissão é Stegomyia aegypti muito embora haja indícios no México do papel do Stegomyia albopicta em epidemias daquele país. No Brasil, no estado do Paraná em 2002, na região litorânea houve a notificação de quatro casos de dengue confirmados por sorologia, imunoglobulina M, nos municípios de Paranaguá, Morretes e Pontal do Paraná. Em outro município do litoral, Guaraqueçaba, em área rural ocorreu uma epidemia de doença febril aguda com 191 casos, no período de junho a setembro de 2002. Nesses quatro municípios Stegomyia albopicta é o único vetor detectado pela vigilância entomológica de rotina, no período de 1997-2003. Foi realizado um estudo sorológico para pesquisa de outros casos de dengue na população dos municípios de Morretes, Paranaguá, Pontal do Paraná. Em Guaraqueçaba foram coletadas amostras por domicílio onde houve caso.Nos resultados laboratoriais foram encontradas 51 pessoas com sorologia positiva para dengue, pesquisa de imunoglobulina G pela técnica do Ensaio Imunoenzimático, com uma prevalência geral de 18,8 e nos municípios respectivamente 10,5; 25,8; 11,7 e Guaraqueçaba uma incidência de 23,3 todos por cem habitantes. Na espacialização dos dados utilizando o método de Kernel para análise verificou-se que todos os casos positivos, tanto os com imunoglobulina M quantos os com imunoglobulina G estavam circunscritos dentro de um raio de mil metros confirmando o vínculo epidemiológico.Conclusão: As sorologias positivas para dengue confirmam que houve a circulação do vírus da dengue nos municípios de Morretes, Pontal do Paraná, Paranaguá e Guaraqueçaba, em 2002. O único vetor detectado naquela área vem sendo Stegomyia albopicta portanto as evidências apontam para este espécie como o possível vetor para realizar a transmissão. / Abstract:The Dengue Fever is an arboviruses which has been contributing with thousands of cases by year, worrying the public health in the world. The disease is originary from Asia where there are two important vectors responsible for the transmission. In the Americas the aggravate situation started in eigthy decade, with the number of cases increasing in several countries, specially in Brazil. In the Americas a single vector Stegomyia aegypti has been pointed as responsible for although, there are evidences in Mexico concerning the role of Stegomyia albopicta on dengue epidemic in that country. In Brazil, on the coast of Paraná state Stegomyia albopicta is the unique vector identified since 1997. In 2002 three cases of dengue fever were confirmed by sorology in three sites of that region. At the same time, a fourth site was notified with 191 cases of dengue fever with symptoms such as migraine headache, arthralgia, myalgia and inappetence. A local entomological survey has confirmed only the presence of Stegomyia albopicta. An epidemiological study based on serology for immunoglobulin G, in the cites of Morretes, Paranaguá and Pontal do Paraná has confirmed respective prevalence of 10,5; 25,8; 11,7 and incidence of 23,3 in Guaraqueçaba. A spatial analysis using Kernel method has been verified a clear aggregation of the cases immunoglobulin "M" and immunoglobulin "G" positive cases, circumscribed to an area smaller than a thousand meters, confirming the epidemiologic link. According to the results there has been a circulation of Dengue Fever virus among regions on the coast of Paraná State in 2002, in which Stegomyia albopicta was the main possible vector to accomplish the transmission

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The diploma thesis provides a brief overview of the architecture Atmel AVR32 UC. Project deals mainly AVR32 processor UC3A and processor AVR32 UC microarchitecture. From The Microarchitecture AVR32 UC3A was derived processor AT32UC3A0512. This processor is used for the development board EVK1100. Options of this plate are also investigated. Basic information about programming and AVR32 Studio development environment for these processors are given. After the acquisition of control of the IDE and study the attached sample application a simple program was created. This program was integrated as a task operating system FreeRTOS along with several another tasks.

The trend of IP core reuse has been accelerating for years because of the increasing complexity in the System-on-Chip (SoC) designs. As a result, many IP cores of different types have been produced. Meanwhile, similar to the free software movement, an open core community has emerged because some designers choose to share their IP cores by using open source licenses. The open cores are growing fast due to their inherently attractive properties like accessible internal structure and usually no cost for license. Under this background, the master thesis was proposed by the company ENEA (Malmö/Lund branch), Sweden. It intended to evaluate the qualities of the open cores, as well as the difficulty and the feasibility of building an embedded platform by exclusively using the open cores. We contributed such an open core platform. It includes 5 open cores from the OpenCores organization: OpenRISC OR1200 processor, CONMAX WISHBONE interconnection IP core, Memory Controller IP core, UART16550, and General Purpose IOs (GPIO) IP core. More than that, we added the supports to DM9000A and WM8731 ICs for Ethernet and Audio features. On the software side, uC/OS-II RTOS and uC/TCP-IP stack have been ported to the platform. The OpenRISC toolchain for software development was tested. And a MP3 music player application has created to demonstrate the system. The open core platform is targeted to the Terasic’s DE2-70 board with ALTERA Cyclone II FPGA. It aims to have high flexibility for a wide range of embedded applications and at the same time with very low costs. The design of the thesis project are fully open and available online. We hope our work can be useful in the future as a starting point or a reference both for academic research or for commercial purposes.

A dislocation density-based constitutive model has been developed and implemented into a crystal plasticity quasi-static finite element framework. This approach captures the statistical evolution of dislocation structures and grain fragmentation at the bonding interface when sufficient boundary conditions pertaining to the Ultrasonic Consolidation (UC) process are prescribed. The hardening is incorporated using statistically stored and geometrically necessary dislocation densities (SSDs and GNDs), which are dislocation analogs of isotropic and kinematic hardening, respectively. Since the macroscopic global boundary conditions during UC involves cyclic sinosuidal simple shear loading along with constant normal pressure, the cross slip mechanism has been included in the evolution equation for SSDs. The inclusion of cross slip promotes slip irreversibility, dislocation storage, and hence, cyclic hardening during the UC. The GND considers strain-gradient and thus renders the model size-dependent. The model is calibrated using experimental data from published refereed literature for simple shear deformation of single crystalline pure aluminum alloy and uniaxial tension of polycrystalline Aluminum 3003-H18 alloy. The model also incorporates various local and global effects such as (1) friction, (2) thermal softening, (3) acoustic softening, (4) surface texture of the sonotrode and initial mating surfaces, and (6) presence of oxide-scale at the mating surfaces, which further contribute significantly specifically to the grain substructure evolution at the interface and to the anisotropic bulk deformation away from the interface during UC in general. The model results have been predicted for Al-3003 alloy undergoing UC. A good agreement between the experimental and simulated results has been observed for the evolution of linear weld density and anisotropic global strengths macroscopically. Similarly, microscopic observations such as embrittlement due to grain substructure evolution at the UC interface have been also demonstrated by the simulation. In conclusion, the model was able to predict the effects of macroscopic global boundary conditions on bond quality. It has been found that the normal pressure enhances good bonding characteristics at the interface, though beyond a certain magnitude enhances dynamic failure. Similarly, lower oscillation amplitudes result in a lower rate of gap closure, whereas higher oscillation amplitude results in an enhanced rate of gap relaxation at the interface. Henceforth, good bonding characteristics between the constituent foils are found at an optimum oscillation amplitude. A similar analogy is also true for weld speed where the longitudinal locations behind the sonotrode rip open when higher weld speeds are implemented in the UC machine, leading to lower linear weld density and poor bonding characteristics.

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As células-tronco de pluripotência induzida (iPSC) representam uma fonte de maior disponibilidade para obtenção de células estromais mesenquimais (MSC). Além disso, as células mesenquimais derivadas de iPSC, as MSC-like, demonstram in vitro uma atividade parácrina e uma taxa de proliferação que as apontam como uma candidata em potencial à terapia celular. Em paralelo, a terapia celular dispõe das propriedades terapêuticas das células estromais mesenquimais do cordão umbilical (UC-MSC), uma população celular de fácil isolamento, rendimento notável, alta capacidade de proliferação e ausência de tumorigenecidade. Assim, perante a relevância das iPSC como fonte alternativa para obtenção de MSC e do desempenho in vitro demonstrado pelas MSC-like, tornou-se necessário a comparação destas com as UC-MSC. Para tanto, iPSC reprogramadas a partir de células mononucleares do sangue periférico (iPS-PBMC) foram diferenciadas em MSC-like e estas por sua vez foram caracterizadas, segundo à aderência ao plástico, expressão de genes e proteínas de pluripotência, expressão de antígenos de superfície CD73, CD90, CD105, CD14, CD19, CD34, CD45 e HLA-DR; capacidade de diferenciação in vitro em adipócitos e osteócitos e posteriormente comparadas as UC-MSC frente a capacidade de proliferação e imunomodulação. As MSC-like obtidas mostraram-se aderentes ao plástico, não pluripotentes e com morfologia fibroblastoide. Demonstraram um perfil imunofenotípico negativo (menos de 2% de células positivas) para marcadores hematopoéticos e HLA-DR, mais de 90% para CD73 e CD90 e menos de 80% para CD105. Ademais, exibiram capacidade de diferenciação osteogênica e adipogênica. Quando comparadas às UC-MSC, em relação à capacidade de proliferação, as MSC-like apresentaram uma taxa de proliferação duas vezes menor. A comparação da capacidade imunomodulatória entre as duas linhagens demonstrou que as UC-MSC foram capazes de conter a proliferação de linfócitos T CD8+ mas não de linfócitos T CD4+. As MSC-like não foram capazes de conter a proliferação de ambas as populações de linfócitos. Os resultados indicam que o protocolo de indução utilizado foi capaz de gerar MSC-like com antígenos de superfície clássico em mesenquimais, baixa expressão de marcadores de pluripotência, hematopoéticos e HLA-DR e com habilidade de se diferenciar em linhagens mesodérmicas, porém, com menor capacidade de proliferação e ausência de propriedades imunomodulatórias. A funcionalidade das MSC-like geradas neste trabalho pode ser proveniente de fatores genéticos e epigenéticos do doador e pelas metodologias de reprogramação da célula somática à iPSC, bem como pela indução da iPSC à MSC. A investigação futura destes fatores pode contribuir para a obtenção de MSC-like funcionalmente semelhante às UC-MSC. / Induced pluripotent stem cells (iPSC) are an easily available mesenchymal stromal cell (MSC) source. Moreover, iPSC-derived mesenchymal cells (MSC-like) demonstrated an in vitro proliferation rate and paracrine activity that make them a potential candidate for cell therapy. Currently the cell therapy uses the therapeutic properties of umbilical cord-derived mesenchymal cells (UC-MSC), an effortlessly isolated cell population with remarkable yield, high proliferation capacity, and absence of tumorigenecity. Thus, considering the iPSC relevance as an alternative MSC source and their in vitro performance, it has become necessary to compare them with UC-MSC. The iPSC reprogrammed from peripheral blood mononuclear cells (iPS-PBMC) were differentiated in MSC-like and these cells were characterized according their adherence to plastic; pluripotency genes and proteins expression; surface antigens expression such CD73, CD90, CD105, CD14, CD19, CD34, CD45, and HLA-DR; in vitro differentiation capacity into adipocytes and osteocytes; and were compared with the UC-MSC proliferation and immunomodulation capacity. The obtained MSC-like were adherent to plastic, not pluripotent, and with fibroblastoid morphology. They demonstrated an immunophenotypic profile with less than 2% hematopoietic and HLA-DR positive cell markers, over 90% of CD73 and CD90, and less than 80% were CD105 positives. They also exhibited osteogenic and adipogenic differentiation capacity. When proliferation rate was compared between the two cell lineages, MSC-like showed a proliferation rate twice smaller than UC-MSC. The UC-MSC immunomodulatory activity contained the proliferation of T CD8+ lymphocytes but did not of T CD4+. MSC-like did not show immunomodulatory activity in the proliferation of CD4+ and CD8+. These results allow the assumption that the applied induction protocol was able to generate MSC-like with the classic mesenchymal surface markers, low pluripotency, hematopoietic, and HLA-DR surface markers expression and with mesodermal lineage differentiation potential, however, with lower proliferation rate and absence of immunomodulatory properties. The MSC-like functionality could be influenced by donor genetic and epigenetic factors as well as by as well as the methodologies of reprogramming of somatic cells to the iPSC and the induction of iPSC to the mesenchymal phenotype. These influential factors should be investigated in deep detail in order to make the generated MSC-like functionally similar to UC-MSC.

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The creation of protected areas is one of the main historical claims of conservation of the nature movements and also one of the main strategies adopted by the governments and environmental entities for the conservation of the environment and of their natural resources. The responsible organs for the creation and administration of the units of conservation as the ecological stations, have employed authoritarian and technocratic political, that result in conflicts with the local communities, with prominence for the expropriation of the lands; dispute of waters; restrictions to the hunt and fishing; among other, with so much damage to the conservation ends as of development of the populations of the spill (especially traditional groups). Front to this scenery compatible forms have been looked between the conservation objectives and development by diverse strategies, with emphasis in the valorization of the vision and participation of the local populations in the actions and decisions of the administration. The researches about perception of local community offer instruments for the understanding of behaviors and they aid in the improvement of the process of environmental administration. This work approaches the problem of the harmonization between conservation objectives and development in the case of the Ecological Station of Taim that is constituted in an area of integral protection that, in his implantation, it implicated the removal of some families and introduction of new restrictive norms for the populations that live in yours spill. In that context intends to observe the conflicts that appeared with the new scenery, and the conciliation initiatives among the conservation purposes and development that it has been accomplished in the area. The data of this qualitative research were obtained in the period of January from 2009 to January of 2010, with the technique of the semistructured interview, combined with secondary data, bibliographical consultations and observations in the place. The lifted up data indicate that the population notices the existence of several embarrassments in the conservationist speech and divergences among the purposes of the unit of conservation and of the resident population in the spill. The initiatives of harmonization of the conservation purposes and development are several, but still incipient and dependent of external resources, what restricts their impacts. / A criação de áreas protegidas é uma das principais reivindicações históricas de movimentos preocupados com a conservação da natureza e também uma das principais estratégias adotadas pelos governos e entidades ambientais para a conservação do meio ambiente e de seus recursos naturais. Os órgãos responsáveis pela criação e gestão das unidades de conservação como as estações ecológicas, têm empregado políticas autoritárias e tecnocráticas que resultam em conflitos com as comunidades locais, com destaque para a desapropriação das terras; disputa pelas águas; restrições à caça e pesca; entre outras, com prejuízo tanto aos fins de conservação quanto de desenvolvimento das populações do entorno (especialmente grupos tradicionais). Frente a este quadro têm sido buscadas formas de compatibilização entre os objetivos de conservação e desenvolvimento mediante estratégias diversas, com ênfase na valorização da visão e participação das populações locais nas ações e decisões da gestão. As pesquisas sobre a percepção da comunidade local do entorno das unidades de conservação oferecem instrumentos para a compreensão de comportamentos e auxiliam na melhoria do processo de gestão ambiental. Este trabalho aborda a problemática da harmonização entre objetivos de conservação e desenvolvimento no caso da Estação Ecológica do Taim, RS, que se constitui em uma área de proteção integral que, na sua implantação, implicou a remoção de algumas famílias e introdução de normas restritivas para as populações que residem no seu entorno. Nesse contexto se pretendem identificar os conflitos existentes e as iniciativas de conciliação entre os propósitos de conservação e desenvolvimento que vem sendo realizadas na região. Os dados desta pesquisa qualitativa foram obtidos no período de janeiro de 2009 a janeiro de 2010, pela técnica da entrevista semi-estruturada, combinada com consulta a dados secundários, consultas bibliográficas e observações no local. Os dados levantados indicam que a população percebe a existência de diversas contradições no discurso conservacionista e divergências entre os propósitos da unidade de conservação e da população residente no entorno. As iniciativas de harmonização dos propósitos de conservação e desenvolvimento são diversas, mas ainda incipientes e dependentes de recursos externos, o que restringe seus impactos.

Made available in DSpace on 2016-06-02T19:05:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2997.pdf: 4158163 bytes, checksum: 540ba66fcb2c536c7a72d8add391f0b3 (MD5) Previous issue date: 2010-05-12 / Financiadora de Estudos e Projetos / The software reengineering becomes important because of the need that organizations have in adjusting to new trends, technologies and user requirements. The term organization should be understood like universities or companies that develop software for use by a large number of people. Thinking about the adequacy of users requirements, is presented in this work the reengineering process of a software called Cognitor, which is a tool designed to support teachers in the process of creating electronic teaching materials. The need to reengineer Cognitor was perceived through a case study where several changes were pointed by users. Some of these changes are: text editor improvement, preview of the images that are inserted in the content pages, feedback to the users, among others. During the reengineering of this software, it was formalized a software reengineering process model, user-centered, for the conversion of desktop applications in RIAs (Rich Internet Application), called UC-RIA (User Centered Rich Internet Application). The process model was named as UC-RIA due to the participation of the potential users during the application s reengineering process, because they were involved in prototyping and in validation of the graphical interfaces of the new version. The results of this study show the capability of the proposed software reengineering model to be used as a support in organizations for the reengineering of their software, mainly because it inserts the users in the reengineering process during the application s Prototyping phase, bringing software to users real needs. / A reengenharia de software se faz importante devido à necessidade que as organizações têm em se adequar às novas tendências, tecnologias e exigências dos usuários. Inclui-se ao termo organizações , empresas ou universidades que desenvolvem softwares para serem utilizados por um grande número de pessoas. Pensando na adequação das exigências dos usuários, este trabalho apresenta a reengenharia de um software chamado Cognitor, que é uma ferramenta criada para apoiar os educadores no processo de criação de material didático eletrônico. A percepção da necessidade da reengenharia do Cognitor se deu através de um estudo de caso onde foram relatadas várias alterações que o software deveria sofrer, tais como: melhoria no editor de texto, pré-visualização das imagens que são inseridas nas páginas de conteúdo, feedback ao usuário, entre outras. Durante a reengenharia desse software, consequentemente, foi formalizado um modelo de processo de reengenharia de software, centrado no usuário, para a conversão de aplicações desktop em RIAs (Rich Internet Application), denominado UC-RIA (User Centered Rich Internet Application). Foi dado o nome de UC-RIA ao modelo de processo devido à participação dos potenciais usuários da aplicação durante o processo de reengenharia, pois estes estiveram envolvidos tanto na prototipação, quanto na validação das interfaces gráficas da nova versão. Os resultados obtidos neste trabalho mostram a potencialidade do modelo de reengenharia de software UC-RIA em ser utilizado como apoio às organizações durante a reengenharia de seus softwares, principalmente por inserir os usuários no processo de reengenharia durante a fase de Prototipação da aplicação, aproximando os softwares às reais necessidades dos usuários.