Made available in DSpace on 2016-05-17T16:51:53Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-11-30. Added 1 bitstream(s) on 2016-05-17T16:55:50Z : No. of bitstreams: 1 000863115.pdf: 1460438 bytes, checksum: e83408ca558426e55907a44e2bbcee1b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Entre os diferentes ambientes da Mata Atlântica as áreas de maior altitude são o hábitat de algumas espécies endêmicas de anfíbios anuros. Tais espécies podem fornecer evidências para testar a hipótese de que os ambientes montanhosos e acidentados propiciam barreiras à dispersão, fazendo com que cada população, passando por processos independentes de evolução, sofra especiação. Ischnocnema holti encontra-se em áreas de altitude da Mata Atlântica e trabalhos anteriores revelaram que há divergência genética entre os espécimes de diferentes localidades, havendo confusão de identificação com Ischnocnema lactea. Os objetivos deste estudo foram caracterizar geograficamente a diversidade genética de I. holti; discutir a existência de possíveis novas espécies neste complexo e inferir os processos históricos envolvidos em sua diversificação. Para inferir as relações filogenéticas, utilizamos dados de sequências de dois genes de DNA mitocondrial e quatro genes nucleares juntamente com Inferência Bayesiana e Máxima Verossimilhança. Estimamos tempos de divergência (TMRCA) e também utilizamos a análise de agrupamento Bayesiano. Finalmente, nós modelamos o complexo sob condições atuais e passadas. Os resultados deste trabalho indicam que as populações de I. holti e I. lactea formam um complexo de espécies distribuídas nos topos das montanhas da Mata Atlântica do Sudeste do Brasil. Nós encontramos seis clados bem suportados pelos marcadores mitocondriais e nucleares (ainda que com pequenas variações) e geneticamente bem divergentes, porém não foi possível resolver a relação entre os mesmos. As modelagens sugerem que as populações deste complexo permaneceram restritas as regiões de altitude pelo menos desde o Último Interglacial (120 mil anos atrás), ainda que possam ter tido uma pequena expansão de habitat no último Máximo Glacial. A datação da... / Among the different environments of the Atlantic forest, the high altitude areas are habitat for some endemic species of amphibians. Such species can provide evidence to test the hypothesis that mountainous environments provide barriers to the dispersion. Thus, each population can evolve independently, suffering speciation. Ischnocnema holti is found in high altitude areas of the Atlantic forest. Previous papers have shown that there is genetic divergence between samples from different locations and that there is misidentification with Ischnocnema lactea. The aims of this study were to characterize geographically the genetic diversity of Ischnocnema holti, to discuss the existence of possible new species in this complex, and to infer the historical processes involved in the diversification of Ischnocnema holti. We infer phylogenetic relationships using DNA sequence data from two mitochondrial and four nuclear genes coupled with Bayesian and Maximum Likelihood reconstructions.We estimated divergence times (tMRCA) and also used Bayesian clustering analysis. Finally, we modelled the location of suitable climate for the complex species under present-day conditions and paleoclimates (SDMs). These results indicate that populations of I. holti and I. lactea form a complex of species distributed in the tops of the mountains of the Atlantic Forest of southeastern Brazil. We found six clades supported by mitochondrial and nuclear markers (even with minor variations) and genetically divergent, however we could not resolve the relationship between them. The modeling suggests that the populations of this complex remained restricted regions of altitude at least since the Last Interglacial (LIG), although they may have had a small habitat expansion in the last Glacial Maximum. The dating of the separation of lineages also suggests an older isolation, and the separation would have occurred between 7 and 11 million years... / FAPESP: 2013/22702-7

Orientador: Rosangela Zacarias Machado / Banca: Marta Maria Geraldes Teixeira / Banca: Cláudio Lisias Mafra de Siqueira / Banca: Marcos Rogério André / Banca: Jesus Aparecido Ferro / Resumo: A babesiose é uma doença infecciosa economicamente importante que afeta o gado bovino em todo o mundo, endêmica e importante causa de morbidade e mortalidade em bovinos no Brasil. A doença é causada por Babesia bigemina e B. bovis, protozoários parasitas intraeritrocíticos do filo Apicomplexa, agentes de enorme importância econômica em regiões tropicais e subtropicais. Merozoitos de B. bovis possuem em sua superfície, pelo menos, cinco glico-proteínas, que pertencem à família de antígenos variáveis de superfície do merozoíto (VMSA). A família VMSA de B. bovis inclui os genes msa-1, msa-2a1, msa-2a2, msa-2b e msa-2c. Estes antígenos são altamente imunogênicos e contêm epítopos sensíveis à neutralização e, por conseguinte, têm sido considerados como antígenos candidatos para o desenvolvimento de vacinas de subunidades contra B. bovis. No entanto, estes antígenos de superfície são geneticamente diversificados entre diferentes isolados de B. bovis, O que resulta em diferenças antigénicas entre vários isolados de B. bovis. A fim de avaliar a resposta imune humoral contra B. bovis e a diversidade genética de antígenos de superfície de merozoítos de B. bovis, amostras de soro e DNA de sangue de 30 bezerras, sendo 15 da Fazenda Pesagro, Seropédica, Rio de Janeiro, e outras 15 da Fazenda Germânia, Taiaçu, São Paulo, foram obtidas trimestralmente, desde o nascimento até aos 12 meses de idade. Os Anticorpos IgG para B. bovis foram detectados pelos testes de Imunofluorescência Indireta (... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Babesiosis, an economically important infectious disease that affects cattle worldwide, is endemic and important cause of morbidity and mortality of cattle in Brazil. The disease is caused by Babesia bigemina and B. bovis, apicomplexan intraerythrocytic protozoa parasites, which are agents of huge economic importance in tropical and subtropical regions. B. bovis merozoites present at least five (glyco-) proteins on their surfaces, which belong to a family of variable merozoite surface antigens (VMSA). The members of the VMSA family consist of merozoite surface antigen msa-1, msa-2a1, msa-2a2, msa-2b, and msa-2c. These antigens are highly immunogenic and contain neutralization-sensitive epitopes, and therefore have been considered as candidate antigens for developing subunit vaccines against B. bovis. However, these surface antigens are genetically diverse among different isolates of B. bovis, which results in antigenic differences among various B. bovis isolates. In order to evaluate the humoral immune response against B. bovis and genetic diversity of merozoite surface antigens of B. bovis, serum and DNA blood samples of 30 dairy calves, 15 from Seropedica, state of Rio de Janeiro, and the other 15 from a herd located in Taiaçu, state of São Paulo were obtained quarterly, since the birth up to 12 months of age. IgG antibodies to B. bovis were detected by Indirect Fluorescent Antibody Test (IFAT) and Enzyme-Linked Immunoadsorbent Assay (ELISA) tests. Polymerase Chain Reaction... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientador: Raoul Henry / Resumo: A escassez de água tornou-se um problema relevante devido ao rápido crescimento populacional associado às ações antrópicas em todo o mundo. No entanto, estudos que abordam a influência das ações antrópicas e da sazonalidade em diferentes aspectos como qualidade de água, usos dos solos e fauna bentônica em cursos de água periurbanos ainda são escassos. O monitoramento de estações a montante e a jusante são importantes para identificar pressões pontuais sobre o curso de água. Diante deste cenário, estudos de avaliação ambiental são necessários visando estratégias para gerenciamento e conservação desses recursos. Este trabalho teve como objetivo avaliar a qualidade ambiental (entorno, água e fauna) em diferentes escalas espaciais e temporais de cursos de água periurbanos localizados no município de Angatuba (SP). As coletas foram realizadas em dois pontos de amostragem situados em áreas a montante (próximas às nascentes) e a jusante da rede de drenagem urbana. A sazonalidade e categorias dos usos do solo afetaram de maneira diferente os locais estudados contribuindo para as mudanças na qualidade da água e distribuição dos macroinvertebrados bentônicos nas diferentes escalas. A maioria das variáveis medidas a montante mostrou baixa variação sem padrão sazonal definido. Maior amplitude de variação foi observada para as variáveis medidas a jusante, com valores elevados durante todo o ano. A abundância dos invertebrados aumentou no final do período de estiagem a jusante e diminuiu o... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Made available in DSpace on 2015-12-06T22:55:11Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Programa de Apoio a Núcleos de Excelência (PRONEX) / O perfil de resistência a antimicrobianos e análise da diversidade genética foi analisado em 32 amostras de Escherichia coli produtoras de toxina Shiga (STEC) isoladas de infecção humana (n = 21) e das fezes de bovinos saudáveis (n = 11) e em 12 amostras de E. coli de origem humana isoladas de sítios extraintestinais, exceto uma delas isolada de diarréia. As amostras foram isoladas no Estado de São Paulo. Multiresistência (resistência a ≥3 grupos de antimicrobianos) foi observada tanto nas amostras de STEC (21/32 - 65,6%) como nas demais E. coli estudadas (8/12 - 66.7%). As amostras de STEC foram resistentes à tetraciclina (100%), seguida à estreptomicina (78,1%) e trimetoprim-sulfametoxazol (56,2%). Onze amostras de STEC resistentes a ampicilina carreavam a enzima β-lactamase TEM (blaTEM) e foram sensíveis a todas as cefalosporinas e quinolonas analisadas. As amostras de E. coli associadas a infecções intestinais e extraintestinais foram resistentes a um maior número de grupos de antimicrobianos. Foi observado resistência à estreptomicina (91,7%), tetraciclina (75%) e trimetoprim-sulfametoxazol (66,7%). Resistência à ampicilina (58,3%) foi também identificada. Três amostras de E. coli mostraram resistência a cefalosporinas de terceira geração, uma delas isolada de infecção intestinal carreava blaCTX-M-14 e blaTEM-1 e outra amostra isolada de secreção traqueal carreava blaCTX-M-15 e blaOXA-1. Cinco das 12 amostras de E. coli mostraram resistência à quinolonas. O gene da integrase associada ao integron classe 1 (intI1) foi encontrado em 6 (28,6%) das 21 amostras de STEC isoladas de humanos pertencentes ao sorogrupo O111 e em uma amostra isolada de bovino (9,1%) pertencente ao sorogrupo O118. Oito das 12 amostras de E. coli associadas a infecções intestinais e extraintestinais apresentaram intI1 e pertenciam a vários sorotipos. As amostras intI1 positivas carreavam plasmídeos com uma diversidade de tamanho, mas perfil plasmidial similar foi observado em algumas delas. O ensaio de hibridização indicou que intl1 estava localizado em plasmídeos em 5 das 7 amostras de STEC e em 6 das 8 demais amostras de E. coli. Análise dos integrons por PCR-RFLP revelou perfil idêntico em 4 amostras de STEC e em uma E. coli extraintestinal. Esses integrons tinham tamanho uniforme e continham o cassete gênico aadA1. O agrupamento filogenético mostrou que a maioria das amostras de STEC pertencia ao grupo B1, enquanto os grupos A, B2 e D foram observados entre as demais amostras de E. coli em 33,3%, respectivamente. Quatro amostras de E. coli isoladas de infecções extraintestinais foram denominadas como típicas E. coli patogênicas extraintestinais (ExPEC). Entre as 44 amostras de E. coli estudadas 54,5% apresentaram serino-proteases autotransportadoras (SPATE). A toxina vacuolizante Vat foi identificada somente em 3 das 12 E. coli associadas a infecções intestinais e extraintestinais, e essas amostras apresentaram fímbria tipo 1, fator necrosante citotóxico, Alfa hemolisina e a adesina de membrana externa, Iha (100%, 8,3%, 8,3% e 25%, respectivamente). A tipagem por PFGE das amostras de STEC O111 e O118 mostrou uma diversidade de perfis, mas a maioria das amostras foi agrupada em um mesmo grupo (80% a 97% de similaridade). Por outro lado, a tipagem molecular confirmou que a maioria das amostras de E. coli associadas a infecções intestinais e extraintestinais era epidemiologicamente não relacionada (similaridade genética ≥80%), exceto 2 amostras de E. coli isoladas do mesmo paciente, no mesmo dia, e que apresentaram padrões de PFGE com similaridade de 93,3%. Os plasmídeos das amostras de E. coli associadas a infecções intestinais e extraintestinais carreando genes de resistência e/ou virulência, acarretaram um custo biológico de pequeno a neutro por geração, quando inseridos às amostras laboratoriais de E. coli. Em conclusão, apesar da aquisição de genes ter interferido pouco na capacidade das amostras de E. coli laboratoriais em se multiplicarem e consequentemente se disseminarem, a presença de integrons e de outros elementos genéticos móveis tanto em amostras de STEC como entre as amostras de E. coli extraintestinais é preocupante, principalmente em relação as amostras de E. coli extraintestinais considerando a provável aquisição de resistência a outros antimicrobianos, como recentemente descrito aos carbapenens. / Phenotypic and genotypic characterization of resistance to antimicrobials and genetic diversity were analyzed in 32 Shiga Toxin-Producing Escherichia coli (STEC) strains isolated from human infections (n = 21) and cattle feces (n = 11), and 12 human extraintestinal E. coli strains, except one isolated from diarrhea. The E. coli strains were isolated in Sao Paulo State. Multiresistance (resistance to ≥3 antimicrobial groups) was observed in both STEC (21/32 – 65.6%) and ExPEC strains (8/12 - 66.7%). The STEC strains were resistant to tetracycline (100%) followed by streptomycin (78.1%) and trimethoprimsulfamethoxazole (56.2%). The eleven STEC strains resistant to ampicilin possessed β-lactamase TEM (blaTEM) enzyme and all strains were susceptible to third-generation cephalosporins, and also to quinolones. On the other hand, E. coli strains associated with intestinal and extraintestinal infections were resistant to a larger number of antimicrobial groups than STEC. Resistance was observed to streptomycin (91.7%), tetracycline (75%) and trimethoprimsulfamethoxazole (66.7%). Resistance to ampicillin (58.3%) was also identified. Three E. coli strains were non-susceptible to third-generation cephalosporins, one isolated from diarrhea carried blaCTX-M-14 and blaTEM-1 whereas other, isolated from tracheal secretion, carried blaCTX-M-15 and blaOXA-1. Five of the 12 E. coli strains showed resistance to quinolones. Integrase associated with class 1 integron (intI1) was detected in six (28.6%) of the 21 human STEC strains belonging to O111 serogroup and in one (9.1%) bovine strain belonging to O118 serogroup. Eight of the 12 E. coli strains associated with intestinal and extraintestinal infections presented intI1 and belonged to various serotypes. The intI1-positive isolates carried plasmids showing a diversity of sizes, but similar plasmid profiles were observed in some strains. Southern blot hybridization assay with intI1-specific probe indicated that intl1 was located on plasmids in five out of the seven STEC strains and in six out of the eight E. coli strains. Analysis of integrons by PCR-RFLP revealed identical profiles in 4 STEC strains and in one extraintestinal E. coli strain. These integrons had a uniform size and contained a single gene cassette aadA1. The phylogenetic grouping showed that most of the STEC strains belonged to B1 group, while groups A, B2 and D (33.3%), respectively were observed among the other E. coli isolates. Four E. coli strains isolated from extraintestinal infection were classified as typical extraintestinal pathogenic E. coli (ExPEC). Among 44 E. coli strains studied, 54.5% presented the Spate protease autotransporter. The Vat vacuolating toxin was identified only in 3 of the 12 E. coli strains associated with intestinal and extraintestinal infections, and these strains presented type-1 fimbriae, cytotoxic nectrotizing factor, alpha-hemolysin and the IrgA homologue adhesin, Iha (100%, 8.3%, 8.3% e 25%, respectively). PFGE analysis of O111 and O118 STEC strains showed a diversity of profiles, but most of the strains were grouped in the same cluster (80% to 97% of similarity). On the other hand, PFGE analysis revealed that most E. coli strains associated with intestinal and extraintestinal infections were epidemiologically unrelated, and were not grouped in any cluster with significant similarity (≥80%), except 2 E. coli strains, isolated at the same day from the same patient, and that presented PFGE patterns with similarity of 93.3%. The plasmids of the E. coli strains associated with intestinal and extraintestinal infections carrying resistance and/or virulence genes, resulted in a low or neutral biological cost per generation, when inserted into laboratory E. coli strains. In conclusion, despite the acquisition of genes has shown a low interference in the ability of laboratory E. coli strains to grow and consequently to spread, the presence of integrons and other mobile genetic elements in both STEC and E. coli associated with extraintestinal infections is worrisome, mainly in relation to extraintestinal E. coli strains considering the probable acquisition of resistance to other antimicrobials, as recently reported to carbapenems. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:05:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / O Vírus da Imunodeficiência Humana (HIV) exibe uma enorme variabilidade genética. Tal característica é criticamente importante para que o vírus possa se adaptar às mudanças ambientais e escapar ao sistema imune do hospedeiro, desenvolver resistência à drogas e impedir o sucesso de eventuais vacinas. Portanto, entender esta diversidade é fundamental para se desenvolver vacinas e drogas eficientes, extremamente necessárias para se conter a epidemia de HIV/AIDS. Neste estudo, nós investigamos a magnitude da diversidade das principais variantes de HIV-1 circulante no Brasil, através de seqüênciamento e análise de genoma completo. O DNA foi extraído de 22 amostras previamente classificadas em nosso laboratório como sendo 6 subtipos B, 8 subtipos C e 8 subtipos F, com base no seqüênciamento de pequenos amplicons. A reamplificação do DNA destas amostras foi realizada por PCR de fragmentos sobrepostos, seguido por seqüênciamento direto. Duas de seis amostras identificadas parcialmente como subtipo B e seis de oito amostras identificadas parcialmente como subtipo F foram então caracterizadas como BF recombinantes pela análise de seus genomas completos. Todas as 8 amostras previamente classificadas como subtipo C apresentaram-se como cepas não recombinantes através da análise de genoma completo. Dois recombinantes BF possuem estrutura de recombinação genômica idêntica, porém diferente da cepa Argentina CRF 12_BF, e provavelmente representam uma nova forma recombinante circulante no Brasil. As análises das seqüências dos subtipos C e F revelaram uma linhagem distinta altamente suportada pela filogenia, cada qual correspondendo a sua cepa de referência brasileira. Nossos dados indicam fortemente que a atual epidemia Brasileira de HIV-1 com as cepas dos subtipos C e F foi introduzida no país por um único evento, e não por fontes múltiplas. Além disso, a evidencia da recombinação BF obtida pela análise do genoma completo do HIV, indica uma disseminação dos recombinantes BF em nossa população de infectados pelo HIV-1 que pode representar força significativa na evolução do vírus. / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Raquel Mantuaneli Scarel Caminaga / Banca: Joyce Aparecida Martins Lopes Ferraz / Resumo: O DNA mitocondrial é uma molécula circular, dupla fita, que se encontra na mitocôndria, uma organela responsável pela respiração e produção de energia da célula. Este DNA é herdado exclusivamente por via materna e possui polimorfismos que permitem diferenciar indivíduos, auxiliando nas investigações forenses e corroborando com outros exames de identificação humana. Devido à possibilidade de compatibilidade deste DNA entre indivíduos não relacionados por via materna, é necessário estimar as frequências haplotípicas utilizando bancos de dados populacionais. Com a finalidade de se compilar e avaliar a utilização do DNA mitocondrial no Brasil realizou-se um estudo sobre os haplótipos depositados no banco de dados do European DNA Profiling Mitochondrial DNA Population Database (EMPOP) e acessando artigos científicos sobre dados de populações brasileiras, observando os países participantes e seus respectivos dados depositados. Na avaliação dos dados do EMPOP, a América do Norte foi o continente com maior número de haplótipos depositados no banco, principalmente pela participação dos Estados Unidos. A América do Sul contém 3172 haplótipos, sendo 782 desse total correspondentes ao Brasil. Esses números parecem insuficientes para representar a população grande e miscigenada do país. Na literatura, encontrou-se um total de 2367 haplótipos, os quais foram organizados por haplogrupos e as regiões brasileiras correspondentes: Sudeste e Nordeste apresentaram-se similares, com predomínio de... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Mitochondrial DNA is a circular and double-stranded molecule found in the mitochondria, an organelle responsible for breathing and energy production of the cell. This DNA is exclusively inherited through maternal and has polymorphisms that allow differentiating individuals, it assists in forensic investigations and corroborates with other tests of human identification. Due to the possibility of compatibility of this DNA between unrelated individuals, it is necessary to estimate the haplotype frequencies through population databases. In order to compile and evaluate the use of mitochondrial DNA in Brazil, a study was carried out about the haplotypes deposited in the European DNA Profiling Mitochondrial DNA Population Database (EMPOP), and acessing scientific articles with data from Brazilian populations, verifying participating countries and their respective deposited data. In the evaluation of EMPOP data, North America was the continent with the highest number of data deposited in the bank, mainly by the participation of the United States. South America contains 3172 haplotypes, 782 of which correspond to Brazil. These numbers seem insufficient to represent the large and mixed population of this country. In the literature, a total of 2367 haplotypes were found, which were organized by haplogroups and the corresponding Brazilian regions: the Southeast and Northeast were similar, with predominance of African ancestry (44%), while the South had a predominantly European origin (6... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Agrárias. Programa de Pós-Graduação em Recursos Genéticos Vegetais. / Made available in DSpace on 2012-10-23T23:49:24Z (GMT). No. of bitstreams: 1 266108.pdf: 1100689 bytes, checksum: ffb6636cc149e7ac3f02fcdde1226fc1 (MD5) / O processo de exploração da araucária no Sul do Brasil, reduziu drasticamente as populações naturais da espécie, produzindo uma situação de ameaça e risco de extinção. Hoje à espécie encontra-se na "Red List da IUCN (The World Conservation Union) e na Lista Oficial de Espécies da Flora Brasileira Ameaçada de Extinção do IBAMA, através da Portaria N° 37-N, de 03 de abril de 1992, em ambas as listas na categoria vulnerável. Neste sentido a Floresta Nacional de Três Barras representa uma área de grande relevância para estudos de diversidade genética, pois na década de 50 foram feitos plantios com sementes de diferentes origens. Devido ao processo histórico de exploração da espécie estas procedências provavelmente representem uma diversidade que hoje não exista mais em populações naturais. Assim o conjunto de populações (nativa e plantada) presente na FLONA pode representar a maior diversidade genética da espécie em unidades de conservação no Brasil. Assim, o presente trabalho teve como objetivo principal, caracterizar a diversidade genética e a estrutura populacional em plantios e populações naturais de Araucaria angustifolia, visando estabelecer estratégias de conservação e manejo da espécie e identificar áreas para a produção de sementes. Para a execução do trabalho foram avaliados, na FLONA de Três Barras (Canoinhas, SC), três plantios de diferentes origens, Anita Garibaldi, Canoinhas e Curitibanos e uma população nativa. Para os levantamentos dendrométricos foram implantadas três parcelas de 40 x 40m em cada área, e mensuradas as alturas e o diâmetros a altura do peito de todas as plantas. Para a caracterização genética foram coletadas amostras foliares de 50 indivíduos adultos e 50 jovens, as coletas respeitaram a distância mínima de 50 metros entre plantas. Também foram coletadas no mínimo três pinhas de dez matrizes visando a caracterização genética de progênies para a obtenção de estimativas das taxas de cruzamento. O material procedente de Anita Garibaldi apresentou a maior densidade (415 plantas/ha), seguido por Canoinhas, Curitibanos e Mata Nativa com 392, 332 e 175 plantas/ha respectivamente. As maiores alturas e diâmetros foram encontrados na Mata Nativa, seguida por Anita Garibaldi, Curitibanos e Canoinhas. As frequências alélicas mostraram a existência de alelos em baixa frequência e alelos exclusivos. Quando analisados 17 locos alozímicos, apenas para adultos e jovens, a média da heterozigosidade esperada para adultos foi 0,133, já para a heterozigosidade observada este valor foi 0,074, gerando um índice de fixação alto e positivo (0,444). Já para os jovens, a heterozigosidade esperada foi 0,127 e a heterozigosidade observada foi 0,081, gerando um índice de fixação de 0,362, um pouco menor que dos adultos. Nas progênies foram passíveis de interpretação somente 10 locos. Para efeitos comparativos foram reanalizados os indivíduos adultos e jovens com 10 locos. Os valores das heterozigosidades esperadas para adultos, jovens e progênies foram 0,099, 0,094 e 0,098 respectivamente, para a heterozigosidade observada os valores foram 0,075, 0,089 e 0,111, para adultos, jovens e progênies. Estes valores geram índices de fixação diferenciados; para adultos, o índice aproxima-se de irmãos completos (0,244), para jovens, o valor foi levemente positivo (0,053), já para as progênies o valor foi negativo (-0,137), apresentando um excesso de heterozigotos. As estatísticas F de Wright para os adultos, jovens e progênies dentro de populações ( ) foram 0,435, 0,364 e -0,142, para o conjunto de populações ( ) foram 0,603, 0,437 e 0,014 e a divergência genética entre populações ( ) foram 0,293, 0,115 e -0,003 respectivamente. Para as progênies a divergência genética entre famílias ( ) foi de 0,137. As taxas de cruzamento cálculadas para Canoinhas, Anita Garibaldi e Mata Nativa foram de 0,981, 0,974 e 1,049 respectivamente, estes dados são esperados para uma espécie dióica. Como a intensão inicial destes plantios era a produção de madeira, estes foram implantados em uma alta densidade, fator importante para a produção de sementes, pois aumenta a competição entre os indivíduos e provavelmente diminui a produtividade de sementes das áreas. Estes plantios apresentam alta diversidade genética, além dos alelos exclusivos da FLONA de Três Barras. Os índices de diversidade são compativeis com outros trabalhos, porém os índices de fixação são altos para uma espécie dióica. Quando comparados os índices de fixação entre adultos, jovens e progênies, nota-se uma diminuição nos valores no sentido adultos progênies. Esta diminuição é reflexo da perda de heterozigotos na passagem de progênies para jovens e de jovens para adultos. Estes resultados levantam um questionamento sobre o assunto: o que ocorre na passagem de progênies para adultos, para que tenha uma perda de heterozigotos? As taxas de cruzamento encontradas foram compatíveis com uma espécie dióica. O número de árvores matrizes necessários para reter o tamanho efetivo de referência foi estimado através de valores teóricos, para conservação de curto e longo prazo. No sentido de determinar áreas para a coleta de sementes, é necessário analisar os dados de diversidade genética conjuntamente com os de estrutura populacional. A FLONA de Três Barras apresenta uma diversidade genética de grande importância, porém para aumentar a produção de sementes, seria necessário a intervenção através de desbastes. Esta intervenção pode representar um risco, no sentido da perda de alelos. A alternativa encontrada neste trabalho seria o desbaste assistido por marcadores genéticos.

Orientador: Ida Maria Foschiani Dias Baptista / Resumo: Tuberculosis (TB) is a major cause of mortality, and Mycobacterium tuberculosis (M. tuberculosis), the causative agent. The study of molecular epidemiology associated with classical epidemiology, provides an understanding of the spread of M. tuberculosis and ads in epidemiological investigation, determining outbreaks and risk factors for transmission in the population. This study aimed to provide a more accurate view of the molecular epidemiology and genetic diversity of M. tuberculosis by MIRU-VNTR technique and get a better understanding of the relevance of the epidemiological and clinical potential of RDRio genotype in municipalities in the state of São Paulo, investigating possible associations with clinical and epidemiological data. Besides this study investigate possible transmission between contacts of patients with TB. Heterogeneity was observed in both regions that were grouped independently in phylogenetic analysis. Nevertheless some specific isolated from both regions showed high genetic similarity. When investigated epidemiological data of these patients 30% were from prisons. This suggests a recent transmission process within the penitentiaries to the general community between these two regions. Although the clustering rate found to be low, we noted in cluster formation the presence again of patients sharing the same genetic profile in different penitentiaries suggesting once more a transmission between distinct prision units. Regarding RDRio deletion was found h... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Mestre

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Psicologia, Departamento de Processos Psicológicos Básicos, 2009. / Submitted by Debora Freitas de Sousa (deborahera@gmail.com) on 2009-08-05T13:39:55Z No. of bitstreams: 1 Tese_Alessandra_Silva_Souza_2009.pdf: 2958997 bytes, checksum: ac3149fb5fd78f3be14448756185691c (MD5) / Rejected by Tania Milca Carvalho Malheiros(tania@bce.unb.br), reason: Verificar a proteção do arquivo. on 2009-08-05T15:41:13Z (GMT) / Submitted by Debora Freitas de Sousa (deborahera@gmail.com) on 2009-08-06T11:02:21Z No. of bitstreams: 1 Tese_Alessandra_Silva_Souza_2009.pdf: 2960692 bytes, checksum: c2391d8d891accf7b41f4e706749ff56 (MD5) / Approved for entry into archive by Tania Milca Carvalho Malheiros(tania@bce.unb.br) on 2009-08-11T13:59:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese_Alessandra_Silva_Souza_2009.pdf: 2960692 bytes, checksum: c2391d8d891accf7b41f4e706749ff56 (MD5) / Made available in DSpace on 2009-08-11T13:59:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese_Alessandra_Silva_Souza_2009.pdf: 2960692 bytes, checksum: c2391d8d891accf7b41f4e706749ff56 (MD5) Previous issue date: 2008-07 / O objetivo do presente estudo foi investigar os efeitos da extinção e de reforços independentes sobre a aquisição e resistência a mudança da variação e repetição em humanos. Estudantes universitários foram solicitados a emitir sequências de respostas para produzir reforços de acordo com o critério da fase em vigor (apresentadas em um delineamento ABA ou BAB). Na Fase A, para o Grupo Variar, sequências menos frequentes e menos recentes eram candidatas ao reforço; para o Grupo Repetir, os reforços eram dependentes da emissão de uma única sequência. Na Fase B, um entre dois procedimentos estava em efeito: extinção (Ext), i.e., nenhuma sequência gerava reforços; ou reforços independentes (Ind), no qual 50% das sequências eram seguidas por reforços, a despeito do nível de variabilidade. A combinação dessas fases resultou em quatro subgrupos Variar (Var-Ext-Var, Var-Ind-Var, Ext-Var-Ext e Ind-Var-Ind) e quatro subgrupos Repetir (Rep-Ext-Rep, Rep-Ind-Rep, Ext-Rep-Ext e Ind-Rep-Ind). Com relação à aquisição, níveis de variação altos e baixos foram gradualmente obtidos sob as contingências Var e Rep, respectivamente. A história com extinção dificultou a aquisição de variação, mas não de repetição, enquanto que a história com reforços independentes não afetou a aquisição desses operantes. Com relação à resistência a mudanças, as medidas de variabilidade mostraram maior resistência à extinção e aos reforços independentes para variação do que para repetição. Finalmente, tanto extinção quanto reforços independentes geraram variação; entretanto, os níveis de variabilidade produzidos pelos reforços independentes, mas não pela extinção, foram afetados pela história com variação e repetição. Em suma, esses resultados corroboram e estendem aqueles presentes na literatura demonstrando, com humanos, que: (a) a história com extinção afeta diferencialmente a aquisição de variação e repetição, o mesmo não ocorrendo com a história com reforços independentes; (b) a variação e a repetição comportamental são diferencialmente sensíveis às mudanças ambientais; e (c) os efeitos dos reforços independentes foram modulados pela história de reforçamento. _________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The aim of the present study was to investigate the effects of extinction and independent reinforcers upon the acquisition and resistance to change of variation and repetition in humans. College students were required to emit sequences of responses to produce reinforcers according to the criterion of the phase in effect (presented in an ABA or a BAB design). In Phase A, for the Vary Group, less frequent and less recent sequences were eligible for reinforcement (Var); for the Repeat Group, reinforcers were dependent on the emission of an unique sequence (Rep). In Phase B, one of two procedures was in effect: extinction (Ext), i.e., no sequences generated reinforcers; or independent reinforcers (Ind), in which 50% of the sequences were followed by reinforcers despite of the variability level. Combining those phases resulted in four Vary subgroups (Var-Ext-Var, Var-Ind-Var, Ext-Var-Ext, and Ind-Var-Ind), and four Repeat subgroups (Rep-Ext-Rep, Rep-Ind-Rep, Ext-Rep-Ext, and Ind-Rep-Ind). With respect to acquisition, high and low levels of variation were gradually acquired with Var and Rep contingencies, respectively. The extinction history impaired vary acquisition, but not repeat acquisition, while the independent-reinforcer history did not affect acquisition of those operants. With respect to resistance-to-change, variability measures showed greater resistance to extinction and independent reinforcers for variation than for repetition. Finally, both extinction and independent reinforcers generated variation; however, the levels of variability produced by independent reinforcers, but not by extinction, were affected by previous exposure to variation and repetition. In sum, those results corroborate and extend current findings by demonstrating, with humans, that: (a) an extinction history differentially affects the acquisition of variation and repetition, but the same is not observed with a history of independent reinforcers; (b) behavioral variation and repetition are differentially sensitive to environmental changes; and (c) the effects of independent reinforcers are modulated by the reinforcement history.

Orientador: Luciani Ester Tenani / Banca: / Resumo: Esta tese investiga se grafias de segmentação em palavras forneceriam pistas da prosodização de clíticos preposicionais do Português Brasileiro (doravante, PB). Para conduzir esse objetivo, inicialmente são analisadas hipossegmentações envolvendo preposições ("denovo", para de novo) e hipersegmentações de sílabas pretônicas cuja cadeia segmental é idêntica a um clítico preposicional ("de vagar", para devagar). Analisando as estruturas das grafias de segmentação em palavras, constatou-se diferenças morfossintáticas no funcionamento dos clíticos preposicionais e instabilidade em categorizar uma sílaba átona ora como clítico ora como sílaba pretônica. Partindo desses resultados, foram construídos experimentos de produção e de percepção de fala, com o intuito de verificar, por um lado, se diferenças acústicas (no tempo de duração da sílaba) estariam vinculadas a diferenças sintáticas e, por outro lado, se informações acústicas e perceptuais forneceriam pistas aos falantes do PB sobre um limite entre clítico e sílaba pretônica. Com base nos resultados do teste de produção de fala, segundo o parâmetro da duração, não foram encontradas evidências que sustentassem diferenças entre os clíticos preposicionais e diferenças entre clíticos e sílabas pretônicas. Considerando os resultados do experimento de percepção de fala, foi possível constatar que informações sintáticas e fonéticas idênticas dificultam a percepção e categorização de uma sílaba átona como clítico ou como sílaba... / Abstract: This thesis investigates whether spellings in word segmentation would provide clues to the prosodization of prepositional clitics of Brazilian Portuguese (henceforth, PB). In order to achieve this goal, we analyze hyposegmentations involving prepositions (e.g. "denovo" ("de novo") - again) and hypersegmentations of pretonic syllables whose phonic chain is identical to a prepositional clitic ("de vagar" ("devagar") - slow). Analyzing the spellings in words segmentation, we verified morphosyntactic differences in the functioning of prepositional clitics and instability in categorizing an unstressed syllable or as clitic or as a pretonic syllable. From these results, speech production and speech perception experiments were constructed to verify, on the one hand, whether acoustic differences (at the time of syllable duration) would be related to syntactic differences and, on the other hand, if acoustic and perceptual informations would provide clues to PB speakers about a boundary between clitics and pretonic syllables. Based on the results of the speech production test, according to the duration syllable, no evidence was found to support differences between prepositional clitics and differences between clitics and pretonic syllables. Based on the results of the speech perception experiment, we verify that only syntactic and phonetic informations are not enough for perception and categorization of unstressed syllable as clitic or as pretonic syllable. However, phonological ... / Doutor