O Brasil é líder mundial em exportação de carne bovina. A qualidade e a segurança dos produtos cárneos são essenciais para permanecer como exportador no competitivo mercado internacional. Atualmente, critérios microbiológicos são usados para avaliar produtos cárneos, e Salmonella tem sido usada como um importante indicador da segurança dos alimentos por diversos países. No presente estudo, um total de 120 carcaças foram analisadas em três diferentes pontos do processo de abate em um abatedouro-frigorífico exportador localizado no sul do Brasil. Os resultados demonstraram que quatro carcaças (3,3%) foram positivas para Salmonella. Todas as amostras positivas foram coletadas do couro depois da sangria (Primeiro ponto de coleta – P1), e Salmonella não foi encontrada nas amostras coletadas após a retirada do couro (Segundo ponto de coleta – P2) e antes do último toalete (Terceiro ponto de coleta – P3). Seis isolados foram obtidos e classificados em três sorovares diferentes; S. Newport (n=3), S. Saintpaul (n=2) e S. Anatum (n=1). As cepas de Salmonella também foram analisadas quanto à susceptibilidade antimicrobiana, usando 15 antimicrobianos recomendados pelo CLSI. Nenhuma cepa apresentou resistência a qualquer um dos antimicrobianos testados. Além da investigação de Salmonella, a contagem de Escherichia coli foi realizada em todos os três pontos do processo. O ponto mais contaminado foi o primeiro (couro) que apresentou contagens variando de 0,31 a 5,07 log UFC/100 cm². O segundo e o terceiro ponto apresentaram contagens variando de N. D (não detectado) a 2,42 log UFC/100 cm² e N. D a 2,10 log UFC/100 cm², respectivamente. Uma redução significativa da contagem de E. coli foi observada entre o primeiro e os outros demais pontos. Os resultados indicaram que o risco de contaminação das carcaças ainda existe principalmente do couro. A implementação de Boas Práticas de Fabricação e dos princípios do APPCC são importantes ferramentas para prevenir a contaminação microbiana em carcaças. / Brazil is the leading exporter of beef worldwide. The quality and safety of the meat products are essential to remain as an exporter in the very competitive international market. Currently, microbiological criteria are used to evaluate meat products, and Salmonella has been used as an important food safety indicator in many countries. In the present study, a total of 120 carcasses were analyzed in three different steps of the slaughter process in an exporter slaughterhouse located in southern Brazil. The results demonstrated that four carcasses (3.3%) were positive for Salmonella. All the positive samples were collected on the hides after the bleeding (First collection step – P1), and Salmonella was not found in the samples collected after the removal of the hides (Second collection step – P2) and before the last toilet (Third collection step – P3). Six isolates were obtained and were classified in three different serovars, i. e. S. Newport (n=3), S. Saintpaul (n=2) and S. Anatum (n=1). The Salmonella strains were also examined for antimicrobial susceptibility using 15 drugs recommended for CLSI. None strains exhibited resistance to any of the antimicrobials tested. In addition to the Salmonella investigation, Escherichia coli counts were carried out in the three processing points. The most contaminated point was the first (hide) that showed counts ranged from 0.31 to 5.07 log CFU/100 cm². The second and the third points demonstrated counts ranged from N.D (not detected) to 2.42 log CFU/100 cm² and N.D to 2.10 log CFU/100 cm², respectively. A significant reduction of the E. coli counts was observed among the first and the other points. Results indicated that the risk of contamination of the carcasses still exists, mainly from the hides. The implementation of Good Manufacturing Practices and HACCP principles are important to avoid microbial contamination.

As características fenotípicas e genotípicas de 203 isolados de Enterococcus spp. proveniente de diferentes amostras clínicas em dois hospitais localizados na cidade de Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brasil, foram estudadas. As espécies foram identificadas através de testes bioquímicos convencionais e pelo uso do sistema automatizado VITEK 2 (BioMérieux). As concentrações inibitórias mínimas (CIM) para aminoglicosídeos foram determinadas pelo método de diluição em ágar. O alto nível de resistência aos aminoglicosídeos (HLAR) e à ampicilina foi avaliado pelo mesmo método e adicionalmente pelo método de disco-difusão. A diversidade genética de amostras de Enterococcus faecalis com HLAR foi determinada através da digestão do DNA cromossômico com a enzima SmaI seguida de eletroforese em campo pulsado (PFGE). O E. faecalis foi a espécie mais prevalente (93,6%) seguido por E. faecium (4,4%). A resistência entre os isolados clínicos foi de 2,5% à ampicilina, 0,5% à vancomicina, 0,5% à teicoplanina, 33% ao cloranfenicol, 2% à nitrofurantoína, 62,1% à eritromicina, 64,5% à tetraciclina, 24,6% à rifampicina, 30% ao ciprofloxacino e 87,2% à quinupristina-dalfopristina. A prevalência de HLAR foi de 10,3%, sendo 23,6% para gentamicina e 37,4% para estreptomicina. A maioria das amostras sensíveis aos aminoglicosídeos pelo método de disco-difusão apresentaram CIM inferior a 125 μg/mL e 500μg/mL para gentamicina e estreptomicina, respectivamente. A prevalência de Enterococcus resistentes à vancomicina (ERV) foi muito baixa neste estudo. Um grupo clonal predominante foi encontrado entre amostras de E. faecalis com HLR-Ge/St. Os isolados incluídos no grupo clonal foram provenientes de ambos os hospitais, indicando uma disseminação intra e inter-hospitalar deste clone. / The phenotypic and genotypic characteristics of 203 Enterococcus spp isolates recovered from different clinical sources of two hospitals in Porto Alegre, Rio Grande do Sul, Brazil, were studied. The species were identified by conventional biochemical tests and the automated system VITEK 2 (BioMérieux). The minimal inhibitory concentrations (MIC) for aminoglycosides were evaluated by agar dilution method. The evaluation of high-level resistance to aminoglycosides (HLAR) and resistance to ampicillin were carried out by the same method as well as by the disc-diffusion method. The genetic diversity of HLAR E. faecalis was assessed by pulsed-field gel electrophoresis of cromossomal DNA after SmaI digestion. The E. faecalis was the most frequent specie (93.6%), followed by E. faecium (4.4%). The percentage of resistance among the clinical isolates was: 2.5% to ampicillin, 0.5% to vancomycin, 0.5% teicoplanin, 33% to chloramphenicol, 2% to nitrofurantoin, 66.1% to erythromycin, 66.5% to tetracycline, 24.6% to rifampicin, 30% to ciprofloxacin and 87.2% to quinupristin-dalfopristin. A total of 10.3% proved to be HLAR, with 23.6% resistant to gentamicin and 37.4% to streptomycin. Most of the aminoglycosides susceptible isolates by the disc-diffusion method presented MIC lower than 125 μg/mL and 500μg/mL for gentamicin e streptomycin, respectively. The prevalence of vancomycin resistance Enterococcus (VRE) was very low in this study. One predominant clonal group was found among E. faecalis exhibiting HLR-Ge/St. The isolates included in the clonal group were recovered from both hospitals, indicating both intrahospital and interhospital spread of this clone.

Introdução: Helicobacter pylori é uma bactéria que infecta aproximadamente metade da população mundial e é considerada uma importante causa de câncer gástrico. A terapia de erradicação nem sempre é eficaz, pois pode ocorrer a resistência aos antimicrobianos. Objetivo: Determinar o perfil de sensibilidade de isolados de H. pylori frente aos antibióticos amoxicilina, claritromicina e ciprofloxacina na população do Rio Grande do Sul empregando distintas padronizações. Material e Métodos: Estudo transversal. Avaliaram-se 54 amostras de H. pylori obtidas através de cultivo de biópsias gástricas em Agar Belo Horizonte e incubação a 37°C em microaerofilia, durante cinco dias. A sensibilidade aos antibióticos foi determinada segundo as orientações das padronizações britânica (BSAC) e australiana (CDS Method) (quantitativas), além da francesa (CA-SFM) (qualitativa). Resultados e discussão: Sete (13%) isolados de H. pylori foram resistentes à claritromicina, um (1,9%) à amoxicilina e três (5,5%) à ciprofloxacina. Estes índices de resistência são considerados satisfatórios e demonstram que todos esses antibióticos podem ser utilizados na terapia empírica na população local, sobretudo a amoxicilina e a claritromicina como primeira linha de tratamento. As metodologias quantitativas BSAC e CDS Method revelaram concordância muito semelhante nos resultados de sensibilidade, sendo a interpretação mais facilitada na técnica CDS Method. A padronização CA-SFM parece ser mais atrativa sob o aspecto econômico, mas fornece resultados apenas qualitativos. Conclusão: Os antibióticos amoxicilina e claritromicina ainda são uma boa opção no tratamento anti-H. pylori na população do Rio Grande do Sul. / Introduction: Helicobacter pylori is a bacteria which infects nearly half the world population and it is considered an important cause of gastric cancer. The eradication therapy is not always effective because resistance to antimicrobials may occur. Objective: To determine the susceptibility profile of H. pylori isolates to the antibiotics amoxicillin, clarithromycin and ciprofloxacin in the population of Rio Grande do Sul using different standardizations. Material and Methods: Transversal study. Were evaluated 54 samples of H. pylori obtained by gastric biopsies which were cultured on Belo Horizonte agar and incubated at 37°C in a microaerophilic environment for five days. The antibiotics susceptibility was determined according to the guidelines of the British Society for Antimicrobial Chemotherapy (BSAC), the Australian (CDS Method) (quantitative) and the French (CA-SFM) (qualitative). Results and discussion: Seven (13%) H. pylori isolates were resistant to clarithromycin, one (1,9%) to amoxicillin and three (5,5%) to ciprofloxacin. These indices of resistance are considered satisfactory and show that all of these antibiotics can be used in the empirical therapy of the local population, especially amoxicillin and clarithromycin as a first line treatment. The quantitative methodologies BSAC and CDS Method revealed very similar agreement in the susceptibility results. Moreover, the CDS method had an easier interpretation technique. The CA-SFM standards seem to be more attractive on the economic aspect but they only provide qualitative results. Conclusion: The antibiotics amoxicillin and clarithromycin are still a good option for anti-H. pylori treatment in the population of Rio Grande do Sul.

O presente trabalho analisou os problemas referentes aos processos de inundação e deslizamento de solo no município de Igrejinha. O entendimento destes eventos ocorridos no município viabilizou uma análise da região, propiciando a criação de diretrizes de ocupação urbana mais consistentes. Para que fosse possível alcançar esses objetivos, o trabalho fundamentou-se em pesquisas bibliográficas sobre geologia, geomorfologia e dados de Igrejinha e do Vale do Paranhana. Também foi realizada uma análise da ocorrência dos eventos de deslizamentos acontecidos no local, tornando possível o entendimento de seus condicionantes. A partir desses dados, foram elaborados mapas que mostram a situação do município em estudo no que tange à ocupação, inundação e deslizamentos de massa. A ferramenta que propiciou a construção dessas cartas foi o geoprocessamento, através do programa IDRISI, através do qual foram vetorizadas as cartas topográficas obtidas de um aerolevantamento de 1989. Utilizando essas bases foi possível indicar as áreas com suscetibilidade a deslizamento e inundação e, assim, indicar requisitos para a atividade na área urbana, chegando-se inclusive a indicar as áreas de restrição de crescimento da área urbana, as quais apresentam problemas significativos com relação a deslizamentos. / The present study examined the problems related to processes of flood and landslides in Igrejinha municipality. The knowledge of these events in the municipality allowed a better analysis of the region, resulting in more consistent urban guidelines for land occupation. To achieve these goals, the work was based on bibliographic research of geology, geomorphology and general data of Igrejinha municipality and Paranhana river valley. An analysis of the occurrence of landslide events which happened in the area was also carried out, making it possible the understanding of their conditioning factors. From these data were prepared maps that show the situation of the municipality under study regarding occupation, flooding and landslide movements. The tool that allowed the construction of these letters was the geoprocessing through the IDRISI program, by which were vectorized the topographic maps obtained from an aerial survey made in 1989. Using these informations was possible to indicate areas with susceptibility to landslide and flooding and thus infer requirements for activity in the urban area and there are some restrictions of growth in certain urban regions that present significant problems with respect to sliding.

Submitted by Isaac Francisco de Souza Dias (isaac.souzadias@ufpe.br) on 2016-03-03T17:04:26Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertaçao Carolina Maria da Silva.pdf: 976111 bytes, checksum: 727eabad7b0e248858d85fdda9638e23 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-03T17:04:26Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Dissertaçao Carolina Maria da Silva.pdf: 976111 bytes, checksum: 727eabad7b0e248858d85fdda9638e23 (MD5) Previous issue date: 2011-11-29 / CNPQ / Infecções fúngicas invasivas têm se tornado cada vez mais freqüentes em neonatos, principalmente devido ao aumento da sobrevivência de prematuros e a deficiência do sistema imune. Dessa forma, torna-se relevante o conhecimento dos fatores epidemiológicos e susceptibilidade aos antifúngicos, uma vez que permitem o melhor conhecimento dos fatores associados à doença e a resistência dos agentes etiológicos, além da concentração ideal do medicamento a ser administrado para inibir e /ou matar o agente causal da infecção. Nesse contexto, os objetivos deste estudo foram diagnosticar candidemia em neonatos, associando os fatores epidemiológicos predisponentes e o perfil de susceptibilidade às drogas antifúngicas dos agentes etiológicos. No período de março de 2010 a julho de 2011, foram feitas coletas das amostras clínicas em neonatos de Unidades de Terapia Intensiva Neonatal do Hospital Agamenon Magalhães e do Instituto de Medicina Integral Professor Fernando Figueira. O diagnóstico micológico foi realizado através do exame direto, cultura e identificação dos agentes etiológicos. Foram coletadas amostras de sangue de 301 pacientes e isoladas 30 culturas, sendo identificadas Candida albicans (11), C. parapsilosis (11), C. pelliculosa (5), C. glabrata (1), C. guilliermondii (1) e C. tropicalis (1). Dos 30 pacientes com hemoculturas positivas para fungos, 90% eram pré-termos, 60% do sexo masculino, 93,4% possuíam peso ao nascer inferior a 2,5kg e as condições clínicas mais associadas foram icterícia e síndrome do desconforto respiratório. A grande maioria dos pacientes fazia uso de dispositivo terapêutico invasivo, destacando-se nutrição parenteral (96,7%) e cateterismo umbilical (73,3%). Quanto à susceptibilidade antifúngica todos os isolados de levedura foram sensíveis a anfotericina B, porém foi observada resistência ao fluconazol e voriconazol, principalmente por C. albicans, e 7 dos 11 isolados de C. parapsilosis foram resistentes a anidulafungina. As infecções fúngicas invasivas são frequentes em neonatos, permanecendo as espécies de Candida como as mais isoladas. Pacientes prematuros de baixo peso e que fazem uso de dispositivos invasivos são os mais acometidos, o conhecimento destes dados aliados aos resultados de susceptibilidade antifúngica in vitro possibilitam a prevenção e o tratamento mais adequado destas infecções. / Invasive fungal infections have become increasingly frequent in neonates, due to the increased survival of premature and disability of the immune system. The knowledge of epidemiological factors of these infections, as well as testing susceptibility to antifungal agents is relevant in this group of patients, because they allow a better understanding of the factors associated with the disease, the evaluation of the occurrence of fungal resistance, and the optimal concentration of the drug to be administered to inhibit and / or kill the agent of infection. In this context, the objectives of our study were to detect candidemia in neonates, the epidemiological factors associated with these infections and determine the antifungal susceptibility profile of the isolates. The samples were collected in the Neonatal Intensive Care Units from Agamenon Magalhães Hospital and Institute of Integrative Medicine Fernando Figueira, according to the medical request, from March 2010 to July 2011. The samples were manipulated to perform the direct examination and culture and then purified and identified. Samples were collected from 301 patients and we had isolated yeasts in 30 samples of blood , they were identified as Candida albicans (11), C. parapsilosis (11), C. pelliculosa (5), C. glabrata (1), C. guilliermondii (1), C. tropicalis (1). Of the 30 patients with positive blood cultures for fungi, 90% were preterm, 60% male, 93.4% had birth weight below 2.5 kg and the more usual conditions associated were clinical jaundice and respiratory distress syndrome. The vast majority of patients used invasive therapeutic device, especially parenteral nutrition (96.7%) and umbilical catheterization (73.3%). The antifungal susceptibility showed that all isolates were sensible to amphotericin B but some were resistente to fluconazole and voriconazole, mainly species of C. albicans, and 7 of 11 isolates of C. parapsilosis were resistant to anidulafungin. Invasive fungal infections are common in neonates, remaining Candida species as the most isolated. Preterm infants with low birth weight and use of invasive devices are the most affected and this knowledge combined with the in vitro antifungal susceptibility results enables a better prevention and treatment of these infections.

Orientador: Angélica Zaninelli Schreiber / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-17T18:50:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Biancalana_FernandaSimasCorrea_D.pdf: 1602190 bytes, checksum: f9f6d1fcbc7dcd1bf6b7e3dc9f3c4a90 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Nos últimos anos, os fungos demáceos têm sido intensamente reconhecidos como importantes patógenos, principalmente em pacientes imunocomprometidos, sendo reportadas como patogênicas mais de 100 espécies de 60 diferentes gêneros. O tratamento das infecções causadas por estes fungos é difícil, bastante demorado e algumas vezes sem sucesso, portanto, se fazem necessários mais estudos sobre a suscetibilidade destes patógenos a antifúngicos in vitro. Alguns autores têm demonstrado a excelente eficácia in vivo da terbinafina, em combinação com outros antifúngicos, para o tratamento destas infecções, porém são poucos os que avaliam seu efeito in vitro isoladamente, e menos ainda os relatos sobre associação desta com outros antifúngicos. A maioria dos trabalhos utiliza apenas o inóculo com conídios, que não é a principal morfologia do fungo encontrada no paciente. A realização de testes utilizando hifas poderia mimetizar as características do fungo no tecido infectado, demonstrando melhor o potencial terapêutico do antifúngico. Existem poucos relatos na literatura sobre avaliação dinâmica de crescimento de fungos, e nenhum deles realizado com fungos demáceos. Partindo deste princípio, foi investigada neste estudo a suscetibilidade in vitro de conídios e hifas fungos demáceos dos gêneros Alternaria, Bipolaris, Cladophialophora, Curvularia, Exophiala e Fonsecaea frente a anfotericina B, itraconazol e voriconazol e terbinafina, e esta última em combinação com os demais antifúngicos através da metodologia do tabuleiro de xadrez e avaliação dinâmica de crescimento. Quando avaliados isoladamente, o voriconazol foi o antifúngico mais ativo, seguido de itraconazol, terbinafina e anfotericina B, utilizando conídios. Quando foi feita a associação, os resultados indicaram 100% de sinergismo nas interações entre terbinafina e voriconazol, 96,5% de sinergismo entre anfotericina B e terbinafina e 75,9% de sinergismo entre terbinafina e itraconazol. Nenhum caso de antagonismo foi observado. Voriconazol e itraconazol demonstraram maior atividade frente a hifas dos isolados avaliados, seguidos de terbinafina e anfotericina B. Os isolados de C. bantiana e F. pedrosoi demonstraram altos valores de CIM frente a anfotericina B. Os valores de CIM obtidos para as hifas foram menores que os dos conídios, chegando a duas ou quatro diluições abaixo do valor da CIM. Os resultados demonstraram 100% de sinergismo entre a terbinafina e os azólicos ou a anfotericina quando utilizadas hifas no sistema BCT. Concluindo, os resultados obtidos neste trabalho sugerem que a forma de hifas dos isolados avaliados é mais suscetível que a de conídios frente aos antifúngicos avaliados tanto isoladamente, como em associação. / Abstract: In recent years, the dematiaceous fungi have been widely recognized as important pathogens, especially in immunocompromised patients, being reported as pathogenic, more than 100 species of 60 different genera. Treatment of infections caused by these fungi is difficult, time consuming and sometimes without success, therefore, more studies are needed about the susceptibility of the pathogens to antifungal agents in vitro. Some studies have demonstrated excellent in vivo efficacy of terbinafine in combination with other antifungals to treat these infections, but few ones have evaluated the in vitro effect of terbinafine alone, and even less are about association with other antifungal agents. Most used only the inoculum with conidia, which is not the essencial morphology of the fungus found in the patient. Testing susceptibility using hyphae could mimic the characteristics of the fungus in infected tissue, demonstrating more clearly the therapeutic potential of the antifungal agent. There are few reports in the literature on dynamic evaluation of mold growth, and none of them performed with dematiaceous fungi. With this assumption, was investigated in this study the in vitro susceptibility of terbinafine alone and in combination with amphotericin, itraconazole and voriconazole against conidia and hyphae of dematiaceous fungi belonging to genera: Alternaria, Bipolaris, Cladophialophora, Curvularia, Exophiala and Fonsecaea, using the checkerboard methodology and evaluation of dynamic growth. When evaluated alone, voriconazole was the most active antifungal agent, followed by itraconazole, terbinafine and amphotericin B, using the broth microdilution method with conidia. In the association, the results indicated 100% of synergism in interactions between voriconazole and terbinafine, 96.5% of synergism between amphotericin and terbinafine and 75.9% of synergism between terbinafine and itraconazole. No case of antagonism was observed. Voriconazole and itraconazole demonstrated the highest activity with the use of BCT with hyphae of isolates evaluated, followed by terbinafine and amphotericin B. Isolates of C. bantiana and F. pedrosoi showed higher MIC values compared to amphotericin B. MIC values obtained for hyphae were lower than those of conidia two or four dilutions below the MIC value. The results demonstrated 100% synergistic interactions between terbinafine and azoles or amphotericin when testing hyphae in BCT system. In conclusion, the present results suggest that the hyphae form of tested isolates are more susceptible than conidia to the antifungal agent evaluated alone or in combination. / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutor em Ciências Médicas

Orientador: Angelica Zaninelli Schreiber, Maria Luiza Moretti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-06T13:48:27Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Loyola_AnaBeatrizAlkmimTeixeira_D.pdf: 5844968 bytes, checksum: 4d27c47d59746710e359ef7d4b61f1b7 (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Os fungos filamentosos do gênero Aspergillus são fungos hialinos, saprófitas, encontrados no solo e na vegetação em decomposição e têm sido, crescentemente, relatados em casos de infecções sistêmicas ou disseminadas. A patogenicidade destes fungos oportunistas está na alta concentração dos microconídios no ar, facilitando a sua inalação. Infecções por Fusarium spp são altamente resistentes à terapia disponível, com prognostico desfavorável e taxa de mortalidade em torno de 57% dos casos. Vários relatos têm descrito a tolerância in vitro, ou resistência, de espécies de Aspergillus aos agentes antifúngicos após falha terapêutica com anfotericina B. A infecção por Aspergillus sp em pacientes imunossuprimidos apresenta taxa de mortalidade em torno de 86%, independente do tratamento antifúngico. Assim, testes de suscetibilidade a antifúngicos são de estrema importância. O teste de microdiluição, utilizando suspensão de conídios, foi recentemente padronizado pelo CLSI. No entanto, em regra, as infecções causadas por fungos filamentosos são caracterizadas pela presença de hifas no tecido infectado, sendo portanto, a realização do teste de suscetibilidade com hifas, de grande interesse clinico. A concentração inibitória mínima (CIM) de vários agentes antifúngicos pode ser determinada pela observação da inibição de crescimento de um hifa isolada. Há poucos relatos na literatura sobre a medição automatizada do crescimento de hifas de Aspergillus sp. e nenhum relato para hifas de Fusarium sp. pelo sistema 'BioCell-tracer POT. MARCA REGISTRADA¿... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: Aspergillus and Fusarium species are hyaline moulds that are usually found in the soil and plants. These organisms have emerged as a cause of disseminated invasive disease. It has been suggested that airborne conidia might invade the respiratory tract with primary lung or sinus localisation Fusarium species are largely resistant to available chemotherapy and are correlated with poor prognosis and lethal outcome in 57% of the cases. Several reports have described in vitro tolerance or resistance of Aspergillus spp to antifungal infection in immunossupressed patients shows mortality around 86%, independente of antifungal treatment. Antifungal susceptibility testing of filamentous fungi has therefore become more importante. Since most infections caused by filamentous fungi are characterized by the presence of hyphal elements in the tissue, the monitoring of hyphal susceptibility might be of clinical interest. The MICs of several antifungal agents cam be determined based on the growth rate of a single hypha. There are only few reports for automatic growth evaluation for Aspergillus spp and no reports for Fusarium spp using the 'BioCell-tracer POT. MARCA REGISTRADA¿ system. In this work, we selected four clinical isolates of Aspergillus and four clinical isolates of Susarium. For all strains we prodeeded microdilution and hypha susceptibility antifungal evaluation with amphotericin B and itraconazole...Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Ciencias Biomedicas / Doutor em Ciências Médicas

Orientador: Angelica Zaninelli Schreiber / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-08T15:37:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Correa_FernandaSimas_M.pdf: 2038543 bytes, checksum: 170a6e791e2c64d599b88b8485092a96 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: Dermatófitos do gênero Microsporum acometem preferencialmente pele e pêlos, sendo M.canis e M.gypseum as espécies mais isoladas em nosso meio. Antifúngicos tópicos e sistêmicos são indicados para o tratamento destas dermatofitoses, que é considerado mais difícil quando comparado ao de outros gêneros de fungos queratinofílicos. Deste modo, a determinação da suscetibilidade aos antifúngicos in vitro destes microrganismos é de interesse para embasamento da terapêutica empírica, avaliação de falhas terapêuticas, e testes de novos antifúngicos. No entanto, os dermatófitos não foram incluídos no documento relacionado do CLSI (M38-A, 2002). Os estudos disponíveis até o momento, utilizando conídios dos fungos, apresentam resultados muito divergentes, devido a falta de padronização e o grande número de variáveis pré-analíticas envolvidas. Em adição, uma vez que a forma de hifas predomina no tecido infectado, há controvérsias sobre o fato de se a forma conidial seria adequada para os testes. Há poucos relatos na literatura sobre avaliação dinâmica de crescimento de fungos e a taxa de inibição destes por drogas antifúngicas, mas nenhum destes realizados com dermatófitos. Este estudo se propôs a determinar condições para realização do teste de suscetibilidade pelo método de microdiluição em caldo e padronizar a avaliação de crescimento dinâmico pelo sistema BCT® para seis cepas do gênero Microsporum, determinando respectivamente CIM e CFM e taxas de inibição de crescimento frente a ciclopirox olamina, terbinafina e griseofulvina. Os resultados obtidos apontaram: ágar batata como o melhor meio de cultura para produção de conídios, inóculo de 1x 103 células/ml, incubação de 7 dias a 28ºC e leitura final considerando 100% de inibição do crescimento para o teste de microdiluição em caldo. Os resultados de CIM variaram de 1,0 a 16,0 µg/ml para ciclopirox olamina, de 0,005 a 0,004 µg/ml para terbinafina e de 2,5 a 20,0 µg/ml para griseofulvina. No Sistema Automatizado BioCell-Tracer® os testes foram realizados com: concentração de PLL de 0,05%; inóculo ? 1x106 conídios/ml em 5?l; incubação a 30ºC por 72 a 96h; 30ºC como temperatura de realização do teste e tempo total de experimento de 3 horas e 30 minutos. Todas as cepas apresentaram taxa de inibição de crescimento acima de 85% na fase de exposição à droga frente aos antifúngicos avaliados, na concentração equivalente ao resultado de CIM obtido pela técnica de microdiluição em caldo e, em pelo menos, uma diluição abaixo / Abstract: Dermatophytes of the genus Microsporum preferentially invade skin and hair, being M.canis and M.gypseum the most prevalent species in our routine. Topics and systemic antifungal agents are indicated for the treatment of theses dermatophytoses, which is considered more difficult when compared to other genera of keratinofilic fungi. By the way, the determination of in vitro antifungal susceptibility of these organisms is interesting as a guide of empiric therapy, evaluation of therapeutic failures and to evaluate new antifungal agents. However, dermatophytes were not included in the CLSI document (M38-A, 2002). The studies available until now, using fungi conidia, present divergent results due to the lack of standartization and the large number of pre-analytical variables involved. In addiction, once the hyphae forms predominate in infected tissues, there are controversies about if the conidial form would be adequate for the tests. There are few articles in the literature about dynamical evaluation of fungi growth and their growth inhibition rate in contact with antifungal agents, but none with dermatophytes. This study proposed the determination of conditions for broth microdilution susceptibility test and the standardization of dynamical growth evaluation by the BCT® system for six strains of Microsporum sp, determining respectively MIC and MFC and the inhibition rate after application of ciclopirox olamine, terbinafine and griseofulvin. The results pointed: potato dextrose agar as the best culture medium for conidium production, inoculum concentration of 1x 103 conidia/ml, incubation for 7 days at 28ºC and test enpoint at 100% of growth inhibition for broth microdilution test. The MIC results ranged from 1,0 to16,0 µg/ml for ciclopirox olamine, 0,005 to 0,004 µg/ml for terbinafine and 2,5 to 20,0 µg/ml for griseofulvin. On the automatizated system BioCell-Tracer®, the tests were realized with: PLL concentration of 0,05%; inocula of ? 1x106 conídia/ml in 5?l; incubation at 30ºC for 72 to 96hand also 30ºC as the test temperature, 3 hours and 30 minutes as total time of experiment. All strains showed growth inhibition rate above 85% on drug exposure phase against the antifungal agents evaluated, in MIC obtained by both microdilution method and, at least, one dilution below / Mestrado / Patologia Clinica / Mestre em Ciências Médicas

Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / Grupo DASA / Melioidose à uma doenÃa infecciosa grave causada por Burkholderia pseudomallei, um bacilo Gram-negativo encontrado no solo e na Ãgua. A doenÃa à endÃmica no sudeste asiÃtico e hiperendÃmica no norte da AustrÃlia, onde a letalidade permanece com uma taxa de 21%. No Brasil, à considerada uma doenÃa emergente desde marÃo de 2003. Nos Ãltimos oito anos, 12 casos ocorreram no Estado do Cearà e um notificado pelo Governo holandÃs, por se tratar de um turista que morreu de melioidose, apÃs visita ao CearÃ. Em razÃo da ocorrÃncia clÃnica de melioidose e do isolamento de B. pseudomallei no ambiente do Estado do CearÃ, este trabalho objetivou estudar as cepas clÃnicas e ambientais de B. pseudomallei isoladas no Estado no perÃodo de 2003 a 2011, visando a identificar as cepas por mÃtodos fenotÃpicos e moleculares, determinar o perfil de sensibilidade contra cinco agentes antimicrobianos (amoxicilina/clavulanato, ceftazidima, imipenem, doxicilina e sulfametoxazol/trimetoprim), realizar a genotipagem das cepas pela amplificaÃÃo aleatÃria de DNA polimÃrfico - Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), detectar o gene de virulÃncia Type Three Secretion System (TTSS), alÃm de avaliar os aspectos clÃnico-epidemiolÃgicos que caracterizaram a emergÃncia desta doenÃa no Brasil. Todas as 20 cepas (dez clÃnicas e dez ambientais) de B. pseudomallei foram precisamente identificadas tanto pela metodologia VITEK2 quanto pelo sequenciamento da regiÃo 16S do DNA, mostraram resultado negativo no teste de assimilaÃÃo de L-arabinose, e exibiram-se positivas para a detecÃÃo do gene de virulÃncia TTSS. As concentraÃÃes inibitÃrias mÃnimas (CIMs), obtidas por microdiluiÃÃo em caldo MÃeller-Hinton, demonstraram que todos os isolados (100%) foram sensÃveis ao imipenem, à doxicilina e ao sulfametoxazol- trimetoprim, no entanto, para amoxicilina/clavulanato e ceftazidima, a sensibilidade foi de 80 e 90%, respectivamente. A tÃcnica de RAPD evidenciou uma variabilidade genÃtica de 63% entre as cepas de B. pseudomallei oriundas do Estado do CearÃ, as quais foram agrupadas em trÃs clusters diferentes. Este trabalho decerto contribuirà para o conhecimento das caracterÃsticas fenotÃpicas e genotÃpicas das cepas de B. pseudomallei isoladas no Cearà e da atualizaÃÃo da vigilÃncia epidemiolÃgica dos casos de melioidose ocorridos no Estado, alÃm de contribuir para a conscientizaÃÃo dos ÃrgÃos de saÃde competentes para a inclusÃo do Cearà como zona endÃmica para esta enfermidade. / Melioidosis is a serious infectious disease caused by Burkholderia pseudomallei, a Gram negative rod, commonly found in soil and water. The disease is endemic in Southeastern Asia and hyperendemic in Northern Australia. Despite the initiation of empiric therapy, mortality remains at 21% in patients with melioidosis in Australia. In Brazil, it is considered an emerging disease, since April 2003, when it was first diagnosed in Ceara, Northeastern Brazil. In the last eight years, thirteen cases were reported, twelve local cases and one case reported by the Dutch government because of a tourist who died of melioidosis after a visit to Ceara. Considering the occurrence of melioidosis in CearÃ, this work aimed at studying these clinical and environmental strains of Burkholderia pseudomallei isolated from Cearà from 2003 to 2011, focusing on the bacterial and molecular identification; determining the susceptibility profile against five antimicrobial agents (amoxicillin/clavulanate, ceftazidime, imipenem, doxycycline and trimethoprim/sulfamethoxazole); genotyping through Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD), detecting the virulence gene Type Three Secretion System (TTSS); and analyzing epidemiological and clinical aspects that characterized the emergence of this disease in Brazil. All 20 strains (10 clinical and 10 environment) from B. pseudomallei were accurately identified by both VITEK2  and sequencing of the 16S DNA, showed to be negative for the assimilation of L-arabinose and were positive results for the detection of the virulence gene TTSS. The minimum inhibitory concentrations (MICs) obtained through microdilution in MÃeller-Hinton broth, showed that all (100%) isolates were sensitive to imipenem, doxycycline and trimethoprim-sulfamethoxazole, however, the susceptibility rate to amoxicillin/clavulanate and ceftazidime was of 80 and 90%, respectively, with no differences between clinical and environmental strains. RAPD-PCR showed a genetic relatedness of 63% among the B. pseudomallei strains from the State of CearÃ, which were grouped in two different clusters. This work will contribute to the knowledge of phenotypic and genotypic characteristics of B. pseudomallei strains isolated in Cearà and the update of epidemiological surveillance of melioidosis cases in the state, also contribute to the awareness of agencies health authority for inclusion of Cearà State as an endemic area for this disease.

Orientadores: Ãngela Maria Moraes, Silvia Yuko Eguchi / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Química / Made available in DSpace on 2018-08-19T10:24:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Lucchesi_ElianeGama_D.pdf: 5701980 bytes, checksum: 0cf83da49d93691e649fa718499a8f35 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: Recentemente os biofilmes vêm sendo considerados um dos principais problemas de contaminação de instalações e equipamentos industriais. A presença de biofilmes na indústria pode causar problemas tais como o entupimento de tubulações e filtros, o aumento no custo de capital e de produção devido à troca prematura de equipamentos e ao reprocesso de produtos acabados contaminados, além de, em alguns casos, aumentar o risco à saúde ocupacional dos trabalhadores. O presente estudo teve como objetivo analisar biofilmes formados na superfície de diferentes materiais utilizados em instalações e equipamentos industriais, com o intuito de avaliar a influência destes materiais na estrutura, maturação e susceptibilidade dos biofilmes ao tratamento com diferentes tipos de microbicidas. Para tanto, os materiais utilizados como corpos-de-prova nesta pesquisa foram definidos a partir de levantamento efetuado em 400 empresas de diferentes segmentos de mercado. Alumínio, aço carbono, aço inoxidável, policloreto de vinila (PVC) e vidro foram selecionados. O estudo foi realizado empregando como suporte partículas destes materiais com aproximadamente 1 mm de diâmetro e lâminas dos mesmos com dimensões de 2,5 cm por 7,5 cm. Como inóculo utilizou-se fluido de corte naturalmente contaminado oriundo de uma empresa de usinagem de metais do estado de São Paulo. Os materiais foram caracterizados quanto à rugosidade, ao seu índice de brilho, hidrofobicidade e porosidade. Apesar das diferentes características apresentadas pelos materiais indicarem maior tendência de formação dos biofilmes em alumínio e aço carbono, observou-se que a formação de biofilmes foi muito similar em todos os materiais testados. A população celular recuperada dos mesmos variou de 1,58 x '10 POT. 6' UFC/cm2 para o vidro a 4,36 x '10 POT. 6' UFC/cm2 para o aço carbono, observando-se que quando o inóculo é formado por uma cultura mista adaptada ao sistema, os fatores que regulam a adsorção, fixação e a posterior proliferação celular não são necessariamente ligados ao tipo de superfície e sim à natureza da população microbiana e ao tempo que os micro-organismos permanecem em contato com os nutrientes. Comportamento similar foi verificado nos testes de erradicação dos biofilmes, nos quais não se observou variação da resposta com o tipo de superfície testada. Notou-se, em todos os casos, que o microbicida mais eficaz foi o FBP-183, com dosagem requerida 50 vezes maior que a de uso recomendado pelo fabricante para células suspensas, enquanto que o microbicida BP-509 apresentou a menor eficiência / Abstract: Recently, biofilms have been considered one of the main problems of contamination of industrial facilities and equipment. The presence of biofilms in the industry can cause problems such as clogging of pipes and filters, increased capital and production costs due to premature change of equipment and reprocessing of contaminated finished products, and in some cases, it also increases the risk of occupational health of workers. This study aimed to examine biofilms formed on the surface of different materials used in industrial facilities and equipment, in order to evaluate the influence of these materials in the structure and maturation of the biofilms as well as on their susceptibility to treatment with microbicides. For that purpose, the materials used in this study were defined based on a survey conducted on 400 companies from different market segments. Aluminum, plain carbon steel, stainless steel, polyvinyl chloride (PVC) and glass were selected. The study was performed using particles with approximately 1 mm in diameter and coupons of the same materials with dimensions of 2.5 cm by 7.5 cm. Naturally contaminated cutting fluid from a metal processing company in the state of São Paulo was used as inoculum. The materials were characterized for roughness, brightness index, hydrophobicity and porosity. Despite the different characteristics presented by the materials indicated a greater tendency to the formation of biofilms on aluminum and carbon steel, it was observed that biofilm formation in these conditions was very similar in all five material types tested. The cell population recovered from the same materials ranged from 1.58 x '10 POT. 6' UFC/cm2 for glass to 4.36 x '10 POT. 6' UFC/cm2 for carbon steel. It was observed that when the inoculum consists of a mixed culture adapted to the system, the factors that governs the adsorption, fixation and subsequent cell proliferation are not necessarily associated to the type of surface but rather to the nature of the microbial population present and the time that the micro-organisms remain in contact with the nutrients. Similar behavior was observed in tests for the eradication of biofilms, where there was no change in response to the type of surface tested. It was noted in all cases that the most effective microbicide was the FBP-183, with required dosage 50 times higher than that recommended by the manufacturer for contaminants in suspension, while the microbicide BP-509 had the lowest efficiency / Doutorado / Desenvolvimento de Processos Biotecnologicos / Doutor em Engenharia Química