Η αδειοδότηση εξασφαλίζει τη χωροχρονική ρύθμιση της αντιγραφής του γενετικού υλικού. Στα ευκαρυωτικά κύτταρα, η πρωτεΐνη Cdt1 καθορίζει πότε θα λάβει χώρα η αδειοδότηση και η έκφρασή της είναι αυστηρώς ρυθμισμένη, διαμέσου πολλαπλών μονοπατιών. Διατάραξη της ισορροπίας της ρύθμισης της αντιγραφής οδηγεί σε γονιδιωματική αστάθεια, ανεξέλεγκτο πολλαπλασιασμό ή σε κυτταρικό θάνατο. Γονιδιωματική αστάθεια σε ένα οργανισμό επίσης προκαλείται από βλάβες στο γενετικό υλικό, είτε εξαιτίας περιβαλλοντικών παραγόντων, είτε εξαιτίας τυχαίων αλλαγών που συμβαίνουν κατά τη διάρκεια του μεταβολισμού του. Για την αντιμετώπιση των βλαβών έχουν εξελικτικά προκύψει επιδιορθωτικοί μηχανισμοί εξειδικευμένοι στην αντιμετώπιση κάθε τύπου βλάβης. Ο παράγοντας Cdt1 φαίνεται να διασυνδέει τα μονοπάτια της αδειοδότησης της αντιγραφής με αυτά της απόκρισης σε βλάβη στο DNA, γεγονός που τον καθιστά ενδιαφέροντα για περαιτέρω μελέτη. Στο πρώτο μέρος της μελέτης θα γίνει χαρακτηρισμός μια μεθόδου που προκαλεί ολική ή εντοπισμένη βλάβη στο γενετικό υλικό κυττάρων με χρήση υπεριώδους ακτινοβολίας. Με τη τεχνική αυτή θα μελετηθεί σε καρκινικές σειρές η πρωτεΐνη Cdt1 και η ταχύτητα πρωτεόλυσής της.Σε μικροσκόπιο φθορισμού θα μελετηθεί ο εντοπισμός και σε συνεστιακό μικροσκόπιο η κινητική της πρωτεΐνης αυτής, καθώς και η μεταλλαγμένη μορφή Cdt1 (Cdt1+4A), η οποία δεν αλληλεπιδρά με το πρωτεολυτικό μηχανισμό Cul4-DDB1Cdt2,. Η μελέτη της κινητικής γίνεται σε ζωντανά κύτταρα καρκινικών σειρών με σκοπό την κατανόηση της ιεράρχησης των γεγονότων που συμβαίνουν σε περιοχές στοχευμένης βλάβης από υπεριώδη ακτινοβολία στο γενετικό υλικό. Με την τεχνική επαναφοράς φθορισμού μετά από φωτολεύκανση (Fluoresent Recovery After Photobleaching) θα παρακολουθηθεί η επαναφορά του σήματος με σκοπό την ποσοτικοποίηση της δεσμευμένης πρωτεΐνης. Στο δεύτερο μέρος της μελέτης θα αναπτυχθούν μέθοδοι κανονικοποίησης και ανάλυσης 6 πειραματικών δεδομένων λειτουργικής μικροσκοπίας με εργαλεία το οποία αναπτύχθηκαν ειδικά για την ανάλυση πειραμάτων FRAP (easyFRAP). Επίσης αναλύεται η δημιουργία κατάλληλου λογισμικού και η βελτιστοποίηση τεχνικών παρατήρησης της επαναφοράς του φθορισμού μετά από μεγάλα χρονικά διαστήματα, της τάξεως των ωρών έναντι της κλασικής μεθόδου όπου η παρατήρηση διαρκεί κάποια δευτερόλεπτα. Τέλος ακολουθεί σύγκριση της εφαρμογής easyFRAP με την εφαρμογή FRAPcalc, η οποία χρησιμοποιείται επίσης για την κανονικοποίηση και οπτικοποίηση δεδομένων FRAP. / The process of licensing of DNA replication ensures that the cell cycle proceeds to timely regulated replication. In metazoa, Cdt1 is the factor that ensures the regulation of licensing. Cdt1 is tightly regulated through various biological pathways and it is functionally conserved through evolution. If the regulation of Cdt1 is disturbed, genomic instability, uncontrolled replication and apoptosis may occur. Genomic instability may also occur in an organism after DNA damage, either due to environmental factors, or due to random mutations. Evolution has provided cells with various DNA damage response mechanisms for all kinds of damages. The cell cycle regulatory protein Cdt1 has been postulated to link the cell cycle and the DNA damage responses, therefore Cdt1 is a very interesting protein for further studying. At the first part of our study we introduced a method for total or localized DNA damage in live cells with the use of ultraviolet radiation. With this technique we showed that on different cancer cell lines the protein Cdt1, accumulate fast in the sites of damage. With a fluorescent microscope we studied the localization and with a confocal microscope we investigated the kinetics of wild type Cdt1 linked with a green fluorescent protein tag, along with the study of a Cdt1 mutant (Cdt1+4A) again linked with a green fluorescent protein tag. Cdt1+4A has lost the ability to associate with the proteolytic mechanism of Cul4-Ddb1Cdt2. In live cells, in order to investigate the spatiotemporal regulation of DNA damage response we used Fluorescent Recovery after Photobleaching (FRAP) technique and we studied the protein kinetics and we quantified the percentage of the bound protein on the chromatin. At the second part of our study, we present the normalization method we used for our raw experimental data. For the purpose of this analysis, tools and softwares were developed for accurate normalization. We also aimed to optimize a technique for the observation of fluorescent recovery after photobleaching during long periods of time, in contrast with the typical short FRAP experiments. Finally, we describe a brief comparison between the FRAP analysis tool we developed(easyFRAP) and another software commercially available (FRAPcalc) for that purpose.

Η Ιστορία του Σώματος (το οποίο αναφέρεται είτε ως φυσικό είτε ως πολιτικό) μπορούμε να πούμε ότι συνέβαλε στη συγκρότηση ενός πλήθους ζητημάτων γύρω από την ερμηνευτική των σχέσεων μεταξύ σεξουαλικότητας και εξουσίας. Ο Michel Foucault εκπροσωπεί ικανοποιητικά, θα λέγαμε, τον στοχαστή εκείνο που ερμηνεύει την εννοια του σώματος μέσα από την γενεαλογία της εξουσίας, στην Ιστορία της Σεξουαλικότητας με την περίπτωση του σεξ και στην Επιτήρηση και Τιμωρία με την περίπτωση της φυλακής και του εγκλεισμού. Η "κανονικοποίηση του σώματος" βρίσκεται στο επίκεντρο του ενδιαφέροντος του Foucault. Με τα έργα του αναδεικνύει ό,τι καθόσον η εξουσία υπάρχει παντού, επιτρέπει ταυτόχρονα και την συγκρότηση ενός σώματος το οποίο κανονικοποιείται. Η προσέγγιση της έννοιας της "κανονικοποίησης του σώματος" αναδεικνύει ένα πλήθος ζητημάτων που αφορούν την ερμηνευτική των σχέσεων μεταξύ σεξουαλικότητας και εξουσίας όπως την παραγωγή ενός σεξουαλικού υποκειμένου, τη συγκρότηση ενός κανονικού σώματος που θέτει τη διάκριση μεταξύ της έννοιας του φυσιολογικού και του παθολογικού. Σε μια τέτοια μελέτη ο Λόγος κατέχει σημαντική θέση καθώς είτε παίρνοντας τη μορφή του εκκλησιαστικού λόγου με την εξομολόγηση είτε του ιατρικού λόγου και της επιστήμης παρήγαγε διαφορετικά σεξουαλικά υποκείμενα. Η "κανονικοποίηση του σώματος" έτσι όπως παρουσιάζεται στο έργο του Foucault τελειοποιείται θα λέγαμε στα πλαίσια της βιοπολιτικής και της σύζευξης μεταξύ ατομικού και συλλογικού. Στα πλαίσια της προσέγγισης της "κανονικοποίησης του σώματος" μελετάται η προβληματοποποίηση του υποκειμένου μέσα από διαδικασίες αντικειμενοποίησης. Η προβληματοποίηση του υποκειμένου βασίζεται στην έννοια της υποκειμενικότητας και της υποκειμενοποίησης καθώς και στα όρια που συνδέουν αλλά και απομακρύνουν αυτές τις έννοιες. Από μια τέτοια μελέτη προκύπτει η σχέση μεταξύ υποκειμένου - αντικειμένου, ενεργητικού - παθητικού ως ένα αίτημα αναζήτησης της αλήθειας, ως ένα αίτημα επιμέλειας εαυτού. Η συμβολική διάσταση του σώματος προεκτείνεται, τέλος, στον Μεσαίωνα στα Δυο Σώματα του Βασιλιά. Ο Foucault, ένας στοχαστής που οραματίζεται την πραγματικότητα αλλά και ως ένας διανοούμενος που βιώνει την πραγματικότητα, καταφέρνει να μετατρέπει το λόγο σε εικόνα και την εικόνα σε λόγο σε μια φιλοσοφία ως ένα τρόπο ζωής. Ως εραστής της τέχνης του συνθέτει τα έργα του με τα χρώματα της δικής του αισθητικής και πολιτικής αντίληψης. / The History of Body (that is reported or as natural or as political) we can say that it contributed in the constitution of crowd of questions around from the hermeneutics of relations between sexuality and power. Michel Foucault represents satisfactorily we would say the thinker that interprets the significance of body in from the genealogy of power, in the History of Sexuality with the case of sex and in Discipline and Punish with the case of prison and incarceration. The "normalization of body" is found in the epicentre of his interest. With his work it elects that in as far as the power exists everywhere, it allows simultaneously also the constitution of body that normalized. The approach of significance of normalization of body elects a crowd of questions that concerning the hermeneutics of relations between sexuality and power as the production of sexual subject, the constitution of normal body that places the discrimination between the significance of physiologic and pathological. In a such study the Speech possesses important place or taking the form of ecclesiastical speech with the confession of or medical speech and science produced different sexual subjects. The "normalization of body" thus as it is presented in the work of Foucault, is perfected we would say in the frames of biopolic and coupling between individual and collective. In the frames of approach of "normalization of body" is studied the problematization of subject by processes of objectivation. The problematization of subject is based on the significance of subjectivity and subjectivation also in the limits that they connect but also they remove these significances. From a such study results the relation between subject - object, energetic - passive as a demand of search of truth, as a demand of epimeleias eautoy. The symbolic dimension of body is extended, finally, in Middle Ages in The King's Two Bodies. Foucault, one thinker that envisions the reality but also as one intellectual that experiences the reality, he accomplishes it changes the speech in image and image in speech in a philosophy as a way of life. As lover of his art it composes his work with colours of his aesthetics and political perception.

Η τεχνολογία των μικροσυστοιχιών επιτρέπει τη μέτρηση των επιπέδων έκφρασης χιλιάδων γονιδίων ταυτόχρονα σε ένα μόνο πείραμα δημιουργώντας έτσι ένα τεράστιο σύνολο δεδομένων για ανάλυση. Για να είναι δυνατή η εξαγωγή σημαντικής πληροφορίας για το υπό μελέτη βιολογικό σύστημα, έχουν χρησιμοποιηθεί διάφορες μέθοδοι προεπεξεργασίας και ανάλυσης των δεδομένων. Στις μεθόδους προεπεξεργασίας των δεδομένων συμπεριλαμβάνονται και οι μέθοδοι κανονικοποίησης. Σκοπός της κανονικοποίησης είναι η ελαχιστοποίηση των συστηματικών σφαλμάτων που εντοπίζονται στα εκτιμώμενα επίπεδα έκφρασης των γονιδίων, έτσι ώστε οι εμφανιζόμενες διαφορές τους να οφείλονται κυρίως σε βιολογικούς παράγοντες. Επίσης, η κανονικοποίηση καθιστά εφικτή τη σύγκριση των επιπέδων έκφρασης δεδομένων από περισσότερες της μίας μικροσυστοιχίες. Στην παρούσα διπλωματική εργασία παρατίθεται μια ανασκόπηση των μεθόδων κανονικοποίησης για δεδομένα γονιδιακής έκφρασης cDNA μικροσυστοιχιών καθώς και μια σύγκριση των αναλυόμενων μεθόδων κανονικοποίησης. / Microarray technology allows the measurement of gene expression levels of thousands of genes simultaneously in a single experiment, therefore creating a vast set of data for analysis. In order to be able to extract the most essential information for the biological system under examination in a specific microarray, various methods are used for data pre-processing and analysis. These data pre-processing methods also include normalization methods. The purpose of normalization is the minimization of the systematic errors that are found in the estimated gene expression levels, so as the observed biological differences be due mainly to biological factors. Furthermore, the normalization makes possible the comparison of gene expression levels of data from more than one microarrays. In the present thesis a review of the normalization methods for gene expression microarray data is presented, as well as a comparison between the analysed normalization methods.

Στην παρούσα μελέτη περίπτωσης ερευνήσαμε τους τρόπους με τους οποίους οι εκπαιδευόμενοι του παραρτήματος του Σχολείου Δεύτερης Ευκαιρίας Πάτρας (2012 – 2013), το οποίο λειτουργεί στο Κατάστημα Κράτησης Πάτρας, συμμετέχουν στη διαμόρφωση της γνώσης, που έχουν τη δυνατότητα να συγκροτήσουν, αλλά και τους παράγοντες που οριοθετούν αυτή τη διαδικασία, και κατ' επέκταση το περιεχόμενο αυτής της γνώσης. Επιπλέον, κρίναμε σκόπιμη και τη διερεύνηση της επίδρασης της λειτουργίας του παραρτήματος του Σχολείου Δεύτερης Ευκαιρίας Πάτρας (2012 – 2013) στο πειθαρχικό έργο του Καταστήματος Κράτησης Πάτρας. Για την επίτευξη του ερευνητικού μας σκοπού, πραγματοποιήσαμε 15 ημιδομημένες συνεντεύξεις με τους εκπαιδευόμενους, που φοιτούσαν στο συγκεκριμένο ΣΔΕ την περίοδο διεξαγωγής της έρευνας, την προϊσταμένη του ΣΔΕ και την υπεύθυνη του Καταστήματος Κράτησης για την εκπαίδευση των κρατουμένων. Στο περιεχόμενο των συνεντεύξεων πραγματοποιήθηκε ποιοτική ανάλυση περιεχομένου. Η ανάλυση έδειξε ότι οι εκπαιδευόμενοι του ΣΔΕ συμμετέχουν στη διαμόρφωση της γνώσης, που έχουν τη δυνατότητα να συγκροτήσουν, μέσα από μία σειρά τρόπων. Ωστόσο, η διαδικασία αυτή φάνηκε να οριοθετείται από ορισμένους περιορισμούς και απαγορεύσεις που επιβάλλονται στους εκπαιδευόμενους, κυρίως από το πλαίσιο της φυλακής. Τέλος, κατά τη λειτουργία του ΣΔΕ, διαπιστώθηκε η εφαρμογή ενός αριθμού πειθαρχικών τεχνικών, οι οποίες επιδρούν θετικά στο πειθαρχικό έργο της φυλακής. / In this present case study we researched the ways in which the students of the department of the Second Chance School of Patras (2012-2013), which operates in the Prison of Patras, participate in the formation of knowledge and have the capability of composing, also the factors which limit this process as well as the content of knowledge. Furthermore, we decided that it was also necessary to research the effects of the operation of the department of the Second Chance School of Patras (2012-2013) on the disciplinary work of the Prison of Patras. To achieve the goal of our research we took 15 semi-structured interviews from the students who attended the Second Chance School at the time the research was conducted, the Head Director of the Second Chance School and the Head Manager of Education of the Prison of Patras. We analyzed the content of the research in detail. The analysis conveyed that the students of Second Chance School took part in the formation of knowledge which they have the capability of obtaining in a variety of ways. However, the procedure seemed to be limited by certain limits and prohibitions which are imposed on the students basically from the framework of the prison. Finally, during the operation of Second Chance School a number of disciplinary techniques were established which had a positive effect on the disciplinary work of the prison.

Στην παρούσα Διπλωματική Εργασία μελετώνται εφαρμογές της θεωρίας της Διαστατικής Ανάλυσης στην μαθηματική μοντελοποίηση. Πιο συγκεκριμένα, στο πρώτο κεφάλαιο εισάγουμε την έννοια της διαστατικής ανάλυσης καθώς και την χρησιμότητά της κάνοντας ταυτόχρονα μια σύντομη ιστορική αναδρομή. Στο ίδιο κεφάλαιο ακόμα παραθέτουμε το περίφημο παράδειγμα στο οποίο ο G.I. Taylor υπολόγισε, με την βοήθεια της Διαστατικής Ανάλυσης, την ενέργεια που εκλύθηκε από την πρώτη, δοκιμαστική ατομική βόμβα στο New Mexico τον Ιούλιο του 1945. Στο δεύτερο κεφάλαιο αναπτύσσονται το Θεώρημα Π του Buckingham, το οποίο αποτελεί το θεμελιώδες θεωρητικό υπόβαθρο της Διαστατικής Ανάλυσης, καθώς και δύο εφαρμογές που βασίζονται στο παραπάνω θεώρημα. Η πρώτη εξ' αυτών αναφέρεται στην ταχύτητα εξάπλωσης της πετρελαιοκηλίδάς στον Κόλπο του Μεξικού που προκλήθηκε από την έκρηξη σε υποθαλάσσια πλατφόρμα εξόρυξης πετρελαίου την άνοιξη του 2010. Τέλος, στο τρίτο κεφάλαιο αναλύονται οι εξισώσεις Navier-Stokes και συνέχειας της Ρευστοδυναμικης. Ελέγχουμε ότι οι εξισώσεις αυτές είναι διαστατικά ομογενείς και στη συνέχεια περιγράφουμε τη διαδικασία κανονικοποίησής τους. / In this paper, we study applications of the theory of dimensional analysis in mathematical modeling. More specifically, the first chapter introduces the concept of dimensional analysis and the usefulness of simultaneously making a brief historical overview. In the same chapter is describt the famous example in which the G.I. Taylor estimated with the help of dimensional analysis, the energy emitted by the first atomic bomb test in New Mexico in July 1945. In the second chapter, Theorem Π of Buckingham, which is the fundamental theoretical basis of dimensional analysis, as well as two applications based on the above theorem. The first of them refers at the spead of spreading oil slick in the Gulf of Mexico caused by the boom in offshore oil platform in the spring of 2010. Finally, the third chapter analyzes the equations of Navier-Stokes and continuity of fluid dynamics. We check that these equations are dimensional homogeneous and then we describe the process of how we can to normalize them.