Chez les animaux de laboratoire, même si les anesthésiques par inhalation sont généralement plus sécuritaires que les injectables, leur utilité est souvent restreinte lorsqu’un protocole expérimental exige une autre approche. Des combinaisons d’anesthésiques contenant de la kétamine sont considérées comme l’option de choix pour les anesthésies injectables chez les rats. Le vieillissement entraîne des changements dégénératifs au niveau de la structure et la fonction des organes, modifiant souvent à la pharmacocinétique des drogues. Ce projet porte sur l’évaluation des changements pharmacodynamiques (physiologiques, biochimiques et histologiques) et pharmacocinétiques, lors d’une combinaison anesthésique de kétamine-­‐xylazine chez le rat Sprague-­‐Dawley vieillissant. Une anesthésie à la kétamine-­‐xylazine fut induite chez des rats Sprague-­‐Dawley de différents âges. Afin d’évaluer l’effet du vieillissement sur le métabolisme des deux drogues, des prélèvements sanguins périodiques pour l’analyse de la pharmacocinétique ainsi que des mesures des paramètres physiologiques, biochimiques et une histopathologie furent effectués. Le vieillissement a causé certaines modifications notamment en produisant une diminution de la saturation d’oxygène, une baisse marquée de la fréquence cardiaque et respiratoire, une hypoalbuminémie ainsi qu’une augmentation de la durée d’anesthésie. Les paramètres pharmacocinétiques de la kétamine et de la xylazine furent grandement affectés par le vieillissement causant une augmentation progressive significative de l’aire sous la courbe (AUC) et du temps de demi-­‐vie, ainsi qu’une diminution de la clairance. À la lumière de ces résultats, les doses de kétamine et de xylazine doivent être adaptées chez les rats vieillissants pour permettre une anesthésie de durée raisonnable et un réveil sans complications. / In laboratory animals, even if inhalation anesthetics are generally safer than injecting, their usefulness is often restrained when an experimental design does not allow it. For this reason, ketamine combinations are considered the option of choice for injecting anesthesia in rats. Aging brings degenerative changes in the structure and function of the organs, often affecting the pharmacokinetics of drugs. This project focuses on the evaluation of physiological, pharmacokinetic, biochemical and histological changes during a ketamine-­‐xylazine anesthetic combination in aging Sprague-­‐Dawley rats. Anesthesia with ketamine-­‐xylazine was induced in Sprague-­‐Dawley rats of different ages. To assess the effect of aging on the metabolism of both drugs, periodic blood samples for pharmacokinetic analysis and measurements of physiological, biochemical and histological parameters were performed. Aging have made some changes for example a decrease in oxygen saturation, a sharp drop in heart and respiratory rate, hypoalbuminemia and an increase in the duration of anesthesia. The pharmacokinetic parameters of ketamine and xylazine were greatly affected in older animals, causing a significant increase in the area Under the curve (AUC) and the half-­‐life time, and a decrease in clearance. In the light of these results, dosage of ketamine and xylazine must be adapted in aging rats to allow a short anesthesia and an awakening without complications.

Connaître le sexe d’un oiseau est important pour divers domaines notamment pour les vétérinaires, les écologistes ainsi que pour les éleveurs d’oiseaux qui veulent former des couples qui serviront à la reproduction. Plusieurs espèces d’oiseaux, juvéniles et adultes, n’ont pas de dimorphisme sexuel. L’utilisation de l’ADN est une façon rapide de déterminer le sexe à partir d’un échantillon de sang, de muscle, de plumes ou de fèces. Par contre, la méthode devrait être validée pour chaque espèce et idéalement, standardisée. Le premier objectif de cette étude est de développer une méthode de sexage par séquençage des oiseaux à partir des séquences du gène CHD, en utilisant les oiseaux de proie et les perroquets vus en clinique au Québec. Un deuxième objectif est de faire l’identification de l’espèce à sexer, à partir du gène mitochondrial COX-1 et aussi à partir des séquences CHD-Z et CHD-W, utilisés pour le sexage. Un troisième objectif est d’évaluer les séquences sorties (CHD-Z, CHD-W et COX-1) en vue d’une étude phylogénique. Une extraction d’ADN a été effectuée chez 27 espèces de perroquets, 34 espèces d’oiseaux de proie, une corneille (Corvus brachyrhynchos) et un poulet (Gallus gallus). Une amplification par PCR a été exécutée pour les exons partiels 23 et 24 du gène CHD. Le séquençage de cet amplicon permettait de savoir s’il s’agissait d’un mâle (séquence simple CHD-Z) ou d’une femelle (séquences CHD-Z et CHD-W qui se chevauchent). Afin d’avoir des séquences CHD-W distinctes, un sous-clonage a été fait chez les femelles de chaque espèce. De cette manière, les séquences partielles du gène CHD, Z et W, ont été trouvées pour les espèces échantillonnées. Une étude phylogénique a été effectuée avec les séquences de COX-1, CHD-Z et CHD-W grâce au site « Clustal-Omega ». La méthode de sexage des oiseaux par séquençage du gène CHD est standard et efficace. Le gène COX-1 permet une meilleure identification des espèces parentes et le gène CHD-Z est le plus utile pour étudier la phylogénie profonde. / Knowing the sex of a bird is important for many disciplines, notably for veterinary, ecological and evolutionary studies, not to mention for bird breeders who need to form pairs for reproduction. For many species of birds, juveniles and adults do not display a sexual dimorphism. The use of DNA, derived from a sample of blood, muscle, feathers or feces, is a rapid method to determine a bird’s sex. However, this method must be validated for each species, and ideally, standardised. The first objective of this work was to develop a method of sexing birds by sequencing portions of their CHD gene, for birds of prey and parrots seen in veterinary clinics in Quebec. A second objective was to identify the species being sexed, first of all using the mitochondrial gene COX-1, and second of all using the CHD-Z and CHD-W sequences used for sexing. The third objective of these studies was to evaluate the sequences obtained (CHD-Z, CHD-W and COX-1) for performing phylogenetic studies. DNA was extracted from 27 species of parrots, 34 species of birds of prey, from one species of crow (Corvus brachyrhynchos) and from the chicken (Gallus gallus). A PCR amplification was performed for partial exons 23 and 24 of the CHD gene. Sequencing this amplicon resulted in simple CHD-Z sequences for a male and overlapping CHD-Z and CHD-W sequences for a female, allowing sexing of the bird. In order to obtain distinct CHD-W sequences, a sub-cloning was performed for females of each species. In this fashion, partial sequences of the CHD gene, both -Z and –W, were generated for the species studied. A phylogenetic study was performed using COX-1, CHD-Z and CHD-W sequences and the site “Clustal-Omega”. The method of sexing birds by sequencing was found to be standard and efficient. The COX-1 gene permitted a better resolution of closely related species, while the CHD-Z gene was the most useful for estimating deep phylogenetic relationships.

Doctor of Philosophy / Department of Diagnostic Medicine/Pathobiology / Daniel U. Thomson / A series of studies were conducted in order to develop, test, implement, and utilize an objective and comprehensive gross pathology scoring system for cattle at slaughter. Individual lung, liver, and rumen gross pathology data was collected from 19,229 head of cattle and corresponding individual pre-harvest and carcass data for a subset of 13,226 head.. Across the entire population 22.6% and 9.8% of cattle displayed mild and severe lesions, respectively. Severe lung lesions at the time of slaughter were associated with a decreased ADG of 0.07 kg/ day and a carcass weight 7.1 kg less than that of their cohorts with no visible signs of pulmonary BRDC lesions (P < 0.01). Overall, 68.6 % of cattle observed had normal livers, free from abscesses and other abnormalities. Cattle with a severe liver abscess at the time of slaughter were associated with a 0.10 kg/day during the feeding period (P < 0.01). Of cattle severely affected by liver abscesses (A+, 4.6%), 14.9% also displayed severe BRDC lung lesions and 28.3 % of cattle displayed mild BRDC lung lesions. Rumenitis lesions were observed in 24.1% of the overall study population. Severe rumenitis lesions were associated with a significant decrease in average daily gain and carcass weight (0.03kg/day and 2.20 kg, respectively, P < 0.01). The system was also implemented on a population of cull cows at a commercial abattoir in the Great Lakes region of the U.S. (n=1,461; 87% Holstein, 13% other cows). Severe liver abscesses, were observed in 18.5% of cull cows at slaughter. Severe rumenitis lesions or rumenitis scars were observed in 10% and severe BRDC lesions were observed in 10.3% o of the population. A prospective study of a commercially available, direct fed microbial oral drench of Megasphaera elsdenii (NCIMB 41125) was conducted in 4,863 head of yearling feeder cattle. No significant effects of treatment were detected for final live weight (599 vs. 601 kg; P=0.79) or hot carcass weight (386 vs. 387 kg P=0.81) for Con and M.e., respectively. Fourteen point two percent and 14.0% of Con and M.e., respectively displayed a liver abscess of varying severity at the time of slaughter. Overall, 8.27 and 7.96% % of Con and M.e. cattle were observed with an altered rumen epithelial health status. The ordinal odds ratio of a M.e. treated animal having a more severe liver abscess score or rumen health score was not significant (Estimate: 0.96, 95% C.L. 0.733-1.259, P=0.771; Estimate: 1.01, 95% C.L. 0.625-1.63 P=0.96, respectively.) Comprehensive monitoring of gross pathology at slaughter is commercially plausible and provides valuable data for veterinarians, nutritionists and management personnel.

Doctor of Philosophy / Department of Diagnostic Medicine/Pathobiology / Raymond R. R. Rowland / Mechanisms for mutations in RNA viruses include random point mutations, insertions, deletions, recombination and re-assortment. Most viruses have more than one of these mechanisms operating during their life cycle. Impact of sequence divergence is seen in the areas of evolution, epidemiology and ecology of these viruses. Immediate negative consequences of genetic diversity include failure of vaccination, resistance to anti-virals, emergence and re-emergence of novel virus isolates with increased virulence or altered tropism. To identify specific sequence features that influence recombination, a new in-vitro system was developed using an infectious cDNA clone of PRRS virus that expressed fluorescent proteins. The in-vitro experimental system involved the co-transfection of a pair of closely related PRRSV infectious clones: a fully functional non-fluorescent PRRS virus infectious clone that possessed a single mutation in a green fluorescent protein (GFP) and a second infectious clone that contained a defective fluorescent virus. The readout for successful recombination was appearance of a fully functional fluorescent virus. The model system creates the opportunity to study several aspects of recombination, including the requirement for sequence homology between viruses undergoing recombination.

Master of Veterinary Biomedical Sciences / Department of Clinical Sciences / Bradley White / Objective- To compare serologic response and viral replication following intranasal administration of a modified-live bovine rhinotracheitis (IBR) parainfluenza-3 (PI-3) vaccine in high (32°C) and moderate (21°C) ambient temperatures. Animals- 28 heifers (mean body weight, 206.8 kg) Procedures- Heifers randomly allocated to treatment groups: High Ambient Temperature (HAT, n=10): received vaccine, housed outdoors, Moderate Ambient Temperature (MAT, n=10): received vaccine, housed indoors, High Ambient Control (HAC, n=4): no vaccine, housed outdoors, Moderate Ambient Control (MAC, n=4): no vaccine, housed indoors. Rectal and nasal mucosal temperatures were recorded every 2 hours from 8am to 8pm on trial days 0 and 1. Nasal swabs were collected on trial days 0 through 7 for virus isolation. Serum samples were collected for serology on trial days 0, 7, 14, and 28. Results- Rectal temperatures did not differ among treatment groups over the study period, but nasal temperatures were higher in the HAT calves compared to MAT group at study hours: 6, 24, 30, 32, and 38. Two weeks post-vaccination, IBR titers were significantly greater in vaccinates (HAT,MAT) relative to non-vaccinates (HAC, LAC), but no differences were identified among HAT and MAT. Viable IBR virus was recovered via virus isolation from all vaccinated calves (HAT,MAT) on trial days 1 through 6. Conclusions and Clinical Relevance- The ability to isolate IBR and stimulate the calf immune response following administration of a modified-live IBR-PI3 intranasal vaccine did not differ in calves housed in temperature-controlled and high ambient temperature environments.

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La guérison des plaies cutanées appendiculaires chez le cheval, à la différence de celle des plaies corporelles, se complique régulièrement. Un retard de cicatrisation s’y observe et un tissu de granulation exubérant tend à s’y développer, le tout menant à une cicatrice pathologique hypertrophiée. La pathogénie exacte du tissu de granulation exubérant chez le cheval demeure inconnue à ce jour. Une hypoxie tissulaire pourrait favoriser son développement tout comme elle semble contribuer au développement de cicatrices cutanées pathologiques similaires observées chez l’Homme. L’objectif de cette étude était d’évaluer la perfusion vasculaire et la disponibilité locale en oxygène de plaies cutanées appendiculaires et corporelles en cours de cicatrisation normale et pathologique chez le cheval, à l’aide de la thermographie infrarouge et de la spectroscopie par réflectance dans le proche infrarouge. Six juments âgées de 3 à 4 ans ont été utilisées. Trois plaies cutanées ont été créées à l’aspect dorso-latéral du canon des membres thoraciques (plaies appendiculaires), et sur la paroi costale de l’un des hémithorax (plaies corporelles). Chez chaque jument, un canon a été aléatoirement bandé dans le but d’induire la formation de tissu de granulation exubérant dans les plaies s’y trouvant, tel que rapporté. La perfusion vasculaire et la disponibilité locale en oxygène ont été évaluées séquentiellement par thermographie infrarouge et spectroscopie par réflectance dans le proche infrarouge pour chaque plaie de chaque site (thorax; membre bandé; membre non bandé) au cours du processus de cicatrisation cutanée. Un modèle linéaire à doubles mesures répétées associé à une correction séquentielle de Bonferroni a révélé des différences significatives de perfusion vasculaire et de disponibilité locale en oxygène entre les plaies appendiculaires et corporelles. Ainsi la perfusion vasculaire et la disponibilité locale en oxygène étaient significativement plus élevées dans les plaies corporelles (P<0.05) et la perfusion vasculaire était significativement plus élevée dans les plaies appendiculaires non bandées que dans celles bandées (P<0.05). Nous avons récemment rapporté une plus grande occlusion de la micro-vascularisation au niveau des plaies appendiculaires chez le cheval. Nous rapportons maintenant que la perfusion vasculaire et la disponibilité locale en oxygène sont significativement inférieures dans les plaies appendiculaires, en particulier lorsqu’un tissu de granulation exubérant s’y développe. Compilés, ces résultats sous-tendent l’hypothèse que les plaies appendiculaires souffrent d’une altération de la perfusion vasculaire à l’origine possible d’une hypoxie tissulaire qui pourrait favoriser une cicatrisation cutanée anormale, telle la formation d’un tissu de granulation exubérant. / Cutaneous wound healing in horse limbs is often perturbed by the development of exuberant granulation tissue while body wounds tend to repair uneventfully. A delay in healing is usually observed in horse limb wounds, which tend to develop exuberant granulation tissue and excessive scarring. The events leading to exuberant granulation tissue formation in horses are not fully elucidated. Tissue hypoxia has been proposed as a major contributing factor as it appears to contribute to the development of similar abnormal skin scarring in human. The objective of this study was to investigate skin blood flow and tissue oxygen availability in normal / abnormal healing of full-thickness wounds created on the horse limb and body, using infrared thermography and near infrared reflectance spectroscopy. Six healthy, 3- to 4-year-old mares were used for the experiment. Three full-thickness cutaneous wounds were surgically created on the dorso-lateral surface of each metacarpal area (limb wounds) and on the lateral thoracic wall (body wounds). One randomly chosen distal forelimb was then left to heal by second intention without bandage, while the contralateral limb was bandaged postoperatively to induce the formation of exuberant granulation tissue and lead to excessive scarring. Thermal and spectroscopic data were collected from both anatomic sites (limb without bandage, bandaged limb, thoracic wall) at specific times following wounding. Mean changes in skin blood flow and tissue oxygen availability at specific wound sites over time were compared by use of repeated measures ANOVA with anatomical location and wound management as within-subject factors. A priori contrasts, submitted to Bonferroni sequential correction, were then used to compare pre-selected individual means. The statistical analysis revealed that there were significant differences in skin blood flow and tissue oxygen availability within wounds. Skin blood flow and tissue oxygen availability were significantly increased within body over limb wounds (P<0.05). Skin blood flow was significantly increased within unbandaged limb over bandaged limb wounds (P<0.05). We have recently reported a greater occlusion of microvessels in limb wounds in horses. We report here that skin blood flow and tissue oxygen availability are significantly inferior in limb wounds in horses, especially when exuberant granulation develops. Taken together, these results suggest that equine limb wounds may suffer from altered vascular perfusion and tissue hypoxia, which could favor abnormal skin healing and exuberant granulation tissue development.

Le cheval est souvent victime de plaies traumatiques, dont la guérison est fréquemment problématique, et ce, principalement quand la plaie survient sur le membre. Il est courant de voir chez le cheval le développement d’un tissu de granulation exubérant ou « bouton de chair », qui mène à une cicatrisation excessive due à la surproduction de tissu fibreux. Ce tissu cicatriciel, non épithélialisé, est caractérisé par une occlusion au niveau de la microcirculation due à l’hypertrophie des cellules endothéliales, qui laisse supposer la présence d’hypoxie tissulaire. Une hypoxie relative a effectivement été mesurée par spectroscopie dans le proche infrarouge au niveau des plaies appendiculaires prédisposées au développement de tissu de granulation exubérant, par rapport aux plaies corporelles. De plus, une étude thermographique a révélé un patron spatial similaire de la perfusion. Au niveau moléculaire, la littérature rapporte que le facteur de transcription «hypoxia inducible factor» (HIF) est à l’origine de plusieurs changements dans les niveaux d’expression de divers gènes régulés par l’hypoxie. L’objectif du présent projet de recherche était de définir la contribution de l’hypoxie à la guérison cutanée chez le cheval. Le premier volet (in vivo) du projet visait à mesurer l’expression protéique temporelle du HIF1A dans des échantillons tissulaires en provenance de plaies cutanées guérissant normalement et d’autres développant une cicatrisation excessive, selon divers sites anatomiques (tronc, membre). Les résultats obtenus suggèrent que la mesure de HIF1A, dans les échantillons pluricellulaires de cette étude, reflète l’épithélialisation de la plaie plutôt que les niveaux d’oxygène tissulaire. En effet, le HIF1A semble réguler l’homéostasie et la prolifération des kératinocytes. Le second volet (in vitro), consistait en la mise en culture de fibroblastes dermiques équins provenant du tronc ou du membre, en condition de normoxie ou d’hypoxie (à 1% d’O2 ou à l’aide d’un mimétique, le CoCl2) afin d’en étudier le comportement (capacités de prolifération et de synthèse protéique). Les résultats obtenus soutiennent une contribution de l’hypoxie à la cicatrisation extensive chez le cheval puisque l’hypoxie favorise la prolifération des fibroblastes en plus d’encourager la synthèse de collagène de type 1 et de diminuer la synthèse de la métalloprotéinase de type 2. Les changements observés semblent dépendre de facteurs extrinsèques (environnementaux) car les fibroblastes dermiques se comportent de façon similaire indépendamment de la provenance anatomique. En somme, les deux volets de l’étude ont permis d’élucider une part des mécanismes sous-jacents à la formation du tissu de granulation exubérant lors de guérison cutanée chez le cheval. La poursuite des recherches dans ce domaine mènera à une meilleure compréhension de la pathologie et ainsi, permettra de développer des méthodes de traitement spécifiques à la condition. / The horse is often victim of traumatic wounds for which healing can be problematic, mainly when the wound occurs on the limb. The development of exuberant granulation tissue, also known clinically as “proud flesh”, leads to extensive scarring characterized by overproduction of fibrous tissue and the absence of an epithelial cover. This scar tissue suffers from occlusion of the microcirculation within the residual granulation tissue, due to endothelial cell hypertrophy, suggesting tissue hypoxia. The presence of relative hypoxia in limb wounds of horses was recently confirmed using near infrared spectroscopy. Additionally, thermography showed decreased perfusion in limb wounds. Abundant literature incriminates "hypoxia inducible factor” (HIF) in the regulation of expression of a number of genes in response to hypoxia. The overall objective of this research project was to define the contribution of hypoxia to problematic wound healing in horses. The first phase of the project (in vivo) aimed to measure the temporal expression of HIF1A protein in tissue samples taken from skin wounds healing normally and others developing exuberant granulation tissue and subsequent extensive scarring, according to various anatomical sites (trunk, limb). Results suggest that the expression of HIF1A within the pluricellular tissue samples of this study reflects wound epithelialization rather than tissue oxygen levels. Indeed, HIF1A appears to regulate the homeostasis and proliferation of skin keratinocytes. The second phase of the project (in vitro) consisted in the culture of equine dermal fibroblasts from the body or the limb, under conditions of normoxia or hypoxia (1% O2 or using a mimetic, CoCl2) in an effort to study their behavior (proliferation and protein synthesis). Results corroborate the contribution of hypoxia to over-scarring in the horse since hypoxia promotes both the proliferation of dermal fibroblasts and the synthesis of collagen type 1 while decreasing the synthesis of matrix metalloproteinase 2. Extrinsic factors (environmental) appear to govern the behavior of equine dermal fibroblasts since these cells behave similarly regardless of their anatomic origin (body or limb). In summary, the two phases of the study contributed to the elucidation of a portion of the mechanisms underlying the development of exuberant granulation tissue during wound healing in horses. Further research in this area will provide a better understanding of the pathology and thus aid in the design and development of targeted therapies.

Mycoplasma hyopneumoniae est l’agent causal de la pneumonie enzootique. On le retrouve dans plusieurs élevages de porcs à travers le monde. Même si ce micro-organisme est présent dans plusieurs troupeaux canadiens, peu d’informations sont présentement disponibles sur les isolats québécois. Un total de 160 poumons de porcs possédant des lésions de pneumonie ont été récupérés à l’abattoir, mis en culture et testés par PCR pour M. hyopneumoniae et Mycoplasma hyorhinis. D’autres pathogènes bactériens communs du porc et les virus du syndrome reproducteur et respiratoire porcin (VSRRP), de l’influenza et le circovirus porcin de type 2 (CVP2) ont été également testés. Quatre-vingt-dix pourcent des échantillons étaient positifs pour M. hyopneumoniae et 5.6% l’étaient seulement pour M. hyorhinis. Dans ces échantillons positifs pour M. hyopneumoniae, la concentration de ce mycoplasme variait de 1.17 x 105 à 3.37 x 109 génomes/mL. Vingt-cinq poumons positifs en culture ou par PCR en temps réel pour M. hyopneumoniae ont été sélectionnés, parmi ceux-ci 10 étaient en coinfection avec Pasteurella multocida, 12 avec Streptococcus suis, 9 avec CVP2 et 2 avec le VSRRP. Les analyses des nombres variables de répétitions en tandem à de multiples loci (MLVA) et PCR-polymorphisme de longueur de fragments de restriction (PCR-RFLP) de M. hyopneumoniae ont démontré une forte diversité des isolats de terrain. Par contre, il semble y avoir plus d’homogénéité à l’intérieur d’un même élevage. L’analyse MLVA a également démontré que près de la moitié des isolats possédaient moins de 55% d’homologie avec les souches vaccinales et de référence utilisées dans la présente étude. L’absence d’amplification du locus 1 de M. hyopneumoniae en MLVA a été significativement associée à une baisse de la concentration de bactérie et de la sévérité des lésions. Pour tous les isolats de M. hyopneumoniae, des concentrations minimales inhibitrices (CMI) de faibles à intermédiaires ont été obtenues envers tous les antimicrobiens testés. Les isolats possédant des CMI intermédiaires envers les tétracyclines, les macrolides et les lincosamides ont été testés pour la présence des gènes de résistance tetM, ermB et pour des mutations ponctuelles dans les gènes des protéines L4, L22 et de l’ARNr 23S. Aucun de ces gènes n’a été détecté mais la mutation ponctuelle G2057A a été identifiée. Cette mutation est responsable de la résistance intrinsèque de M. hyopneumoniae face aux macrolides à 14 carbones. Ces résultats indiquent qu’il ne semble pas y avoir de résistance acquise aux antimicrobiens parmi ces isolats. En conclusion, cette recherche a permis d’obtenir de nouvelles données scientifiques sur les isolats québécois de M. hyopneumoniae. / Mycoplasma hyopneumoniae, the causative agent of porcine enzootic pneumonia, is present in swine herds worldwide. However, little is known about the prevalence of this microorganism in Quebec and Canadian herds. A total of 160 swine lungs with lesions suggestive of enzootic pneumonia were recovered from two slaughterhouses. They were cultured and tested by PCR for M. hyopneumoniae and Mycoplasma hyorhinis and for the porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV), the influenza virus, and the porcine circovirus type 2 (PCV2). Samples were also cultured for other commonly encountered swine pathogenic bacteria. Ninety percent of the samples were positive for M. hyopneumoniae (Real-time PCR) whereas 5.6% were positive only for M. hyorhinis (PCR). The concentration of M. hyopneumoniae in these positive samples varied between 1.17 x 105 and 3.37 x 109 genomes/mL Among 25 selected M. hyopneumoniae positive lungs (culture or real-time PCR), 10 demonstrated a co-infection with Pasteurella multocida, 12 with Streptococcus suis, 9 with PCV2 and 2 with the PRRS virus. Multiple loci variable number of tandem repeats analysis (MLVA) and PCR-restriction fragments length polymorphism (PCR-RFLP) analyses showed a high diversity among field M. hyopneumoniae isolates. However, there seemed to be greater homogeneity within the same herd. The MLVA analysis also demonstrated that almost half of the field isolates presented less than 55% homology with the vaccine and reference strains used in our study. The absence of amplification of one locus (locus 1) of M. hyopneumoniae was significantly associated with a lower number of bacteria and a lower severity of lung lesions. All M. hyopneumoniae isolates showed low to intermediate MICs against the antimicrobials tested. Cultures with intermediate MICs for tetracyclines, macrolides and lincosamides were tested for the presence of previously described resistance genes tetM, ermB and L4, L22 and 23S rRNA point mutations. None of these genes were found, although one point mutation, G2057A, was identified. This mutation is responsible for the intrinsic resistance of M. hyopneumoniae against 14-membered macrolides. These results indicate that there is probably no acquired antimicrobial resistance within these isolates. This research provides new scientific data on M. hyopneumoniae isolates from Canada.