A reação em cadeia da polimerase fluorescente quantitativa (QF-PCR) é um método molecular de diagnóstico que se baseia na amplificação de pequenas sequências repetitivas do genoma (Short Tandem Repeats - STRs). Este método pode ser empregado para a detecção de aneuploidias durante a triagem pré-natal, porém, no Brasil, ainda não é utilizado nas instituições públicas. O objetivo do presente estudo foi avaliar a eficácia da QF-PCR em comparação com a citogenética na detecção de aneuploidias. Foram avaliadas 162 amostras de líquido amniótico de gestantes com risco fetal de aneuploidia aumentado. As amostras foram coletadas no Ambulatório de Obstetrícia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. O DNA fetal, para a análise do QF-PCR, foi extraído do líquido amniótico e foram utilizados 24 marcadores moleculares fluorescentes para a amplificação de genes presentes nos cromossomos 13, 18, 21, X e Y. A interpretação foi baseada na análise quantitativa dos fragmentos obtidos na amplificação. A análise citogenética foi realizada segundo metodologia convencional. A QF-PCR foi realizada às cegas, sem o conhecimento do resultado citogenético. A concordância entre os resultados obtidos pela citogenética e pela QF-PCR foi de 93,2% (151/162), com sensibilidade total de 90% e especificidade de 97,2%. Quando analisado apenas os resultados passíveis de detecção pela QF-PCR, sem os rearranjos, a concordância atinge 98,1% com sensibilidade de 98,7% e especificidade de 97,2%. O presente estudo demonstra que a QF-PCR é um método eficiente e confiável para triagem pré-natal de aneuploidias. Para a investigação de alterações cromossômicas estruturais a avaliação citogenética é necessária / Quantitative fluorescence polymerase chain reaction (QF-PCR) is a molecular diagnostic method based on the amplification of short tandem repeats (STRs) present in genome. This method is widely used to detect aneuploidies in prenatal screening, but, in Brazil, it is not used in public services. We investigated the accuracy of QF-PCR for the prenatal recognition of common aneuploidies and compared these results with cytogenetic results in our laboratory. A total of 162 amniotic fluid samples of pregnancies with high risk of fetus aneuploid were collected at the Obstetric Ambulatory of Hospital das Clínicas - Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Fetal DNA was extracted and analyzed by multiplex QF-PCR kit, which contains 24 primer pairs located on chromosomes 13, 18, 21, X and Y. Cytogenetic analysis was performed based on conventional method. The results of cytogenetics test was not known while QF-PCR assay was performed. QF-PCR results were consistent with the results of cytogenetic analysis in 93.2% of all samples (151/162), with 90% total sensitivity and 97.2% specificity. When only possible results detected by QF-PCR are analyzed, without rearrangements samples, the agreement between both tests increases to 98.1%, with 98.7% sensitivity and 97.2% specificity. The present study demonstrates that QF-PCR was efficient and reliable for prenatal aneuploidy screening. This study suggests that QF-PCR can be used as a rapid diagnostic method; however, to structural chromosomal abnormalities cytogenetic analysis must be used

A reação em cadeia da polimerase fluorescente quantitativa (QF-PCR) é um método molecular de diagnóstico que se baseia na amplificação de pequenas sequências repetitivas do genoma (Short Tandem Repeats - STRs). Este método pode ser empregado para a detecção de aneuploidias durante a triagem pré-natal, porém, no Brasil, ainda não é utilizado nas instituições públicas. O objetivo do presente estudo foi avaliar a eficácia da QF-PCR em comparação com a citogenética na detecção de aneuploidias. Foram avaliadas 162 amostras de líquido amniótico de gestantes com risco fetal de aneuploidia aumentado. As amostras foram coletadas no Ambulatório de Obstetrícia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. O DNA fetal, para a análise do QF-PCR, foi extraído do líquido amniótico e foram utilizados 24 marcadores moleculares fluorescentes para a amplificação de genes presentes nos cromossomos 13, 18, 21, X e Y. A interpretação foi baseada na análise quantitativa dos fragmentos obtidos na amplificação. A análise citogenética foi realizada segundo metodologia convencional. A QF-PCR foi realizada às cegas, sem o conhecimento do resultado citogenético. A concordância entre os resultados obtidos pela citogenética e pela QF-PCR foi de 93,2% (151/162), com sensibilidade total de 90% e especificidade de 97,2%. Quando analisado apenas os resultados passíveis de detecção pela QF-PCR, sem os rearranjos, a concordância atinge 98,1% com sensibilidade de 98,7% e especificidade de 97,2%. O presente estudo demonstra que a QF-PCR é um método eficiente e confiável para triagem pré-natal de aneuploidias. Para a investigação de alterações cromossômicas estruturais a avaliação citogenética é necessária / Quantitative fluorescence polymerase chain reaction (QF-PCR) is a molecular diagnostic method based on the amplification of short tandem repeats (STRs) present in genome. This method is widely used to detect aneuploidies in prenatal screening, but, in Brazil, it is not used in public services. We investigated the accuracy of QF-PCR for the prenatal recognition of common aneuploidies and compared these results with cytogenetic results in our laboratory. A total of 162 amniotic fluid samples of pregnancies with high risk of fetus aneuploid were collected at the Obstetric Ambulatory of Hospital das Clínicas - Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Fetal DNA was extracted and analyzed by multiplex QF-PCR kit, which contains 24 primer pairs located on chromosomes 13, 18, 21, X and Y. Cytogenetic analysis was performed based on conventional method. The results of cytogenetics test was not known while QF-PCR assay was performed. QF-PCR results were consistent with the results of cytogenetic analysis in 93.2% of all samples (151/162), with 90% total sensitivity and 97.2% specificity. When only possible results detected by QF-PCR are analyzed, without rearrangements samples, the agreement between both tests increases to 98.1%, with 98.7% sensitivity and 97.2% specificity. The present study demonstrates that QF-PCR was efficient and reliable for prenatal aneuploidy screening. This study suggests that QF-PCR can be used as a rapid diagnostic method; however, to structural chromosomal abnormalities cytogenetic analysis must be used

A reação em cadeia da polimerase fluorescente quantitativa (QF-PCR) é um método molecular de diagnóstico que se baseia na amplificação de pequenas sequências repetitivas do genoma (Short Tandem Repeats - STRs). Este método pode ser empregado para a detecção de aneuploidias durante a triagem pré-natal, porém, no Brasil, ainda não é utilizado nas instituições públicas. O objetivo do presente estudo foi avaliar a eficácia da QF-PCR em comparação com a citogenética na detecção de aneuploidias. Foram avaliadas 162 amostras de líquido amniótico de gestantes com risco fetal de aneuploidia aumentado. As amostras foram coletadas no Ambulatório de Obstetrícia do Hospital das Clínicas da Faculdade de Medicina da Universidade de São Paulo. O DNA fetal, para a análise do QF-PCR, foi extraído do líquido amniótico e foram utilizados 24 marcadores moleculares fluorescentes para a amplificação de genes presentes nos cromossomos 13, 18, 21, X e Y. A interpretação foi baseada na análise quantitativa dos fragmentos obtidos na amplificação. A análise citogenética foi realizada segundo metodologia convencional. A QF-PCR foi realizada às cegas, sem o conhecimento do resultado citogenético. A concordância entre os resultados obtidos pela citogenética e pela QF-PCR foi de 93,2% (151/162), com sensibilidade total de 90% e especificidade de 97,2%. Quando analisado apenas os resultados passíveis de detecção pela QF-PCR, sem os rearranjos, a concordância atinge 98,1% com sensibilidade de 98,7% e especificidade de 97,2%. O presente estudo demonstra que a QF-PCR é um método eficiente e confiável para triagem pré-natal de aneuploidias. Para a investigação de alterações cromossômicas estruturais a avaliação citogenética é necessária / Quantitative fluorescence polymerase chain reaction (QF-PCR) is a molecular diagnostic method based on the amplification of short tandem repeats (STRs) present in genome. This method is widely used to detect aneuploidies in prenatal screening, but, in Brazil, it is not used in public services. We investigated the accuracy of QF-PCR for the prenatal recognition of common aneuploidies and compared these results with cytogenetic results in our laboratory. A total of 162 amniotic fluid samples of pregnancies with high risk of fetus aneuploid were collected at the Obstetric Ambulatory of Hospital das Clínicas - Universidade de São Paulo, São Paulo, Brazil. Fetal DNA was extracted and analyzed by multiplex QF-PCR kit, which contains 24 primer pairs located on chromosomes 13, 18, 21, X and Y. Cytogenetic analysis was performed based on conventional method. The results of cytogenetics test was not known while QF-PCR assay was performed. QF-PCR results were consistent with the results of cytogenetic analysis in 93.2% of all samples (151/162), with 90% total sensitivity and 97.2% specificity. When only possible results detected by QF-PCR are analyzed, without rearrangements samples, the agreement between both tests increases to 98.1%, with 98.7% sensitivity and 97.2% specificity. The present study demonstrates that QF-PCR was efficient and reliable for prenatal aneuploidy screening. This study suggests that QF-PCR can be used as a rapid diagnostic method; however, to structural chromosomal abnormalities cytogenetic analysis must be used

Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2018-06-20T19:01:11Z No. of bitstreams: 1 ANDREYA GONÇALVES COSTA MOTTA.pdf: 1269655 bytes, checksum: d3b8bb83fce2a80358844cba4c05d288 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-20T19:01:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ANDREYA GONÇALVES COSTA MOTTA.pdf: 1269655 bytes, checksum: d3b8bb83fce2a80358844cba4c05d288 (MD5) Previous issue date: 2018-03-08 / The understanding of the biological effects radioinducites in the organism can help the cytogenetic dosimetry in monitoring the health of professionals occupationally exposed to radiation, so radiology technicians must pay attention to all necessary and obligatory measures of protection because they are responsible for the procedures that refer to the diagnoses involving exposure to ionizing radiation. The objective of this research was to perform a cytogenetic analysis of 20 professional radiology technicians exposed occupationally to ionizing radiation through the collection of heparinized peripheral blood and culture of T lymphocytes to verify the frequencies of chromosomal aberrations and micronuclei. All subjects had to have more than 3 years of service time, regardless of age, sex, smoking habits or alcohol. The control group had the same age and sex as the exposed group. Micronucleus analysis occurred faster and more accurately than the analysis of chromosomal aberrations, suggesting that it is used as the first choice in radiological screening. Metaphase analysis and the cytokinesis blockade test allowed the quantification of a high frequency of unstable chromosomal aberrations and micronuclei in subjects with a workday from 6 hours to 12 hours daily. The results of the frequency of unstable chromosomal aberrations in the exposed group were 0.031 ± 0.030 and in the control group 0.002 ± 0.004. In the micronuclei frequencies of the exposed group the obtained result was 0.0035 ± 0.003 and in the control group 0,0004 ± 0.001 confirming the methodology of cytogenetic analysis as quality control in the biodosimetric investigation for the identification and prevention of possible genomic damages. Subsequent studies are needed to find out if factors such as smoking and alcoholism can influence changes in the health of these professionals. / A compreensão dos efeitos biológicos radioinduzidos no organismo pode auxiliar a dosimetria citogenética no monitoramento da saúde dos profissionais ocupacionalmente expostos a radiação, assim, os técnicos em radiologia devem se atentar a todas as medidas necessárias e obrigatórias de proteção por serem responsáveis pelos procedimentos que referentes aos diagnósticos clínicos que envolvam a exposição à radiação ionizante. O objetivo desta pesquisa foi realizar análise citogenética de 20 profissionais técnicos em radiologia expostos ocupacionalmente a radiação ionizante, através da coleta de sangue periférico heparinizado e cultura de linfócitos T para verificar as frequências de aberrações cromossômicas e de micronúcleos. Todos os indivíduos tinham que ter mais de 3 anos de tempo de serviço, independente da idade, sexo, hábitos tabagista ou etilista. O grupo controle teve a idade e sexo equiparados com o grupo exposto. A análise de micronúcleos ocorreu de forma mais rápida e precisa do que a análise de aberrações cromossômicas, sugerindo que ela seja utilizada como primeira escolha em triagem radiológica. A análise de metáfases e o teste de bloqueio de citocinese permitiu a quantificação de uma alta frequência de aberrações cromossômicas instáveis e de micronúcleos nos indivíduos com a jornada de trabalho entre 6 horas a 12 horas diárias. Os resultados encontrados da frequência de aberrações cromossômicas instáveis no grupo exposto foi 0,031±0,030 e no grupo controle 0,002±0,004. Nas frequências de micronúcleos do grupo exposto o resultado obtido foi 0,0035±0,003 e no grupo controle 0,0004±0,001 confirmando a metodologia de análise citogenética como controle de qualidade na investigação biodosimétrica para a identificação e prevenção de possíveis danos genômicos. Estudos subsequentes são necessários para averiguar se fatores como o fumo e o etilismo podem influenciar as alterações na saúde destes profissionais.

Orientador: Ricardo Barini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T03:43:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Machado_IsabelaNelly_D.pdf: 3476920 bytes, checksum: d5a5716fb5a528c323d17a22ef6c28d0 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Introdução: Para uma parcela significativa de fetos com defeitos congênitos o diagnóstico sindrômico permanece indefinido, dificultando a abordagem perinatal, o estabelecimento de prognóstico e o aconselhamento genético. A incapacidade de detecção de pequenas instabilidades genômicas, atualmente apontadas como provável fator causal nestas condições dismórficas, é a principal limitação do estudo cromossômico microscópico pelo bandamento G (cariótipo convencional). A hibridização genômica comparativa (comparative genomic hybridization-CGH) é capaz de identificar perdas e ganhos de material genômico com alta resolução, sem envolver o cultivo celular e o conhecimento prévio da região genômica envolvida. Objetivo: Avaliar a aplicabilidade da técnica de array CGH em sangue fetal para o diagnóstico de perdas e ganhos genômicos em um grupo de fetos dismórficos. Sujeitos/Método: Foi realizado um estudo prospectivo descritivo a partir de amostras sanguíneas de fetos dismórficos e com cromossomos numericamente normais ao bandamento G, admitidos no Setor de Medicina Fetal do Centro de Atenção Integral à Saúde da Mulher (CAISM) da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp). Foi realizada a caracterização da amostra estudada e uma análise descritiva dos achados moleculares através da técnica de array CGH. Resultados: Foram incluídos no estudo 50 fetos, dos quais 49 preencheram os critérios de qualidade da técnica. A taxa de detecção de alterações cromossômicas pela técnica de array CGH não detectadas pelo cariótipo convencional foi de 93,7% (45 fetos), e 27% foram consideradas significativas dos pontos de vista citogenético e clínico. Entre os fetos com alterações do número de cópias, 87% apresentaram pelo menos um clone para o qual já estão descritas variações do número de cópias (CNV) em indivíduos fenotipicamente normais. Adicionalmente, a técnica mostrou-se eficaz para o esclarecimento diagnóstico da origem, exata localização e dimensionamento do material adicional encontrado em um feto com anomalia cromossômica estrutural. Conclusões: A caracterização do perfil genômico por array CGH de fetos com defeitos congênitos permitiu complementar o diagnóstico citogenético convencional, aumentando a definição diagnóstica e a identificação de regiões cromossômicas associadas a algumas anomalias congênitas / Abstract: Introduction: A great number of fetuses with congenital defects remain without definitive diagnosis, making difficult the perinatal management, the prognosis establishment and the genetic counseling. The incapacity of detection of short sequence copy number changes, pointed as a probable etiology factor for some congenital defects, is the main limitation of routine G-banding. The Comparative Genomic Hybridization (CGH) overcome this limitation, and also does not require cellular culture or prior knowledge of the involved genomic region. Objective: To evaluate the applicability of the CGH method on fetal material for genomic gains and losses in a group of malformed fetuses. Methods: On a prospective descriptive study, fetal blood samples were collected from malformed fetuses with numerically normal chromosomes at G-banded karyotype, at the Fetal Medicine Unit of the Centro de Atenção Integral à Saúde da Mulher (CAISM) of the Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Sample characterization and a descriptive analysis of the CGH-based technique results were accomplished. Results: Fifty fetuses were included in this study and 49 were considered optimal according to adopted quality control criteria. The detection rate of fetuses with copy number imbalances not detected by the G-banded karyotype was 93.7% (45 fetuses), with 27% of cytogenetic and clinical significance. Among fetuses with copy number imbalances, 87% presented at least one abnormal clone encompassing CNVs described for phenotipically normal individuals. Additionally, the array CGH showed to be effective for the identification of the additional genetic material origin, with its precise location and size, presented in one fetus with structural chromosomal anomaly. Conclusions: The genomic profile characterization of malformed fetuses through array CGH allowed complementing the conventional cytogenetic diagnosis, obtaining a higher precise diagnosis and the identification of chromosomal regions associated with some congenital anomalies / Doutorado / Tocoginecologia / Doutor em Tocoginecologia

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-10-18T11:59:40Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_GenotoxicidadeMercurialContribuicao.pdf: 831216 bytes, checksum: 3df12be6cc5c27a34dcbe4f212f47c61 (MD5) / Approved for entry into archive by Irvana Coutinho (irvana@ufpa.br) on 2017-10-18T13:02:00Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_GenotoxicidadeMercurialContribuicao.pdf: 831216 bytes, checksum: 3df12be6cc5c27a34dcbe4f212f47c61 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-10-18T13:02:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_GenotoxicidadeMercurialContribuicao.pdf: 831216 bytes, checksum: 3df12be6cc5c27a34dcbe4f212f47c61 (MD5) Previous issue date: 2008-06-05 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / O mercúrio é uma importante fonte de poluição ambiental em diversas partes do mundo e especialmente na Amazônia. Atualmente, existem evidências de que a exposição crônica a concentrações relativamente baixas de mercúrio poderia estar iniciando processos genotóxicos (dano ao DNA) em humanos. Porém, foram realizados até agora poucos estudos epidemiológicos com populações amazônicas expostas que não incluíram uma comparação com uma população controle. O objetivo do presente estudo foi identificar a técnica mais adequada para analisar gentoxicidade mercurial em populações amazônicas e estabelecer os valores normais de genotoxicidade em uma população ribeirinha amazônica. Para a realização dos testes in vitro foram aplicadas e comparadas duas técnicas tradicionais de detecção de genotoxicidade (micronúcleos e aberrações cromossômicas). Culturas primárias de linfócitos sangüíneos de voluntários de Belém foram expostas a concentrações relativamente baixas de metilmercúrio (1-500μg/l ou 0,004-2 μM). O índice mitótico (proporção de células em metáfase) originado com a técnica de detecção de aberrações cromossômicas revelou-se como o parâmetro mais sensível à genotoxicidade mercurial. Após a identificação da técnica e o parâmetro mais sensível à genotoxicidade mercurial, essa técnica foi aplicada para estudar uma população ribeirinha amazônica que funcionasse como controle para os estudos de genotoxicidade mercurial que estão sendo feitos. Foi selecionada a população de Panacauera, e a média do índice mitótico encontrado nos indivíduos dessa população foi de 0.077 ± 0.045. Os valores de índice mitótico detectados apresentaram uma variabilidade que não esteve relacionada com a idade ou o sexo. Quando esses valores foram comparados com os valores de Brasília Legal (comunidade exposta ao metilmercúrio) registrados na literatura, foi verificado que para alguns grupos o índice mitótico de Brasília Legal foi inferior ao de Panacauera, o que indicaria uma inibição da progressão do ciclo celular e/ou uma perda da capacidade proliferativa causada pela intoxicação mercurial. Estes resultados apóiam a idéia de que o índice mitótico poderia servir como parâmetro essencial para o diagnóstico precoce do dano causado pela exposição mercurial e contribuem para o escasso conhecimento epidemiológico sobre as conseqüências que está tendo a exposição crônica de mercúrio nas populações da Amazônia. / Mercury is an important environmental pollutant for the world and, specially, for the Amazon. Presently, there are some evidences about chronic exposure to relatively low concentrations of mercury initiating genotoxic processes (DNA damage) in humans. However, to date, few epidemiological studies were carried out with Amazonian populations exposed to mercury, but no study included a population as a control to compare. The aim of this study was to identify the technique more adequate for analyzing mercury genotoxicity in Amazonian populations and to establish control values of genotoxicity in an Amazonian riverside population. To carry out in vitro tests, two traditional methods to detect genotoxicity (micronuclei and chromosomal aberrations) were applied and compared. Primary cultures of blood lymphocytes of volunteers from Belém, were exposed to relatively low concentrations of methylmercury (1-500μg/l or 0,004-2 μM). Mitotic index (proportion of cells in metaphase) originated with the method of detection of chromosomal aberrations was the parameter more sensitive to mercury genotoxicity. After identification of the method and the parameter more sensitive to mercury genotoxicity, this method was applied to study an Amazonian riverside population as a control for studies about mercury genotoxicity. Panacauera was selected as control population and mitotic index for this population was 0.077 ± 0.045. Detected values of mitotic index showed variability, not related to age or sex. When these values were compared to the values of Brasilia Legal (community exposed to methylmercury) registered in literature, mitotic index of Brasilia Legal for some groups was below mitotic index of Panacauera, pointing to an inhibition of the cell-cycle progression and/or loss of proliferative capacity due to mercury intoxication. These results support the idea that mitotic index may serve as an essential parameter for the early diagnosis of the damage provoked by mercury exposure, and they contribute to the epidemiological knowledge about the consequences of the chronic exposure with mercury in Amazonian populations.

O presente trabalho é resultado da colaboração de pesquisadores do Centro de Engenharia Nuclear (CEN) e de pesquisadores do Centro de Biotecnologia (CB), ambos pertencentes ao IPEN, para o desenvolvimento de uma metodologia que visa auxiliar os profissionais citogeneticistas fornecendo uma ferramenta que automatize parte da rotina necessária para a avaliação qualitativa e quantitativa de danos biológicos em termos de aberração cromossômica. A técnica citogenética, sobre a qual esta ferramenta é desenvolvida, é a técnica de aberrações cromossômicas. Nela, são realizadas preparações citológicas de linfócitos de sangue periférico para que metáfases sejam analisadas e fotografadas ao microscópio e, com base na morfologia dos cromossomos, anomalias sejam investigadas. Quando esta tarefa é realizada manualmente, os cromossomos são analisados visualmente um a um pelo profissional citogeneticista, logo, trata-se de um processo minucioso em virtude da variação geral na aparência do cromossomo, do seu tamanho pequeno e do grande número de cromossomos por célula. Para um diagnóstico confiável, é necessário que várias células sejam analisadas, tornando-se uma tarefa repetitiva e demorada. Neste contexto, foi proposto o uso dos mapas auto-organizáveis para o reconhecimento automático de padrões morfológicos referentes às imagens de cromossomos humanos. Para isso, foi desenvolvido um método de extração de características por meio do qual é possível classificar os cromossomos em: dicêntricos, anéis, acrocêntricos, submetacêntricos e metacêntricos, com acerto de 93,4 % em relação ao diagnóstico dado por um profissional citogeneticista. / This work is a joint collaboration between Nuclear Energy Research Institute (IPEN), Nuclear Engineering Center and Biotechnology Center to develop a methodology aiming to assist cytogenetic professionals by providing a tool to automate part of the required routine to perform qualitative and quantitative evaluation of biological damage in terms of chromosomal aberration. The cytogenetic technique upon which this tool was developed, is the chromosome aberrations technique, in which cytological preparations of peripheral blood lymphocyte metaphases are performed to be analyzed and photographed under a microscope in order to investigating chromosomal aberration. Performed manually, the chromosomes are analyzed visually one by one by a cytogenetic professional, so it is a painstaking process due to the great deal of variation in the appearance of each chromosome, their small sizes and not to mention the high density of chromosomes per cell. In order to obtain a reliable diagnosis it is necessary that many cells be analyzed, which makes this a repetitive and time consuming process. In this context, the use of self-organizing maps for the automatic recognition of patterns relating to morphological pictures of human chromosomes has been proposed. For this, we developed a feature extraction method by which is possible to classify chromosomes in: dicentrics, ring-shaped, acrocentric, submetacentric and metacentric with 93.4% accuracy compared to diagnostic given by a professional cytogeneticist.

O presente trabalho é resultado da colaboração de pesquisadores do Centro de Engenharia Nuclear (CEN) e de pesquisadores do Centro de Biotecnologia (CB), ambos pertencentes ao IPEN, para o desenvolvimento de uma metodologia que visa auxiliar os profissionais citogeneticistas fornecendo uma ferramenta que automatize parte da rotina necessária para a avaliação qualitativa e quantitativa de danos biológicos em termos de aberração cromossômica. A técnica citogenética, sobre a qual esta ferramenta é desenvolvida, é a técnica de aberrações cromossômicas. Nela, são realizadas preparações citológicas de linfócitos de sangue periférico para que metáfases sejam analisadas e fotografadas ao microscópio e, com base na morfologia dos cromossomos, anomalias sejam investigadas. Quando esta tarefa é realizada manualmente, os cromossomos são analisados visualmente um a um pelo profissional citogeneticista, logo, trata-se de um processo minucioso em virtude da variação geral na aparência do cromossomo, do seu tamanho pequeno e do grande número de cromossomos por célula. Para um diagnóstico confiável, é necessário que várias células sejam analisadas, tornando-se uma tarefa repetitiva e demorada. Neste contexto, foi proposto o uso dos mapas auto-organizáveis para o reconhecimento automático de padrões morfológicos referentes às imagens de cromossomos humanos. Para isso, foi desenvolvido um método de extração de características por meio do qual é possível classificar os cromossomos em: dicêntricos, anéis, acrocêntricos, submetacêntricos e metacêntricos, com acerto de 93,4 % em relação ao diagnóstico dado por um profissional citogeneticista. / This work is a joint collaboration between Nuclear Energy Research Institute (IPEN), Nuclear Engineering Center and Biotechnology Center to develop a methodology aiming to assist cytogenetic professionals by providing a tool to automate part of the required routine to perform qualitative and quantitative evaluation of biological damage in terms of chromosomal aberration. The cytogenetic technique upon which this tool was developed, is the chromosome aberrations technique, in which cytological preparations of peripheral blood lymphocyte metaphases are performed to be analyzed and photographed under a microscope in order to investigating chromosomal aberration. Performed manually, the chromosomes are analyzed visually one by one by a cytogenetic professional, so it is a painstaking process due to the great deal of variation in the appearance of each chromosome, their small sizes and not to mention the high density of chromosomes per cell. In order to obtain a reliable diagnosis it is necessary that many cells be analyzed, which makes this a repetitive and time consuming process. In this context, the use of self-organizing maps for the automatic recognition of patterns relating to morphological pictures of human chromosomes has been proposed. For this, we developed a feature extraction method by which is possible to classify chromosomes in: dicentrics, ring-shaped, acrocentric, submetacentric and metacentric with 93.4% accuracy compared to diagnostic given by a professional cytogeneticist.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-20Bitstream added on 2014-06-13T20:23:16Z : No. of bitstreams: 1 maschio_lr_dr_sjrp.pdf: 1208225 bytes, checksum: 581a26de1a4603e41d2d07020f15f18d (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação para o Desenvolvimento da UNESP (FUNDUNESP) / Devido às crescentes expansões demográficas e industriais observadas nas últimas décadas, o meio ambiente tem recebido uma carga significativamente crescente de efluentes domésticos, industriais e agrícolas, causando impactos severos nos ecossistemas e um potencial comprometimento à saúde humana. Dentre os efluentes domésticos, podemos citar uma gama de poluentes, tais como químicos de diversas categorias, além de contaminações por agentes biológicos diversos. Já os efluentes industriais contêm poluentes orgânicos e/ou inorgânicos, dependendo da atividade industrial. Baseando-se nestes dados, este trabalho teve como objetivo investigar, por meio de ensaios biológicos com dois organismos-teste, a possível presença de contaminantes com potencial citotóxico, genotóxico e mutagênico, que são despejados ao longo do rio Preto, inclusive na Represa Municipal de São José do Rio Preto. O material biológico utilizado neste estudo constituiu-se de sementes de Allium cepa (cebola) e peixes da espécie Oreochromis niloticus (Tilápia). Coletas de águas foram realizadas, sazonalmente, nos meses de agosto de 2006 e 2007 (estação seca) e março de 2007 e 2008 (estação chuvosa), em seis pontos distintos: Ponto 1 (P1), 8 km antes do represamento; Ponto 2 (P2), 1 km antes do represamento; Ponto 3 (P3), local de despejo do esgoto; Ponto 4 (P4), margem oposta do despejo do esgoto; Ponto 5 (P5), saída do represamento; Ponto 6 (P6), 1 km após o represamento. Análises químicas foram realizadas para todas as coletas realizadas. Para a realização do estudo, 100 sementes de Allium cepa foram submetidas à germinação, em placa de Petri, em amostras de águas coletadas nos seis diferentes pontos do rio Preto, em água ultra pura (controle negativo) e em uma substância reconhecidamente aneugênica (Trifluralina - controle positivo), sempre à temperatura ambiente... / Due to increasing population and industrial expansion observed in recent decades, the environment has received a significant increased burden of domestic industrial and agricultural sewerage, which can cause severe impacts on ecosystems, and a potential damage to human health as well. A wide range of harmful pollutants can be found in domestic effluent, such as chemicals from various categories, in addition to contamination by various biological agents. On the other hand, industrial effluents contain organic and / or inorganic pollutants, depending on industrial activity. Based on these data, this study aimed to investigate, by means of biological tests with two test-organism, the possible presence of contaminants with cytotoxic, genotoxic and mutagenic potential, which are dumped along the Preto river, an important river that flows in the region of Sao Jose do Rio Preto/SP. The biological material used in this study consisted of seeds of Allium cepa (onion) and one specie of fish (Tilapia: Oreochromis niloticus). Water samples were taken seasonally in August 2006 and 2007 (dry season) and March 2007, and 2008 (rainy season), in six distinct sites: Site 1 (S1), 8 km before the damming, Site 2 (S2), 1 km before the damming, Site 3 (S3), place of sewerage discharge; Site 4 (S4), opposite margin of sewage discharge, Site 5 (S5), end of the damming; Site 6 (S6) 1 km after damming. Chemical analyses were performed for all collected samples. For the study, 100 seeds of A. cepa were submitted to germination in Petri dishes with samples water from six different sites of the Preto river, Ultra pure water (negative control), and with an aneugenic substance (Trifluralin - positive control). For most of collection points and periods studied, root meristems cells of A. cepa, exposed to water samples collected along the Preto river, showed no significant differences... (Complete abstract click electronic access below)

Pacientes com câncer diferenciado de tireoide (CDT) são submetidos à tireoidectomia e usualmente necessitam de tratamento adjuvante para ablação do tecido tireoidiano remanescente. Para ocorrer uma captação de radioiodo adequada, é necessário elevar os níveis de TSH através da suspensão da reposição do hormônio tireoidiano (T3 ou T4), o que gera um quadro clínico de hipotireoidismo. Como alternativa, o TSH humano recombinante (rec-hTSH) foi desenvolvido e com seu uso, não é necessário suspender a reposição do hormônio, impedindo, assim, os sintomas observados quando da suspensão deste. O objetivo deste trabalho foi calcular a dosimetria para os restos tireoidianos e demais órgãos de 22 indivíduos com CDT, dos quais 11 pacientes receberam a terapia com 131I (grupo A) sob estímulo endógeno com supressão da reposição hormonal, e os outros 11, receberam o radioiodo precedido de rec-hTSH (grupo B), na vigência de hormonioterapia substitutiva; e comparar os resultados dosimétricos com os possíveis efeitos deletérios da radiação. A partir da metodologia do MIRD e dos softwares MIRDOSE-3 e OLINDA, foram calculadas as doses absorvidas para a região da tireoide e para o corpo inteiro. Com um detector Geiger-Müller foram realizadas medidas de taxa de exposição durante a internação para cálculos de meia-vida efetiva (Teff) e foram coletadas amostras sanguíneas para verificação de aberrações cromossômicas. As doses absorvidas médias para o corpo inteiro obtidas foram de 0,96 ± 0,23 Gy para o grupo A e 0,44 ± 0,21 Gy para o grupo B. Os valores de Teff também foram menores para o grupo B (11,2 ± 1,9 h) quando comparados aos do grupo A (13,9 ± 2,4 h). A análise citogenética mostrou a presença de vários tipos de aberrações cromossômicas estruturais. O cromossomo dicêntrico foi o mais frequentemente encontrado e pode ser considerado o melhor indicador de dano por radiação ionizante. As diferenças entre os valores de aberrações encontradas para os dois grupos não foram significativas, com o número de células afetadas relativamente pequeno, não causando danos severos durante o tratamento. A obtenção de doses e Teff menores para os pacientes do grupo B está de acordo com o descrito na literatura. O clareamento renal do radioiodo é mais rápido com o rec-hTSH (conforme observado com a dosimetria interna), mas a captação e consequente ablação ocorrem em taxas similares (como se observa pela análise citogenética). Portanto, com os resultados obtidos, o rec-hTSH se mostrou uma ferramenta útil ao dispensar a suspensão do hormônio tireoidiano, mantendo a qualidade de vida dos pacientes e auxiliando para uma menor irradiação dos tecidos extratireoidianos / Patients with differentiated thyroid cancer (DTC) are submitted to a thyroidectomy and usually require adjuvant therapy to ablate the remaining thyroid tissue. In order to have an adequate uptake of radioiodine, it is necessary to increase TSH levels by thyroid hormone withdrawal, which leads to a hypothyroidism state. As an alternative, the use of recombinant human thyroid stimulating hormone (rec-hTSH) may prevent the hormonal therapy withdrawal; therefore avoiding the hypothyroidism symptoms. The aim of this study was to calculate the dosimetry for thyroid remnants and total body of 22 individuals with DTC, of which 11 patients received 131I (group A) under endogenous stimulus, and the other 11 received 131I preceded by rec-hTSH (group B), and compare the dosimetric results with the potential harmful effects of radiation. Using the MIRD methodology and softwares MIRDOSE-3 and OLINDA, the absorbed doses were calculated for thyroid region and total body. Measurements of the exposure rates were made with a Geiger-Müller detector during the hospital stay, in order to calculate the effective half-lives (Teff), and blood samples were collected to verify chromosome aberrations. The average absorbed doses to the whole body obtained were 0.96 ± 0.23 Gy for group A and 0.44 ± 0.21 Gy for group B. Teff values were also lower for group B (11.2 ± 1.9 h) when compared to the results of group A (13.9 ± 2.4 h). The cytogenetic analysis showed the presence of various types of structural chromosome aberrations. The dicentric chromosome was the cytogenetic abnormality most frequently found and is considered to be the best indicator of ionizing radiation damage. The differences between the values of aberrations found in both groups were not significant, being the number of affected cells relatively small, causing no severe damage during treatment. The smaller doses and Teff obtained from the patients in group B are in agreement with the literature. The renal clearance of radioiodine is faster with rec-hTSH (as seen with the internal dosimetry), but the uptake and subsequent ablation occur at similar rates (as observed by cytogenetic analysis). Therefore, according to the above mentioned results, it is possible to observe that rec-hTSH is an useful alternative to the endogenous stimuli, while maintaining the patients\' quality of life and helping to reduce irradiation of extrathyroidal tissues