Este trabalho apresenta o Super Spider: um sistema de exploração visual baseado no Spider Cursor, que abrange várias técnicas interativas da área de Visualização Computacional e conta com novos recursos de auxílio à investigação visual, além de ser uma ferramenta portável e flexível. / This work presents the Super Spider: a visual exploration system, based on Spider Cursor, that embraces many interactive techniques of Computer Visualization area and take into account innovative techniques to aid visual investigation, besides consisting of a portable and flexible tool.

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Sistemas biológicos podem ser representados por redes que armazenam não apenas informações de conectividade, mas também informações de características de seus nós. No contexto biomolecular, esses nós podem representar proteínas, metabólitos, entre outros tipos de moléculas. Cada molécula possui características anotadas e armazenadas em bases de dados como o Gene Ontology. A comparação visual dessas redes depende de ferramentas que permitam o usuário identificar diferenças e semelhanças entre as anotações feitas sobre as moléculas (atributos) e também sobre as interações conhecidas (conexões). Neste trabalho de mestrado, buscou-se desenvolver técnicas que facilitem a comparação desses atributos sobre as moléculas, tentando manter no processo a visualização das redes em que essas moléculas estão inseridas. Como resultado, obteve-se a ferramenta VisPipeline-MultiNetwork, que permite comparar até seis redes, utilizando operações de conjuntos sobre as redes e sobre seus atributos. Dessa forma, diferentemente da maioria das ferramentas conhecidas para a visualização de redes biológicas, o VisPipeline-MultiNetwork permite a criação de redes cujos atributos são derivados das redes originais por meio de operações de união, intersecção e valores exclusivos. A comparação visual das redes é feita pela visualização do resultado dessas operações de conjuntos sobre as redes, por meio de um método de comparação lado-a-lado. Já a comparação dos atributos armazenados nos nós das redes é feita por meio de diagramas de Venn. Para auxiliar este tipo de comparação, a técnica InteractiVenn foi desenvolvida, em que o usuário pode interagir com um diagrama de Venn efetuando operações de união entre conjuntos. Essas operações de união aplicadas sobre os conjuntos são também aplicadas sobre as respectivas formas no diagrama. Esta característica da técnica a diferencia das outras ferramentas de criação de diagramas de Venn. Integrando essas funcionalidades, o usuário é capaz de comparar redes sob diversas perspectivas. Para exemplificar a utilização do VisPipeline-MultiNetwork, dois casos no contexto biomolecular foram estudados. Adicionalmente, uma ferramenta web para a comparação de listas de cadeias de caracteres por meio de diagramas de Venn foi desenvolvida. Ela também implementa a técnica InteractiVenn e foi denominada InteractiVenn website. / Biological systems can be represented by networks that store not only connectivity information, but also node feature information. In the context of molecular biology, these nodes may represent proteins, metabolites, and other types of molecules. Each molecule has features annotated and stored in databases such as Gene Ontology. A visual comparison of networks requires tools that allow the user to identify differences and similarities between nodes attributes as well as known interactions between nodes (connections). In this dissertation, we sought to develop a technique that would facilitate the comparison of these biological networks, striving to maintain in the process the visualization of the network connectivities. As a result, we have developed the VisPipeline-MultiNetwork tool, which allows comparison of up to six networks, using sets of operations on networks and on their attributes. Unlike most known tools for visualizing biological networks, VisPipeline-MultiNetwork allows the creation of networks whose attributes are derived from the original networks through operations of union, intersection and unique values. A visual comparison of the networks is achieved by visualizing the outcome of such joint operations through a all-in-one comparison method. The comparison of nodes attributes is performed using Venn diagrams. To assist this type of comparison, the InteractiVenn technique was developed, in which the user can interact with a Venn diagram, performing union operations between sets and their corresponding diagrams. This diagram union feature differs from other tools available for creating Venn diagrams. With these tools, users manage to compare networks from different perspectives. To exemplify the use of VisPipeline-MultiNetwork, two case studies were carried out in the biomolecular context. Additionally, a web tool for comparing lists of strings by means of Venn diagrams was made available. It also implements the InteractiVenn technique and its site has been named InteractiVenn.

A análise de séries temporais gera muitos desafios para profisionais em um grande número de domínios. Várias soluções de visualização integrada com algoritmos de mineração já foram propostas para tarefas exploratórias em coleções de séries temporais. À medida que o conjunto de dados cresce, estas soluções falham em promover uma boa associação entre séries temporais similares. Neste trabalho, é apresentada uma ferramenta para a análise exploratória e mineração de conjuntos de séries temporais que adota uma representação visual baseada em medidas de dissimilaridade entre séries. Esta representação é criada usando técnicas rápidas de projeção, de forma que as séries temporais possam ser visualizadas em espaços bidimensionais. Vários tipos de atributos visuais e conexões no grafo resultante podem ser utilizados para suportar a exploração dessa representação. Também é possível aplicar algumas tarefas de mineração de dados, como a classificação, para apoiar a busca por padrões. As visualizações resultantes têm se mostrado muito úteis na identificação de grupos de séries com comportamentos similares, que são mapeadas para a mesma vizinhança no espaço bidimensional. Grupos visuais de elementos, assim como outliers, são facilmente identficáveis. A ferramenta é avaliada por meio de sua aplicação a vários conjuntos de séries. Um dos estudos de caso explora dados de vazões de usinas hidrelétricas no Brasil, uma aplicação estratégica para o planejamento energético. / Time series analysis poses many challenges to professionals in a wide range of domains. Several visualization solutions integrated with mining algorithms have been proposed for exploratory tasks on time series collections. As the data sets grow large, though, the visual alternatives do not allow for a good association between similar time series. In this work, we introduce a tool for exploratory visualization and mining of large time series data sets that adopts a visual representation based on distance measures between series. This representation is created employing fast projection techniques, so the time series can be viewed in two-dimensional spaces. Various types of visual attributes and connection on the resulting graph can be applied to support exploration. It also supports data mining tasks, such as classification, to search for patterns. The resulting visualizations have proved very useful for identifying groups of series with similar behavior, which are mapped to the close neighborhoods in twodimensional spaces. Visual clusters of elements, as well as outliers, are easily identifiable. Case studies on several domains are presented to validate the tool. One of them is on a data set of stream ows in hydroelectric power plants in Brazil, a strategic application for energy planning.

Tese de doutoramento. Engenharia Informática. Faculdade de Engenharia. Universidade do Porto. 2009

Esta dissertação apresenta a estruturação de um sistema para indexação e visualização de depoimentos de história oral em vídeo. A partir do levantamento de um referencial teórico referente à indexação, o sistema resultou em um protótipo funcional de alta fidelidade. O conteúdo para a realização deste foi obtido pela indexação de 12 depoimentos coletados pela equipe do Museu da Pessoa durante o projeto Memórias da Vila Madalena, em São Paulo (ago/2012). Acervos de História Oral como o Museu da Pessoa, o Museu da Imagem e do Som ou o Centro de Pesquisa e Documentação de História Contemporânea do Brasil / CPDOC da Fundação Getúlio Vargas, reúnem milhares de horas de depoimentos em áudio e vídeo. De uma forma geral, esses depoimentos são longas entrevistas individuais, onde diversos assuntos são abordados; o que dificulta sua análise, síntese e consequentemente, sua recuperação. A transcrição dos depoimentos permite a realização de buscas textuais para acessar assuntos específicos nas longas entrevistas. Por isso, podemos dizer que as transcrições são a principal fonte de consulta dos pesquisadores de história oral, deixando a fonte primária (o vídeo) para um eventual segundo momento da pesquisa. A presente proposta visa ampliar a recuperação das fontes primárias a partir da indexação de segmentos de vídeo, criando pontos de acesso imediato para trechos relevantes das entrevistas. Nessa abordagem, os indexadores (termos, tags ou anotações) não são associados ao vídeo completo, mas a pontos de entrada e saída (timecodes) que definem trechos específicos no vídeo. As tags combinadas com os timecodes criam novos desafios e possibilidades para indexação e navegação através de arquivos de vídeo. O sistema aqui estruturado integra conceitos e técnicas de áreas aparentemente desconectadas: metodologias de indexação, construção de taxonomias, folksonomias, visualização de dados e design de interação são integrados em um processo unificado que vai desde a coleta e indexação dos depoimentos até sua visualização e interação. / This work presents the construction of an interface for visualizing and navigating the many narratives of oral history testimonials. Collections such as those belonging to the CPDOC/FGV, the Museu da Imagem e do Som and the Museu da Pessoa, contain thousands of hours of audio and video interviews. Each one of them covers many subjects, which complicates its analysis, synthesis, indexing, and consequently its retrieval. This proposal aims to facilitate the retrieval of primary sources (audio and video) by indexing specific excerpts of testimonies. To accomplish this, technologies and methodologies from areas such as: tagging, content analysis, text mining, thesauri construction and data visualization will be applied. Hence the need for an approach that consolidates these various project phases into one unified process in which the interdependencies of each step are clear and transparent. As case study, we will use 12 testimonials collected in late 2012 by researchers from the Museu da Pessoa. By indexing these videos, we will create an interface for navigating the interview segments, now categorized by topics.

Orientador: Danilo Medeiros Eler / Banca: Carla Maria Dal Sasso Freitas / Banca: Milton Hirokazu Shimabukuro / Resumo: Funções de transferência (FTs) são uma parte crucial do processo de exploração volumétrica em Visualização Direta de Volumes. Nesse processo, FTs desempenham duas tarefas principais: a classificação de materiais e o mapeamento de informações presentes nos dados para propriedades visuais. A busca por uma solução que lide com ambas as tarefas envolve uma série de fatores que, em conjunto, são um dos maiores desafios de visualização volumétrica. Neste trabalho, propomos uma abordagem de exploração que tem por objetivo envolver todo escopo e simplificar tanto a definição de FTs multidimensionais quanto a manipulação de datasets. A abordagem se organiza em três componentes: uma heurística baseada em entropia e correlação que guia a seleção de atributos para formação do espaço de entrada; um método de classificação que emprega a técnica de redução de dimensionalidade FastMap e a técnica de agrupamento DBSCAN para proporcionar a descoberta semiautomática de características volumétricas; e uma interface simplificada que, atrelada ao método de classificação, produz um gráfico de dispersão 2D de características para a exploração do volume. Inicialmente, o usuário deve analisar o ranking de atributos para formar um espaço multidimensional. Depois, deve escolher parâmetros para gerar o gráfico de características. Finalmente, deve navegar por esse gráfico a fim de identificar materiais ou estruturas relevantes. Nos experimentos realizados para avaliar a abordagem, os mecanismos... / Abstract: Transfer functions (TFs) are a crucial part of the volume exploration process in Direct Volume Rendering. In this process, TFs perform two main tasks: material classification and mapping of information to visual properties. The search for a solution that copes with both tasks involves a number of factors that, together, is one of the greatest challenges of volume visualization. In this work, we propose an exploration approach that aims to involve the entire scope and a simplify both the definition of multidimensional TFs and the manipulation of datasets. The approach is organized into three components: a heuristic based on entropy and correlation that guides the selection of attributes to conceive the input space; a classification method, which uses the dimensionality reduction technique FastMap and the clustering technique DBSCAN to provide a semiautomatic features finding; and a simplified interface that, linked to the previous method, provide a 2D scatter plot of features for volume exploration. Initially, the user must analyze at the ranking of attributes to form a multidimensional space. Afterwards, it must choice parameters to generate the scatter plot. Finally, it must navigate through this chart in order to reveal relevant materials and features. In the experiments performed to evaluate the approach, the available mechanisms allow to effectively find and isolate features inserted in all investigated datasets. It is also pointed out as contribution a low computational ... / Mestre

Submitted by Albano Oliveira (oalbano@ufba.br) on 2017-05-16T14:15:08Z No. of bitstreams: 1 TESE ALBANO Souza Oliveira - DMMDC UFBA 2012.pdf: 14637623 bytes, checksum: c58efaa98206a74545b14bf11e9e3120 (MD5) / Approved for entry into archive by Urania Araujo (urania@ufba.br) on 2017-07-12T20:37:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 TESE ALBANO Souza Oliveira - DMMDC UFBA 2012.pdf: 14637623 bytes, checksum: c58efaa98206a74545b14bf11e9e3120 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-12T20:37:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE ALBANO Souza Oliveira - DMMDC UFBA 2012.pdf: 14637623 bytes, checksum: c58efaa98206a74545b14bf11e9e3120 (MD5) / Esta tese apresenta como a visualização de informação pode ser empregada na concepção de novos tipos de leitura para livros e artigos em bibliotecas digitais pessoais e, desta forma, através de transformações em nossas práticas de leitura, vir a ser uma poderosa forma de descoberta e construção do conhecimento. Utilizando uma abordagem pessoal e pouco convencional, construiu-se a metodologia a partir do projeto original que foi ressignificado ao longo da pesquisa, considerando-se que é um desafio para parte das pessoas, especificamente estudantes, professores e cientistas, ler uma quantidade insondável de livros e artigos para uma formação alargada. O modelo proposto é um Sistema de Visualização da Biblioteca, que possibilita a análise de livros [pessoais] que podem ser exibidos interativamente na forma de gráficos de duas ou três dimensões, onde os leitores podem ter múltiplos pontos de vista sobre seus livros na biblioteca, de forma a aguçar a percepção humana em busca de padrões, consonâncias, dissonâncias, exclusões, convergências e dispersões do conhecimento disponível. O Sistema de Visualização da Biblioteca proposto é original por ser produto de um conjunto de ferramentas que possibilita os leitores imergir nas informações do seu interesse específico, uma solução criativa para o problema de como ler livros digitais e até bibliotecas digitais pessoais completas, de forma não sequencial e abstrata, aproveitando das características cognitivas humanas. A conclusão a que se chegou é a de que aceitar a visualização de informações como um novo paradigma de leitura é fundamental para que possamos intencionalmente transformar a leitura, como conhecemos, essa prática secular, e, desta forma, saltar o atual estágio de utilização de computadores como máquinas de escrever e de leitura de incunábulos digitais. / This thesis presents how the information visualization can be used in the conception of new types of books and articles reading in personal digital libraries and thus to become a powerful way of knowledge discovery and construction, by the transformation in our reading practices. Using a personal and little conventional approach, the methodology was built from the original project that was re-signified during the research, considering that it is a challenge for part of people, specifically students, professors and scientists, to read an abysmal amount of books and articles for a widened formation. The proposed model, a System of Visualization of Library, makes possible to analysis personal books that can be shown interactively by graphs in two or three dimensions where reader people can have multiple points of view on their books in library, as a way to sharpen human perception in searching standards, concordances, dissonances, exclusions, convergences and dispersions of available knowledge. The proposed System of Visualization of Library is original when it is the product of a set of tools that makes possible the readers to immerge into the information of their specific interest. It is a creative solution for the problem of how to read digital books and until complete personal digital libraries in an abstract and not sequential way using to advantage of human cognitive characteristics. The conclusion is that to accept the visualization of information as a new reading paradigm is basic to let us intentionally transform the reading act as we know, this secular practice, and thus to jump the current stage of computers use as typewriters and digital incunabula reading.

Esta dissertação apresenta a estruturação de um sistema para indexação e visualização de depoimentos de história oral em vídeo. A partir do levantamento de um referencial teórico referente à indexação, o sistema resultou em um protótipo funcional de alta fidelidade. O conteúdo para a realização deste foi obtido pela indexação de 12 depoimentos coletados pela equipe do Museu da Pessoa durante o projeto Memórias da Vila Madalena, em São Paulo (ago/2012). Acervos de História Oral como o Museu da Pessoa, o Museu da Imagem e do Som ou o Centro de Pesquisa e Documentação de História Contemporânea do Brasil / CPDOC da Fundação Getúlio Vargas, reúnem milhares de horas de depoimentos em áudio e vídeo. De uma forma geral, esses depoimentos são longas entrevistas individuais, onde diversos assuntos são abordados; o que dificulta sua análise, síntese e consequentemente, sua recuperação. A transcrição dos depoimentos permite a realização de buscas textuais para acessar assuntos específicos nas longas entrevistas. Por isso, podemos dizer que as transcrições são a principal fonte de consulta dos pesquisadores de história oral, deixando a fonte primária (o vídeo) para um eventual segundo momento da pesquisa. A presente proposta visa ampliar a recuperação das fontes primárias a partir da indexação de segmentos de vídeo, criando pontos de acesso imediato para trechos relevantes das entrevistas. Nessa abordagem, os indexadores (termos, tags ou anotações) não são associados ao vídeo completo, mas a pontos de entrada e saída (timecodes) que definem trechos específicos no vídeo. As tags combinadas com os timecodes criam novos desafios e possibilidades para indexação e navegação através de arquivos de vídeo. O sistema aqui estruturado integra conceitos e técnicas de áreas aparentemente desconectadas: metodologias de indexação, construção de taxonomias, folksonomias, visualização de dados e design de interação são integrados em um processo unificado que vai desde a coleta e indexação dos depoimentos até sua visualização e interação. / This work presents the construction of an interface for visualizing and navigating the many narratives of oral history testimonials. Collections such as those belonging to the CPDOC/FGV, the Museu da Imagem e do Som and the Museu da Pessoa, contain thousands of hours of audio and video interviews. Each one of them covers many subjects, which complicates its analysis, synthesis, indexing, and consequently its retrieval. This proposal aims to facilitate the retrieval of primary sources (audio and video) by indexing specific excerpts of testimonies. To accomplish this, technologies and methodologies from areas such as: tagging, content analysis, text mining, thesauri construction and data visualization will be applied. Hence the need for an approach that consolidates these various project phases into one unified process in which the interdependencies of each step are clear and transparent. As case study, we will use 12 testimonials collected in late 2012 by researchers from the Museu da Pessoa. By indexing these videos, we will create an interface for navigating the interview segments, now categorized by topics.

Made available in DSpace on 2015-09-17T15:26:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-04-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-09-17T15:46:09Z : No. of bitstreams: 1 000844040_20171231.pdf: 102042 bytes, checksum: 2f85634f2d37dd588c1520b4cad71259 (MD5) Bitstreams deleted on 2018-01-02T17:04:38Z: 000844040_20171231.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2018-01-02T17:05:42Z : No. of bitstreams: 1 000844040.pdf: 1321400 bytes, checksum: 217899678e8fc1ba39cc092067843827 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Os sistemas de detecção de intrusão fornecem informações valiosas em relação à segurança das redes de computadores. No entanto, devida à quantidade de ameaças inerentes aos sistemas computacionais, os registros dessas ameaças na forma de alertas podem constituir de grandes volumes de dados, muitas vezes bastante complexos para serem analisados em tempo hábil. Esta dissertação apresenta uma abordagem para correlacionar alertas de segurança. A metodologia tem como princípio a utilização de mineração de dados para a coleta de informações constituintes nos alertas providos pelos sistemas detectores de intrusão. Primeiramente, os alertas são classificados em tipos de ataques para que, na sequência, sejam clusterizados de forma a agrupar alertas com características semelhantes. Por fim, a correlação é realizada baseada na ocorrência dos alertas em cada cluster e, dessa forma, é obtida uma visão geral do cenário de ataque, utilizando de métodos de visualização de tais ocorrências maliciosas. / Intrusion detection systems provides valuable information regarding the security of computer networks. However, due to the amount of threats inherent in computer systems, records of these threats in the form of alerts can be large volumes of data, often quite complex to be analyzed in a timely manner. This paper presents an approach to correlate security alerts. The methodology is based on the use of data mining to the collection of constituent information in the alerts provided by intrusion detection systems. First, alerts are classified into types of attacks so that, later, are clustered in order to compose alerts with similar characteristics. Finally, the correlation is performed based on the occurrence of alerts in each cluster and thereby an overview of the attack scenario is obtained using visualization methods of such malicious events.