Submitted by Johnny Rodrigues (johnnyrodrigues@ufcg.edu.br) on 2018-08-29T17:29:04Z No. of bitstreams: 1 MARCOS FÁBIO PEREIRA - DISSERTAÇÃO PPGCC 2009..pdf: 1188660 bytes, checksum: 5038133be1ae4622c35b2e3720504775 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-08-29T17:29:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MARCOS FÁBIO PEREIRA - DISSERTAÇÃO PPGCC 2009..pdf: 1188660 bytes, checksum: 5038133be1ae4622c35b2e3720504775 (MD5) Previous issue date: 2009-08-23 / Aplicações corporativas têm como principal finalidade auxiliar nas atividades dos diversos setores de uma corporação. Atualmente existe uma grande necessidade por este tipo de aplicação e este número tende a aumentar com o surgimento de novas corporações, além do crescimento das já existentes. Do ponto de vista da Engenharia de Software, uma característica importante destas aplicações é o conjunto comum de requisitos não funcionais que apresentam. Aplicações corporativas devem prover, em geral: distribuição, facilitar a escalabilidade do software; balanceamento de carga e tolerância a falhas, para garantir robustez e alta disponibilidade; segurança, para garantir a proteção dos dados da corporação; serviços transacionais, para garantir a consistência dos dados e nas operações sobre eles; dentre outras funcionalidades. Além destes requisitos, tais aplicações precisam lidar com mudanças constantes nas regras de negócio das corporações. Dada a complexidade das aplicações, tais alterações, em geral, não podem ser previstas em tempo de projeto e normalmente afetam pontos do software que não foram preparados para mudanças. Além disto, durante esta alteração, muitas vezes a aplicação corporativa precisa ser mantida em execução para evitar perdas para a corporação. Sendo assim,tem-se como requisito primordial a possibilidade de evolução nas aplicações de forma dinâmica e não antecipada. Neste trabalho apresenta-se uma infra-estrutura para o desenvolvimento de aplicações corporativas que oferece o suporte à evolução dinâmica e não antecipada. Esta infra-estrutura é uma extensão de um modelo de componentes que oferece suporte nativo à evolução dinâmica e não antecipada, tornando a tarefa de evolução mais eficaz que em soluções já existentes. A validação do trabalho foi realizada através do desenvolvimento de aplicações corporativas a partir da infra-estrutura proposta.

A subtribo Espeletiinae (Asteraceae) representa um exemplo clássico de adaptação em ecossistemas tropicais de altitudes elevadas. No entanto, estudos que combinem diferentes campos de pesquisa ainda são necessários para entender este caso proeminente de radiações adaptativas rápidas nos trópicos. Esta tese fornece uma abordagem multidisciplinar combinando informação metabolômica, biogeográfica, taxonômica, evolutiva, química, molecular e ecológica, para um estudo aprofundado da subtribo Espeletiinae e do seu gênero irmão Smallanthus. Através de análises metabolômicas baseadas em cromatografia líquida de ultra-alta eficiência acoplada a espectrometria de massas, nós fornecemos, pela primeira vez, evidências metabolômicas de segregação alopátrica em Espeletiinae e evidência metabolômica apoiando a possível segregação do gênero Espeletia em dois gêneros diferentes com distintas impressões digitais metabólicas. Em combinação com a filogenia molecular da subtribo e amplificações por PCR, demonstramos que a evolução dos caracteres químicos em Espeletiine seguiu cenários complexos de mudança química com alguns caracteres representando sinapomorfias químicas e outros representando múltiplos ganhos e perdas, implicando em evolução convergente. Por fim, analisando os padrões de expressão dos principais genes envolvidos na biossíntese de ácidos clorogênicos, flavonoides e lactonas sesquiterpênicas, em combinação com análises metabolômicas e informações ambientais, relatamos a regulação ambiental e de desenvolvimento do metabolismo secundário de Smallanthus sonchifolius, fornecendo informações relevantes para o entendimento dos fatores regulatórios e possíveis papéis adaptativos dos metabólitos secundários em táxons andinos. Em conclusão, esta tese fornece uma compreensão holística de uma linhagem que representa um exemplo clássico de radiações adaptativas rápidas nos Andes tropicais, abrindo uma nova perspectiva intrigante de pesquisa em outros grupos / The subtribe Espeletiinae (Asteraceae) represents a classic example of adaptation in tropical high-elevation ecosystems. However, studies bringing different research fields are still necessary to understand this prominent case of rapid adaptive radiations in the tropics. This dissertation provides a multidisciplinary approach combining metabolomic, biogeographic, taxonomical, evolutionary, chemical, molecular and ecological information, for an in-depth study of the subtribe Espeletiinae and its sister genus Smallanthus. Through metabolomic analyses based on ultrahigh-performance liquid chromatography-mass spectrometry, we provide, for the first time, metabolomic evidence of allopatric segregation in Espeletiinae and metabolomic evidence supporting a putative segregation of the genus Espeletia in two different genera with distinctive metabolic fingerprints. In combination with the molecular phylogeny of the subtribe and PCR amplifications, we also demonstrate that the evolution of chemical traits in Espeletiinae followed complex scenarios of chemical change with some traits representing chemical synapomorphies and other traits being gained and lost multiple times implying convergent evolution. Lastly, by analyzing the expression patterns of key genes involved in the biosynthesis of chlorogenic acids, flavonoids and sesquiterpene lactones, in combination with metabolomic analyses and environmental information, we report the developmental and environmental regulation of the secondary metabolism of Smallanthus sonchifolius, providing relevant information towards the understanding of the regulatory factors and possible adaptive roles of secondary metabolites in Andean taxa. In conclusion, this dissertation provides a holistic understanding of a lineage representing a classic example of rapid adaptive radiations in the tropical Andes, opening an intriguing new perspective of research in other groups

O clado \"Adenocalymma-Neojobertia\" representa um dos dois principais clados da tribo Bignonieae. Ele inclui lianas, arbustos e arvoretas distribuídas por todo o neotrópico, e possui como centro de diversidade a Amazônia brasileira e a Mata Atlântica. O clado é extremamente variável em termos da morfologia e distribuição geográfica, o que o torna um desafio taxonômico para a circunscrição de espécies e gêneros. A classificação atual de Bignonieae reconhece Adenocalymma de forma ampla (82 espécies), já Neojobertia (três espécies) está entre os menores gêneros. Aqui, nós utilizamos sequenciamento de última geração (plastomas completos ou quase completos) e sequenciamento Sanger (ndhF, rpl32-trnL, PepC) para inferir a filogenia do clado \"Adenocalymma-Neojobertia\" utilizando uma ampla amostragem de caracteres (>88,137 pb) e taxa (90% de todas as espécies). Nossos resultados indicam que Adenocalymma é parafilético como circunscrito atualmente, com Neojobertia e Pleonotoma albiflora incluídos. Padrões de evolução morfológica foram avaliados para todo o clado utilizando métodos comparativos. Sinal filogenético e evolução pontuada foram testados e estados ancestrais inferidos para 32 caracteres. Desses, 19 caracteres possuem sinal filogenético e quatro são sinapomorfias de clados internos. Pecíolos e peciólulos articulados emergiu como potencial sinapomorfia de todo o clado \"Adenocalymma-Neojobertia\". Entre os caracteres que não possuem sinal filogenético, quatro caracteres com importância ecológica chamam a atenção: (i) Habito, (ii) cor da corola, (iii) forma da corola e (iv) presença de tricomas cupulares na corola. Hábito emergiu como altamente homoplástico e está potencialmente relacionado com a ocupação de novos habitats. A morfologia floral também emergiu como altamente homoplástica e evoluindo de forma pontuada, sugerindo que a cor da corola, forma da corola e a presença de tricomas cupulares na corola podem ter sido os responsáveis pela diversificação em pelo menos parte do clado. A filogenia molecular e o estudo morfológico foram então utilizados como subsídio para propor uma sinopse atualizada de Adenocalymma. A nova circunscrição do gênero proposta aqui revisa os limites das espécies e incluí todas as espécies de Neojobertia e P. Albiflora agora todas em Adenocalymma. Ao todo, estão sendo propostas quatro novas combinações, três espécies novas apresentadas e 15 novos sinônimos, fazendo com que o Adenocalymma tenha agora 74 espécies reconhecidas. Para todas as espécies reconhecidas, nós apresentamos comentários taxonômicos, comparações com espécies próximas, informação sobre o habitat, distribuição e fenologia. Além disso, mapas de distribuição e gráficos de fenologia são apresentados para todas as espécies / The \"Adenocalymma-Neojobertia\" clade represents one of two main clades of tribe Bignonieae. It includes lianas, shrubs, and treelets that are distributed throughout the Neotropics, and centered in Amazonia and the Atlantic Forest of Brazil. This clade is extremely variable in terms of morphology and geography, which has led to a series of taxonomic challenges in the circumscription of species and genera. The most recent classification of tribe Bignonieae recognizes a broad Adenocalymma (82 species) and a small Neojobertia (three species). Here, we used NGS (complete and nearly-complete plastomes) and Sanger sequencing data (ndhF, rpl32-trnL, pepC) to infer a robust phylogeny of the \"Adenocalymma-Neojobertia\" clade based on a broad sampling of molecular characters (> 88,137 bp), and taxa (90% of the overall species diversity). Our findings indicate that Adenocalymma is paraphyletic as currently circumscribed, with Neojobertia and Pleonotoma albiflora nested herein. Patterns of morphological evolution were evaluated for the whole clade using comparative methods. Phylogenetic signal and punctuated evolution was tested and ancestral character states inferred for 32 selected characters. Of these, 19 characters have significant phylogenetic signal and four are synapomorphies of internal clades. Articulated petioles and petiolules emerged as a putative synapomorphy of the whole \"Adenocalymma-Neojobertia\" clade. Among the characters without phylogenetic signal, four morphological traits of ecological significance are particularly relevant: (i) plant habit, (ii) corolla color, (iii) corolla shape, and (iv) corolla cupular trichomes. Plant habit was shown to be highly homoplastic and is thought to be associated with the occupation of new environments. Flower morphology was also highly homoplastic and evolved in a punctuated manner, suggesting that corolla color, corolla shape, and corolla cupular trichomes may have been important drivers of evolution in at least portions of this clade. The molecular phylogeny and the morphological information were then used to subsidize an updated synopsis of Adenocalymma. The new circumscription of the genus proposed here revises species limits and includes all species of Neojobertia and P. albiflora within Adenocalymma. Overall, four new combinations, three new species, and 15 new synonomies are proposed, leading to 74 taxa within Adenocalymma. For each species recognized, we provided taxonomic comments, comparisons between closely related taxa, information on the habitat, distribution, and phenology. In addition, distribution maps, and phenology plots are also shown for all species

Orientador: Renato Eugênio da Silva Diniz / Banca: Marilia Freitas de Campos Tozoni Reis / Banca: Daisi Teresinha Chapani / Resumo: O conteúdo de Evolução Biológica, ao longo de seu desenvolvimento histórico, influenciou de maneira profunda a humanidade, tanto sob o viés científico quanto social. Frente a isso, esse tema é considerado atualmente o eixo unificador das Ciências Biológicas. Muitos são os trabalhos que abordam essa temática, porém poucos apresentam um posicionamento crítico, ou seja, não exploram as relações entre os processos de conhecimento humano e as possibilidades de transformação social. Nosso objetivo, neste trabalho, é compreender as significações dos professores de biologia a respeito do conteúdo de evolução biológica e explorá-las com base nas contribuições da Pedagogia Histórico-Crítica. Entendemos como significação a unidade dialética entre os significados (produtos socioculturais) e os sentidos (produtos subjetivos) que constituem a realidade dos indivíduos. Para alcançar nosso objetivo, elaboramos um roteiro de entrevista semiestruturada e realizamos um total de três entrevistas. Por meio do procedimento metodológico de elaboração de núcleos de significação, analisamos e interpretamos essas entrevistas. Todas as análises e interpretações ocorreram sob os pressupostos da Pedagogia Histórico-Crítica, o que nos permitiu evidenciar os limites e as possibilidades de um ensino de evolução biológica pautado nessa pedagogia. / Abstract: The content of biological evolution, throughout its historical development, profoundly influenced the humanity, both under the scientific and social bias. Therefore, this theme is currently considered the unifying axis of Biological Sciences. Many researchers study this theme, but few present a critical position, that is, they do not explore the relations among the processes of human knowledge and the possibilities of social transformation. The aim of this work is understand the meanings of biology teachers regarding the biological evolution content and to explore them based on the contributions of Historical-Critical Pedagogy. We understand as meaning the dialectical unity among social meanings (sociocultural products) and the personal sense (subjective products) that constitute individuals reality. For this, we developed a semi-structured interview script and conducted a total of three interviews. Through the methodological procedure of elaborating signification cores, we analyzed and interpreted these interviews. All analyzes and interpretations occurred under the assumptions of Historical-Critical Pedagogy, which allowed us to highlight the limits and possibilities of a biological evolution teaching based on this pedagogy. / Mestre

Orientador: Claudia Marcia Aparecida Carareto / Banca: Cristina Vieira / Banca: Ricardo de Marco / Banca: Vera Lúcia da Silva Valente Gaiesky / Banca: Fátima Pereira de Souza / Resumo: Os elementos de transposição (TEs) são sequências de DNA com a capacidade de catalisar seu próprio movimento e de se inserir em novas regiões do genoma. Desde que TEs são fonte de variação genética, os estudos da dinâmica dessas sequências permitem a compreensão da evolução do genoma do hospedeiro. Na presente Tese foi estudado o retroposon Helena, um LINE que se encontra em diferentes estágios do seu ciclo evolutivo e, portanto, um bom modelo para estudos da dinâmica evolutiva de TEs. Por meio de análises de Bioinformática de 12 espécies de Drosophila que têm o genoma sequenciado, verificou-se que Helena varia de estágios em que se encontra ao menos uma cópia completa e ativa (D. mojavensis), ou putativamente completas, mas inativas (D. simulans), a estados em que as cópias são altamente degeneradas (D. yakuba, D. erecta, D. ananassae e D. virilis) ou ausentes (D. pseudoobscura, D. persimilis, D. willistoni e D. grimshawi). As análises filogenéticas mostram que esse TE estava presente no ancestral comum do gênero Drosophila e tem sido transmitido verticalmente nas linhagens derivadas, e perdido em algumas. Desde que uma cópia completa, e altamente ativa, foi observada apenas no genoma de D. mojavensis, estudamos em detalhe a região 5' dessa cópia e verificamos, por meio de análises in vitro com o uso de um gene reporter, a presença de promotor interno para a Pol II que se encontra associado com modificações epigenéticas de histonas tanto permissivas, típicas de eucromatina, onde a transcrição pode ocorrer (H3K4me2), como repressivas, típicas de heterocromatina facultativa (H3K27me3). Esses "domínios bivalentes", juntamente com a baixa associação de H3K9me2 (típica de heterocromatina constitutiva) indicam que Helena pode ser expresso em resposta a estímulos adequados. Análises preliminares do estudo da atividade transposicional... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The transposable elements (TEs) are DNA sequences capable of catalyze its own movement and to enter into new regions of the genome. Since TEs are source of genetic variation, studies on their dynamics allow the understanding of the genome evolution. In the present study we studied Helena, a LINE element that is at different stages of its evolutionary cycle and therefore, it is a good model for studies of TEs evolutionary dynamics. Through bioinformatics analysis of 12 Drosophila species which have their genomes sequenced, we found Helena in different stages of its evolutionary cycle, that varies of at least one full active copy (D. mojavensis) an putatively complete copy, but inactive (D. simulans) to highly degenerate (D. yakuba, D. erecta, D. ananassae and D. virilis) or absent (D. pseudoobscura, D. persimilis, D. willistoni and D. grimshawi) sequences. Phylogenetic analysis showed that Helena was present in the common ancestor of the Drosophila genus and has been vertically transmitted in derived lineages, but lost on some of them. Since a complete highly active copy was observed only in D. mojavensis, we studied in more detail its 5' end region. Through in vitro assays using a reporter gene we verified the presence of internal promoter for Pol II that is associated with epigenetic histone modifications for permissive (could induce transcription (H3K4me2)) and repressive heterochromatin (facultative heterochromatin (H3K27me3)). These "bivalent marks" and poor association to H3K9me2 (constitutive heterochromatin) indicate that Helena can be expressed in response to specific stimulus. The preliminary analysis of Helena transposicional activity in vivo (by injection of complete copy in D. melanogaster) showed integration and activity of this TE in the transgenic lines. A study of BS element, a TE closely related to Helena, showed that the evolutionary dynamics of both... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Jose Maurício Barbanti Duarte / Coorientador: Vanessa Veltrini Abril / Banca: Raquel Alves dos Santos / Banca: Marcelo de Bello Cioffi / Resumo: O processo de evolução cariotípica dos cervídeos a partir de um ancestral comum e hipotético, que possuía cariótipo com número diplóide e fundamental igual a 70, foi marcado por complexos rearranjos cromossômicos. Este cariótipo foi retido e pode ser encontrado na espécie Neotropical Mazama gouazoubira, que apresenta variação cromossômica e esta por sua vez, pode ser explicada pela fragilidade cromossômica. Este trabalho teve como finalidade identificar os cromossomos portadores de aberrações cromossômicas induzidas pela doxorrubicina, e localizar as regiões de quebras desses cromossomos. Foram analisados citogeneticamente 6 animais por meio da coloração convencional para a identificação e quantificação de 9 diferentes tipos de aberrações cromossômicas (anel, dicêntrico, gap cromatídico, gap cromossômico, quebra cromatídica, quebra cromossômica, forma trirradial, forma quadrirradial e rearranjo) e pelo bandamento G para a identificação precisa dos cromossomos portadores das aberrações e localização das regiões de quebras desses cromossomos. Os pares cromossômicos 1, 2, 4, 5, 6, 7, 15, 16 e o cromossomo sexual X apresentaram aberrações cromossômicas em todos os animais analisados. Entre os cromossomos que apresentaram aberrações cromossômicas, as regiões em que estas se concentraram com maior frequência foram as regiões mediana e distal em relação ao centrômero. Tais dados sugerem que estas regiões dos cromossomos podem estar mais suscetíveis à fragilidade cromossômica e consequentemente, poderiam estar envolvidas com a diferenciação cariotípica das espécies / Abstract: The process of karyotype evolution of deer from a hypothetical common ancestor with diploid and fundamental numbers equal to 70 was characterized by complex chromosomal rearrangements. This ancestral karyotype was retained and it is considered to be standard for the current Neotropical species, Mazama gouazoubira. Several animals of this species, analyzed in different studies, showed karyotype variation that can be explained by chromosomal fragility. This study aimed to identify the chromosomes carrying doxorubicin-induced aberrations and to locate the regions of chromosome breaks (proximal, middle or distal). Six animals were analyzed by conventional staining for the identification and quantification of nine different types of chromosomal aberrations (ring, dicentric, chromatid gap, chromosomal gap, chromatid break, chromosomal break, triradials form, quadriradials form and rearrangements) and by G-banding for the precise identification of the chromosomes that carry aberrations and the regions where the breaks occur. The 1, 2, 4, 5, 6, 7, 15 and 16 chromosome pairs and the X sex chromosome showed chromosomal aberrations in all analyzed animals. Among all chromosomes that presented chromosomal aberrations, most of them were located in the middle and distal regions. These data suggest that the middle and distal regions of the chromosome may be more susceptible to chromosomal fragility and, consequently, could be involved in the karyotype differentiation of Mazama species / Mestre

Orientador: Diogo Cavalcanti Cabral de Mello / Banca: Patricia Pasquali Parise Maltempi / Banca: Ricardo Utsunomia / Resumo: Os DNAs repetitivos representam uma porção significante do genoma e podem estar envolvidos com os processos de variação cromossômica e reorganização genômica. Estes DNAs podem ser organizados em tandem ou dispersos, apresentando ampla variabilidade de composição e localização, sendo em muitos casos os principais constituintes da heterocromatina. A utilização dessas sequências como marcadores para a análise da evolução cromossômica é ampla em várias ordens de insetos, enquanto que para as abelhas esse conhecimento ainda é bastante restrito. Na tribo Meliponini o gênero Melipona se encontra dividido em quatro subgrupos e é o mais caracterizado cromossomicamente, sendo as espécies do gênero divididas ainda em dois grupos que apresentam marcante diferença na distribuição da heterocromatina. Um grupo é representado por espécies com pouca heterocromatina (principalmente centromérica) enquanto no segundo grupo as espécies apresentam heterocromatina dispersa ao longo de todos os cromossomos. Sendo assim, este gênero apresenta-se como um potencial modelo para estudos de amplificação e diversificação de DNAs repetitivos e sequências heterocromáticas. Neste contexto, utilizamos a espécie Melipona scutellaris que possui grande quantidade de heterocromatina nos cromossomos como modelo, buscando entender possíveis causas e eventos evolutivos envolvidos na ampla diferenciação heterocromática. Foram mapeadas distintas sequências de DNAs repetitivos por FISH, tais como DNAr 18S, DNAsn U2 e mi... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Repetitive DNAs represent a significant portion of the genome and may be involved in the processes of chromosome variation and genomic rearrangement. These DNAs can be organized in tandem or dispersed, presenting wide variety of composition and location, being in many cases the main constituents of heterochromatin. An application as sequences as markers for an analysis of chromosomal evolution is broad in several orders of insects, whereas for bees this knowledge is still quite restricted. In the Meliponini tribe, the genus Melipona is divided into four subgroups and is the most characteristic chromosomally, being as species of the genus divided into two groups that present a marked differential in the distribution of heterochromatin. One group is represented by species with little heterochromatin (mainly centromeric) while not second group as species presented in heterochromatin dispersed throughout all the chromosomes. Thus, this genus presents itself as a potential model for amplification and diversification studies of repetitive DNAs and heterochromatic sequences. In this context, it uses a species Melipona scutellaris that has large amount of heterochromatin in the chromosomes as model, seeking to understand possible evolutionary events involved in the wide heterochromatic differentiation. Different FISH repeating DNA sequences have been mapped, such as 18S rDNA, U2 DNAs and microsatellites, all with eucromatic location, suggesting that as tested sequences are not involved with heterochromatin amplification. The C0t-DNA and DOP-PCR fraction showed that heterochromatin is composed of highly repetitive sequences, whereas a membrane hybridization of this fraction in other Meliponas demonstrated that heterochromatin within the genus differs according to each subgroup / Mestre

Orientador: Cynthia Peralta de Almeida Prado / Banca: Paula Cabral Eterovick / Banca: Cinthia Aguirre Brasileiro / Banca: Milton Cezar Ribeiro / Banca: Celio Fernando Baptista Haddad / Resumo: A configuração da paisagem e as características fenotípicas associadas ao reconhecimento de parceiros podem influenciar na estrutura genética das populações e nos processos de diversificação de uma espécie. Além disso, interações reprodutivas entre espécies distintas podem alterar a história evolutiva de linhagens com a formação de híbridos viáveis. Para investigar essas interações complexas, estudamos o anuro Bokermannohyla ibitiguara, uma espécie com reprodução prolongada, cantos elaborados, corte complexa, fêmeas seletivas e machos agressivos/territoriais. A espécie é endêmica do Cerrado e tem reprodução associada à vegetação ripária dentro e fora do Parque Nacional da Serra da Canastra (PNSC), uma zona de contato com o congênero B. sazimai. Amostramos vários riachos e desenvolvemos microssatélites para analisar a influência da topografia e cobertura vegetal na diferenciação genética. Comparamos, em seguida, morfologia e cantos através da área de distribuição e examinamos os papéis da seleção sexual, deriva genética e adaptação acústica a ambientes florestados (Hipótese da Adaptação Acústica; HAA) na diferenciação acústica. Testamos também a hipótese de que B. ibitiguara e B. sazimai podem hibridizar devido a semelhanças fenotípicas. Indivíduos de B. ibitiguara mostraram diferença genética significativa entre riachos, exceto naqueles dentro do Parque, os quais apresentaram maiores níveis de riqueza alélica e heterosigozidade. A diferenciação genética foi melhor explicada p... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Landscape configuration and phenotypic characteristics linked with mating recognition may influence population genetic structure and diversification processes. Moreover, reproductive interactions among different species may alter the evolutionary history of lineages with the formation of viable hybrids. To investigate these complex interactions we studied the treefrog Bokermannohyla ibitiguara, a species with prolonged reproduction, complex calls, elaborate courtship, choosy females and territorial/aggressive males. It is endemic to the threatened Brazilian Cerrado and breeds in streams associated with riparian forests within and outside the Serra da Canastra National Park (SCNP), a contact zone with the congener B. sazimai. We sampled many streams and developed microsatellite markers to analyze the roles of topography and land cover on genetic differentiation. We then compared morphology and calls throughout the range and examined the roles of sexual selection, genetic drift, and acoustic adaptation to forested habitats (Acoustic Adaptation Hypothesis; AAH) on call differentiation. We also tested the hypothesis that B. ibitiguara and B. sazimai may hybridize due to phenotypic similarities. Individuals of B. ibitiguara showed significant genetic differentiation among streams, except those within the Park, which had higher levels of allelic richness and heterozygosity. Genetic differentiation was best explained by topographic complexity, as were some within-population genetic measures. Calls varied more than morphology, suggesting stronger selective pressures on this behavioral phenotype. Acoustic traits associated with individual discrimination and/or female attraction showed significant population differences. Neither genetic differentiation nor riparian forest cover (the AAH) explained... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

O coronavírus canino (CCoV) causa gastroenterite em cães jovens, podendo ser letal, sobretudo quando há coinfecção com parvovírus canino (CPV). Os objetivos do presente projeto foram investigar a presença de CCoV e CPV em amostras fecais de cães jovens; estudar a diversidade molecular das amostras de CCoV com base em sequenciamento parcial dos genes M, S, 3b e N, incluindo amostras vacinais, e estudar a evolução in vitro de CCoV em células A72 de fibroma canino. Foram detectados 40,17% (47/117) animais positivos para CCoV e 13,68% (16/117) para CPV. Estudos filogenéticos demonstraram que oito amostras foram classificadas como CCoV-II, vinte e cinco como CCoV-I. Análises para o gene M destacaram alta identidade de CCoV-I com amostras de coronavírus da peritonite infecciosa felina (PIF) e uma possível amostra pantrópica foi demonstrada pela análise do gene S. O gene do nucleocapsídeo de CCoV é altamente conservado entre os tipos I e tipo II, com uma resolução mais baixa em relação a árvores para os genes M e S. Amostras dos tipos I e II apresentam um polimorfismo baixo para o gene 3b, sem marcadores estáveis para diferenciação dos tipos de CCoV. Uma amostra de CCoV-II putativamente pantrópica foi isolada em células A72, resultando em efeito citopático no 5o dia da 5a passagem. No estudo evolutivo, a amostra vacinal CCV 1-71 e nove passagens desta em células A72 foram submetidas a amplificação parcial e clonagem molecular do gene S seguida de sequenciamento de DNA. Os resultados mostraram mutações não silenciosas, silenciosas e três deleções de aminoácidos, mas nenhuma mutação compartilhada entre as diversas passagens. Amostras vacinais de CCoV-II adaptadas em células podem ser altamente geneticamente estáveis após passagens em série em uma mesma linhagem celular, acumulando substituições de nucleotídeos principalmente sinônimas no gene S devido a relação célula - hospedeiro estável. Estes resultados de epidemiologia molecular e processos evolutivos de CCoV podem servir para uma melhor compreensão da virologia básica e ser base de dados para estudos em outros coronavírus / Canine coronavirus (CCoV) causes gastroenteritis in young dogs and can be lethal, especially when there is co-infection with canine parvovirus (CPV). The objectives of this project were to investigate the presence of CCoV and CPV in stool samples from young dogs, the molecular diversity of CCoV strains based on partial sequencing of genes M, S, N and 3b, and the in vitro evolution of CCoV in A72 canine fibroma. Of the fecal samples studied, 40.17% animals (47/117) were positive for CCoV and 13.68% (16/117) for CPV. Phylogenetic studies have shown that eight strains were CCoV-II and twenty five CCoV-I. Phylogenetic analysis for the M gene highlighted the high identity of CCoV-I strains with a feline coronavirus strain (FCoV) that causes feline infectious peritonitis (FIP). Further analysis based on the spike gene showed a putative pantropic CCoV strain (CCoV-II/dog50). CCoV nucleocapsid gene is highly conserved among type I and type II, with a lower resolution relative to trees based on M and S genes. CCoV Types I and II had a low polymorphism for 3b gene, without any stable markers to differentiate thee types. Regarding the virus isolation trial, a putative pantropic CCoV-II strain was successfully isolated in A72 cells from, resulting in cytopathic effect on the 5th day of the 5th passage. In the evolutionary study, the vaccine strain CCV 1-71 and nine passages of this strain in A72 were submitted to partial S gene amplification and molecular cloning followed by DNA sequencing. Missense, silent, and three amino acids deletions were found amongst diverse clones of each passage, but no mutation was repeatedly found among passages. Cell culture-adapted CCoV-II vaccine strains can be highly genetically stable upon serial passage in a same cell line, accumulating primarily synonymous nucleotide substitutions in the S gene due to a stable cell-host relationship. In short, all data gathering herein on molecular epidemiology and evolutionary processes of CCoV can serve for a better understanding of basic virology and as a basis for studies on other coronaviruses

A teoria da descendência com modificação de Darwin, que explica a origem de espécies através da seleção natural, é considerada um marco na história da ciência. A possibilidade de unificação de toda a biologia e a mudança que ela trouxe para nossos valores e para a nossa compreensão da posição da humanidade no universo ainda causam um grande impacto na sociedade e na relação entre ciência e filosofia. O objetivo do presente estudo é compreender alguns aspectos dos desenvolvimentos da ciência que antecederam essa teoria. Dois elementos foram estabelecidos como referências para essa análise: a teoria de Jean-Baptiste Lamarck, a mais importante a propor o conceito da transformação das espécies antes de Darwin e o problema científico da explicação da extinção. As várias teorias elaboradas para dar conta da diversidade de espécies na Terra, bem como para explicar o fenômeno da extinção são discutidas através das obras de Georges Cuvier, Geoffroy Saint-Hilaire e Richard Owen. Nessas teorias, as questões da adaptação e das noções teleológicas são destacadas devido à sua relação com o problema da extinção. A abordagem de Darwin para o problema da extinção é discutida em sua relação com o conceito de seleção natural e com o conceito de adaptação defendido pela teologia natural britânica. / Darwin\'s theory of descent with modification, which explains the origin of species by natural selection, is considered a milestone in the history of science. The possibility of unification of the entire field of biology and the changes that it brought to our values and to our understanding of the position of mankind in the universe are still causing great impact in society and in the relationship between science and philosophy. The aim of this study is to understand some aspects of the developments of science that preceded this theory. Two elements were established as references for this analysis: the theory of Jean-Baptiste Lamarck, the most important work proposing the concept of transformation of species before Darwin, and the scientific problem of the explanation of extinction. The several theories elaborated to account for the diversity of species on Earth as well as to explain the phenomenon of extinction are discussed through the works of Georges Cuvier, Geoffroy Saint-Hilaire and Richard Owen. Within these theories, the issues of adaptation and teleological notions are stressed because of their connection to the problem of extinction. Darwin\'s approach to the problem of extinction is discussed for its relation to the concept of natural selection and to the concept of adaptation defended by the british natural theology.