Orientador : Laura Maria Mariscal Ottoboni / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-28T01:51:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Bergamo_RogerioFaria_M.pdf: 6051631 bytes, checksum: 9711522de3b435ba4b70b90f01650401 (MD5) Previous issue date: 2001 / Mestrado

FundaÃÃo Cearense de Apoio ao Desenvolvimento Cientifico e TecnolÃgico / Chromobacterium violaceum à classificada como uma β-proteobactÃria, saprÃfita, comumente encontrada em solo de regiÃes de clima tropical e subtropical, produz vÃrios metabÃlitos de grande interesse biotecnolÃgico, dentre eles, a violaceÃna. Este trabalho consiste numa caracterizaÃÃo fenotÃpica e genotÃpica de cinco cepas de Chromobacterium violaceum isolados nos MunicÃpios de TejussuÃca e BanabuiÃ, ambas, no Estado do CearÃ. A caracterizaÃÃo genotÃpica consistiu de sequenciamento da regiÃo rDNA 16S e anÃlises RFLP do gene recA. Para a caracterizaÃÃo fenotÃpica, foram realizados testes bioquÃmicos e susceptibilidade a antibiÃticos, a Ãleos essenciais de Lippia alba, bem como seus constituintes majoritÃrios. Com o sequenciamento, as cepas isoladas no estado do Cearà sÃo espÃcies de Chromobacterium violaceum. Por ser um gene conservado, o recA à utilizado como marcador molecular, fornecendo mais informaÃÃes na especificidade dos genoma bacterianos. Pela a anÃlise por RFLP, as cepas 1425, 1323, 2221 e a ATCC 12472 apresentaram trÃs fragmentos digeridos pela enzima, enquanto que as cepas 1221 e 1222 apresentaram dois fragmentos, indicando sequÃncias nucleotÃdicas diferentes para este gene conservado. As cincos cepas apresentaram caracterÃsticas fenotÃpicas iguais a Chromobacterium violaceum ATCC 12472, todas demonstraram ser resistentes a uma grande variedade de antibiÃticos β-lactÃmicos e mais susceptÃveis as fluorquinolonas. Este à o primeiro trabalho na literatura cientÃfica que trata da aÃÃo antimicrobiana dos Ãleos essenciais da Lippia alba sobre a Chromobacterium violaceum, e pelos resultados obtidos, os Ãleos essenciais exerceram aÃÃo bactericida sobre todas as cepas, sugerindo ser uma possÃvel alternativa de tratamento nos casos de doenÃa provocada pela Chromobacterium violaceum, que na maioria dos casos à confundida pela classe mÃdica com a melioidose provocada pela Burkholderia pseudomallei.

Orientador : Marcos Antonio Machado / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T09:17:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Caldana_Camila_M.pdf: 4777195 bytes, checksum: 3b75b91e6c97233cfc8bb424d04196d2 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Xy/ella fastidiosa é uma bactéria Gram-negativa, limitada ao xilema, responsável por doenças em culturas de grande importância econômica, como a clorose variegada dos citros no Brasil e a doença de Pierce em videira. Devido à colonização de micro ambientes específicos sujeitos a uma forte pressão, supõe-se que a bactéria possua mecanismos de agregação entre células e entre essas e a parede dos vasos colonizados. Tal interação pode estar associada com sua patogenicidade. Assim, este trabalho teve por objetivo a avaliação dos genes diferencialmente expressos de X. fastidiosa em resposta a uma condição de simulação de adesão in vitro, através da análise de "microarrays" e do padrão 2D-PAGE de proteínas. A estirpe 9a Sc foi cultivada nas seguintes condições: bactérias planctônicas (C) x bactérias crescidas em suspensão em meio com lâminas de lenho (S) e C x bactérias aderidas às lâminas de lenho (L). Foram realizadas curvas de crescimento para padronização da fase exponencial, determinada de 4 a 6 dias para C e S e de 6 a 8 dias para L. Para a análises de microarranjos, os experimentos C x S, não foram encontradas diferenças significativa na de expressão no conjunto de genes avaliados. Enquanto em C x L , foram encontrados genes do metabolismo intermediários e componentes estruturais, como os que codificam proteínas de membrana e de transporte. No padrão 2D-PAGE, não foi possível a extração de proteínas das células bacterianas aderidas às lâminas de lenho pela presença de contaminante. Na análise C x S, nós identificamos algumas proteínas diferencialmente expressas, duas proteínas de membrana e uma cisteína-protease, esta última em sua forma funcional, ou seja, sem a porção N-terminal, que parecem estar envolvidas na adesão em outros organismos. Os resultados indicaram novos genes e proteínas que podem estar envolvidas no processo inicial de adesão de X. fastidiosa / Abstract: Xy/ella fastidiosa is a gram-negative and xylem-limited bacterium, which is the causal agent of diseases of several important crops, such as the Citrus Variegated Chlorosis in Brazil and the Pierce's disease in grapevine. Due the colonization in environment under high pressure, it is believed that the bacterium presents mechanisms of aggregation among the cells and between the cells and the wall of the colonized vessels. This interaction appears to be associated with its pathogenicity. This work aimed the evaluation of differentially expressed genes of Xy/ella fastidiosa in response to an in vitro adhesion condition through microarrays and pattern of proteins in 2D-PAGE. The strain 9a5c was grown as a planldonic population (C), planktonic population in medium containing pieces of wood (5), and bacteria adhered to the wood (L). Growth curves were done in order to standardize the exponential growth phase, which was determined to be between 4 and 6 days for C and 5 and between 6 and 8 days for L. In the microarray analysis, 5 did not show any significant difference from C in the expression pattern of the pool of genes evaluated. On the other hand, in the experiment L versus C, we identified genes belonging to the intermediary metabolism and structural components like membrane and transport proteins. For 2D-PAGE, the extraction of proteins from cells adhered to the wood was not possible because of a contaminant present in the preparation. In the analysis of C versus 5, we identified some proteins differentially expressed, two membrane proteins and a cysteine protease without the N-terminal portion (functional form), which seem to be involved in adhesion in other organisms. The results uncovered new genes and proteins that could be involved in the initial process of adhesion of X. fastidiosa / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Biologia Funcional e Molecular

Orientador : Jorg Kobarg / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T23:46:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moraes_KarenCristianeMartinezde_D.pdf: 5254739 bytes, checksum: 0ad62e8da65f64eb496edbbea59a467f (MD5) Previous issue date: 2003 / Doutorado

Orientador : Gonçalo Amarante Guimarães Pereira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T11:37:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Faria_VictorGenu_M.pdf: 8695049 bytes, checksum: f7325aca5bdba7aa3cdaac798284d2ec (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: A expressão de genes da classe II (codificadores de proteínas) em organismos eucariotos é regulada de uma maneira altamente complexa, de modo a assegurar que genes específicos sejam adequadamente "ligados" ou "desligados" em resposta a estímulos ambientais (por exemplo, disponibilidade de nutrientes ou temperatura) ou a estágios do desenvolvimento do organismo (por exemplo, diferenciação em metazoários). De maneira geral, apenas os genes cujos produtos são requeridos em uma determinada condição são expressos, permanecendo aqueles "supérfluos" silenciados. Essa é uma forma comum de economia de energia, pois evita o dispêndio com a transcrição de genes que não são necessários de imediato. Um modelo interessante de estudos sobre regulação gênica em eucariotos é derivado do metabolismo de metanol (metabolismo C1) de leveduras metilotróficas, como Hansenula polymorpha (sinônimo: Pichia angusta). A utilização de metanol como fonte única de carbono e energia depende basicamente dos produtos de quatro genes (MOX, CAT, DAS, FMD) , que são fortemente reprimidos na presença de glicose e intensamente ativados quando as células entram em contato com metanol. Nesse trabalho, foram estudados diferentes aspectos da regulação do metabolismo C1, em especial, da expressão do gene MOX, codificador da primeira enzima dessa via metabólica, Metanol Oxidase (MOXp). Será descrita a existência de dois Pontos de Iniciação da Transcrição alternativos controlando a expressão do gene MOX em diferentes condições metabólicas, e também a dependência da atividade mitocondrial para a ativação gênica. Possíveis relações evolutivas desse processo com o metabolismo C1 serão apontadas. A dinâmica de posicionamento de nucleossomos em situações de repressão e indução também foi estudada e importantes implicações para a regulação gênica foram detectadas. Em uma busca por fatores adicionais que controlam a expressão de MOX, foram clonados fragmentos de genes homólogos a SW/2/SNF2 e SW/3, que codificam subunidades do complexo remodelador de cromatina SWI/SNF, envolvido com a ativação de uma série de genes regulados por glicose em Saccharomyces cerevisiae. Em H. polymorpha, mutações swi2 e swi3 levaram a deficiências na utilização de metanol (e de outras fontes de carbono) e também a uma redução drástica do nível de expressão normal de MOX. Finalmente, foi detectada a restauração da habilidade de células de H.polymorpha crescerem em galactose, como decorrência das mutações swi2 e swi3 introduzidas / Abstract: The expression of protein-coding genes in eukaryotic organisms is regulated in a highly orchestrated and elaborated fashion to ensure that specific genes are turned on and off in response to different environmental stimuli (e.g. food availability or temperature) or to temporal and developmental requirements (e.g. differentiation in metazoans). Generally, only the genes whose products are required under a certain circumstance are expressed, while those "unneeded" are kept silent. This is an ordinary way of saving energy, since it avoids useless wasting with the expression of genes unessential in a given metabolic situation. An interesting model for studies on eukaryotic gene regulation is derived from the methanol metabolism (C1 metabolism) of methylotrophic yeasts, as Hansenula polymorpha (synonym: Pichia angusta). The utilization of methanol as a sole carbon and energy source depends mainly of the products of four genes (MOX, CA T, DAS, FMD), which are strongly repressed by glucose and fully activated when the cells are grown in methanol. In this work, different issues on the regulation of C1 metabolism in H. polymorpha were studied, specially on the transcriptional regulation of the MOX gene encoding the first enzyme of this particular metabolic pathway, Methanol Oxidase (MOXp). It will be described the existence of two alternative Transcription Starting Points controlling MOX expression under different physiological conditions and also the dependence on mitochondrial activity for gene activation. Possible evolutionary implications of this process with C1 metabolism will be considered. The dynamics of nucleosome positioning on the MOX promoter under repressing and derepressíng conditions was also studied and important implications on gene regulation were detected. In a search for additional factors controlling the MOX gene expression in H. polymorpha, gene fragments homologous to the Saccharomyces cerevisiae SW/2ISNF2 and SW/3 genes encoding subunits of the SWI/SNF chromatin-remodeling complex were cloned. In H. po/ymorpha,swi2 and swi3 mutations led to a deficiency on the utilization of methanol (as of other carbon sources) and also to a drastic reduction of the normal levels of MOX expression on cells growing on methanol. At last, the restoration of the ability of H. po/ymorpha cells to grow on galactose was detected, as a consequence of the swi2 and swi3 mutations introduced. Possible evolutionary considerations and also the repressive role played by the SWI/SNF complex on the galactose utilization pathway in normal cells will be discussed. / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Biologia Funcional e Molecular

Orientadores: Maricilda Palandi de Mello, Laura Maria Mariscal Ottoboni / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T18:34:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Assmann_ElianaMaria_D.pdf: 6880566 bytes, checksum: ba97551fb74962986e52c8fef76dad11 (MD5) Previous issue date: 2003 / Doutorado

Orientador : Michael Georges Albert Vincentz / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T00:25:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Gauer_Luciane_D.pdf: 3550679 bytes, checksum: 87a2693a27d27965fcd3ac17128f8533 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: O locus Opaco-2 codifica um fator de regulação da transcrição do tipo bZIP que atua no controle coordenado do metabolismo do carbono, nitrogênio e da síntese das prolaminas de reserva durante o desenvolvimento da semente de milho. Prováveis proteínas ortólogas e várias bZIPs similares a OPACO-2 foram identificadas e parcialmente caracterizadas em outras monocotiledôneas. A análise filogenética de um grupo e não redundante de bZIPs de plantas, incluindo os quatros genes de A. thaliana, Bzo2h1, Bzo2h2, Bzo2h3 e Bzo2h4, permitiu identificar um grupo de 20 proteínas homólogas à proteína O2, denominada de família O2. Bzo2h2 é um gene único que provavelmente representa uma função comum a monocotiledôneas e dicotiledôneas. Genes quiméricos a fim de promover o silenciamento gênico ou a superexpressão de Bzo2h2, assim como fusões traducionais da seqüência promotora desse gene com o gene marcador gusA foram introduzidos em A. thaliana. Um mutante nulo para Bzo2h2 também foi obtido a partir de um banco de mutantes de inserção de T-DNA. Bzo2h2 encontra-se expresso nos feixes vasculares, mais especificamente no floema de cotilédones, folhas, hipocótilo, raízes, flores e vagens. A localização in situ da presença do mRNA para Bzo2h2 através da técnica de hibridação in situ permitiu confirmar os resultados obtidos através da avaliação da atividade de GUS. Uma análise detalhada do padrão de expressão de Bzo2h2 ao longo do desenvolvimento revelou que a atividade de GUS já se encontra presente no procâmbio no estágio de maturação do embrião, indicando que mesmo antes de haver a diferenciação de xilema e floema, o gene Bzo2h2 já se encontra expresso, caracterizando assim um marcador de diferenciação do floema. A expressão específica de Bzo2h2 no floema sugere um possível envolvimento deste gene em algum aspecto da diferenciação deste tecido, já que ele se encontra expresso no procâmbio e no ápice de raízes, regiões onde o xilema e o floema ainda não se diferenciaram. Entretanto, análises histológicas da anatomia do feixe vascular de plantas superexpressando Bzo2h2 e do mutante nulo bzo2h2-1 não revelaram diferenças na organização e na estrutura do tecido vascular em relação a plantas selvagens. A ausência de fenótipo diferencial nas plantas silenciando Bzo2h2 e no mutante nulo bzo2h2-1 pode estar relacionada com o fato de que as condições testadas não permitiram evidenciar o processo no qual Bzo2h2 está envolvido, ou que as modificações são sutis e consequentemente de difícil percepção, ou ainda que algum grau de redundância funcional pode estar mascarando os efeitos das mutações em Bzo2h2. Juntos, os resultados levam à identificação de um gene que se mantém expresso ao longo de praticamente todos os estágios do desenvolvimento, exceto nos primeiros estágios embrionários, em todos os órgãos; e que parece não responder aos principais reguladores do crescimento e desenvolvimento, como fitohormônios, açúcares e estresses abióticos, como estresse osmótico, ausência de luz e baixa temperatura / Abstract: Opaque-2 (O2) is an important regulatory locus of maize seed endosperm development. O2 is involved in coordinated regulation of storage protein synthesis, nitrogen and carbon metabolism in developing seeds. O2 homologous genes were identified in both monocots and dicots, but probable O2 orthologous were only described in monocots. Phylogenetic analysis of a possible complete and nonredundant collection of angiosperm bZIP factors, including the four genes of A. thaliana, Bzo2h1, Bzo2h2, Bzo2h3 and Bzo2h4, resulted in the identification of 20 angiosperm O2 homologues that define the O2 gene family. Bzo2h2 is a unique gene which represents an ancestral function. Construction containing the cDNA in sense orientation under the control of a strong promoter was obtained for overexpressing Bzo2h2. Quimeric gene aimed at inducing gene silencing through RNA interference mechanism was also constructed. In addition, a construction with the promoter sequence of this gene fused to the reporter gene (gusA) was made, in order to define the expression pattern of Bzo2h2. Knockout mutant of Bzo2h2 was obtained. GUS activity analysis revealed that Bzo2h2 is expressed in vascular tissues of cotyledons, leaves, hypocotyl, primary and lateral roots, flowers and siliques. Cross sections of roots and leaves revealed that its expression is specific of the phloem. In situ hybridization analysis confirmed the previous results. GUS activity also revealed that Bzo2h2 expression is present in the procambial cells during the embryo maturation stage. In this stage the xylem and phloem are not differentiated yet. This suggests that the Bzo2h2 gene may be involved in the differentiation of this tissue. Cross sections of roots and leaves of overexpressing Bzo2h2 and Knockout Bzo2h2 mutant plants revealed that vascular tissue organization and structure was not altered when compared to the wild type plants. The lack of visible phenotypes in knockout mutant and overexpression plants could be attributed to functional redundancy or inability to detect weak phenotipic changes. We have identified a gene that express through the whole life cycle of plant, except in the early embryogenesis, in all organs and doesn¿t respond to the growth regulators such as phytohormones, sucrose and abiotic stress (osmotic stress), darkness and low temperature / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Orientadores : Tomomasa Yano, Wanderley Dias da Silveira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-14T02:12:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Moretti_PauloEduardo_M.pdf: 9312696 bytes, checksum: 91414680154b672a18d44b212f511c95 (MD5) Previous issue date: 1992 / Mestrado / Genetica de Microorganismos / Mestre em Ciências Biológicas

Orientador: Herculano Penna Medina Filho / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T15:01:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Orsi_CintiaHotta_M.pdf: 7025269 bytes, checksum: a62f1a619d719384ad24501990040cdd (MD5) Previous issue date: 2003 / Mestrado

Orientador : Renato Bonatelli Junior / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-16T02:53:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Calil_MariaRegina_M.pdf: 2294035 bytes, checksum: a6138531260d06d1d71370f1aca6dc26 (MD5) Previous issue date: 1988 / Resumo: Este trabalho teve por objetivo o isolamento e análise genética de mutantes com aumento na produção da enzima amiloglicosidase (AG) na linhagem pab1fwn1de Aspergillus niger. O agente mutagênico utilizado foi a luz ultravioleta, que se mostrou eficaz na indução destes tipos de mutantes, os quais puderam ser isolados após modificação na metodologia utilizada por VALENT (1985). Os quatro mutantes selecionados exibiram cerca de 30% de aumento na produção, sendo esta diferença significativa nos vários testes realizados. Testes usando inibidor específico para AG, revelaram que o aumento observado na produção, pode ser atribuído principalmente à amiloglicosidase. A denominação escolhida para os mutantes foi hap, a qual significa high amyloglucosidase production. Os mutantes hap isolados - hap112, hap147, hap169 e hap252 - foram cruzados com a linhagem nic1olv3, que apresenta produção normal e marcas compatíveis, para obtenção de diplóides. Os diplóides foram ensaiados quanto a produção da enzima, visando estabelecer o tipo de interação alélica dos genes hap. Os resultados mostraram que a marca de produção de AG presente em três mutantes parece ser recessiva hap112, hap 147 e hap169) e em um mutante parece ser semi-dominante (hap252). Visando o mapeamento dos genes hap, foram isolados segregantes destes diplóides e, após ensaios para verificar a produção de enzima e a caracterização das marcas auxotróficas, pode ser sugerido que os genes hap147 e hap169 estão no grupo de ligação 1; o gene hapC112 não pode ser mapeado e, no mutante hap252 foi observado que a característica de maior produção pode ser atribuída a duas mutações não alélicas e localizadas em dois grupos de ligação como se segue: hapA252 no grupo de ligação I e hapB252 no grupo de ligação lI / Abstract: The aim of this work was the isolation and genetical analysis of mutants with increased amyloglucosidase production using the pab1fwn1 strain of Aspergillus Niger. The mutagenic used was ultraviolet light that showed efficiency in the induction of this type of mutant, which could be isolated after some modifications in the methodology used by VALENT (1985). Four mutants were selected with an increase of about 30% in production, being this difference significant in several tests realized. Tests using AG specific inhibitor revealed that the observed increase in production can be atributed mainly to amyloglucosidase. The chosen denomination for the mutants was hap which stands for high amyloglucosidase production. The hap mutants isolated - hap112, hap147, hap169 and hap252 were crossed with nic1olv3 strain that shows normal production and compatible markers for diploids isolation. These diploids were assayed for enzyme production, aiming to establish the type of allelic interaction. The results showed that the AG production markers present in three mutants could be recessive (hap112, hap147 and _ap169) and in a other mutant could be semi-dorninant (hap252). In order to map the hap genes, segregants of these diploids were isolated and, after assays to examine enzyme production and auxotrofic markers it can be suggested that the genes hap147 and _ap169 are jn the linkage group 1; the gene hap C112 could not be mapped and the hap 252 characteristic can be atributed to two non aIlelic genes located jn two linkage groups as follows: hapA252 jn the linkage group I and hapR252 in the linkage group lI / Mestrado / Mestre em Ciências Biológicas