Le constat récurrent de dégâts sismiques fortement influencés par les effets de site attire l'attention sur la nécessité d'améliorer les outils permettant leur estimation a priori. Les contraintes budgétaires font cependant du développement de méthodes peu onéreuses un objectif crucial. Les mesures de bruit de fond, méthode géophysique utilisant les vibrations ambiantes, correspondent à ce type de besoin.<br />Le but de cette thèse est de développer et de valider des méthodologies opérationnelles utilisant le bruit de fond pour une prise en compte robuste et satisfaisante des effets de site dans un contexte réglementaire.<br />Cette thèse comprend deux volets principaux :<br />- Tout d'abord le développement d'un protocole sur les méthodes utilisant le bruit de fond, dans le but de qualifier la détermination sur un site de la fréquence fondamentale f0 (mesures "H/V") et de la vitesse moyenne des ondes de cisaillement sur les z 1ers mètres Vsz (mesures en réseau) ;<br />- Puis l'établissement d'une fonction empirique décrivant l'amplification d'un site en fonction des deux seuls paramètres f0 et Vsz. Cette étude est effectuée à partir des données japonaises Kik-net: les paramètres f0 et Vsz ont pu être estimés de façon fiables pour près de 500 sites, de même que leur fonction d'amplification entre les enregistrements en surface et en profondeur. Après correction de l'effet de profondeur et normalisation pour se ramener à une fonction d'amplification par rapport à un rocher affleurant "standard", une analyse statistique permet alors de définir la fonction cherchée, qui s'avère sensiblement meilleure que les coefficients de site proposés dans les règlementations actuelles type EC8.

Le travail réalisé au cours de cette thèse porte sur l’optimisation du transistor bipolaire à hétérojonction Si/SiGe:C pour les applications d’amplification de puissance pour les communications sans fils. Nous présentons tout d’abord la structure d’étude. Il s’agit du transistor bipolaire à hétérojonction Si/SiGe:C intégré en technologie BiCMOS 0.25µm sur plaques 200mm. La cellule dédiée à l’amplification de puissance est présentée. Une attention particulière est apportée aux phénomènes thermiques inhérents à ce type de cellules ainsi qu’aux solutions mises en œuvre pour les atténuer. Les diverses optimisations réalisées sur l’architecture du TBH sont détaillées. Ces optimisations touchent à la fois à la modification du procédé technologique et au dessin du transistor. Notre étude porte sur l’amélioration des performances petit et grand signal via l’optimisation des paramètres technologiques définissant la structure épitaxiale intrinsèque de base et de collecteur ainsi que des règles de dessin du transistor. Enfin, deux types d’architectures de TBH développées sont présentées. L’une de type simple polysilicium quasi auto-alignée qui s’intègre dans une technologie dédiée à l’amplification de puissance, l’autre présentant une structure double polysilicium également auto-alignée. / The present work deals with Si/SiGe:C heterojonction bipolar transistor optimization for power amplifier applications dedicated to wireless communications. We first present the investigated structure, a Si/SiGe:C heterojonction bipolar transistor integrated in a 0.25µm BiCMOS technology on 200 mm wafers. We discuss the cell dedicated to power amplification. We have paid attention to thermal phenomenon linked to this kind of cell and to possible dedicated solutions. Various optimizations realized on HBT architecture are detailed. These optimizations concern technological process modifications and transistor design. The main objective of this work is to improve both large and small signal characteristics. This is obtained by transistor design rule variations, collector and base intrinsic parameters optimization. Finally, two kind of developed HBT architectures are presented. One, simple polysilicium quasi self aligned, integrated in a technology dedicated to power amplification, the other one fully self aligned with double polysilicium structure.

Cette thèse, motivée par les recherches récentes sur la « rhétorique musicale », étudie le nombre éloquent, notion aux nombreuses ramifications dans les domaines oratoire et poétique, encore peu examinée dans le champ musical. L’approche est philologique, comparatiste et historique, et vise à déterminer dans quelle mesure, entre 1600 et 1750, les modes d’approche et de perception du nombre en poésie et dans l’art oratoire ont eu leur équivalent en musique, en Italie (jésuite essentiellement) et en Allemagne. Après une mise en perspective de la culture des spécialistes de musique, partagée entre rhétorique scolaire et éloquence adulte, l’examen du découpage conceptuel opéré par les Anciens entre oratio vincta et soluta permet d’identifier des modes de composition, d’écoute et de prononciation du discours musical vocal et instrumental. La perception de la stricte récurrence propre à la musique métrique (vincta) contraste avec celle de la bigarrure variée de la musique « en prose » (soluta), et les approches érudites et néophytes diffèrent. Au plan micro-structurel, les périodes musicales sont abordées à l’instar des périodes oratoires. Selon qu’elles sont « arrondies » ou « articulées », elles mettent en œuvre le nombre grâce aux rythmes, à la conduite harmonieuse et à un travail de structuration par amplification. L’écriture périodique apparaît comme un principe fondamental de composition. La réflexion sur l’éloquence du nombre en musique s’inscrit finalement dans le débat touchant le meilleur style. Tenants de la brièveté musicale et partisans de l’abondance s’opposent, appliquant au domaine musical les réflexions sur le laconisme, l’atticisme et l’enflure. / This dissertation was undertaken in the wake of the recent research about musical rhetoric and focuses on the rhetorical number, a concept of acknowledged significance in the field of oratory and poetry that as yet has seldom been examined in the field of music. Following a philological, comparative and historical approach, the present study aims at determining to what extent the modes of perception and approach of the numerus in poetry and rhetoric had counterparts in music in Italy (mainly among the Jesuits) and Germany between 1600 and 1750. The study first deals with the culture of music specialists, which relates partly to scholastic rhetoric and partly to mature eloquence, and then investigates the conceptual division set by the Ancients between oratio vincta and soluta, so as to show that such division makes it possible to delineate the composition and listening and pronunciation processes of musical discourse, both vocal and instrumental. Perception of the strict recurrence that is specific to metrical music (vincta) contrasts with the heterogeneous variety of « prose »music (soluta) and it differs among scholars and novices. As for the microstructures of discourse, musical periods are tackled similarly to oratorical periods. Whether they are « rounded » or « articulated », they become rhythmical thanks to metrical feet or harmonious structure as well as processes of amplification. Periodical style appears fundamental to composition. The present dissertation eventually shows that the discussion of musical oratio numerosa is related to the impassioned debate over the best musical style (brevity, abundance, laconism, atticism and bombast).

Récemment, les microbiotes pulmonaires bactériens d’un nombre très limité de patients atteints de mucoviscidose et de pneumopathies acquises sous ventilation mécanique (PAVM) ont été étudiés en utilisant l'amplification du gène 16S rDNA bactérien suivie par la construction de librairies de clones et différentes approches de séquençage. Ces études ont montré que la population microbienne de patients atteints de maladies respiratoires était plus diversifiée que prévue. Dans l'étude actuelle, nous utilisons une approche comparable pour identifier exhaustivement les agents pathogènes (bactéries, virus, et champignons) composant le microbiote pulmonaire associé aux pneumopathies développées en unités de réanimation. L'étude a inclus des patients admis en réanimation et présentant des formes de pneumopathies acquises sous ventilation mécanique (n = 106), de pneumopathies communautaires (n = 32), de pneumopathies nosocomiales sans ventilation mécanique (n = 22) et de pneumopathies d’aspiration (n = 25). Une cohorte de 25 patients admis en réanimation et ne présentant pas de symptômes de pneumopathie a été étudiée comme contrôle. Cette première partie du travail amènera ainsi à réaliser un catalogue exhaustif des agents de pneumopathies nosocomiales ; à connaître la prévalence des agents identifiés et d’identifier les co-infections fréquemment observées, et surtout à vérifier si ces agents peuvent être identifiés ou pas dans les prélèvements respiratoires profonds de patients non symptomatiques. Pour réaliser cette partie du travail, des séries de prélèvements, incluant des prélèvements de lavage broncho-alvéolaire (LBA), des prélèvements de sang et d'urine ont été étudiés. Ces prélèvements ont été testés par des moyens d’identification moléculaire moderne basés sur l’amplification de gènes conservés (gènes16S rDNA des bactéries et gène 18S rDNA des champignons) suivie par clonage et séquençage à grande échelle. D’autres pathogènes atypiques sont ciblés par des tests de PCR avec utilisation d’amorces spécifiques. Nous avons également inclus la culture, la co-culture d’amibes, la détection sérologique d'anticorps dirigés contre des agents sélectionnés et des tests d'antigène urinaire, afin de comparer ces tests de routine aux approches moléculaires. Comme résultats, les tests moléculaires nous ont permis d’identifier un vaste répertoire de 160 espèces bactériennes dont 73 n'ont jamais été précédemment rapportées à l’étiologie des pneumopathies. En outre, nous avons trouvé 37 phylotypes bactériens potentiellement nouveaux. Nous avons également identifié 24 espèces de champignons dont 6 n'ont pas été précédemment rapportées à l’étiologie des pneumopathies, 7 virus et étonnamment 6 espèces de plantes. De plus, certains agents pathogènes considérés comme typiques aux pneumopathies nosocomiales tels que Pseudomonas aeruginosa et des Streptococci ont été détectés chez les contrôles comme chez les patients. Cet étonnant résultat souligne l'existence d'un noyau de microbiote pulmonaire.Dans un deuxième travail, faisant suite aux travaux effectués dans notre laboratoire et qui ont pu mettre en évidence que 19% des pneumopathies nosocomiales étaient déterminées par des microorganismes associés aux amibes (MAAs) de l’eau préalablement ignorés ou négligés, nous avons utilisé un test d'immunofluorescence multiplexe pour tester la prévalence des anticorps contre les MAAs dans le sang de patients admis en réanimation et atteints de pneumopathies et la comparer à la prévalence au moment de l'admission. Comme résultat, nous démontrons que certains MAAs peuvent être plus fréquemment détectés après des épisodes de pneumopathies nosocomiales que lors de l’admission. En outre, la réponse immunitaire aux MAAs semble augmenter lorsque le séjour en réanimation est prolongé. Enfin, nous avons mis au point une stratégie de metagénomique pour tester les prélévements pour lesquels aucune étiologie n’a été retrouvée. [...] / Recently, bacterial microbiota from a limited number of patients with cystic fibrosis and ventilator-associated pneumonia (VAP) was studied using 16S rDNA gene amplification followed by clone libraries construction and sequencing. These studies have showed that the microbial population of patients with respiratory infections was more diverse than expected. In the current study, we use a similar approach to identify exhaustively the pathogens (bacteria, viruses, and fungi) comprising the microbiota associated with episodes of pneumonia developed in the intensive care units (ICU). Our study included patients admitted to ICUswith with episodes of ventilator-associated pneumonia (n = 106), community-acquired pneumonia (n = 32), nosocomial pneumonia without mechanical ventilation (n = 22) and aspiration pneumonia (n = 25). A cohort of 25 patients admitted to ICUs without symptoms of pneumonia were studied as controls. This first part of the work enables to prepare an exhaustive repertoire of nosocomial pneumonia pathogenes; to know the prevalence of the pathogens identified and to identify co-infections frequently observed, and especially to ascertain whether these agents can be identified or not in the respiratory samples of patients without symptoms of pneumonia. To perform this part of work, series of samples, including bronchoalveolar lavage (BAL) samples, blood samples and urine samples were collected. These samples were tested by means of modern molecular tools based on the amplification of conserved genes (bacterial 16S rDNA and fungal 18S rDNA genes), followed by highthroutput cloning and sequencing. The atypical pathogens are targeted by PCR tests using specific primers and probes. We also included culture, amoeba co-culture, serological detection of antibodies against selected agents and urinary antigen testing, to compare these routine tests to molecular approaches. Based on molecular testing, we identified a wide repertoire of 160 bacterial species of which 73 were never previously reported in pneumonia samples. Moreover, we found 37 putative new bacterial phylotypes. We also identified 24 fungal species of which 6 have not been previously reported in pneumonia, 7 viruses and surprisingly 6 plant species. Some pathogens considered being typical for ICU pneumonia such as Pseudomonas aeruginosa and Streptococcus species may be detected as commonly in controls as in pneumonia patients which strikingly highlight the existence of a core of pulmonary microbiota.In a second work, following previous works performed in our laboratory which were able to show that 19% of nosocomial pneumonia were determined by micro-organisms associated to amoebae (AAMs) previously ignored or neglected, we used a recent test based on multiplex serology to test for the prevalence of antibodies against the AAMs in the blood of patients admitted to ICU and developed episodes of pneumonia and compare it to the prevalence at the time of admission (controls). As a result, we demonstrate that some AAMs may be more frequently detected after episodes of nosocomial pneumonia than at the admission. In addition, the immune response to AAMS appears to increase when the ICU stay is prolonged.Finally, in order to explore samples for which no microbial aetiology was found, we have developed a subtractive hybridization metagenomic strategy and tested it on different clinical samples. The sensitivity of this strategy was also evaluated. We have demonstrated that our method, based on the detection of DNA and RNA of microorganisms in a single test, allows sensitive detection of different types of microorganisms.

Alors que la science attoseconde connaît un développement fulgurant, le besoin de nouvelles sources laser adaptées à la génération d'impulsions attosecondes uniques est apparu. Grâce à ses propriétés d'accordabilité en fréquence et d'amplification de spectres ultra-larges à même de supporter des durées d'impulsions ultracourtes, conjuguées à la possibilité de stabiliser passivement la phase sous l'enveloppe (CEP) du champ électrique associé à l'impulsion laser, l'amplification paramétrique (OPA) s'est imposée comme un des outils incontournables pour la réalisation de telles sources.De plus, un intérêt croissant se manifeste pour la montée en cadence des sources d'harmoniques d'ordre élevé (HHG), en tirant parti des avancées des laser à fibre. Récemment fut démontrée la génération d'impulsions ultracourtes à très haute cadence, stabilisées en phase, dans la partie visible du spectre. Décaler la bande d'amplification vers l'infrarouge présenterait des avantages certains du point de vue de la génération d'harmoniques. En effet, travailler avec une source laser infrarouge permet d'étendre le spectre d'harmoniques et donc de réduire la durée des impulsions attosecondes générées. Jusqu'à présent, l'amplification paramétrique large bande dans l'infrarouge à haute cadence était rendue impossible par la difficulté à générer un signal à ces longueurs d'onde directement à partir d'un laser à fibre.Les travaux exposés ici décrivent la réalisation de nouvelles sources paramétriques, spécifiquement conçues en fonction des exigences de la génération d'impulsions attosecondes uniques, aussi bien en régime de forte énergie qu'à des cadences élevées.Nous présentons tout d'abord le développement d'un OPA avec stabilisation passive de la CEP, capable d'amplifier un spectre d'une largeur de 700 nm centré à 1,75 µm et délivrant une énergie de 450 µJ à la cadence de 10 Hz. Puis, nous détaillons une architecture originale d'amplification paramétrique à haute cadence pompé par un laser à fibre, qui nous a permis de générer des impulsions stabilisées en phase d'une durée inférieure à trois cycles optiques à la longueur d'onde centrale de 2,2 µm, avec une énergie de 5 µJ à la cadence de 100 kHz.Enfin, nous explorons la possibilité d'accroître la puissance de sortie des OPA infrarouges large bande à des niveaux de plusieurs dizaines de watts, grâce à la technique de combinaison paramétrique de plusieurs faisceaux de pompe fibrés. / While attosecond science reaches new frontiers in physics, the need for innovative primary sources suited for the generation of single attosecond (as) pulses emerges. Featuring high tunability, ultra-broadband amplification bandwidth and the ability of passively stabilizing the random Carrier-Envelope Phase (CEP) of any pump laser, Optical Parametric Amplification (OPA) has proven to be one of the most effective tools to meet the stringent requirements of High-Order Harmonics (HHG) driving sources.Moreover, there is a growing interest for higher repetition rate HHG sources, pumped by Ytterbium-doped fiber lasers. High-repetition rate, CEP-stable, few cycle pulses have been successfully generated by OPAs operating in the visible part of the spectrum. Shifting the amplified bandwidth towards longer wavelengths would be clearly profitable. In fact, the shorter harmonic wavelength cut-off will allow significantly extending the harmonics spectrum and consequently shorten as pulse durations. Until know, generation of CEP-stable, few-cycle pulses in the infrared at ultra-high repetition rates was impossible due to the issue of generating a broadband infrared seed directly from a fiber laser. This thesis describes the implementation of new supercontinuum-seeded parametric sources, specifically designed for isolated attosecond pulses generation with high energy or high repetition rate.The development of a CEP-stable three-stages OPA source is reported, amplifying a 700 nm broad spectrum at a central wavelength of 1,75 µm with an energy of 450 µJ at a 10 Hz repetition rate. Then, a new architecture based on a two-stage cascaded OPA pumped by a home-made fiber laser is presented, which allowed us to generate CEP-stable 3-cycles pulses at the central wavelength of 2,2 µm, with an energy of 5 µJ at 100 kHz. Finally, we discuss the possibility of increasing the output power of parametric amplifiers to several tens of watts with broadband parametric combination of several fiber-pump beams.

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Ces dernières années, le développement des lasers femtosecondes s’est massivement orienté vers des sources à fortepuissance moyenne pour des applications autant scientifiques - par exemple la génération d’impulsions XUV - qu’industrielles. Cettethèse a consisté à développer une source laser permettant d’amplifier des impulsions ultra-brèves à très haute cadence par un laserà fibre avec d’un côté le développement d’un laser de pompe femtoseconde fibré (<600fs) à haute cadence (100kHz), et de fortepuissance (50W) et de l’autre des amplificateurs paramétriques optiques ultrabrefs (<10fs) pompés par cette même source. Pour cela,au sein d’une architecture à dérive de fréquence de fort étirement (2ns), nous avons exploité les propriétés des fibres photoniques à trèsgros coeur dopé à l’Ytterbium qui, pour approcher des énergies proches de 1mJ, nécessitent d’effectuer des études d’endommagement etde préparation des fibres. Nous avons alors pu démontrer une puissance maximale de 90W mais d’excellents résultats ont été établis dansun régime stable et robuste pour lequel ce laser délivre une puissance de 60W avec des impulsions de durées inférieures à 400fs. Aprèsdoublage en fréquence, ce laser a permis alors d’amplifier en deux étages dans des cristaux de BBO des bandes spectrales supérieuresà 300nm centrées autour de 800 nm avec une énergie par impulsion de 19[mu] J (1.9W). Avec un système d’étirement et de compressionbasé sur la combinaison de lames de silice et de miroirs à dérive de fréquence, ces impulsions ont pu atteindre une durée finale de 9.7fs.Ainsi, ces deux sources permettent d’ouvrir la voie à de vastes champs d’investigation en physique moléculaire et atomique. / In recent years, the development of femtosecond lasers has been heavily oriented towards high average power sources forboth scientific experiments - such as XUV pulses generation - as well as for industrial applications. This work has been devoted to developa laser source able to amplify ultra-short pulses at a very high repetition rate. In one hand, we develop a high average power (50W)pump laser based on a Fiber Chirped Pulse Amplification (FCPA) technology delivering 400 fs pulses at a high repetition rate (100kHz).In the other hand, a multistage ultrafast optical parametric amplifiers (<10fs) pumped by this source has been then implemented. Toachieve this, we took the benefits of the Ytterbium-doped large-core photonics fibre’s properties in order to approach energies closeto 1mJ. Even in a highly stretched chirped pulse architecture (2ns), using this kind of technology, required to perform studies overdamage and preparation processes of fibers. Thereby, we demonstrated a maximum output power of 90W, but excellent results havebeen obtained in a stable and robust regime in which this laser delivers 60W with pulse durations shorter than 400fs. After frequencydoubling, this laser was sent as a pump into a two-stages - non collinear parametric amplifier made with BBO crystals and a spectrumdelivered a by a CEP-Stable-6fs Ti :sa oscillator has been amplified around 800nm over a spectral bandwidth larger than 300nm witha pulse energy of 19[mu] J (1.9W). By using a stretching and compression scheme based on the combination of silica wedges and chirpedmirrors, the final pulses have been then recompressed down to 9.7fs. These laser systems can be now used to pave the way for vast fieldsof investigation in molecular and atomic physics.

<p>Many of our closest relatives, the primates, are endangered and could be extinct in a near future. To increase the knowledge of non-human primate genomes, and at the same time acquire information on our own genomic evolution, studies using high-throughput technologies are applied, which raises the demand for large amounts of high quality DNA.</p><p>In study I and II, we evaluated the multiple displacement amplification (MDA) technique, a whole genome amplification method, on a wide range of DNA sources, such as blood, hair and semen, by comparing MDA products to genomic DNA as templates for several commonly used genotyping methods. In general, the genotyping success rate from the MDA products was in concordance with the genomic DNA. The quality of sequences of the mitochondrial control region obtained from MDA products from blood and non-invasively collected semen samples was maintained. However, the readable sequence length was shorter for MDA products.</p><p>Few studies have focused on the genetic variation in the nuclear genes of non-human primates. In study III, we discovered 23 new single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the Y-chromosome of the chimpanzee. We designed a tag-microarray minisequencing assay for genotyping the SNPs together with 19 SNPs from the literature and 45 SNPs in the mitochondrial DNA. Using the microarray, we were able to analyze the population structure of wild-living chimpanzees.</p><p>In study IV, we established 111 diagnostic nucleotide positions for primate genera determination. We used sequence alignments of the nuclear epsilon globin gene and apolipoprotein B gene to identify positions for determination on the infraorder and Catarrhini subfamily level, respectively, and sequence alignments of the mitochondrial 12S rRNA (MT-RNR1) to identify positions to distinguish between genera. We designed a microarray assay for immobilized minisequencing primers for genotyping these positions to aid in the forensic determination of an unknown sample.</p>

Many of our closest relatives, the primates, are endangered and could be extinct in a near future. To increase the knowledge of non-human primate genomes, and at the same time acquire information on our own genomic evolution, studies using high-throughput technologies are applied, which raises the demand for large amounts of high quality DNA. In study I and II, we evaluated the multiple displacement amplification (MDA) technique, a whole genome amplification method, on a wide range of DNA sources, such as blood, hair and semen, by comparing MDA products to genomic DNA as templates for several commonly used genotyping methods. In general, the genotyping success rate from the MDA products was in concordance with the genomic DNA. The quality of sequences of the mitochondrial control region obtained from MDA products from blood and non-invasively collected semen samples was maintained. However, the readable sequence length was shorter for MDA products. Few studies have focused on the genetic variation in the nuclear genes of non-human primates. In study III, we discovered 23 new single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the Y-chromosome of the chimpanzee. We designed a tag-microarray minisequencing assay for genotyping the SNPs together with 19 SNPs from the literature and 45 SNPs in the mitochondrial DNA. Using the microarray, we were able to analyze the population structure of wild-living chimpanzees. In study IV, we established 111 diagnostic nucleotide positions for primate genera determination. We used sequence alignments of the nuclear epsilon globin gene and apolipoprotein B gene to identify positions for determination on the infraorder and Catarrhini subfamily level, respectively, and sequence alignments of the mitochondrial 12S rRNA (MT-RNR1) to identify positions to distinguish between genera. We designed a microarray assay for immobilized minisequencing primers for genotyping these positions to aid in the forensic determination of an unknown sample.

Since the emergence of biology as a quantitative science in the past century, a lot of biological discoveries have been driven by milestone technical advances such as X-ray crystallography, fluorescence microscopy and high-throughput sequencing. Fluorescence microscopy is widely used to explore the nanoscale cellular world because of its superb sensitivity and spatial resolution. However, many species (e.g. lipids, small proteins) are non-fluorescent and are difficult to label without disturbing their native functions. In the first part of the dissertation, we explore using three different contrast mechanisms for label-free imaging of these species – absorption and stimulated emission (Chapter 2), heat generation and diffusion (Chapter 3) and nonlinear scattering (Chapter 4). We demonstrate label-free imaging of blood vessels, cytochromes, drugs for photodynamic therapy, and muscle and brain tissues with three dimensional optical sectioning capability. With the rapid development of high throughput genotyping techniques, genome analysis is currently routinely done genome-wide with single nucleotide resolution. However, a large amount of starting materials are often required for whole genome analysis. The dynamic changes in DNA molecules generate intra-sample heterogeneity. Even with the same genome content, different cells often have very different transcriptome profiles in a functional organism. Such intra-sample heterogeneities in the genome and transcriptome are often masked by ensemble analysis. In this second part of the dissertation, we first introduce a whole genome amplification method with high coverage in sequencing single human cells (Chapter 6). We then use the technique to study meiotic recombinations in sperm cells from an individual (Chapter 7). We further develop a technique that enables digital counting of genome fragments and whole genome haplotyping in single cells (Chapter 8). And we introduce our ongoing efforts on single cell transcriptome analysis (Chapter 9). In the end, we introduce our initial effort in exploring the genome accessibility at the single cell level (Chapter 9). Through the development of techniques probing the single cell genome, transcriptome and possibly epigenome, we hope to provide a toolbox for studying biological processes with genome-wide and single cell resolution. / Chemistry and Chemical Biology