Orientador: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Regina Maria Barretto Cicarelli / Banca: Cintia Fridman / Banca: Rogério Nogueira de Oliveira / Banca: Gustavo Chemale / Banca: João Aristeu da Rosa / Resumo: A identificação humana por meio da análise de DNA utiliza o perfil genético de um indivíduo baseado na combinação de diversos marcadores que são herdados de seus progenitores. Estes marcadores são geralmente diferenças nas sequências de DNA nuclear entre os indivíduos (polimorfismos). Em alguns casos, entretanto, a análise do DNA nuclear não pode ser aplicada. Isso ocorre quando o DNA da amostra apresenta-se degradado ou em casos onde o material biológico não apresenta o DNA nuclear. Nestes casos, a análise do DNA mitocondrial (DNA mt) é o método de escolha. Entretanto, em um mesmo indivíduo podem existir populações de DNA mt diferentes, fenômeno denominado heteroplasmia. Este trabalho teve como objetivo o estudo de polimorfismos presentes no DNA mt de indivíduos residentes na Grande São Paulo para aplicação na Identificação Humana. Para isso, foi sequenciada toda a região hipervariável do DNA mt de 160 indivíduos. Além disso, o SNP 3010 foi analisado por discriminação alélica (PCR em tempo real) para estudo do aumento do poder discriminatório quando os indivíduos não puderam ser diferenciados pela análise da região hipervariável. Foi desenvolvido, também, uma reação de SNaPshot em multiplex contendo 42 SNPs que permitiram a classificação das amostras em haplogrupos do DNA mt. Por fim, foram analisadas 100 amostras de cabelo dos mesmos indivíduos para o estudo da frequência de heteroplasmia na região HV3 do DNA mt. De um total de 160 amostras, 144 haplótipos diferentes foram encontrados quando analisamos toda a região hipervariável do DNA mt; 131 haplótipos foram únicos. O SNP 3010 foi suficientemente discriminatório para conseguir distinguir indivíduos que apresentavam o mesmo haplótipo em dois dos treze casos que apresentavam mais de um indivíduo com o mesmo haplótipo / Abstract: The human identification by DNA analysis uses the genetic profile of an individual based on the combination of diverse markers that are inherited of its ancestors. These markers are generally differences in sequences of nuclear DNA between individuals (polymorphisms). In some cases, however, the analysis of the nuclear DNA cannot be applied. It occurs when the DNA sample is degraded or in cases which the biological material does not content nuclear DNA. In these cases, the mitochondrial DNA (mtDNA) analysis is the choice method. However, inside one individual can exist different mtDNA populations, phenomenon called heteroplasmy. The aim of this work was to study mtDNA polymorphisms in individuals residents in São Paulo metropolitan area for application in Human Identification. For this, we have sequenced the entire hypervariable region of mtDNA for 160 individuals. Furthermore, the SNP 3010 was analyzed by allelic discrimination (Real-Time PCR) to study the increase of the discriminatory power when individuals could not be differentiated by analysis of the hypervariable region. It was developed also, a SNaPshot multiplex reaction containing 42 SNPs that allowed the classification of samples in mtDNA haplogroups. Finally, 100 hair samples, from the same individuals, were analyzed for the study of heteroplasmy frequency in the HV3 region of mtDNA. Among 160 samples, 144 different haplotypes were found when the entire hypervariable region of mtDNA was analyzed; 131 haplotypes were unique. The SNP 3010 SNP was able to distinguish individuals who had the same haplotype in two of thirteen cases with more than one individual with the same haplotype. Our population was classified in 46.6% of African, 27.3% of European, 25.5% of Native American and 0.6% Asian origin using the SNaPshot panel of 42 SNPs in multiplex / Doutor

Orientador: Ana Maria Soares Pereira / Coorientador: Bianca Waléria Bertoni / Banca: Filipe Pereira Giardini Bonfim / Banca: Sonia Marli Zingaretti / Banca: Marcia Ortiz Mayo Marques / Banca: Juliana da Silva Coppede / Resumo: Uncaria tomentosa Willd. ex Roem. & Schult. e Uncaria guianensis Gmell. são plantas medicinais nativas da Amazônia, utilizadas na medicina tradicional com ação anti-inflamatória, sofrem pressão antrópica como o desmatamento e extrativismo predatório para uso e necessitam de cuidados em relação à conservação. U. tomentosa é uma das plantas medicinais que compõe a lista da relação nacional de medicamentos essenciais (RENAME) disponibilizada pelo Ministério da Saúde para os municípios brasileiros, através do Sistema Único de Saúde (SUS) e a U. guianensis apesar de não estar nesta lista apresenta também alcaloides oxindólicos pentacíclicos, como marcadores químicos, sendo utilizada popularmente como anti-inflamatória e sua ocorrência na natureza é maior quando comparada à U. tomentosa. Os objetivos desse trabalho foram avaliar a diversidade genética e química entre os indivíduos de U. tomentosa e U. guianensis por marcador molecular SRAP (Sequence-Related Amplifield Polymosphism) e quantificar os alcaloides oxindólicos pentacíclicos mitrafilina e isomitrafilina em folhas por HPLC. A coleta do material foi feita nos estados do Acre, Amazonas, Amapá e Pará. Para ambas as espécies foram coletadas oito populações, em municípios distintos com 20 indivíduos cada. A genotipagem de U. tomentosa foi realizada utilizando três combinações de primers e os fragmentos submetidos à eletroforese em gel de poliacrilamida. A genotipagem de U. guianensis foi realizada usando quatro combinações de primers e os fragmentos analisados no equipamento 4300 DNA Analyser LI-COR®. A quantificação dos alcaloides oxindólicos pentacíclicos mitrafilina e isomitrafilina foi realizada de acordo com método já descrito na literatura com algumas modificações. Nas populações avaliadas de U. tomentosa a variabilidade genética foi maior dentro (75%) das populações do que entre ... / Abstract: Uncaria tomentosa Willd. ex Roem. & Schult. and Uncaria guianensis Gmell. are medicinal plants natives from Amazonia state, used in the ocidental medicine for its anti-inflammatory effect, which are suffering from the actions of mankind by deforestation and predatory extraction, requesting care for their conservation. U. tomentosa is one of the medicinal plants that make up the national ratio of the list of essential drugs (RENAME) made available by the Ministry of Health to the municipalities through the Unified Health System (SUS) and U. guianensis although this is not list also features pentacyclic oxindole alkaloids, as markers, being popularly used as anti-inflammatory and its occurrence in nature is higher compared to U. tomentosa. The objectives of the present study were to evaluate the chemical and genetical diversity between individuals of U. tomentosa and U. guianensis by molecular marker SRAP (Sequence-Related Amplifield Polymosphism) and quantify pentacyclic oxindolic alkaloides mitraphylline and isomitraphylline in leaves via HPLC. Samples were collected in the states of Acre, Amazonas, Amapá and Pará. For both species, 20 samples were collected from each of the eight populations coming from different locations. The genotyping of U. tomentosa was realized by using the combination of three primers and the fractions submitted to an electrophoresis in acrylamide gel. The genotyping of U. guianensis was realized by using the combination of four primers and the fractions analyzed with a 4300 DNA Analyser LICOR®. The quantification of pentacyclic oxindole alkaloides mitraphylline and isomitraphylline were realized by using the existing method with some modifications. The U. tomentosa populations showed higher genetic variability inside the same population(75%) than between different populations (25%). The value of Fst was 0,246, showing that the populations are following the Island Model ... / Doutor

Orientador: Fábio Porto-Foresti / Coorientador: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Orlando Moreira Filho / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Banca: Daniela Cristina Ferreira / Banca: Patricia Elda Sobrinho Scudeler / Resumo: Dentre os peixes da região Neotropical, temos a família Characidae, cujo gênero Astyanax é o mais comum e diversificado, contando com 141 espécies validadas. Estudos com diversas espécies do grupo têm demonstrado um dinamismo populacional particular, que leva à formação de populações geneticamente muito variáveis, além da ocorrência de cromossomos B, que neste gênero apresentam intensos polimorfismos. Estes cromossomos são classificados como elementos adicionais e dispensáveis, e estão presentes em plantas, fungos e animais, de diferentes morfologias e frequência variada. Frente a isso, foram analisadas seis populações distintas de Astyanax bockmanni coletadas nas bacias do rio Tietê e Paranapanema, além de exemplares das espécies A. fasciatus e A. paranae portadores de cromossomos supranumerários. Os estudos se basearam em técnicas citogenéticas clássicas (coloração com Giemsa, impregnação com nitrato de Prata, e bandamento C) e moleculares (hibridação in situ fluorescente e Zoo-FISH, por meio de sondas de DNAr 5S e 18S; genes para as histonas H1, H3; e elementos transponíveis Rex1, Rex3 e Rex6). Também realizamos a microdissecção, amplificação, marcação e hibridação de uma sonda B-específica do cromossomo B acrocêntrico de A. bockmanni, nomeada Babock. Os resultados indicaram que todos os exemplares de A. bockmanni e A. paranae apresentaram de 2n=50 cromossomos. Já A. fasciatus evidenciou 2n=46 cromossomos padrão. Todos os cariótipos das três espécies foram constituídos de cromossomos dos tipos metacêntricos, submetacêntricos, subtelocêntricos e acrocêntricos. Na espécie A. bockmanni (população Alambari), foram observados microcromossomos B acro e metacêntricos. Supranumerários meta, acro e subtelocêntricos observados na espécie A. fasciatus, e cromossomos B do tipo metacêntricos em A. paranae. As seis populações de A. bockmanni apresentaram divergências da heterocromatina ... / Abstract: Among the fish of the Neotropical region, we have the Characidae family whose genus Astyanax is the most common and diverse, with 141 species validated. Studies with several species of the group have shown a particular population dynamics, leading to the formation of genetically variable populations, besides the occurrence of B chromosomes, which in this genus exhibit intense polymorphisms. These chromosomes are classified as additional elements dispensable, and are present in plants, fungi and animals of varying frequencies and morphologies. So, six distinct populations of Astyanax bockmanni collected in the basins of the Tietê and Paranapanema were analyzed, beyond samples of the species A. fasciatus and A. paranae carriers of supernumerary chromosomes. The studies were based on classical cytogenetic techniques (Giemsa staining, impregnation with silver nitrate, and C-banding), and molecular (fluorescence in situ hybridization FISH and animal by means of 18S and 5S rRNA probes; genes for histones H1, H3, and transposable elements Rex1, Rex3 and Rex6). We also performed microdissection, amplification, marking and hybridization of a B-specific probe acrocentric B chromosome of A. bockmanni, named Babock. The results indicated that all specimens of A. bockmanni and A. paranae presented 2n=50 chromosomes. A. fasciatus showed 2n=46 chromosomes default. All karyotypes of the three species were made up of chromosomes metacentric, submetacentric, subtelocentric and acrocentric types. The species A. bockmanni (Alambari population) were observed B microchromosomes metacentric and acro Supernumerary, were acro and subtelocentric observed in the species A. fasciatus, and the metacentric B chromosomes in type A. paranae. The six populations of A. bockmanni showed differences in the constitutive heterochromatin and multiple NOR except the population Capivara river, which indicated a simple NOR system. Additionally, the 18S rRNA gene revealed ... / Mestre

Orientador: Maria Rita Marques de Oliveira / Banca: Thais Borges César / Banca: Thabata Koester Weber / Banca: Celso Vieira de Souza Leite / Banca: Emília Alonso Balthazar / Resumo: A obesidade tem se configurado como um dos principais problemas de saúde pública da atualidade. É resultante de uma complexa interação entre fatores genéticos, ambientais e metabólicos, o que torna desafiador o seu tratamento. A cirurgia vem se apresentando como uma opção eficaz ao controle do problema, por promover modificações anatômicas e hormonais que levam à redução da ingestão energética e, consequentemente, perda de peso, melhoria da qualidade de vida e das comorbidades. O seu resultado em termos de redução do peso corporal depende de uma série de fatores intrínsecos e extrínsecos ao paciente, nem sempre conhecidos. Os polimorfismos genéticos estão entre os fatores que necessitam ser explorados, visto que em muitos estudos têm sido mostrada a contribuição genética para a patogênese da obesidade, a qual, em teoria, também poderia influenciar os resultados da perda de peso pós-cirúrgica. Diante do exposto, o presente trabalho teve como objetivo geral avaliar o resultado da Derivação Gástrica em Y de Roux (DGYR) em mulheres, quanto ao peso corporal e à resolução do diabetes mellitus tipo 2 (DM2) e hipertensão arterial sistêmica (HAS), em associação ao efeito de polimorfismos genéticos (GHRL rs26802; GHSR rs572169; LEP rs7799039; LEPR rs1137101; 5-HT2C rs3813929; UCP2 rs659366; UCP2 rs660339; UCP3 rs1800849; SH2B1 rs7498665; TAS1R2 rs35874116; TAS1R2 rs9701796; FTO rs9939609) e ao consumo de energia e macronutrientes após um ano do tratamento cirúrgico. Os resultados do trabalho mostraram que em relação à perda de peso, o índice de massa corporal pré-cirúrgico e a presença do genótipo AA do gene FTO foram determinantes do resultado da cirurgia sobre o peso corporal. Em análise para identificação de potenciais polimorfismos preditores da perda de peso pós-cirurgia encontrou-se relação com o polimorfismo do gene 5-HT2C. Em... / Abstract: Obesity is one of the main public health problems today. It results from a complex interaction between genetic, environmental, and metabolic factors, making its treatment challenging. Surgery is proving to be an effective option for controlling the problem as it promotes anatomic and hormonal changes that reduce energy intake and consequently, promote weight loss and better quality of life and improve comorbidities. Weight loss depends on a series of factors intrinsic and extrinsic to the patient, not always known. Genetic polymorphisms are among the factors that need to be explored because many studies have shown how genes contribute to the pathogenesis of obesity, which theoretically could also affect weight loss after surgery. Considering the above, the general objective of the present study was to assess the effects of roux-en-Y gastric bypass (RYGB) on weight loss and resolution of diabetes type 2 (DM2) and high blood pressure (HBP) in women, and whether the said effects are associated with the genetic polymorphisms (GHRL rs26802; GHSR rs572169; LEP rs7799039; LEPR rs1137101; 5-HT2C rs3813929; UCP2 rs659366; UCP2 rs660339; UCP3 rs1800849; SH2B1 rs7498665; TAS1R2 rs35874116; TAS1R2 rs9701796; FTO rs9939609) and energy and macronutrient intakes one year after surgery. The results show that the effect of surgery on weight loss was determined by preoperative body mass index and the presence of the genotype AA of the gene FTO. Analysis of the potential polymorphisms that could predict postoperative weight loss found a relationship between weight loss and gene 5-HT2C polymorphism. Surgery controlled DM2 and HBP in 87% and 99% of the women, respectively. The prevalence of preoperative DM2 was influenced by polymorphisms of the genes 5-HT2C and UCP3. None of the study polymorphisms were associated with energy and macronutrient intakes one year after surgery. In conclusion, the ... / Doutor

Orientador: Gilbert Bannach / Banca: Massao Ionashiro / Banca: Alexandre de Oliveira Legendre / Resumo: Neste trabalho foi realizado o estudo do comportamento térmico e a caracterização de formas cristalinas dos anti-hipertensivos atenolol, besilato de anlodipino e meleato de enalapril. A caracterização dos compostos foi realizada através do emprego das técnicas de termogravimetria e calorimetria exploratória diferencial simultânea (TG-DSC), termogravimetria acoplada à espectroscopia na região do infravermelho com transformada de Fourier (TG-FTIR), espectroscopia na região do infravermelho com transformada de Fourier (FTIE) e difratometria de raios X pelo método do pó. A técnica TG-DSC forneceu informações sobre a estabilidade térmica, etapas de decomposição e interações entre o fármaco e o solvente utilizado na obtenção de cristais. As curvas TG-DSC demonstraram que o atenolol possui maior estabilidade e o maleato de enalapril menor estabilidade térmica. No caso das recritalizações, as curvas demonstraram que o atenolol e o maleato de enalapril, ambos em suas formas padrão, apresentaram maior estabilidade térmica quando comparados com seus produtos de recristalização e o besilato de anlodipino quando recistalizado em metanol com tetrahidrofurano (50% v/v), obteve um ganho na estabilidade térmica se comparado com o mesmo na forma padrão. Através da análise das bandas de absorção nos espectros de FTIR e da análise da posição dos picos dos difratogramas de raios X, foi possível verificar que não houve indícios de polimorfismo, exceto pela formação de um solvatomorfo do besilato de anlodipino quando recristalizado em metanol. Os resultados obtidos pelo acoplamento das técnicas de termogravimetria e espectroscopia de absorção na região do infravermelho com transformada de Fourier permitiram analisar os compostos voláteis liberados durante a degradação térmica dos fármacos padrões / Abstract: In this work, it was done a study or the thermal behaviour and the characterization of the crystaline forms of the anthypertensives: atenolol, amlodipine besylate and enalapril maleate. The characterization of the compounds was done by using the simultaneous thermogravimetry and differential scanning calorimetry (TG-DSC), thermogravimetry coupled with the infrared spectroscopy, infrared spectroscopy and X-ray powder diffractrometry. The techique Tg-DSC gave information about the thermal stabilization, decomposition process and interaction between the drug and the solvent, used to obtain crystals. The TG-DSC curves showed that the atenolol has a higher thermal stability and the enalapril maleate, less thermal stability. In the re-cristallization case, the curves showed that the atenolol and the enalapril maleate, both in their standard forms, presented bigger thermal stability, compared to their recrystallization products and the amlopidine besylate, when recrystallized in methanol with tetrahydrofuran (50% v/v) obtained a gain in its thermal stability when compared to itself in the standard form. Through the absorption bands discplacement in the FTIR spectra and of the analysis of the intensity and position of the X-ray powder diffraction peaks, it was possible to verify that there weren't any evidences of polymorphism. The obtained results by the couplind of the techniques of thermogravimetry and infrared spectroscopy permitted to defect of the possible valatile compounds released during the thermal degradation of the drugs standards / Mestre

Orientador: Lourdes Aparecida Martins dos Santos-Pinto / Banca: Raquel Mantuanéli Scarel-Caminaga / Banca: Andréa Gonçalves / Banca: Robson Frederico Cunha / Banca: Hérica Adad Ricci Donato / Resumo: Distúrbios genéticos durante o desenvolvimento dentário influenciam na variação do número e formada dentição. Este é o primeiro estudo a avaliar se a variação genética nos genes da formação do esmalte dentário está associada com a Hipomineralização Molar-Incisivo (HMI), levando também em consideração, a experiência de cárie. Amostras de DNA de 71 casos (com HMI) e 89 controles (não afetados) de Araraquara/SP (Brasil) foram analisadas. Onze marcadores em cinco genes [ameloblastina (AMBN), amelogenina (AMELX), enamelina (ENAM), tuftelina (TUFT1), e proteína 11 interagindo com tuftelina (TFIP11)] foram genotipados pelo método TaqMan. O teste Qui-quadrado foi utilizado para comparar as frequências alélicas e genotípicas entre os grupos caso e controle. A experiência de cárie no grupo HMI também foi avaliada para a associação com a variação genética nos genes da formação do esmalte. Os marcadores rs3796704 (ENAM), rs4694075 (AMBN); rs5997096/rs134136 (TFIP11), foram associados com a HMI (p<0.05). Associações dos marcadores rs5997096/rs134136(TFIP11), rs12640848/rs3796704 (ENAM) e rs17878486 (AMELX) (p<0.05) com a cárie dentária foram observadas. O presente estudo sugere possibilidade de associação entre o esmalte hipomineralizado e variação genética nos genes da formação do esmalte dentário / Abstract: Genetic disturbances during dental development influence variation of number and shape of the dentition. This is the first study that tested if genetic variation in enamel formation genes is associated with molar-incisor hypomineralization (MIH), also taking into consideration caries experience. DNA samples from 71 cases with MIH and 89 unaffected controls from Araraquara/SP (Brazil) were studied. Eleven markers in five genes [ameloblastin (AMBN), amelogenin (AMELX), enamelin (ENAM), tuftelin (TUFT1), and tuftelin-interacting protein 11 (TFIP11)] were genotyped by the TaqMan method. Chi-square was used to compare allele and genotype frequencies between cases with MIH and controls. Distinct caries experience within the MIH group was also tested for association with genetic variation in enamel formation genes. The markers, rs3796704 (ENAM), rs4694075 (AMBN); rs5997096/rs134136 (TFIP11), were associated with MIH (p<0.05). Associations between rs5997096/rs134136 (TFIP11), rs12640848/rs3796704 (ENAM) e rs17878486 (AMELX) (p<0.05) markers could be seen with caries. This study suggests a possible association between hypomineralized enamel and genetic variation in the genes of the enamel formation / Doutor

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Orlando Moreira Filho / Banca: Roberto Ferreira Artoni / Banca: daniela Cristina Ferreira / Banca: Tatiana Aparecida Voltolin / Resumo: Neste estudo, espécimens de Astyanax fasciatus capturados no ribeirão Água de Madalena (bacia do alto rio Paraná) foram analisados citogeneticamente, revelando diferentes números diplóides em indivíduos convivendo em simpatria e sintopia, com números cromossômicos de 46, 48 e 50 cromossomos, sendo identificado ainda um cromossomo B acessório em todos os exemplares portadores da fórmula cariotípica com 46 cromossomos. Os exemplares analisados desta espécie foram submetidos às técnicas citogenéticas básicas de coloração com Giemsa, bandamento C e impregnação por nitrato de Prata e técnicas de citogenética molecular, com marcação por fluorocromos base-específicos, hibridação in situ fluorescente com sondas de DNAr 18S, 5S e As51, com sondas teloméricas (TTAGGG)n e também com a microdissecção cromossômica, que resultou da hibridação in situ fluorescente (FISH) utilizando sondas produzidas a partir dos cromossomos B. A região organizadora de nucléolo (NOR) e os sítios de rDNA 18S e 5S mostraram uma distribuição conservada entre os citótipos 2n=46 e 2n=48 cromossomos, sendo que o citótipo de 2n=50 cromossomos apresentou-se de forma diferente com relação aos sítios de rDNA 18S, os quais se apresentaram localizados em cromossomos diferentes. A distribuição da heterocromatina foi pouco variável entre os três citótipos e a região da NOR mostrou-se CG rica quando submetida ao tratamento com Cromomicina A3. Os resultados obtidos com os marcadores moleculares e de citogenética básica mostraram que parece não ocorrer intercruzamentos envolvendo os exemplares dos diferentes citótipos, uma vez que não foram encontradas fórmulas cromossômicas híbridas entre estes citótipos até o presente. Porém, se estes citótipos compartilham uma série de homologias, como evidenciado na análise dos marcadores cromossômicos, também são encontradas diferenças... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: In this study, specimens of Astyanax fasciatus were collected at Água da Madalena stream (Botucatu, São Paulo, Brazil) and analyzed cytogenetically, revealing different diploid numbers of individuals living in sympatry and sintopy with chromosome numbers of 46, 48 and 50 chromosomes, still being identified a chromosome B accessory on all copies bearing the karyotype formula with 46 chromosomes. The specimens of this species analyzed were submitted to cytogenetic techniques basic of Giemsa staining, C-banding and Silver nitrate impregnation and molecular cytogenetic techniques, marked by base-specific fluorochromes, fluorescence in situ hybridization with probes 18S rDNA and 5S As51, telomeric probe (TTAGGG)n and also with the chromosome microdissection, resulting in fluorescence in situ hybridization (FISH) using probes generated from chromosome B. The nucleolus organizer regions (NOR) and sites of 5S and 18S rDNA showed a distribution conserved between cytotypes 2n = 46 and 2n = 48 chromosomes, and the cytotype of 2n = 50 chromosomes presented differently with respect to 18S rDNA sites, which are located on different chromosomes presented. The distribution of heterochromatin was somewhat variable among the three cytotypes and NOR region proved CG rich when subjected to treatment with chromomycin A3. The results obtained with the markers and molecular cytogenetics basic showed that appears not to occur intercrosses involving specimens of different cytotypes since it was not found among these formulas chromosomal hybrid cytotypes to the present. However, if these cytotypes share a number of homologies, as evidenced in the analysis of chromosomal markers are also differences that could be a consequence of chromosomal rearrangements complementary, providing new locations of rDNA sites and causing a consequent differentiation and speciation among copies of different cytotypes... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda de Alexandre Sebastião / Banca: Danielly Veloso Blanck / Resumo: Pacu (Piaractus mesopotamicus) é uma espécie de peixe Neotropical amplamente distribuída nas bacias dos rios Paraná e Paraguai, e uma das espécies de peixe neotropicais de maior valor para a aquicultura. Uma melhor compreensão do genoma do pacu é necessária para o manejo genético na conservação dos estoques naturais e cultivados. O principal objetivo foi identificar SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) gene-associados no transcriptoma de fígado do pacu e, em seguida, aplicar em análises de variabilidade genética e de parentesco visando um manejo adequado desta importante espécie não modelo na aquicultura. O sequenciamento do transcriptoma foi realizado por meio da plataforma Roche/454, que resultou na formação de 4.110 contigs não redundantes. Destes, 2.051 genes foram identificados e funcionalmente anotados a fim de revelar genes relacionados às características econômicas interessantes para a aquicultura. Foram encontrados 464 SNPs localizados em 5'UTR (10.0%), 3'UTR (17.2%) e em regiões CDS (71,1%), e classificados como sinônimos (70,6%) e não sinônimos (29,4%). Foram genotipados 32 SNPs por meio da técnica Sequenom MassARRAY, dos quais alguns estavam relacionados com sistema imune. A variabilidade genética foi estimada em populações de indivíduos selvagens (Rio Paraná) e de indivíduos cultivados em sete pisciculturas do estado de São Paulo (FF1, FF2, FF3, FF4, FF5, FF6 e FF7). Não foram observadas diferenças significativas entre heterozigosidade observada (Hobs) e esperada (Hexp) para cada população. Análises de diferenciação genética mostraram baixo nível de estruturação genética entre as populações (Fst = 0.064, AMOVA = 93,59% da variação dentro de populações, P<0,05). Análises de parentesco mostraram que a maioria das estações de piscicultura possuíam pelo menos 40% de indivíduos aparentados, com risco de endogamia e necessidade de realização de um programa de acasalamentos... / Abstract: Pacu (Piaractus mesopotamicus) is a Neotropical freshwater fish widely distributed in Parana, Paraguay Basin. Wild populations of pacu are threatened by overfishing and it is one of the fish species of highest commercial value for aquaculture. An understanding of the pacu genome is appropriate to genetic management in the conservation of wild and cultivated stocks. The main objective was identify gene-associated SNPs in liver transcriptome of pacu. We used SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) to perform genetic variability and kinship analysis for suitable management of this important non-model species in aquaculture. Transcriptome sequencing was done with the Roche/454 technology and yielded 4,110 non-redundant contigs. Of these, 2,051 genes were identified and functionally annotated to reveal genes correlated to economical traits in aquaculture. We found 464 SNPs in 5'UTR (10.0%), 3'UTR (17.2%) and CDS (71,1%), classified in synonymous (70,6%) and non-synonymous (29,4%). We genotyped 32 feasible SNPs through Sequenom MassARRAY platform and we obtained some SNPs related to immune system. Genetic diversity was estimated in wild individuals (Parana river) and in seven farm fish populations (FF1, FF2, FF3, FF4, FF5, FF6 and FF7). There were no significant differences between observed heterozygosity (Hobs) and expected (Hexp) for each population; and also between observed heterozygosity, expected heterozygosity and minimum allele frequency (MAF), when the population averages were compared (P <0.05). In addition, genetic differentiation analyzes showed low genetic structure of wild and cultivated populations of pacu (Fst = 0.064; AMOVA = 93.59% of the variation within populations; P<0,05). Kinship analysis showed most hatchery stations had at least 40% of related individuals, at risk of inbreeding and the need to perform a directed mating program. Our results showed unprecedented genomic resources for pacu / Mestre

Orientador: Fausto Foresti / Coorientador: Vanessa Paes da Cruz / Banca: Diogo Teruo Hashimoto / Banca: Fernanda Simões de Almeida / Banca: Jefferson Monteiro Henriques / Banca: Fernando Fernandes Mendonça / Banca: Fernando Yuldi Ashikaga / Banca: Guilherme José da Costa Silva / Banca:Cristiane Kioko Shimabukuro / Banca: Patrícia Elda Sobrinho Scuderler / Resumo: / Abstract: / Mestre

Submitted by Automa??o e Estat?stica (sst@bczm.ufrn.br) on 2017-03-09T18:44:19Z No. of bitstreams: 1 JoseGiovaniNobreGomes_TESE.pdf: 1830724 bytes, checksum: 254c9ca900f6310a56f5de505bd2b0e3 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2017-03-10T18:16:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 JoseGiovaniNobreGomes_TESE.pdf: 1830724 bytes, checksum: 254c9ca900f6310a56f5de505bd2b0e3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-10T18:16:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 JoseGiovaniNobreGomes_TESE.pdf: 1830724 bytes, checksum: 254c9ca900f6310a56f5de505bd2b0e3 (MD5) Previous issue date: 2015-06-12 / Introdu??o: As membranas mucosas s?o respons?veis para a interface com o mundo exterior, respondendo especificamente ?s amea?as externas dos agentes patog?nicos. Tomados em conjunto, a flora normal exerce efeitos profundos no sistema imune das mucosas, e provavelmente desempenha um papel importante na fisiologia e patologia humana. Recentemente identificou-se que o papel de duas subpopula??es de c?lulas T auxiliares [Treg; forkhead caixa P3 positivo (Foxp3)] e c?lulas Th17 [interleucina-17-positivo (IL-17)] mant?m forte rela??o com a doen?a periodontal (DP), mas a sua rela??o com gengivite, assim como com outras patologias de mucosas precisa ser esclarecida. Objetivo: O objetivo deste estudo foi o de identificar variantes polim?rficas na regi?o promotora do gene de Foxp3 e IL-17A e sua poss?vel correla??o com a gravidade da gengivite, assim como, a associar flora microbiana e ecossistema vaginal e o papel das variantes polim?rficas na regi?o promotora do gene Foxp3 e IL-17A em citologia cervical (papanicolau), al?m da associa??o com grau de esfrega?os inflamat?rios, dados cl?nicos e laboratoriais da popula??o do nordeste do Brasil. M?todos: Estudo anal?tico e transversal com a pesquisa cl?nica, realizada atrav?s dos dados cl?nicos e laboratoriais de condi??es gengivais e cervicais de um grupo de mulheres adultas. OS par?metros periodontais cl?nicos avaliados foram: ?ndice de placa (IP), ?ndice gengival (IG) e Periodontal Screening e grava??o (PSR). Com base nos valores ?ndice Gengival (IG), os indiv?duos foram classificados de acordo com a gravidade da inflama??o gengival. Citopatol?gico de colo uterino foram realizados e determinou-se a correla??o entre o relat?rio citol?gico usando o sistema de Bethesda. Esfrega?os inflamat?rios tiveram suas intensidades classificadas como leve, moderada e grave. Os polimorfismos de Foxp3 e IL-17 genes foram analisados pelo m?todo de restri??o do fragmento Lenght Polymorphism (RFLP). As amostras de DNA foram obtidas a partir de sangue perif?rico. Os dados foram organizados em um banco de dados no programa estat?stico SPSS ? e submetidos a testes estat?sticos. Para avaliar o grau de associa??o entre gengivite e aspectos qualitativos foi avaliada pela aplica??o do teste Qui-quadrado. Teste de Fisher e Odds Ratio (OR) foi calculado com intervalo de confian?a de 95% (IC 95%). A an?lise do grau de associa??o do n?vel de inflama??o do colo do ?tero com vari?veis qualitativas foi utilizado o teste qui-quadrado. Para an?lises quantitativas foram aplicados Kruscal-Wallis e teste de Jonckheere-Terpstra. Foi utilizado o teste t de Student para comparar as m?dias de GI entre os grupos, assim como o One-way ANOVA para comparar as m?dias entre mais de dois grupos. O equil?brio de Hardy-Weinberg foi avaliada pelo teste do qui-quadrado Goodness-of-Fit. Resultado: O estudo confirma a alta preval?ncia de gengivite, com 74 (52,9%) com gengivite leve e 67 (47,1%) com gengivite moderada. Houve associa??o entre o grau de gengivite leve, com mais jovens do que 38 anos (OR = 2,618), escovando freq??ncia (p = 0,012), e triagem periodontal e grava??o (PSR) categoriza??o de acordo com a classe (p <0,0001), com diferen?as significativas em a idade (p = 0,028), soma dos valores obtidos PSR examinou a seis locais (p <0,0001) analisado o n?mero de dentes (p = 0,027) e PI (p <0,001); Os esfrega?os foram negativos para les?o intraepitelial escamosa ou malignidade (NILM) em todas as examinadas. Com base teste de Papanicolau, as amostras apresentaram microbiota vaginal com lactobacilos em 40 pacientes (23%) e com outros pat?genos microbianos em 131 pacientes (77%). Os Polimorfismo IL-17A e Foxp3 foram investigados ap?s genotipagem e c?lculo do Equil?brio de Hardy-Weinberg (HWE) em ambos os SNPs. FoxP3 e IL-17 de acordo com HWE nos pacientes estudados. N?o houve associa??o com os polimorfismos Foxp3 entre pacientes e controles, bem como entre a microbiota vaginal na an?lise de rela??o em grupos. No entanto, o polimorfismo IL-17, na an?lise de associa??o de pacientes e controles, houve associa??o (p = 0,02), com predomin?ncia do alelo G em pacientes, bem como a distribui??o de gen?tipos foi associado entre GA frente GG (p = 0,04) em compara??o com GG e GA + GG (p = 0,02), com predom?nio do gen?tipo GG em pacientes. No grupo de pacientes, a an?lise de associa??o mostrou predomin?ncia do alelo G em pacientes com micr?bios patog?nica em detrimento das pessoas com microbiota normal (Lactobacillus) (p = 0,04). N?o houve diferen?as significativas entre os grupos com diferentes graus de gengivite encontrados atrav?s da compara??o das distribui??es de gen?tipos e alelos de rs3761549 e rs2275913. Al?m disso, h? diferen?as significativas entre os rs3761549 e rs2275913 polimorfismo e os par?metros cl?nicos de GI e PI encontrados. Para os IL-17 e FOXP3 polimorfismos, nenhuma associa??o foi encontrada no GI e nas distribui??es de gen?tipos ou alelos diferentes. Conclus?o: As influ?ncias mais fortes sobre o grau de inflama??o gengival foram a quantidade de biofilme, a freq??ncia de escova??o, e idade. Al?m disso, os escores PSR foram bons indicadores para avaliar os resultados. Nenhuma evid?ncia foi encontrada em rela??o ? doen?a periodontal com par?metros sist?micos investigados. Os polimorfismos do FOXP3 n?o mostraram diferen?as entre os grupos em rela??o ? composi??o do ecossistema vaginal. Por sua vez, o polimorfismo de IL-17 mostrou uma associa??o entre os pacientes em compara??o com os controles, bem como entre os grupos de pacientes. O papel da IL-17 e seu polimorfismo no ecossistema vaginal ainda necessita ser investigado, mas este estudo mostra que o polimorfismo IL-17A, especialmente o alelo G e GG gen?tipo foi associado com piores condi??es de sa?de relacionamento ecossistema vaginal. Os polimorfismos de FOXP3 e IL17 n?o apresentaram diferen?as no diagn?stico da inflama??o gengival ou susceptibilidade e progn?stico na patog?nese. Mais estudos s?o necess?rios para caracterizar estes gens mais precisamente e entend?-los em mais detalhes, revelando o seu papel na fisiopatologia da gengivite e outras altera??es de mucosas.