FONSECA, Jamily Marciano. Raça, Natureza e Sociedade: o pensamento evolucionista em Fortaleza na década de 1880. 2015. 166f. – Dissertação (Mestrado) – Universidade Federal do Ceará, Programa de Pós-graduação em História, Fortaleza (CE), 2015. / Submitted by Márcia Araújo (marcia_m_bezerra@yahoo.com.br) on 2015-12-22T15:25:33Z No. of bitstreams: 1 2015_dis_jmfonseca.pdf: 1425757 bytes, checksum: 2e8a75b42d7c3e7bba03fe3db1a1d84a (MD5) / Approved for entry into archive by Márcia Araújo(marcia_m_bezerra@yahoo.com.br) on 2015-12-22T15:33:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_dis_jmfonseca.pdf: 1425757 bytes, checksum: 2e8a75b42d7c3e7bba03fe3db1a1d84a (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-22T15:33:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_dis_jmfonseca.pdf: 1425757 bytes, checksum: 2e8a75b42d7c3e7bba03fe3db1a1d84a (MD5) Previous issue date: 2015 / The present paper aims to analyse the speeches of the Ceará intellectuals in the 1880s, seeking to understand how the evolutionist ideas were received, as well as their influence on the way of thinking about nature, race and the progress of Brasil and the Ceará province. Ceará intellectuals worked together in several periodicals circulating in its capital, Fortaleza, through which their ideas were spreaded. With the analysis of the sources, namely newspapers, we realize that Justiniano de Serpa, Antonio Martins, João Lopes, Pedro de Queiroz and other intellectuals thought about the society they lived, environment and mankind in general, based upon their theoretical influences. Darwinism, Spencerianism and racialism were some of the evolutionary theories that became popular since the second half of the nineteenth century and contributed to the rise of a worldview that drove many intellectuals around the world to seek explanations for the realities in which they lived and to elaborate progressist solutions aiming the improvement of their society. Our discussion is based on the analysis of texts published in periodicals of Fortaleza in the 1880s, where we perceive the influence of evolutionist thought, seeking to realize how the evolutionist theories were appropriated by intellectuals, as well as to understand their interpretations of Ceará society, mankind and the environment. / O presente trabalho busca analisar os discursos dos letrados do Ceará no decênio de 1880, visando compreender como o ideário evolucionista foi recebido e como influenciaram a forma de pensar a natureza, a raça e o progresso do Brasil e da província do Ceará. Os letrados do Ceará colaboravam em diversos periódicos que circulavam em sua capital, Fortaleza, por meio dos quais suas ideias eram divulgadas. Com a análise das fontes, notadamente os jornais, percebemos que Justiniano de Serpa, Antônio Martins, João Lopes, Pedro de Queiroz e outros letrados refletiram acerca da sociedade em que viviam, do meio físico e do homem em geral a partir de suas influências teóricas. Darwinismo, spencerianismo e racialismo foram algumas das teorias evolutivas que se popularizaram a partir da segunda metade do século XIX e contribuíram para o surgimento de uma visão de mundo que impulsionou diversos intelectuais do mundo a buscar explicações para as realidades que vivenciavam e a formular soluções progressistas para o melhoramento de sua sociedade. Nossa discussão baseia-se na análise dos textos veiculados pelos periódicos de Fortaleza nos anos 1880 em que visualizamos a influência do pensamento evolucionista, buscando perceber de que maneira as teorias evolutivas foram apropriadas pelos letrados, bem como compreender suas interpretações acerca da sociedade do Ceará, do homem e do meio.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:25:31Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-08-05Bitstream added on 2014-06-13T18:53:37Z : No. of bitstreams: 1 deienno_r_me_rcla.pdf: 1861115 bytes, checksum: 046085d2e2d453bbb5cc4bae42e458a4 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Segundo Tsiganis et al (2005), no modelo de Nice os satélites regulares dos planetas gigantes seriam imunes aos efeitos da migraçãao sendo que os irregulares em geral seriam ejetados. Uma demonstraçãao clara e os cálculos que levam a isso, não são conhecidos. Neste trabalho estudaremos este problema, em especial para os casos dos sistemas de Urano e Saturno. Usamos o código de Gomes et al (2005) e tal com em Yokoyama et al (2008), o efeito do Sol e do achatamento do planeta será tomado, incluindo agora o disco planetesimal e a interação mútua dos satélites regulares. Os encontros próximos entre os satélites e planetesimais são tratados tal como em Nogueira (2008). Investigamos a possibilidade de existência de uma distância limite tal que satélites interiores a este limite resistam às instabilidades da migração. Neste sentido observa-se que Oberon e Titan, em geral, são os mais distantes (últimos) satélites que resistem á migração. Assim, em geral os objetos irregulares não resistem à migração. Por outro lado, as simulações mostram que embora os atuais satélites regulares sejam de fato primordiais, eventualmente podem ocorrer significativas instabilidades nesta região, que poderiam causar ejeção de algum satélite regular. Como resultado natural dos vários encontros, algumas capturas de satélites irregulares ocorrem. Neste sentido, um breve estudo de satélites capturados é mostrado / According to Tsiganis et al (2005), in the Nice model, the regular satellites of the giant planets would be immune under the effects of the migration while the irregular ones would be ejected. A clear demonstration and the simulations showing that are not known. In this work we study this problem, in special for the cases of Uranus’ and Saturn’s systems. We use Gomes’ code (GOMES et al,2005) and as in Yokoyama et al(2008), the effect of the Sun and of the oblateness of the planet are taken, but now including the planetesimal disk and the mutual interaction of the regular satellites. The close encounters between the satellites and the planetesimals are taken as in Nogueira (2008). We investigate the possibility of the existence of a limit distance such that satellites within this limit, resist the instabilities of the migration. In this sense we observe that, in general, Oberon and Titan are the outermost (last) that resist to the migration. Therefore, in general the irregular objects do not resist the migration. On the other hand, the simulations also show that although the current regular satellites are indeed primordial, eventually, some significant instabilities can occur in their region, leading to a possible ejection of some regular satellite. As a natural result of the several encounters, some captures of the irregular satellites occur. In this sense, a brief study of the captured satellites is shown

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:14Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-02-21Bitstream added on 2014-06-13T21:03:46Z : No. of bitstreams: 1 000741895.pdf: 15459081 bytes, checksum: d63bdd273032427c5d062ded87237abe (MD5) / Atualmente os sistemas biológicos vem sendo abordados por diversas áreas de pesquisas, dentre elas a biologia de sistemas. Essa área tem centrado esforços para descrever e compreender as relações entre os componentes bióticos e abióticos desses sistemas, utilizando para isso a teoria de grafos. Uma forma de estudar esses sistemas, é avaliar as interações entre proteínas, que são as interações biomoleculares mais abundantes nas células. Nesse contexto, a presente tese focou no desenvolvimento de um algoritmo computacional capaz de predizer interações entre proteínas de qualquer espécie ou conjunto protéico. Para isso, foram utilizadas técnicas de aprendizado de máquina (sub-área da inteligência artificial) para a construção e aplicação desse preditor, o qual mostrou-se eficaz em predizer interações entre proteínas de mais de 80 espécies diferentes, incluindo interações entre proteínas de parasita e hospedeiro. Esse novo preditor foi aplicado no proteoma de zebrafish (Danio rerio) e humanos (Homo sapiens), gerando assim redes de interações proteicas para ambas as espécies. As interações obtidas foram avaliadas em um contexto geral e o foco das análises foi direcionado para a sub-rede relacionada com as vias de determinação e diferenciação sexual em vertebrados. Os resultados demonstraram uma relativa baixa conservação desses grafos ao longo da evolução dos vertebrados, tanto do ponto de vista global quanto da sub-rede relacionada com a determinação e diferenciação sexual em vertebrados. Além disso, foi possível observar ao menos um hub conservado entre as duas sub-redes, o qual representa um novo alvo a ser avaliado por pesquisas experimentais. Contudo, os dados demonstram que o preditor gerado possui um grande potencial para diversas áreas de estudos e é bastante útil para predição de interações em larga-escala. Além disso, os aspectos evolutivos aqui... / Nowadays the biological systems have been analyzed under several research foci, including the system biology. This area focus to describe and understand the relationship between biotic and abiotic factors using the graph theory. The protein interactions are target interactions to the system biology because they are the most abundant biomolecular interactions within a cell. Thus, this thesis reported the development of a computational algorithm to predict proteinprotein interactions for all species or protein sets. The machine learning technique (sub-area of artificial intelligence) were used to develop and apply this method, giving effective results to predict protein-protein interaction for more than 80 different species, including parasitehost associations. This new predictor was applied to the proteome set of zebrafish (Danio rerio) and humans (Homo sapiens), generating the protein-protein interactions for both species. Evolutionary aspects of the protein interactions were studied in a broad context and the focus was directed to the sub-network involved in the vertebrate sex determination and differentiation. The results reported a low conservation of those graphs across the evolution in a general view or for the sub-network related to the vertebrate sex determination and differentiation. Moreover, it was reported at least one conserved hub between both subnetworks, to be further evaluated by experimental procedures. Anyway, the data showed that the predictor here reported may be very useful for several research areas and it is desirable for large-scale prediction procedures. Furthermore, the evolutionary aspects discussed in this thesis open new perspectives concerning system biology and evolutionary pathways of vertebrate sex determination and differentiation

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-03-04Bitstream added on 2014-06-13T19:02:43Z : No. of bitstreams: 1 commar_ls_dr_sjrp.pdf: 852767 bytes, checksum: e3a9c62f0db6a8539e3d084f2426b7ee (MD5) / Zaprionus indianus é uma espécie de mosca de origem africana que se dispersou pelas regiões tropicais da Ásia e das Américas. Grande interesse tem sido despertado sobre essa espécie, principalmente pela recente expansão da sua área de distribuição com a invasão do continente americano, ocorrida na década de 90. Hoje, indivíduos dessa espécie são encontrados em uma larga amplitude latitudinal, do Uruguai a Belém (Brasil), além do Panamá (América Central) e Flórida (Estados Unidos). Tem sido proposta que a introdução de Z. indianus no Brasil ocorreu no Estado de São Paulo e de lá a espécie se propagou para outros estados brasileiros por meio do comércio de frutas. Entretanto, a rota de dispersão dessa espécie não foi ainda completamente estabelecida. Na tentativa de esclarecer essa questão, avaliamos a variabilidade genética de dois marcadores, um fragmento do gene COI (citocromo oxidase I), de 612 pb, e do gene ortólogo ao Est-6 de Drosophila melanogaster, de 747 pb, em 19 populações de Z. indianus, de diversas regiões geográficas, englobando África, Ásia e Américas. A análise do polimorfismo do gene ortólogo ao Est–6 mostrou uma elevada diversidade nucleotídica, resultado de substituições sinônimas, indicando seleção purificadora atuando neste gene, tanto nas populações ancestrais como nas invasoras. Para o propósito de estabelecer a rota de dispersão de Z. indianus, foi construída uma rede de haplótipos por meio do método “median-joning network” para os dois marcadores. Os resultados são inéditos, pois indicam a ocorrência de duas invasões no Brasil, ao contrário de estudos anteriores que sugeriram apenas uma. Esses resultados também sugerem que a invasão de Z. indianus na América do Norte se deu a partir de migrantes de populações brasileiras, e não africanas ou asiáticas. Essa invasão pode estar diretamente... / Zaprionus indianus is a species of an African origin which has dispersed through tropical Asian as well as South and North America regions. Great interest has been taken at this species, mainly for the fact that recently its distribution has been expanded to American continent due to the invasion probably occurred in the nineties. Nowadays individuals from this species are found in wide latitudinal extent, from Uruguay to Belem (Brazil), besides Panama (Central America) and Florida (The United States). It has been proposed that Z. indianus introduction in Brazil happened from the São Paulo to other Brazilian states through fruit trading, though this species’ dispersion route has not been completely established. In order to clarify this issue we evaluated genetic variability of two markers, a sequence of the gene COI (cytochrome oxidase I), 612 bp long and of the ortholog to Est-6 gene from Drosophila melanogaster, 747 bp long, in 19 populations of Z. indianus from several geographic regions, covering Africa, Asia and America. Polymorphism analysis of ortholog to Est-6 gene showed an elevated nucleotide diversity, resulting from synonym substitutions, indicating a purifying selection acting on this gene, which occurred in ancestral populations, as well as in the invader ones. Aiming at establishing the Z. indianus dispersion route, a haplotype network was built, using median-joining network method for the two markers. The results are unreleased, for they indicate the occurrence of two invasions in Brazil, in opposition to previous studies that have indicated just one. They also demonstrate that Z. indianus’ invasion in North America has happened from Brazilian population migrants, not African or Asian ones. This invasion can be directly related to the fact that Brazil is currently the third largest world fruit producer and exports over... (Complete abstract click electronic access below)

As bases moleculares da diversidade fenotipica dentro de espécies são de grande interesse aos biólogos evolutivos porque a evolução morfológica adaptival depende da seleção de variantes genéticas. Entretanto, há poucos exemplos da variação fenotípica cuja a base molecular é compreendida, especialmente entre animais vertebrados. Biólogos em geral concordam que o processo da seleção natural é a fonte predominante de diversificação morfológica. Tem sido documentado previamente que existe diversificação adaptativa da morfologia craniana entre os taxa mais elevados de Platyrrhini e também em espécies e em muitos géneros, que aparentemente diversificaram na morfologia do crânio por seleção natural. O hormônio de crescimento (GH) é um hormônio multifunctional, produzido principalmente pela glândula pituitária de todos os animais vertebrados para regular o metabolismo e para promover o crescimento pos-natal linear. A evolução molecular do GH foi estudada extensivamente em um grande número espécies de vertebrados, incluindo primatas. A evolução rápida do gene do GH em primatas, especiamente em regiões funcionalmente importantes, sugere a seleção darwiniana positiva. Entretanto, o relaxamento da seleção purificadora depois de múltiplas duplicações do locus GH não podem ser descartadas. O objetivo deste estudo era investigar a evolução molecular do gene do GH em primatas neotropicais, tentando identificar diferenças potenciais e funcionais entre taxa. As análises de máxima verossimilhança deste trabalho mostraram que a relação dN/dS no gene GH1 de primatas de Neotropicais é diferente entre gêneros, demonstrando que a evolução do GH1 no Platyrrhini não é compatível com o modelo neutro da evolução molecular. Estes resultados sugerem que o gene GH1 está sobre seleção positiva em alguns sítios na proteína durante o processo de diversificação dos primatas de Neotropical. / The molecular bases of phenotipic diversity within and between species are of great interest to evolutionary biologists because the adaptive morphological evolution depends on the selection of genetics variants. However, there are few examples of phenotypic variation whose molecular basis is understood, especially among vertebrates, while most biologists agree that the natural selection process is the predominant source of morphological diversification. Is has been previously documented that there is adaptive diversification of cranial morphology among the higher taxa of Platyrrhini and also in species in most genera that apparently diversified in skull morphology by natural selection. The Growth Hormone (GH) is a multifunctional hormone, mainly produced by the pituitary gland of all vertebrates to modulate the metabolism and promote linear postnatal growth. The molecular evolution of GH has been extensively studied in a large number of vertebrate species, including primates. The rapid GH gene evolution on primates, especially on sites that are functionally important, suggest positive Darwinian selection. However, the hypothesis of purifying selection relaxation after multiple duplications of the GH locus cannot be ruled out either. The aim of this study was to investigate the molecular evolution of the GH gene on neotropical primates, trying to identify potential and functional differences between taxa. The analyses of Maximum likelihood of this work has shown that the ratio dN/dS in the GH1 gene of Neotropical primates are different among genera, demonstrating that the evolution of the GH1 in the Platyrrhini is not compatible with the neutral model of molecular evolution. These results suggest that the GH1 gene suffered positive selection at some sites inside the protein during the process of diversification of the Neotropical primates.

Submitted by Lucelia Lucena (lucelia.lucena@ufpe.br) on 2015-03-09T17:44:49Z No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Jefferson Rodrigues de Almeida.pdf: 4623062 bytes, checksum: f4cfaea650da4ae73310745aa4b92435 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-09T17:44:49Z (GMT). No. of bitstreams: 2 DISSERTAÇÃO Jefferson Rodrigues de Almeida.pdf: 4623062 bytes, checksum: f4cfaea650da4ae73310745aa4b92435 (MD5) license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) Previous issue date: 2014-03-12 / FACEPE / Linhas de produtos de software estão emergindo como um paradigma de desenvolvimento viável e como um importante aliado que permite às empresas realizar melhorias de ordem de magnitude em tempo de mercado, custo, produtividade, qualidade e outros direcionadores de negócio. No entanto, a evolução de uma linha de produtos é arriscada, porque pode afetar muitos produtos e seus respectivos clientes. Neste contexto, ao evoluir uma linha de produtos para introduzir novas funcionalidades ou para melhorar a sua concepção, é importante garantir que os produtos existentes tenham o mesmo comportamento após a evolução. Ferramentas típicas de refatoração não podem garantir a preservação de comportamento dos produtos, porque o contexto de linha de produtos vai além de código. As linhas de produtos abrangem artefatos adicionais, tais como modelo de features e modelo de configurações. Além disso, geralmente tem que lidar com um conjunto de artefatos alternativos que não constituem um programa bem-formado. Portanto, ferramentas de refatoração existentes podem introduzir mudanças comportamentais ou invalidar configurações de produtos. Analisar essas evoluções de artefatos manualmente podem gastar muito tempo e levar a defeitos, comprometendo os benefícios de linhas de produtos de software acima mencionados. Na literatura, encontramos algumas abordagens de força bruta que se movem na direção de superar esses desafios. Elas implementam aproximações práticas de uma teoria de refinamento de linhas de produtos de software. No entanto, elas são imprecisas e gastam um tempo substancial para verificar incompatibilidades comportamentais entre as evoluções. Em contraste, uma alternativa otimizada foca na verificação de compatibilidade comportamental apenas das classes modificados durante a evolução. Isto leva a uma redução no tempo, fazendo com que a abordagem seja mais rápida quando comparado com outras abordagens propostas. Este procedimento melhora o desempenho, mas por outro lado, diminui a precisão. Portanto, neste trabalho, propomos estratégias para aumentar a precisão dessas abordagens otimizadas. Primeiramente implementados uma estratégia ao qual analisa as classes em uma hierarquia mais próxima do usuário, o que pode melhor determinar se a evolução preserva comportamento. Além disso, integramos uma nova ferramenta de geração de teste para o nosso conjunto de ferramentas, que tem uma heurística eficiente para orientar a sua busca por testes de maior qualidade. Neste trabalho, nós combinamos essas duas referidas abordagens com duas ferramentas de teste e fazemos comparações em relação ao desempenho e precisão. Elas são avaliadas em cenários concretos de evolução de duas linhas de produtos. A primeira linha de produtos gera testes funcionais a partir de especificações de casos e a segunda gerencia mídia em dispositivos móveis. Como resultado, nossas estratégias descobriram que algumas transformações introduziram mudanças comportamentais. Além disso, melhorou o desempenho e alcançou precisões mais elevadas.

Made available in DSpace on 2014-06-12T16:01:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2012 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Desenvolvedores evoluem linhas de produtos de software (LPSs) manualmente ou usando Ferramentas típicas de refatoração de programas. No entanto, quando a evolução de uma Linha de produtos é feita para introduzir novas características, ou para melhorar o seu projeto, é importante ter a certeza de que o comportamento dos produtos existentes não é modificado. Programas típicos de refatoração de software não podem garantir isso porque o contexto de LPS vai além de código, e outros tipos de artefatos de código, e envolve artefatos adicionais, tais como modelos de feature e configuration knowledge. Além disso, em uma LPS, normalmente temos que lidar com um conjunto de possíveis artefatos de código-fonte alternativos que não constitui um programa bem formado. Como resultado, mudanças manuais e ferramentas de refatoração de software existentes podem introduzir mudanças comportamentais ou invalidar configurações de produtos existentes. Para evitar isso, propomos abordagens e implementamos ferramentas para tornar a evolução de linhas de produtos mais segura; essas ferramentas verificam se transformações em LPS são refinamentos no sentido de que preservam o comportamento dos produtos originais da LPS. Elas implementam aproximações diferentes e práticas de uma definição formal de refinamento de LPS. Avaliamos as abordagens em cenários concretos de evolução de LPS, onde o comportamento do produto existente deve ser preservado. No entanto, nossas ferramentas constataram que algumas transformações introduziram mudanças comportamentais. Além disso, avaliamos refinamentos defeituosos, e o conjunto de ferramentas detectou as mudanças de comportamento.

Orientador: Irani Quagio-Grassiotto, Claudio de Oliveira / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-09T07:10:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Santos_MariaAngelicaSpadella_D.pdf: 20876442 bytes, checksum: 2ea26884c55504cdea627d8003755c40 (MD5) Previous issue date: 2007 / Resumo: A ordem Siluriformes compreende um grupo diverso e amplamente distribuído dentre os Ostariophysi, apresentando 36 famílias com aproximadamente 480 gêneros e mais de 3.000 espécies. Entre os grupos de Siluriformes neotropicais, reconhecidamente monofiléticos, está a superfamília Loricarioidea. Os relacionamentos filogenéticos entre as famílias de Siluriformes, sugerem que Loricarioidea é grupo irmão de Amphiliidae, uma família africana de Siluriformes. A superfamília Loricarioidea encontra-se atualmente constituída por seis famílias: Nematogenyidae, Trichomycteridae, Callichthyidae, Scoloplacidae, Astroblepidae e Loricariidae. Apesar do conhecimento atual sobre os relacionamentos entre as famílias de Siluriformes vir sendo obtido com base em caracteres osteológicos, outros dados como a ultra-estrutura da espermiogênese e dos espermatozóides parecem ser potencialmente úteis na elucidação dos relacionamentos de grupos. O objetivo deste estudo foi a realização da análise filogenética da superfamília Loricarioidea, com base nas características ultra-estruturais da espermiogênese e dos espermatozóides, visando testar a real habilidade destes dados na resolução dos relacionamentos filogenéticos intra e inter-familiar, bem como na ordem Siluriformes. Foi feita a descrição das características ultra-estruturais das células germinativas masculinas em 27 representantes de diferentes famílias de Loricarioidea. A análise geral dos dados obtidos revelou que quando essa classe de caracteres ultra-estruturais reprodutivos é utilizada em grupos mais restritos como a superfamília Loricarioidea, observa-se que ela pode ser mais informativa e pode corroborar o monofiletismo de alguns grupos. Entretanto, o uso desses caracteres nas análises filogenéticas em nível de ordem não é informativo, uma vez os grupos sugeridos são muito incongruentes com a hipótese de relacionamento disponível para os Siluriformes. Além disso, alguns caracteres que poderiam representar sinapomorfias, tornam-se homoplasias quando se considera a ocorrência da mesma característica em outros grupos não relacionados. Portanto, o emprego desses caracteres ultra-estruturais reprodutivos em análises filogenéticas deverá ser criteriosamente planejado, evitando-se interpretações equivocadas / Abstract: The order Siluriformes comprises the most diverse and widely distributed ostariophysan groups, presenting thirty-six families with approximately 480 genera and over 3.000 species. Among the neotropical siluriform lineages likely to be monophyletic is the superfamily Loricarioidea. The relationships among catfish families suggest that Loricarioidea is sister group of Amphiliidae, an African siluriform family. The Loricarioidea is constituted by six families: Nematogenyidae, Trichomycteridae, Callichthyidae, Scoloplacidae, Astroblepidae, and Loricariidae. Although the current knowledge of the relationships among siluriform families has been acquired on the basis on osteological characters, other data such as the spermiogenesis and spermatozoal ultrastructure seem be potentially useful in the clarification of the relationships of the groups. The aim of the present study was to develop a phylogenetic analysis of the superfamily Loricarioidea, using the ultrastructural characteristics of both spermiogenesis and spermatozoa as a test to evaluate the ability of this data in resolving the phylogenetic relationships inside the families, among families and in the order Siluriformes. The description of the ultrastructural characteristics of male germinative cells in 27 specimens of different families of Loricarioidea was presented. The general analysis of the data obtained revealed that when this class of reproductive ultrastructural characters is employed in a more restrict group, as the superfamily Loricarioidea, it is really informative and can strongly support the monophyly of some groups. However, the phylogenetics analysis using these characters is not informative at order level as the suggested groups are very incongruent with the available hypotheses for Siluriformes. Moreover, some characters that could represent synapomorphies, change to homoplasies considering the occurrence of the same characters in other unrelated groups. Then, the use these reproductive ultrastructural characters in phylogenetics analysis should be carefully planed to avoid erroneous conclusions / Doutorado / Biologia Celular / Doutor em Biologia Celular e Estrutural

Orientador: Eduardo Romero de Oliveira / Banca: Paulo Roberto Masseran / Banca: Edvaldo Corrêa Sotana / Resumo: Este trabalho tem por objetivo analisar e refletir a função político-cultural que tiveram os Cine-Teatros Cuiabá e Goiânia, a partir do processo de intervenções urbanas. No início dos anos de 40 as Interventorias em Mato Grosso e Goiás construíram os cineteatros nas capitais centro-oestinas, edifícios incluídos nos projetos de modernização das cidades; no caso de Goiânia, o cineteatro fazia parte das obras institucionais para construção da nova capital. Partindo do conceito de invenção de tradições proposto por Eric Hobsbawm almeja-se analisar o processo ocorrido nos estados mencionados enquanto parte fundamental para a política estado-novista de Getúlio Vargas, em que se observa a cultura como elemento intrínseco para o projeto de modernização cuiabano e goianiense. Neste contexto, a Marcha para o Oeste fora um projeto importante por compor o ideal de colonização de não-índios enquanto parte fundamental da ideia de progresso construída - sobretudo pela propaganda - sobre os dois Estados. As intervenções urbanas em Cuiabá iniciadas no final dos anos 30 e continuadas até 1945 colocam em questão os modernos projetos urbanísticos e arquitetônicos para uma cidade de origem colonial. Em Goiânia, as intervenções emergiram inteiramente por concepções modernas. As principais fontes de pesquisa foram os periódicos; peças teatrais levadas aos palcos dos espaços em questão e também a própria materialidade dos edifícios. Pretende-se com este trabalho contribuir para se (re)pensar o perío... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / This work aims to analyze and reflect the political and cultural function possessed by the Cine-Teatro Cuiabá and Goiânia, starting from the urban intervention process. In the early 1940's the state government of Mato Grosso and Goiás built the movies theaters in their capitals, buildings included in the projects of the cities modernization; in Goiânia's case, the movie theater was part of the institutional works for the new capital construction. Based on the concept of invention of tradition proposed by Eric Hobsbawm, aims to analyze the process occurred in the mentioned states as a key part for Getúlio Vargas' policy of New State, where culture poses as an intrinsic element for the modernization project of Cuiabá and Goiânia. In this context, the March to the West was an important project in order to compose the ideal of non-Indian settlement as a fundamental part of the constructed idea of progress - mainly by advertising - on the two states. Urban interventions in Cuiabá began in the late 1930's and continued until 1945 questioning the modern urban and architectural designs for a city of colonial origin. In Goiania, interventions emerged entirely by modern conceptions. The main sources of research were periodicals; plays brought up to stage on the spaces in question and also the very materiality of buildings. The objective of this work is to give a contribution to (re)think the New State period in the Brazilian Midwest, bringing up to debate the very spaces for culture in a propose of reading among the crossroads of history, architecture and theater / Mestre

Seleção balanceadora é um processo evolutivo que engloba diversos mecanismos: vantagem do heterozigoto, seleção dependente de frequência, pressões seletivas que variam ao longo do tempo ou do espaço, e alguns casos de pleiotropia. O estudo desses mecanismos em si foi e ainda é um tópico de grande interesse para os biólogos evolutivos, e moldou o estudo da evolução ao longo do último século. Antes de a teoria neutra ter sido proposta, acreditava-se que a seleção balanceadora fosse comum. A descoberta de que muita da diversidade genética observada podia ser explicada por evolução neutra motivou, portanto, uma melhor compreensão da seleção balanceadora como um regime seletivo capaz de manter variantes vantajosas nas populações. O estudo da seleção balanceadora, em seus primórdios, foi restrito a organismos que podiam ser manipulados em laboratório. Com o advento de métodos que permitiam quantificar a variabilidade genética - tais como a eletroforese de proteínas, sequenciamento em pequena escala e re-sequenciamento genômico de milhares de indivíduos -, a variabilidade genética humana passou a ser ativamente estudada e interpretada. Diversos estudos buscaram por assinaturas de seleção natural - i.e., padrões de variação genômica deixadas por tais regimes seletivos - e avaliaram seu significado comparando-as com o que seria esperado sob um cenário estritamente neutro. A maior parte desses esforços foram concentrados no estudo da seleção positiva, tida como o principal mecanismo responsável pela evolução adaptativa. Poucos estudos buscaram assinaturas de seleção balanceadora no genoma humano. Isso se deve em parte à escassez de métodos com alto poder para detectar tais assinaturas. Adicionalmente, estudos prévios não analisaram dados em escala genômica, ou se concentraram principalmente nas regiões codificadoras de proteínas. Aqui, nós descrevemos um método simples e com alto poder para detectar assinaturas de seleção balanceadora. Em humanos, esse método supera outros comumente usados para a detecção de tais assinaturas e, em teoria, poderia ser usado para detectá-las em outras espécies, desde que seu poder seja avaliado caso-a-caso através de simulações neutras. Nosso método (\"Non-Central Deviation\", NCD) é apresentado em duas versões: NCD2, que requer informação acerca dos polimorfismos da espécie analisada e das substituições entre essa espécie e um grupo externo, e NCD1, que requer apenas informação acerca dos polimorfismos da espécie analisada. Embora em humanos NCD2 supere NCD1, este último pode ser utilizado para espécies para as quais não haja informação de um grupo externo. Quando aplicamos NCD2 a dados humanos, usando chimpanzé como grupo ex- terno, encontramos mais de 200 genes codificadores de proteínas com forte assinatura de seleção balanceadora, dos quais apenas 1/3 tinha evidência prévia de seleção balanceadora. Encontramos também um enriquecimento para diversas categorias de ontologia gênica, das quais cerca da metade é relacionada à imunidade. Verificamos que dentre os genes com evidências de seleção balanceadora há um excesso de casos de expressão preferencial em tecidos tais como \"adrenal\" e \"pulmão\", e também um excesso de genes com expressão mono-alélica. No geral, vimos que as regiões selecionadas no genoma humano incluem tanto sítios codificadores quanto regulatórios. Não encontramos um excesso de assinaturas de seleção balanceadora em regiões regulatórias, ao contrário do que reportaram outros estudos. Finalmente, encontramos um excesso de polimorfismos não-sinônimos em relação aos sinônimos nos genes selecionados. Tendo documentado a ocorrência de seleção balanceadora no genoma humano e identificado genes que foram potencialmente alvos deste regime seletivo, nós investi- gamos as consequências evolutivas desse processo. Nós partimos da hipótese que a seleção balanceadora sobre um sítio reduz a eficiência com a qual a seleção purificadora elimina variantes deletérias em sítios vizinhos. Esse processo é uma consequência do quanto a seleção sobre um loco afeta, através de ligação genética, as frequências de sítios não-neutros adjacentes. Testamos essa hipótese examinando se os genes sob seleção balanceadora apresentam um excesso de variantes deletérias em relação a expectativas derivadas a partir do restante do genoma. Usando três diferentes métricas para determinadas se e/ou o quão deletéria é uma dada variante, identificamos um excesso de variantes deletérias dentro dos genes sob seleção balanceadora, e mostramos que tal padrão não pode ser atribuído a efeitos confundidores. Esse achado mostra que, juntamente com os benefícios associados à variação adaptativa, a seleção balanceadora aumenta o fardo de mutações deletérias no genoma humano. De forma geral, nossos achados sugerem que a seleção balanceadora provavelmente mantém variantes genéticas envolvidas em uma miríade de processos biológicos além da imunidade e que ela foi mais comum no genoma humano do que se acreditava anteriormente, afetando entre 1-8% dos genes codificadores de proteínas, bem como diversas regiões não-codificadoras. Adicionalmente, a seleção balanceadora parece ser importante para a evolução humana não apenas por seu efeito sobre a aptidão, mas também por ter sido uma importante força capaz de moldar a diversidade genética observada atualmente em humanos e a susceptibilidade a doenças / Balancing selection is an evolutionary process that encompasses several mechanisms: heterozygote advantage, negative frequency dependent selection, selective pressure that fluctuates in time or in space, and some cases of pleiotropy. The study of these mechanisms .per se has been and still is a topic of great interest for evolutionary biologists, and has shaped the study of evolution throughout the last century. Before the proposition of the neutral theory of molecular evolution, it was believed that balancing selection was pervasive. The realization that much of the observed genetic diversity could be explained by neutral evolution thus motivated a better understanding of balancing selection as a selective regime capable of maintaining adaptive variants in populations. The study of balancing selection, in its early stages, was restricted to organisms that could be manipulated in the laboratory. With the advent of methods that allowed quantification of genetic variation - such as protein electrophoresis, small scale sequencing and genome-wide re-sequencing of thousands of individuals - human variation started to be actively studied and interpreted. Several studies have looked for signatures of natural selection - i.e., patterns of genomic variation that selective regimes leave in the genome - and evaluated their significance by comparing them to what would be expected under a strictly neutral scenario. Most of these efforts focused on the study of positive selection, thought of as the prime mechanism responsible for adaptive evolution. Only a few studies looked for signatures of balancing selection in the human genome. This is partially due to the paucity of powerful methods to detect its signatures. Moreover, previous studies either did not analyze data on genomic scale or focused primarily on protein-coding regions. Here, we describe a powerful and simple method to detect signatures of balancing selection. In humans, it outperforms other methods commonly used to detect such signatures and could in theory be used for other species, provided that its power is evaluated for each species through neutral simulations. Our method (\"Non-Central Deviation\", NCD) has two versions: NCD2, which requires polymorphism information on the ingroup species, as well as divergence information between the ingroup and an outgroup species, and NCD1, which only requires the ingroup information. Although NCD2 is more powerful for humans, NCD1 can be used for species that lack information from an outgroup. When applying NCD2 to human data, using chimpanzee as the outgroup, we found more than 200 protein-coding regions with strong signatures of balancing selection, only 1/3 of which had prior evidence for balancing selection. There was also an enrichment for several gene ontology categories, approximately half of which are related to immunity. We also found that among genes with evidence for balancing selection there was an excess of cases of preferential expression in specific tissues, such as \"adrenal\" and \"lung\", and an excess of genes with mono-allelic expression. Overall, we found that selected regions of the genome include both coding and regulatory sites. We failed to find a marked excess of balancing selection in regulatory regions, as reported in previous studies. Finally, we found an excess of nonsynonymous versus synonymous polymorphisms within the selected genes. Having documented the occurrence of balancing selection in the human genome and identified genes which were potential targets of this selective regime, we next investigated evolutionary consequences of this process. We hypothesized that balancing selection acting on a site reduces the efficiency with which purifying selection purges deleterious variants at nearby sites. This process is a consequence of how the dynamics of selection at one locus, mediated by linkage, can interfere with the frequencies of adjacent non-neutral sites. We tested this hypothesis by examining if the genes under balancing selection show an excess of deleterious variants with respect to expectations derived from the remainder of the genome. Using three different metrics to determine deleteriousness, we identified a significant excess of deleterious variants within balanced genes, and we show that this pattern cannot be attributed to confounding factors. This finding shows that together with the benefits associated with adaptive variation, balancing selection is increasing the burden of deleterious mutations in the human genome. Overall, our findings suggest that balancing selection likely maintains variation in a myriad of biological processes other than immunity and that it has been more common in the human genome than previously thought, affecting between 1-8% of human protein-coding genes, as well as a number of non-protein coding regions. Moreover, balancing selection appears to be important to human evolution not only because of its influence on fitness, but also because it has been an important force shaping current human genetic diversity and susceptibility to disease