Thèses (Ph.D.)--Université de Sherbrooke (Canada), 2006. / Titre de l'écran-titre (visionné le 1 février 2007) In ProQuest dissertations and theses. Publié aussi en version papier.

La viande de porc est susceptible à la croissance microbienne en raison de sa teneur élevée en nutriments et en eau. L'élaboration de nouvelles stratégies pour optimiser sa qualité microbiologique passe par une profonde compréhension de la composition microbienne de la chaîne de valeur du porc. Les nouvelles technologies de séquençage (16S et génomes entiers) permettent la caractérisation de ce microbiome. Cependant, aucune étude à ce jour n'a suivi les mêmes animaux de la ferme, à l'usine jusqu'à la pièce de viande, les échantillons étant plutôt prélevés aléatoirement sur les différents sites. Cette étude consiste à évaluer comment le microbiote de porcs provenant de deux fermes avec des statuts sanitaires différents, ainsi que les microorganismes de leur environnement, influencent la composition microbienne de la chaîne de valeur, la contamination des usines et la qualité microbiologique des viandes. Les dénombrements d'aérobes mésophiles totaux et d'entérobactéries des échantillons prélevés à la fin des procédures préopératoires étaient près ou sous le seuil de détection indiquant que les procédures de nettoyage sont efficaces. De plus, les dénombrements des échantillons prélevés à l'abattoir ne variaient pas significativement en fonction des fermes étudiées. Cependant, un test de la somme des rangs de Wilcoxon (p<0.05) a révélé que la contamination moyenne aux Enterobacteriaceae pour les échantillons d'abattoir collectés après l'abattage des animaux était plus souvent supérieure pour la ferme avec un statut sanitaire inférieur comparativement à l'autre ferme Le séquençage de l'ADN microbien de la chaîne de valeur du porc a révélé qu'Acinetobacter, Clostridium, Moraxella et Rothia étaient les genres les plus abondants dans cette chaîne de valeur. L'algorithme LEfSe (p < 0.05, LDA 1.0) a permis d'identifier un plus grand nombre de biomarqueurs pour la ferme avec le statut sanitaire inférieur. De plus, les indices de diversité alpha étaient significativement plus élevés dans l'air et dans la moulée pour la ferme dont le statut est inférieur. L'analyse de la diversité bêta indiquait que les facteurs tels que le type d'échantillon et la localisation (ferme, éviscération et découpe) ont eu un effet significatif sur le microbiome de la chaîne de valeur et cela, selon un test ANOSIM (p<0,05). Ainsi, ces résultats suggèrent que l'écosystème microbien de la chaîne de valeur du porc varie avec la ferme d'origine. L'impact du statut sanitaire des animaux sur la chaîne de valeur mérite d'être étudié à plus grande échelle. / Pork meat is a food product at risk of microbial contamination due to its rich nutrient and water content. Developing new strategies to optimize the microbiological quality of these products requires a deeper understanding of the microbial ecology of the pork value chain. This microbiome is beginning to be studied using new genomic methods (16S and whole genome sequencing). However, no study to date has followed the same animals from farm to meat, rather samples are taken at random from different sites. The purpose of this study is to evaluate how the microbiota of pigs, originating from farms with different sanitary status, and their environment, influence the microbial composition of the value chain, the contamination of slaughter house and the microbiological quality of the resulting meats. The counts of total mesophilic aerobes and Enterobacteriaceae in samples collected at the end of preoperative procedures were near or below the detection limit indicating that the cleaning procedures are effective. In addition, the counts of samples taken at the slaughter house did not vary significatively depending on the farms analyzed. However, a Wilcoxon rank sum test (p <0.05) revealed that mean Enterobacteriaceae counts associated with the farm with a lower sanitary status, across all slaughter house samples collected after the slaughter of animals, are more often above the ones from the other farm. Sequencing of the pork value chain microbial DNA revealed that Acinetobacter, Clostridium, Moraxella and Rothia were the most abundant genera in this value chain. The LEfSe algorithm (p <0.05, LDA 1.0) identified a greater number of biomarkers for the farm with the lower sanitary status. Alpha diversity indices were significantly higher in air and food when the status is lower. In addition, analysis of beta diversity indicates that the factors; sample type and localization (farm, evisceration, and cut-out) have a significant impact on the value chain microbiome according to a ANOSIM test (p <0.05). Thus, these results suggest that the microbial ecosystem of the pork value chain varies with the farm of origin and the impact of the herd sanitary status deserves to be studied on a larger scale.

La viande de porc est susceptible à la croissance microbienne en raison de sa teneur élevée en nutriments et en eau. L'élaboration de nouvelles stratégies pour optimiser sa qualité microbiologique passe par une profonde compréhension de la composition microbienne de la chaîne de valeur du porc. Les nouvelles technologies de séquençage (16S et génomes entiers) permettent la caractérisation de ce microbiome. Cependant, aucune étude à ce jour n'a suivi les mêmes animaux de la ferme, à l'usine jusqu'à la pièce de viande, les échantillons étant plutôt prélevés aléatoirement sur les différents sites. Cette étude consiste à évaluer comment le microbiote de porcs provenant de deux fermes avec des statuts sanitaires différents, ainsi que les microorganismes de leur environnement, influencent la composition microbienne de la chaîne de valeur, la contamination des usines et la qualité microbiologique des viandes. Les dénombrements d'aérobes mésophiles totaux et d'entérobactéries des échantillons prélevés à la fin des procédures préopératoires étaient près ou sous le seuil de détection indiquant que les procédures de nettoyage sont efficaces. De plus, les dénombrements des échantillons prélevés à l'abattoir ne variaient pas significativement en fonction des fermes étudiées. Cependant, un test de la somme des rangs de Wilcoxon (p<0.05) a révélé que la contamination moyenne aux Enterobacteriaceae pour les échantillons d'abattoir collectés après l'abattage des animaux était plus souvent supérieure pour la ferme avec un statut sanitaire inférieur comparativement à l'autre ferme Le séquençage de l'ADN microbien de la chaîne de valeur du porc a révélé qu'Acinetobacter, Clostridium, Moraxella et Rothia étaient les genres les plus abondants dans cette chaîne de valeur. L'algorithme LEfSe (p < 0.05, LDA 1.0) a permis d'identifier un plus grand nombre de biomarqueurs pour la ferme avec le statut sanitaire inférieur. De plus, les indices de diversité alpha étaient significativement plus élevés dans l'air et dans la moulée pour la ferme dont le statut est inférieur. L'analyse de la diversité bêta indiquait que les facteurs tels que le type d'échantillon et la localisation (ferme, éviscération et découpe) ont eu un effet significatif sur le microbiome de la chaîne de valeur et cela, selon un test ANOSIM (p<0,05). Ainsi, ces résultats suggèrent que l'écosystème microbien de la chaîne de valeur du porc varie avec la ferme d'origine. L'impact du statut sanitaire des animaux sur la chaîne de valeur mérite d'être étudié à plus grande échelle. / Pork meat is a food product at risk of microbial contamination due to its rich nutrient and water content. Developing new strategies to optimize the microbiological quality of these products requires a deeper understanding of the microbial ecology of the pork value chain. This microbiome is beginning to be studied using new genomic methods (16S and whole genome sequencing). However, no study to date has followed the same animals from farm to meat, rather samples are taken at random from different sites. The purpose of this study is to evaluate how the microbiota of pigs, originating from farms with different sanitary status, and their environment, influence the microbial composition of the value chain, the contamination of slaughter house and the microbiological quality of the resulting meats. The counts of total mesophilic aerobes and Enterobacteriaceae in samples collected at the end of preoperative procedures were near or below the detection limit indicating that the cleaning procedures are effective. In addition, the counts of samples taken at the slaughter house did not vary significatively depending on the farms analyzed. However, a Wilcoxon rank sum test (p <0.05) revealed that mean Enterobacteriaceae counts associated with the farm with a lower sanitary status, across all slaughter house samples collected after the slaughter of animals, are more often above the ones from the other farm. Sequencing of the pork value chain microbial DNA revealed that Acinetobacter, Clostridium, Moraxella and Rothia were the most abundant genera in this value chain. The LEfSe algorithm (p <0.05, LDA 1.0) identified a greater number of biomarkers for the farm with the lower sanitary status. Alpha diversity indices were significantly higher in air and food when the status is lower. In addition, analysis of beta diversity indicates that the factors; sample type and localization (farm, evisceration, and cut-out) have a significant impact on the value chain microbiome according to a ANOSIM test (p <0.05). Thus, these results suggest that the microbial ecosystem of the pork value chain varies with the farm of origin and the impact of the herd sanitary status deserves to be studied on a larger scale.

L’objectif de ce projet de recherche était d’évaluer la qualité de la viande de lapin produite au Québec en prenant en considération l’impact des différentes gestions préabattage. Pour ce faire, cinq producteurs furent sélectionnés en collaboration avec le Syndicat des producteurs de lapins du Québec. Les lapins furent abattus dans deux abattoirs sous juridiction provinciale située au Québec et dans deux abattoirs sous juridiction fédérale, un situé au Québec et l’autre en Ontario. Le pH musculaire du Longissimus lumborum (LL) et du Biceps femoris (BF) fut mesuré après 1h (pH1h) et 24h (pHu) post-mortem pour les lapins abattus au Québec. Les pertes en eau (par exsudation et à la cuisson) furent mesurées sur le LL. Tous les pH1hBF et 97,6% des pH1hLL étaient >6. Les valeurs variaient entre 5,70 et 6,58 pour le pHuLL, entre 5,80 et 6,83 pour le pHuBF et entre 0,00 et 2,56% pour la perte de poids par exsudation du LL. Une analyse en cluster hiérarchique basée sur le pHu, la perte en eau à la cuisson et la luminosité de 200 LL fut effectuée pour regrouper les LL ayant une qualité similaire. Des quatre groupes créés par l’analyse en cluster hiérarchique, les groupes 3 et 4 présentaient la plus faible qualité et une viande à pH élevé comme retrouvé pour la viande DFD (40% des LL analysées). Les groupes 1 et 2 avaient la meilleure et la deuxième meilleure qualité de viande, respectivement. Pour les lapins abattus en Ontario, la meilleure gestion préabattage était celle où les mangeoires étaient gardées en place, mais avec les lumières ouvertes avant le long voyage (7h). Même si la majorité (60%) des LL analysés se retrouvait dans les groupes 1 et 2, en général, la qualité de la viande de lapin produite au Québec est variable au sein du secteur suggérant que plusieurs facteurs ne sont pas encore complètement contrôlés dans la chaîne de valeur. / The aim of this study was to characterize meat quality from rabbits commercially raised in Quebec, taking into account, notably, the impact of the various preslaughter management practices, transport distances and feed withdrawal efficiency. Five producers were selected for this study in collaboration with the provincial rabbit producers’ association. Rabbits were slaughtered in two provincially inspected plants both located in Quebec and two federally inspected plants, one located in Quebec and one in Ontario. Muscular pH of the Longissimus lumborum (LL) and the Biceps femoris (BF) muscles were measured 24 h (pHu) and also after 1 h (pH1h) post-mortem for animals slaughtered in the abattoirs located in Quebec. Drip loss and cooking loss were measured on the LL. All pH1hBF and 97.6% of pH1hLL were >6. Values ranged from 5.70 to 6.58 for pHuLL and from 5.80 to 6.83 for pHuBF. Values for rabbit meat drip loss ranged between 0.00 and 2.56%. Of the four clusters created by the hierarchical cluster analysis based on pHu, cooking loss and L* and on 200 rabbit loins, clusters 3 and 4 had the lowest meat quality and presents meat with high pH as seen, notably, with DFD meat (40% of the loins analysed). The clusters 1 and 2 were the best and the second-best meat quality groups, respectively. For rabbits slaughtered in Ontario, due to the long journey, preslaughter management that worked best was when the feeders were left in place, but with the lights on prior to transport (7h). Though the majority (60%) of the loins analyzed were grouped into the upper quality clusters 1 and 2, overall, rabbit meat quality produced in Quebec is rather variable among the sector suggesting that many factors are not yet fully controlled in the value chain.

Une forte demande, associée à des coûts de production locaux parmi les plus élevés au monde, a fait du Japon le plus gros importateur de viande de porc avec environ 20 % des achats mondiaux. Pour les pays exportateurs que sont le Danemark, les États-Unis et le Canada, les enjeux économiques liés à l’état de la compétition sur ce marché d’exportation séduisant mais fortement concurrentiel se révèlent donc considérables. Dès lors, il s’avère pour eux primordial de pouvoir y évaluer leur compétitivité. Dans ce travail, la méthode de Goldberg et Knetter (1999), qui repose sur l’approche du pouvoir de marché par l’élasticité de la demande résiduelle, est mise en œuvre. L’analyse préalable des séries temporelles utilisées est réalisée, et en particulier un test de racine unitaire basé sur le rééchantillonnage est développé. Les résultats d’estimation suggèrent que le marché japonais d’importation de viande de porc est imparfaitement concurrentiel. / A strong demand, together with high local production costs, made Japan become the world’s biggest importer of swine meat. For Denmark, Canada and the USA, three important exporters, the state of the competition on this attractive but strongly competitive market of export is of the highest importance. Thus, it turns out essential for them to be able to estimate their competitiveness. In this paper, the method proposed by Goldberg and Knetter (1999), based on the measure of the residual demand elasticity, is implemented. The time series analysis is emphasized, with the development and use of a bootstrap unit root test. Estimation results bring finally to light the imperfect competition characterizing the Japanese market of swine meat.

Nous avons analysé la relation entre le risque de cancer colorectal et la consommation de viande et de poisson dans la population qui participe dans l'Etude Prospective Européenne sur le Cancer et la Nutrition. Il s'agit d'une étude sur plus de 400 000 sujets volontaires de dix pays européens. Le risque de cancer colorectal apparaît lié à un niveau de consommation élevé de viande rouge. Le hazard ratio associé à une consommation supérieure à 160 grammes par jour par rapport à une consommation inférieure à 20 grammes par jour est de 1.35 (95% IC=0.96-1.88). La consommation élevée de poisson semble diminuer le risque de cancer colorectal. Le hazard ratio pour une consommation de poisson supérieure à 80 grammes par jour par rapport à celle de moins de 10 grammes par jour est de 0.69 (IC=0.54-0.88). La consommation de volailles n'a pas d'incidence sur le risque de cancer colorectal. Nous avons intégré par méta-analyse nos résultats avec ceux des études prospectives publiées entre 1990 et juin 2006. D'après 14 études, le risque relatif moyen associé aux niveaux de consommation de viande rouge les plus hauts par rapport aux niveaux les plus bas est de 1.34 (95% CI=1.09-1.21). En ce qui concerne les niveaux de consommation de poisson les plus hauts par rapport aux niveaux les plus bas (treize études), le risque relatif moyen est de 0.87 (95%CI=0.78-0.97). Nos résultats montrent qu'une diminution des apports de viande rouge parmi les gros consommateurs devrait conduire à une diminution du risque de cancer colorectal pour cette population. La consommation de fibre alimentaire et de poisson en grosses quantités semble diminuer le risque, mais cette relation doit être confirmée par d'autres études.

Thèse (M.A.)--Université Laval, 2007. / Bibliogr.: f. 150-157. Publié aussi en version électronique dans la Collection Mémoires et thèses électroniques.

Cette thèse visait à évaluer l’effet d’une alimentation pourvue en graines de lin riches en acide a-linolénique (ALA) et en microalgues riches en acide docosahexaenoïque (DHA) sur le métabolisme des lipides et la qualité de la viande de porc. Les régimes n’ont pas eu d’effet sur les performances de croissance et les critères de qualité de la carcasse mesurés en abattoir. La digestibilité des acides gras polyinsaturés (AGPI) n-3, leurs quantités dans les régimes et les traitements technologiques subis par la graine de lin ont impacté le dépôt d’ALA et de DHA dans les lipides totaux et les fractions neutres et polaires des tissus. La quantité de malonaldéhyde, représentatif de la peroxydation des acides gras, du muscle longissimus dorsi et du tissu adipeux sous cutané dorsal (TAD) a été augmentée avec un apport de microalgues.Une odeur plus prononcée des rôtis issus du régime microalgues a été identifiée par un jury entrainé. Enfin, les activités et l’expression des gènes de la lipogenèse et de la synthèse des AGPI n-3 ont été diminuées au niveau hépatique avec l’apport de microalgues. Un second objectif visait à recenser les facteurs de variation du dépôt des AGPI n-3 dans les tissus porcins pour les intégrer dans un modèle prédictif de ce dépôt. En raison d’une grande variabilité entre individus, seuls des modèles linéaires ont pu être établis en considérant les quantités digestibles d’ALA et de DHA ingérées, le sexe des animaux et l’effet du lot. Enfin, la thèse a permis de proposer des équations de calibration de spectrométrie en proche infra-rouge (SPIR) afin de déterm / Pigs used in this thesis were fed linseed rich in a-linolenic acid (ALA) and microalgae rich in docosahexaenoic acid (DHA) to evaluate the effect of diet on lipid metabolism and pork quality. Fatty acid (FA) composition of the diets did not have any effect on pig performances and carcass parameters measured at slaughter. The digestive utilization, the quantity of n-3 polyunsaturated FA (PUFA) in the diet and the technological treatment applied to linseed were identified as modifiers of the deposition of ALA and DHA in total, neutral and polar lipids. They also had an impact on the activity of lipogenesis enzymes and on the gene expression involved in n-3 PUFA synthesis in the liver. The malonaldehyde content, representative of the FA lipoperoxydation, measured in longissimus dorsi muscle and subcutaneous adipose tissue of the back (SCB),significantly increased with the supply of microalgae and with linseed to a lesser extent. Finally, the odor of the meat from pigs fed microalgae was more pronounced than meat from pigs fed linseed or a mix 75%/25% of linseed and microalgae. From results obtained in animal experiments, linear models were built to predict n-3 PUFA deposition in pig tissues from quantities of digestible ALA and DHA ingested by animals. Finally, a last part of the thesis allowed characterizing the FA composition of the SCB by near infrared spectroscopy (NIRS) in order to quickly identify the meat enriched with n-3 PUFA.

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles. / Le virus de l'hépatite E (HEV) provoque des cas sporadiques d'hépatite aiguë dans les pays industrialisés par le biais d'une transmission zoonotique via l'alimentation. Les porcs et plusieurs espèces animales de la faune sauvages ont été identifiés comme hôtes du HEV. La principale source de transmission du HEV à l'humain est la consommation de viande de porc crue ou insuffisamment cuite. Une autre voie potentielle d'exposition pourrait être la consommation de baies, cultivées en plein champs, dans des zones à proximité d'animaux sauvages infectés par le HEV. En effet, les fèces animales infectés contamineraient l'environnement et les fruits par contact direct. Toutefois, les données quantitatives sur la présence du HEV dans les aliments produits au Canada sont limitées. Le but du projet a donc été d'évaluer le niveau de contamination par le HEV dans des bleuets et des produits à base de foie de porc vendus dans deux provinces du Canada. Pour ce faire, 150 échantillons de bleuets ont été récoltés au Québec et au Nouveau-Brunswick. Pour les produits carnés, 83 échantillons de pâtés de foie de porc et 79 échantillons de foies de porc crus ont été collectés uniquement au Québec. La présence ou l'absence de HEV a été déterminée par détection moléculaire. Parmi les 150 échantillons de bleuets testés, aucun n'a été détecté positif au HEV. En revanche, concernant les pâtés de foie de porc et foies de porc crus, de l'ARN de HEV a été trouvé dans respectivement 29 % (24/83) et 4 % (3/79) des échantillons testés. Ces résultats suggèrent que (1) le risque de contamination des bleuets canadiens par le HEV semble être faible et ainsi, que le risque de transmission du HEV aux humains par l'ingestion de bleuets contaminés est probablement minime, (2) l'ARN du HEV peut être retrouvé dans des produits à base de foie de porc vendus dans les épiceries québécoises et potentiellement conduire à une infection par le HEV chez les consommateurs., voire à des formes graves chez les sujets à risque. Les résultats mis en avant dans ce projet incite à mener des études de prévalence plus larges et à surveiller le HEV dans certains produits alimentaires. / The hepatitis E virus (HEV) causes sporadic acute hepatic cases in industrialized countries through a zoonotic transmission and foodborne origin. Pigs and wild animals have been characterized as HEV-hosts. The main source of transmission of HEV to humans is the consumption of raw or undercooked pork products. Another possible route of transmission could be the presence of wild animals carrying the virus in berry fields. They would contaminate the environment and fruit by direct contact with their infected feces. However, quantitative data on the presence of HEV in Canadian food is limited. The aim of this project was to assess the level of HEV contamination in blueberries and pork liver products sold in two provinces of Canada. To do so, 150 blueberry samples were collected in Quebec and New Brunswick. For meat products, 83 samples of pork liver pâtés and 79 samples of raw pork livers were collected in Quebec only. The presence or absence of HEV was determined by molecular detection. Out of the 150 tested blueberry samples, none showed HEV detection. In contrast, 29 % (24/83) pork liver pâtés and 4 % (3/79) raw pork livers were found positive for HEV RNA. These results suggest that (1) the risk of HEV contamination of Canadian blueberries appears to be low and thus the risk of transmission of HEV to humans through ingestion of contaminated blueberries is likely to be minimal, (2) HEV RNA can be found in pork liver products sold in Quebec grocery stores and potentially lead to HEV infection in consumers and even severe forms in at-risk individuals. The results highlighted in this project encourage larger prevalence studies and monitoring of HEV in certain food products.

Thèse ou mémoire avec insertion d'articles / Le but de cette étude était d'évaluer et de comparer l'état de la qualité de la viande de poitrine des deux souches de poulets de chair à rendement standard les plus utilisées sur le marché mondial : Cobb 500 et Ross 308. Pour ce faire, des poussins des deux sexes des deux souches ont été placés dans un design en blocs complets randomisés (4 groupes x 4 répétitions en 4 blocs) et nourris d'un régime standard de démarrage, de croissance et de finition de 1 à 35 jours. À 35 jours, les oiseaux (n = 40/souche/sexe) ont été abattus et leur rendement et la qualité de la viande de poitrine ont été évalués. L'interaction souche-sexe n'était pas significative pour la plupart des caractères analysés. Les oiseaux de la souche Cobb 500 avaient un poids corporel plus élevé (*P* < 0,001), un rendement en viande de poitrine plus élevé (*P* = 0,02) et un rendement en cuisse moins important (*P* < 0,001) que les Ross 308. Ils présentaient également un score plus élevé (*P* = 0,04) de la myopathie de durcissement de la poitrine et des pertes d'eau plus importantes par exsudation (*P* = 0,01) et après cuisson (*P* = 0,01). Un modèle de glycolyse *in vitro* a révélé que la chute post-mortem du pH du muscle *Pectoralis major* était influencée par l'interaction entre la souche et l'âge (*P* < 0,001). À 14 jours, le pH initial était plus élevé (*P* < 0,05) chez Cobb 500, mais à 33 jours, il était similaire dans les deux souches. Aux deux âges et pour les deux souches, le pH ultime de ce muscle a été atteint à3 heures post-mortem. En conclusion, le développement musculaire est négativement corrélé à la qualité de la viande. Par conséquent, le choix de combinaison de souches et de sexe pour la production de poulets de chair nécessite un compromis entre le rendement et la qualité de la viande. / The purpose of this study was to evaluate and compare the state of breast meat quality in the two most used standard-yielding broiler chicken strains on today's market: Cobb 500 and Ross 308. To achieve this, chicks from both sexes of both strains were placed in a randomized complete block design (4 groups × 4 replicates in 4 blocks) and fed a standard starter, grower, and finisher diet from 1 to 35 d. At 35 d, birds (n = 40/strain/sex) were processed, and their yield and breast meat quality were evaluated. The strain-by-sex interaction was not significant for most analyzed traits. Birds from the Cobb 500 strain had higher body weight (*P* < 0.001), greater breast meat yield (*P* = 0.02), and lower leg meat yield (*P* < 0.001) than Ross 308 birds. They also exhibited higher wooden breast score (*P* = 0.04) and greater dri*P* (*P* = 0.01) and cooking (*P* = 0.01) losses. An in vitro glycolysis model revealed that post-mortem decline in the pH of the *Pectoralis major* muscle was influenced by the interaction between strain and age (*P* < 0.001). At 14 d, the initial pH was higher (*P* < 0.05) in Cobb 500, but at 33 d it was similar in both strains. At both ages and for both strains, the ultimate pH in this muscle was reached at 3 h post-mortem. In conclusion, muscle growth and development are negatively associated with meat quality. Thus, the choice of strain and sex combinations for broiler production requires a compromise between meat yield and quality.