• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 223
  • 15
  • 1
  • Tagged with
  • 240
  • 26
  • 24
  • 23
  • 23
  • 20
  • 19
  • 19
  • 19
  • 17
  • 16
  • 15
  • 14
  • 14
  • 13
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
101

Ο ρόλος πρωτεϊνών που αλληλεπιδρούν με τον κυτταροσκελετό ακτίνης στην παθογένεια και πρόγνωση του καρκίνου του λάρυγγα

Τσινιάς, Γεώργιος Ι. 13 January 2015 (has links)
Η αναδιοργάνωση του κυτταροσκελετού ακτίνης έχει κρίσιμο ρόλο στη διήθηση και τη μετάσταση των καρκινικών κυττάρων. Οι πρωτεΐνες κοφιλίνη και N-WASP συνδέονται με την ακτίνη και ρυθμίζουν τη δυναμική του κυτταροσκελετού, ενώ η πρωτεΐνη β-παρβίνη εντοπίζεται στις εστιακές συνδέσεις και διαμεσολαβεί τη σηματοδότηση διαμέσου των ιντεγκρινών με επίσης σημαντική επίδραση στον κυτταροσκελετό ακτίνης. Μεταβολή της έκφρασης των παραπάνω πρωτεϊνών έχει παρατηρηθεί σε διάφορα νεοπλάσματα στον άνθρωπο. Η παρούσα μελέτη επιχειρεί να προσδιορίσει το ρόλο τους στον καρκίνο του λάρυγγα. Για αυτό το λόγο μελετήθηκε με ανοσοϊστοχημεία η έκφραση των πρωτεϊνών κοφιλίνη, N-WASP β-παρβίνη σε 72 ιστικά δείγματα ασθενών με πλακώδες καρκίνωμα του λάρυγγα και αξιολογήθηκε η συσχέτιση της έκφρασης τους με κλινικές και παθολογοανατομικές παραμέτρους καθώς και με την επιβίωση. Θετική ανοσοϊστοχημικη έκφραση των πρωτεϊνών κοφιλίνη, N-WASP β-παρβίνη παρατηρήθηκε στο 86,1%, 93,1% και 94,4% των περιπτώσεων καρκινώματος του λάρυγγα αντίστοιχα, σε αντίθεση με τον παρακείμενο φυσιολογικό ιστό όπου η έκφραση ήταν ασθενής ή απούσα. Η κυταροπλασματική έκφραση της κοφιλίνης έδειξε τάση συσχέτισης με τα προχωρημένα στάδια της νόσου (p=0,063), ενώ η πυρηνική της έκφραση συσχετίστηκε σε στατιστικά σημαντικό βαθμό (p=0,031) με την προχωρημένη ηλικία (>65 ετών) των ασθενών. Η κυτταροπλασματική έκφραση του N-WASP ήταν μεγαλύτερη στα γλωττιδικά καρκινώματα (p=0,068) και συσχετίστηκε σε στατιστικά σημαντικό βαθμό με τα καλά διαφοροποιημένα καρκινώματα (p=0,031). Η κυτταροπλασματική έκφραση της β-παρβίνης συσχετίστηκε σε στατιστικά σημαντικό βαθμό (p=0,038) με τα προχωρημένα στάδια της νόσου. Παρόλο που οι ασθενείς με υψηλότερη έκφραση του N-WASP εμφάνιζαν καλύτερες επιβιώσεις, δεν επιβεβαιώθηκαν στατιστικά σημαντικές συσχετίσεις της έκφρασης των 3 υπό μελέτη πρωτεϊνών με την επιβίωση. Η αυξημένη έκφραση των πρωτεϊνών κοφιλίνη, N-WASP και β-παρβίνη στον καρκίνο του λάρυγγα μπορεί να υποδεικνύει την πιθανή συμμετοχή τους στην παθογένεση της νόσου. Ενώ η υψηλή έκφραση της κοφιλίνης και της β-παρβίνης φάνηκε να ευνοεί την προαγωγή/εξέλιξη του καρκίνου, τα αυξημένα επίπεδα της πρωτεΐνης N-WASP συσχετιστήκαν με ευνοϊκούς προγνωστικούς παράγοντες. / Actin cytoskeleton dynamics are critically implicated in cancer invasion and metastasis. Actin binding proteins cofilin and N-WASP regulate actin filament turnover and the focal adhesion protein β-parvin mediates integrin signaling to actin cytoskeleton. Altered expression of these proteins has been implicated in human malignancies. This study addresses their role in human laryngeal cancer. Protein expression of cofilin, N-WASP and β-parvin were investigated by immunohistochemistry in 72 FFPE samples of human laryngeal squamous cell carcinoma. Correlations with clinicopathological data and survival were evaluated. Positive immunostaining of cofilin, N-WASP and β-parvin were observed in 86.1%, 93,1% and 94,4% cases respectively, in contrast to the weak or absent staining at the non neoplastic adjacent mucosa. Cytoplasmic cofilin immunoreactivity tended to correlate with advanced disease stage (p=0.063), while its nuclear immunoreactivity correlated significantly with advanced (>65 years) patient age (p=0,031). N-WASP immunoreactivity was higher in glottic laryngeal carcinomas (p=0.068) and significantly correlated with low grade tumors (p=0.031). Expression of β-parvin also correlated significantly with advanced disease stage (p= 0.038). Although patients with high N-WASP expression showed higher survival rates no statistical significant correlation between cofilin, N-WASP or β-parvin immunoreactivity and survival was found. Overexpression of cofilin, N-WASP and β-parvin may be implicated in human laryngeal carcinogenesis. While high expression of cofilin and β-parvin seems to favor tumor progression increased levels of N-WASP associated with favorable prognostic factors.
102

Διερεύνηση της γενετικής προδιάθεσης της πλάγιας αμυοτροφικής σκλήρυνσης στον ελληνικό πληθυσμό

Μερκούρη Παπαδήμα, Ελένη 13 January 2015 (has links)
Η Πλάγια Αμυοτροφική Σκλήρυνση είναι μια ετερογενής νόσος, που οφείλεται στην εκφύλιση των ανώτερων και κατώτερων κινητικών νευρώνων. Αρχικά η νόσος εκδηλώνεται είτε με μυϊκή αδυναμία και σπαστικότητα των άνω ή κάτω άκρων, είτε με δυσχέρεια στην ομιλία. Η εξέλιξη της νόσου είναι μοιραία και ο αναμενόμενος χρόνος επιβίωσης είναι 3 – 5 χρόνια. Με την εμφάνιση της νόσου έχουν συσχετιστεί πολλοί γενετικοί και περιβαλλοντικοί παράγοντες. Ταυτοχρόνως, έχουν προταθεί και πολλοί μηχανισμοί παθογένειας. Παρόλα αυτά, η ALS παραμένει ανίατη και οι υπάρχουσες θεραπείες αποσκοπούν στην βελτίωση της κλινικής εικόνας ή / και στην παράταση της επιβίωσης. Ιδιαίτερα στον ελληνικό πληθυσμό, η γενετική αιτία της νόσου δεν έχει διερευνηθεί επαρκώς. Μεταλλάξεις στα γονίδια SOD1, TARDBP και FUS στις οποίες οφείλεται το 30% των οικογενών περιπτώσεων ALS σύμφωνα με τη βιβλιογραφία, δεν απαντώνται στους ασθενείς με ελληνική καταγωγή. Για αυτό το λόγο, με τη βοήθεια της αλληλούχησης ολόκληρου του γονιδιώματος και χρησιμοποιώντας διάφορες προσεγγίσεις πάνω στα δεδομένα που εξήχθησαν, εστιάσαμε την έρευνά μας σε συγκεκριμένες παραλλαγές. Στόχος μας ήταν ο έλεγχος για πιθανές συσχετίσεις μεταξύ των παραλλαγών αυτών και της εμφάνισης της νόσου. Η επιλογή των παραλλαγών στηρίχθηκε στους κοινούς μεταξύ των ασθενών πολυμορφισμούς που δεν υπήρχαν στο δείγμα αναφοράς. Από αυτή την προσέγγιση, επιλέχθηκαν οι κοινοί πολυμορφισμοί rs6850200 (TBC1D1), rs1861869 (FTO), rs2892469 (FTO), rs4773203 και rs10581954 (A2LD1), rs34030508 (FAM181B) και rs6676539 (KAZN). Η δεύτερη προσέγγιση, περιλάμβανε τις νέες παραλλαγές που εντοπίστηκαν στο γονιδίωμα τουλάχιστον ενός εκ των ασθενών. Μεταξύ αυτών, επιλέχθηκαν 2 παραλλαγές, στην 5’ αμετάφραστη περιοχή των γονιδίων FGF13 και SLC36A1. Σε δεύτερο χρόνο, αντιπαρατέθηκαν οι παραλλαγές των γονιδιωμάτων, με τη βάση δεδομένων Human Gene Mutation Database (HGMD) και συγκεκριμένα, με τις μεταλλάξεις που έχουν συσχετιστεί με την ALS. Ωστόσο, δεν κρίθηκε σκόπιμη η περαιτέρω διερεύνηση των αποτελεσμάτων αυτών. Το δείγμα των ασθενών επεκτάθηκε για τις επιλεγμένες παραλλαγές και τα αποτελέσματα της γονοτύπησης των ασθενών συγκρίθηκαν με τα αποτελέσματα της γονοτύπησης που πραγματοποιήθηκε σε δείγμα αναφοράς. Οι παραλλαγές που έδωσαν στατιστικά σημαντικό αποτέλεσμα, αναλύθηκαν και σε πληθυσμό Σαρδηνίων ασθενών ALS έναντι υγιών ατόμων. Εξετάσθηκε επίσης και η περίπτωση μιας οικογένειας στην οποία υπήρχαν τέσσερα άτομα τα οποία εμφάνιζαν ιδιαίτερο φαινότυπο και είχαν διαγνωστεί με πιθανή ALS. Συλλέχθηκε το πλήρες ιατρικό ιστορικό των ατόμων της οικογένειας που νοσούσαν, ενώ με τη χρήση της μεθόδου νέας γενιάς αλληλούχησης εντοπίστηκε πιθανή μετάλλαξη. Μεταξύ των συνολικά οχτώ παραλλαγών που μελετήθηκαν (από την πρώτη και δεύτερη προσέγγιση), από την ανάλυση των δύο προέκυψε στατιστικά σημαντική διαφορά μεταξύ υγιών και ασθενών σε επίπεδο γονοτύπων, αλλά όχι σε επίπεδο αλληλομόρφων. Οι συσχετίσεις με την ALS αφορούν τους πολυμορφισμούς, rs6850200 (TBC1D1), rs1861869 και rs2892469 (FTO), στον ελληνικό πληθυσμό. Επιπλέον, οι rs1861869 και rs2892469 συνδέθηκαν με απλότυπο. Οι διαφορές αυτές δεν υπήρχαν στο δείγμα των Σαρδηνίων. Αναφορικά με την οικογένεια, επιβεβαιώθηκε η ύπαρξη μετάλλαξης μεγέθους 25 βάσεων στο γονίδιο SPG7 σε ομόζυγη κατάσταση, στα μέλη της οικογένειας που φέρουν τον φαινότυπο της ALS / HSP (Οικογενούς Σπαστικής Παραπληγίας) και σε ετερόζυγη κατάσταση στα υγιή άτομα της οικογένειας που ελέγχθηκαν. / Amyotrophic Lateral Sclerosis is a heterogeneous disorder, caused by upper and lower motor neuron degeneration. At the first stages of the disease, muscle weakness as well as spasticity of upper or lower limbs or alternatively, impaired speech become obvious. The patients deteriorate rapidly and finally die 3 – 5 years after the initiation of the symptoms. Many genetic and environmental factors have been correlated with ALS. At the same time, a wide range of pathogenesis’ mechanisms have been proposed. Nevertheless, ALS remains a fatal disease and the existing therapies, aim to symptom relief and/ or a slight prolongation of life time expectancy. In particular, the genetic causes of ALS in Greek population, have not been thoroughly investigated. Mutations in SOD1, TARDBP and FUS exons to which 30% of FALS cases are attributed according to the bibliography, are under-represented in patients with a Hellenic ancestry. Herein, we obtained whole genome sequencing data from 10 Greek ALS patients. To interpret our data we used several approaches, which then helped us focus on certain variations. The aim of the project was to investigate those variations and their possible association with the disease. The variations of interest were chosen according to the following criteria; polymorphisms (i) being common to all patients, (ii) not present in healthy individuals and (iii) located near genes. From this approach, we chose the common polymorphisms rs6850200 (TBC1D1), rs2892469 (FTO), rs1861869 (FTO), rs4773203 and rs10581954 (A2LD1), rs34030508 (FAM181B) and rs6676539 (KAZN). The second approach, includes the annotation of all the novel variants found in at least one patient. Among these variants, two were chosen, both located in the 5’ untranslated regions of the genes FGF13 and SLC36A1. Subsequently, the patients’ genomes variants were juxtaposed with the Human Gene Mutation Database (HGMD) and only those associated with ALS were selected. In this case, however, no further investigation has been performed. Our patients’ population was expanded for the overall chosen variations and their genotypes were compared to the genotypes of healthy individuals. Whenever the outcome had a statistical significance, a replication study was attempted in Sardinian ALS patients compared to healthy individuals. In parallel, we came across a case of a family with interesting phenotype features; four individuals in this family were diagnosed with possible ALS / HSP (Hereditary spastic paraparesis) and their full medical history was acquired. Through a next generation sequencing method a new possible mutation was identified. Overall, eight variations were studied (from the first and second approach). The polymorphisms rs6850200 (TBC1D1), rs1861869 and rs2892469 (FTO) showed a statistically significant association with ALS at a genotype level in the Greek population. At the same time, rs1861869 and rs2892469 were correlated with the existence of a haplotype. On the contrary, rs1861869 and rs2892469 showed no statistical significant differences, when Sardinian ALS patients were compared to healthy Sardinian individuals. As far as the family mentioned above is concerned, the existence of a homozygous 25bp deletion in the SPG7 gene was confirmed. All the members of the family, who manifested symptoms, bear the deletion.
103

Αξιοπιστία και εγκυρότητα της Κλίμακας έννοιας του εαυτού Τεννεσσί 2 (Tennessee self-concept scale:2) και ατομικές διαφορές μαθητών σχολικής ηλικίας

Φουντουλάκη, Ευαγγελία 04 November 2008 (has links)
Αντικείμενο της παρούσας έρευνας αποτελεί η μελέτη της έννοιας του εαυτού παιδιών σχολικής ηλικίας, καθώς και των παραγόντων που την επηρεάζουν. Η διερεύνηση της ψυχοσύνθεσης των παιδιών, σημαντικό μέρος της οποίας καταλαμβάνει η έρευνα της εικόνας που διατηρούν τα ίδια τα παιδιά για τον εαυτό τους, εξακολουθεί να είναι ένα επίκαιρο θέμα για γονείς, εκπαιδευτικούς, παιδοψυχολόγους και όλους όσους ασχολούνται με τη μελέτη της παιδικής προσωπικότητας. Ο «εαυτός», μια έννοια υποκειμενική, ταυτισμένη με τη φιλοσοφία, τη θρησκεία, την ψυχολογία και την κοινωνιολογία, είναι μια υποθετική κατασκευή, της οποίας οι ιδιότητες ερευνώνται συστηματικά τον τελευταίο αιώνα. Η πολυδιάστατη φύση της έννοιας του εαυτού και η εμπλοκή της στην ανάπτυξη- διαμόρφωση των περισσοτέρων διαστάσεων της ανθρώπινης προσωπικότητας, διατήρησε το ενδιαφέρον των ερευνητών, οι οποίοι επιχείρησαν να διατυπώσουν σχετικές με αυτήν θεωρίες, που να περιγράφουν τη φύση, τη δομή και τα χαρακτηριστικά της, όσο το δυνατόν ακριβέστερα. Μία από τις πιο δημοφιλείς κλίμακες μέτρησης της έννοιας του εαυτού, εξαιτίας της πληρότητας που παρουσιάζει θεωρητικά και της αντίστοιχης εφαρμογής της, είναι η Κλίμακα της Έννοιας του Εαυτού του Tennessee, έκδοση 2η (Tennessee Self-Concept Scale:2, TSCS:2, Fitts & Warren, 1996). Τα ερευνητικά και βιβλιογραφικά δεδομένα στοιχειοθετούν την πορεία της κλίμακας TSCS:2 στον χρόνο και πληρούν τις προϋποθέσεις της εγκυρότητας και της αξιοπιστίας. Το ερωτηματολόγιο αυτό αποτελεί το βασικό όργανο μέτρησης της παρούσας έρευνας. / -
104

Έκφραση και χαρακτηρισμός ανασυνδυασμένων πρωτεϊνών μεταφοράς χαλκού για τη μελέτη της συνεργικής τους δράσης κατά το τελευταίο στάδιο της αναπνευστικής αλυσίδας του μιτοχονδρίου / Expression and characterization of recombinant copper chaperones for the study of their synergic action in the final step of mitochondrial respiratory chain.

Γκαζώνης, Πέτρος 09 February 2009 (has links)
Ο ρόλος του χαλκού είναι πολύ σημαντικός για τη σωστή λειτουργία της κυτοχρωμικής c οξειδάσης (CcO), και συνεπώς για την κυτταρική αναπνοή στους ευκαρυωτικούς και προκαρυωτικούς οργανισμούς. Η συγκρότηση της CcO στον ενδομεμβρανικό μιτοχονδριακό χώρο είναι μια πολύπλοκη διαδικασία, εξαρτώμενη από πλήθος συνεργών πρωτεϊνών, υπεύθυνων για τη λειτουργική αναδίπλωση των υπομονάδων του ενζύμου και τη μεταφορά αίμης και ιόντων Cu σε αυτές. Ενώ οι πρωτεΐνες που ενέχονται στη διαδικασία είναι μάλλον γνωστές, οι μηχανισμοί μεταφοράς και ενσωμάτωσης των μεταλλικών ιόντων στα δυο ενεργά κέντρα της CcO, CuA και CuB, παραμένουν ανεξερεύνητοι. Το CuA κέντρο είναι ένα διπυρηνικό κέντρο χαλκού, του οποίου ο ρόλος εντοπίζεται στη μεταφορά e- από το κυτόχρωμα c στο καταλυτικό κέντρο CuB της CcO. Η σωστή συγκρότηση του CuA κέντρου είναι κρίσιμης σημασίας για την καταλυτική δράση του ενζύμου. Αρκετές πρωτεΐνες έχουν χαρακτηριστεί σαν ενεργοί παράγοντες στη μεταφορά ιόντων Cu στο CuA κέντρο, ο ακριβής, ωστόσο, μοριακός μηχανισμός και ρόλος της κάθε πρωτεΐνης είναι άγνωστος. Στους προκαρυωτικούς οργανισμούς, δυο οικογένειες πρωτεϊνών έχουν προταθεί για την εμπλοκή τους στη συγκρότηση του CuA. Η πρώτη περιλαμβάνει πρωτεΐνες που δεσμεύουν ιόντα Cu1+ με ένα συντηρημένο μοτίβο δέσμευσης H(M)x10Mx21HxM (υποθετικές πρωτεΐνες Hyp1) ενώ η δεύτερη περιλαμβάνει τις πρωτεΐνες της οικογένειας Sco, των οποίων ο ρόλος στον μηχανισμό του CuA κέντρου σαν θειορεδοξίνες ή χαλκομεταφορείς, παραμένει ασαφής. Στην παρούσα εργασία αποδείχθηκε ότι μια νέα περιπλασματική πρωτεΐνη (TtHyp1 ή PCuAC) εισάγει επιλεκτικά ιόντα Cu1+ στην Cox2 υπομονάδα της ba3-CcO του Thermus thermophilus προς σχηματισμό του φυσιολογικού διπυρηνικού TtCuA κέντρου, καθώς και ότι η Sco πρωτεΐνη του συγκεκριμένου οργανισμού (TtSco1) δεν μεταφέρει μεταλλικά ιόντα στο CuA, αλλά δρα σαν θειο-δισουλφιδική αναγωγάση ρυθμίζοντας τη σωστή οξειδωτική κατάσταση των κυστεϊνικών καταλοίπων του CuA. Οι πρωτεΐνες PCuAC, TtSco1 και TtCuA εκφράστηκαν, απομονώθηκαν και μελετήθηκαν τα βιοχημικά χαρακτηριστικά τους, η ικανότητα δέσμευσης μεταλλικών ιόντων και οι μεταξύ τους αλληλεπιδράσεις. Επιπλέον η PCuAC χαρακτηρίστηκε δομικά με φασματοσκοπία NMR στην απο και Cu(I) μορφή της. Ο ρόλος των προκαρυωτικών Sco διερευνήθηκε περαιτέρω με μελέτες γονιδιακής ανάλυσης και την έκφραση και τον προκαταρκτικό χαρακτηρισμό μιας νέας πρωτεΐνης, PpSco1/cytc της Pseudomonas putida, πρωτεΐνης αποτελούμενης από δυο επικράτειες, Sco1 και cytc, συνδέοντας το ρόλο των Sco πρωτεϊνών με τη θεωρια περί θειρεδοξινικής τους δράσης. Καινοτομία στην παρούσα εργασία αποτέλεσε η μεθοδολογική προσέγγιση της πολλαπλής κλωνοποίησης των γονιδίων-στόχων με μια νέα τεχνολογία κλωνοποίησης (Gateway) συνδυασμένης με τοποειδική ένθεση σε πολλαπλούς πλασμιδιακούς φορείς και η ανάπτυξη high throughput τεχνικών για πολλαπλές δοκιμές έκφρασης – απομόνωσης. Η συγκεκριμένη μελέτη παρέχει νέα δεδομένα για το μηχανισμό τη συγκρότησης του CuA κέντρου της προκαρυωτικής CcO, υποστηρίζοντας ένα νέο μοντέλο για τη συγκεκριμένη διαδικασία και παράλληλα συνδράμει στην αποκρυπτογράφηση του πολύπλοκου ρόλου των Sco πρωτεϊνών. / Copper is essential for the correct assembly and function of the cytochrome c oxidase (CcO), thus for the efficient cellular respiration in both eukaryotes and prokaryotes. CcO assembly in the inner mitochondrial membrane space is a multi complicated procedure, depended on a number of co-factors and their synergic action. These co-factors are proteins commissioned with the correct folding of the enzyme subunits and the transport/incorporation of heme moieties and Cu ions to them. While the proteins involved in this multistep procedure are rather known, the mechanisms of metal ion delivery and incorporation within the two active centers of CcO, CuA and CuB, still remain uncharted. The CuA center is a binuclear copper center, whose part in the respiratory chain is spoted in electron transport from the active cytochrome c to the catalytic CuB center of CcO. Efficient CuA assembly is crucial for the catalytic action of the entire enzyme. Several proteins have been characterized as essential factors for the transport of Cu ions to the CuA center; however their exact molecular mechanism of action still remains obscure. In prokaryotes, two protein families have been suggested to be involved in the CuA assembly. The first includes proteins that bind Cu1+ ions through a potential conserved motif H(M)x10Mx21HxM (hypothetical proteins, Hyp1), while the second includes proteins of the Sco family, whose exact role in CuA assembly as thioredoxins or copper chaperones is widely debated. In this work, it is propesed that a new periplasmic protein (TtHyp1 or PCuAC) selectively inserts Cu1+ ions in the Cox2 subunit of the ba3-CcO of Thermus thermophilus resulting the formation of the physiological binuclear TtCuA center, as well as that the Sco protein of the organism (TtSco1) is not able to transfer metal ions to the CuA center; instead it acts rather like a thio-disulfide reductase adjusting the proper redox state of the CuA cysteine residues. Proteins PCuAC, TtSco1 and TtCuA were over-expressed, purified and subjected to biochemical characterization, while their Cu binding capability and their inter se interactions were studied through NMR and UV spectroscopy. In addition, PCuAC was structurally characterized through NMR in its apo and Cu(I) form. The role of Sco proteins was further investigated through genome based analysis and the expression and biochemical characterization of a new protein, PpSco1/cytc from Pseudomonas putida, a unique bacterial protein consisted on two domains, a Sco1 and a cytc domain, presumptively connecting the role of Sco proteins with the suggested theory of thioredoxin action. A novelty in this work was the methodological aspect of the multiple cloning of the target genes with a new cloning technology (Gateway) combined with site specific recombination into multiple expression plasmid vectors and the development of a high throughput technique for parallel expression/purification tests. The infra work provides new insights to the CuA center assembly molecular mechanism of the prokaryotic CcO, supporting a new model for the particular procedure and also subscripts for the decipherment of the complicated role of Sco proteins.
105

Μελέτη της μοριακής ποικιλομορφίας στην περιοχή του του πυρηνικού αντιγόνου του ιού της ηπατίτιδας Β σε χρόνιους ασυμπτωματικούς φορείς του ιού / Study of molecular variations in the core promoter, precore, and core regions of hepatitis B virus genome, and within the antigenic epitopes of HBcAg in viral strains isolated from asymptomatic carriers of the hepatitis B virus

Νικήτας, Νικήτας 12 December 2008 (has links)
Κατά τη διάρκεια της τελευταίας δεκαετίας παρατηρείται ένα προοδευτικώς αυξανόμενο ενδιαφέρον για την διερεύνηση της ύπαρξης ή μη συσχέτισης, ανάμεσα στην γενετική ποικιλομορφία της περιοχής του πυρηνικού υποκινητή (Core Promoter, CP, 1700-1849), της προπυρηνικής περιοχής (Precore, PC, 1814-1901) και της περιοχής του κυρίως πυρηνικού αντιγόνου (Core, 1901-2450) του ιού της Ηπατίτιδας Β, τόσο σε νουκλεοτιδικό όσο και σε πρωτεϊνικό επίπεδο, και στην κλινική εικόνα της Οξείας ή Χρόνιας Ηπατίτιδας Β, την πιθανότητα εξέλιξης και το ρυθμό εξέλιξης της χρόνιας HBV λοίμωξης σε Χρόνια Ενεργό Ηπατίτιδα, Κίρρωση του Ήπατος και Ηπατοκυτταρικό Καρκίνωμα (ΗΚΚ). Στόχοι Έρευνας: Λαμβάνοντας υπόψη όλες τις προηγουμένως δημοσιευθείσες εργασίες και δεδομένης της ολοένα και αυξανόμενης σημασίας που αποκτά η γενετική ποικιλομορφία της περιοχής του πυρηνικού αντιγόνου στην εξέλιξη της χρόνιας HBV λοίμωξης, προχωρήσαμε σε ανάλυση της γονιδιακής αλληλουχίας των περιοχών του κυρίως πυρηνικού υποκινητή , και της προπυρηνικής περιοχής καθώς και σε ανάλυση της γονιδιακής και πρωτεϊνικής αλληλουχίας του πυρηνικού αντιγόνου σε στελέχη του ιού που απομονώθηκαν από 23 Χρόνιους Ασυμπτωματικούς Φορείς (ΧΑΦ) του ιού HBV, χρησιμοποιώντας ως μάρτυρες (controls) στελέχη του ιού που απομονώθηκαν από 4 ασθενείς με Χρόνια Ενεργό Ηπατίτιδα Β (ΧΕΗΒ) προ της ενάρξεως οποιασδήποτε θεραπευτικής αγωγής και κλωνοποιήθηκαν. Οι στόχοι της παρούσας έρευνας συνοψίζονται ως εξής: α) Να καταγράψουμε το σύνολο των μεταλλάξεων στις υπό μελέτη περιοχές και το σύνολο των αμινοξικών αντικαταστάσεων στο πυρηνικό αντιγόνο χωρίς να εστιάσουμε μόνο σε 3-4 μεταλλάξεις οι οποίες αποτέλεσαν μεμονωμένο αντικείμενο μελέτης στην συντριπτική πλειονότητα των έως τώρα δημοσιευμένων ερευνών, β) Να εξακριβώσουμε την συχνότητα εμφάνισης κάθε μετάλλαξης και πως αυτή διαφοροποιείται ανάλογα με την κλινική κατάσταση και το ορολογικό προφίλ των ασθενών, τον γονότυπο, και τον υπότυπο του ιού, γ) να προτείνουμε ένα ακριβές προφίλ μεταλλάξεων και αμινοξικών αντικαταστάσεων που χαρακτηρίζει τους ΧΑΦ και να δείξουμε πως αυτό διαφοροποιείται στους ασθενείς με ΧΕΗΒ, δ) Να ερευνήσουμε την ποσοτική αλλά και ποιοτική επίπτωση των διαπιστούμενων, στην κωδικοποιούσα το πυρηνικό αντιγόνο αλληλουχία, νουκλεοτιδικών αλλαγών επί της αμινοξικής αλληλουχίας του πυρηνικού αντιγόνου, και πως αυτή επηρεάζει την σύσταση των αντιστοίχων επί του πυρηνικού αντιγόνου αντιγονικών επίτοπων, ε) Να προτείνουμε νέες τεχνικές απομόνωσης ιικού DNA και πολυμερισμού τμημάτων του ιικού γονιδιώματος σε ασθενείς με πολύ χαμηλά επίπεδα ιαιμίας, όπως οι ΧΑΦ, στ) Να επιβεβαιώσουμε ή να αντικρούσουμε τα δεδομένα της διεθνούς βιβλιογραφίας, που αφορούν στην συχνότητα εμφάνισης μεταλλάξεων και την εντόπιση τους στις υπό μελέτη περιοχές, την διαφοροποίηση αυτών μεταξύ διαφορετικών κατηγοριών ασθενών, διαφορετικών γονότυπων και διαφορετικών υπότυπων του αυτού γονότυπου του ιού. / Infection with HBV may lead to a wide spectrum of liver disease that ranges, in acute infection from mild self-limited to fulminant hepatitis, and in persistent infection from an ASC state to severe chronic hepatitis, cirrhosis and HCC. Several host factors are important in determining outcome, including age at infection, immune competence and MHC haplotype. Viral factors may also play an important role. Over the past decade, there has been considerable interest in whether certain genetic variants of HBV are associated with increased pathogenicity, such as the development of acute liver failure and progression of persistent infections to Chronic Active Hepatitis B, Liver Cirrhosis and Hepatocellular Carcinoma. Aims We proceeded to the sequencing of the entire CP, PC and Core regions of the HBV genome and the analysis of the Molecular variation in them in HBV isolates derived from 23 ASCs and 4 patients with CHB. 17 ASCs were Greeks (genotype D [ayw3]) and 6 were Chinese (Genotype C [ayr]) while all CHB patients were Greeks (though 3 of Genotype D ayw3 and 1 of Genotype D ayr). Our ultimate aims were the identification of all nucleotide and amino acid substitutions within the aforementioned regions and Core protein, respectively, and the demonstration of the differential presentation, distribution and frequency patterns of these substitutions and their respective combinations, in terms of clinical, virological and immunological characteristics of the patients.
106

Μέθοδοι βιοανάδρασης για κινητική αποκατάσταση / Biofeedback techniques for motor rehabilitation

Σαντάρμου, Ευσταθία 12 December 2008 (has links)
Στον τομέα της κινητικής αποκατάστασης, η έννοια της βιοανάδρασης για τη βελτίωση του ταλάντευσης της στάσης του ανθρώπινου σώματος και του ελέγχου της ισορροπίας είναι αρκετά διαδεδομένη. Στις περισσότερες περιπτώσεις, το υποκείμενο προσπαθεί να ελέγξει τη θέση του με μια οπτική, προφορική ή αφής ανατροφοδότηση που παρέχεται από ένα ηλεκτρονικό σύστημα ή έναν νοσοκομειακό γιατρό. Πρόσφατες μελέτες αφορούν ασθενείς με κάποια νευρολογική ασθένεια που ελάμβαναν την οπτική ανατροφοδότηση στεκόμενοι σε μια δυναμοπλατφόρμα, ώστε να ελέγχουν την θέση του σημείου κεντρικής τους πίεσης (CoP). Στην έρευνά μας, καταγράφουμε τη κατανομή πίεσης κάτω από τα πόδια του υποκειμένου και παρέχουμε τις σχετικές ακουστικές πληροφορίες βιοανάδρασης (ABF) στην κατεύθυνση της βελτίωσης της ισορροπίας στάσης του. Με την παροχή αυτών των πρόσθετων ακουστικών πληροφοριών, στόχος μας είναι να διευκολύνουμε τη διαδικασία αντιστάθμησης της ελλείπουσας ή ανεπαρκούς αισθητήριας πληροφορίας από το κεντρικό νευρικό σύστημα (CNS). Έχουμε αναπτύξει και σε προκαταρκτικό στάδιο δοκιμάσει ένα σύστημα ακουστικής βιοανάδρασης βασιζόμενο σε μεσοσόλες με αισθητήρες πίεσης. Ο χρησιμοποιούμενος αλγόριθμος ABF έχει την ίδια βάση με αυτον που εφαρμόζεται σε ένα πρωτοτύπο ABF σύστημα, ήδη αναπτύγμενο και δοκιμασμένο, το οποίο ελέγχει τις μετακινήσεις επιτάχυνσης του σώματος. Οι μετρήσεις των τιμών πίεσης στα πόδια γίνονται μέσω ενός ζευγαριού εύκαμπτων μεσοσολών με 24 ειδικούς ενσωματωμένους αισθητήρες πίεζο-αντίστασης που περικλύονται σε κυτταρική δομή γεμάτη υγρό (Paromed). Η εφαρμογή ελέγχου αναπτύχθηκε σε περιβάλλον LabView και επιτρέπει τη συλλογή δεδομένων πίεσης σε 100Hz και την επεξεργασία αυτών σε πραγματικό χρόνο για τον υπολογισμό μιας εκτίμησης της τιμής του στιγμιαίου CoP. Η συμπεριφορά ταλάντευσης του CoP στα δυο επίπεδα, εμπρόσθια-οπίσθια AP και διάμεσα-πλευρικά ML, αποτυπώνεται σε ένα στερεοφωνικό ακουστικό σήμα που αλλάζει στο εύρος, τη συχνότητα και την ισορροπία L/R και μέσω των ακουστικών παρέχεται στο υποκείμενο. Το πειραματικό μας πρωτόκολλο περιέλαβε μια σειρά μετρήσεων με υγιείς εθελοντές εκτελώντας συγκεκριμένους στατικούς στόχους, με και χωρίς παρεχόμενο ABF. Κατά τη διάρκεια αυτών των στόχων προσπαθήσαμε να εξομοιώσουμε τις συνθήκες όπου η αισθητήρια πληροφορία είναι ελλείπουσα ή ανεπαρκής. Προκαταρκτικά αποτελέσματα στην ML κατεύθυνση, έδειξαν οτι με την ύπαρξη του ABF το ανθρώπινο σώμα ταλαντεύθηκε λιγότερο, γεγονός ενδεικτικό του ότι αυτό το νέο-αναπτυγμένο σύστημα βιοανάδρασης βασιζόμενο στις πίεζο-μεσοσόλες μπορεί να χρησιμοποιηθεί για να βελτιώσει την ισορροπία. Περισσότερα πειράματα και αναλυτική στατιστική ανάλυση πρέπει να ακολουθήσουν ώστε να γίνει κατανοητή η επιρροή αυτού του ABF στην ισορροπία του ανθρώπινου σώματος. / In the area of motor rehabilitation, the concept of biofeedback for improving postural sway and balance control is quite common. In most cases, the subject tries to control his position by a visual, oral or tactile feedback provided by an electronic system or a clinician. Recent studies involved patients with neurological disease that were receiving visual feedback as were standing in a force plate, for the monitoring of their centre of pressure (CoP) position. In our research, we record the pressure distribution beneath the subject's feet and provide related audio biofeedback (ABF) info in the direction of improving posture balance. By providing this extra audio information to the subject our aim is to facilitate the compensation process of the missing or inadequate sensory information by its central nervous system (CNS). We have developed and preliminary validated an insole pressure sensor-based, ABF system. The ABF concept followed is the same with the one applied in a prototype ABF system, already developed and validated, which monitors trunk acceleration movements. Foot pressure values were acquired through a pair of flexible insoles with 24 embedded discrete piezo-resistive sensors contained in a fluid-filled cell (Paromed). The control application was developed in LabView environment and permits pressure data collection in 100Hz and real-time processing for the calculation of an estimated value of the instant CoP. Swaying CoP behaviour in both AP and ML planes is mapped in a stereo audio signal changing in amplitude, frequency and L/R balance, which through the earphones is provided to the subject. Our experimental protocol involved a series of measurements with normal subjects performing specific static tasks, with and without ABF provided. During these tasks we tried to simulate conditions of missing or inadequate sensory information. Preliminary results about ML direction, shown that when ABF was provided the subject swayed less, suggesting that this new-developed biofeedback pressure-sensor insole-based system can be used to improve balance. More experiments and appropriate statistical analysis has to be done so as to understand the influence of this ABF on subject’ s balance.
107

Μελέτη της επίδρασης της λιποκυτταροκίνης αντιπονεκτίνης στο κεντρικό νευρικό σύστημα

Ψηλοπαναγιώτη, Αριστέα 27 April 2009 (has links)
Η αντιπονεκτίνη και οι υποδοχείς αντιπονεκτίνης, AdipoR1 και AdipoR2, αποτελούν συστατικά στοιχεία των ενεργειακών ομοιοστατικών μηχανισμών στους περιφερικούς ιστούς. Σύμφωνα με πρόσφατες μελέτες, η αντιπονεκτίνη φαίνεται, επιδρώντας σε κεντρικά νευρωνικά κυκλώματα, να συμμετέχει στη ρύθμισης πρόσληψης τροφής και κατανάλωσης ενέργειας. Σκοπός της παρούσας μελέτης ήταν η διερεύνηση της πιθανής έκφρασης και της κατανομής της αντιπονεκτίνης και των υποδοχέων της στην ανθρώπινη υπόφυση, στον υποθάλαμο και σε άλλες περιοχές του ανθρώπινου εγκεφάλου. Τομές υπόφυσης, υποθαλάμου και της παρακείμενης βασικής τηλεγκεφαλικής περιοχής, εγκεφαλικού φλοιού και παρεγκεφαλίδας μονιμοποιημένες σε ουδέτερη φορμόλη και εγκλεισμένες σε παραφίνη, από σαράντα περιστατικά, μελετήθηκαν ιστολογικά με τη χρήση ηωσίνης-αιματοξυλίνης, και των ειδικών χρώσεων PAS-orange G και luxol fast blue-cresyl violet. Εν συνεχεία, εφαρμόσθηκε απλή και διπλή ανοσοϊστοχημική μέθοδος, χρησιμοποιώντας ειδικά αντισώματα έναντι της αντιπονεκτίνης, του AdipoR1 και AdipoR2, της ακετυλομεταφοράσης της χολίνης, της FSH, LH, TSH, GH, ACTH και προλακτίνης. Ο μέσος όρος (± SD) ηλικίας και δείκτη μάζας σώματος (ΒΜΙ) των υπό εξέταση περιπτώσεων ήταν 56 (±18) έτη και 27 (±5) kg/m2, αντίστοιχα. Έντονη έκφραση της αντιπονεκτίνης παρατηρήθηκε στον πρόσθιο λοβό (pars distalis/PD) της υπόφυσης και στο χοανικό δακτύλιο (pars tuberalis/PT). Ειδικότερα, ισχυρή ανοσοϊστοχημική χρώση για την αντιπονεκτίνη παρατηρήθηκε στα κύτταρα που παράγουν GH, FSH, LH , TSH και FSH, LH, TSH, στον πρόσθιο λοβό και στο χοανικό δακτύλιο αντίστοιχα.. Στο PD, ισχυρή έως μέτρια έκφραση του AdipoR1 και AdipoR2 ανιχνεύθηκε στους ίδιους κυτταρικούς τύπους στους οποίους εντοπίσθηκε και η αντιπονεκτίνη. Δεν παρατηρήθηκε ανοσοθετικότητα για τους υποδοχείς της αντιπονεκτίνης στα κύτταρα του ΡT. Έντονη ανοσοϊστοχημική χρώση για τον AdipoR1 παρουσίασαν οι νευρώνες της πλάγιας υποθαλαμικής περιοχής και του βασικού πυρήνα του Meynert (NBM). Η έκφραση της αντιπονεκτίνης και των υποδοχέων της στην ανθρώπινη υπόφυση ενδεχομένως αποτελεί μία ένδειξη της ύπαρξης ενός τοπικού ρυθμιστικού συστήματος, το οποίο ασκεί τροποποιητικές δράσεις στους ενδοκρινικούς άξονες. Επιπρόσθετα, η παρουσία του AdipoR1 στον υποθάλαμο και στο NBM υποδεικνύει ότι η αντιπονεκτίνη μπορεί να 118 συμμετέχει σε κεντρικά νευρωνικά σηματοδοτικά μονοπάτια, ελέγχοντας την ενεργειακή ομοιόσταση και άλλες εγκεφαλικές λειτουργίες. / Adiponectin and its receptors, AdipoR1 and AdipoR2, constitute integral components of energy homeostatic mechanism, in peripheral tissues. Recent studies have implicated adiponectin in central neural networks regulating food intake and energy expenditure. The present study aimed at investigating the possible expression and distribution of adiponectin and its receptors in human pituitary gland, hypothalamus and different brain areas. Sections of the pituitary gland, hypothalamus and adjacent basal forebrain area, cerebrum and cerebellum from forty autopsy cases, were examined using H&E, PAS-Orange G, luxol fast blue/cresyl violet stains and single and double immunohistochemistry using adiponectin, AdipoR1, AdipoR2, choline acetyltransferase, FSH, LH, TSH, GH, ACTH and prolactinspecific antibodies. Age and BMI mean values ± SD of the autopsy cases were 56±18 years and 27±5 kg/m2, respectively. Strong adiponectin expression was observed in pituitary gland. In pars distalis (PD), adiponectin localized in GH, FSH, LH and TSH-producing cells and in pars tuberalis (PT) in FSH, LH and TSH-producing cells. Strong to moderate expression of AdipoR1 and AdipoR2 was observed in PD by the same cell types as adiponectin. No immunoreactivity for adiponectin receptors was noted in cells of PT. Intense AdipoR1 immunostaining was observed in neurons of lateral hypothalamic area and of nucleus basalis of Meynert (NBM). Adiponectin and its receptors expression in human pituitary might indicate the existence of a local system, modulating endocrine axes. Furthermore, the presence of AdipoR1 in hypothalamus and NBM suggests that adiponectin may participate in central neural signaling pathways controlling energy homeostasis and higher brain functions.
108

Σύνθεση νανοκρυσταλλικών ημιαγώγιμων οξειδίων, χαρακτηρισμός και μελέτη των εφαρμογών τους στη φωτοκαταλυτική και φωτοηλεκτροχημική διάσπαση του ύδατος

Στρατάκη, Νικολέτα 20 October 2009 (has links)
Η φωτοκαταλυτική παραγωγή H2 μέσω διεργασιών φωτοκαταλυτικής αναμόρφωσης, μελετήθηκε με χρήση νανοκρυσταλλικών υμενίων TiO2 εμπλουτισμένων με εναποτεθειμένα μέταλλα στην επιφάνειά τους. Το TiO2 παρασκευάστηκε με τη μέθοδο sol-gel παρουσία οξικού οξέος και ενός επιφανειακώς δραστικού μορίου, του Triton X-100. Τα υμένια που παρασκευάστηκαν ήταν κρυσταλλικής μορφής ανατάση, με μέσο μέγεθος των σωματιδίων 12 nm, αρκετά σημαντικές υδροφιλικές ιδιότητες και υψηλή προσροφητική ικανότητα, ενώ είναι και πολύ ικανοί φωτοκαταλύτες για την αντίδραση διάσπασης των προσροφημένων χρωστικών στην επιφάνειά τους. Η μελέτη της αντίδρασης παραγωγής H2 πραγματοποιήθηκε με χρήση του φωτοκαταλύτη Pt/TiO2, αφού ο Pt αύξησε τη φωτοκαταλυτική ενεργότητα του υλικού και τη φωτοκαταλυτική απόδοση της αντίδρασης περισσότερο από τα υπόλοιπα μέταλλα. Οι βέλτιστες συνθήκες εναπόθεσης του Pt, ήταν η προσρόφησή του για 30 min από υδατικά διαλύματα Na2PtCl4 συγκέντρωσης 5*10-4 Μ και φωτοβόληση του υλικού για 15 min ώστε να πραγματοποιηθεί η αναγωγή. Η χρήση αυτού του φωτοκαταλύτη έδωσε σημαντικά αποτελέσματα φωτοκαταλυτικής αποικοδόμησης αλκοολών και άλλων προϊόντων βιομάζας σε υδατικά διαλύματα. Από τις ενώσεις που μελετήθηκαν, η χρήση της αιθανόλης και της γλυκερόλης οδήγησε στη μεγαλύτερη αύξηση του ρυθμού φωτοκαταλυτικής παραγωγής H2. Η αντίδραση της φωτοκαταλυτικής αναμόρφωσης πραγματοποιήθηκε κυρίως με χρήση υπεριώδους ακτινοβολίας UVA (Black light, ~360 nm), παρουσία ενώσεων με γενικό χημικό τύπο CxHyOz. Κυριότερες κατηγορίες αυτών των ενώσεων είναι οι αλκοόλες, τα σάκχαρα, οι πολυόλες και τα οργανικά οξέα. Επίσης, τα φωτοκαταλυτικά υμένια Pt/TiO2 είναι ικανά να προκαλέσουν την φωτοκαταλυτική παραγωγή H2 μέσα από μικρογαλακτώματα διασποράς ελαίου σε νερό. Η συνολική διεργασία της φωτοκαταλυτικής αναμόρφωσης αποτελεί μια ιδιαίτερα ελκυστική διεργασία, η οποία πραγματοποιείται με αρκετά ικανοποιητική απόδοση, με την κατάλληλη χρήση του φωτοκαταλύτη Pt/TiO2, σε μορφή λεπτών υμενίων. / Nanocrystalline titanium dioxide films, with deposited noble metals on their surface were studied for the photocatalytic production of Η2, through the so-called “photocatalytic reforming” processes. These films were deposited on glass substrates by using sol-gel procedures, carried out in the presence of acetic acid and a surfactant template, Triton X-100. The titania films consist of anatase nanocrystals, of about 12 nm average particle size. They were highly hydrophilic and were strong adsorbers of positively charged organic substances. Photodegradation of adsorbed dyes was very efficient on these titania nanoparticulate films. Photocatalytic hydrogen production was studied by using nanocrystalline films of Pt/TiO2. Pt gave the best results concerning photocatalytic activity of titanium dioxide. The best conditions of platinum deposition, through its adsorption from aqueous solutions, were 30 min of adsorption in the dark from an aqueous solution of Na2PtCl4, having a concentration of 5*10-4 M, followed by the reduction of the adsorbed ions of Pt (II) by UV treatment. Using this type of photocatalyst lead to high efficiency of photodegradation of alcohols and generally products, derived from biomass in aqueous solutions. From all the compounds examined, ethanol and glycerol gave the highest photocatalytic hydrogen production rates. The photocatalytic reforming reaction, was carried out using UVA (black light, ~360 nm) radiation, that comes from low-energy black light sources and was applied on chemical compounds that have the general chemical structure of CxHyOz. Several categories of substances may have this structure, such as alcohols, saccharides, polyols and organic acids. Also, photocatalytic nanocrystalline films Pt/TiO2 led to substantially efficient process of hydrogen production, by using colloidal dispersions of oil-in-water microemulsion. The whole process of photocatalytic reforming of several substances can be a very attractive and very promising process, by employing nanocrystalline titania films, Pt/TiO2.
109

Σχεδίαση και υλοποίηση επαναπροσδιορίσιμης αρχιτεκτονικής για την εκτέλεση του ακέραιου κυματιδιακού μετασχηματισμού / Design and implementation of a reconfigurable architecture for the integer wavelet transform

Ζαγούλας, Κωνσταντίνος 16 May 2007 (has links)
Ο κυματιδικός μετασχηματισμός αποτελεί το πλέον σύγχρονο μαθηματικό εργαλείο για την ανάλυση σήματος σε βάση συναρτήσεων. Σε σχέση με άλλες παρόμοιες τεχνικές (π.χ. Fourier) παρουσιάζει εμφανή πλεονεκτήματα με κυρίοτερο την τοπικότητα στο χρόνο των συναρτήσεων βάσης. Η δύναμη του κυματιδιακού μετασχηματισμού βρίσκεται στη διακριτή του έκδοση (Discrete Wavelet Transform), που υπολογίζεται με τη βοήθεια διατάξεων FIR φίλτρων ακολουθούμενων από υποδειγματοληψία. Η ταχύτερη και πιο σύγχρονη τεχνική υπολογισμού του DWT ονομάζεται σχήμα lifting και βασίζεται στην παραγοντοποίηση των πινάκων μετασχηματισμού σε γινόμενο αραιών πινάκων. Στο πλαίσιο της εργασίας σχεδιάστηκε και υλοποιήθηκε σε γλώσσα VHDL μία VLSI αρχιτεκτονική ικανή να εκτελεί οποiοδήποτε φίλτρο (ευθύ και αντίστροφο) του DWT τροποποιημένο με τη μέθοδο lifting. Τα φίλτρα είναι αποθηκευμένα σαν μικροπρογράμματα σε μνήμη ελέγχου για ευκολία στη σχεδίαση και δυνατότητα επαναπροσδιορισμού του συστήματος. Το σύστημα εξομοιώθηκε για ορθή λειτουργία κατά την εκτέλεση των φίλτρων του προτύπου JPEG2000, ενώ έγινε και σύνθεση σε FPGA. / The wavelet transform is the most powerful mathematical tool for analysing signals into function bases. Comparing with other such technics (e.g. Fourier transform), wavelets show obvious advantages, with the most important being the spatial locality of the basis functions. The real power of wavelet transform is the Discrete Wavelet Tranfsorm (DWT), which is a filtering operation followed by downsampling. Recently, a new, fast approach for calculating these filter banks has been developed, named the lifting scheme. This method is based on the factorization of the transform matrices into a product of some sparse matrices. Α VLSI architecture that executes wavelet filters (forward and inverse) modified by the lifting scheme is designed and implemented in VHDL code. The filters are considered as microprogramms placed in the system
110

Κλωνοποίηση και χαρακτηρισμός των γονιδίων C8α και C8γ του όγδοου συστατικού του συμπληρώματος στην ιριδίζουσα πέστροφα (Oncorhynchus mykiss irideus)

Παπαναστασίου, Αναστάσιος 30 July 2007 (has links)
Η ΒΥΠ διαθέτει αντίτυπο της διατριβής σε έντυπη μορφή στο βιβλιοστάσιο διδακτορικών διατριβών που βρίσκεται στο ισόγειο του κτιρίου της. / Το σύστημα του συμπληρώματος περιλαμβάνει πάνω από 30 πρωτεΐνες του πλάσματος (διαλυτές και υποδοχείς) και παίζει σημαντικό ρόλο, τόσο στη φυσική όσο και στην προσαρμοστική ανοσία. Το συμπλήρωμα ενεργοποιείται μέσω τριών οδών, της κλασσικής, της εναλλακτικής και της λεκτινικής, καταλήγοντας σε κάθε περίπτωση, μέσω της λυτικής οδού, στη διαμόρφωση ενός τελικού συμπλόκου, που λύει το παθογόνο. Τα συστατικά του συμπληρώματος τα οποία απαρτίζουν το τελικό σύμπλοκο MAC, και συμμετέχουν έτσι στη λυτική οδό, είναι τα C5b, C6, C7, C8α, C8β, C8γ και C9. Προκειμένου να μελετήσουμε την μοριακή εξέλιξη της λυτικής οδού του συμπληρώματος κλωνοποιήσαμε και χαρακτηρίσαμε την α και γ υπομονάδα του όγδοου συστατικού του συμπληρώματος στην ιριδίζουσα πέστροφα. Τα cDNA που προέκυψαν για τα C8α και C8γ ήταν 2.037 και 977 νουκλεοτίδια, αντίστοιχα, ενώ η συναγόμενη αμινοξική αλληλουχία ήταν 615 και 221 αμινοξέα, αντίστοιχα. Τα δύο μόρια παρόλο που αλληλεπιδρούν άμεσα και δευσμεύονται επι του συμπλόκου MAC, ανήκουν σε διαφορετικές πρωτεϊνικές οικογένειες. Η μοριακές τους δομές ομοιάζουν με τις αντίστοιχες των μορίων των θηλαστικών και οι αμινοξικές τους αλληλουχίες παρουσιάζουν σημαντικό βαθμό συντήρησης. Στην πέστροφα, το C8α δείχνει να εκφράζεται κύρια στο ήπαρ και στο νεφρό, ενώ το C8γ εκφράζεται επιπλέον και στον ιστό της καρδιάς και της σπλήνας. Ανάλυση κατά Southern έδειξε πως τα δύο γονίδια συναντώνται ως μοναδικά αντίγραφα στο γονιδίωμα της ιριδίζουσας πέστροφας. Αξίζει, τέλος, να σημειωθεί οτι αυτή είναι η πρώτη αναφορά για την κλωνοποίηση της α και γ υπομονάδας του όγδοου συστατικού του συμπληρώματος στα κατώτερα σπονδυλωτά. / The complement system consists of 30 and more proteins present in blood and cell membranes and plays an important role in host defense by interacting with components of both innate and adaptive immunity. It is activated through three distinct activation pathways: the antibody-dependent classical pathway and the alternative and lectin pathways, which are activated by direct binding of complement components to microbial surfaces. Unlike mammalian and other species, teleost are the only organisms that reveal a completely developed and extended complement system, via gene duplication and functional diversity. Complement activation via the classical, lectin, or alternative pathway leads to the formation of the (pore forming) membrane attack complex (MAC) on the surface of complement-opsonized cells. The assembly of MAC involves the aggregation of the lytic complement components C5b, C6, C7, C8α, C8β, C8γ, and C9. In order to elucidate the phylogeny of the lytic pathway of complement we now report the cloning and characterization of the C8α and C8γ genes in rainbow trout (Oncorhynchus mykiss). The deduced amino acid sequence of the trout C8α gene exhibits 44 and 43% identity with human and frog orthologs, respectively. The domain architecture of the trout C8α resembles that of mammalian orthologs, and the cysteine backbone shows a high degree of conservation. The trout C8α shows a similar expression profile with that of trout C8β and C8γ, pointing to the liver as the main source of the C8α gene expression. Although the presence of a fully developed lytic pathway of complement system is expected in teleost, this is the first report of the C8α gene in an organism other than mammalian. The deduced amino acid sequence of trout C8γ shows significant identity (37%) to the human C8γ homolog and much lower to the other known lipocalins. The lipocalin domain is present and all the cysteine residues are conserved. The trout C8γ gene is probably present as a single copy in the trout genome showing a differential expression pattern among tissues investigated. This is the first report the C8α and C8γ genes in an organism other than mammalian.

Page generated in 0.0524 seconds