Orientador: João Pessoa Araújo Júnior / Banca: Camilo Bulla / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Julio Lopes Sequeira / Banca: Alexandre Secorum Borges / Resumo: O vírus da leucemia felina (FeLV) é um retrovírus que infecta principalmente gatos jovens. Em aglomerados de animais, a infecção pelo FeLV é a que mais contribui para a mortalidade. O emprego de técnicas moleculares de detecção viral permitiu avanços no que diz respeito à caracterização da patogenia e resposta à vacinação. Baseando-se nesses novos resultados, o diagnóstico da infecção deve ser realizado, primeiramente, com um teste de triagem de detecção da proteína de capsídeo p27, e, posteriormente, a confirmação com teste de detecção de DNA proviral. O diagnóstico e separação de animais positivos constituem o mecanismo primordial para conter a disseminação do FeLV. Diante disso, é de grande importância facilitar o acesso e baratear o diagnóstico. A construção de um teste de detecção da p27 baseia-se na produção de anticorpos monoclonais. A técnica de hibridomas é menos prática e demanda mais tempo para a obtenção de resultados satisfatórios quando comparada à técnica de Phage Display. Esta está em franco desenvolvimento e tem ganhado grande aplicabilidade na medicina veterinária. Empregamos o sistema de Phage Display desenvolvido por Krebber e colaboradores (1997). Primeiramente, foi construída uma biblioteca imune em camundongos, em seguida, foram amplificadas as regiões gênicas variáveis das cadeias leve (VL) e pesada (VH) e ligadas com um Linker de (Gli4Ser)4. Esses fragmentos geneticamente construídos derivados de anticorpos são denominados de single chain variable fragment ou scFv. Os scFvs foram fusionados à pIII e apresentados na superfície de fagos filamentos. Após três ciclos de seleção e enriquecimento contra a p27 recombinante produzida no laboratório, onze scFvs foram selecionados e caracterizados com relação à constituição nucleotídica e de aminoácidos. Dentre eles, o scFv 9 e scFv 70 foram escolhidos... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The feline leukemia virus (FeLV) is a retrovirus that infects primarily young cats. In animal clusters, FeLV infection is the largest contributor to mortality. The use of molecular techniques for viral detection has allowed advances with regard to the pathogenicity and response to vaccination. Based on these new findings, the diagnosis of infection should be performed first, with a screening test for detection of p27 capsid protein, and subsequently confirmed with testing for proviral DNA. The diagnosis and segregation of positive animals is the primary mechanism to contain the FeLV spread. Therefore, it is of great importance to facilitate access and lower the diagnosis. The construction of a test for p27 detection relies on monoclonal antibody development. The hybridoma technique is less practical and more time consuming to obtain satisfactory results when compared to Phage Display technology. The latter has been improved rapidly and has gained wide application in veterinary medicine. We employed the Phage Display system developed by Krebber et al. (1997). First, an immune library was built in mice and the variable region of the light and the heavy genes were amplified and connected by a linker of (Gly4Ser)4. This genetically engineered antibody fragments are called single chain variable fragments or scFv. The scFvs were fused to the pIII protein and displayed on the surface of filamentous phages. After three rounds of selection and enrichment against recombinant p27 (produced in the laboratory), eleven scFvs were selected and characterized with respect to nucleotide and aminoacid composition. Among them, scFv 9 and scFv 70 were chosen for subcloning and expression in prokaryotic system for production of heterologous proteins. The scFvs in soluble forms were evaluated for their binding capacity to p27. The scFvs will be employed to the development of an immunoassay for FeLV detect... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Carlos Amadeu Leite de Oliveira / Banca: Francisco Jorge Cividanes / Banca: Wilson Badiali Crocomo / Resumo: No Brasil, Brevipalpus phoenicis (Geijskes, 1939) é vetor da leprose na cultura dos citros, doença responsável por significativa redução na produtividade. Objetivou-se avaliar, a capacidade de colonização de B. phoenicis sobre cercas-vivas, quebra-ventos e plantas daninhas, e a potencialidade destas como hospedeiras do vírus da leprose. Realizou-se a colonização das plantas com ácaros procedentes de uma criação-estoque sobre frutos de citros Pêra-rio, para as seguintes plantas hospedeiras intermediárias: Hibiscus sp., Malvaviscus mollis, Grevillea robusta, Mimosa caesalpiniaefolia, Bixa orellana, Euphorbia splendens, Bidens pilosa, Commelina benghalensis, Sida cordifolia, Ageratum conyzoides e Citrus sinensis. Constatou-se que a exceção de E. splendens, todas comportaram-se como hospedeiras do ácaro. Ácaros contaminados, procedentes da criação-estoque, após serem transferidos e confinados em arenas delimitadas nas plantas hospedeiras intermediárias, por um período de 7 dias, não perderam a capacidade de transmitir o vírus para mudas cítricas de Valência e Natal. Ácaros não contaminados que tiveram acesso alimentar por 3 dias nessas mesmas arenas, somente se contaminaram e transmitiram o vírus para mudas de citros, aqueles que se alimentaram sobre: C. benghalensis, S. cordifolia, A. conyzoides, B. pilosa, B. orellana e C. sinensis. Resultados semelhantes foram conseguidos com ácaros criados, por um período de 90 dias, sobre as mesmas plantas hospedeiras intermediárias, inicialmente infestadas com ácaros contaminados também procedentes da criação-estoque. / Abstract: In Brazil, Brevipalpus phoenicis (Geijskes, 1939) is a vector of the leprosis in the culture of citrus, a disease that causes significant reduction in the productivity. In this work it was evaluated the B. phoenicis capacity of settling on common fence-lives, windbreaks and weeds, and their potentiality as hosts to the leprosis virus. The colonization of the plants was carried out with mites coming from a stock creation on fruits of "Pêra-rio" citrus, for the following intermediate host plants: Hibiscus sp., Malvaviscus mollis, Grevillea robust, Mimosa caesalpiniaefolia, Bixa orellana, Euphorbia splendens, Bidens pilosa, Commelina benghalensis, Sida cordifolia, Ageratum conyzoides and Citrus sinensis. It was verified that, except for the E. splendens, all species showed to be favorable to the B. phoenicis population growth. Infected mites, coming from the stock creation, that were transferred and confined in delimited arenas in the intermediate host plants for a period of 7 days, did not lose their capacity to transmit the virus for citric seedlings of "Valência" and "Natal". Non infected mites, that had access to feed for 3 days in the same arenas, became only infected and transmitted the virus for citrus seedlings that fed on: C. benghalensis, S. cordifolia, A. conyzoides, B. pilosa, B. orellana and C. sinensis. Similar results were obtained using mites created, for a period of 90 days, on the same intermediate host plants that were initially infested with infected mites coming from the same stock creation. / Mestre

Orientador: Jane Megid / Banca: Hélio Langoni / Banca: Avelino Albas / Resumo: Morcegos vêm recebendo crescente importância em Saúde Pública, pois são os principais reservatórios para a raiva em diversas partes do mundo. Pouco se conhece a respeito da distribuição do vírus rábico em tecidos e órgãos não nervosos. O objetivo deste estudo foi avaliar a distribuição do vírus rábico em órgãos e tecidos de quirópteros naturalmente infectados de diferentes hábitos alimentares, e avaliar a existência de alguma possível correlação com a filogenia das amostras. Foram utilizados 26 morcegos previamente diagnosticados positivos para raiva pelos métodos padrão, sendo coletado cérebro, glândulas salivares, pulmão, coração, fígado, baço, estômago, intestinos, rins, bexiga, gordura interescapular e fezes. As amostras foram submetidas à extração do material genético e submetidas à reação de RT-PCR com iniciadores específicos para o gene N. As amostras que resultaram negativas na primeira reação foram submetidas a uma segunda amplificação (hemi-nested PCR). Os produtos amplificados foram submetidos ao sequenciamento genético e as sequências alinhadas com sequências homólogas obtidas do GenBank para construção da árvore filogenética. Os resultados demonstraram uma ampla distribuição do vírus em órgãos e tecidos dos morcegos, não sendo possível correlacionar com a espécie e tão pouco com a linhagem viral encontrada. O maior percentual de positividade foi encontrado em cérebro e glândula salivar e a técnica de heminested PCR demonstrou ter maior sensibilidade na detecção do vírus rábico nas amostras estudadas. Na análise filogenética observou-se o agrupamento das amostras de acordo com as espécies, confirmando a existência de linhagens gênero específicas / Abstract: Bats have been assigned an increasing importance in Public Health as these are the main rabies reservoirs in many parts of the world. Little is known about the distribution of rabies virus in non-nervous tissues and organs. The aim of this study was to evaluate the distribution of rabies virus in organs and tissues of naturally infected bats with different feeding habits, and evaluate the existence of any possible correlation with the phylogeny of the samples. 26 bats previously diagnosed as positive for rabies by standard methods were used; the brain, salivary glands, lung, heart, liver, spleen, stomach, intestine, kidneys, urinary bladder, interscapular fat and feces were collected. The genetic material were extracted and submited to RT-PCR reaction with specific primers for the N gene. The samples that were negative in the first reaction underwent a second amplification (hemi-nested PCR). The amplified products were subjected to genetic sequencing and the sequences aligned with homologous sequences obtained from GenBank for phylogenetic tree construction. The results showed a wide distribution of virus in organs and tissues of bats, it was not possible to correlate the viral distribuition with the species nor with the viral strain found. The highest percentage of positivity was found in brain and salivary glands and the technique of heminested PCR demonstrated to have a greater sensitivity for detection of rabies virus in the studied samples. The phylogenetic analysis showed the clustering of samples according to the species, confirming the existence of genus specific lineages / Mestre

Resumo: Paramyxoviridae, é um vírus envelopado com tamanho médio de 120 a 300nm, de simetria helicoidal, que apresenta um genoma de RNA fita simples não segmentado de polaridade negativa. Este genoma codifica 11 proteínas, dentre as quais as glicoproteínas de membrana que são responsáveis pela infectividade do vírus. A proteína F, em associação com a proteína G e SH, é responsável pela fusão da membrana viral à célula que será infectada, ou seja, esta proteína proporciona a entrada e instalação do vírus na célula. Conhecer a forma de interação das proteínas da membrana viral com a célula que será infectada é importante para propor um mecanismo de inibição deste processo de infecção viral. Existem evidências que os glicosaminoglicanos são potenciais inibidores da infecção causada por vários vírus. A hipótese é de que este processo de inibição ocorra devido à ligação dos glicosaminoglicanos às proteínas da membrana viral, mais especificamente na proteína G, que apresenta um domínio de ligação para heparina, impedindo desta forma, que o vírus se ligue na célula hospedeira e que inicie o processo de infecção. O objetivo deste trabalho foi verificar a atuação de glicosaminoglicanos como potenciais inibidores da infecção viral. Esta análise foi realizada por meio de experimento de cultivo de células Hep2 na presença dos glicosaminoglicanos heparina e dextrana sulfatada que foram inoculadas com o vírus sincicial respiratório do tipo A (RSVA) e analisados por meio das técnicas de PCR e Imunofluorescência Indireta. Os resultados mostraram que a heparina e a dextrana sulfatada apresentam efeito inibitório da infecção viral em cultivo de células Hep2. / Abstract: The respiratory sincicial virus (RSV) is part of Pneumovirus genus of the Paramyxoviridae family, is an enveloped virus with average size of 120 to 300nm, helical symmetry, that presents a genome consisting of a single strand, no segmented, RNA negative. This genome codifies for 11 proteins including the membrane glycoproteins which are responsible for the infectivity of the virus. Protein F in association with protein G and SH is responsible for the fusion of the viral membrane with the cell that will be infected, that is, this protein provides the entrance and the virus to settle in the cell. To know the form of interaction of viral membrane proteins with the cell that will be infected is important to propose a mechanism to inhibit of this process of viral infection. Evidences exist that the glycosaminoglycans are potential inhibitors of the infection caused by some viruses. The hypothesis is that this process of inhibition occurs more specifically due to the interation between glycosaminoglycans and the proteins of the viral membrane, more specifically in protein G, that presents a domain of linking for heparin, avoiding the virus to bind to the host cell and initiating the infection process. The aim of this work was to verify the performance of glycosaminoglycans as inhibitors of the viral infection. This analysis was accomplished through experiments of Hep2 cell culture in the presence of these glycosaminoglycans (heparin and dextran sulfate) that was inoculated with the respiratory sincicial virus type A (RSVA) and analyzed through the technique of PCR and Indirect Imunofluorecence. The results had shown that the heparin and the dextran sulfate presented an inhibitory effect of the viral infection in Hep2 cells culture. / Orientador: Fátima Pereira de Souza / Coorientador: Paula Rahal / Banca: Karina Alves de Toledo / Banca: Paola Jocelan Provazzi Scaranzi / Mestre

Orientador: José Osmar Gaspar / Banca: Mário Tyago Murakami / Banca: Marinônio Lopes Cornélio / Resumo: No Brasil, foram descritas mais de dez viroses em feijoeiro, citando-se aquela causada pelo Southern bean mosaic virus (SBMV) do gênero Sobemovirus. Este vírus tem uma restrita gama de hospedeiras, confinada quase exclusivamente a espécies da família das leguminosas, sendo algumas de interesse econômico como o feijoeiro comum e a soja. O SBMV é a espécie tipo do gênero, possui partículas isométricas (28-30nm) contendo RNA genômico de 4-4,5kb com polaridade positiva e proteína capsidial com massa molecular de 29-30 kDa. O genoma do SBMV é constituído por quatro Open Reading Frames (ORFs) com sobreposição entre elas. A ORF 1 codifica uma possível proteína do movimento, a ORF 2 uma poliproteína, que por clivagem, origina três produtos funcionais: uma serino protease, uma proteína ligadora do genoma viral (VPg) e uma polimerase com atividade relacionada à replicação do RNA viral (RNA polimerase RNA-dependente, RpRd). Dentro da ORF 2 encontra-se a ORF 3, que codifica uma proteína de função desconhecida. A ORF 4 codifica a proteína capsidial, traduzida a partir de um RNA subgenômico. O presente trabalho consiste na expressão da proteína P1 do SBMV-SP em Escherichia coli, sua purificação e a posterior utilização para a produção de antissoro policlonal. As atividades realizadas compreenderam a purificação das partículas virais do SBMV isolado São Paulo (SBMV-SP) a partir de folhas infectadas de Phaseolus vulgaris 'Jalo', obtenção do RNA viral a partir de partículas purificadas, produção de cDNA utilizando primer anti-senso, amplificação do gene da proteína do movimento, purificação do fragmento amplificado, ligação em vetor de multiplicação pGEM-T, transformação em células competentes de Escherichia coli linhagem TOP 10, purificação do vetor, corte enzimático com as enzimas Bam HI e Hind III, subclonagem nos vetores de expressão... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In Brazil, more than ten bean viroses were described, including the one caused by Southern bean mosaic virus (SBMV) from genus Sobemovirus. This virus has a strict host range, confined almost exclusively to species from leguminosas family, and some of them have economic importance, like the common bean and soya. SBMV is the type species from this genus, has isometric particles (28-30nm) that contains genomic RNA of 4-4,5kb with positive polarity and a capsidal protein with molecular mass of 29-30kDa. SBMV genome consistis of four Open Reading Frames (ORFs) with overlap between them. ORF 1 encodes a possible movement protein, ORF 2 a poliprotein, which origin three functional products by clivage: a serin protease, a viral genomic biding protein (VPg) and a polimerase. Inside ORF 2 is situated the ORF 3, that encodes a protein with unknow function. ORF 4 encodes the capsidal protein, translated by a subgenomic RNA. The activities performed until this moment were the purification of SBMV isolated São Paulo(SBMV-SP) viral particles, obtention of viral RNA from SBMV purified partcles, cDNA production using anti-sense primer, amplification of the supposed gene of movement protein, purification of the amplified fragment and later biding on expression vector pGEM-T. The recombinat vector were transformed in Escherichia coli cells competent and than purified and digested with Bam HI and Hind III enzime. The released fragment was subcloned in pMAL and pET28a, which were used on competent cells for expression tests. Analysis of gel poliacrialamida showed the efficiency of tests of expression. Using pET28a was observed an expression of a protein of approximately 22 kDa (17 kDa relating to MP + 5 kDa relating to the tail of histidine) which was purified in resin Ni-NTA by affinitive chromatography.Using pMAL was observed an expression of a protein of approximately... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Isabel Maria Vicente Guedes de Carvalho Mello / Banca: Flora Maria de Campos Fernandes / Banca: Camila Malta Romano / Banca: Adriano Mondini / Banca: Maria Tercília Vilela de Azeredo Oliveira / Resumo: A Hepatite C é uma doença presente em todo o mundo. O vírus da Hepatite C (HCV), o agente etiológico dessa doença, é um vírus de RNA de fita simples positiva. Seu genoma codifica uma única poliproteína precursora que após processamento origina dez proteínas virais. A NS5A, uma das proteínas virais não estruturais, esta associada com a resposta ao tratamento baseado em Interferon, tratamento aprovado para Hepatite C no Brazil.O HCV tem uma alta taxa de mutação levando a uma alta variabilidade, fator importante para a evasão da resposta imune e a resposta ao tratamento. O objetivo deste trabalho foi analisar a evolução das quasiespécies antes, durante e após o tratamento em pacientes infectados com HCV genótipo 3a que apresentaram diferentes respostas ao tratamento. O RNA viral foi extraído, o cDNA sintetizado, a região NS5A amplificada e clonada e 15 clones de cada ponto de coleta foram seqüenciados. As sequências foram analisadas com relação a história evolutiva, diversidade genética e seleção. Nossas análises mostram que a população viral que persiste após o tratamento na maioria dos pacientes não respondedores está presente em amostras pré-tratamento sugerindo uma aptidão para evadir o tratamento. Ainda a maioria das amostras pré-tratamento de pacientes respondedores ao final do tratamento ou não apresentou a população encontrada nas amostras pós-tratamento ou apresentou em menor freqüência. As exceções ilustram a característica única do processo evolutivo e conseqüentemente o processo de resistência ao tratamento em cada paciente. A evolução do vírus da Hepatite C ao longo do tratamento aparenta ser o resultado de uma relação evolutiva única entre as cepas virais e cada hospedeiro humano, levando a persistência do vírus ou a resposta ao tratamento / Abstract: Hepatitis C is a disease spread throughout the world. Hepatitis C virus (HCV), the etiological agent of this disease, is a single-stranded positive RNA virus. Its genome encodes a single precursor protein that yields ten proteins after processing. NS5A, one of the non-structural viral proteins, is most associated with interferon-based therapy response, the approved treatment for hepatitis C in Brazil. HCV has a high mutation rate and therefore high variability, which may be important for evading the immune system and response to therapy. The aim of this study was to analyze the evolution of NS5A quasispecies before, during, and after treatment in patients infected with HCV genotype 3a who presented different therapy responses.Viral RNA was extracted, cDNA was synthesized, the NS5A region was amplified and cloned, and 15 clones from each time-point were sequenced. The sequences were analyzed for evolutionary history, genetic diversity and selection. Our analysis shows that the viral population that persists after treatment for most non-response patients are is present in before-treatment samples, suggesting it is fitted to evasion of treatment. Accordingly, most before-treatment samples from end-of-treatment response patients either did not show the population found after the relapse or showed it in low abundance. The exceptions illustrate the uniqueness of the evolutionary process, and therefore the treatment resistance process, in each patient.Hepatitis C virus evolution throughout treatment appears to be the result of a unique evolutionary relationship between viral strains and each human host, leading to either persistence or clearance / Doutor

Orientador: Hélio José Montassier / Banca: Ana Maria Iba Kanashiro / Banca: José Moacir Marin / Resumo: A glicoproteína de superfície (8) do vírus da bronquite infecciosa (VBI) em aves; é um alvo antigênico importante para a indução de imunidade e como antígeno utilizado no imunodiagnóstico da infecção causada por este vírus. Nesse estudo, a forma recombinante da subunidade 81 da glicoproteína 8 da estirpe M41 do VBI foi clonada e expressa como proteína de fusão contendo uma cauda de poli-histidina e o epítopo V-5 em células da levedura Saccharomyces cerevisiae. O gene codificador dessa proteína foi amplificado a partir do RNA genômico da estirpe M41 do VBI, por meio das técnicas da reação de transcrição reversa (RT) e da reação da polimerase em cadeia (PCR). Foi amplificada toda a seqüência codificadora de interesse e fossem geradas extremidades compatíveis com a inserção no vetor pYE82.1N5-His-TOPO. Este vetor foi usado na transformação de leveduras, tendo sido obtidos os clones transformantes específicos portadores do inserto gênico. A expressão da proteína de fusão foi então induzida, em células de S. cerevisiae, sendo produzida a proteína recombinante 81 de fusão com peso molecular 95 kDa. Essa proteína apresentou com uma elevada reatividade cruzada para a proteína 8 do próprio vírus, tal como demonstraram os resultados das análises pelo Western blotting e ELl8A. Essa proteína de fusão foi, devido à presença da cauda de poli¬histidina, prontamente purificada por cromatografia de afinidade em coluna de níquel ¬agarose e, posteriormente utilizada com sucesso no desenvolvimento de um método indireto de ELl8A para a detecção de anticorpos específicos de galinhas infectadas com o VBI. / Abstract: The surface glycoprotein of infectious bronchitis virus (IBV) is a important antigenic target for the induction of immunity and as antigen in the immunodiagnosis of infection caused by this virus. In this study, the gene of 51 glycoprotein of M41 strain of the IBV was cloned and expressed as a fusion protein containing a poly-histidine and epitope V-5 tags in the yeast cells of Saccharomyces cerevisiae. The 51 gene was amplified from genomic RNA of the M41 strain of VBI, by reverse transcription (RT) and polymerase chain reaction (PCR). The entire coding sequence of 51 gene was amplified and inserted in the vector pYE52.1N5-His-TOPO. This construct was used for transforming yeast cells, and to obtain specific clones carrying the inserted gene. The expression of the fusion protein was induced in transformed cells of S. cerevisiae, and a recombinant 51 protein was produced with a molecular weight of 95 kDa. A high cross¬reactivity with the original 51 protein from the virus was detected by Western blotting and ELl5A. The presence of the poly-histidine tail in the fusion recombinant protein favored their prompt purification by affinity chromatography in a column of nickel¬sepharose. This recombinant 51 protein was successfully used in the development of an indirect method of ELl5A for the detection of specific anti-IBV antibodies in chickens experimentally infected or vaccinated with this virus. / Mestre

Resumo: Tomato severe rugose virus - ToSRV é um vírus pertencente ao gênero Begomovirus da família Geminiviridae, proveniemte de pimentão e transmitido pelo aleirodídeo Bemisia tabaci biótipo B. Este biótipo B foi introduzido no início dos anos 90, é um inseto polífago reproduzindo-se em mais de 500 espécies de plantas anuais e herbáceas. Causa danos diretos como a sucção de seiva com ação toxicogênica e aparecimento de fumagina, e danos indiretos pela transmissão de vírus, principalmente os begomovírus. O presente trabalho teve como objetivo estudar a interação do isolado ToSRV [PJU] com o vetor Bemisia tabaci biótipo B, avaliar a atratividade do inseto à diversos acessos de Capsicum spp., e determinar os biótipos de mosca-branca encontrados no Estado de São Paulo. Para avaliar a eficiência de transmissão do vírus pelo inseto foram realizadas as combinações tomateiro para tomateiro (T/T), tomateiro para pimentão (T/P), pimentão para pimentão (P/P) e pimentão para tomateiro (P/T). As melhores condições de transmissão foram observadas com temperaturas ao redor de 30 ºC, a partir de T/T e P/T. Quando diferentes números de insetos foram utilizados houve um aumento na transmissão, exceto para a combinação de P/P, onde não foi verificada esta correlação. Com relação ao período de acesso à aquisição, foi observado que maiores tempos de aquisição promoveram aumento na transmissão do vírus pela mosca-branca para T/T e P/T, enquanto que na combinação T/P e P/P, menores tempos de aquisição permitiram uma melhor transmissão.Utilizando-se um período de acesso à inoculação mínima de 15 minutos, foi possível a transmissão do vírus pelo inseto, exceto na combinação P/T e quanto maior este período, maior a taxa de transmissão. Não foi possível avaliar o período de latência, utilizando-se apenas um inseto e transferindo-o durante... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Tomato severe rugose virus - ToSRV is a virus belonging to the genus Begomovirus, family Geminiviridae, isolated from sweetpepper and transmitted by the aleyrodideo Bemisia tabaci biotype B. This new biotype B was introduced in the beginning of years 90 and it is an insect that multiplies in more than 500 species of annual and herbaceous plants. It toxicogenic action causes damages by suction the plants, the development of a fungus, fumagina, and these insects are vectors of different species of viruses, mainly begomovirus. The objective of this work, was to evaluate the interaction of the isolate ToSRV[PJU] with the vector Bemisia tabaci biotype B, to evaluate the attractiveness of the insect for the diverse genotypes of Capsicum spp, and to determine the biotype of whitefly in the State of São Paulo. To evaluate the efficiency of transmission of the virus by the insect different combinations were analyzed: tomato for tomato (T/T), tomato for sweetpepper (T/SP), sweetpepper for sweetpepper (SP/SP) and sweetpepper for tomato (SP/T). The best conditions of transmission were observed with temperatures around of 30 °C, from T/T and SP/T. Generally higher numbers of insects increased the transmission of the virus, but in the combination of SP/SP this was not observed. The acquisition access period was analysed and demonstrated that bigger times increased the transmission of the virus by the whitefly in the combinations T/T and SP/T. This was not observed in combination T/SP and SP/SP. The minimum period access of inoculation was of 15 minutes, except in combination SP/T. With one insect it wasn't possible to evaluate the period of latency of the virus. It was verified that the leaves of the apex and intermediary of 38 different Capsicum spp. genotypes are the most attractive places for the whitefly and have the h highest egg concentration. The most attractive access was Capsicum frutescens... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Marcelo Agenor Pavan / Coorientador: Renate Krause Sakate / Banca: Antonio Carlos Maringoni / Banca: Edson Luiz Lopes Baldin / Banca: Valdir Atsushi Yuki / Banca: Romulo Fujito Kobori / Doutor

Resumo: A infecção pelo vírus da Hepatite C (HCV) é considerada um grande problema de saúde pública, desde a sua descoberta em 1989. Entretanto a terapia mais utilizada atualmente, baseada no uso de Peginterferon, tem sucesso em aproximadamente 50% dos pacientes com o genótipo 1. Embora os mecanismos envolvidos nesta resistência viral ainda não sejam esclarecidos, sugere-se que fatores virais e do hospedeiro participam deste. A proteína não-estrutural 5A (NS5A) está envolvida em diversos processos celulares e é um componente essencial para o HCV. Entretanto, sua estrutura e função ainda não foram bem elucidadas. A partir destes fatos, os objetivos do presente estudo foram elaborar um modelo teórico da NS5A e investigar as propriedades estruturais e funcionais in silico. Foram analisadas 345 sequências da proteína NS5A do HCV de 23 pacientes infectados com o genótipo 1 ou 3. As composições de aminoácidos e de estrutura secundária demonstraram que há diferença entre os genótipos, podendo indicar que há diferenças nas interações proteína-proteína entre os genótipos, o que pode estar relacionado com a diferença da taxa de resistência ao tratamento. A análise funcional foi realizada com o ProtFun, que sugeriu que a NS5A estaria envolvida nas funções celulares de metabolismo intermediário central, tradução, crescimento, tranporte, ligação e hormônio. Estas funções variaram entre os domínios, suportando a hipótese de que a NS5A é uma proteína multifuncional. A análise pelo PROSITE indicou vários sítios de glicosilação, fosforilação e miristoilação, que são altamente conservados e podem ter função importante na estabilização da estrutura e função, sendo assim possíveis alvos de novos antivirais. Alguns deles estão em regiões relacionadas com a resposta ao tratamento. Outro... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Hepatitis C virus (HCV) infects almost 3% of people worldwide and it is considered the main cause of liver chronic diseases and transplants. Until today, there is no effective vaccine and the current most used therapy, based on Peginterferon, is successful only in 50% of patients infected by genotype 1. Although the outcomes of this treatment resistance are unclear, it is suggested host and virus factors may participate in this mechanism. Non-structural 5A (NS5A) protein is involved in several cellular and virus processes and it is a critical component of HCV. However, its structure and function are still uncertain. Regarding these facts, the present study attachments were to elaborate a model of the NS5A protein and to investigate NS5A structural and functional features, using in silico tools. It was analyzed 345 sequences of HCV NS5A protein from 23 patients infected by genotypes 1 or 3. Residues and secondary structure composition of all sequences demonstrated that there are differences between genotypes. It may indicate that there are differences in interactions between genotypes, which could be related with the distinct average of treatment resistance. In addition, among those that varied between genotypes, there were amino acids in regions that studies suggested as related with virus persistence. Functional analysis was performed with ProtFun. It suggested that NS5A is involved with central intermediary metabolism, translation, growth, transport, ligation and hormone functions in the cell. These functions vary between the domains, strengthening the hypothesis that NS5A is a multifunctional protein. Prosite motif search indicated that there are many glicosilation, fosforilation and myristoilation sites, which are highly conserved and may play an important role in structural stabilization and... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Paula Rahal / Coorientador: Helen Andrade Arcuri / Banca: Fernanda Canduri / Banca: Carlos Alberto Montanari / Mestre

Orientador: Hélio José Montassier / Banca: Liana Brentano / Banca: Manoel Victor Franco Lemos / Resumo: A técnica de imunocaptura associada com a reação de transcrição reversa e reação em cadeia da polimerase (IC-RT-PCR) executadas tanto pelos procedimentos convencional como em tempo real foram testadas para a detecção rápida do gene da glicoproteína de Matriz (M) do vírus de influenza aviária (AIV) em amostras de líquido cório-alantóide (LCA) e em suabes traqueais e cloacais. O presente trabalho teve como objetivo desenvolver e otimizar a técnica de IC-RT-PCR para o diagnóstico do vírus da Influenza aviária. Os resultados obtidos foram comparados com um sistema empregando "beads" magnéticas em microplacas (AMBION), que é o método padrão de extração de RNA usado no laboratório de referência para diagnóstico de influenza aviária, o National Veterinary Services Laboratory - Ames, EUA (USDA), acrescido ainda de outros métodos de extração tradicionalmente usados nos laboratórios de referência para AIV, como os procedimentos com o uso do solvente orgânico Trizol® (Invitrogen) e com um sistema robotizado e que utiliza "beads" magnéticas (MagNA Pure - ROCHE). A técnica de IC-RT-PCR em tempo real neste estudo detectou a estirpe H2N2 do AIV, sem que nenhum outro dos RNA-vírus heterólogos testados fossem detectados (vírus das doença de Gumboro, de Newcastle e da bronquite infecciosa aviária). Os limites de detecção do IC-RTPCR foram iguais aos obtidos na técnica de extração com o kit da AMBION e menores do que aqueles que foram observados para os métodos de extração com Trizol® (Invitrogen) e com o MagNA Pure. O IC-RT-PCR demonstrou ser um sistema de diagnóstico capaz de conciliar simplicidade operacional e um menor custo com sensibilidade e especificidade analíticas iguais às do procedimento padrão atualmente adotado, podendo ser inclusive por laboratórios dotados de uma infra-estrutura mais simples / Abstract: The polymerase chain reaction (PCR) and reverse transcription-PCR (RT-PCR), including real-time RT-PCR have been used for the rapid detection of Matrix glycoprotein gene (M gene) Avian influenza virus (AIV). Despite the availability of various RNA extraction methods for using in RT-PCR, isolation and detection of viral RNA are still difficult due to the unstable nature of viral RNA molecules and the presence of PCR inhibitory substances. In this study, a simple method using immune-capture (IC) to recover viral RNA from H2 AIV samples was developed and compared to one standard and two others reference methods used for viral RNA extraction, such as Ambion MagMAXTM kit and Trizol® (Invitrogen) and Magnapure kit (Roche), respectively, with subsequent analysis by real-time RT-PCR. The real-time IC-RT-PCR developed in was able to detect specifically H2N2 AIV strain, without detecting non-related avian RNA-virus pathogens, such as Newcastle disease virus, avian infectious bronchitis virus and Gumboro disease virus. Comparable detection limits were found for IC and the standard RNA extraction method using Ambion MagMAXTM kit, either for the detection of AIV in allantoic fluid suspension or in seeded tracheal and cloacal swab samples by conventional or real time RT-PCR techniques. These methods were less sensitive than Trizol® (Invitrogen) and Magnapure kit (Roche) procedures. Thus, IC was rapid and as sensitive and specific as current standard AIV RNA extraction method for real time or conventional RT-PCR, besides it conciliated simplicity and lower cost and can be applied simultaneously for direct detection of AIV in a large number of samples, including less-equipped laboratories / Mestre