Le cancer du sein reste la principale cause de décès par cancer chez les femmes et est connu pour la divergence des comportements cliniques et des résultats pour les patientes, malgré les caractéristiques histopathologiques courantes au moment du diagnostic. Cela s'explique par la grande hétérogénéité histologique et moléculaire de la maladie, qui rend difficile le choix d'une thérapie adaptée à chaque patient.L'épigénétique se rapporte aux modifications du phénotype et de l'expression génique. Les modifications épigénétiques du génome peuvent être acquises de novo et sont potentiellement héritées. Les mécanismes épigénétiques agissent pour modifier l'accessibilité de la chromatine à la régulation de la transcription localement et globalement via des modifications de l'ADN et par des modifications ou des réarrangements de nucléosomes. L'épigénétique consiste en plusieurs mécanismes moléculaires: modifications de l'histone, petits ARN non codants ou anti-sens et méthylation de l'ADN étroitement interconnectés.L'incidence et la mortalité par cancer du sein sont plus élevées (incidence environ trois fois supérieure) dans le monde occidental que dans les pays d'Asie avec des différences régionales dans les pays occidentaux. Plusieurs études impliquant des immigrés des pays occidentaux suggèrent que le mode de vie et l'alimentation sont deux des causes principales de ces différences. Un apport alimentaire élevé en phytoestrogènes, principalement sous forme de produits à base de soja, peut produire des taux circulants de phytoestrogènes à effets œstrogéniques. Des études épidémiologiques et expérimentales suggèrent qu'un régime alimentaire riche en phytoestrogènes pouvait avoir des effets protecteurs contre sur les affections liées aux œstrogènes, telles que le cancer du sein.Sur la base de ces informations, nous avons étudié les effets du traitement par les phytoestrogènes; génistéine, daidzéine et 17-β-estradiol sur la modification post-traductionnelle des histones, telles que la méthylation de la lysine et l’acétylation des histones H3 et H4 dans des lignées cellulaires du cancer du sein. Nous avons ensuite étudié les effets de l'inhibiteur de la méthylation de l'histone et de l'inhibiteur de l'histone désacétylase sur la triméthylation et l'acétylation de l'histone-lysine dans les lignées cellulaires du cancer du sein. Nous avons utilisé deux lignées cellulaires de cancer du sein, MCF-7 et MDA-MB-231, chacune traitée respectivement avec de l'hydrochlorure de 3-désazanule (DZNep) [5 µM] (HMTi), du butyrate de sodium (NaBu) [2 mM] (HDACi) et de l'acide de type Suberoylanilide Hydroxamic (SAHA) [1 µM] (HDACi). Enfin, nous avons mené des études sur toutes les lignées cellulaires atteintes de tumeurs du sein afin d'évaluer l'immunoprécipitation de la chromatine (PIP) de certaines modifications de l'histone dans le cancer. Les niveaux relatifs de trois histones modifiées, y compris H3K27me3 (histone 3 Lysine 27 méthylation), H3K9ac (Histone 3 Lysine 9 acétylation) et H3K4ac (Histone 3 Lysine 4 acétylation) seront déterminés dans les tumeurs du sein par rapport au tissu normal correspondant selon le classement de Saint-Gall. Aujourd'hui, ChIP a été couplé à des puces à ADN de promoteur afin d'évaluer les mécanismes de régulation du gène humain à l'échelle du génome. La technologie de la puce sur puce pourrait être utilisée pour étudier les altérations de l'expression globale des gènes dans la tumorigenèse. Ici, nous avons étudié les gènes exprimés de manière différentielle associés aux histones modifiées H3K27me3, H3K9ac et H3K4ac dans les tumeurs du sein à l'aide de microréseaux Agilent SurePrint G3 400kX2 contenant environ 21 000 transcrits humains. Nous analyserons les régions enrichies de chaque promoteur de gène dans trente tumeurs du sein par rapport à des échantillons de tissus normaux. Les échantillons de tumeurs du sein seront classés en fonction de leur profil clinique, en particulier du statut des récepteurs hormonaux. / Breast cancer remains the leading cause of cancer-related deaths in women, and is noted for conflicting clinical behaviors and patient outcomes, despite common histopathological features at diagnosis. This can be explained by the high histological and molecular heterogeneity of the disease, making it hard to choose a therapy adapted uniquely to each patient. Epigenetics refer to changes in phenotype and gene expression. Epigenetic modifications of the genome can be acquired de novo and are potentially inherited. Epigenetic mechanisms work to change the accessibility of chromatin to transcriptional regulation locally and globally via modifications of the DNA and by modifications or rearrangements of nucleosomes. Epigenetics consist in several molecular mechanisms: histone modifications, small non-coding or antisense RNAs and DNA methylation that are closely interconnected. The incidence and mortality of breast cancer is high in the Western world as compared with countries in Asia. There are also differences in the regional cancer incidence rates in Western countries. Several studies involving immigrants to Western countries suggest that lifestyle and diet are two of the main causes of these differences. In Eastern countries, the incidence of breast cancer is approximately one-third that of Western countries, whilst their high dietary intake of phytoestrogens, mainly in the form of soy products, can produce circulating levels of phytoestrogens that are known experimentally to have estrogenic effects. An increasing number of epidemiological and experimental studies have suggested that the consumption of a 4 phytoestrogen-rich diet may have protective effects on estrogen-related conditions, such as breast cancer.Based upon this information, we studied the effects of treatment phytoestrogens; genistein, daidzein and 17-β-estradiol on the post-translational modification of histones such as lysine methylation and acetylation of histones H3 and H4 in breast cancer cell lines. Subsequently, we studied the effects of histone methylation inhibitor and histone deacetylase inhibitor on histone lysine trimethylation and acetylation in breast cancer cell lines. For this study, we used two breast cancer cell lines MCF-7 and MDA-MB-231. Each cell line was treated respectively with 3-Deazaneplanocin A hydrochloride (DZNep) [5 μM] (HMTi), Sodium Butyrate (NaBu) [2 mM] (HDACi) and Suberoylanilide Hydroxamic acid (SAHA) [1 μM] (HDACi) for 48 hours. Finally, we completed studies in all cell lines with breast tumors to assess Chromatin ImmunoPrecipitation (ChIP) of selected histone modifications in cancer. The relative levels of three modified histones, including H3K27me3 (Histone 3 Lysine 27 Methylation), H3K9ac (Histone 3 Lysine 9 Acetylation), and H3K4ac (Histone 3 Lysine 4 Acetylation) will be determined in breast tumors compared to matched normal tissue according to the classification of Saint Gallen. Today, ChIP has been coupled with promoter DNA microarrays to evaluate the mechanisms of human gene regulation on a genome-wide scale. ChIP-on-chip technology could be used to investigate the alterations of global gene expression in tumorigenesis. Here, we investigated differentially expressed genes associated with modified histones H3K27me3, H3K9ac and H3K4ac in breast tumors by Agilent SurePrint G3 400kX2 microarrays containing approximately 21,000 of human transcripts. We will scan the enriched regions at each gene promoter in thirty breast tumors compared with normal tissue samples. Breast tumor samples will be classified according to their clinical profiles, especially hormone receptor status.

Questionner la construction du paysage urbain nocturne, c’est développer une approche dialectique du regard entre l’ombre et la lumière. Parce que la ville devient invisible dans l’obscurité, la nuit menace celle-ci de disparition. Dans ce contexte, ce travail explore les nouvelles images et interprétations de la ville dévoilées par la lumière artificielle. L’enjeu est de comprendre les aspects changeants et instables liés à l’apparence de la ville. Découvrir la ville la nuit, c’est la comprendre dans l’éphémérité de ses modes d’apparition, dans sa capacité de survivance et de transformation grâce à la lumière artificielle. La nuit révèle tant des imaginaires liés à la fascination de la lumière qu’à la peur de l’obscurité. Dominée par des transformations visuelles, elle intensifie et démultiplie les significations portées aux espaces. Entre nuit dionysiaque et nuit maligne, c’est toute une variété de « tableaux urbains nocturnes » qui apparaissent. Penser le paysage urbain nocturne, c’est envisager la nuit comme une « hétérotopie », qui, parce qu’elle modifie les conditions d’apparition de la ville, modifie les perceptions du territoire. Au croisement du réel et de l’imaginaire, il s’agit de dépasser les limites du visible pour apprendre à voir l’invisible. Ce travail révèle une relation complexe de la ville avec la lumière; il interroge le rapport entretenu avec les espaces urbains la nuit et remet en perspective la manière de voir l’obscurité. La lumière offre un fond de toile pour le déroulement des activités, elle régule les perceptions et les expériences de la ville. L’espace-temps nocturne offre l’opportunité d’envisager les tensions entre lumière et obscurité. Dans cet « entre- deux », cette recherche contribue à ouvrir la voie à une perspective transversale de la ville la nuit. Celle-ci comprend donc une revue de littérature sur les différentes visions de l’éclairage, mais aussi sur la nuit et l’obscurité. Elle permet une compréhension des nouvelles approches en éclairage comme des nouveaux concepts émergeant des recherches sur la nuit. S’appuyant sur des démarches anthropologiques et expérientielles du paysage, l’originalité de cette étude est d’explorer les différentes manières d’envisager la nuit. Des imaginaires développés par les acteurs de l’aménagement — issus d’entretiens avec des experts en urbanisme, en architecture, en paysage, en design et des arts — à l’expérience visuelle et sensible — issue d’explorations nocturnes —, ce travail dévoile une pluralité de paysages qui compose le territoire. Recourant à Montréal comme cas d’étude, cette métropole canadienne offre un contexte original pour comprendre le regard que pose la société occidentale sur la ville la nuit. Cette recherche révèle alors une hiérarchisation des représentations liées aux espaces urbains nocturnes. De la consécration des espaces centraux, à la méconnaissance des espaces marginaux, en passant par la banalité des espaces quotidiens, celle-ci dépeint un portrait inédit de Montréal vu et imaginé de nuit. À travers l’étude des représentations socioculturelles, cette investigation contribue à une nouvelle compréhension de la planification et de l’expérience de la ville. Elle définit ce que revêt la notion de « paysage urbain nocturne ». / This thesis questions the ways the urban landscape is constructed at night. It develops a dialectical approach of sight, between luminosity and darkness. Because the city becomes invisible in the darkness, the night puts the existence of the city in jeopardy. This thesis explores the new interpretations of the city resulting from the illuminated landscapes. The purpose is to understand the changing and unstable appearances of the city at night. To discover the city at night implies understanding the ephemeral aspects of its appearance, its capacity to survive and to be visually transformed. The night reveals the fascination for light as well as the fear of darkness. Night is governed by visual changes; it intensifies and multiplies the significance of the urban spaces to the viewer. Between Dionysian and malign nights, a variety of “urban nocturnal scenes” appears. Because night changes the visual conditions and therefore the perception of the city, this study develops a reflection on the urban landscape considering the night as a “heterotopia”. Situated at the meeting point of the real and the imaginary, this investigation questions the limits of what is visible in order to look at what is invisible. This research reveals a complex relationship between the city and lighting; it examines how the society looks at darkness and how new relations with urban spaces emerge at night. Lighting provides the backdrop for activities; it regulates city perceptions’ and experiences’ at night. Night time enables to consider the tensions between luminosity and darkness. This investigation of the “in-between” of light and dark contributes to the comprehension of the city at night through a transversal perspective. Therefore, this study is composed of a literature review on the evolution of urban lighting approaches, and on the relation that the city has with the night time iii and the darkness. It provides an understanding of new approaches of lighting design with the addition of new concepts emerging in the literature on the night. The methodological approach includes anthropological and experiential landscape perspectives to question the different ways of looking at the night. Interviews with stakeholders from different disciplines—urban planning, architecture, landscape architecture, design and art—and the study of the visual and sensitive experience of the city at night, provide a diversity of ways to see the city at night. Using Montreal as a case study, this Canadian metropolis offers an original context to better understand the relation that the occidental society has with the city at night. The dissertation presents a hierarchization of the representations of the urban spaces. From the recognition of downtown spaces, passing by the banalization of daily spaces and the misreading of marginal places, this research depicts a new portrait of Montreal and how it is seen and imagined at night. It contributes in a new comprehension on how the city is planned and experienced, depending on sociocultural representations of night time. It aims at defining what is the “nocturnal urban landscape”.

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L'évaluation environnementale des systèmes de production agricole est un enjeu majeur pour le développement de pratiques agricoles durables, la préservation ou la restauration du bon état écologique des ressources naturelles. Cependant, cette évaluation est compliquée à réaliser par expertise ou par expérimentation à cause de la diversité des processus de transformation et de transfert de la matière organique au sein des paysages agricoles, leurs interactions et leurs dynamiques. L'objectif de ce projet était de de proposer une méthodologie d'évaluation environnementale qui soit spatialisée et dynamique afin d'intégrer les effets du milieu physique, du climat et des pratiques agricoles. L'approche suivie dans ce projet est basée sur le développement d'une plateforme de modélisation des paysages agricoles (Qualscape), comme support conceptuel commun aux différentes étapes de ce travail : <br> - l'analyse de successions culturales parcellaires observées afin d'identifier les déterminants spatiaux et temporels des transitions de cultures ; l'occupation du sol spatialisant les pratiques agricoles ; <br> - à partir du bassin versant de Naizin (12 km2, Morbihan, France) caractérisé par des activités d'élevage bovin et porcin intensives, la construction d'un jeu de paysages agricoles virtuels différant par leur milieu physique, les forçages climatiques et les pratiques agricoles auxquels ils sont soumis ; <br> - la réalisation d'une évaluation environnementale multi-cibles et multi-critères de ces agrosystèmes en permettant le couplage et l'intégration des sorties entre le modèle agro-hydrologique TNT2 et un modèle de bilan de phosphore du sol. Stochastree, un modèle de transition de cultures basé sur des arbres de décision stochastiques a été développé. Il a notamment permis de maintenir la distribution spatiale des cultures autour du corps d'exploitation, tout en respectant des contraintes d'hydromorphie des sols et d'objectif de production des exploitations. L'évaluation environnementale des paysages virtuels a quantifié l'influence du climat, du milieu et des systèmes de culture sur différents indicateurs agricoles, pédologiques et hydrologiques. Nous avons constaté que l'adoption d'un système de culture modéré (réduction d'intrants, intercultures hivernales) réduit significativement les flux excédentaires de phosphore vers les sols et accroît l'efficience des apports d'azote et de phosphore. Cependant, cet effet s'atténue pour des indicateurs incorporant des processus de transformation et de transfert de la matière organique, comme la concentration en nitrate à l'exutoire. De plus, les effets des interactions sol-climat sur cette concentration sont du même ordre qu'une réduction de 15% des apports totaux d'azote. Ainsi, la définition de pratiques agricoles alternatives devant satisfaire un objectif environnemental précis (cf. le non-dépassement du seuil des 50 mg NO3.l-1 dans les cours d'eau) ne peut se faire qu'en lien avec les caractéristiques du paysage et que leur transposition directe à un autre paysage peut ne pas atteindre l'effet escompté.

Dans cette th{è}se, nous nous int{é}ressons {à} la repr{é}sentation et {à} la classification de structures spatiales dans le cadre de la reconnaissance de mod{è}les de paysages agricoles sur des images satellites. Nous avons d{é}fini, lors d'une phase d'acquisition des connaissances, des mod{è}les de paysages sous forme de classes dans un syst{è}me de repr{é}sentation des connaissances par objets. Les classes sont reli{é}es entre elles par des relations spatiales qualitatives. Les relations spatiales sont des classes dont les instances lient d'autres classes. Les classes de relations sont organis{é}es dans une hi{é}rarchie ayant une structure de treillis permettant de repr{é}senter la sp{é}cialisation, l'implication, la disjonction et la conjonction de relations. Nous avons choisi un treillis de Galois qui permet de mettre en {é}vidence le lien entre relations et conditions n{é}cessaires {à} la v{é}rification des relations sur l'image. Gr{â}ce {à} cette structure, nous avons propos{é} un algorithme de recherche de l'ensemble minimum des conditions qui permet de r{é}duire le nombre d'op{é}rations sur les images. Des algorithmes ont {é}t{é} aussi propos{é}s pour repr{é}senter les propri{é}t{é}s math{é}matiques des relations. Nous proposons d'ajouter au langage quatre facettes permettant de repr{é}senter la quantification des relations spatiales. Nous avons modifi{é} l'op{é}ration qui associe un mod{è}le {à} une entit{é} pour prendre en compte la quantification des relations dans la classification des structures spatiales. Le syst{è}me de reconnaissance a {é}t{é} implant{é} dans le langage \yafool et mis en \oe{}uvre sur des cartes de la r{é}gion Lorraine.

La dispersion est un trait d'histoire de vie qui joue un rôle majeur dans le fonctionnement des populations naturelles. Comprendre ce phénomène et son évolution est aujourd'hui déterminant pour la gestion des populations dans des écosystèmes de plus en plus anthropisés. Cette étude s'est attachée à caractériser la dispersion et ses déterminants chez le campagnol des champs, Microtus avalis, dans un paysage agricole de l'Ouest de la France. L'instabilité spatio-temporelle des agroécosystèmes et la démographie cyclique de ce petit rongeur colonial en font un modèle exceptionnel pour aborder cette problématique. La constitution d'une banque de marqueurs microsatellites nous a permis d'utiliser des approches de génétique des populations et de génétique paysagère. Une seule entité génétiquement homogène couvre les 500 km² du site d'étude et le patron d'isolement par la distance qui caractérise cette « population » indique que seule la distance limite le flux génique dans ce paysage. Les variations des patrons génétiques au cours des cycles reflètent l'instabilité de la balance entre dérive génétique et dispersion et montrent que le flux génique est positivement lié à la densité. Les patrons de dispersion, différents entre mâles et femelles (dispersion biaisée vers les mâles), suggèrent que la dispersion n'est pas déterminée par les mêmes causes évolutives selon le sexe. La colonisation par les femelles des habitats temporaire (les cultures annuelles), particulièrement massive lors des pullulations, permet la cohésion spatiale de la population. Sa cohésion génétique est assurée par les migrations répétées des mâles entre colonies pour la reproduction. Ce fonctionnement est rendu possible par l'extrême rapidité cycle de vie du campagnol des champs qui compense l'instabilité du paysage. L'intégration des différents résultats de cette étude dans un modèle de dispersion couplé à un modèle dynamique de paysage devrait permettre d'évaluer l'impact de l'évolution de l'agriculture sur cette espèce emblématique de la biodiversité de ces paysages.

Fondé sur le double constat de l'abandon des activités proto-industrielles des garrigues boisées et de l'introduction, quelque quarante années plus tard, de Quercus ilex L. en milieu urbain, ce travail de recherche révèle, grâce à l'analyse des politiques de gestion du patrimoine arboré de Montpellier (France), Firenze (Italie) et Valencia (Espagne), les dynamiques territoriales impliquées par l'évolution statutaire des arbres, et du chêne vert en particulier. Les nouvelles fonctions ornementales et culturelles qui sont attribuées à cette espèce, désormais argument et instrument du développement durable, s'associent, jusqu'à parfois les masquer, aux fonctions originelles, nourricières et forestières. Si l'arbre, révélateur des mutations territoriales successives, s'impose comme l'un des marqueurs privilégiés des paysages méditerranéens, le chêne vert s'inscrit quant à lui comme un élément moteur de nouvelles territorialités de la Méditerranée nord-occidentale.

L'Inde dispose d'un savoir ancien sur certaines techniques du corps qui sont revivifiées dans le monde contemporain. La mondialisation du yoga en témoigne. Le yoga devient une technique corporelle mondialisée qui est pratiquée dans un but thérapeutique, culturel, et/ou identitaire. Le yoga voit ainsi son corpus se modifier et être bricolé à des fins individuelles et collectives. Il devient un exemple nous invitant à nous interroger sur les modalités de la mise en réseau de certains individus à l'échelle mondiale, sur l'émergence de nouveaux modèles thérapeutiques et culturels.<br />Les multiples circulations du yoga dans le monde actuel influencent aussi la construction, la pratique et la perception de l'espace-monde. Le yoga prend place dans des lieux précis, construits ou réappropriés selon une interprétation inédite. La topogenèse qui s'opère nous porte alors à renouveler nos regards sur les paysages thérapeutiques, leur mondialisation et leur apport dans la pensée géographique.

Avant d'aborder un terrain nouveau, l'étudiant ou le chercheur découvre la région par le biais de lectures dont certaines lui donneront peut être une vision déformée de la situation. Ainsi, dans certains textes sur Madagascar, ses habitants, ses forêts ou son agriculture, nous avons retrouvé les mêmes discours sur la disparition de la forêt, l'érosion des sols et le cercle vicieux qui englobe la dégradation de l'environnement et la crise du développement.<br />Le tableau dressé par ces textes présente des forêts brûlées par des populations en accroissement rapide : les forêts tropicales humides de l'est de Madagascar qui regorgent de richesses naturelles partent en fumée, en particulier à cause des paysans pratiquant la riziculture sur brûlis (essartage). Cette activité consiste à défricher et à brûler une parcelle de forêt pour cultiver du riz pluvial pendant un ou deux ans, avant que le terrain soit abandonné et que l'agriculteur parte brûler ailleurs.<br />Les mêmes textes avancent que, dans un contexte de grande pauvreté, des agriculteurs de plus en plus nombreux ne survivent que par l'essartage. La pauvreté et l'incapacité des agriculteurs face à la situation gênent le développement d'alternatives à l'essartage, comme la riziculture irriguée. Avec la croissance démographique, les durées des jachères diminuent, les sols s'épuisent et l'érosion s'aggrave. Telle est la vision de la côte est de Madagascar propagée par certains écrits.<br />Notre découverte de la région de Mananara à Madagascar a bouleversé la vision à priori donnée par ces textes. Les collines n'étaient pas dénudées mais étaient couvertes par de grandes étendues d'arbres plantés (des girofliers et des caféiers). La transparence de l'eau des rivières dénotait un transport de sédiments et une érosion assez faibles. Outre les bas-fonds entièrement aménagés en rizières, des terrasses rizicoles étaient visibles sur les collines et des techniques originales de riziculture étaient appliquées. Leur présence contrastait nettement avec les discours sur l'absence d'alternatives à l'essartage.<br />Un autre fait marquant de l'observation de la région de Mananara est lié à la densité de population. Alors que l'accroissement démographique est considéré comme un fléau dans certains discours sur l'environnement, nous avons découvert que les zones les plus peuplées sont celles où les paysages ressemblent le moins aux visions catastrophiques.<br />Cette confrontation entre différentes lectures des paysages nous a conduit à vouloir étudier la dynamique du paysage. En supposant que la démographie joue un rôle dans la construction du paysage, une question émerge : quel est ce rôle ?<br />L'hypothèse est que les actions des agriculteurs, bâtisseurs du paysage, dépendent de la situation dans laquelle ils évoluent et qu'il existe des facteurs expliquant la construction du paysage. La situation économique locale, comme les prix des produits agricoles ou l'enclavement, a probablement une influence sur les paysages, de même que les politiques foncières ou forestières. Peut-on mettre en évidence des relations entre la construction du paysage et le contexte ? Plus généralement, quel est le rôle de la démographie et du contexte politique, économique ou social dans la dynamique environnementale ? Le contexte est défini comme l'ensemble des facteurs exogènes à un décideur qui influencent sa décision. Il comprend à la fois les facteurs exogènes à un groupe social qui influencent les décisions individuelles (les lois, les prix, le marché du travail,) et les facteurs qui régissent les interactions entre les individus au sein du groupe (les relations sociales, les règles d'actions collectives,).<br />A partir de cette observation de terrain et des interrogations qui l'ont suivie, une question spécifique de recherche s'est progressivement construite. Après un aperçu des théories relatives aux relations entre population et environnement, la formation de la question de recherche sera présentée. Elle concerne le rôle de la démographie et du contexte économique, politique ou social dans la construction des paysages ruraux et s'applique à la région de Mananara. Nous voulons montrer que l'évolution démographique est un moteur de la construction du paysage et que le contexte oriente cette construction.<br />L'application de la question de recherche au terrain a conduit au développement d'un itinéraire méthodologique à plusieurs échelles. Des résultats de terrain seront présentés. Enfin, une comparaison avec d'autres sites et une réflexion sur la méthode seront proposées.