Syftet i denna studien var att ta fram en metod för att simulera spricktillväxt i enbiologisk vävnad med hjälp av FEM programmet COMSOL. Målet är att ta undersökaom COMSOL är lämpligt för sådana simuleringar samt att parametrarna som togsfram med metoden ska kunna användas för ytterligare simulationer av sammamaterial. Med COMSOL simulerades en biologisk vävnad som dras isär, där olika parametrarundersöktes. Utgångspunkten var en experimentell studie som gjorts på grisvävnad.Stora deformationer hindrade användningen av linjära beräkningar, och iställetkrävdes icke-linjära metoder. Tre olika hyperelastiska modeller jämfördes för deninitiala töjningen av materialet, och för spricktillväxten användes kohesiva zoner medtvå olika former på TSL, T raction separation law. För de hyperelastiska egenskapernasimulerades Neo-Hookean, Mooney-Rivlin och Yeoh modellerna. För spricktillväxtenanvändes en Bilinjär och en expontential TSL, båda är energibaserade. Resultaten visade att metoden är lovande men inte fullständig för att simulerabiologiska vävnader. Neo-Hookeans och Mooney-Rivlins hyperelastiska modellerräckte ej för att simulera uttöjningen, medan Yeohs modell med parametervärdenC10 = 0.21 M P a, C20 = 0.08 M P a och C30 = 0.1 M P a såg lovande ut. För TSLstod det klart att en exponentiell form passade det givna datan bäst. För simuleringenav spricktillväxten är det tre värden som ska överensstämma med det givna datan.Max lasten, förskjutningen vid begynnelse av spricktillväxt och förskjutningen vidtotalkollaps. Med de första två värden rätt var det inte möjligt, med denna modellen,att få rätt värde vid total kollaps.

Toxoplasma gondii är en encellig parasit som kan skapa svåra skador hos immunsupprimerade individer samt hos foster då mamman infekteras under graviditet. Genom framtagande av en realtids-PCR-metod för detektion av T. gondii ska denna diagnostik flyttas från Klinisk Patologi (KP) samt Karolinska Universitetslaboratoriet till Klinisk Mikrobiologi i Lund. Två regioner: REP-529 samt genen B1, som båda förekommer i ett flertal kopior i T. gondii-genomet, utgjorde mål för primerutprovning. Analyser utfördes både med realtids-PCR och konventionell PCR. De primerpar som gav lägst Ct-värde samt högst amplitud valdes ut för REP-529 respektive B1 för vidare analyser. Hybridiseringsprober användes för att öka specificiteten och metoden utvärderades på upprenat T. gondii DNA från olika stammar samt Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) -prover erhållna från KP. I alla provmaterial amplifierades REP-529 mer effektivt (lägre Ct-värde) än B1 vilket var förväntat då fler kopior finns av REP-529 än av B1. Nedre kvantifikationsgränsen för REP-529 och B1 visade sig dock vara samma på ca 1,8 genomkopior/µl. / Toxoplasma gondii is a unicellular organism that can cause severe damage in immunocompromised patients or in fetuses when the mother is infected during pregnancy. Through development of a real time-PCR based method for detection of T. gondii-DNA, the diagnostics is planned to be relocated from the department of Clinical Pathology in Lund and the Karolinska University Laboratory in Huddinge to the department of Clinical Microbiology in Lund. The method was built on amplification of REP-529 and the B1-gene of the T. gondii genome, both present in multiple copies. Primers were tested on purified T. gondii DNA with conventional PCR as well as real time PCR with EvaGreen dye. Primers with high amplitude and low Ct-value were selected for both REP-529 and B1. Hybridizing probes were applied to increase specificity and the method was evaluated on T. gondii-DNA extracted from Formalin-Fixed, Paraffine-Embedded (FFPE) tissue as well as purified DNA from ten different strains of T. gondii. The amplification of REP-529 yielded a higher amplitude and lower Ct-value compared to that of B1 but the lower limit of quantification seemed to correlate between the two, with 1,8 genome-copies/µl.

The purpose has been to examine the textile artist Viveka Nygrens ́s artistry and her abstract textile expression between the years 1985 and up to 2000. This is done through an examination of Nygren ́s textile production in general and in detail through an examination of the textile expression in color, shape, and weaving techniques in two selected works. Furthermore, both the existence of the abstract expression in textile art during Nygren ́s time and the contemporary art field ́s views on and values about the relationship between art and art and craft are studied. This is done through a case study of the exhibition catalogs from the Scandinavian art triennials that were carried out within the chosen time frame.  Issues is:  What does Nygren ́s textile artistic look like? What choices does she make in her craft, regarding technology and materials? How does she use the hand weaving techniques in the abstract expression? What does the abstract textile art scene look like during the period 1985 – 2000? Are handwoven techniques used and what do the textile work look like? Are there actors who express opinions about the relationship between art and art and crafts? Theoretically, the essay is based on the concepts of art and art and craft and the field of tension that prevails between them. On the one hand it is about a creative relationship between art and art and craft, which is based on knowledge and creativity, in an individual and on the other hand it is about the excitement, in society and the field of art, in the question of what art is and what is art and craft. The survey showed that the non-imaginative abstract expression dominated the textile art scene and interest in weaving techniques fell sharply in the last year of 1995. The survey showed that the relationship between art and art and craft was very tense for each triennial. In the essay ́s investigation of the textile triennials, it emerged that on the textile art scene there has been a shift from an art form based on a craft tradition to one among other techniques on the art scene. Thus, it can also be stated that Viveka Nygren ́s artistic starting points were a craftmanship that served under her abstract art expression.

The goal of this project was to evaluate the viability of a mass-spring-damper based model for modeling of biological tissue. A method for automatically generating such a model from data taken from 3D medical imaging equipment including both the generation of point masses and an algorithm for generating the spring-damper links between these points is presented. Furthermore, an implementation of a simulation of this model running in real-time by utilizing the parallel computational power of modern GPU hardware through OpenCL is described. This implementation uses the fourth order Runge-Kutta method to improve stability over similar implementations. The difficulty of maintaining stability while still providing rigidness to the simulated tissue is thoroughly discussed. Several observations on the influence of the structure of the model on the consistency of the simulated tissue are also presented. This implementation also includes two manipulation tools, a move tool and a cut tool for interaction with the simulation. From the results, it is clear that the mass-springdamper model is a viable model that is possible to simulate in real-time on modern but commoditized hardware. With further development, this can be of great benefit to areas such as medical visualization and surgical simulation. / Målet med detta projekt var att utvärdera huruvida en modell baserad på massa-fjäderdämpare är meningsfull för att modellera biologisk vävnad. En metod för att automatiskt generera en sådan modell utifrån data tagen från medicinsk 3D-skanningsutrustning presenteras. Denna metod inkluderar både generering av punktmassor samt en algoritm för generering av länkar mellan dessa. Vidare beskrivs en implementation av en simulering av denna modell som körs i realtid genom att utnyttja den parallella beräkningskraften hos modern GPU-hårdvara via OpenCL. Denna implementation använder sig av fjärde ordningens Runge-Kutta-metod för förbättrad stabilitet jämfört med liknande implementationer. Svårigheten att bibehålla stabiliteten samtidigt som den simulerade vävnaden ges tillräcklig styvhet diskuteras genomgående. Flera observationer om modellstrukturens inverkan på den simulerade vävnadens konsistens presenteras också. Denna implementation inkluderar två manipuleringsverktyg, ett flytta-verktyg och ett skärverktyg för att interagera med simuleringen. Resultaten visar tydligt att en modell baserad på massa-fjäder-dämpare är en rimlig modell som är möjlig att simulera i realtid på modern men lättillgänglig hårdvara. Med vidareutveckling kan detta bli betydelsefullt för områden så som medicinsk bildvetenskap och kirurgisk simulering.

Pancreatic islets are composed of endocrine cells that secrete hormones essential for blood-glucose homeostasis. Prior research has revealed that the gene expression and functionality of human islet cells is heterogenous. However, it is not currently understood how the heterogeneity correlates to normal islet cell function and dysfunction in diabetes pathogenesis. Subsequently, an international collaborative project has been initiated to elucidate what constitutes islet cell heterogeneity from a transcriptional, proteomic, and functional perspective in both health and disease. In this study, a highly multiplex tissue image assay was developed to allow for the study of the localization and distribution of proteins previously identified to correlate with functional activity and heterogeneity in islet cells using the CO-Detection by indEXing (CODEX) platform. In total, 22 proteins were studied simultaneously of which 10 were specifically expressed in islet cells. These included generic pancreatic markers such as C-peptide (C-pep) marking insulin-secreting β-cells, glucagon (GCG) and somatostatin (SST), but also less well-characterized proteins such as Shisa like 2B (FAM159B) and Neural proliferation, differentiation and control 1 (NPDC1). The multiplex tissue imaging allowed for single-cell analysis of protein expression in human islet cells showing that most islet specific proteins were heterogeneously expressed. The observations made in this study serves as a validation to that the human islet microenvironment is highly complex due to islet cell heterogeneity. Additionally, the study demonstrated that multiplex tissue imaging has the potential to reveal novel cell types and interactions. / Langerhanska öar består av endokrina celler som utsöndrar hormoner nödvändiga för reglering av blodsockernivåerna. Tidigare forskning har visat att genuttrycket och funktionaliteten är heterogen i de celler som utgör mänskliga Langerhanska öar. Dock är förståelsen för hur heterogeniteten korrelerar till normal cellfunktion och dysfunktion i diabetespatogenes fortfarande ofullständig. Följaktligen har ett internationellt samarbete inletts i syfte att  undersöka  vad som utgör heterogenitet  i  Langerhanska öar ur ett transkriptionellt, proteomiskt och funktionellt perspektiv i såväl friska som sjuka individer. I denna studie utvecklades en metod för multiplex mikroskopisk avbildning av vävnad för att möjliggöra undersökningen av hur proteiner som tidigare korrelerats med endokrin cellspecifik aktivitet och heterogenitet i Langerhanska öar var lokaliserade med hjälp av plattformen för Co-Detection by indEXing (CODEX). Totalt undersöktes 22 proteiner samtidigt varav 10 var specifikt uttryckta i celler som utgör Langerhanska öar. Bland dessa proteiner fanns generella markörer för vanligt förekommande celltyper i Langerhanska öar såsom C-peptid (C-pep) som markör för insulinsekreterande β-celler, glukagon (GCG) och somatostatin (SST) såväl som proteiner med färre kända funktioner såsom Shisa like B (FAM159B) och Neural proliferation, differentiation and control 1 (NPDC1). Med hjälp av multiplex mikroskopisk avbildning av vävnad kunde uttrycket av proteiner specifikt uttryckta i celler som utgör Langerhanska öar analyseras för enskilda celler i vävnaden. Denna analys visade att de flesta proteiner specifikt uttryckta i celler som Langerhanska öar består av var heterogent uttrycka. Resultaten från denna studie validerar att mikromiljön i Langerhanska öar är mycket komplex på grund av cellernas heterogenitet. Vidare visade denna studie att multiplex mikroskopisk avbildning av vävnad har potentialen att identifiera nya celltyper och interaktioner.