Orientador: Claudio de Oliveira / Banca: Riviane Garcez / Banca: Gleisy Semencio Avelino Santos / Resumo: A ordem Characiformes reúne aproximadamente 1.670 espécies de água doce, das quais pelo menos 1.300 ocorrem no Brasil. Até o momento relativamente poucos estudos genéticos foram realizados com espécies desse grupo, particularmente na Amazônia. Uma questão importante para o momento atual é saber se há algum isolamento entre populações locais separadas por corredeiras ou rápidos na Amazônia, dado o potencial hidrelétrico estimado para esses ambientes. Nesse sentido, no presente estudo, conduzido no âmbito do Programa de Conservação da Ictiofauna da Santo Antônio Energia, foram avaliadas duas populações locais de duas espécies: Pygocentrus nattereri e Potamorhina latior. Empregamos sequências da região controle (D-loop) do DNA mitocondrial, pela maior taxa de mutação que esse gene apresenta em relação aos demais genes. As amostras foram tomadas a montante e a jusante da antiga cachoeira de Teotônio visando testar a hipótese de que essa cachoeira servia de barreira para essas espécies. Foram analisados 54 espécimes de P. nattereri (25 montante e 29 jusante) e 45 de P. latior (25 montante e 20 jusante). Os resultados mostraram que os espécimes da montante de P. nattereri apresentam maior variabilidade genética (haplótipos = 5, Hd = 0,607, π = 0,00105) que os da jusante (haplótipos = 2, Hd = 0,379, π = 0,00046), No caso de P. latior, esses valores foram similares tanto a montante (haplótipos = 23, Hd = 0,993, π = 0,01232) como a jusante (haplótipos = 17, Hd = 0,984, π = 0,01865). Ambas as espécies apresentaram haplótipos compartilhados nas duas localidades. A divergência genética entre as localidades de P. nattereri (0,1%) foi menor que em P. latior (1,9%). A análise de variância molecular revelou diferenças significativas entre as localidades de P. nattereri (Φst = 0,11448, P = 0,018) e P. latior (Φst = 0,16408, P = 0,000). Os resultados sugerem que entre as duas localidades amostradas existia uma ... / Abstract: The order Characiformes gathers approximately 1,670 freshwater species, of which at least 1,300 occur in Brazil. To date relatively few genetic studies have been conducted with species of this group, particularly in the Amazon. An important question for the moment is whether there is some isolation between local populations separated by rapids or fast in the Amazon, given the hydroelectric potential estimated for these environments. Accordingly, in this study, conducted under the Conservation Program Ichthyofauna of Santo Antônio Energia, were evaluated two local populations of two species: Pygocentrus nattereri and Potamorhina latior. We employ sequences of the control region (D-loop) of the mitochondrial DNA, the higher rate of this gene mutation present in relation to other genes. The samples were taken upstream and downstream of the old waterfall Teotônio to test the hypothesis that this waterfall served as a barrier for these species. Were examined 54 specimens of P. nattereri (25 upstream and 29 downstream) and 45 of P. latior (25 upstream and 20 downstream). The results showed that the amount of specimens of P. nattereri have greater genetic variability (Haplotypes = 5, Hd = 0607, π = 0.00105) that the downstream (Haplotypes = 2, Hd = 0379, π = 0.00046). In the case of P. latior, these values were similar both upstream (Haplotypes = 23, Hd = 0993, π = 0.01232) and downstream (Haplotypes = 17, Hd = 0.984, π = 0.01865). Both species have shared haplotypes in the two localities. The genetic divergence between the localities of P. nattereri (0.1%) was lower than in P. latior (1.9%). The analysis of molecular variance revealed significant differences between the localities of P. nattereri (Φst = 0.11448, P = 0.018) and P. latior (Φst = 0.16408, P = 0.000). The results suggest that a possible population structure existed between the two localities sampled both by differences in genetic variability as well as by allelic ... / Mestre

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:43Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-27Bitstream added on 2014-08-13T18:00:53Z : No. of bitstreams: 1 000750761.pdf: 697080 bytes, checksum: d41443497b35d1c9e1731e35f82b3583 (MD5) / A ordem Characiformes reúne aproximadamente 1.670 espécies de água doce, das quais pelo menos 1.300 ocorrem no Brasil. Até o momento relativamente poucos estudos genéticos foram realizados com espécies desse grupo, particularmente na Amazônia. Uma questão importante para o momento atual é saber se há algum isolamento entre populações locais separadas por corredeiras ou rápidos na Amazônia, dado o potencial hidrelétrico estimado para esses ambientes. Nesse sentido, no presente estudo, conduzido no âmbito do Programa de Conservação da Ictiofauna da Santo Antônio Energia, foram avaliadas duas populações locais de duas espécies: Pygocentrus nattereri e Potamorhina latior. Empregamos sequências da região controle (D-loop) do DNA mitocondrial, pela maior taxa de mutação que esse gene apresenta em relação aos demais genes. As amostras foram tomadas a montante e a jusante da antiga cachoeira de Teotônio visando testar a hipótese de que essa cachoeira servia de barreira para essas espécies. Foram analisados 54 espécimes de P. nattereri (25 montante e 29 jusante) e 45 de P. latior (25 montante e 20 jusante). Os resultados mostraram que os espécimes da montante de P. nattereri apresentam maior variabilidade genética (haplótipos = 5, Hd = 0,607, π = 0,00105) que os da jusante (haplótipos = 2, Hd = 0,379, π = 0,00046), No caso de P. latior, esses valores foram similares tanto a montante (haplótipos = 23, Hd = 0,993, π = 0,01232) como a jusante (haplótipos = 17, Hd = 0,984, π = 0,01865). Ambas as espécies apresentaram haplótipos compartilhados nas duas localidades. A divergência genética entre as localidades de P. nattereri (0,1%) foi menor que em P. latior (1,9%). A análise de variância molecular revelou diferenças significativas entre as localidades de P. nattereri (Φst = 0,11448, P = 0,018) e P. latior (Φst = 0,16408, P = 0,000). Os resultados sugerem que entre as duas localidades amostradas existia uma ... / The order Characiformes gathers approximately 1,670 freshwater species, of which at least 1,300 occur in Brazil. To date relatively few genetic studies have been conducted with species of this group, particularly in the Amazon. An important question for the moment is whether there is some isolation between local populations separated by rapids or fast in the Amazon, given the hydroelectric potential estimated for these environments. Accordingly, in this study, conducted under the Conservation Program Ichthyofauna of Santo Antônio Energia, were evaluated two local populations of two species: Pygocentrus nattereri and Potamorhina latior. We employ sequences of the control region (D-loop) of the mitochondrial DNA, the higher rate of this gene mutation present in relation to other genes. The samples were taken upstream and downstream of the old waterfall Teotônio to test the hypothesis that this waterfall served as a barrier for these species. Were examined 54 specimens of P. nattereri (25 upstream and 29 downstream) and 45 of P. latior (25 upstream and 20 downstream). The results showed that the amount of specimens of P. nattereri have greater genetic variability (Haplotypes = 5, Hd = 0607, π = 0.00105) that the downstream (Haplotypes = 2, Hd = 0379, π = 0.00046). In the case of P. latior, these values were similar both upstream (Haplotypes = 23, Hd = 0993, π = 0.01232) and downstream (Haplotypes = 17, Hd = 0.984, π = 0.01865). Both species have shared haplotypes in the two localities. The genetic divergence between the localities of P. nattereri (0.1%) was lower than in P. latior (1.9%). The analysis of molecular variance revealed significant differences between the localities of P. nattereri (Φst = 0.11448, P = 0.018) and P. latior (Φst = 0.16408, P = 0.000). The results suggest that a possible population structure existed between the two localities sampled both by differences in genetic variability as well as by allelic ...

Zoobotryon verticillatum (delle Chiaje, 1822) é um briozoário cosmopolita amplamente distribuído em regiões tropicais e temperadas em todos os oceanos. Por possuir meios de distribuição natural restritos, é possível supor que o táxon se trate de um complexo de espécies crípticas ou de uma espécie vastamente introduzida por ação antrópica. Para elucidar essa questão, foram realizadas análises populacionais e filogenéticas utilizando-se dois genes mitocôndrias, citocromo c oxidase subunidade 1 região 3\' (COI-3P) e subunidade ribossomal RNA 16S (16S). As análises filogenéticas suportaram o monofiletismo de Z. verticillatum e, juntamente com as análises populacionais, indicam que é uma única espécie distribuída mundialmente. A falta de uma estrutura geográfica evidente nas redes haplotípicas, a ausência majoritária de relacionamentos dicotômicos e clados altamente suportados (pp >= 5%) nas árvores filogenéticas, a falta de resultados significativos na maioria dos teste D e Fs realizados, a baixa diversidade genética em nível populacional e a falta de diferenciação genética entre a maioria das populações comparadas são compatíveis com um processo distribuição antrópico para Z. verticillatum. No entanto, com base nos resultados obtidos durante esta pesquisa, não é possível inferir um possível centro de dispersão ou local de origem para a espécie. / Zoobotryon verticillatum (delle Chiaje, 1822) is a cosmopolitan bryozoan largely distributed in tropical and temperate waters of all oceans. With limited natural dispersal capabilities, it is reasonable to suppose that the taxon is a complex of cryptic species or a widespread species due to anthropogenic activity. In order to elucidate this question, analyses of two mitochondrial genes, cytochrome c oxidase subunit 1 (COI) and ribosomal RNA subunit (16S) were conducted. Phylogenetic data supported the monophyletism of Z. verticillatum and, together with the population analysis, indicated that it is one species with worldwide distribution. The absence of geographical structure in the haplotype networks, the majority absence of dichotomous relationships, and highly supported clades (pp >= 5%) in phylogenetic trees, the lack of significance in the D test and Fs statistics, the low genetic diversity at the population level and the lack of genetic differentiation between most of the population comparison are consistent with anthropogenic introduction process for Z. verticillatum. However, based on the results obtained during this study, it is not yet possible to infer the center of dispersion for the species.

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-25Bitstream added on 2014-08-13T18:01:17Z : No. of bitstreams: 1 000726022.pdf: 2598967 bytes, checksum: 6a2614ea4b565a97f6f736d191e99624 (MD5) / As raias da família Potamotrygonidae são importantes componentes da ictiofauna Neotropical, sendo completamente restritas aos principais sistemas fluviais da América do Sul. Quatro gêneros são relacionados nessa familia: Heliotrygon, Paratrygon, Plesiotrygon e Potamotrygon. Na Bacia do Rio Paraná, as espécies de maior frequência são Potamotrygon motoro e Potamotrygon falkneri. Ambas as espécies ocorriam somente na região do médio Paraná, a jusante de uma importante barreira geográfica natural, as Cachoeiras de Sete-Quedas. Porém, após a construção da Usina Hidrelétrica de Itaipu, muitas espécies antes existentes apenas na parte baixa da bacia hidrográfica, iniciaram um processo de dispersão e colonizaram o Alto Paraná, incluindo as raias, as quais passaram a desempenhar o papel de espécies invasoras. Atualmente, as raias estão estabelecidas até a região de Ilha Solteira-SP (alto Paraná), com possibilidade de já terem atingido pontos mais superiores nesta bacia. Com o objetivo de analisar o processo de invasão e colonização das espécies Potamotrygon motoro e P. falkneri na bacia do Rio Paraná, foram realizados estudos genéticos moleculares utilizando genes mitocondriais e nucleares. O gene Citocromo Oxidase C subunidade I (COI) foi utilizado primeiramente para a identificação molecular das espécies, posteriormente, sequências dos genes ATPase 6/8, Cyt-B e região controle D-loop foram obtidas para análises populacionais. A divergência genética encontrada para o gene COI entre as espécies foi de 2,0%, considerada baixa quando comparada com resultados obtidos em outras espécies de peixes. Nas análises populacionais em P. motoro, a diversidade intra-específica foi baixa para todos os genes, com vários indivíduos compartilhando os mesmos haplótipos. Em P. falkneri, os valores foram semelhantes aos detectados em P. motoro, porém com valores de diferenciação genética elevados mas não significativos... / The stingrays Potamotrygonidae family are important components of Neotropical ichthyofauna, being completely restricted to the main river systems of South America four genera are related in that family: Heliotrygon, Paratrygon, and Plesiotrygon Potamotrygon. In Paraná River Basin, the species most frequently are Potamotrygon motoro and Potamotrygon falkneri. Both species occur only in the region of the middle Paraná, downstream of a major natural geographic barrier, the Waterfalls of Seven Falls. However, after the construction of the Itaipu Hydroelectric, many aquatic species colonized the high Paraná, including stingrays, which came to play the role of invasive species. Currently, the lanes are set up in the region Ilha Solteira - SP (high Paraná). Aiming to analyze the process of invasion and colonization of species Potamotrygon motoro and P. falkneri in the Paraná River Basin were carried out molecular genetic studies using mitochondrial and nuclear genes. The gene Cytochrome Oxidase subunit I (COI) was first developed for molecular identification of species. Gene sequences were subsequently ATPase 6/8, Cyt-B and D-loop control region were obtained for population analyzes. The genetic diversity found for the COI gene between species was 2.0%, considered low when compared to results obtained in other species of fish. In population analyzes in P. motoro, diversity intraspecific was very low for all genes with multiple individuals sharing the same haplotype. In P. falkneri values were similar to that detected in P. motoro, although the values of genetic differentiation elevated but not statistically significant. Diantes results mean that the low genetic differentiation detected for both species under study, may be related to the short time of colonization (under 30) or the fact that the marker is not sensitive enough to detect such genetic differences. With this, it was necessary to search for other markers to check more efficiently...

Orientador: Paulo Cezar Ceresini / Coorientador: Helvécio Della Coletta Filho / Banca: Vitor Fernandes Oliveira de Miranda / Banca: Eduardo Seite Gomide Mizubuti / Resumo: A pouco mais de uma década a bactéria Xylella fastidiosa passou de um organismo pouco conhecido a uns dos mais conhecidos, ao menos em termos de genômica. No Brasil esta bactéria afeta culturas de importância econômica como citros, causando a clorose variegada dos citros (CVC) e café, na qual causa a requeima da folha do cafeeiro (RFC), também conhecida como atrofia do ramo do cafeeiro (ARC). Em laranjeiras a bactéria acarreta os maiores danos econômicos, na ordem de 100 milhões de dólares anuais. Em relação às plantas de café, estudos demonstraram que a cada 1% de aumento na severidade da doença há perdas de rendimento de 1,22 a 1,34 sacos de 60kg por hectare. Ambas as culturas são afetadas pela Xylella fastidiosa subsp. pauca e transmitida pelos mesmo vetores, porém ainda são incertas as informações se o isolado que causa a CVC pode colonizar cafeeiros e causar doença e vice-versa. Além do mais, em contraste com os diversos estudos já realizados sobre populações de X. fastidiosa infectando laranjeiras, não se tinha informações sobre a diversidade genética e estrutura populacional deste patógeno quando infectando cafeeiros. Um total de 618 estirpes de X. fastidiosa foi isolado de laranjeiras e cafeeiros de quatro regiões geográficas distintas do estado de São Paulo. Esses isolados foram genotipados através de 14 marcadores microssatélites. A alta diversidade genotípica e genética, os altos índices de clonalidade, o forte desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nas populações de X. fastidiosa amostradas de cafeeiros são consistentes com predominância de um modo de reprodução clonal. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica encontrada entre as populações, indicando as populações da região Noroeste e Central como as prováveis fundadoras. Também realizamos ensaios de inoculações recíprocas ... / Abstract: A little over a decade the bacterium Xylella fastidiosa has gone from a little-known body to the most popular ones, at least in terms of genomics. In Brazil this bacterium affects economically important crops such as citrus, which causes citrus variegated chlorosis (CVC) and coffee, causing coffee leaf scorch (CLS), also known as coffee stem atrophy (CSA). In orange this bacteria causes major economic losses in the order of 100 million dollars annually. Regarding the coffee plants, studies have shown that every 1% increase in the severity of disease cause loss of 1.22 to 1.34 bags of 60kg per hectare. Both cultures are affected by subsp. pauca of X. fastidiosa and are transmitted by the same vectors, but informations are still uncertain if isolated causing CVC can colonize and cause disease in coffee plants and vice versa. Moreover, in contrast of many previous work on study about population of X. fastidiosa infecting orange, we had no information about genetic diversity and population structure of this pathogen infecting coffee plants. Thus a total of 618 strains of X. fastidiosa was isolated from orange and coffee in four distinct geographic regions (Central, Northwestern, Center-western and Eastern) of the São Paulo State. These isolates were typed by fourteen microsatellite markers. The high genotypic and genetic diversity, high levels of clonality, strong gametic disequilibrium, and the population subdivision found in X. fastidiosa population are consistent with the predominance of mode of clonal reproduction. The subdivision levels observed could be explained by the asymmetric historical migration between populations, indicating the populations of Central and Northwestern region as the probable founders. We also performed tests of reciprocal inoculations among isolates from orange and coffee plants under controlled conditions. The 99 isolates from orange and 127 isolates from coffee through Bayesian analysis, were grouped on ... / Mestre

Made available in DSpace on 2016-02-05T18:29:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-02-10. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-05T18:33:14Z : No. of bitstreams: 1 000858227.pdf: 2229250 bytes, checksum: 18f759cccd6aa5b7d7f729d06fcc14ec (MD5) / A espécie Baccharis dracunculifolia, popularmente conhecida como vassoura ou alecrim-do-campo, é amplamente utilizada na medicina caseira. A infusão de suas folhas é empregada para problemas hepáticos, disfunções estomacais e como anti-inflamatória. Estudos de literatura relatam o uso medicinal e religioso do alecrim-do-campo comercializado em mercados e feiras livres no Rio de Janeiro, assim como a utilização das folhas para feridas e o uso dos ramos, em decocto, como antifebril. Este trabalho objetivou a caracterização da composição química do óleo essencial e diversidade genética da Baccharis dracunculifolia D.C. (Asteraceae) nativa do bioma Cerrado. Foram coletados, em media, 30 indivíduos em quatro populações naturais, sendo uma em Botucatu, estado de São Paulo, uma em Delfinópolis, no estado de Minas Gerais e duas em Dourados e Itahum, estado de Mato Grosso do Sul. A composição química do óleo essencial, extraído por hidrodestilação, foi analisada por meio de cromatógrafo a gás acoplado a espectrômetro de massas. As substâncias majoritárias dos acessos coletados foram trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacreno-D, trans-cariofileno, limoneno, α-pineno, β-mirceno, delta-cadineno, β-pineno e espatulenol. Esses componentes perfizeram uma média geral de 80,97% da composição química dos óleos essenciais nas quatro localidades. De acordo com a análise dos resultados a substância trans-nerolidol foi a que mais se destacou dentre os compostos presentes no óleo essencial da B. dracunculifolia em todas as populações. Entretanto, os acessos coletados em Itahum tiveram como componente principal o espatulenol seguido do trans-nerolidol. O estudo da diversidade ... / The species Baccharis dracunculifolia, popularly known as rosemary-of-field, is widely used in folk medicine. The form of infusion of its leaves is used for liver problems, stomach disorders and as anti-inflammatory. Studies have reported the use of medical and religious rosemary-of-field sold in markets and fairs in Rio de Janeiro, as well as the use of leaves for wounds and the use of branches as decoction as antipyretic. This study aimed to characterize the chemical composition of essential oils and genetic diversity of native species B. dracunculifolia DC (Asteraceae) in the Cerrado biome. Were collected, on average, 30 individuals from four natural populations, one in Botucatu, in the state of São Paulo, a city of Delfinópolis in the state of Minas Gerais and two in Dourados and Itahum, state of Mato Grosso do Sul. The chemical composition of essential oil extracted by hydrodistillation, was analyzed by gas chromatography coupled with mass spectrometer. The majority of accessions collected substances were trans-nerolidol, cis-β-guaieno, germacrene-D, trans-caryophyllene, limonene, α-pinene, β-myrcene, delta-cadinene, β-pinene and spathulenol. These components amounted to an overall average of 80.97% of the chemical composition of essential oils in four locations. According to the analysis results of the substance trans-nerolidol was the most outstanding among which the present compounds in the essential oil of the species B. dracunculifolia in all populations. However, the accessions were collected in Itahum spathulenol as major components followed by the trans-nerolidol. The study of genetic diversity was performed by analyzing the DNA polymorphism using microsatellite markers. Five microsatellite loci were tested for the species revealed 48 alleles for the four populations ...

Made available in DSpace on 2015-05-14T16:53:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-12-18Bitstream added on 2015-05-14T16:59:00Z : No. of bitstreams: 1 000822497.pdf: 618015 bytes, checksum: 10e49b7cf4610742761f400fa33c5d06 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A arara-azul-grande (Anodorhynchus hyacinthinus), maior psitacídeo do mundo, é uma espécie considerada em vulnerabilidade de extinção (IUCN) principalmente devido à perda de habitat e ao tráfico ilegal. Para estabelecer estratégias que visem a conservação da espécie considerar a composição genética de suas populações é muito importante. Comumente para o estudo da diversidade genética e estrutura genética populacional são utilizados marcadores moleculares que podem ser prospectados no genoma, dentre os quais destacam-se os locos microssatélites. Atualmente, entretanto, não há locos microssatélites polimórficos espécie-específícos identificados em A. hyacinthinus. Esta espécie pode ser encontrada em três regiões possivelmente isoladas, o que evidencia a necessidade de medidas de manejo integradas para a preservação do pool gênico da espécie. Assim, os objetivos principais desse trabalho foram: (i) desenvolver primers para locos microssatélites em A. hyacinthinus, e (ii) analisar a diversidade e a estrutura genética populacional da espécie. Como resultado seis locos espécie-específicos foram prospectados (AnH6, AnH10, AnH17, AnH33, AnH23 e AnH34), dos quais cinco mostraram-se polimórficos em A. hyacinthinus. Além disso, os seis pares de primers mostraram potencial aplicabilidade para estudos populacionais em outras sete espécies de psitacídeos neotropicais. Nas análises populacionais, A. hyacinthinus apresentou um baixo índice de variabilidade genética em comparação à reportada para outros psítacídeos. Esse resultado indica que a baixa variabilidade encontrada não deve ter relação com a utilização restrita de locos heterólogos em trabalhos anteriores, pois foram utilizados tanto locos espécie-específicos quanto locos heterólogos nas análises do presente estudo, sugerindo que esta é uma característica intrínseca da espécie. Além disso, considerando-se a análise de estruturação ... / Hyacinth macaw (Anodorhynchus hyacinthinus), the largest parrot in the world, is considered vulnerable to extinction (IUCN) mainly due to habitat loss and illegal trade. To establish strategies for the conservation of the species must be regarded the genetic makeup of their populations. Commonly for the study of genetic diversity and population genetic structure are used molecular markers, highlighting specially the microsatellite loci, which in turn need to be isolated for population studies. However, currently there is no polymorphic microsatellite loci identified in A. hyacinthinus. Additionally, the species is distributed in three apparently isolated areas, thus requiring integrated management in order to preserve the gene pool of the species. Thus, the main objectives of this study were: (i) the development of primers for microsatellite loci in Anodorhyncus hyacinthinus, and (ii) the analysis of the diversity and population genetic structure of all areas of occurrence of the species. Six loci species-specific prospected were obtained (AnH6, AnH10, AnH17, AnH23, AnH33 and AnH34) and five of these primers proved to be polymorphic. In addition, these six pairs of primers showed potential applicability for population studies after they were tested in seven Neotropical parrot species. Regarding the population analyzes using both specific and heterologous loci, A. hyacinthinus presented a low level of genetic variability compared to other parrots, thereby indicating that the low variability found should not be related to the use of only heterologous loci in previous studies, suggesting that this is an intrinsic characteristic of this species. Moreover, considering in the analysis of genetic structure by Bayesian clustering of microsatellite data it could not be found genetic structure between subpopulations of four regions [North Pantanal (NP), South Pantanal (SP), Para (PA) and northeast (NE)]. In contrast, Rst indices indicated ...

Made available in DSpace on 2015-01-26T13:21:30Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-27Bitstream added on 2015-01-26T13:30:19Z : No. of bitstreams: 1 000799160.pdf: 880064 bytes, checksum: 14ae5d673f01845508368f93f576c2fa (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Níveis de diversidade e estruturação genética, assim como a investigação de eventos de hibridação interespecífica ou introgressiva em populações selvagens, estão entre as principais análises a serem consideradas em projetos de conservação. A hibridação entre espécies nativas de peixes, principalmente quando decorrente de ações humanas, tem levado a taxas crescentes de cruzamentos não naturais entre diferentes taxa, o que pode ocasionar impactos ecológicos e genéticos. As espécies de bagres Neotropicais, Pseudoplatystoma reticulatum e Pseudoplatystoma corruscans, têm sido afetadas pela produção induzida de híbridos na aquicultura e pelo contato destes híbridos com suas populações. Neste estudo foram desenvolvidos diferentes marcadores genéticos (genes e microssatélites) com o intuito de identificar a ocorrência de hibridação e introgressão em rios da América do Sul e para acessar a diversidade genética intra e interpopulacional destas espécies. Marcadores dos genes nucleares EF1 e 18S foram completamente diagnósticos na identificação das espécies e seus híbridos. Através de um pirosequenciamento Roche 454, foram desenvolvidos e caracterizados 16 microssatélites para P. reticulatum, os quais apresentaram 100% de transferabilidade em P. corruscans e alto polimorfismo para a maioria dos loci estudados. As análises populacionais utilizando estes microssatélites revelaram alta variabilidade para ambas espécies em todos os rios das bacias hidrográficas do Paraguai e Paraná. A diferenciação genética interpopulacional destas espécies dentro da bacia do Paraguai foi baixa ou inexistente, revelando um alto fluxo gênico e a possível existência de uma população panmítica resultante da migração e reprodução entre indivíduos de rios próximos. Porém, diferenças genéticas significativas foram observadas entre rios distantes geograficamente e entre bacias hidrográficas ... / Levels of genetic diversity and structure, as well as the investigation of interspecific and introgressive hybridization events in wild populations, are amongst the major analyzes to be considered in conservation projects. Hybridization between native fish species, especially when caused by human actions, has led to increasing rates of non natural crosses between different taxa, which may cause ecological and genetic impacts. The Neotropical catfish species, Pseudoplatystoma reticulatum and Pseudoplatystoma corruscans, have been affected by the induced production of hybrids in aquaculture and by the contact of these hybrids with their populations. In this study, different genetic markers were developed (genes and microsatellites), in order to identify the occurrence of hybridization and introgression in South American rivers and to access the intra and inter populational genetic diversity of these species. EF1 and 18S nuclear gene markers were completely diagnostics in the identification of the species and their hybrids. Through a Roche 454 pyrosequencing, were developed and characterized 16 microsatellite loci for P. reticulatum, which presented 100% of transferability in P. corruscans and high polymorphism for the majority of the loci. Population analysis using these microsatellites revealed high variability for the both species in all rivers from Paraguay and Paraná hydrographic basins. The interpopulational genetic differentiation of these species within the Paraguay basin was low or absent, revealing a high gene flow and the possible existence of a panmitic population, resulting from the migration and reproduction of individuals from closely rivers. However, significant genetic differences were observed between geographically distant rivers and distinct hydrographic basins. In P. reticulatum, genetic differentiation was found between the Cuiabá and Miranda Rivers (Paraguai basin), and between Paraguay and Lower Paraná ... / FAPESP: 09/18326-4

Made available in DSpace on 2015-03-03T11:52:25Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-08-25Bitstream added on 2015-03-03T12:07:17Z : No. of bitstreams: 1 000811896.pdf: 967104 bytes, checksum: 63037b124f0b61a187940925ad4979e2 (MD5) / A pouco mais de uma década a bactéria Xylella fastidiosa passou de um organismo pouco conhecido a uns dos mais conhecidos, ao menos em termos de genômica. No Brasil esta bactéria afeta culturas de importância econômica como citros, causando a clorose variegada dos citros (CVC) e café, na qual causa a requeima da folha do cafeeiro (RFC), também conhecida como atrofia do ramo do cafeeiro (ARC). Em laranjeiras a bactéria acarreta os maiores danos econômicos, na ordem de 100 milhões de dólares anuais. Em relação às plantas de café, estudos demonstraram que a cada 1% de aumento na severidade da doença há perdas de rendimento de 1,22 a 1,34 sacos de 60kg por hectare. Ambas as culturas são afetadas pela Xylella fastidiosa subsp. pauca e transmitida pelos mesmo vetores, porém ainda são incertas as informações se o isolado que causa a CVC pode colonizar cafeeiros e causar doença e vice-versa. Além do mais, em contraste com os diversos estudos já realizados sobre populações de X. fastidiosa infectando laranjeiras, não se tinha informações sobre a diversidade genética e estrutura populacional deste patógeno quando infectando cafeeiros. Um total de 618 estirpes de X. fastidiosa foi isolado de laranjeiras e cafeeiros de quatro regiões geográficas distintas do estado de São Paulo. Esses isolados foram genotipados através de 14 marcadores microssatélites. A alta diversidade genotípica e genética, os altos índices de clonalidade, o forte desequilíbrio gamético e o elevado grau de subdivisão populacional encontrados nas populações de X. fastidiosa amostradas de cafeeiros são consistentes com predominância de um modo de reprodução clonal. Os níveis de subdivisão observados poderiam ser explicados pela migração histórica assimétrica encontrada entre as populações, indicando as populações da região Noroeste e Central como as prováveis fundadoras. Também realizamos ensaios de inoculações recíprocas ... / A little over a decade the bacterium Xylella fastidiosa has gone from a little-known body to the most popular ones, at least in terms of genomics. In Brazil this bacterium affects economically important crops such as citrus, which causes citrus variegated chlorosis (CVC) and coffee, causing coffee leaf scorch (CLS), also known as coffee stem atrophy (CSA). In orange this bacteria causes major economic losses in the order of 100 million dollars annually. Regarding the coffee plants, studies have shown that every 1% increase in the severity of disease cause loss of 1.22 to 1.34 bags of 60kg per hectare. Both cultures are affected by subsp. pauca of X. fastidiosa and are transmitted by the same vectors, but informations are still uncertain if isolated causing CVC can colonize and cause disease in coffee plants and vice versa. Moreover, in contrast of many previous work on study about population of X. fastidiosa infecting orange, we had no information about genetic diversity and population structure of this pathogen infecting coffee plants. Thus a total of 618 strains of X. fastidiosa was isolated from orange and coffee in four distinct geographic regions (Central, Northwestern, Center-western and Eastern) of the São Paulo State. These isolates were typed by fourteen microsatellite markers. The high genotypic and genetic diversity, high levels of clonality, strong gametic disequilibrium, and the population subdivision found in X. fastidiosa population are consistent with the predominance of mode of clonal reproduction. The subdivision levels observed could be explained by the asymmetric historical migration between populations, indicating the populations of Central and Northwestern region as the probable founders. We also performed tests of reciprocal inoculations among isolates from orange and coffee plants under controlled conditions. The 99 isolates from orange and 127 isolates from coffee through Bayesian analysis, were grouped on ...

Orientador: Fábio Porto Foresti / Banca: Pedro Manoel Galetti Júnior / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: José Augusto Senhorini / Banca: Diego Teruo Hashimoto / Resumo: Níveis de diversidade e estruturação genética, assim como a investigação de eventos de hibridação interespecífica ou introgressiva em populações selvagens, estão entre as principais análises a serem consideradas em projetos de conservação. A hibridação entre espécies nativas de peixes, principalmente quando decorrente de ações humanas, tem levado a taxas crescentes de cruzamentos não naturais entre diferentes taxa, o que pode ocasionar impactos ecológicos e genéticos. As espécies de bagres Neotropicais, Pseudoplatystoma reticulatum e Pseudoplatystoma corruscans, têm sido afetadas pela produção induzida de híbridos na aquicultura e pelo contato destes híbridos com suas populações. Neste estudo foram desenvolvidos diferentes marcadores genéticos (genes e microssatélites) com o intuito de identificar a ocorrência de hibridação e introgressão em rios da América do Sul e para acessar a diversidade genética intra e interpopulacional destas espécies. Marcadores dos genes nucleares EF1 e 18S foram completamente diagnósticos na identificação das espécies e seus híbridos. Através de um pirosequenciamento Roche 454, foram desenvolvidos e caracterizados 16 microssatélites para P. reticulatum, os quais apresentaram 100% de transferabilidade em P. corruscans e alto polimorfismo para a maioria dos loci estudados. As análises populacionais utilizando estes microssatélites revelaram alta variabilidade para ambas espécies em todos os rios das bacias hidrográficas do Paraguai e Paraná. A diferenciação genética interpopulacional destas espécies dentro da bacia do Paraguai foi baixa ou inexistente, revelando um alto fluxo gênico e a possível existência de uma população panmítica resultante da migração e reprodução entre indivíduos de rios próximos. Porém, diferenças genéticas significativas foram observadas entre rios distantes geograficamente e entre bacias hidrográficas ... / Abstract: Levels of genetic diversity and structure, as well as the investigation of interspecific and introgressive hybridization events in wild populations, are amongst the major analyzes to be considered in conservation projects. Hybridization between native fish species, especially when caused by human actions, has led to increasing rates of non natural crosses between different taxa, which may cause ecological and genetic impacts. The Neotropical catfish species, Pseudoplatystoma reticulatum and Pseudoplatystoma corruscans, have been affected by the induced production of hybrids in aquaculture and by the contact of these hybrids with their populations. In this study, different genetic markers were developed (genes and microsatellites), in order to identify the occurrence of hybridization and introgression in South American rivers and to access the intra and inter populational genetic diversity of these species. EF1 and 18S nuclear gene markers were completely diagnostics in the identification of the species and their hybrids. Through a Roche 454 pyrosequencing, were developed and characterized 16 microsatellite loci for P. reticulatum, which presented 100% of transferability in P. corruscans and high polymorphism for the majority of the loci. Population analysis using these microsatellites revealed high variability for the both species in all rivers from Paraguay and Paraná hydrographic basins. The interpopulational genetic differentiation of these species within the Paraguay basin was low or absent, revealing a high gene flow and the possible existence of a panmitic population, resulting from the migration and reproduction of individuals from closely rivers. However, significant genetic differences were observed between geographically distant rivers and distinct hydrographic basins. In P. reticulatum, genetic differentiation was found between the Cuiabá and Miranda Rivers (Paraguai basin), and between Paraguay and Lower Paraná ... / Doutor