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Small Traditional Human Communities Sustain Genomic Diversity over Microgeographic Scales despite Linguistic Isolation

Cox, Murray P., Hudjashov, Georgi, Sim, Andre, Savina, Olga, Karafet, Tatiana M., Sudoyo, Herawati, Lansing, J. Stephen 07 June 2016 (has links)
At least since the Neolithic, humans have largely lived in networks of small, traditional communities. Often socially isolated, these groups evolved distinct languages and cultures over microgeographic scales of just tens of kilometers. Population genetic theory tells us that genetic drift should act quickly in such isolated groups, thus raising the question: do networks of small human communitiesmaintain levels of genetic diversity over microgeographic scales? This question can no longer be asked in most parts of the world, which have been heavily impacted by historical events that make traditional society structures the exception. However, such studies remain possible in parts of Island Southeast Asia and Oceania, where traditional ways of life are still practiced. We captured genome-wide genetic data, together with linguistic records, for a case-study system-eight villages distributed across Sumba, a small, remote island in eastern Indonesia. More than 4,000 years after these communities were established during the Neolithic period, most speak different languages and can be distinguished genetically. Yet their nuclear diversity is not reduced, instead being comparable to other, evenmuch larger, regional groups. Modeling reveals a separation of time scales: while languages and culture can evolve quickly, creating social barriers, sporadic migration averaged over many generations is sufficient to keep villages linked genetically. This loosely-connected network structure, once the global norm and still extant on Sumba today, provides a living proxy to explore fine-scale genome dynamics in the sort of small traditional communities within which the most recent episodes of human evolution occurred.
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Identification et caractérisation génétique et phénotypique de deux espèces de Cryptosporidium après divers passages chez le veau

Delisle, Julien 12 1900 (has links)
L’étude de la variation du génotype et du phénotype fut réalisée sur deux espèces de parasites intestinaux (Cryptosporidium parvum et C. muris) via une infection expérimentale de 10 passages successifs chez le veau (Bos taurus). L’infection avec C. parvum a bien fonctionné alors qu’aucun signe clinique n’a été observé dans le cadre de cette étude avec C. muris. Pour le génotype, deux gènes (HSP70 et GP60) ont été amplifiés par double PCR puis séquencés. Les résultats ont indiqué que ces gènes n’étaient pas modifiés après 10 passages chez des veaux. Cela montre une faible évolution génétique du parasite lorsqu’il passe dans un animal hôte, facilitant ainsi les études épidémiologiques lors d’épisode de cryptosporidiose. Il faut cependant noter que les parasites utilisés ne provenaient pas de l’environnement mais d’une compagnie spécialisée en parasitologie (WaterBorne®). L’étude de la variation du phénotype a été tentée, sans succès, à l’aide d’un immuno-buvardage en point utilisant le sérum des veaux infectés. Des problèmes liés à la concentration des ookystes de C. parvum placés sur la membrane de l’immuno-buvardage en point furent suspectés. / The study of the variation of the genotype and phenotype has been done with 2 species of intestinal parasites (Cryptosporidium parvum and C. muris) by using an experimental infection with 10 successives passages on calves (Bos taurus). Infection with C. parvum worked well but failed for C. muris. The genotype has been studied with two genes (HSP70 and GP60), amplified with a double PCR and sequenced. Results showed that these genes are not changing after 10 passages on calves. It indicates that the genetic evolution of the parasite is very slow even when passing to a susceptible host. That particularity might be useful for epidemiologic studies when an episode of cryptosporidiosis occurs. It’s important to consider that the parasites used were not taken from the environment but from a company specialised in parasitology (WaterBorne®). A Dot Blot using serum from infected calves has been tried without success. Problems related to oocysts concentration were suspected.
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Nature des liaissons C-F dans divers matériaux carbonés fluorés par voie gazeuse et par voie plasma radiofréquence

Moguet, Fabrice 05 December 1996 (has links) (PDF)
L'étude par spectroscopie de photoélectrons X (XPS) de matériaux carbonés fluorés a montré que la nature de la liaison C-F ainsi que leur quantité relative dépendaient de nombreux facteurs tels que la nature du matériau carboné de départ (fibres de carbone, pyrocarbone, graphite exfolié ou noirs de carbone), les traitements thermiques qui augmentent leur degré de graphitation, le type de traitement de fluoration (voie gazeuse ou voie plasma) et les conditions de fluoration. L'utilisation de techniques aussi variées que la diffraction des rayons X, la microscopie électronique en transmission, la microscopie à effet tunnel et la spectroscopie de photoélectrons X nous a permis d'établir des corrélations entre la structure des matériaux carbonés et leur réactivité vis-à-vis des espèces fluorées actives (F2 ou F°). Grâce aux informations déduites de l'XPS, nous proposons également des mécanismes de fluoration relatifs à l'intercalation du fluor et aux traitements de surface. Enfin, l'analyse thermique à vitesse de transformation contrôlée (ATVC) des fibres de carbone intercalées par le fluor nous a permis de proposer un modèle de décomposition des composés d'intercalation.
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Rendement et qualité du blé panifiable soumis à divers types de fertilisation azotée dans deux sols contrastants

Rieux, Christine 04 1900 (has links) (PDF)
L’objectif de ce projet était de vérifier les rendements et la qualité du blé panifiable ensemencé dans deux types de sol où deux travaux de sol et divers engrais organiques ont été appliqués. Les rendements en grains ont été plus élevés lorsque le blé a été ensemencé dans l’argile limoneuse plutôt que dans le loam sableux. Le travail du sol a eu peu d’impact sur les rendements du blé. Le blé fertilisé au lisier de porcs et au fumier de volailles avait des rendements similaires à la fertilisation minérale, mais de plus faibles teneurs en protéines (respectivement 14,3 et 14,4% contre 15,0 %). Le rendement en grains et la teneur en protéines du blé fertilisé au lisier de bovins étaient intermédiaires entre le témoin sans azote et les autres engrais organiques. Que le blé ait été fertilisé ou non avec de l’azote, le volume des pains a été similaire (moyenne de 790 cm3).
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Rendement et qualité du blé panifiable soumis à divers types de fertilisation azotée dans deux sols contrastants

Rieux, Christine 18 April 2018 (has links)
L’objectif de ce projet était de vérifier les rendements et la qualité du blé panifiable ensemencé dans deux types de sol où deux travaux de sol et divers engrais organiques ont été appliqués. Les rendements en grains ont été plus élevés lorsque le blé a été ensemencé dans l’argile limoneuse plutôt que dans le loam sableux. Le travail du sol a eu peu d’impact sur les rendements du blé. Le blé fertilisé au lisier de porcs et au fumier de volailles avait des rendements similaires à la fertilisation minérale, mais de plus faibles teneurs en protéines (respectivement 14,3 et 14,4% contre 15,0 %). Le rendement en grains et la teneur en protéines du blé fertilisé au lisier de bovins étaient intermédiaires entre le témoin sans azote et les autres engrais organiques. Que le blé ait été fertilisé ou non avec de l’azote, le volume des pains a été similaire (moyenne de 790 cm3).
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Analyse et modélisation du comportement de divers matériaux en érosion de cavitation / Modeling and analysis of material behavior during cavitation erosion

Roy, Samir Chandra 11 December 2015 (has links)
A ce jour il n'est toujours pas possible de prédire avec exactitude le phénomène d'érosion par cavitation. La raison principale est qu'il est difficile de caractériser l'agressivité de l'écoulement. Cette thèse propose d'utiliser une méthode inverse pour estimer l'agressivité de l'écoulement à partir de l'observation des cratères (pits) imprimées sur la surface dans les premiers instants de l'érosion de cavitation. Trois matériaux ont été testés dans la veine d'écoulement PREVERO disponible au LEGI de Grenoble dans les mêmes conditions expérimentales. La géométrie des pits laissés sur la surface est précisément mesurée à l'aide d'une méthode systématique permettant de s'affranchir de l'effet de rugosité. Supposant que chaque pit a été généré par une bulle unique dont le champ de pression est assimilé à une forme Gaussienne, des calculs par éléments finis permettent d'estimer le chargement qui a créé l'empreinte résiduelle. On montre que la distribution des chargements suit une loi universelle indépendante du matériau testé; le matériau le plus tendre (alliage d'aluminium) mesurant les plus faibles impacts tandis que le matériau le plus résistant (Acier inoxydable) donne accès aux plus grandes pressions d'impact. On en conclu que le matériau peut être utilisé comme capteur de pression mesurant le niveau d'agressivité de l'écoulement. La méthode inverse repose sur une caractérisation mécanique des matériaux prenant en compte la sensibilité de la contrainte à la vitesse de déformation. On montre que les essais de nanoindentation sont mieux adaptés que les essais de compression pour déterminer les paramètres de la loi de comportement, notamment pour l'alliage d'aluminium pour lequel la microstructure est très hétérogène. Des essais de compression à haute vitesse par barres de Hopkinson complètent la loi de comportement en donnant la sensibilité à la vitesse de déformation. Des simulations prenant en compte la dynamique du chargement montrent que des impacts de fort amplitude mais appliqués sur un temps court ne laissent pas d'empreinte résiduelle si la fréquence est plus élevée que la fréquence naturelle du matériau assimilé à un oscillateur amorti. Un mécanisme d'accumulation dynamique de la déformation plastique pouvant conduire à la rupture par fatigue est proposé. Finalement, la courbe de perte de masse est simulée en appliquant aléatoirement sur un maillage 3D, la population d'impacts estimée par la méthode inverse. / Numerical prediction of cavitation erosion requires the knowledge of flow aggressiveness, both of which have been challenging issues till-date. This thesis proposes to use an inverse method to estimate the aggressiveness of the flow from the observation of the pits printed on the surface in the first moments of the cavitation erosion. Three materials were tested in the same experimental conditions in the cavitation tunnel PREVERO available LEGI Grenoble. The geometry of the pits left on the surface is precisely measured using a systematic method to overcome the roughness effect. Assuming that each pit was generated by a single bubble collapse whose pressure field is treated as a Gaussian shape, finite element calculations are run for estimating the load that created each residual imprint. It is shown that the load distribution falls on a master curve independent of the tested material; the softer material (aluminum alloy) measuring the lowest impacts while the most resistant material (duplex stainless steel) provides access to the largest impact pressures. It is concluded that the material can be used as a pressure sensor measuring the level of aggressiveness of the flow. The inverse method is based on a material characterization taking into account strain rate effects. It is shown that nanoindentation tests are more suitable than compression tests to determine the parameters of the behavior law, particularly for the aluminum alloy for which the microstructure is very heterogeneous. High-speed compression tests with split Hopkinson pressure bars complement the constitutive law giving the sensitivity to the strain rate. Simulations considering the dynamic loading show that impacts of strong amplitude but applied in a short time do not leave any residual pit if the frequency is higher than the natural frequency of the material treated as a damped oscillator. A dynamic mechanism of plastic strain accumulation that could eventually lead to fatigue failure is proposed. Finally, the mass loss curve of cavitation erosion is simulated by applying randomly on a 3D mesh, the impact force population estimated by the inverse method.
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Propagation de l'if du Canada (Taxus canadensis Marsh.) par bouturage : les effets de divers facteurs physiologiques et environnementaux

Auclair, Isabelle 16 April 2018 (has links)
Le potentiel de multiplication de l'if du Canada par bouturage a été étudié à trois périodes de l'année (différentes conditions). Des extrémités de tiges constituées de la pousse de la dernière, des deux dernières et des trois dernières années de croissance (1, 2 ou 3 ans), provenant de tiges principales ou de ramifications sous-jacentes, ont été trempées dans une solution d'éthanol 50 % ou de 4 000 ppm d' AIB dilué dans l'éthanol 50 % et piquées dans un substrat composé de pedite et de tourbe de sphaigne dans une proportion de 3/2 (v/v). Dans une autre expérience, la base des boutures latérales de deux ans a été trempée dans diverses doses et combinaisons d'acide indolylbutyrique (Am) ou d'acide naphtalène acétique (ANA). Dans une dernière expérience, des boutures d'extrémité de tiges principales de deux ans ont été insérées dans des substrats d'enracinement composés de diverses proportions de perlite, de tourbe de sphaigne et de charbon activé. Tous ces traitements ont eu très peu d'effet sur le taux d'enracinement . des boutures, ces dernières s'enracinant pratiquement à tout moment de l'année dans une proportion de plus de 75 %. En revanche, la qualité de l'enracinement a été influencée par la plupart des facteurs étudiés.
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Régulation de la perméabilité capillaire : mécanismes impliqués et effets de divers antihypertenseurs chez le rat normotendu et spontanément hypertendu

Lehoux, Stéphanie January 1996 (has links)
Alors que les agents antihypertenseurs disponibles maîtrisent généralement bien la pression sanguine, l'incidence des maladies associées à l'hypertension n'est pas pour autant complètement réduite. Or, on retrouve dans l'hypertension, comme dans ces maladies, une élévation de la perméabilité vasculaire qui n'est pas nécessairement normalisée par le traitement antihypertenseur. Chose étonnante, personne à ce jour ne s'est intéressé aux effets de différents agents antihypertenseurs sur la perméabilité capillaire. Nous avons donc entrepris d'explorer ce phénomène chez le rat Wistar normotendu et le rat spontanément hypertendu (SHR). La perméabilité capillaire est quantifiée par l'extravasation dans differents tissus du bleu d'Evans (BE: 20mg/kg), un marquer de l'abumine administre par voie intraveineuse. Premierement, a l'aide de produits agissant sur differentes proteines du cytosquelette ou de la matrice extracelllulaire, les structures impliquees dans la regulation locale de la permeabilite capillaire sont indentifiees. Le passage transendothelial basal d'albumine est generalement assure par transport vesiculaire, alors qu'en situation inflammatoire la disjonction des cellules endotheliales est impliquee. De plus, dans la plupart des tissus, specialement ceux avec endothelium de type continu ou discontinu, la barriere est assuree principalement par les microfilaments d'actine des cullules endotheliales, alors que les tissus pourvus de capillaires fenetres dependent surtout sur le collagene, retrouve majoritairement dans la membrane basale, pour leur selectivite. Deuxiemement, divers antihypertenseurs sont administres en aigu par voie intraveineuse (diuretiques uniquement) ou en chronique, sous forme de gavages quotidiens (10 jours), aux doses equivalentes a celles recommandees pour le traitement de l'hypertension chez l'homme. En aigu, chez le rat Wistar, le furosemide augment le contenu en BE de tous les tissus (muscle squelettique, pancreas, bronche, foie, duodenum, rein, coeur), alors que l'hydrochlorothiazide et l'indapamide majorent aussi, maid de facon plus modeste, la permeabilite capillaire. Par contraste, l'amiloride et la cicletanine reduisent l'extravasation d'albumine. Remarquablement, ces modifications de la permeabilite capillaire, qu'elles soient a la hausse ou a la baisse, sont completement renversees par un pretraitement avec l'indomethacine, indiquant la participation des metabolites de la cyclo-oxygenase. Une etude plus approfondie avec le furosemide revele qu'il produit une elevation biphasique de la permeabilite capillaire, via l'angiotensine II et le thromboxane A$\sb2.$ Par contre, apres dix jours de gavage, les effets de l'hydrchlorothiazide et de l'amiloride sont nuls, ceux du furosemide et de la cicletanine sont grandement attenues et ceux de l'indapamide sont renverses. Le traitement chronique avec des inhibiteurs de l'enzyme de conversion de l'angiotensine II (IEC) demontre que ces agents reduisent l'extravasation de BE, particulierement le perindopril. Il en est de meme pour deux antagonistes calciques, le verapamil et surtout la nifedipine, alors qu'un troisieme agent, le clentiazem, produit l'effet contraire. Chez le SHR, la permeabilite capillaire temon est plus elevee que chez le rat Wistar. Trois diuretiques, le furosemide, l'hydrochlorothiazide et la cicletanine, reduisent l'extravasation de BE du SHR aux niveaux retrouves chez le rat Wistar, alors que l'indapamide demeure relativement neutre. De meme, le perindopril reduit de facon plus importante que le captopril la permabilite capillaire chez le SHR. Finalement, la nifedipine et le clentiazem abaissent l'extravasation de BE chez le SHR, alors que le verapamil n'a aucun effet. [Résumé abrégé par UMI.]
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Divers "je" et divergence étude de récits de mémoires familiales d'immigrants chinois de première, deuxième et troisième générations

LaFaille, Marie-France January 2006 (has links)
Ce mémoire aborde des textes d'auteurs chinois canadiens, tous de générations d'immigrants différentes: Quatre mille marches et L'Ingratitude de Ying Chen, immigrante de première génération, Paper Shadows: A Chinatown Childhood de Wayson Choy, immigrant de seconde génération et The Concubines Children: Portrait of a Family Divided de Sky Lee, immigrante de troisième génération. Le travail débute avec une courte description de chacun des trois auteurs, de leur vie, ainsi que de leur oeuvre, pour ensuite se pencher brièvement sur le genre des textes étudiés dans le cadre de ce mémoire. Le thème principal de l'étude consiste en la variabilité des identités chinoises canadiennes sur plusieurs bases comparatives, mais principalement sur le degré d'acculturation ou de déculturation des auteurs, selon leur état d'immigrant de première, deuxième ou troisième génération. Les points de comparaisons, de divergences et de similitudes sont nombreux, mais nous nous pencherons ici sur trois thèmes centraux: La place que la communauté chinoise canadienne occupe dans la vie des auteurs, la relation avec le pays d'origine et enfin, la présence de la tradition confucianiste en tant que mode de pensée indissociable de la culture chinoise.
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Effet neuroprotecteur de Lacticaseibacillus rhamnosus HA-114 chez divers modèles de la maladie d’Alzheimer

Guitard, Ericka 04 1900 (has links)
La maladie d’Alzheimer (MA) se présente souvent comme un déclin progressif des fonctions cognitives et comportementales. Au niveau biologique, on observe une accumulation de la protéine bêta-amyloïde (Aß) et de la protéine tau, une altération de la fonction synaptique ainsi qu’une mort neuronale. Des travaux récents ont démontré qu’une souche spécifique de probiotiques, Lacticaseibacillus rhamnosus HA-114 (HA-114), avait des propriétés neuroprotectrices dans plusieurs modèles de maladies neurodégénératives. Le projet de recherche présent visait à caractériser les aspects neurophysiologiques d’une souche de nématodes transgéniques exprimant l’Aß et valider la neuroprotection de HA-114 dans ce modèle ainsi que dans un modèle murin de la MA (APP/PS1). Les résultats présentés dans ce manuscrit montrent que les vers transgéniques exprimant le fragment 1-42 de l’Aß récapitulent des caractéristiques clés de la MA, soit une altération de la santé neuronale et de la mémoire liée à l’âge. Il s’agit donc d’un nouvel outil pour l’investigation de la physiopathologie de la MA et pour l’essai de molécules ayant un potentiel thérapeutique. Les données expérimentales montrent aussi que l’administration de HA-114 permet d’atténuer les phénotypes de neurodégénérescence et de paralysie liée à l’âge. Cela témoigne d’un potentiel en vue de l’amélioration de la qualité de vie des patients qui souffrent de la MA. L’étude des effets de HA-114 dans un modèle murin pourrait révéler de nouvelles avenues d’investigations pour la physiopathologie de la MA et les mécanismes par lesquels on pourrait un jour la traiter. / Alzheimer’s disease (AD) often presents itself as a progressive decline of behavioral and cognitive functions such as memory impairment. On a biological level, this disease presents extracellular accumulation of amyloid-beta (Aß), intracellular accumulation of tau, alteration of synaptic function and neuronal loss. Recent data showed that a supplementation with a specific probiotic strain of bacteria, Lacticaseibacillus rhamnosus HA-114 (HA-114), had a neuroprotective effect in several neurodegenerative disease models. This project aimed to characterize the neurophysiological aspects of a specific nematode strain expressing the Aß1-42 fragment and to validate the neuroprotective effect of HA-114 in this nematode strain as well as in the APP/PS1 murin model of AD. Following biochemical and behavioral experiments, data showed that this strain recapitulates key traits of AD: an age-dependent alteration of neuronal health and memory impairment. It was also observed that administrating HA-114 probiotic strain could attenuate age-related phenotypes of neurodegeneration and paralysis. This transgenic strain is therefore a new tool for drug screening and investigating AD’s pathogenesis. The neuroprotective effect of HA-114 observed in this strain shows potential towards an amelioration of the patient’s quality of life. Studying the effects of HA-114 in a murin model could reveal new investigation opportunities for AD’s pathogenesis and mechanisms that could one day cure this disease.

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