Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-04-05T18:20:11Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1164453 bytes, checksum: fdbc208493b147756c7fd84726536d71 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-05T18:20:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1164453 bytes, checksum: fdbc208493b147756c7fd84726536d71 (MD5) Previous issue date: 2003-05-30 / Uma amostra de 172 clones de cacau (Theobroma cacao L.), provenientes de amostras coletadas em populações espontâneas de 16 bacias hidrográficas da Amazônia Brasileira, foi caracterizada por meio de microssatélites visando identificar genótipos, estimar a diversidade genética e estruturas genéticas das populações de origem. Foram detectados 187 alelos a partir de 30 locos microssatélites, dos quais 29 apresentaram polimorofismo, seletivamente neutros e independentes, permitindo identificar 169 (98,3%) genótipos distintos e apenas três genótipos repetidos (CAB 731, CAB 732 e CAB 734), oriundos da bacia do Rio Uatumã-AM. Os genótipos agrupararam-se segundo suas origens geográficas, com a dissimilaridade variando de 0,0 a 0,79 e média de 0,59. Foram identificados 68 alelos raros, dos quais 23 exclusivos, destacando-se as bacias do Acre e do Alto Amazonas com maior número de alelos privados, corroborando suas maiores riquezas alélicas. Todas as subpopulações apresentaram boa diversidade genética, exceto as de Rondônia que mostraram menor variabilidade para todos os indicadores utilizados. A diversidade genética total foi 0,658 contra uma heterozigosidade observada de 0,295, observando-se défict de heterozigosidade em todas as amostras, caracterizado por um coeficiente de endogamia de 0,408 e taxa de fecundação cruzada de 42 %. As subpopulações apresentaram forte estruturação, com significativa diferenciação (G ST = 0,292 e F ST = 0,290) e alto coeficiente de parentesco (R EL = 0,367) dos indivíduos dentro das subpopulações. A análise das amostras agrupadas (Acre, Alto Amazonas, Rondônia e Baixo Amazonas) mostra 66,6% da variabilidade genética dentro das subpopulações, 14,9 % entre subpopulações dentro dos grupos e 18,5% entre os quatro grupos. As populações do Alto Amazonas se destacaram em termos de contribuição relativa à diversidade e riqueza alélica total. No acre, a despeito da alta diversidade e riqueza alélica, apenas a bacia do Rio Tarauacá apresenta contribuição relativa positiva. As demais demonstram redundância na composição alélica, com contribuições relativas negativas. O dendrograma de distância genética D de Nei apresentou topologia mais robusta que δμ 2 e D L (-ln(1-F ST ), confirmando o agrupamento das subpopulações do Acre e Alto Amazonas e destacando a elevada divergência da bacia do Rio Jamari em relação às demais. Os resultados realçam a importância de novas coletas na bacias hidrográficas do Amazonas e Acre (especialmente a do rio Tarauacá) e a necessiade de agregar o máximo de novas bacias visando reunir o máximo de novos alelos, alelos raros e/ou exclusivos, de modo a enriquecer as coleções de germoplasma e a minimizar perdas por erosão genética. / A sample of 172 clonal genotypes of the cacao tree (Theobroma cacao L.) representing germplasm collections from natural subpopulations collected in 16 river basins of the Brazilian Amazon region was characterized using microsatellites to identify genotypes, assess genetic diversity and population structure. From 30 loci microsatellites analyzed 29 showed polymorphism revealing 186 alleles selectively neutral and independent, which allowed to identify 169 (98.3%) distinct genotypes and only three repeated ones (CAB 731, CAB 732 and CAB 734) from Uatumã (AM) river basin. The genotypes were clustered in accordance with their geographic origins, their dissimilarities varying from 0.0 to 0.79 and mean 0.59. Sixty eight rare aleeles were identified from which 23 privates ones, which places the basins from Acre and Upper Amazon with higher number of private alleles according to their greater allelic richness. All subpopulations showed relatively high genetic diversity except those from Rondonia that presented low variability to all indicators used. The Total diversity was 0.658 for an observed heterozigosity 0.295, a result of a heterozigosity deficit in every sample, characterized by an endogamy coefficient 0.408 and an outcrossing rate 42%. The subpopulations showed a strong structuring with a significant differentiation (G ST = 0.293 and F ST = 0.290) and relatedness (R EL = 0.367) of the individuals within of the subpopulations. Analyses of grouped samples (Acre, Upper Amazon, Rondonia and Low Amazon) shoed 66.6% of the genetic variability within the subpopulations, 14.9% among subpopulations within the groups and 18.5% among the four groups. Upper Amazon populations produced the most relative contributions to the total diversity and allelic richness. In the Acre group, in spite of the high diversity and allelic richness, only the Tarauaca river basin presented positive relative contributions; the other Acre subpopulations showed redundant allelic composition with negative relative contribution to total diversity and allelic richness. The Nei-based distance tree (D) showed more robust topology than δμ 2 and D L [-ln(1-F ST )] ratifying the clustering of the subpopulations from Acre and from Upper Amazon, emphasizing the high divergence between Jamari (RO) river basin and the others. The results highlight the importance of new germplasm collects in the river basins from Amazonas and Acre States (especially the Tarauaca river basin) and the need of aggregating the maximum number of new basins to assemble the maximum number of new alleles, rare and/or private alleles in order to increase the diversity of germplasm collections and minimize the loss by genetic erosion. / Tese importada do Alexandria

PAIVA, S. V. Didemnidae (Tunicata: Ascidiacea) dos French Frigate Shoals. Fortaleza, 2015. 114 f. Dissertação (Mestrado em Ciências Marinhas Tropicais) - Instituto de Ciências do Mar, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2015. / Submitted by Geovane Uchoa (geovane@ufc.br) on 2016-05-06T14:52:40Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_svpaiva.pdf: 2818605 bytes, checksum: 2168842e658f46cf2e34b44756159414 (MD5) / Approved for entry into archive by Nadsa Cid (nadsa@ufc.br) on 2016-06-14T19:47:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_svpaiva.pdf: 2818605 bytes, checksum: 2168842e658f46cf2e34b44756159414 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-14T19:47:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_svpaiva.pdf: 2818605 bytes, checksum: 2168842e658f46cf2e34b44756159414 (MD5) Previous issue date: 2015 / Ascidians are a diverse class of benthic marine invertebrates, and about 20% of the described species belong to the family Didemnidae. This is due especially to the high diversity of the genus Didemnum, with over 200 known species. Although widely distributed, little is known about this fauna from many regions of the world, such as the Hawaiian archipelago. French Frigate Shoals (Kanemilohai) is the first and the largest atoll located North of the Hawaii mountain chain and belongs to Papahãhanaumokuãkea Marine National Monument, which is the largest US conservation area and one of the largest protected areas in the world. In 2006 an expedition was conducted to French Frigate Shoals as part of the Census of Marine Life program, in order to assess the diversity of cryptic organisms. The ascidians were collected at 18 stations through SCUBA diving or snorkelling. The specimens were collected manually on the reef or from the breakdown of dead coral blocks brought on board. Later they were sent to the Laboratório de Ecologia Animal, Instituto de Ciências do Mar - UFC, where are preserved in 70% ethanol solution. A total of 127 specimens of sea squirts from the Didemnidae family were collected. Of these species, only D. cf. candidum, D. granulatum, D. perlucidum, D. listerianum, D. simile and L. rufus were previously registered to Hawaii, so this work is also the first record of 19 more species to the Hawaiian Archipelago. This work is the main contribution to ascidians of Hawaii. / As ascídias constituem uma classe diversa de invertebrados marinhos bentônicos, e cerca de 20% das espécies descritas pertencem à família Didemnidae. Isso se deve, especialmente, à alta diversidade do gênero Didemnum, com mais de 200 espécies conhecidas. Embora sejam animais amplamente distribuídos, pouco se sabe a respeito dessa fauna em várias regiões do mundo, como no arquipélago Havaiano. French Frigate Shoals (Kanemilohai) é o primeiro e o maior atol ao norte da cadeia montanhosa do Havaí e pertence ao Papahãhanaumokuãkea Marine National Monument, que é a maior unidade de conservação dos Estados Unidos e uma das maiores áreas de proteção ambiental do mundo. Em 2006 foi realizada uma expedição aos French Frigate Shoals como parte do “Census of Marine Life”, com o objetivo de inventariar a diversidade de organismos crípticos. As ascídias foram coletadas em 18 estações através de mergulho autônomo utilizando SCUBA ou mergulho livre. Os espécimes foram coletados manualmente no recife ou a partir da quebra de blocos de corais mortos trazidos a bordo. Posteriormente foram encaminhadas ao Laboratório de Ecologia Animal, do Instituto de Ciências do Mar - UFC, onde encontram-se preservados em solução de etanol 70%. Durante a campanha foram coletados 127 espécimes de ascídias da família Didemnidae. Assim, esse trabalho tem como objetivo realizar o inventário das espécies de ascídias da família Didemnidae desse atol havaiano. Das espécies encontradas, 11 são espécies ainda não descritas. Dessas espécies, apenas D. cf. candidum, D. granulatum, D. perlucidum, D. listerianum, D. simile e L. rufus haviam sido registradas para o Havaí, portanto, este trabalho também realiza o primeiro registro de mais 19 espécies para o arquipélago. O presente trabalho é a principal contribuição para as ascídias do arquipélago havaiano.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:36:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_8422_Liliana Aparecida R Martins.pdf: 1021901 bytes, checksum: ce88473db29977667009e95cbd575077 (MD5) Previous issue date: 2016-02-02 / Dorstenia é o segundo maior gênero da família Moraceae, contendo espécies endêmicas com qualidades medicinais e interesse farmacêutico. No Brasil, estão distribuídas entre os diversos biomas, inclusive na Floresta Atlântica, e são consideradas hotspot da biodiversidade (elevado nível de biodiversidade, endemismo e alto grau de degradação). Contudo, devido a ação humana, esta floresta vem tendo sua estrutura modificada, causando a redução da densidade entre as espécies, afetando o modo de reprodução, polinização e distribuição do fluxo gênico entre e dentro de populações. Estes fatos podem levar a uma diminuição da diversidade genética. Assim, o objetivo do presente trabalho foi caracterizar a diversidade genética entre e dentro de populações de Dosrtenia elata em um remanescente de Floresta Atlântica no estado do Espírito Santo. Foram coletados três agregados de indivíduos de D. elata no Parque Estadual Mata das Flores (Unidade de Conservação), no município de Castelo. Para a caracterização molecular, foram utilizados 12 primers ISSR (Inter Simple Sequence Repeats), onde os dados obtidos foram analisados e submetidos à analises estatísticas referentes a diversidade entre e dentro de populações. Para análises intrapopulacionais, foi calculada a matriz de distância entre pares de indivíduos, realizada o cálculo da correlação cofenética e gerado um dendrograma de agrupamento das populações, que evidenciaram a formação de dois grupos, o primeiro contendo a população 1 e 2, e o segundo contendo a população 3. Isto pode ter ocorrido em virtude da distância geográfica entre as populações amostradas. Para as análises interpopulacionais, foi realizada a análise de variância molecular, calculado o Índice de Shannon, a heterozigosidade total esperada e o fluxo gênico. De acordo com os resultados obtidos, a maior variabilidade genética foi observada dentro das populações, e o fluxo gênico foi alto tanto entre quanto dentro de populações, indicando que não está havendo perda de diversidade genética devido as barreiras antrópicas ou geográficas, e que o método de dispersão tem grande influência na distribuição da diversidade genética em populações de Dorstenia elata. Palavras-chave:

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:38:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6344_FARIA DM 2013.pdf: 1996239 bytes, checksum: dcc5d648a576284db61d45bfedbdadd0 (MD5) Previous issue date: 2013-02-27 / Golfinhos-rotadores, de distribuição pantropical, apresentam estruturação genética em populações do Oceano Atlântico Norte e Pacífico Norte, entretanto pouco se sabe sobre tais processos em populações do Oceano Atlântico Sul. Fatores históricos, ambientais e comportamentais e estrutura social influenciam na estrutura populacional desta espécie. A fim de avaliar a existência de estrutura genética em grupos de golfinhos-rotadores do litoral brasileiro 414 amostras foram testadas com nove loci microssatélites. Avaliando-se 223 indivíduos e sete loci polimórficos não ligados, os golfinhos-rotadores do litoral brasileiro apresentaram valores altos de heterozigosidade observada (Ho=0,97238) e esperada (He=0,81300) e diversidade genética (Dg=0,812). Análises de diversidade genética com os locais de coleta dos indivíduos revelaram altos índices de diversidade genética, heterozigosidade observada e esperada para todas as localidades. Amostras de Pernambuco (PE) apresentaram o maior valor de diversidade genética (Dg=0.880952) e de heterozigosidade esperada (He=0.88095) e as do Espírito Santo (ES) apresentaram o maior valor de heterozigosidade observada (Ho=0.95238). Nenhuma das localidades amostradas apresentou valores significativos de coeficiente de endocruzamento, já os desvios do EHW foram significativos para os indivíduos do Arquipélago de Fernando de Noronha e Rio de Janeiro. A AMOVA (FST=1.86), as análises de cluster bayesianas, as análises de componentes principais (ACP) e as estatísticas F (FST: 0.0198; RST: 0.0165; P≤0,001) revelaram a separação genética dos golfinhos-rotadores do litoral brasileiro em duas populações com diferenciação genética significativa entre si. As duas populações apresentam diversidade genética (P1: Dg=0.793601; P2: Dg=0.783185), heterozigosidade observada (P1: Ho=0.96156; P2: Ho=0.98047) e esperada (P1: He=0.82024; P2: He =0.79415) e riqueza alélica (P1: Ra=13,1; P2: Ra=8,8) altas. Ambas as populações apresentaram desvios significativos do EHW em praticamente todos os loci. Indivíduos amostrados no Arquipélago de Fernando de Noronha foram agrupados em duas diferentes populações sugerindo que existam duas populações de Stenella longirostris neste arquipélago, uma residente e outra formada por transientes. A estruturação identificada agrupou indivíduos amostrados em diferentes áreas do litoral brasileiro sugerindo que existe fluxo gênico mesmo entre regiões distantes. Palavras-chave: cetáceos; diversidade genética; estrutura populacional; microssatélites.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Ecologia / Made available in DSpace on 2012-10-26T09:43:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 302907.pdf: 2139630 bytes, checksum: 3d5d6284df85d6d859f3d5e70f796461 (MD5) / Gradientes ecológicos são cenários ideais para avaliar como espécies interagem e respondem às alterações nas características ambientais. A teoria de nicho postula que gradientes ecológicos afetam a distribuição das espécies e até mesmo de linhagens evolutivas, pois a medida que se alternam as condições ambientais, diferentes espécies podem encontrar as condições adequadas para sua manutenção, crescimento e reprodução. Assim, havendo conservação filogenética de nicho, linhagens de espécies tendem a ser restritas às manchas de habitat adequado. A teoria neutra, por outro lado, pressupõe que as espécies são ecologicamente equivalentes, e que diferenças na composição de espécies resultam de eventos estocásticos associados a capacidade dispersora das espécies. Assim, é esperada autocorrelação espacial na composição de espécies, independentemente das características ambientais. Para avaliar o papel de processos neutros ou relacionados ao nicho sobre a distribuição das espécies e linhagens evolutivas de aves no sul do Brasil, avaliou-se a abundância das espécies ao longo de um gradiente ecológico formado por praia, dunas e campos. Em cada habitat foram alocadas 19 parcelas, totalizando 57, as quais foram visitadas uma vez por estação do ano. Nas mesmas parcelas foram avaliadas as características ambientais. Utilizou-se as coordenadas geográficas das parcelas para criarr descritores espaciais. Ao todo, foram registradas 102 espécies de aves ao longo do ano. No primeiro capítulo ficou claro que há uma grande variação na composição de espécies de aves ao longo do gradiente, apesar da justaposição dos habitats. Variação temporal na composição de espécies ocorreu tanto devido às alterações abióticas ao longo do ano como ao intercâmbio de espécies migratórias. No segundo capítulo foi demonstrada a importância das feições ambientais estruturando a diversidade beta, o que corrobora a importância de processos relacionados ao nicho sobre a composição de espécies. Os processos neutros são de menor importância na composição de espécies de aves na escala considerada. No terceiro capítulo, ao incluir as relações filogenéticas das espécies nas análises de comunidades ecológicas, demonstrou-se que grupos de espécies evolutivamente relacionadas exploram habitats com características ambientais semelhantes. Além disso, agrupamento filogenético foi observado nos hábitats com características ambientais mais estressantes.

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Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Microbiana, 2016. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-10-10T12:51:27Z No. of bitstreams: 1 2016_FabyanoAlvaresCardosoLopes.pdf: 5540557 bytes, checksum: 95e36e5e0161f730ccce9a3692059cb5 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-10-10T12:51:59Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_FabyanoAlvaresCardosoLopes.pdf: 5540557 bytes, checksum: 95e36e5e0161f730ccce9a3692059cb5 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-10T12:51:59Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_FabyanoAlvaresCardosoLopes.pdf: 5540557 bytes, checksum: 95e36e5e0161f730ccce9a3692059cb5 (MD5) Previous issue date: 2017-10-10 / A mensuração da diversidade microbiana é um dos maiores desafios do campo microbiológico, principalmente por problemas metodológicos. Com o avanço de novas metodologias foi possível observar que a diversidade de microrganismos era maior do que se pensava, assim, possibilitando o estudo desse conjunto de microrganismos. O estudo dos genomas de diversos microrganismos contidos em um dado ambiente é denominado de metagenômica. A metagenômica pode ser utilizada para o estudo de diversos tipos de ambientes, como solo, ar, corpo humano, intestino de cupim, entre outros. Dentro dos ambientes estudados pela metagenômica, o ambiente aquático vem sendo alvo de diversos estudos. Apesar de apresentar diversos estudos descrevendo diferentes profundidades e até mesmo diferentes hábitats (esponja, corais por exemplo), ainda existem inúmeros hábitats no ambiente marinho que ainda não possuem estudos focados sobre a microbiota. Diferente do ambiente marinho, trabalhos focados na descrição da microbiota de água doce são escassos. Além disso, apesar de toda sua importância ecológica, diversos desses corpos d’água estão sendo perturbados por atividades antropogênicas, levando à alteração da microbiota. Alguns trabalhos focaram na detecção de biossensores capazes de detectar impactos antropogênicos no meio ambiente. O objetivo de presente trabalho foi contribuir na descrição da comunidade microbiana em ambientes aquáticos. Para atingir essa meta foram realizados dois estudos, o primeiro estudo foi realizar a análise taxonômica e funcional da comunidade bacteriana do rio Paraguaçú na estação de chuva e seca, além de avaliar o efeito de proteção do Parque Nacional da Chapada Diamantina (PNCD) sobre a qualidade da água e da diversidade da microbiota do rio Paraguaçú. Outro estudo realizado foi o primeiro trabalho metagenômico focado em poças de maré. Esse trabalho deu enfoque na descrição do perfil taxonômico e funcional da microbiota das poças de maré situados em Ocean Beach, San Diego, CA, EUA. Ambos ambientes trabalhados possuem um grande potencial biotecnológico e se apresentaram como fundamentais na determinação do perfil da microbiota encontrada. No rio Paraguaçú foi possível observar uma predominância de genes relacionados à degradação de pesticidas (como o Benzoato), enquanto nas poças de maré foi possível observar uma maior abundância de genes relacionados à tolerância a ambientes com alta concentração salina. Novos estudos devem ser realizados para ambos ambientes buscando elucidar melhor os processos que ocorrem nesses ambientes. / Determining the true diversity in a microbial community is one of the biggest challenges in microbiology. The development of new techniques has revealed a higher microbial diversity than what was previously thought and provided a new way to study these organisms. Metagenomics, the study of microbial DNA recovered from specific environments, allows the study of microbial communities in soil, air, human body, and termite gut. Among the environments studied using this approach, water is one of the most important. Each of the two types of water environments (seawater and freshwater) has a specific microbial community. Although previous studies have described microbial communities in different water layers and habitats (e.g. sponge, coral), the microbial communities of several seawater habitats have not been studied, and studies describing microbial communities in freshwater environments are rare. Moreover, ecologically important freshwater environments are being disturbed by anthropogenic activity, which can change the microbial profile. Previous studies have focused on identifying biosensors that can detect anthropogenic impacts on the environment. The aim of this work was to characterize the microbial communities in two water environments, and this objective was developed in two separate studies. The first described taxonomic and functional analyses of the bacterial community in the Paraguaçú River during both wet and dry seasons. Additionally, we evaluated the protective effect of Parque Nacional da Chapada Diamantina (PNCD) on water quality and microbial diversity in this river. The second study was the first metagenomic study of tide pools, in which we described the taxonomic and functional profiles of microbial communities in tide pools at Ocean Beach, San Diego, CA, USA. Both studies describe environments with great biotechnological potential and showed themselves as fundamental factors shaping the microbial communities. For example, in the Paraguaçú River we observed a high abundance of genes encoding enzymes capable of degrading pesticides such as emamectin benzoate, whereas tide pools showed a high abundance of halotolerance genes. Further studies are needed to elucidate processes in both environments.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2016. / Texto liberado parcialmente pelo autor. Conteúdo restrito: Capítulo 2. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-09-15T18:07:58Z No. of bitstreams: 1 2016_JessicadaMatadosSantosMonteiro_Parcial.pdf: 2663839 bytes, checksum: 28d1311d340c2d4b676cd94badb7eef2 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-01-27T16:53:18Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_JessicadaMatadosSantosMonteiro_Parcial.pdf: 2663839 bytes, checksum: 28d1311d340c2d4b676cd94badb7eef2 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-27T16:53:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_JessicadaMatadosSantosMonteiro_Parcial.pdf: 2663839 bytes, checksum: 28d1311d340c2d4b676cd94badb7eef2 (MD5) / Os nematoides-das-galhas são classificados no gênero Meloidogyne e estão amplamente distribuídos ao redor do mundo com mais de 100 espécies descritas e mais de 2000 espécies hospedeiras, representando ameaça à produção agrícola mundial. A identificação precisa e acurada das espécies é de extrema importância para o controle efetivo das doenças causadas por esses organismos. A taxonomia do gênero Meloidogyne no passado, geralmente era baseada em caracteres morfológicos e biométricos, e as vezes citológicos. No entanto, a variabilidade dos padrões perineais e dos caracteres morfológicos diagnósticos, variações na biometria e cromossomos muito pequenos, muitas vezes difíceis de se observar e de se contar, constituem até aos dias de hoje, limitações que tornam a identificação específica difícil, até para os taxonomistas mais experientes. Por isso, faz-se necessário a integração dos métodos clássicos de identificação com as técnicas mais modernas, como o uso dos marcadores enzimáticos e moleculares, que corroborem para uma identificação específica mais precisa. Neste trabalho, são apresentados os resultados dos estudos da diversidade genética de populações brasileiras de Meloidogyne spp. recentemente descritas, em comparação com espécies comumente encontradas no Brasil. É feita também, a sinonimização de M. brasiliensis com M. ethiopica, com base em estudos enzimáticos (perfil de esterase), marcadores SCAR espécie – específicos, sequênciamento das regiões ITS1-5.8S-ITS2 e fragmento D2-D3 do rRNA, e uma análise comparativa das descrições originais de ambas espécies. Além disso, é feito também, o primeiro relato de M. konaensis no Brasil e comparação com M. paranaensis. Das cinco espécies de Meloidogyne descritas no Brasil nas últimas duas décadas, tradadas como espécies brasileiras de Meloidogyne (M. petuniae, M. brasiliensis, M. pisi, M. phaseoli e M. polycephannulata), quatro delas foram descritas apenas com base em caracteres morfológicos e morfométricos. Essas espécies foram submetidas a análises adicionais com marcadores bioquímicos e moleculares. Análises de isoenzimas realizadas com essas espécies revelaram novos padrões de esterase para M. petuniae (Est Pe2 Rm: 0,95, 1,1) e M, pisi (Est Pi5 Rm: 0,85, 0,90, 1,0, 1,25, 1,30). M. brasiliensis, M. phaseoli e M. polycephannulata, apresentaram padrões de esterases idênticos aos padrões de espécies anteriormente descritas como, M. ethiopica (Est E3 Rm: 0,9, 1,05, 1,20), M. morocciensis (Est A3 Rm: 1,1, 1,2, 1,3) e M. incognita (Est I1 Rm: 1,05, 1.1), respectivamente. Marcadores SCAR espécie-específicos desenvolvidos para M. ethiopica, M. phaseoli e M. morocciensis, e, testados paras as espécies brasileiras cujos padrões de esterase tinham sido idênticos ao dessas espécies, resultou na amplificação de um único produto de 350 pb para populações de M. ethiopica e M. brasiliensis, 420 pb para populações de M. morocciensis e M. phaseoli, e 399 pb para M. incognita e M. polycephannulata, corroborando com os padrões de esterase. O estudo da variabilidade genética dentro desses grupos foi realizado com utilização de 30 primers RAPD e 11 AFLP, e os resultados revelaram níveis de polimorfismos médios entre as populações dessas espécies, sendo 40,7% de polimorfismo nas populações de M. ethiopica e M. brasiliensis, 43,6% em populações de M. morocciensis e M. phaseoli e 34.7% em populações de M. incognita e M. polycephannulata. No entanto, populações de M. ethiopica e M. brasiliensis, M. morocciensis e M. phaseoli, e M. incognita e M. polycephannulata se agruparam entre si em dendograma obtido a partir das análises desses marcadores com suporte de bootstrap de 77%, 100% e 100%, respectivamente. Meloidogyne brasiliensis foi sinonimizado com M. ethiopica, com base em estudos comparativos das descrições de ambas espécies e estudo da proximidade genética entre elas, baseados em análise com marcadores enzimáticos e SCAR espécie – específicos e sequênciamento das regiões ITS1-5.8S-ITS2 e D2-D3 (28S) do rRNA. Finalmente, M. konaensis, descrita pela primeira vez a partir de espécimes coletadas em solos provenientes de áreas cultivadas com café (Coffea arabica) na Ilha do Kona, Hawai, foi relatada pela primeira vez no Brasil em plantas de repolho, mamão, noni e canapum, no estado do Ceará. Estudos morfológicos mostraram características típicas de M. konaensis. O padrão de esterase K3 é finalmente caracterizado como espécie-específico para essa espécie, com três bandas principais de Rm: 1,0, 1,17, 1,27 e uma banda secundária Rm: 1,10. Alguns equívocos acerca da verdadeira identidade de M. konaensis são esclarecidos neste estudo, incluindo as suas diferenças com M. paranaensis. / The root-knot-nematodes are classified in the genus Meloidogyne, and are widely distributed around the world with more than 100 described species and more than 2000 hosts, representing threat worldwide to agriculture. Accurate and precise species identification is very important for effective control of diseases caused by these organisms. The taxonomy of the genus Meloidogyne years ago, was generally based on morphological and biometric characters, and sometimes cytological. However, variability of the perineal patterns and diagnostic morphological characters, variations in biometrics and small chromosomes, often difficult to be observed and counted, are up to today, limitations that make it difficult or impossible to specific identification, even for experienced taxonomists. Therefore, the integration of classical methods of identification with modern techniques such as the use of enzymatic and molecular markers is necessary to a more accurate and reliable specific identification. In this work, we present the results of the study of genetic diversity of Brazilian populations of Meloidogyne spp. recently described, compared with previously identified species. Meloidogyne brasiliensis was synonymized with M. ethiopica. Moreover, Meloidogyne konaensis is reported here for the first time in Brazil. The five Meloidogyne species described in Brazil in the last two decades, treated as Brazilian species (M. petuniae, M. brasiliensis, M. pisi, M. phaseoli and, M. polycephannulata), four of which were described based only on morphological and morphometric characters. In this study, these species were subjected to further analysis with biochemical and molecular markers. Isoenzyme analysis performed with these species revealed new patterns of esterase for M. petuniae (Est Pe2 Rm: 0.95, 1.1) and M. pisi (Est Pi5 Rm: 0.85, 0.90, 1.0, 1.25, 1.3). Meloidogyne brasiliensis, M. phaseoli and M. polycephannulata showed esterase patterns very similar to the patterns of previously existing species as M. ethiopica (Est E3 Rm: 0.9, 1.05, 1.20), M. morocciensis (Est A3 Rm: 1.1, 1.2, 1.3) and M. incognita (Est I1 Rm: 1.05, 1.1), respectively. Species-specific SCAR markers developed to M. ethiopica, M. morocciensis and M. incognita and tested for these group of species, resulted in amplification of a single 350 bp product for M. ethiopica and M. brasiliensis populations, 420 bp for M. morocciensis and M. phaseoli populations, and 399 bp for M. incognita and M. polycephannulata populations, corroborating with the esterase patterns. The study of genetic variability within these groups was carried out using 30 RAPD primers and 11 AFLP, and the results showed relatively medium levels of polymorphism between populations of these species, 40.7% polymorphism within populations of M. ethiopica and M. brasiliensis, 43.6% in M. morocciensis and M. phaseoli populations and 34.7% in M. incognita and M. polycephannulata populations. However, populations of M. ethiopica and M. brasiliensis; M. morocciensis and M. phaseoli; M. incognita and M. polycephannulata clustered together in the same clade in dendrogram obtained from the analysis of these markers with 77%, 100% and 100% bootstrap support, respectively. Meloidogyne brasiliensis described and illustrated from specimens collected from tomato and pea plants based only on the morphology and morphometry, now is synonymized with M. ethiopica based on comparative studies of descriptions of both species and genetic study of the similarities between them, based on analysis of enzymatic markers, species – specific SCAR and sequencing of the ITS1-5.8S-ITS2 regions and D2-D3(28S) rRNA. Finally, M. konaensis, first described in soil cultivated with coffee plants in Kona Island, Hawaii, is now reported for the first time in Brazil, parasitizing plants of cabbage, papaya, noni and canapum in Ceará state. Morphological studies showed typical characteristics for the species M. konaensis. The esterase pattern K3 is unique and species-specific with three major bands (Rm: 1.0, 1.17, 1.27) and a secondary band (Rm 1.10). Confusion on the real identity of this species is clarified in this study, including the differentiation from M. paranaensis. Pathogenicity tests indicated that coffee is not a host of M. konaensis as previously reported in the original description of this species.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Tecnologia, Programa de Pós-Graduação em Ciências Florestais, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-02-23T15:28:47Z No. of bitstreams: 1 2016_PierreFariasdeSouza.pdf: 2262357 bytes, checksum: 250441b0b256381d48d7505a55917d83 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2017-03-23T14:12:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_PierreFariasdeSouza.pdf: 2262357 bytes, checksum: 250441b0b256381d48d7505a55917d83 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-23T14:12:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_PierreFariasdeSouza.pdf: 2262357 bytes, checksum: 250441b0b256381d48d7505a55917d83 (MD5) / Considerando grandes lacunas de conhecimento sobre a composição florística e a estrutura fitossociológica da vegetação de Caatinga, este estudo teve como objetivo contribuir para o conhecimento da flora arbustivo-arbórea, mediante análise da estrutura interna e autocorrelações da vegetação arbustivo-arbórea, com variáveis espaciais e ambientais em três fragmentos localizados nos municípios de São José do Bonfim, Itaporanga e Lagoa, no estado da Paraíba, Brasil. Para este estudo, foi realizado inventário florestal dos estratos adulto e regenerante, sendo estabelecidas 25 parcelas de 400 m², em cada área, sistematicamente distribuídas em malha de 150 x150 m. Nas parcelas, foram amostrados todos os indivíduos arbóreos e arbustivos, a partir de 6 cm de CAP para o estrato adulto, e em subparcelas de 25 m², para o estrato regenerante foi coletado a partir de 0,5 m de CAB até CAP igual a 6 cm. Foram tomadas para o estrato adulto a altura total, a altura de bifurcação, a vitalidade e a qualidade em cada fuste; e identificadas categorias de usos potenciais das espécies. Para a quantificação de biomassa, foram cubados 56 fustes, sendo 44 para o ajuste dos modelos e 12 para validação das equações selecionadas. Em cada parcela, foram obtidas coordenadas geográficas e coletadas amostras de solo na profundidade 0-60 cm. Os dados ambientais e espaciais foram submetidos à análise de redundância (RDA), que relacionou variáveis de vegetação com variáveis ambientais e espaciais, utilizando o software “R” versão 3.2.5. Foram medidos e identificados 3.118, 2.847 e 3.057 indivíduos, com riqueza de 20, 70 e 68 espécies, respectivamente, em São José do Bonfim, Itaporanga e Lagoa. Para as três áreas, no estrato adulto, as famílias Euphorbiaceae e Fabaceae são as mais ricas em número de espécies e as dominantes em número de indivíduos. Este estudo apresenta o primeiro registro de ocorrência na flora arbustivo-arbórea do estrato adulto de Caatinga para o estado da Paraíba, das espécies: Mimosa acutistipula (São José do Bonfim), Annona leptopetala, Aspidosperma cuspa, Psidium appendiculatum, Eugenia flavescens, Eugenia stictopetala, Cordiera rigida, Sigmatanthus trifoliatus, Allophylus quercifolius, Stachytarpheta coccinea e Callisthene minor (Itaporanga), Erythroxylum nummularia, Byrsonima vacciniifolia, Eugenia caatingicola, Eugenia flavescens, Myrciaria floribunda, Eugenia stictopetala, Cordiera rigida, Pouteria reticulata e Callisthene minor (Lagoa). Para as três áreas de estudo as espécies estruturantes do estrato adulto são Poincianella pyramidalis e Croton blanchetianus. As áreas de Itaporanga e de Lagoa abrigam espécies ameaçadas de extinção - Astronium fraxinifolium e Schinopsis brasiliensis (Itaporanga); Amburana cearenses e Myracrodruon urundeuva (Itaporanga e Lagoa). Foram consideradas como espécies mais importantes no processo de sucessão: Croton blanchetianus, Poincianella pyramidalis, Combretum leprosum e Aspidosperma pyrifolium (São José do Bonfim); Croton blanchetianus e Amburana cearenses (Itaporanga); Croton blanchetianus, Croton nepetifolius, Aspidosperma riedelii, Myrciaria floribunda e Gymnanthes boticario (Lagoa). O padrão agregado de distribuição de espécies predomina nas três áreas de estudo. Na vegetação de Caatinga, de São José do Bonfim e de Lagoa, predomina a bifurcação de fuste, e para Itaporanga predomina fuste único. Das 14 espécies comuns nas três áreas, dez apresentam o mesmo comportamento em relação à bifurcação, sendo de fuste único Handroanthus impetiginosus, Commiphora leptophloeos, Jatropha molissima, Manihot carthaginensis subsp. Glaziovii e Mimosa ophthalmocentra. Por sua vez, as espécies Combretum leprosum, Erythroxylum caatinga, Libidibia ferrea, Poincianella pyramidalis e Mimosa tenuiflora apresentaram bifurcação. A vitalidade/sanidade de fustes é baixa em São José do Bonfim e Itaporanga, e superior em Lagoa. As três áreas de estudo apresentam distribuição de fustes sem descontinuidade e em J Invertido. As espécies de maior densidade de indivíduos e, ou, de fustes e de maior gama de categorias de usos são: São José do Bonfim: Poincianella pyramidalis, Croton blanchetianus, Mimosa tenuiflora, Bauhinia cheilantha, Aspidosperma pyrifolium, Combretum leprosum e Mimosa ophthalmocentra; Itaporanga: Croton blanchetianus, Myracrodruon urundeuva, Amburana cearenses, Poincianella pyramidalis, Combretum leprosum, Mimosa ophthalmocentra, Annona leptopetala, Callisthene minor e Sigmatanthus trifoliatus; Lagoa: Croton blanchetianus, Peltogyne pauciflora, Aspidosperma riedelii, Gymnanthes boticario, Myrciaria floribunda, Luehea ochrophylla, Senegalia polyphylla, Eugenia stictopetala, Croton nepetifolius, Erythroxylum nummularia, Maytenus erythroxyla, Eugenia flavescens, Helicteres heptandra, Senna macranthera e Croton heliotropiifolius. A vegetação de Lagoa é a de maior produção de biomassa, e melhor relação de biomassa e vitalidade/qualidade de fustes. Das frações interpretadas na relação vegetação, ambiente e distribuição espacial, 4% foram explicadas por meio das variáveis ambientais, 11% por meio das variáveis espaciais e 27% por meio da interação espaço e ambiente, tendo 58 % de resíduo. Os preditores espaço e ambiente relacionados entre si, foram mais importantes para explicar a distribuição florística estrutural da vegetação de caatinga arbustivo-arbórea, nas áreas estudas, e explicam pouco quando ocorre apenas o ambiente ou apenas o espaço. / Taking into account great knowledge gaps on floristic composition and the phytosociological structure of the Caatinga vegetation, this study aimed to contribute to the shrub-tree flora knowledge field by analyzing the internal structure and shrub-tree vegetation autocorrelations, with spatial and environmental variables in three fragments located in the municipalities of São José do Bonfim, Itaporanga and Lagoa, in Paraíba state, Brazil. For this study, a forest inventory of the adult and regenerating strata was carried out, in which 25 plots of 400m2 were established in each area, systematically distributed in mesh of 150 x 150m. As to the plots, all the arboreal and shrub individuals from 6 cm of CAP to the adult stratum were sampled, divided in subplots of 25m2, while the regenerating stratum was collected from 0,5 of CAB until CAP equal to 6 cm. The total height, the bifurcation height, the vitality and the quality were taken to the adult stratum in each stem; and the categories of potential uses of species were identified. As to the biomass quantification, 56 stems were cubed, of which 44 were chosen for the models adjustment and 12 for validating the selected equations. Geographical coordinates were obtained in each plot, and soil samples at a depth of 0-60 cm were collected. The environmental and spatial data were submitted to Redundancy Analysis (RDA) which related vegetation variables with enviromental and spatial variables by using software "R" version 3.2.5. We measured and identified 3.118, 2. 847 and 3.057 individuals, with richness of 20, 70 and 68 species in São José do Bonfim, Itaporanga and Lagoa respectively. The Families Euphorbiaceae and Fabaceae are the richest in number of species and the dominant in number of individuals in the adult stratum regarding the three areas. This study presents the first record of occurrence of Caatinga adult stratum species in shrub-tree flora at Paraíba State, namely: Mimosa acutistipula (São José do Bonfim), Annona leptopetala, Aspidosperma cuspa, Psidium appendiculatum, Eugenia flavescens, Eugenia stictopetala, Cordiera rigida, Sigmatanthus trifoliatus, Allophylus quercifolius, Stachytarpheta coccinea and Callisthene minor (Itaporanga), Erythroxylum nummularia, Byrsonima vacciniifolia, Eugenia caatingicola, Eugenia flavescens, Myrciaria floribunda, Eugenia stictopetala, Cordiera rigida, Pouteria reticulata and Callisthene minor (Lagoa). The structure species from the adult stratum for the three research areas are Poincianella pyramidalis and Croton blanchetianus. Itaporanga and Lagoa areas shelter threatened species - Astronium fraxinifolium and Schinopsis brasiliensis (Itaporanga); Amburana cearenses and Myracrodruon urundeuva (Itaporanga and Lagoa). The following species were considered the most important in the succession process: Croton blanchetianus, Poincianella pyramidalis, Combretum leprosum and Aspidosperma pyrifolium (São José do Bonfim); Croton blanchetianus and Amburana cearenses (Itaporanga); Croton blanchetianus, Croton nepetifolius, Aspidosperma riedelii, Myrciaria floribunda and Gymnanthes boticario (Lagoa). The aggregate pattern of species distribution predominates in the three study areas. Stem bifurcation predominates in the Caatinga vegetation of São José do Bonfim and Lagoa, whereas single stem predominates in Itaporanga. Out of 14 common species in the three areas, ten present the same behavior regarding bifurcation, that is, single stem: Handroanthus impetiginosus, Commiphora leptophloeos, Jatropha molissima, Manihot carthaginensis subspecies. Glaziovii and Mimosa ophthalmocentra. In turn, the species Combretum leprosum, Erythroxylum caatinga, Libidibia ferrea, Poincianella pyramidalis and Mimosa tenuiflora exhibit bifurcation. Stem vitality/health is low in São José do Bonfim and Itaporanga, and superior in Lagoa. The three study area display stem distribution without descontinuity and in inverted J. The following species show higher density of individuals and/or stems and a wider range of uses categories: in São José do Bonfim: Poincianella pyramidalis, Croton blanchetianus, Mimosa tenuiflora, Bauhinia cheilantha, Aspidosperma pyrifolium, Combretum leprosum and Mimosa ophthalmocentra; Itaporanga: Croton blanchetianus, Myracrodruon urundeuva, Amburana cearenses, Poincianella pyramidalis, Combretum leprosum, Mimosa ophthalmocentra, Annona leptopetala, Callisthene minor and Sigmatanthus trifoliatus; Lagoa: Croton blanchetianus, Peltogyne pauciflora, Aspidosperma riedelii, Gymnanthes boticario, Myrciaria floribunda, Luehea ochrophylla, Senegalia polyphylla, Eugenia stictopetala, Croton nepetifolius, Erythroxylum nummularia, Maytenus erythroxyla, Eugenia flavescens, Helicteres heptandra, Senna macranthera and Croton heliotropiifolius. The vegetation pertaining to Lagoa displays a bigger biomass production as well as a better relation between biomass and stems vitality/quality. With regard to the fractions interpreted in light of the relation among vegetation, environment and spatial distribution, 4% were explained through environmental variables, 11% through spatial variables and 27% through the space and environment interaction, presenting 58% of residue. The predictors space and environment, related amongst themselves, were more important to explain the structural floristic distribution of shrub-tree Caatinga vegetation in the studied areas, and they explain little when only the environment occur or the space only.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ecologia, 2016. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2017-02-23T20:03:15Z No. of bitstreams: 1 2016_PedroBraungerdeVasconcelos.pdf: 1311632 bytes, checksum: 751b620b96ef0515826f058796a3bebd (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2017-04-04T21:30:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2016_PedroBraungerdeVasconcelos.pdf: 1311632 bytes, checksum: 751b620b96ef0515826f058796a3bebd (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-04T21:30:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2016_PedroBraungerdeVasconcelos.pdf: 1311632 bytes, checksum: 751b620b96ef0515826f058796a3bebd (MD5) / Os hábitats naturais estão cada vez mais fragmentados e sujeitos a queimadas, derrubada de árvores e presença de gado. Esta redução populacional leva a gargalos genéticos, efeito fundador, deriva genética e redução no fluxo gênico. O Cerrado brasileiro é a mais rica savana do mundo mas já perdeu metade da sua vegetação original. Dentre as espécies endêmicas do Cerrado, encontram-se o araticum (Annona crassiflora Mart.) e cagaita (Eugenia dysenterica DC.). Tais espécies se destacam pelo seu potencial de exploração econômica através do extrativismo de seus frutos. O objetivo dessa tese foi determinar os efeitos da fragmentação e distúrbios antrópicos na diversidade genética, estrutura espacial genética e endogamia em A. crassiflora e E. dysenterica. Para isso coletamos folhas de 30 indivíduos adultos em seis populações de cada espécie. Três populações eram localizadas em áreas grandes e protegidas sem histórico recente de distúrbios e outras três populações em áreas pequenas, isoladas e com sinais de distúrbios antrópicos. Para a diferenciação dos indivíduos utilizamos 10 marcadores SSR já desenvolvidos para araticum e 13 para cagaita desenvolvidos na tese. Com os dados da genotipagem determinamos o polimorfismo, heterozigosidade e estrutura genética espacial. Todas as populações apresentaram alto polimorfismo e diversidade genética. Contudo, não houve diferenças significativas entre as áreas controle e degradadas, além de não ter sido observada uma forte estrutura genética nessas áreas. Populações degradadas podem não ter sido afetadas devido à já alta diversidade genética natural encontrada em todas as populações estudadas ou que ainda há fluxo gênico entre populações degradadas. Além disso, é possível que tenham sido estudadas árvores que existiam antes da redução populacional, refletindo assim uma diversidade genética pré-degradação. Nossos resultados mostram que áreas pequenas e fragmentadas podem manter a diversidade genética in situ de A. crassiflora e E. dysenterica. / Natural habitats are increasingly fragmented and subject to burning, cutting trees and cattle. This population reduction leads to genetic bottlenecks, founding effect, genetic drift and reduction in gene flow. The Brazilian Cerrado is the richest savannah in the world but has lost half of its original vegetation. Among the endemic species of the Cerrado, are araticum (Annona crassiflora Mart.) and cagaita (Eugenia dysenterica DC.). Such species stand out for their potential for economic exploitation through the extraction of their fruits. The aim of this thesis was to determine the effects of fragmentation and anthropic disturbances on genetic diversity, genetic spatial structure and inbreeding in A. crassiflora and E. dysenterica. We collected leaves of 30 adult individuals in six populations of each species. Three populations were located in large, protected areas with no recent history of disturbances and three other populations in small, isolated areas with signs of anthropogenic disturbances. For the differentiation of the individuals we used 10 SSR markers already developed for araticum and 13 for cagaita developed in the thesis. With the genotyping data, we determined the polymorphism, heterozygosity and spatial genetic structure. All populations showed high polymorphism and genetic diversity. However, there were no significant differences between the control and degraded areas, nor was there a strong genetic structure in these areas. Degraded populations may not been affected due to the already high natural genetic diversity found in all populations studied or that there is still gene flow among degraded populations. In addition, it is possible that trees that existed prior to population reduction have been studied, thus reflecting a pre-degraded genetic diversity. Our results show that small and fragmented areas can maintain the in situ genetic diversity of A. crassiflora and E. dysenterica.