La compréhension des mécanismes cellulaires et moléculaires qui sont mis en jeu au moment de la croissance et la maturation pré-ovulatoire induite par la LH, permettra de définir des marqueurs de qualité et de maturité du follicule destiné à ovuler, et ainsi de mieux anticiper le moment de l’ovulation. L’objectif majeur de cette thèse était d’identifier certain des facteurs régulateur impliqués dans la maturation folliculaire par deux approches globales d’analyse protéomique et transcriptomique. La première étude a permis d’établir pour la première fois les cartes protéiques du liquide folliculaire équin et canin. Les analyses comparatives des liquides folliculaires provenant de différents stades physiologiques n’ont montré, dans nos conditions expérimentales, que peu de différences. Nos résultats obtenus dans la deuxième étude indiquent que les différentes méthodes enrichissement du liquide folliculaire peuvent améliorer, pour certaines de manière conséquente, la résolution des gels 2D-PAGE. Notre étude transcriptomique globale a révélé un groupe de gènes différentiellement exprimés dans les cellules folliculaires aux différents stades étudiés. Ces gènes sont potentiellement impliqués pendant le développement folliculaire dans l’espèce équine. Les deux approches (protéomique et transcriptomique) que nous avons utilisées au cours de ce travail sont complémentaires car la connaissance des gènes exprimés par les cellules folliculaires peuvent permettre d’identifier certains gènes codant pour des protéines sécrétoires retrouvées dans le liquide folliculaire. / An understanding of the cellular and molecular mechanisms involved in the growth and maturation of the preovulatory follicle induced by LH, will help us to understand and identify the markers of quality and maturity of the follicle destined to ovulate, and better anticipate the time of ovulation. The main objective of this thesis was to identify some regulatory factors involved in follicle maturation using two global approaches: proteomic and transcriptomic analysis. The first study established for the first time the protein map of equine and canine follicular fluids. The comparative analyses of follicular fluid from different physiological stages were shown little or no difference in our experimental conditions. Results obtained with the second study suggested that between depletion and enrichement methods, the enriched follicular fluid can improve for some consistent manner, the resolution of 2D-PAGE gels. Our global transcriptomic study revealed a group of genes differentially expressed in follicular cells at different physiological stages. These genes are potentially involved during follicle development in the equine species. The two approaches (proteomic and transcriptomic) that we used in this work are complementary, as the knowledge of genes expressed by follicle cells can help to identify some genes coding for secretory proteins secreted in follicular fluid.

Orientador: Pedro de Magalhães Padilha / Resumo: Este trabalho apresenta os resultados de proteínas associadas ao mercúrio em amostras de tecido muscular e hepático de pirarucu (Arapaima gigas) e piranha preta (Serrasalmus rhombeus) oriundos do complexo hidrelétrico de Jirau, na Bacia do Rio Madeira, região amazônica do Brasil. O proteôma do músculo e fígado dessas espécies foi obtido por eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida (2D PAGE). O mercúrio presente nos spots proteicos foi determinado por espectrometria de absorção atômica em forno de grafite (GFAAS) após mineralização ácida assistida por banho de ultrassom. Os spots proteicos que apresentaram mercúrio foram caracterizados por espectrometria de massas por ionização com eletrospray em sequência (ESI- MS/MS) após digestão tríptica. As determinações GFAAS indicaram que a maior parte do mercúrio está ligada a fração proteica com massa molar (Mm) inferior a 90 kDa. As concentrações de mercúrio nos spots apresentaram-se na faixa de 4,07 – 164,63 µg g-1 no tecido muscular de pirarucu; 0,86 – 25,34 µg g-1 no tecido hepático de pirarucu; 7,67 – 156,18 µg g-1 no tecido muscular de piranha preta e 2,17 – 31,42 µg g-1 no tecido hepático de piranha preta. A análise por ESI-MS/MS permitiu caracterizar em dezenove spots proteicos as seguintes proteínas e/ou enzimas: Triosephosphate isomerase, Fructose-bisphosphate aldolase, Ckmb protein,, Cofilin 2 (Muscle), Actin_ alpha_ cardiac muscle 1a, Actin_ alpha 1_ skeletal muscle, Novel protein similar to zebrafish hemoglobin... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Doutor

A mandioca (Manihot esculenta Crantz) é uma das principais culturas do mundo, havendo grande variabilidade genética. As variedades são classificadas com base na palatabilidade e toxicidade das raízes, em mansas ou doces e bravas ou amargas. Apesar da importância, o potencial da mandioca é pouco explorado, não sendo conhecidos, em nível molecular, os elementos determinantes para as suas características. Assim, pretendeu-se identificar, empregando a 2D-PAGE, proteínas que possam estar associadas com as diferenças físico-químicas das raízes tuberosas de variedades de mesa (IAC 576-70 e IAC 06-01), indústria (Cigana Preta, IAC 12 e IAC 90) e de uso misto (Vassourinha Paulista). Após extração de proteínas e separação por 2D-PAGE, as imagens dos géis foram analisadas no programa Delta2D (DECODON), sendo realizada análise estatística utilizando-se ANOVA (p<0,01), Heat Map e Análises de Componentes Principais (ACP) e de Agrupamentos. Os 146 spots de interesse foram removidos dos géis e suas proteínas digeridas e sequenciadas por espectrometria de massas. Algumas proteínas refletiram as características fenotípicas das variedades em estudo, especialmente entre as de mesa e indústria. Pela ACP, foram explicados 54,54% da variabilidade entre as amostras. A primeira componente separou as variedades exclusivamente de mesa de todas as demais, enquanto a segunda separou a IAC 90 de todas as outras, sendo esta caracterizada por um perfil proteico diferente das demais amostras de uso industrial. A IAC 576-70 e a IAC 12 apresentaram alta correlação positiva, assim como, a Vassourinha e a Cigana. A Análise de Agrupamentos corroborou as informações da ACP, revelando que o proteoma das raízes tuberosas refletiu diferenças fenotípicas entre as variedades. / Cassava (Manihot esculenta Crantz) is a main crop with large genetic variability. The varieties are classified according palatability and toxicity of the roots as sweet or bitter cassavas. Despite its importance, little is known about the molecular basis of phenotypic characteristics. Therefore, this study aimed to identify proteins associated to the differences between the sweet (\'IAC 576-70\' e \'IAC 06-01\'), bitter (\'Cigana Preta\', \'IAC 12\' e \'IAC 90\') and the mixed-use (\'Vassourinha Paulista\') varieties by 2D-PAGE. After the protein extraction and separation by 2D-PAGE, the gel images were analyzed through the software Delta 2D (DECODON), and the statistical analysis were performed with ANOVA (p<0,01), Heat Map, Principal Component Analysis (PCA) and Cluster Analysis. The 146 significant spots were removed from the gels, digested and sequenced by mass spectrometry. Some proteins were related to the physico-chemical characteristics of the varieties, especially between the sweet and the bitter. Variability of the samples was explained at the level of 54,54% by the PCA. The first component separated the sweet varieties from all others while the second one separated the \'IAC 90\' from all others. This variety was characterized by a different protein profile among the bitter cassavas. The \'IAC 576-70\' and the \'IAC 12\' were positively correlated, as well as, \'Vassourinha\' and the \'Cigana\'. Cluster Analysis agreed the PCA information, revealing that the proteomes of the tuberous roots reflected phenotypic differences among the varieties.

Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2016-11-30T18:10:51Z No. of bitstreams: 1 MARIA ROSA CERBINO.pdf: 2627014 bytes, checksum: 98680184bb60e636de01507e3f1eeec4 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-11-30T18:10:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 MARIA ROSA CERBINO.pdf: 2627014 bytes, checksum: 98680184bb60e636de01507e3f1eeec4 (MD5) Previous issue date: 2016-04-12 / Mercury is a potentially toxic element with a wide distribution on the Amazonian environment. This metal is dangerous and responsible for environmental contaminations and human intoxications as it is capable to biomagnifications and bioaccumulate throughout the food chains becoming the main way of exposing the riverine Amazonian communities to methylmercury to whom the main diet is fish. Therefore, studies related to mercury toxicity are of fundamental importance to health and life quality of the Amazonian communities. This study aimed to detect and evaluate possible proteic biomarkers of mercury toxicity in samples of human milk collected in riverine populations of Madeira and Negro rivers in the Brazilian Amazon. Initially total mercury was determined in the hair of breast feeding women to identify who were contaminated with mercury followed by the obtaining of the proteome of milk samples by two-dimensional electrophoresis (2D PAGE) after precipitation of proteins in half acetone. On the proteic spots obtained in the process of protein fractionation of milk samples, detection of mercury was carried out by atomic absorption spectrometry in graphite furnace(GFAAS), where the results showed that mercury was bonded in proteins of molecular weight around 14-26 kDa. The concentration determination of total mercury by GFAAS was also carried out with milk in natura, lyophilized milk and the proteic pellets aiming a mass balance of mercury related to the concentration of this element on milk and pellets. The measurements of mass balance permitted to observe that, in relation to the milk samples from Madeira River, about 85 to 95%of the mercury present in the lyophilized milk is on the proteic fraction. In relation to the breastfeeding women of the Negro River, about 50% of the total mercury is bound in the proteic fraction and the difference of 51% might be bound to the lipidic fraction. However, more studies in this line of research need to be pursued to achieve more robust conclusions. / O mercúrio é um elemento potencialmente tóxico com ampla distribuição no ambiente amazônico. Este metal é perigoso e responsável por contaminações ambientais e intoxicações humanas, já que é capaz de biomagnificar e bioacumular através das cadeias alimentares, tornando-se assim a principal via de exposição às comunidades amazônicas ribeirinhas do metilmercúrio, cuja dieta é baseada em peixes. Sendo assim estudos relacionados à toxicidade do mercúrio são de fundamental importância para a saúde e a qualidade de vida das comunidades amazônicas. Este estudo buscou detectar e avaliar possíveis biomarcadores proteicos da toxicidade do mercúrio em amostras de leite materno coletadas de populações ribeirinhas do rio Madeira e do rio Negro, na Amazônia brasileira. Inicialmente, determinou-se mercúrio total no cabelo das lactantes para identificar quais estavam contaminadas com mercúrio, em seguida obteve-se o proteoma das amostras de leite por eletroforese bidimensional (2D-PAGE) após precipitação das proteínas em meio acetônico. Nos spotsproteicos obtidos no processo de fracionamento das proteínas, nas amostras leite, foram feitas determinações de mercúrio por espectrometria de absorção atômica em forno de grafite (GFAAS), onde os resultados mostraram que o mercúrio se encontra ligado em proteínas de massa molecular na faixa de 14-26 kDa. A determinação da concentração de mercúrio total por GFAAS foi feita também no leite in natura, leite liofilizado e nos pelletsproteicos, com o objetivo de se fazer um balanço de massa de mercúrio em relação à concentração deste elemento no leite e pellets. As medidas de balanço de massa permitiram observar que, em relação às amostras de leite do rio Madeira, cerca de 85 a 95% do mercúrio presente no leite liofilizado encontrase na fração proteica. Em relação às lactantes do rio Negro, cerca de 50% do mercúrio total está ligado na fração proteica e a diferença de 51% pode estar ligado na fração lipídica. Contudo, mais estudos nesta linha de pesquisa devem ser desenvolvidos, para que se possam ter conclusões mais robustas.

A mandioca (Manihot esculenta Crantz) é uma das principais culturas do mundo, havendo grande variabilidade genética. As variedades são classificadas com base na palatabilidade e toxicidade das raízes, em mansas ou doces e bravas ou amargas. Apesar da importância, o potencial da mandioca é pouco explorado, não sendo conhecidos, em nível molecular, os elementos determinantes para as suas características. Assim, pretendeu-se identificar, empregando a 2D-PAGE, proteínas que possam estar associadas com as diferenças físico-químicas das raízes tuberosas de variedades de mesa (IAC 576-70 e IAC 06-01), indústria (Cigana Preta, IAC 12 e IAC 90) e de uso misto (Vassourinha Paulista). Após extração de proteínas e separação por 2D-PAGE, as imagens dos géis foram analisadas no programa Delta2D (DECODON), sendo realizada análise estatística utilizando-se ANOVA (p<0,01), Heat Map e Análises de Componentes Principais (ACP) e de Agrupamentos. Os 146 spots de interesse foram removidos dos géis e suas proteínas digeridas e sequenciadas por espectrometria de massas. Algumas proteínas refletiram as características fenotípicas das variedades em estudo, especialmente entre as de mesa e indústria. Pela ACP, foram explicados 54,54% da variabilidade entre as amostras. A primeira componente separou as variedades exclusivamente de mesa de todas as demais, enquanto a segunda separou a IAC 90 de todas as outras, sendo esta caracterizada por um perfil proteico diferente das demais amostras de uso industrial. A IAC 576-70 e a IAC 12 apresentaram alta correlação positiva, assim como, a Vassourinha e a Cigana. A Análise de Agrupamentos corroborou as informações da ACP, revelando que o proteoma das raízes tuberosas refletiu diferenças fenotípicas entre as variedades. / Cassava (Manihot esculenta Crantz) is a main crop with large genetic variability. The varieties are classified according palatability and toxicity of the roots as sweet or bitter cassavas. Despite its importance, little is known about the molecular basis of phenotypic characteristics. Therefore, this study aimed to identify proteins associated to the differences between the sweet (\'IAC 576-70\' e \'IAC 06-01\'), bitter (\'Cigana Preta\', \'IAC 12\' e \'IAC 90\') and the mixed-use (\'Vassourinha Paulista\') varieties by 2D-PAGE. After the protein extraction and separation by 2D-PAGE, the gel images were analyzed through the software Delta 2D (DECODON), and the statistical analysis were performed with ANOVA (p<0,01), Heat Map, Principal Component Analysis (PCA) and Cluster Analysis. The 146 significant spots were removed from the gels, digested and sequenced by mass spectrometry. Some proteins were related to the physico-chemical characteristics of the varieties, especially between the sweet and the bitter. Variability of the samples was explained at the level of 54,54% by the PCA. The first component separated the sweet varieties from all others while the second one separated the \'IAC 90\' from all others. This variety was characterized by a different protein profile among the bitter cassavas. The \'IAC 576-70\' and the \'IAC 12\' were positively correlated, as well as, \'Vassourinha\' and the \'Cigana\'. Cluster Analysis agreed the PCA information, revealing that the proteomes of the tuberous roots reflected phenotypic differences among the varieties.

Medical diagnosis is the process of attempting to determine and/or identify a possible disease or disorder. This process is revealed by biomarkers, defined by The Food and Drug Administration (FDA) as “characteristics that are objectively measured and evaluated as indicators of normal biologic processes, pathogenic processes, or pharmacologic responses to a therapeutic intervention”. The process of biomarker discovery has been boosted in the last years by proteomics, a research discipline that takes a snapshot of the entire wealth of proteins in an organism/ tissue/ cell/ body fluid. An implementation of the analysis methods can help in isolate proteins present in the low range of concentrations, such as biomarkers very often are. An established biomarker can further be measured with the help of biosensors, devices that can be employed in the point-of care diagnostics. This PhD thesis shows and discusses the results of three projects in the field of protein biomarkers discovery and quantification. The first project exploited proteomics techniques to find relevant protein markers for Intrauterine Growth Restriction (IUGR) in cordonal blood serum (UCS) and amniotic fluid (AF). A 14 proteins in UCS and 11 in AF were successfully identified and found to be differentially expressed. Molecularly Imprinted Polymers (MIPs) directed towards proteins and peptides containing phosphotyrosine were then produced, with the final goal of selectively extracting phosphopeptides from a peptide mixture. An alteration of the phosphorylation pattern is in fact often associated to important diseases such as cancer. The polymers were produced as nanoparticles, that were characterised with Dynamic Light Scattering (DLS) and Atomic Force Microscopy (AFM). A recipe was also tested for binding capacity towards phosphotyrosine. A Surface Plasmon Resonance (SPR) biosensor to quantify hepcidin hormone was finally produced. This is the major subject in iron homeostasis in vertebrates and marker of iron unbalance diseases. A calibration curve was made and affinity/kinetic parameters for the ligand employed were measured.

Orientador: Pedro de Magalhães Padilha / Resumo: Devido a sua grande concentração de nutrientes, tais como proteínas, vitaminas e minerais, o peixe é considerado um dos alimentos mais saudáveis que se pode encontrar na natureza. No entanto, a ingestão de peixes é considerada a forma predominante de via de exposição do ser humano ao mercúrio (Hg), principalmente para as populações que vivem às margens dos rios, onde o peixe constitui a principal fonte de proteína. Na tentativa de elucidar os mecanismos de toxicidade das espécies mercuriais, o teor desse metal tem sido estudado intensamente pela comunidade científica nas últimas décadas em amostras de solo, sedimentos, humanos e peixes na Amazônia brasileira. Sabe-se que as espécies mercuriais bioacumuladas nos tecidos dos seres vivos ligam-se a metaloproteínas, e quando há uma concentração alta de metal tóxico nos organismos, esses passam a expressar proteínas de defesa, denominadas metalotioneínas (MTs) responsáveis pelo transporte e eliminação de metais tóxicos. Apesar de estudos mostrarem o aumento das metalotioneínas em animais expostos a metais potencialmente tóxicos, essas proteínas não foram caracterizadas para confirmação de sua veridicidade, são analisadas por métodos indiretos, esse fato leva a necessidade de técnicas mais precisas na identificação de metalotioneínas. Levando em consideração o exposto esse estudo teve como objetivo otimizar métodos de quantificação de mercúrio e técnica de eletroforese para identificação de possíveis metalotioneínas biomarcadoras d... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Due to its high concentration of nutrients, such as proteins, vitamins and minerals, fish is considered one of the healthiest foods that one can find in nature. However, fish intake is considered to be the predominant human exposure pathway to mercury (Hg), especially for populations living along riverbanks where fish are the main source of protein. In the attempt to elucidate the toxicity mechanisms of mercurial species, the content of this metal has been intensively studied by the scientific community in recent decades in soil, sediment, human and fish samples in the Brazilian Amazon. It is known that mercurial species bioaccumulated in the tissues of living beings bind to metalloproteins, and when there is a high concentration of toxic metal in organisms, they begin to express defense proteins, called metallothioneins (MTs) responsible for the transport and elimination of Toxic metals. Although studies have shown the increase of metallothioneins in animals exposed to potentially toxic metals, these proteins have not been characterized to confirm their veridicity, are analyzed by indirect methods, this fact leads to the need for more precise techniques in the identification of metallothioneins. Taking into account the above, this study aimed to optimize mercury quantification methods and electrophoresis technique for identification of possible mercury biomarkers metallothionein in muscular and hepatic tissue of fish of economic interest, Tucunaré (Cichla spp.), Filhote (Bra... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:07:42Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo785_1.pdf: 5265393 bytes, checksum: 53f0041ef3eeb76392e1850d05f10e31 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / O aumento da produção de cana-de-açúcar, decorrente da crescente demanda por etanol e biocombustíveis, implica na necessidade de obter variedades mais produtivas e adaptadas a fatores ambientais limitantes, como a seca. Assim, torna-se necessário o conhecimento dos genes e proteínas cuja expressão pode ser útil ao melhoramento genético. Este trabalho objetivou a identificação de peptídeos produzidos diferencialmente em resposta potencial ao estresse hídrico nos híbridos comerciais: RB867515 (tolerante à seca) e RB72454 (sensível à seca), através de análise proteômica. Proteínas totais de folha e entrenó imaturo das variedades sob irrigação ou seca foram separadas por 2D-PAGE e analisadas via espectrometria de massas. Foram identificadas várias proteínas associadas a mecanismos de resposta ao estresse hídrico, entre elas: proteínas associadas à regulação da transcrição (proteína de ligação ao RNA rica em glicina) e à tradução (fator de enlongação 1 alfa e proteína ribossômica 60S L30); componentes estruturais (histona H2A.2.2); proteínas relacionadas aos componentes do citoesqueleto (fator de despolimerização da actina 3); quinases (nucleosídeo-difosfato quinase I); enzimas envolvidas no metabolismo da glicose (gliceraldeído-3-fosfato desidrogenase, citossólica); várias proteínas do choque térmico (HSP70kDa, 17.5kDa classe II, 81-1 e 18.0kDa); e proteínas associadas à fotossíntese (complexo de evolução do oxigênio 1-1; subunidade N do centro de reação do FSI). Estas proteínas podem ser úteis como alvos potenciais para o melhoramento genético e desenvolvimento de marcadores funcionais para seleção de genótipos de cana-de-açúcar tolerantes à seca

O líquido folicular é o microambiente do oócito durante sua maturação in vivo que é, em parte constituído por exsudato do soro sanguíneo e por substâncias produzidas localmente, que estão relacionados com a atividade metabólica das células ovarianas. Tais substâncias podem ser essenciais para a proliferação e diferenciação das células somáticas bem como na maturação e posterior fertilização de um oócito competente. A busca por biomarcadores capazes de predizer a saúde de um folículo ou a capacidade do oócito em se tornar um embrião saudável é objeto de estudo na medicina reprodutiva humana e veterinária. Para tanto é essencial o conhecimento a nível molecular dos constituintes do liquido folicular e suas funções. O objetivo do presente estudo foi avaliar o perfil proteico do líquido folicular de éguas submetidas à indução de ovulação, com dois diferentes protocolos usuais na prática clínica, utilizando eletroforese bidimensional em gel de poliacrilamida. Para tanto 19 amostras de liquido folicular de éguas que tiveram sua ovulação induzida por dois diferentes protocolos (1000UI hCG IV, Grupo H, ou 1000UI hCG IV + 1,5mg de acetato de deslorelina IM, Grupo H + G) foram submetidos a eletroforese 2D e posterior análise dos géis no PDQuest. Os valores de proteína total foram significativamente diferente nos Grupo H e Grupo H+G, 63,97 ± 6,97 e 73,07 ± 6,42, respectivamente. O número máximo de spots em um mesmo gel foi de 157 e o mínimo de 34, com média de 90 spots para o Grupo H e 83 spots para o Grupo H+G. Os 19 géis foram avaliados e a porcentagem máxima de spots relacionados foi de 52% e a mínima de 0%. Com média de 37,8% de similaridade entre spots para o Grupo H e 22% para o Grupo H+G. Estes resultados são de grande importância devido à escassez de trabalhos com proteômica de liquido folicular de éguas induzidas a ovulação e demonstram que a associação entre hCG e acetato de deslorelina aumenta a concentração de proteínas no líquido folicular em folículos pré-ovulatórios (>35 mm). / Follicular fluid is the oocyte microenvironment during its in vivo maturation. It is partly composed by blood serum exudate, and also by locally produced substances, related to ovarian cells metabolic activity. These substances may be essential for somatic cells proliferation and differentiation, as well as on the oocyte maturation and fertilization. The search for biomarkers able to predict oocyte ability to grow into a healthy embryo are targets on human and veterinary reproductive medicine. It is essential to know the components of follicular fluid and their functions. The aim of the present study was to evaluate protein profile of the follicular fluid in mares with inducted ovulation, in two different protocols, using 2D electrophoresis in polyacrylamide gel. 19 follicular fluid samples from mares in which ovulation induction was performed with two different protocols (1000UI hCG IV or 1000UI hCG IV + 1,5mg deslorelin acetate IM), submitted to 2D electrophoresis, and gel analysis on PDQuest. Total protein values were significantly different in Group H and Group H+G, 63,97 ± 6,97 and 73,07 ± 6,42, respectively. The highest number of spots on a same gel was 157 and the minimum was 34, with a mean of 90 spots to Group H and 83 spots for Group H+G. All of the19 gels were evaluated according to MasterGel and the highest percent of related spots was 52% and the lowest, 0%, with mean similarity between spots 37,8% to Group H and 22% to Group H+G. These results are of great importance, due to lack of works on follicular fluid proteomics using fluid from mares with induced ovulation, and demonstrate that the association hCG + deslorelin acetate increase proteins concentration on pre-ovulatory follicles fluid.

Enterohepatic Helicobacter species (EHS) are emerging infectious disease agents. Infection of the enterohepatobiliary tract of several mammals by this group of bacteria results in various pathological disorders. The availability of the Helicobacter hepaticus sequenced and annotated genome, allowed molecular characterisation of the responses of H. hepaticus to host factors such as bile. The adaptation/responses of the bacterium to bovine, porcine and human bile were investigated using proteomics and transcriptomics. Ninety-one different proteins were identified in the responses of H. hepaticus response to the three types of bile. These proteins participate in several key cellular processes including DNA replication; protein transcription, translation and folding; oxidative stress response; motility; virulence; and metabolism. In particular, the bacteria deployed several strategies such as inhibition of the TCA cycle and the electron transport chain as well as iron sequestration to ensure control of the levels of hydroxyl radicals. The results of this study revealed also the modulation by bile of the expression of H. hepaticus genes involved in response to oxidative stress and virulence. The responses of human HEp-2 and Huh7-derived cell-lines to H. hepaticus and Helicobacter bilis, respectively, were investigated employing proteomics and transcriptomics. One-hundred and twenty different proteins were differentially expressed in the responses of the human cells to the presence of Helicobacter spp. in the cell cultures. These proteins are involved in regulation of cell proliferation and structure; metabolism; protein transcription, translation and modification; stress response; and tumour induction. For example, in co-cultures of Huh7-derived cells and H. bilis, the activation of several mitochondrial and endoplasmic reticulum stress-related proteins and the dysregulation of several apoptosis effectors were suggested as mechanisms that could result in the death of the liver cells. Importantly, the differential expression of several tumour-related proteins by the Huh7 cells supported a possible role for Helicobacter spp. in liver cancer.