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Identificação de assinaturas genéticas em região codificadora da menor unidade ribossômica de Cryptosporidium spp: caracterização molecular de amostras de mamíferos e aves / Identification of genetic signatures in coding region of the small subunit ribosomal RNA of Cryptosporidium spp.: molecular characterization of samples from mammals and birds

Sevá, Anaiá da Paixão 05 February 2009 (has links)
Este trabalho teve como objetivos a identificação de sequências 18S rDNA amplificadas de Cryptosporidium spp. de diversas espécies de hospedeiros e avaliar variabilidade em sequências gênicas deste lócus, com vistas ao desenho de sondas moleculares com melhor eficiência diagnóstica para detecção e identificação deste parasito. Foram coletadas 392 amostras de animais domésticos (bovinos, eqüinos, suínos, ovinos, cães e felinos) de 98 propriedades rurais do município de Teodoro Sampaio, Estado de São Paulo, 474 de aves silvestres de cativeiro de diversas famílias, provenientes de criadouros comerciais do Estado de São Paulo e criadas como estimação, 141 de sagüis de cativeiro do Estado de São Paulo, e 24 de humanos imunodeprimidos provenientes de hospital do município de São Paulo. As amostras foram submetidas a prova coproparasitológica e molecular para detecção e identificação de Cryptosporidium. Alinhamentos múltiplos obtidos de seqüências 18S rDNA de Cryptosporidium spp. determinadas neste estudo e de sequências recuperadas do Genbank foram analisados visualmente para a definição das regiões polimórficas. Após a definição das regiões polimórficas, foram realizadas análises filogenéticas empregando-se separadamente cada uma delas. Pelo exame coproparasitológico foi encontrado positividade em amostras de nove (4,57%) bovinos, três (11,11%) cães, 41 (8,64%) aves silvestres, 13 (9,20%) sagüis e todas as de humanos. As outras espécies de animais domésticos não apresentaram positividade para o parasita no exame coproparasitológico. Nos bovinos foi encontrado o Cryptosporidium Andersoni, em cães o Cryptosporidium canis, em sagüis o Cryptosporidium parvum e em humanos, C. parvum, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium felis e C. canis. Dentre as amostras de aves nenhuma foi identificada como Cryptosporidium meleagridis. As amostras de curiós (Oryzoborus angolensis) foram classificadas como Cryptosporidium galli, com exceção de uma, identificada como Cryptosporidium baileyi. C. galli foi encontrado também em um Sabiá Laranjeira (Turdus rufiventris), um Picharro (Saltator similis), dois canários e um Pintassilgo (C. carduelis). C. baileyi foi encontrado em um pintassilgo (Carduelis carduelis) um Pichochó (Sporophila frontalis), um Galo da Campina (Paroaria dominicana) e dois Canários (Sicalis flaveola). Pelos resultados, duas regiões polimórficas em sequência 18S rDNA de Cryptosporidium spp. (denominadas regiões 1 e 3) permitiram discriminar as diferentes espécies neste gênero de parasita, podendo ser utilizadas isoladamente como marcadores moleculares para identificação molecular dentro deste gênero. Saguis (Chalitrix spp.) de cativeiro são espécies susceptíveis a infecção por Cryptosporidium parvum apresentando-se como um hospedeiro de importância epidemiológica para esta zoonose. Curiós (O. angolensis) de cativeiro são espécies susceptíveis a infecção por Cryptosporidium galli apresentando-se como hospedeiro de importância epidemiológica para esta espécie de parasito. A não detecção de Cryptosporidium parvum em animais domésticos na região de Teodoro Sampaio, Estado de São Paulo, mostra uma condição sanitária favorável, já que este agente é causador de importante zoonose. A presença de espécies de Cryptosporidium spp. adaptadas a animais domésticos (como o C. felis e o C. canis) em humanos na cidade de São Paulo mostra que estes animais podem desempenhar importante papel na cadeia epidemiológica da criptosporidiose humana. / The objectives of this study were to identify 18S rDNA sequences of Cryptosporidium spp. From various species of hosts and to avaluate the variability in gene sequences of this locus, aiming the design of molecular probes with better diagnostic efficiency for the detection and identification of this parasite. It was collected 392 samples of domestic animals (cattle, horses, pigs, sheeps, dogs and cats) of 98 rural properties of Teodoro Sampaio city, São Paulo State, 474 captive wild birds of various families, from pet and comercial breeding in São Paulo State, 141 captive marmosets, of São Paulo State, and 24 immunossupressed humans from a São Paulo city hospital. The samples were submitted to coproparasitological and molecular tests for the detection and identification of Cryptosporidium. Multiple alignment of Cryptosporidium 18S rDNA sequences, that was determinated in this study and other download from GenBank were visually inspected in order to define polymorphic regions. After the definition of polymorphic regions, phylogenetic trees were reconstructed using each polymorphic region. Cryptosporidium spp. Were found by using coproparasitological tests in nine (4,57%) samples of cattle, tree (11,11%) dogs, 41 (8,64%) wild birds, 13 (9,20%) marmosets and all human samples. The other animal species were negative by coproparasitological tests. In cattle it was found Cryptosporidium andersoni, in dogs Cryptosporidium canis, in marmosets Cryptosporidium parvum and in humans, C. parvum, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium felis e C. canis. Among the samples of birds Cryptosporidium meleagridis was not found. All the samples of lesser seed-finch (Oryzoborus angolensis) were classified as Cryptosporidium galli, except for that from one individual with was identified as Cryptosporidium baileyi. Cryptosporidium galli was also found in one rufous-bellied thrush (Turdus rufiventris), one green-winged saltator (Saltator similis), two saffron finch (Sicalis flaveola) and one eurasian goldfinch (Carduelis carduelis). C. baileyi was found in one eurasian goldfinch (C. carduelis), one buffy-fronted seedeater (Sporophila Frontalis), one red-cowled cardinal (Paroaria dominicana) and two saffron finch (S. flaveola). From the results two polymorphic regions within 18S rDNA sequences of Cryptosporidium spp. (named as regions 1 and 3) enabled the discrimination of the different species in this genera, and then could be used alone as molecular markers for identification within this genera. Captive marmosets (Chalitrix spp.) are susceptible species for Cryptosporidium infection, presenting itself as an important source of infection for this zoonosis. Captive lesser seed-finch (Oryzoborus angolensis) are susceptible species for Cryptosporidium galli infection presenting itself as an epidemologic important host for this parasite. The absence of Cryptosporidium parvum in domestic animals of Teodoro Sampaio, São Paulo State, is indicative of a favorable health condition, as C. parvum is an agent causative of an important zoonosis. The presence of Cryptosporidium spp. species adapted to domestic animals (as C. felis and C. canis) in humans at São Paulo State indicate that these animals could play an important role in the epidemiology of human cryptosporidiosis.
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Coronavírus em aves silvestres e domésticas provinientes de diferentes regiões do Brasil. / Coronavirus in wild and domestic birds from different regions of Brazil.

Barbosa, Carla Meneguin 21 September 2015 (has links)
Apesar de ainda não terem sido relatados Coronavírus aviários com potencial zoonótico, espécies de aves silvestres e domésticas podem portar CoVs de grande importância econômica como o vírus da Bronquite Infecciosa (IBV). Além disso, nos últimos anos, diversos novos CoVs geneticamente distintos do IBV vêm sendo identificados em diferentes famílias de aves e mamíferos silvestres e domésticos. O Brasil contem 18% do total da diversidade de espécies de aves no mundo, no entanto, estudos sobre a presença de Coronavírus em aves silvestres ainda são bastante escassos. O presente estudo tem por objetivo realizar análise retrospectiva da presença de Coronavírus em amostras de aves silvestres e domésticas de diferentes regiões brasileiras coletadas entre os anos de 2004 e 2013 através de RT-PCR; realizar a caracterização molecular e a análise filogenética afim de correlacionar sua epidemiologia às rotas de migrações de aves, à proximidade das regiões urbanas e de granjas avícolas, verificando a possibilidade de transmissão. Do total de 746 amostras testadas, 25 apresentaram resultados positivos para os Coronavírus com primers para o gene da RpRd e foram sequenciadas. Obtivemos sucesso no sequenciamento de 7 dessas amostras, sendo 4 positivas para Gammacoronavírus e 3 positivas para Deltacoronavírus. Na tentativa de sequenciamento do gene da proteína S uma galinha (Gallus gallus), da Ilha de Marajó-PA, mostrou sequência que foi identificada como uma cepa de IBV. Este trabalho é inédito no Brasil, pois demonstra a presença de Gamma e Deltacoronavírus aviários circulando em diversas regiões, próximo a áreas urbanas e indústrias avícolas, mostrando evidências de que aves silvestres podem carrear estes Coronavírus entre diferentes sítios migratórios no Brasil. / Regardless it has never been reported any avian Coronavirus with zoonotic potential, species of both wild and domestic birds can carry CoVs of great economic importance as the Infectious Bronchitis Virus (IBV). Furthermore, recently, many new CoVs, genetically distinct from IBV have been identified in different families of wild and domestic birds and mammals. Even though Brazil contains 18% of the bird species diversity in the world studies about the presence of Coronaviruses in wild birds are still quite scarce. This study aims to perform retrospective analysis of the presence of coronavirus in wild birds and domestic samples of different Brazilian regions collected between the years 2004 and 2013 by RT PCR and to perform molecular characterization and phylogenetic analysis in order to correlate its epidemiology to routes of bird migrations , the proximity of urban and poultry industry regions , verifying the possibility of transmission. Of the amount of 746 samples tested, 25 were positive for Coronavirus in PCR and nested PCR tests with primers for RpRd gene and were sequenced. We have succeeded in sequencing 7 of these samples which 4 were positive for Gammacoronavirus and 3 for Deltacoronavirus. In attempt of sequencing the S protein gene, we have succeeded in a chicken sample (Gallus gallus) from Ilha de Marajó-PA. This sample was identified as a strain of IBV. This work is unprecedented in Brazil, as it demonstrates the presence of Gamma and Deltacoronavirus in birds circulating in different regions, close to urban areas and poultry industries, showing evidence that wild birds may carry these Coronavirus between different migratory sites in Brazil.
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Influenza A virus in wild birds /

Wallensten, Anders, January 2006 (has links)
Diss. (sammanfattning) Linköping : Linköpings universitet, 2006. / Härtill 5 uppsatser.
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Pesquisa de agentes etiológicos patogênicos para galinhas de produção, em aves selvagens próximas as instalações avícolas

Sousa, Eliane de [UNESP] 05 July 2007 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:58Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2007-07-05Bitstream added on 2014-06-13T18:56:56Z : No. of bitstreams: 1 sousa_e_me_jabo.pdf: 361846 bytes, checksum: 88806de6aa141392c6646bc2ffc5421c (MD5) / Hy-Line do Brasil / Aves selvagens podem ser consideradas portadores/carreadores de agentes etiológicos patogênicos para galinhas de produção. O objetivo desse trabalho foi verificar, em aves selvagens, a presença de anticorpo contra: Mycoplasma gallisepticum (MG), Mycoplasma sinoviae (MS), Salmonella Pullorum (SP), Salmonella Gallinarum (SG), Vírus da Doença de Newcastle e Vírus da Bronquite Infecciosa; bem como a presença de Salmonella sp. Foram utilizadas 82 aves selvagens, e todas foram negativas na detecção de anticorpo anti-vírus da Doença de Newcastle e Bronquite Infecciosa, usando as técnicas de Inibição de Hemaglutinação e Soroneutralização, respectivamente. Para o diagnóstico de anticorpo anti Mycoplasma (MG e MS) foi utilizado inicialmente a técnica de Soroaglutinação Rápida em Placa, sendo sete aves positivas para MS e duas para MG. Amostras biológicas dessas aves foram posteriormente submetidas a técnicas de HI e/ou PCR, sendo todas negativas. Quanto ao diagnóstico de Salmonella sp., foi isolado Salmonella Muenchen da cultura de suabe de cloaca de uma curicaca; de uma seriema, foi isolado Salmonella Muenchen e Salmonella Saintpaul da cultura de órgãos e conteúdo intestinal, respectivamente; e do conteúdo intestinal de uma pomba foi isolado Salmonella Enteritidis. Apenas com os resultados dessa pesquisa, não foi possível concluir que as aves selvagens possam representar um risco sanitário para a avicultura. São necessários mais estudos envolvendo um número maior de aves e locais para elucidar o real potencial de transmissão e portador são das aves selvagens para os respectivos agentes pesquisados. / Wild birds can be considered carrier/transmitter of patogenic etiologic agents for chickens. The objective of this work was to verify in wild birds the presence of antibody Mycoplasma gallisepticum (MG), Mycoplasma sinoviae (MS), Salmonella Pullorum (SP), Salmonella Gallinarum (SG), Newcastle Disease Virus, and Infectious Bronchitis Virus; as well as the presence of Salmonella sp. Eighty-two wild birds were sampled, and all was negative for antibody anti-virus Newcastle Disease and Infectious Bronchitis, using the techniques of Hemagglutination Inhibition and Seroneutralization, respectively. For the detection of antibodies anti Mycoplasma (MG e MS) were used initially the Fast Serum Agglutination on Plate method, seven birds were positive for MS and two for MG. Subsequently the positive sera and/or traqueal swab were submitted for HI and/or PCR techniques being all exams negative. Regarding the diagnosis of Salmonella sp., Salmonella Muenchen was isolated from a culture of cloacal swab of a buff-necked Ibis; from a red-legged seriema, Salmonella Muenchen and Salmonella Saintpaul were isolated from culture of organs and intestinal content, respectively; and Salmonella Enteritidis was isolated of intestinal content from a dove. It was not possible to conclude that the wild birds can represent a sanitary risk for aviculture considering only these results. More studies are necessary to elucidate the real potential of transmission and carrier of wild birds for the researched agents.
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Identificação de assinaturas genéticas em região codificadora da menor unidade ribossômica de Cryptosporidium spp: caracterização molecular de amostras de mamíferos e aves / Identification of genetic signatures in coding region of the small subunit ribosomal RNA of Cryptosporidium spp.: molecular characterization of samples from mammals and birds

Anaiá da Paixão Sevá 05 February 2009 (has links)
Este trabalho teve como objetivos a identificação de sequências 18S rDNA amplificadas de Cryptosporidium spp. de diversas espécies de hospedeiros e avaliar variabilidade em sequências gênicas deste lócus, com vistas ao desenho de sondas moleculares com melhor eficiência diagnóstica para detecção e identificação deste parasito. Foram coletadas 392 amostras de animais domésticos (bovinos, eqüinos, suínos, ovinos, cães e felinos) de 98 propriedades rurais do município de Teodoro Sampaio, Estado de São Paulo, 474 de aves silvestres de cativeiro de diversas famílias, provenientes de criadouros comerciais do Estado de São Paulo e criadas como estimação, 141 de sagüis de cativeiro do Estado de São Paulo, e 24 de humanos imunodeprimidos provenientes de hospital do município de São Paulo. As amostras foram submetidas a prova coproparasitológica e molecular para detecção e identificação de Cryptosporidium. Alinhamentos múltiplos obtidos de seqüências 18S rDNA de Cryptosporidium spp. determinadas neste estudo e de sequências recuperadas do Genbank foram analisados visualmente para a definição das regiões polimórficas. Após a definição das regiões polimórficas, foram realizadas análises filogenéticas empregando-se separadamente cada uma delas. Pelo exame coproparasitológico foi encontrado positividade em amostras de nove (4,57%) bovinos, três (11,11%) cães, 41 (8,64%) aves silvestres, 13 (9,20%) sagüis e todas as de humanos. As outras espécies de animais domésticos não apresentaram positividade para o parasita no exame coproparasitológico. Nos bovinos foi encontrado o Cryptosporidium Andersoni, em cães o Cryptosporidium canis, em sagüis o Cryptosporidium parvum e em humanos, C. parvum, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium felis e C. canis. Dentre as amostras de aves nenhuma foi identificada como Cryptosporidium meleagridis. As amostras de curiós (Oryzoborus angolensis) foram classificadas como Cryptosporidium galli, com exceção de uma, identificada como Cryptosporidium baileyi. C. galli foi encontrado também em um Sabiá Laranjeira (Turdus rufiventris), um Picharro (Saltator similis), dois canários e um Pintassilgo (C. carduelis). C. baileyi foi encontrado em um pintassilgo (Carduelis carduelis) um Pichochó (Sporophila frontalis), um Galo da Campina (Paroaria dominicana) e dois Canários (Sicalis flaveola). Pelos resultados, duas regiões polimórficas em sequência 18S rDNA de Cryptosporidium spp. (denominadas regiões 1 e 3) permitiram discriminar as diferentes espécies neste gênero de parasita, podendo ser utilizadas isoladamente como marcadores moleculares para identificação molecular dentro deste gênero. Saguis (Chalitrix spp.) de cativeiro são espécies susceptíveis a infecção por Cryptosporidium parvum apresentando-se como um hospedeiro de importância epidemiológica para esta zoonose. Curiós (O. angolensis) de cativeiro são espécies susceptíveis a infecção por Cryptosporidium galli apresentando-se como hospedeiro de importância epidemiológica para esta espécie de parasito. A não detecção de Cryptosporidium parvum em animais domésticos na região de Teodoro Sampaio, Estado de São Paulo, mostra uma condição sanitária favorável, já que este agente é causador de importante zoonose. A presença de espécies de Cryptosporidium spp. adaptadas a animais domésticos (como o C. felis e o C. canis) em humanos na cidade de São Paulo mostra que estes animais podem desempenhar importante papel na cadeia epidemiológica da criptosporidiose humana. / The objectives of this study were to identify 18S rDNA sequences of Cryptosporidium spp. From various species of hosts and to avaluate the variability in gene sequences of this locus, aiming the design of molecular probes with better diagnostic efficiency for the detection and identification of this parasite. It was collected 392 samples of domestic animals (cattle, horses, pigs, sheeps, dogs and cats) of 98 rural properties of Teodoro Sampaio city, São Paulo State, 474 captive wild birds of various families, from pet and comercial breeding in São Paulo State, 141 captive marmosets, of São Paulo State, and 24 immunossupressed humans from a São Paulo city hospital. The samples were submitted to coproparasitological and molecular tests for the detection and identification of Cryptosporidium. Multiple alignment of Cryptosporidium 18S rDNA sequences, that was determinated in this study and other download from GenBank were visually inspected in order to define polymorphic regions. After the definition of polymorphic regions, phylogenetic trees were reconstructed using each polymorphic region. Cryptosporidium spp. Were found by using coproparasitological tests in nine (4,57%) samples of cattle, tree (11,11%) dogs, 41 (8,64%) wild birds, 13 (9,20%) marmosets and all human samples. The other animal species were negative by coproparasitological tests. In cattle it was found Cryptosporidium andersoni, in dogs Cryptosporidium canis, in marmosets Cryptosporidium parvum and in humans, C. parvum, Cryptosporidium hominis, Cryptosporidium felis e C. canis. Among the samples of birds Cryptosporidium meleagridis was not found. All the samples of lesser seed-finch (Oryzoborus angolensis) were classified as Cryptosporidium galli, except for that from one individual with was identified as Cryptosporidium baileyi. Cryptosporidium galli was also found in one rufous-bellied thrush (Turdus rufiventris), one green-winged saltator (Saltator similis), two saffron finch (Sicalis flaveola) and one eurasian goldfinch (Carduelis carduelis). C. baileyi was found in one eurasian goldfinch (C. carduelis), one buffy-fronted seedeater (Sporophila Frontalis), one red-cowled cardinal (Paroaria dominicana) and two saffron finch (S. flaveola). From the results two polymorphic regions within 18S rDNA sequences of Cryptosporidium spp. (named as regions 1 and 3) enabled the discrimination of the different species in this genera, and then could be used alone as molecular markers for identification within this genera. Captive marmosets (Chalitrix spp.) are susceptible species for Cryptosporidium infection, presenting itself as an important source of infection for this zoonosis. Captive lesser seed-finch (Oryzoborus angolensis) are susceptible species for Cryptosporidium galli infection presenting itself as an epidemologic important host for this parasite. The absence of Cryptosporidium parvum in domestic animals of Teodoro Sampaio, São Paulo State, is indicative of a favorable health condition, as C. parvum is an agent causative of an important zoonosis. The presence of Cryptosporidium spp. species adapted to domestic animals (as C. felis and C. canis) in humans at São Paulo State indicate that these animals could play an important role in the epidemiology of human cryptosporidiosis.
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Coronavírus em aves silvestres e domésticas provinientes de diferentes regiões do Brasil. / Coronavirus in wild and domestic birds from different regions of Brazil.

Carla Meneguin Barbosa 21 September 2015 (has links)
Apesar de ainda não terem sido relatados Coronavírus aviários com potencial zoonótico, espécies de aves silvestres e domésticas podem portar CoVs de grande importância econômica como o vírus da Bronquite Infecciosa (IBV). Além disso, nos últimos anos, diversos novos CoVs geneticamente distintos do IBV vêm sendo identificados em diferentes famílias de aves e mamíferos silvestres e domésticos. O Brasil contem 18% do total da diversidade de espécies de aves no mundo, no entanto, estudos sobre a presença de Coronavírus em aves silvestres ainda são bastante escassos. O presente estudo tem por objetivo realizar análise retrospectiva da presença de Coronavírus em amostras de aves silvestres e domésticas de diferentes regiões brasileiras coletadas entre os anos de 2004 e 2013 através de RT-PCR; realizar a caracterização molecular e a análise filogenética afim de correlacionar sua epidemiologia às rotas de migrações de aves, à proximidade das regiões urbanas e de granjas avícolas, verificando a possibilidade de transmissão. Do total de 746 amostras testadas, 25 apresentaram resultados positivos para os Coronavírus com primers para o gene da RpRd e foram sequenciadas. Obtivemos sucesso no sequenciamento de 7 dessas amostras, sendo 4 positivas para Gammacoronavírus e 3 positivas para Deltacoronavírus. Na tentativa de sequenciamento do gene da proteína S uma galinha (Gallus gallus), da Ilha de Marajó-PA, mostrou sequência que foi identificada como uma cepa de IBV. Este trabalho é inédito no Brasil, pois demonstra a presença de Gamma e Deltacoronavírus aviários circulando em diversas regiões, próximo a áreas urbanas e indústrias avícolas, mostrando evidências de que aves silvestres podem carrear estes Coronavírus entre diferentes sítios migratórios no Brasil. / Regardless it has never been reported any avian Coronavirus with zoonotic potential, species of both wild and domestic birds can carry CoVs of great economic importance as the Infectious Bronchitis Virus (IBV). Furthermore, recently, many new CoVs, genetically distinct from IBV have been identified in different families of wild and domestic birds and mammals. Even though Brazil contains 18% of the bird species diversity in the world studies about the presence of Coronaviruses in wild birds are still quite scarce. This study aims to perform retrospective analysis of the presence of coronavirus in wild birds and domestic samples of different Brazilian regions collected between the years 2004 and 2013 by RT PCR and to perform molecular characterization and phylogenetic analysis in order to correlate its epidemiology to routes of bird migrations , the proximity of urban and poultry industry regions , verifying the possibility of transmission. Of the amount of 746 samples tested, 25 were positive for Coronavirus in PCR and nested PCR tests with primers for RpRd gene and were sequenced. We have succeeded in sequencing 7 of these samples which 4 were positive for Gammacoronavirus and 3 for Deltacoronavirus. In attempt of sequencing the S protein gene, we have succeeded in a chicken sample (Gallus gallus) from Ilha de Marajó-PA. This sample was identified as a strain of IBV. This work is unprecedented in Brazil, as it demonstrates the presence of Gamma and Deltacoronavirus in birds circulating in different regions, close to urban areas and poultry industries, showing evidence that wild birds may carry these Coronavirus between different migratory sites in Brazil.
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Étude cas-témoins de l'épisode d'influenza aviaire hautement pathogène (H7N3) en Colombie-Britannique en 2004 utilisant des scores de biosécurité comme mesure de risque

Doucet, Annie January 2008 (has links)
Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal.
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Stopover Ecology of Mallards : Where, when and how to do what?

Bengtsson, Daniel January 2016 (has links)
The mallard (Anas platyrhynchos) is the most numerous and widespread duck in the northern hemisphere and a model species in ecology and harvest management. Migration is a crucial life stage for many birds and understanding the drivers of migration has important implications for conservation biology and assessment of animal population responses to global changes. Furthermore, mallard migration is a fundamental determinant of the epidemiology of many diseases of major relevance for both animal and human health. For example, it is the reservoir host for influenza A viruses (IAV), a widespread zoonosis causing mortality and economic damage. Improved knowledge of mallard behaviour during migration and the impacts of infection in mallards is needed to determine the role of wild birds in global IAV dynamics. This thesis focuses on mallard stopover ecology, an explicitly important part of the annual life cycle that is not well understood. The study area was southern Öland, SE Sweden, where mallard stopover behaviour was scrutinized by a combination of telemetry and ringing data analyses. Specifically, habitat preferences, movements, and emigration decisions were studied in-depth. Potential effects of low pathogenic avian influenza (LPAIV) infection on movement parameters were also investigated. Radio-tracking revealed that stopover mallards adhered to a strict diel pattern, in which they spent the days resting along the coast, visited crop fields at dawn and dusk, and foraged on inland water bodies during the darkest night hours. Notably, the importance of residual maize, as well as small ephemeral wetlands on the unique alvar steppe habitat that predominates on Öland, was previously unknown. LPAIV infection status did not affect movement behaviour, highlighting the possible risk of spread of IAV from wild mallards to poultry along the migratory flyway. Through capture-mark-recapture modelling, it was confirmed that weather, particularly wind direction, was the most important determinant of departure from the stopover site. In contrast, the body condition of departing mallards was less crucial. Taken together, the research presented in this thesis contributes to improved knowledge about mallard stopover ecology and its role in LPAIV disease dynamics.
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Avaliação de protocolos sanitários para a espécie Papagaio-de-peito-roxo (Amazona vinacea - Kuhl, 1820) em cativeiro e análise de programas de relocação populacional / Health survey protocols for the Vinaceous Amazon (Amazona vinacea - Kuhl, 1820) in captivity and analysis of relocation projects

Saidenberg, André Becker Simões 01 August 2013 (has links)
Um componente da conservação de animais selvagens é a relocação de espécies comumente referida como projetos de soltura. Para que esta seja bem sucedida os candidatos do projeto devem estar livres de patógenos considerados de importância para a espécie. Segundo a Instrução Normativa 179 oficializada pelo IBAMA em 25/06/2008, determinou-se a realização de exames laboratoriais como medidas a se prevenir a introdução de agentes infecciosos no ambiente, e garantir a sobrevivência a longo prazo dos animais em questão. No Brasil encontra-se a maior quantidade em espécies de psitacídeos, e das 84 espécies, 13 são vulneráveis a criticamente ameaçadas de extinção. Diversos projetos de relocação de animais silvestres, incluindo vários já bem sucedidos com psitacídeos, vêm sido realizados em território nacional além dos existentes do exterior. O Papagaio-de-peito-roxo (Amazona vinacea) tem suas populações severamente afetadas, sendo classificada no estado de São Paulo como criticamente ameaçada e como ameaçada a nível mundial. Apesar das dificuldades para a conservação dos recursos naturais, existem remanescentes de habitat protegido e em regeneração que podem abrigar espécies que historicamente ocupavam estes locais, de maneira que projetos de reintrodução visando A.vinacea como espécie bandeira em São Paulo e em Santa Catarina, foram contatados para realizar a pesquisa sanitária prévia à soltura. Foram realizados suabes cloacais em amostragens seriadas de modo a identificar possíveis portadores para os agentes paramixovírus tipo 1, influenza tipo A, poxvírus aviário, coronavírus, Escherichia coli Enteropatogênica (EPEC), e Salmonella spp., em indivíduos da espécie confiscados do tráfico, através da reação em cadeia pela Polimerase (PCR), objetivando sequenciar os possíveis resultados positivos, discutindo a viabilidade e custos segundo as determinações da IN 179/2008. Amostras após a liberação também foram coletadas na forma de fezes obtidas no recinto de aclimatação e/ou ao redor dos comedouros de alimentação suplementar. Obtiveram-se um total de 151 amostras somadas em todas as coletas seriadas, sendo 103 amostras de suabes cloacais de aves ainda em cativeiro e 48 amostras de fezes não individualmente caracterizadas das aves soltas. Das amostras testadas para os agentes com potencial infeccioso obtiveram-se apenas resultados positivos para E.coli, totalizando 36 isolados, embora nenhum tenha sido caracterizado como EPEC. Observou-se uma tendência para maior detecção de E.coli nas amostragens iniciais em comparação com as finais, fato ligado principalmente às melhorias no manejo empregadas. A possibilidade de se comparar resultados em amostragens seriadas foi importante para uma avaliação mais segura quanto à sanidade dos animais envolvidos, auxiliando a determinar a seleção das aves, não havendo relatos de doenças imediatamente após a soltura ou no monitoramento a longo prazo. A baixa frequência de amostras positivas para os agentes que poderiam inviabilizar a liberação parece demonstrar que existe um exagero de que doenças representam um risco extremo impedindo projetos de relocação. Procedimentos de quarentena adequados e a realização de um mínimo de exames reduzem os riscos envolvidos, fato observado no presente estudo tanto em cativeiro como no processo de liberação e posteriormente. Para as instituições amostradas havia um limitado recurso anual que não seria capaz de pagar por exames individuais. Uma opção é a de testar amostras em pool para diminuir os custos, e caso haja positivos, procurar retestar para identificar os indivíduos. A baixa prevalência de positividade para os agentes com potencial infeccioso neste estudo, demonstra que amostras em pool podem ser uma alternativa econômica, caso o exame individual esteja fora de questão. Tendo em vista que para obter um mínimo de segurança no projeto de relocação no Brasil depende-se quase exclusivamente da iniciativa privada, convênios com universidades tornam-se não apenas uma necessidade, mas também uma oportunidade para troca em direção a um objetivo em comum e geração de conhecimento científico. / One component in the conservation of wild animals is the relocation of species, commonly referred as release projects. In order for this attempt to be successful the candidates must be clear of pathogens of significance for the species. According to the normative rule 179 established by the IBAMA in 25/06/2008, it was determined that a series of laboratorial exams should be performed in order to prevent the introduction of infectious agents in the environment and guarantee the long term survival of the animals. The largest number of psittacine species is found in Brazil accounting for 84 species, with 13 of these classified as vulnerable to critically endangered. Several relocation projects with wild animals, including several well succeeded with psittacines have been taking place on a national scale besides others being carried out around the world. The Vinaceous Amazon (Amazona vinacea) have had its populations severely affected being classified as critically endangered in the state of São Paulo and globally threatened. Although there are challenges to conserve natural resources, available remnants of protected and regenerating habitat can be found and could support species that historically inhabited these sites, hence reintroduction projects with A.vinacea as a flagship species in the state of São Paulo and Santa Catarina were contacted to perform a health survey previously to the releases. Cloacal swabs were taken in paired samplings in order to detect possible carriers for paramyxovirus typ1, influenza type A, avian poxvirus, coronavirus, Enteropathogenic Escherichia coli (EPEC), and Salmonella spp.; in individuals that were confiscated from the illegal trade employing the Polymerase Chain Reaction (PCR), aiming to sequence possible positive results and discussing the viability and costs according to the determination of the IN/179/2008. Fecal samples were also collected after the release in the acclimation flight and/or surrounding the supplemental feeders in the area while still adapting in the post-release. A total of 151 samples were obtained altogether with 103 of these being cloacal swabs of the birds still in captivity and 48 fecal samples non individually characterized of released birds. Out of the tested samples only E.coli yielded positive results with a total of 36 isolates, although none was characterized as EPEC. A tendency was observed for a higher detection of E.coli in the initial samplings compared to the final ones, a fact mainly connected husbandry improvements that were put in use. The possibility to compare results in paired samplings was important in order to obtain a safer evaluation concerning the health status of the animals, helping to determine the birds selection and no health problems reported neither immediately after the release nor on the long term monitoring. The low frequency of positive samples for the agents that could jeopardize a release seems to show that there is an exaggeration that diseases represent an extreme risk to the point of hampering relocation projects. Adequate quarantine procedures and performing minimum health examinations minimize the involved risks, a fact observed in this study both in captivity as well as in the release and post release process. For the studied institutions there was a limited annual budget that would not be capable to pay for individual exams. One option is to test pooled samples to lower associated costs, and if a positive is found, retest to identify the individuals. The low prevalence for the tested agents in this study show that pooled samples could be a viable alternative when individual exams are not feasible. Taking into account that to obtain a minimum in terms of safety for a relocation project in Brazil one is almost exclusively dependent on private parties, cooperation with universities are not only a necessity but also an opportunity for exchanges toward a common goal besides generating scientific knowledge.
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Monitoramento do vírus do Oeste do Nilo no Brasil. / Surveillance of West Nile virus in Brazil.

Ometto, Tatiana Lopes 21 February 2014 (has links)
O Vírus do Nilo Ocidental, do inglês West Nile virus (WNV) é um patógeno emergente que é amplamente distribuído na América do Norte e Central. A recente introdução na América do Sul chamou a atenção para a propagação do WNV em países Latino Americanos. O ciclo de transmissão envolve mosquitos, pássaros, cavalos e seres humanos. A avaliação sorológica realizada nestes estudo foi composta por 678 soros de equídeos e 478 soros de aves, realizada por meio do ensaio ELISA de bloqueio específico para WNV e somente as amostras com resultados positivos foram confirmadas por testes de neutralização por redução em placas (PRNTs). A análise molecular foi realizada em soros de 1.241 equídeos saudáveis e em 63 macerados de cérebros de equídeos que morreram de encefalite e obtiveram resultados previamente negativos para outros patógenos. Também testamos swabs de 3.445 aves pelo método molecular, além de amostras de 24 morcegos e 11 onças. As amostras analisadas foram coletadas em diferentes biomas do Brasil. Identificamos pelo ELISA anticorpos para o WNV em treze equídeos e cinco pássaros e o teste de PRNT90 confirmou positividade para o WNV em quatro amostras de equídeos coletadas em 2009 em uma região entre a Amazônia e o Pantanal. Nenhuma das amostras de aves positivas pelo ELISA foram confirmadas por PRNT90. Das 4.784 amostras testadas por RT-PCR, penas duas apresentaram resultados positivos para a detecção, sendo uma ave residente na região do Pantanal e um anatídeo na região do Maranhão, respectivamente. A circulação do WNV é confirmada pela presente pesquisa em larga escala, mesmo na ausência da detecção de casos clínicos. / West Nile virus (WNV) is an emergent pathogen that is widely distributed in North and Central America. The recent introduction in South America has focused attention on the spread of WNV across Southern American countries. The transmission network involves mosquitoes, birds, horses and humans. The serological evaluation of sera from 678 equids and 478 birds was performed using a WNV-specific blocking ELISA, and only the positive results were confirmed by plaque reduction neutralisation tests (PRNTs). Molecular analysis was performed on sera from 1241 healthy equids and on 63 macerates of brains from equids that died of encephalitis and had previously tested negative for other pathogens. We also tested swabs from 3.445 birds, 24 bats and 11 phanteras. The samples analysed were collected in different biomes of Brazil. We identified WNV antibodies by ELISA in thirteen equids and five birds, and PRNT90 confirmed WNV positivity in four equid samples collected in 2009 in an area between the Amazon and the Pantanal. None of the ELISA positive bird samples were confirmed by PRNT90. Of the 4.784 samples tested by RT-PCR, only two were positive for the detection, a resident bird in the Pantanal region and a duck in the region of Maranhão, respectively. WNV circulation is confirmed by this large scale survey even in the absence of detection of clinical cases.

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