Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2012-11-12T18:43:04Z No. of bitstreams: 1 ricardo-de-carvalho.pdf: 1945198 bytes, checksum: 8586b33e6fabb5d0036c0443e9c26caa (MD5) / Made available in DSpace on 2012-11-12T18:43:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ricardo-de-carvalho.pdf: 1945198 bytes, checksum: 8586b33e6fabb5d0036c0443e9c26caa (MD5) Previous issue date: 2005 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / Esta dissertação investiga a aplicação do Controle Estatístico de Processo (CEP) nas principais fases da produção da suspensão viral (SV) da vacina contra febre amarela produzida em Bio-Manguinhos/FIOCRUZ, Brasil. Empregada na formulação do produto final, a SV é preparada em várias etapas, utilizando a tecnologia aperfeiçoada no Brasil (egg passage), desde 1937. O sistema de CEP implantado está baseado em recursos computacionais, perfeitamente adaptados à realidadeda Instituição. Os gráficos de controle foram a principal ferramenta estatística empregada.Sete variáveis relativas às etapas da produção da SV foram estudadas: perdas de ovos no transporte; ovos não embrionados; embriões mortos na primeira incubação; perdas na inoculação; embriões mortos na segunda incubação; perdas na coleta de embriões e rendimento na coleta de embriões. Dentre as variáveis investigadas, perdas por transporte e fertilidade dos ovos não sofrem interferência direta da produção, porém são de fundamental importância para as fases seguintes e, por esse motivo, foram estudadas. Os resultados mostraram que seis variáveis, das sete analisadas, apresentaram resultados sob controle, ainda que duas delas não tenham atendido a uma das regras sensibilizantes estabelecidas: ovos não embrionados e perdas na coleta. A variável rendimento ficou caracterizada como não controlada.Em relação à capacidade, os processos de transporte de ovos e ovos não embrionados foram classificados como processos incapazes (Cpk< 1,00). Os processos com as variáveis embriões mortos na primeira incubação e perdas na inoculação foram considerados como relativamentecapazes (1,00 ≤Cpk < 1,33) e, finalmente, os processos com variáveis embriões mortos na segunda incubação e perdas na coleta foram considerados capazes (Cpk ≥1,33). Pela análise do conjunto, os resultados indicam a necessidade de ajustes, intensificação e controle contínuo dos processos que estão sendo praticados. / This work deals with the application of Statistical Control Process (SCP) to the main parts of the production of Viral Suspension (VS) ofthe yellow fever vaccine manufactured by Bio-Manguinhos/FIOCRUZ, Brazil. The VS is used in the formulation of the final product and is prepared in several steps, using a technology (egg passage), which has been being improved in Brazil since 1937. The SCP system used is based on computational resources that are well adapted to the Institution reality. Control graphs were the main statistical tools employed. Seven variables related to the productionof the VS were investigated: transporting losses of eggs; non-germinated eggs; dead embryos during the first incubation; losses during inoculation; dead embryos during the second incubation; losses during embryo collect and efficiency in collecting embryo. Among the studied variables, transporting losses and fertility of eggs do not relate directly to the production, but are of fundamental importance for the subsequent steps, and were also studied for this reason. The results showed that six out of seven analyzed variables were under control, although two of them did not attend one of the established sensitivity rules: non germinated eggs and losses in collecting. Efficiency ended up characterized as a non-controlled variable. As far as capacity is concerned, transporting of eggs and non-germinated eggs were classified as uncapable processes (Cpk < 1,00). Dead embryos during the first incubation and losses during inoculation were considered as relatively capable processes (1,00 ≤Cpk < 1,33). Finally, dead embryos during the second incubation and losses in collecting embryo were considered capable processes (Cpk ≥1,33). The results, thus, show a necessity of adjustments,intensification and continuous control of the currently used processes.

Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2012-12-10T13:43:12Z No. of bitstreams: 1 marisol-simoes.pdf: 2202112 bytes, checksum: 3f9f53685909ddd3fdd381f8f3692f14 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-12-10T13:43:12Z (GMT). No. of bitstreams: 1 marisol-simoes.pdf: 2202112 bytes, checksum: 3f9f53685909ddd3fdd381f8f3692f14 (MD5) Previous issue date: 2011 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Imunobiológicos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / A febre amarela é causada pelo vírus protótipo do gênero Flavivirus e é transmitida ao homem através da picada de mosquitos hematófagos infectados com o agente viral. A doença permanece endêmica em regiões das florestas tropicais da África e América do Sul, apesar da disponibilidade de vacinas eficazes contra o vírus da FA – 17D-204 e 17DD – consideradas seguras e altamente imunogênicas, capazes de induzir uma rápida resposta imune específica, com a formação de anticorpos neutralizantes que aparecem precocemente, são protetores e de longa duração. O teste de neutralização por redução de placas de lise (PRNT) é considerado o teste mais sensível e mais específico para a detecção e quantificação dos anticorpos neutralizantes, sendo o método de referência para a avaliação da resposta imune protetora após a vacinação. Este estudo avaliou a confiabilidade e a acurácia do micro PRNT50 (aplicado em placas de 96 poços) tomando como referência o PRNT 50 (aplicado em placas de 6 poços) e comparou o desempenho do micro PRNT50 com o micro PRNT90 (redução de 50% e 90% das placas de lise, respectivamente). Foram selecionados 200 soros de indivíduos brasileiros que participaram de um estudo clínico de dose-resposta da vacina 17DD produzida em Bio-Manguinhos. A repetibilidade foi aferida a partir de três repetições independentes do teste para cada um dos 200 soros por uma dupla operadora e o mesmo procedimento foi realizado pelas outras duas duplas operadoras, com a finalidade de determinar a reprodutibilidade do micro PRNT50 . Foram determinados o Coeficiente de Correlação Intraclasse (CCI) e o Coeficiente de Correlação de Pearson. As medidas de acurácia determinadas neste estudo foram sensibilidade, especificidade, acurácia global, prevalência e valores preditivos positivo (VPP) e negativo (VPN). A curva ROC também foi utilizada para determinar o melhor ponto de corte do micro PRNT50 . Na avaliação da repetibilidade, os CCIs das duplas operadoras variaram entre 0,62 e 0,76; e os coeficientes de correlação de Pearson apresentaram-se entre 0,62 e 0,78. Para a reprodutibilidade, o CCI obtido foi de 0,72 e os coeficientes de correlação de Pearson variaram entre 0,70 e 0,76. As melhores medidas de acurácia foram alcançadas considerando o ponto de corte para o micro PRNT50 de 2,9 Log 10 mUI/mL, o qual apresentou sensibilidade de 91,1%, especificidade de 72,9% e acurácia global de 78%. O melhor desempenho do micro PRNT50 com este ponto de corte foi ratificado pela análise da curva ROC. Considerando um cenário hipotético de surto de FA, a prevalência seria de 28%, com VPP de 56,7% e VPN de 95,5%. O micro PRNT50 apresentou níveis satisfatórios de confiabilidade e de acurácia, mas o micro PRNT90 mostrou desempenho superior com sensibilidade de 100%, especificidade de 94,7% e acurácia global de 95%. Modificações na metodologia do teste e alterações nos critérios de classificação nas leituras dos resultados obtidos serão importantes para melhorar a acurácia do micro PRNT. / Yellow fever is caused by the prototype virus of the genus Flavivirus and it is transmitted to humans through the bite of bloodsucking mosquitoes infected with the viral agent. The disease remains endemic in tropical forest regions from Africa and South America, despite the availability of effective vaccines against yellow fever virus - 17D-204 and 17DD - considered safe and highly immunogenic, capable of inducing a rapid specific immune response, with the formation of neutralizing antibodies that appear early, are protective and long lasting. The plaque reduction neutralization test (PRNT) is considered the most sensitive and most specific test for detection and quantification of neutralizing antibodies, and the reference method for assessing the protective immune response after vaccination. This study evaluated the reliability and accuracy of micro PRNT50 (applied in 96-well plates) with reference to the PRNT50 (applied in 6-well plates) and compared the performance of the micro PRNT50 with the micro PRNT90. Two-hundred serum samples from Brazilian individuals who participated in a clinical study of dose-response of 17DD vaccine produced in Bio-Manguinhos were selected. The repeatability was measured from three independent repetitions of the test for each of the 200 sera by a dual operator and the same procedure was performed by the other two dual operators, in order to determine the reproducibility of the micro PRNT50. The intraclass correlation coefficient (ICC) and Pearson correlation coefficient were determined. Accuracy measures determined in this study were sensitivity, specificity, overall accuracy, prevalence and positive predictive values (PPV) and negative (NPV). The ROC curve was also used to determine the best cut-off point of micro PRNT50 . In the assessment of repeatability, ICCs for dual operators ranged from 0.62 to 0.76, and Pearson correlation coefficients were between 0.62 and 0.78. For reproducibility, the ICC obtained was 0.72 and the Pearson correlation coefficients ranged between 0.70 and 0.76. The best measures of accuracy were achieved considering the cut-off point for the micro PRNT50 of 2.9 log10 mIU/mL, which had a sensitivity of 91.1%, specificity of 72.9% and overall accuracy of 78%. The best performance of micro PRNT50 with this cut-off point was ratified by the ROC curve analysis. Considering a hypothetical scenario of an outbreak of YF, the prevalence would be 28%, with PPV of 56.7% and NPV of 95.5%. The micro PRNT50 showed satisfactory levels of reliability and accuracy, however the micro PRNT90 showed higher performance with sensitivity of 100%, specificity of 94.7% and overall accuracy of 95%. Modifications in the test methodology and changes in the classification criteria in the readings of the results obtained will be important to improve the accuracy of micro PRNT.

Submitted by Priscila Nascimento (pnascimento@icict.fiocruz.br) on 2013-03-20T19:12:45Z No. of bitstreams: 1 Tiago_Póvoa.pdf: 6904413 bytes, checksum: 89b7d7a97e24eb2dfd28a1d63fbce130 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-03-20T19:12:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tiago_Póvoa.pdf: 6904413 bytes, checksum: 89b7d7a97e24eb2dfd28a1d63fbce130 (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / A dengue representa um sério problema de saúde pública mundial entre as doenças causadas por arbovírus. Seu agente etiológico, o vírus da dengue, compreende 4 sorotipos antigenicamente distintos (DENV1-4). Os sintomas da dengue variam desde a febre da dengue (FD) até a febre hemorrágica da dengue (FHD) e a síndrome do choque da dengue (SCD). No presente trabalho, iniciamos um estudo com o material obtido de diferentes órgãos (fígado, baço, pulmão, coração e rim) de quatro casos fatais de dengue. Análises histopatológicas revelaram, em todos os casos, áreas com edema e hemorragia; presença de esteatose (micro e macrovesicular) e necrose no fígado; degeneração de fibras cardíacas; necrose tubular aguda dos túbulos contorcidos proximais renais; destruição dos centros germinativos e atrofia de folículos linfóides do baço; espessamento dos septos alveolares e hipertrofia de macrófagos alveolares nos pulmões dos quatro pacientes e também a formação de membrana hialina nos casos 1 e 2. Detectamos antígenos virais em todos os órgãos e também um aumento de infiltrado inflamatório mononuclear, com aumento da população de macrófagos ativados e linfócitos B no rim; predomínio somente de linfócitos B no coração; aumento do número de macrófagos ativados e linfócitos T CD4+ no fígado e pulmão, e de linfócitos T CD8+ no pulmão. No baço, observamos uma diminuição das populações de linfócitos T CD4+, T CD8+ e B. A quantificação de células expressando citocinas mostrou: aumento da expressão de RANTES em todos os órgãos; um equilíbrio entre a produção das citocinas pró-inflamatórias (TNF-α e IFN-γ) e anti-inflamatórias (IL-10 e TGF-β) no fígado, rim e pulmão; aumento das citocinas pró-inflamatórias e diminuição das anti-inflamatórias no baço e o perfil oposto no tecido cardíaco, com predomínio da detecção de TGF-β. Além disso, avaliamos o efeito da infecção com DENV-2 em camundongos BALB/c inoculados pelas vias intraperitoneal (i.p.) e intravenosa (i.v.). A análise histopatológica do fígado e baço destes animais revelou alterações semelhantes às observadas nos casos de dengue (áreas de edema e hemorragia, esteatose, necrose e tumefação no fígado, e desorganização da arquitetura dos folículos no baço). De um modo geral, a inoculação pela via i.p. induziu danos em áreas focais, enquanto a via i.v. provocou lesões mais difusas em ambos os tecidos. Entretanto, essas diferenças entre as vias de inoculação não se refletiram em diferenças nas subpopulações de linfócitos. Verificamos que, em ambos os casos, as alterações das subpopulações linfocitárias ocorreram já no segundo dia de infecção. A quantificação dessas subpopulações revelou uma diminuição de linfócitos B totais e um aumento de linfócitos T CD4+ totais no fígado dos camundongos infectados, enquanto que no sangue, observamos um comportamento inverso dessas subpopulações. Já no baço, verificamos uma diminuição da subpopulação de linfócitos T CD8+ totais e um aumento de linfócitos T CD8+ ativados nos animais com 2 dias de infecção. De um modo geral, tais resultados poderão contribuir para um melhor entendimento da doença e para a validação do modelo experimental murino em novas abordagens vacinais ou terapêuticas. / Dengue is a serious worldwide public health problem among the diseases caused by arboviruses. Its etiologic agent, the dengue virus, comprises four antigenically distinct serotypes (DENV1-4). Dengue symptoms range from the dengue fever (DF) to the dengue hemorrhagic fever (DHF) and dengue shock syndrome (DSS). In the present work, we initiated a study with materials obtained from different organs (liver, spleen, lung, heart and kidney) of four dengue fatal cases. Histopathological analysis revealed, in all cases, areas with edema and hemorrhage; the presence of steatosis (micro and macrovesicular) and necrosis in the liver; degeneration of cardiac fibers; acute tubular necrosis of renal proximal convoluted tubules; destruction of the germinal centers and atrophy of lymphoid follicles in the spleen; thickened alveolar septa and hypertrophy of alveolar macrophages in the lungs of the four patients and also the presence of hyaline membrane in cases 1 and 2. Virus antigens were detected in all organs as well as an increase of mononuclear cell infiltration, with the increase of activated macrophages population and B lymphocytes in the kidney; predominance of only B lymphocytes in the heart; increased number of activated macrophages and CD4+ T cells in the liver and the lung, and of CD8+ T cells in the lung. In the spleen, we observed a decrease of CD4+ T, CD8+ T and B populations. The quantification of cells expressing cytokines showed: increase of RANTES expression in all organs, a balance between production of proinflammatory (TNF-α e IFN-γ) and anti-inflammatory (IL-10 and TGF-β) cytokines in the liver, kidney and lung; increase of proinflammatory and decrease of anti-inflammatory cytokines in the spleen, while the opposite profile was observed in the cardiac tissue, with the predominance of TGF-β. In addition, we evaluated the effect of DENV-2 infection in BALB/c mice inoculated by the intraperitoneal (i.p.) and intravenous (i.v.) routes. Histopathological analysis in the liver and the spleen of these animals showed alterations similar to those observed in the dengue cases (areas of edema and hemorrhage, steatosis, necrosis and swelling hepatocytes in the liver, as well as disorganization of splenic follicle architectures). In general, results indicated that the i.p. inoculation induced damages in focal areas, whereas the lesions caused by the i.v. route were more diffused in both tissues. However, these differences between the two inoculation routes were not reflected in differences in the lymphocyte subsets. We observed that changes in lymphocyte subpopulations occurred by the second day after infection in both cases. The quantification of these subpopulations revealed a decrease of total B lymphocytes and an increase of total CD4+ T cells in the liver of infected mice, whereas in the blood we were observed an inverse behavior of such subpopulations. In the spleen, we verified a decrease of the total CD8+ T lymphocyte subpopulation and an increased of activated CD8+ T cells, two days after infection. Overall, these results may contribute to a better understanding of the disease and to the validation of this murine experimental model for novel vaccine or therapeutic approaches.

Made available in DSpace on 2016-03-04T13:55:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 11.pdf: 2838569 bytes, checksum: ff9adb4c0a3745d7fcf024b9e53b8b37 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto de Tecnologia em Fármacos/Farmanguinhos. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O gerenciamento de riscos à qualidade é um processo sistemático de avaliação, controle, comunicação e revisão dos riscos à qualidade, sendo um componente valioso de um sistema da qualidade efetivo e robusto. Visando uma abordagem pró-ativa do monitoramento dos controles existentes e das ações implementadas para o controle dos riscos dos processos produtivos de Bio-Manguinhos, realizou-se um estudo de caso do insumo farmacêutico ativo (IFA) da vacina febre amarela, cujo objetivo foi propor uma metodologia para o monitoramento deste processo produtivo através dos resultados obtidos no gerenciamento de riscos à qualidade. O IFA produzido no Laboratório de Febre Amarela (LAFAM) do Departamento de Vacinas Virais (DEVIR), é obtido a partir da cepa atenuada 17DD do vírus da febre amarela cultivada em ovos embrionados de galinha spf (ovos livres de agentes patogênicos específicos) e este é utilizado na produção da vacina febre amarela, que atualmente encontra-se com a tecnologia 100% brasileira. O LAFAM é uma unidade reconhecida internacionalmente como fabricante da vacina antiamarílica. Devido à sua importância para Bio-Manguinhos, somado à experiência e conhecimento dos especialistas do Instituto no processo, este foi o primeiro IFA a ter uma avaliação de riscos das etapas do processo produtivo através da ferramenta FMEA (Failure Mode and Effect Analysis). Para alcançar o objetivo proposto, utilizou-se a folha de verificação que é uma ferramenta da qualidade, tendo como critério para o monitoramento das atividades, os controles existentes e as ações implementadas para o controle dos riscos com as suas respectivas frequências, que foram definidas de acordo com o nível do modo de falha identificados na avaliação de riscos do processo produtivo. Como resultado do estudo, foram elaboradas 9 folhas de verificação, sendo uma para cada etapa do processo produtivo, além da metodologia para o monitoramento, foram sugeridas propostas de melhoria nos documentos internos (protocolos) usados para o registro do processo produtivo. A utilização da folha de verificação, mesmo na ausência de aplicação desta, demonstrou ser bastante útil na medida em que se tem a necessidade de saber com que frequência certos eventos acontecem? e para obter dados factíveis da efetividade dos controles existentes e das ações implementadas para controlar os riscos dos modos de falhas identificados neste processo. Devem ser realizados estudos futuros para a revisão das folhas de verificação com o objetivo de propor novos monitoramentos e/ou novas ferramentas, ampliando o escopo da metodologia, que venha a abranger efetivamente todas as etapas críticas do processo e que esta possa ser implementada em outros processos produtivos de Bio-Manguinhos que já tenham o seu mapeamento concluído. / The quality risk management is a systematic process of evaluation, control and review of risks that could be related to quality, it is an important component of an effective and robust quality system. Aiming a proactive approach of monitoring, existing controls and implemented actions to control the risks of Bio-Manguinhos’ manufacture processes, were conducted a case study of Active Pharmaceutical Ingredient (API) of yellow fever vaccine. The objective of this study was suggesting a methodology to monitor this process based on the quality risk management results. The API produced in Yellow Fever Lab of Viral Vaccines Department is obtained from 17DD, attenuated strain of yellow fever virus, grown in chicken embryonic SPF eggs (Specifics Pathogens Free) and this API is used on the yellow fever vaccine, that actually is produced by a 100% Brazilian technology. The Yellow Fever Lab is internationally recognized as the lab of vaccine against yellow fever. Due to its importance to Bio-Manguinhos and the experience and knowledge of its staff, this was the first API to have a risk evaluation of the manufacture process based on FMEA (Failure Mode and Effect Analysis) tool. To achieve the proposed objective, the check sheet was used which is a tool having as criteria for monitoring activities, the controls and the actions taken to control the risks with their respective frequencies, that were defined considering the identified fail mode level during the manufactured process risk evaluation. The results of this study allow the elaboration of 9 check sheets, one for each manufacture process step, besides of monitoring methodology, were suggest improvement proposals in the internal documents (forms) that are used to record the manufacture process. The check sheet utilization, even if in the absence of its application, demonstrated that is very useful when we have to know what is the frequency that certain events occurs? And to obtain real data of effectiveness of existent controls and implemented actions to control the risks of fail modes identified during this process. Future studies should be conducted to review the check sheets in order to propose new monitoring and / or new tools, expanding the scope of the methodology, which will effectively cover all critical process steps and that can be applied in other to manufacture processes of Bio-Manguinhos which have already your completed mapping.

This thesis deals with infectious diseases transmitted by arthropods in the Czech Republic in period of 2002 - 2011. Meeting the objectives and answer the research questions, I managed using secondary analysis of reported cases infectious diseases transmitted by arthropods in the information system for reporting and recording of infectious diseases - EPIDAT and literature review and subsequent analysis of scientific articles. Important additional informations were provided by State Veterinary Institute in Prague and the National Reference Laboratory for arboviruses in Ostrava. Thesis does not deal with number of single values, but it is focused on epidemiological severity of analyzed cases, severity of clinical course and risk of introducing infection in the Czech Republic. Theoretical part of the thesis describes selected arboviruses infections. Tick-borne encephalitis is one of the most important diseases transmitted by arthropods in our surroundings. Number of reported cases of tick-borne encephalitis was quite constant in monitored period 2002 - 2011, according to my research and statistical verification. Highest morbidity was in 2006. The same year the highest incidence of disease Tick-borne encephalitic was reported in region of Vysočina. This number is far closer to number of reported cases in region of South Bohemia which was the most affected region thought the entire period. Prevention exists against tick-borne encephalitis. It is vaccination which is recommended for people staying in natural foci of infection in the Czech Republic and abroad. In the Czech republic becomes more important West Nile fever. Increased incidence of this disease is recorded in the USA, but also in many European countries (eg Greece, Hungary, Italy) in recent years. One of the goals of this thesis is to characterize the surveillance of West Nile fever in the Czech republic. Monitoring antibody titer against West Nile virus in the serum of horses is one of the basic elements of surveillance of this disease in our country. 5 samples of the blood serum was increased titers of antibodies to West Nile virus. Various geographic distribution of horses and high specific antibody titers indicate increasing activity of West Nile virus. Clinical disease of horses not being recorded in the Czech republic. In the field of human medicine have been reported three imported cases of West Nile fever. Other arboviruses infections, that appeared in our country, is dengue disease and viral disease Chikungunya. In the monitored period there were a total of 98 reported cases of imported disease. Most cases were imported from India. Three cases of Chikungunya disease were reported in 2006 in connection with a stay on the island of Mauritius, where was the epidemic at this time. People can travel freely and there is the risk of importing diseases from the tropics and subtropics. Some infections transmitted by arthropods are in areas where it was previously absent recently. Prevention is essential. Specific and non-specific prevention. Another important element of prevention is strict adherence to methods for surveillance of disease.Viral infections transmitted by arthropods are among the most important emergent infectious diseases. In addition to malaria, malnutrition and helminth infection are the largest public health problem, not only in third world countries.

Os Flavivírus são vírus de 40 50 nm de diâmetro, com formas esféricas e RNA de fita simples, com sentido positivo e aproximadamente 11 kb de comprimento. O Vírus da Febre Amarela, protótipo do grupo, é o agente causador da Febre Amarela, uma antiga doença que causou epidemias generalizadas na África, Américas do Norte e do Sul e Europa do século XVII ao início do século XX, e depois ressurgiu nas últimas décadas na África sub- saariana e América do Sul tropical. O presente trabalho busca a reconstrução da transmissão da Febre Amarela na América do Sul, no tempo e espaço, em especial, considerando a provável influência das populações humanas, primatas não humanos e mosquitos, na evolução e distribuição das linhagens genéticas de Febre Amarela, aplicando modelos de inferência Bayesiana para análises filogenéticas e filogeográficas e testando hipóteses de distribuição geográfica com modelagem de nicho ecológico. Os dados dão poucas evidências de que as estratégias de vacinação vigentes tenham efetivamente colaborado para a diminuição da ocorrência de Febre Amarela, indicando possíveis erros na estratégia de vacinação. A partir da análise Coalescente da população viral de Febre Amarela, a população viral apresentou um decréscimo importante iniciado em meados dos anos 90. A análise filogeográfica sugere um padrão geral de transmissibilidade Source-Sink destacando a região amazônica como fonte de diversidade para as outras áreas estudadas, com uma estrutura filogeográfica secundária em ondas. Assim, as introduções do vírus em áreas fora da amazônia tem ocorrência aleatória e podem ser ligadas temporalmente e geograficamente ao norte da America do Sul. Os modelos de distribuição geográfica corroboram esse padrão e indicam uma área possível para circulação da Febre Amarela ampla, englobando diversos ecótonos. Os resultados indicam um possível efeito em longo prazo da vacinação atuando diretamente sobre a evolução e dinâmica filogenética da Febre Amarela e sugere que monitorar a evolução do vírus da Febre Amarela é uma estratégia válida para compreender sua distribuição geográfica e evidenciar mecanismos complexos de transmissão e introdução. Por sua vez, os modelos de Nicho Ecológico mostraram ser ferramentas adequadas para calcular o risco da doença em determinadas áreas, sem sua ocorrência prévia, contribuindo como um modelo preditivos para orgãos de Vigilância prepararem suas estratégias de prevenção e controle no caso de possível introdução de patógenos / The flaviviruses are viruses of 40-50 nm in diameter, with spherical shaped and single-strand RNA with positive sense and approximately 11 kb in length. The Yellow Fever virus is the prototype of the group and the causative agent of Yellow Fever, a disease which caused widespread epidemics in Africa, North America, South America and Europe of the seventeenth century to the early twentieth century. The disease reemerged in recent decades in sub-Saharan Africa and tropical South America. This manuscript aims to reconstruct, in time and space, the transmission of yellow fever in South America, through the applying of a Bayesian inference model, considering the probable influence of human populations, nonhuman primates and mosquitoes on the evolution and distribution of Yellow Fever genetic lineages. Distributional pattern hypothesis will be tested by computational modeling of ecological niche. The data provide little evidence that current vaccination strategies have effectively contributed to reducing the occurrence of Yellow Fever, indicating possible errors in the vaccination strategy. From the analysis of the Yellow Fever population Coalescence, the viral population showed a significant decrease started in the mid-90s. The phylogeographic analysis suggests a general pattern of transmissibility \"Source-Sink\" highlighting the Amazon region as a source of diversity for the other areas studied, with a secondary phylogeographic wave like structure. Thus, the introductions of the virus into areas outside the Amazon has random occurrence and can be linked temporally and geographically to the north of South America The geographical distribution models corroborate this pattern and indicate a broad possible area for Yellow Fever circulation, encompassing many ecotones. The results indicate a possible long-term effect of vaccination acting directly on the evolution and phylogenetic dynamics of Yellow Fever and suggests that monitoring the evolution of the Yellow Fever virus is a valid strategy to understand the geographical distribution and highlight complex transmission mechanisms and spatial movements. In turn Ecological Niche models showed as an appropriate tool to calculate disease risk in certain areas without previous occurrence of the disease, working as a predictive model for Surveillance institutions prepare their strategies for prevention and control in the case of possible pathogen introduction

Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The Brazilian spotted fever is an infectious disease transmitted by ticks to humans. The occurrence of Rickettsia rickettsii agent has been reported in Brazil since 1920 and is considered the main bacteria involved in Brazilian Spotted Fever. Since 2000, four other current species have been identified in the country, as follows: Rickettsia riphicephali, Rickettsia amblyommi, Rickettsia parkeri and Rickettsia felis. R. parkeri was first isolated in Amblyomma maculatum on the Gulf Coast of the United States in 1937, but until 2004 was considered as non-pathogenic agent, when was the first recognized case of spotted fever in humans caused by this species. Recently a new human rickettsial infection was reported to cause disease in São Paulo, being called Rickettsia parkeri Strain Atlantic Forest. This study aimed to detect and identify proteins with potential to stimulate the immune system of the host of this new strain described. Therefore, we performed total protein extraction R. parkeri Strain Atlantic Forest from infected VERO cell samples. The extracted proteins were fractionated by electrophoresis in polyacrylamide gel in the presence of sodium dodecyl sulfate (SDS-PAGE). The proteins were transferred to nitrocellulose membranes by semi-dry electrotransfer system and subjected to Western blot. Subsequently, the membrane was incubated with domestic rabbit hyperimmune serum against R. parkeri Strain Atlantic Forest (primary antibodies) followed by incubation with anti-rabbit IgG peroxidase-conjugated antibody (secondary antibody) to detect the primary antibodies bound to the proteins . Obtaining the hyperimmune rabbit serum was performed by experimental infection of R. parkeri Strain Atlantic Forest in domestic rabbit, intraperitoneally. After incubation, the disclosure of immunoreactive proteins was performed using a chromogenic substrate. 2 immunoreactants were detected proteins with more than 78 kDa (200 e 130 kDa) and 5 with less than 78 kDa. By comparing existing proteomic maps and the molecular weight of these proteins showed that, it is suggested that rOmpA (200 kDa) and rOmpB (130 kDa) are among the proteins detected and the remaining proteins found are members of the family of surface antigens cell (Sca - Surface cell antigen). However, one can not say that these proteins represent only reactive immunity to R. parkeri Strain Atlantic Forest, or that are homologous to other species. However, studies using the Modern Liquid Chromatography technique associated with mass spectrometry (LC/MS/MS) must be conducted for protein characterization. Preliminary results obtained in this study allowed further elucidation of protein profile of this agent, providing subsidies for the development of highly sensitive and specific diagnoses, as well as studies allow for the realization of a vaccine, as an alternative for the control and prevention of Brazilian Spotted Fever. / A Febre Maculosa Brasileira é uma doença infecciosa, transmitida por carrapatos ao homem. A ocorrência do agente Rickettsia rickettsii tem sido relatada no Brasil desde 1920, sendo considerada a principal bactéria envolvida na Febre Maculosa Brasileira. Desde 2000, outras quatros espécies circulantes foram identificadas no país, sendo: Rickettsia riphicephali, Rickettsia amblyommi, Rickettsia parkeri e Rickettsia felis. R. parkeri foi isolada pela primeira vez em Amblyomma maculatum, na Costa do Golfo dos Estados Unidos da América em 1937, porém até 2004 era considerada como agente não patogênico, quando então houve o primeiro caso reconhecido de Febre Maculosa em humanos ocasionado por essa espécie. Uma nova riquetsiose humana foi descrita como causadora da doença no Estado de São Paulo, sendo denominada de Rickettsia parkeri cepa Mata Atlântica. O presente trabalho teve como objetivo detectar e identificar proteínas com potencial de estimular o sistema imune do hospedeiro desta nova cepa descrita. Para tanto, foi realizado a extração proteica total de R. parkeri cepa Mata Atlântica a partir de amostras de células VERO infectadas. As proteínas extraídas foram fracionadas por eletroforese em gel de poliacrilamida na presença de dodecil-sulfato de sódio (SDS-PAGE). Estas proteínas foram transferidas para membranas de nitrocelulose através do sistema semi-seco de eletrotransferência e submetidas à técnica de Western blot. Posteriormente, a membrana foi incubada com soro hiperimune de coelho doméstico contra R. parkeri cepa Mata Atlântica (anticorpos primários), seguido de incubação com anticorpo anti-IgG de coelho conjugado com peroxidase (anticorpo secundário), para detectar os anticorpos primários ligados às proteínas. A obtenção do soro de coelho hiperimune foi realizada através da infecção experimental de R. parkeri cepa Mata Atlântica em um coelho doméstico, via intraperitoneal. A revelação das proteínas imunorreativas foi efetuada através de substrato cromogênico. Foram detectadas 2 proteínas imunorreagentes com mais de 78 kDa (200 e 130 kDa ) e 5 com menos de 78 kDa. Através da comparação de mapas proteômicos existentes e pelo peso molecular que estas proteínas apresentaram, sugere-se que rOmpA (200 kDa) e rOmpB (130 kDa) estejam entre as proteínas detectadas e as demais proteínas encontradas, sejam membros da família de antígenos de superfície celular (Sca Surface cella ntigen). No entanto, não se pode afirmar que estas proteínas apresentam imunidade reativa única para R. parkeri cepa Mata Atlântica, ou se são homólogas a outras espécies de riquetsias. Contudo, estudos empregando a técnica de Cromatografia Líquida Moderna associada a Espectrometria de Massas (LC/MS/MS) deverão ser conduzidos para a caracterização proteica. Os resultados preliminares obtidos neste estudo permitiram maior elucidação do perfil proteico deste agente, fornecendo assim subsídios para o desenvolvimento de diagnósticos altamente sensíveis e específicos, bem como permitir estudos para a realização de uma vacina, como alternativa para o controle e prevenção da Febre Maculosa Brasileira.

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:55:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MariaCSS.pdf: 226872 bytes, checksum: 5198c11c0d1b74ef4c431b468f17ac87 (MD5) Previous issue date: 2006-08-29 / This study sprang from the hypothesis that spatial variations in the morbidity rate for dengue fever within the municipality of Natal are related to intra-city socioeconomic and environmental variations. The objective of the project was to classify the different suburbs of Natal according to their living conditions and establish if there was any correlation between this classification and the incidence rate for dengue fever, with the aim of enabling public health planners to better control this disease. Data on population density, access to safe drinking water, rubbish collection, sewage disposal facilities, income level, education and the incidence of dengue fever during the years 2001 and 2003 was drawn from the Brazilian Demographic Census 2000 and from the Reportable Disease Notification System -SINAN. The study is presented here in the form of two papers, corresponding to the types of analysis performed: a classification of the urban districts into quartiles according to the living conditions which exist there, in the first article; and the incidence of dengue fever in each of these quartiles, in the second. By applying factorial analysis to the chosen socioeconomic and environmental indicators for the year 2000, a compound index of living condition (ICV) was obtained. On the basis of this index, it was possible to classify the urban districts into quartiles. On undertaking this grouping (paper 1), a heterogeneous distribution of living conditions was found across the city. As to the incidence rate for dengue fever (paper 2), it was discovered that the quartile identified as having the best living conditions presented incidence rates of 15.62 and 15.24 per 1000 inhabitants respectively in the years 2001 and 2003; whereas the quartile representing worst living conditions showed incidence rates of 25.10 and 10.32 for the comparable periods. The results suggest that dengue fever occurs in all social classes, and that its incidence is not related in any evident way to the chosen formula for living conditions / Este estudo partiu da hip?tese de que as varia??es espaciais na magnitude da morbidade por dengue em Natal s?o influenciadas pelas desigualdades intra-urbanas de fatores socioecon?micos e ambientais. Visando identificar as diferen?as intr?nsecas de cada um deles, no sentido de fornecer subs?dios para as decis?es dos gestores p?blicos no que se refere ao controle da dengue, esta disserta??o teve como objetivo caracterizar os bairros da cidade do Natal de acordo com as condi??es de vida. Foram utilizados dados populacionais sobre densidade demogr?fica, abastecimento de ?gua, coleta de lixo, esgotamento sanit?rio, renda, escolaridade e incid?ncia da dengue no per?odo de 2001 e 2003. Esses dados foram provenientes do Censo Demogr?fico 2000 e do Sistema de Informa??es de Agravos Notific?veis -SINAN. O estudo foi apresentado sob a forma de dois artigos, de acordo com o recorte espacial utilizado: quatro estratos de condi??o de vida, no primeiro; e incid?ncia da dengue em cada estrato de condi??o de vida, no segundo. A partir dos indicadores referentes ?s condi??es socioecon?micas e ambientais obteve-se, por meio de an?lise fatorial, um indicador sint?tico da condi??o de vida (ICV). Com base no ICV, os bairros foram agrupados, para a constitui??o de quatro estratos de condi??o de vida. Na categoriza??o dos bairros segundo condi??es de vida (artigo 1) identificou-se uma distribui??o heterog?nea entre os bairros. Nos estratos (artigo 2), o de melhor condi??o de vida apresentou coeficiente de incid?ncia igual a 15,62 e 15,24 nos per?odos de 2001 e 2003, para cada 1000 habitantes, respectivamente; o estrato de pior condi??o de vida mostrou os coeficientes de incid?ncia de 25,10 e 10,32 para os per?odos de 2001 e 2003, respectivamente. Os resultados sugerem que este agravo ocorre em todas as classes sociais, a sua incid?ncia n?o est? relacionada de alguma forma evidente com o ICV

The recent and human caused environmental changes interfered with the evolutionary interactions between parasites and hosts. These changes accidentally benefited those few animals species, more adapted to the altered environment. However, the biodiversity of parasites was affected, and some parasitic species were benefited as well. In the case of ticks, those species which, after the changes, found abundant hosts and suitable environment were benefited. In Brazil, capybara (Hydrochaeris hydrochaeris Linnaeus 1766) and the associated ticks Amblyomma cajennense Fabricius 1787 and Amblyomma dubitatum Neumann 1899, expanded in many urban areas where they threaten human well-being and domestic animals. These ticks cause pruritic skin lesions and blood feed on their hosts moreover, they are associated, in some places, with the transmission of Spotted fever, a highly lethal disease for man. This study aimed to analyze the factors that determine the establishment and expansion of capybaras and ticks in urban areas in the city of Uberlandia, Minas Gerais State, Brazil. For this purpose in 2008 monthly direct counting of capybaras per transect in four urban areas and an ecological reserve were held and abundance and density index were calculated. Ticks were collected from the environment in the summer of 2008 using CO2 traps and flannel dragging on the same transects. It was observed that populations of capybara, in groups with number of individuals higher then those found in natural areas, were established in such places that, in addition to food and water bodies, were protected day and night surveillance. The greater abundance of ticks of the species A. cajennense and A. dubitatum was found at the site with the greatest abundance of capybaras. The results therefore indicate that beyond the minimum requirements for the establishment of capybaras such as food and water, protection from men itself, even though accidentally, is a major factor in the establishment and proliferation of capybaras in urban areas. This increase in the number of such host always implies in high environmental infestation of ticks and increased risk of bites and of pathogen transmission. Therefore, capybaras in urban areas should be considered synanthropic and effective methods of population control must be developed. / As modificações ambientais de origem antrópica beneficiaram acidentalmente alguns animais que se adaptaram a áreas modificadas. Contudo, a biodiversidade de parasitos também foi afetada com o favorecimento de algumas espécies em detrimento de outras. No caso de carrapatos foram beneficiadas aquelas espécies que encontraram hospedeiros e ambientes propícios. No Brasil capivaras (Hydrochaeris hydrochaeris Linnaeus 1766) e os carrapatos Amblyomma cajennense Fabricius 1787 e Amblyomma dubitatum Neumann 1899, se expandiram em muitas áreas urbanas onde ameaçam o bem estar humano e de animais domésticos pelas lesões cutâneas infligidas e espoliação. Além disso, estão associados, em alguns locais, á transmissão da febre maculosa, doença de elevada letalidade ao homem. Este trabalho teve por objetivo analisar os fatores que determinam o estabelecimento e expansão de capivaras e carrapatos em áreas urbanas na cidade de Uberlândia. Em 2008 realizou-se mensalmente em quatro áreas urbanas e uma reserva ecológica a contagem direta de capivaras por transectos lineares calculando-se o índice de abundância e densidade. Coletou-se carrapatos do ambiente no verão de 2008 utilizando-se armadilhas de gelo seco e arraste de flanela nos mesmos transectos. Observou-se que populações de capivara em grupos com número de indivíduos superior ao encontrado em áreas naturais se estabeleciam em locais que, além de alimentação e corpos d água eram protegidos em locais com vigilância dia e noite. A maior abundância de carrapatos das espécies A. cajennense e A. dubitatum foi encontrada no local com a maior abundância de capivaras com 79% da amostra de carrapatos coletados. Os resultados indicam, portanto, que além das exigências mínimas para estabelecimento de capivaras como alimentação e água a proteção do próprio homem é um fator primordial no estabelecimento e proliferação de capivaras em áreas urbanas. Este aumento no número de hospedeiro sempre implica em maior infestação de carrapatos e maior risco de picadas e transmissão de patógenos. Portanto, capivaras em áreas urbanas devem ser consideradas espécies sinantrópicas e métodos eficazes de controle populacional precisam ser desenvolvidos. / Mestre em Ecologia e Conservação de Recursos Naturais

La peste porcine africaine (PPA) est une maladie hémorragique contagieuse dévastatrice pour l’élevage porcin pour laquelle aucun traitement ni vaccin ne sont disponibles. Cette infection est due à un virus à ADN, unique membre de la famille des Asfarviridae, qui se transmet directement entre suidés ou via un vecteur, la tique du genre Ornithodoros. Le rôle de ces tiques dans le cycle épidémiologique de la PPA consiste principalement à maintenir le virus dans les populations de suidés sauvages en Afrique. Elles ont aussi été identifiées à l’origine de certains cas de résurgence de la maladie dans des bâtiments d’élevage porcin, notamment dans la péninsule ibérique, lors des années 1970-80. La PPA, éradiquée fin des années 1980 en Europe (à l’exception de la Sardaigne), a été de nouveau introduite en 2007 d’abord en Géorgie pour progresser jusqu’à atteindre l’Est de l’Union Européenne. La question de la compétence vectorielle des tiques Ornithodores pour le virus de la PPA et des déterminants qui influencent cette compétence est posée dans l’évaluation des risques d’endémisation et/ou de dispersion de la maladie en Europe et ailleurs. Le premier chapitre de cette thèse vise à caractériser la compétence vectorielle des tiques Ornithodores pour le virus de la PPA et faire ressortir les patrons généraux qui la qualifient. Pour cela, a été réalisée une revue systématique des études ayant testé la compétence vectorielle d’une ou plusieurs espèces de tiques pour une ou plusieurs souches virales de PPA durant ces 50 dernières années. Au final, il en ressort une forte variabilité de résultats selon les couples tique-virus. En outre, il semble difficile de comparer ces résultats et d’établir des « profils types » du fait de l’évaluation partielle de la compétence vectorielle pour de nombreux couples tique-virus et de la diversité des méthodologies utilisées pour tester et mesurer la compétence. Pour autant chaque modalité d’étude révèle une partie des mécanismes et des adaptations auxquels sont soumis les couples tique–virus et suggère l’effet de certains déterminants dont deux sont traités dans les deux autres chapitres de la thèse. Le second chapitre de la thèse traite de l’adaptation tique-virus, par l’étude expérimentale de l’infection des tiques O. erraticus, O. porcinus et O. moubata à l’aide de deux souches de génotype II du virus de la PPA, et par un essai de transmission du virus des tiques aux porcs. Des souches du génotype II ont été choisies car ce génotype circule actuellement en Europe et risque d’infecter les tiques européennes O. erraticus s’il se propage jusqu’en péninsule ibérique. Alors qu’O. erraticus est capable de s’infecter et de transmettre différentes souches virales du génotype I, sa compétence à transmettre la souche Georgia2007/1 (génotype II) n’a pour l’instant pas été démontrée. Toutefois, nos études suggèrent que les résultats de compétence dépendent aussi des conditions d’expérimentation telles que la nature des colonies de tiques utilisées ou encore le titre viral utilisé pour infecter les tiques. Le dernier chapitre de la thèse porte sur l’effet de la salive de tique sur l’étape de transmission du virus de la PPA par la tique au porc. Durant le repas de sang, la salive est un élément essentiel qui va permettre l’accroche et le gorgement durable de la tique sur son hôte, avec des propriétés immuno-modulatrices importantes agissant directement sur l’hôte. Ainsi a été réalisée une étude expérimentale in vivo faisant intervenir la tique O. porcinus et le virus Ambat02 (génotype II) et testant l’effet local et systémique chez le porc d’un extrait de glandes salivaires de tique co-inoculé ou non avec le virus de la PPA, versus la piqûre naturelle de tiques non infectées. Les résultats de cette expérience nous montrent que la salive de tique est capable de moduler au niveau local le recrutement de cellules immunitaires dans la peau du porc et potentiellement influencer l’infection locale chez le porc. / African swine fever (ASF) is a contagious hemorrhagic disease with disastrous financial consequences for pig industry, as no vaccine or treatment exists. This infection is caused by a DNA virus, only member of the Asfarviridae family that can be directly transmitted between swine or by a non-compulsory vector, the Ornithodoros tick. Ornithodoros ticks play a role in the persistence of the disease within wild and domestic suids in Africa. They were also involved in resurgences of outbreaks in some pig farms in the Iberian Peninsula in 1970-1980. ASF, eradicated in Europe at the end of the 1980’s except in Sardinia, was reintroduced in Georgia in 2007 then spread towards the Eastern European Union. The question of the tick vector competence for ASF virus (ASFV) and its related determinants is of importance in the risk assessment of endemisation/spread of the disease in Europe or elsewhere.The first chapter of this thesis aims to characterize Ornithodoros tick vector competence for ASFV and to highlight a common pattern to qualify it. For this purpose, a systematic review of the studies carried out on the vector competence of one or more tick species for one or more ASFV, was performed on the last 50 years publications. A high variability of the results obtained for different couples “tick-virus” was highlighted. As most of the papers describe partial evaluation of the vector competence and because of the high number of methods used to perform these assessments, it was definitively very difficult to compare these results, and to propose common patterns. However, each of these studies revealed a part of the mechanisms that participated to the adaptation in the couple “tick-virus”, and suggested the importance of different determinants, out of them, two were experimentally assessed as described in the two other chapters.The second chapter of this thesis describes the adaptation “tick-virus” through the experimental infection of three different ticks, O. erraticus, O. porcinus and O. moubata by two ASFV strains belonging to the genotype II. O erraticus’s competence is known for ASFV strains belonging to the genotype I but has never demonstrated the ASFV Georgia 2007/1 strain (genotype II) and currently circulating in Europe. However, the experiments we performed, suggest that many experimental conditions could influence the results obtained on vector competence as the tick colony or the virus dose used for the tick infection.The third chapter describes the effect of the tick saliva on the ASFV transmission from the tick to the pig. Tick saliva contains important immunomodulatory molecules that interfere with the pig immune system permitting complete engorgement of the tick on its host. The host-vector and pathogen interactions were studied through an in vivo experimentation involving pig, O porcinus tick and ASFV Ambat02 strain (genotype II). The local and systemic effects on the pig immune responses were assessed with the ASFV alone or combined with tick gland extract, versus a healthy tick bite. Data analysis highlighted the tick saliva role on skin immune cell recruitment and its potential effect on local infection.