Made available in DSpace on 2015-08-20T17:09:55Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-02-27. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:26:08Z : No. of bitstreams: 1 000841573_20160227.pdf: 52441 bytes, checksum: 0714a4aabbfd4b8f2757a9be67d70414 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-02-29T12:16:21Z: 000841573_20160227.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-02-29T12:17:22Z : No. of bitstreams: 1 000841573.pdf: 695270 bytes, checksum: c6651c2f2a1c320f918fa825c4fb2418 (MD5) / O acesso às informações sobre a hanseníase, seu diagnóstico e tratamento com a Poliquimioterapia (PQT) se constituem como elementos chave da estratégia para seu controle. Resultado da infecção pelo Mycobacterium leprae (M. leprae), a hanseníase é uma doença crônica que acomete pele e nervos e a impossibilidade de cultivo do M. leprae em meio de cultura axênico, tem dificultado os estudos in vitro e o desenvolvimento de ensaios clínicos mostram-se complicados pela lenta progressão do bacilo. Assim, um método sensível e específico para a detecção da viabilidade do M. leprae adicionaria um critério imparcial aos meios já disponíveis, possibilitando ainda o diagnóstico em estágio mais precoce da doença. O presente estudo teve por finalidade a avaliação da viabilidade bacilar por meio da detecção de RNAr 16S específico para o M. leprae com a normalização das quantidades totais de micobactérias a partir da quantificação do DNA total de M. leprae. Foi utilizada como padrão a inoculação em coxim plantar de camundongos (Técnica de Shepard). Foram avaliados pacientes antes do tratamento, suspeitos de recidivas e pacientes em fim de tratamento. A inoculação foi altamente positiva nos pacientes não tratados quando comparados com os dos grupos recidiva e fim de tratamento. Os resultados sugerem que existe uma boa correlação entre os dados obtidos com a inoculação e o ensaio molecular, uma vez que também foi possível detectar níveis de RLEP e 16S rRNA nestas amostras. Esta metodologia poderá, futuramente, ajudar no monitoramento da eficácia do tratamento e na busca de novas possibilidades para o estudo da interação parasito-hospedeiro / Access to information about the disease, its diagnosis and treatment with multidrug therapy (MDT) are constituted as key elements of the strategy for its control. Result of infection by Mycobacterium leprae (M. leprae), leprosy is a chronic disease that affects the skin and nerves and the impossibility of cultivating M. leprae in axenic culture medium, has hampered in vitro studies and the development of clinical trials show is complicated by the slow progression of the bacillus. Thus, a sensitive and specific method for detection of viable M. leprae add a fair criterion to the means already available, allowing diagnosis even in early stage disease. This study aimed at evaluating the bacterial viability by specific 16S rRNA detection for M. leprae with the normalization of the total quantities of mycobacteria from the quantification of total DNA of M. leprae. It was used as a standard inoculation into the footpads of mice (Shepard Technique). Patients were evaluated prior to treatment and relapses in patients suspected to treatment. The inoculation was highly positive in untreated patients compared to the relapse groups and end of treatment. The results suggest that there is a good correlation between the data obtained from inoculation and molecular assay, since it was also possible to detect levels of 16S rRNA and RLEP these samples. This methodology may in the future help monitor the effectiveness of treatment and the search for new possibilities for the study of host-parasite interaction

Orientador: Ida Maria Foschiani Dias Baptista / Banca: Cleverson Teixeira Soares / Banca: Fernanda Saloum de Neves Manta / Resumo: O acesso às informações sobre a hanseníase, seu diagnóstico e tratamento com a Poliquimioterapia (PQT) se constituem como elementos chave da estratégia para seu controle. Resultado da infecção pelo Mycobacterium leprae (M. leprae), a hanseníase é uma doença crônica que acomete pele e nervos e a impossibilidade de cultivo do M. leprae em meio de cultura axênico, tem dificultado os estudos in vitro e o desenvolvimento de ensaios clínicos mostram-se complicados pela lenta progressão do bacilo. Assim, um método sensível e específico para a detecção da viabilidade do M. leprae adicionaria um critério imparcial aos meios já disponíveis, possibilitando ainda o diagnóstico em estágio mais precoce da doença. O presente estudo teve por finalidade a avaliação da viabilidade bacilar por meio da detecção de RNAr 16S específico para o M. leprae com a normalização das quantidades totais de micobactérias a partir da quantificação do DNA total de M. leprae. Foi utilizada como padrão a inoculação em coxim plantar de camundongos (Técnica de Shepard). Foram avaliados pacientes antes do tratamento, suspeitos de recidivas e pacientes em fim de tratamento. A inoculação foi altamente positiva nos pacientes não tratados quando comparados com os dos grupos recidiva e fim de tratamento. Os resultados sugerem que existe uma boa correlação entre os dados obtidos com a inoculação e o ensaio molecular, uma vez que também foi possível detectar níveis de RLEP e 16S rRNA nestas amostras. Esta metodologia poderá, futuramente, ajudar no monitoramento da eficácia do tratamento e na busca de novas possibilidades para o estudo da interação parasito-hospedeiro / Abstract: Access to information about the disease, its diagnosis and treatment with multidrug therapy (MDT) are constituted as key elements of the strategy for its control. Result of infection by Mycobacterium leprae (M. leprae), leprosy is a chronic disease that affects the skin and nerves and the impossibility of cultivating M. leprae in axenic culture medium, has hampered in vitro studies and the development of clinical trials show is complicated by the slow progression of the bacillus. Thus, a sensitive and specific method for detection of viable M. leprae add a fair criterion to the means already available, allowing diagnosis even in early stage disease. This study aimed at evaluating the bacterial viability by specific 16S rRNA detection for M. leprae with the normalization of the total quantities of mycobacteria from the quantification of total DNA of M. leprae. It was used as a standard inoculation into the footpads of mice (Shepard Technique). Patients were evaluated prior to treatment and relapses in patients suspected to treatment. The inoculation was highly positive in untreated patients compared to the relapse groups and end of treatment. The results suggest that there is a good correlation between the data obtained from inoculation and molecular assay, since it was also possible to detect levels of 16S rRNA and RLEP these samples. This methodology may in the future help monitor the effectiveness of treatment and the search for new possibilities for the study of host-parasite interaction / Mestre

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: José Belasque Júnior / Banca: Rui Leite Pereira / Banca: Poliana Fernanda Gachetto / Resumo: A citricultura é uma das principais atividades do agronegócio brasileiro, porém o aumento de doenças na última década tem causado grandes prejuízos a toda a cadeia produtiva. A doença cancro cítrico, causada pela bactéria Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é um grave problema para o setor, não havendo até o momento método eficaz para o seu controle. Nesse estudo, utilizando RNASeq, foram analisados os perfis transcricionais de dois genótipos hospedeiros contrastantes à doença: laranja doce Pêra-Rio (PR) moderadamente resistente, e Lima Ácida Galego (LG), altamente suscetível, 24, 48 e 72 horas após a infecção com Xac, no intuito de identificar genes das plantas envolvidos na interação patógeno-hospedeiro. Foram encontrados 6.330, 3.478 e 6.795 genes diferencialmente expressos (GDEs) na espécie moderadamente resistente PR, 24, 48 e 72 horas após a inoculação com Xac, respectivamente, quando comparados com seus controles. Na espécie altamente suscetível Limão Galego foram identificados 1.491, 5.621 e 2.145 GDEs após 24, 48 e 72 horas da inoculação com Xac, respectivamente. Através do programa Blast2GO, genes e vias metabólicas de fotossíntese, sinalização celular, síntese hormonais, fatores de transcrição, entre outros, foram encontrados. Esse estudo revelou diferenças associadas à resistência e desenvolvimento a nível molecular em PR e LG em resposta ao cancro cítrico, demonstrando que na espécie moderadamente resistente há uma maior ativação dos mecanismos de defesa. Tais estudos podem ser utilizados para o desenvolvimento de plantas de citros com adequado nível de resistência ao cancro cítrico / Abstract: The citrus agribusiness is very important to the Brazilian economy, but the increase of diseases in the last decade has caused great economic losses to the sector. The citrus canker, caused by the bacterium Xanthomonas citri subsp. citri (Xac), is a serious disease that attacks all citrus species economically important worldwide and there is not an effective method for its control. In this study, RNASeq was used to analyze the transcriptional profiles of two contrasting citrus genotypes regarding citrus canker susceptibility: sweet orange Pêra Rio (PR), moderately resistant, and Mexican lime 'Galego' (ML), highly susceptible. Gene expression were performed in a HiScanSQ System (Illumina) using total RNA isolated from leaves collected 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, with leaves inoculated with water been used as control. It were found 6,330, 3,478 and 6,795 differentially expressed genes (DGEs) in moderately resistant PR specie at 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, respectively, when compared with their controls. In the specie highly susceptible ML, it was identified 1,491, 5,621 and 2,145 DGEs after 24, 48 and 72 hours after Xac inoculation, respectively. Through the program Blast2GO, genes and metabolic pathways related to photosynthesis, cell signaling, hormone synthesis, transcription factors, among others, were found as involved in plant defense. This study revealed differences at the molecular level between PR and ML in response to citrus canker, showing that in the specie moderately resistant there is a greater activation of host defense mechanisms. Such informations can be used for the development of citrus plants with an adequate level of resistance to citrus canker / Mestre

Made available in DSpace on 2016-09-27T13:40:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-08-07. Added 1 bitstream(s) on 2016-09-27T13:45:16Z : No. of bitstreams: 1 000868866.pdf: 3890512 bytes, checksum: 0cfe144754a164b6e99ae94352b6d9c8 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A metilação do DNA está relacionada à regulação gênica, memória celular, silenciamento de elementos transponíveis, imprinting genômico e repressão de pseudoelementos provenientes de sequências duplicadas. Os padrões de metilação são estabelecidos, mantidos e traduzidos em estados funcionais apropriados da maquinaria de metilação do DNA, a qual inclui uma família classificada em três grupos de enzimas do tipo metiltransferases: DNMT1, DNMT3 e DNMT2. A DNA metiltransferase 2 (DNMT2) foi identificada na busca de novos candidatos à uma segunda DNA metiltransferase. Esta enzima não possui função biológica definida, porém, é capaz de metilar tanto DNA quanto RNA, em especial RNA transportadores (tRNAs). A DNMT2 está localizada tanto no núcleo quanto no citoplasma em células humanas, sendo capaz de migrar do núcleo para o citoplasma em resposta a estresses celulares. É provável que a enzima metile o tRNA no citoplasma, possivelmente para protegê-lo contra clivagens em situações de estresse. Quando estas clivagens ocorrem de forma específica, pequenos fragmentos de RNA são gerados (denominados tRFs), fato observado em diversas espécies, incluindo Arabidopsis thaliana. Aparentemente, estes fragmentos de RNA fazem parte de uma nova via de interferência por RNA (RNAi). Contudo, seu papel biológico ainda não foi definido. O objetivo deste trabalho foi determinar a função da enzima DNMT2 de plantas durante o desenvolvimento e em resposta a estresses, além de estabelecer seu possível papel na proteção de tRNAs. Até o momento, foi demonstrado que a enzima AtDNMT2 possuí localização, tanto nuclear quanto citoplasmática e também pode ser visualizada em estruturas que aparentam ser citoesqueletos. Foi possível determinar que AtDNMT2 não atua na proteção do tRNA AspGTC durante estresse oxidativo, porém é positivamente regulada durante diferentes tipos de estresse. A planta mutante dnmt2 não possui... / DNA methylation is associated with genetic regulation, cell memory, silencing of transposable elements, genomic imprinting and repression of pseudo-elements coming from duplicate sequences. Methylation patterns are established, kept and translated via an appropriate functional DNA methylation machinery, which includes a family of proteins classified into three methyltransferase enzyme groups: DNMT1, DNMT3 e DNMT2. DNA methyltransferase 2 (DNMT2) was first identified by searching for novel DNA methyltransferase candidates. DNMT2 is highly conserved in different kingdoms and does not have a biological function well defined so far; however, it has been shown that DNMT2 can methylate both DNA and RNA in animal cells, most specifically transfer RNA (tRNA). In human cells, DNMT2 is localized both in the nucleus and in the cytoplasm, being capable to migrate from nucleus to cytoplasm under stress conditions. In the cytoplasm, DNMT2 methylates tRNAs, possibly to protect against cleavage events that occur under stress conditions. When these cleavages occur in a specific pattern, small RNA fragment emerges (tRFs). tRFs are found in several species, including Arabidopsis thaliana. It seems that these tRNA fragments are part of a new RNAi pathway. However, its biological role has not been reveal yet. The aim of this work is to evaluate the possible role(s) of DNMT2 in plant development and stress response and also establish its possible role in tRNA protection. So far we demonstrated that AtDNMT2 has both nuclear and cytoplasmic cellular localization and can also be visualized in what seen to be the cytoskeleton. We determined that AtDNMT2 does not play role in tRNA AspGTC protection under oxidative stress, though AtDNMT2 is up regulated in different stresses. The mutant plant Atdnmt2 does not have obvious phenotype, what makes harder to understand its biological role, leading us to deeper molecular studies. In this context, the present work reveals... / FAPESP: 13/11579-0(modelo:caso nao houver deletar/se tiver 2 n s abrir outro C)

Orientador: João Pessoa Araújo Júnior / Banca: Marcos Bryan Heinemann / Banca: Clarice Weis Arns / Banca: Maria Terezinha Serrão Peraçoli / Banca: José Paes de Oliveira Filho / Resumo: Devido às diversas formas de apresentação clínica e aos sinais clínicos comuns com outras afecções, o diagnóstico laboratorial do CDV (Canine distemper virus) se torna necessário. A RT-PCR seguida da NESTED com amostras de urina é atualmente a técnica mais recomendada para o diagnóstico do CDV. No Capítulo 2, foi desenvolvida a técnica de One-Step-RT-qPCR utilizando o sistema de detecção Syber Green I. Foram testados e comparados três kits comerciais (Sigma®, Promega® e Qiagen®). Foi determinada a sensibilidade analítica de dois sistemas de detecção (Sistema A e Sistema B) utilizando uma curva padrão de RNA sintético. Os três kits comerciais testados detectaram o vírus em 100% das urinas provenientes de animais sintomáticos e o kit da Qiagen® mostrou melhores resultados de reação. O Sistema A detectou aproximadamente 10 cópias de RNA por microlitro e no Sistema B detectou 100 cópias de RNA por microlitro na RT-qPCR e 10 cópias por microlitro quando seguida da NESTED-qPCR. No Capítulo 3 foram desenvolvidos três imunoconjugados de microesferas de poliestireno (MP) utilizando anticorpos policlonais hiperimunes anti-CDV (IgY, IgG e Proteína A+IgG) para o preparo de RNA e aplicação na RT-qPCR. A aplicação dos conjugados foi comparada ao método convencional de extração de RNA por kit comercial. Os conjugados foram padronizados e a sensibilidade analítica foi determinada através de curva padrão de RNA sintético. A sensibilidade diagnóstica foi determinada utilizando-se conjugado com IgY, MP sem anticorpos conjugados e urina adsorvida diretamente nos tubos de qPCR / Abstract: The diagnosis of canine distemper is usually based on clinical suspicion of the disease. However, due to the different clinical forms of the disease and other disorders common to clinical signs, the laboratory diagnosis is necessary. The RT-PCR followed by NESTED is currently the method used to diagnosis of CDV (Canine Distemper Virus). The Chapter 2 aimed to standardized the technique of One-Step RT-qPCR-using Syber Green I system. Three commercial kits (Sigma®, Promega® and Qiagen®) were tested and compared. Analytical sensitivity of two detection systems (System A and System B) was determined using a standard curve. The three commercial kits tested detected the virus in 100% of samples from symptomatic dogs and the kit of Qiagen® showed better results. The System A detected approximately 10 RNA copies/μL and System B detected approximately 100 RNA copies/ μL in RT-qPCR and 10 RNA copies/ μL when followed by NESTED-qPCR. In Chapter 3 three immunoconjugates were developed with polystyrene microspheres (PM) using polyclonal hyperimmune anti-CDV antibody (IgY, IgG and protein A+IgG) to prepare RNA to canine distemper molecular diagnosis and comparison with the conventional method of RNA extraction by commercial kit. Conjugates were standardized and the analytical sensitivity was determined by standard curve. The diagnostic sensitivity was determined using IgY-conjugated, PM without conjugated antibodies and urine adsorption directly qPCR in tubes / Doutor

Orientador: Ivan de Godoy Maia / Banca: Andrea Akemi Hoshino / Banca: Marcos Antonio Machado / Banca: Marcos César Gonçalves / Banca: Marcos Roberto de Mattos Fontes / Resumo: O silenciamento por RNA é um mecanismo conservado de resposta a moléculas de RNA dupla fita (dsRNA) presente em todos eucariontes, que desempenha papéis fundamentais na regulação da expressão gênica, na resistência a vírus e no controle da transposição de elementos móveis. Sabe-se que proteínas de diferentes origens, viral ou endógena, são capazes de suprimir o silenciamento por RNA, mas o mecanismo de ação da maioria delas não é totalmente compreendido. Um desses supostos supressores endógenos é uma proteína do tipo calmodulina denominada rgs-CaM (regulator of gene silencing CaM) que foi identificada em plantas de tabaco. Calmodulinas são proteínas que desempenham papéis importantes na sinalização mediada por cálcio em células eucarióticas e regulam a atividade de inúmeras proteínas com diversas funções celulares. Recentemente, porém, foi demonstrado que a rgs-CaM está envolvida na resposta de contra-defesa da planta aos supressores virais. Deste modo, os dados disponíveis na literatura sobre a função da rgs-CaM permanecem contraditórios. Pensando nisso, o presente trabalho teve como objetivo caracterizar funcionalmente a proteína rgs-CaM de tabaco. Para tal, diferentes abordagens foram utilizadas: estudo de interação com a proteína viral HC-Pro, localização subcelular desta interação, identificação de proteínas endógenas que interagem com a rgs-CaM, e análise funcional de plantas de tabaco transgênicas com superexpressão ou silenciadas para o gene que codifica a rgs-CaM. Análises estruturais da rgs-CaM expressa em Escherichia coli e analises in silico revelam uma proteína rica em hélices alfa, dotada de dois domínios globulares ligados por uma longa hélice α, e apresentando apenas 3 sítios de ligação para o íon cálcio. A presença desse íon ocasiona mudança na estrutura secundária da proteína. Deste modo, o fluxo e a ligação de Ca2+ pela rgs-CaM parece ser um ponto chave ... / Abstract: RNA silencing is a conserved mechanism activated by double-stranded RNA molecules (dsRNA) that is present in eukaryotes. It plays basic roles in the regulation of gene expression and in host resistance to viruses and transposons. It is known that proteins of different origins, viral or endogenous, are able to suppress RNA silencing, but the mechanism of action of most of them are not fully understood. One of these endogenous suppressor is a protein called rgs-CaM (regulator of gene silencing CaM), which is a calmodulin-like protein (CaM) identified in tobacco plants. Calmodulins are proteins that play important roles in calcium signaling in eukaryotic cells and able to regulate the activity of numerous proteins with diverse cellular functions. Recently, however, rgs-CaM was shown to be a protein involved in the plant response to counterattack viral suppressors. Thus the data available in the literature about rgs-CaM function still contradictory. Taking these into consideration, the objective of this work was to functionally characterize the tobacco rgs-CaM. For such, different approaches were used: study of its interaction with the viral HC-Pro protein, the subcellular localization of this interaction, identification of endogenous proteins that interact with rgs-CaM and functional analysis of transgenic tobacco plants overexpressing or silenced for rgs-CaM. Structural analysis of the rgs-CaM expressed in Escherichia and in silico analysis revealed a protein rich in alpha helix, possessing two globular domains connected by a long alpha helix, and three binding sites for calcium. The presence of calcium led to a change in rgs-CaM secondary structure, suggesting that the flux and binding of Ca2+ by rgs-CaM may be a key point for its funtion during virus-plant interaction. The results of in vivo interaction employing BiFC showed no interaction between rgs-CaM and HC-Pro in the tested conditions, suggesting a possible ... / Doutor

Orientador: Henrique Nunes de Oliveira / Coorientador: Iara Del Pilar Solar Diaz / Coorientador: Fabio Ricardo Pablos de Souza / Banca: Lúcia Galvão de Albuquerque / Banca: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Banca: Guilherme Costa Venturini / Banca: Wilson Malago Junior / Resumo: Características reprodutivas, como a idade à puberdade, são economicamente relevantes para sistemas de produção de carne. A ocorrência de prenhez precoce aos 16 meses (OPP) é considerada um indicador da idade à puberdade e pode ser utilizada como critério de seleção. A busca por mutações potencialmente causais em genes candidatos pode ajudar a melhorar a acurácia de predição genômica se forem inseridas em painéis de marcadores genéticos. O objetivo desse estudo foi identificar polimorfismos potencialmente causais em genes candidatos associados a características reprodutivas em novilhas, por meio de dois ensaios. No primeiro, foram sequenciadas regiões dos genes PPP3CA e FABP4 em 380 amostras de DNA provenientes de novilhas Nelore, por meio de equipamento MiSeq® (Illumina, Inc). Nestas sequências foram detectadas duas mutações na região do gene PPP3CA e 13 no gene FABP4. Dentre elas, 14 eram SNP e uma era deleção, sendo esta última homozigota em todas as amostras sequenciadas, o que nos leva a acreditar que possa ser uma mutação fixada na raça Nelore. Um haplótipo constituído por quatro SNP no gene FABP4 não teve efeito significativo ao nível de p<0,05 sobre a característica OPP. Todos os SNP que passaram pelo controle de qualidade também foram analisados, porém nenhum teve efeito significativo sobre a característica OPP (p>0,05). No segundo ensaio, foram analisadas sequências de amostras de RNA de novilhas Brangus com o objetivo de identificar polimorfismos nas regiões de 62... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Fertility traits such as age at puberty are economically important for meat production system. Occurrence of early pregnancy (OPP) is considered a good indicator of age at puberty and can be used as selection criteria. The search for causal mutations in candidate genes can helpful to improve the accuracy of genomic prediction if used to design low-density chips. The objective of this study was to identify polymorphism in candidate genes associated with puberty in heifers. DNA sequences were obtained from 380 Nellore heifers from exons sequencing of PPP3CA and FABP4 genes through MiSeq® equipment (Illumina, Inc.). From these sequences were found two SNP in the region of PPP3CA gene and 13 variations in the gene FABP4. Among these 15 variations 12 were SNP and one was a deletion, and this deletion was detected in all samples sequenced, which leads us to conclude that this may be a variation between Nellore and Hereford. One haplotype consisting of four SNP located in the FABP4 and nine SNP, that were analyzed separately, had not a significant effect at the p <0.05 on OPP characteristic. Also were analyzed RNA sequences from Brangus heifers in 62 candidate genes associated with puberty with the aim to discovery SNP in these regions. Were detected 1157 SNP in the region of 46 gene. These SNP were compared with SNP detected from RNA sequences from four breeds, Angus, Brahma, Nellore and Holstein. One hundred and seventy-two SNP were matched in all breeds. From Brangus RNA sequence... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Luiz Fernando Rolim de Almeida / Banca: Fabio Tebaldi Silveira Nogueira / Banca: Miriam Sannomiya / Resumo: As condições ambientais existentes no Cerrado, como déficit hídrico e incidência solar, colaboram para o diversificado laboratório químico que sintetiza e seleciona os compostos produzidos por essas plantas. O contraste sazonal nas fitofisionomias do Cerrado entre a época seca e úmida é um dos fatores que podem alterar as concentrações de metabólitos secundários em plantas. Os compostos produzidos pelo metabolismo secundário podem ser fenilpropanoides, terpenos, alcaloides e esteroides que possuem atividade biológica e são responsáveis pela interação química entre as plantas. Os aleloquímicos são mediadores da comunicação química entre os vegetais e os mecanismos de ação estão relacionados com inúmeros processos bioquímicos e fisiológicos regulados por diferentes conjuntos de genes. Diversos processos biológicos relacionados com o desenvolvimento vegetal são regulados por genes específicos cuja expressão é controlada por microRNAs e outros RNAs regulatórios. O uso da Biologia Molecular pode elucidar os mecanismos de ação fitotóxicos responsáveis pelas respostas fisiológicas envolvidas na atividade alelopática e mostrar novos alvos bioquímicos e fisiológicos na alelopatia. A avaliação da atividade alelopática de frações enriquecidas e substâncias puras de extratos com reconhecida atividade alelopática pode elucidar mecanismos de ação e os efeitos a nível molecular associados às vias fisiológicas afetadas. O objetivo do trabalho foi avaliar o perfil químico e o potencial alelopático de extratos orgânicos de folhas de Copaifera langsdorffii coletadas em épocas seca e úmida. Para tanto foram verificados o índice de velocidade de germinação (IVG), o crescimento radicular e o padrão de expressão gênica [SHORT- ROOT (SHR); miRNA166; FT HOMEODOMAIN LEUCINE ZIPPER (HD ZIP III) com os genes REVOLUTA (REV), PHABULOSA (PHB) e PHAVOLUTA (PHV)] e características fenotípicas de plântulas ... / Abstract: The environmental conditions in the Cerrado, like drought and solar incidence, collaborate to diverse chemical laboratory that synthesizes and selects compounds produced by these plants. The seasonal contrast in the Cerrado vegetation types between dry and wet season is one of the factors that can alter the concentrations of secondary metabolites in plants. The compounds produced by secondary metabolism can be phenylpropanoids, terpenes, alkaloids and steroids that have biological activity and are responsible for the chemical interaction between plants. The allelochemicals are mediators of chemical communication between plants and mechanisms of action are related to numerous biochemical and physiological processes regulated by different sets of genes. Specific genes whose expression is controlled by microRNAs and other regulatory RNAs regulate several biological processes related to plant development. The use of molecular biology may elucidate the mechanisms of action responsible for phytotoxic physiological responses involved in allelopathic activity and show new targets in biochemical and physiological allelopathy. The evaluation of the allelopathic activity of enriched fractions of extracts and pure compounds with known allelopathic activity may elucidate mechanisms of action and effects at the molecular level associated with physiological pathways affected. The objective of this study was to evaluate the chemical profile and allelopathic potential of organic extracts of leaves collected Copaifera langsdorffii in dry and wet seasons. Therefore, we checked the germination speed index (GSI), root growth and the pattern of gene expression [SHORT- ROOT (SHR); miRNA166; FT HOMEODOMAIN LEUCINE ZIPPER (HD ZIP III) with genes REVOLUTA (REV), PHABULOSA (PHB) e PHAVOLUTA (PHV)] and phenotypic characteristics of seedlings of Sorghum bicolor. A comparison of phytochemical profile observed in the chromatograms indicates no qualitative changes in ... / Mestre

Orientador: Pedro de Oliva Neto / Banca: Iolanda Cristina Silveira Duarte / Banca: Maria das Graças de Almeida Felipe / Banca: Eleonora Cano Carmona / Banca: Crispin Humberto Garcia Cruz / Resumo: O presente trabalho teve por objetivo otimizar a autólise de levedura fresca de cervejaria (Saccharomyces cerevisiae), visando a extração máxima de ácido ribonucléico da biomassa na produção do extrato de levedura. As variáveis estudadas foram pH, temperatura, % de NaCl, % de NH3, tempo de processo e, métodos de recuperação de RNA do autolisado. Os experimentos foram realizados por meio de quatro ensaios delineados segundo Box & Benken (1989) e avaliado pela Metodologia da Superfície de Resposta, utilizando-se o Software Statística 5.1 e a análise estatística ANOVA. A otimização foi concluída por meio do quinto ensaio com a produção do extrato nas condições otimizadas (55,2ºC, 9,8% de NaCl em pH=5,1 por 24 horas e, 12,2% de NH3 a 60ºC sob agitação a 200 rpm/15minutos. Três métodos foram avaliados para recuperação do RNA e das frações de extrato e parede celular: 1) autólise/plasmólise; 2) choque térmico por 1 minuto a 68ºC seguido da autólise/plasmólise 3) hidrólise química alcalina. Pelo processo de autólise em combinação com 9,8% de NaCl, a taxa de extração de RNA em 24 horas foi de 89,7%, com um rendimento de 51,3% em massa de extrato com 57,9% de proteína e, 48,7% de parede celular desidratada com 21,7 % de proteína. A utilização de 12,2% de NH3 em base seca de levedura permitiu o aumento na taxa de extração de RNA de 89,7 para 93,6%, mas um forte escurecimento foi verificado no extrato obtido. Na recuperação do RNA após precipitação protéica em pH 4,3 com posterior uso de 2 volumes de etanol em pH=2, recuperou-se 15,47%, 13,80% e 7,42% de RNA respectivamente com purezas de 49,85%, 51,70% e 38,70%. As taxas de extração de RNA da biomassa foram de 87,45% para o método 1; 91,40% para o método 2 e 78,80% para o terceiro método, indicando uma boa alternativa para redução do teor de RNA da biomassa e produção do extrato rico... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The present work had for objective to optimize the autolysis of fresh brewery's yeast (Saccharomyces cerevisiae), aiming the maximum extraction of ribonucleic acid of biomass in the yeast extract production. The studied variables were pH, temperature, % of NaCl, % NH3, processing time and RNA recovering methods from autolysed. The experiments were accomplished by mean of four delineated assays according to Box & Benken (1989) and evaluated by Surface Methodology of Answer, utilizing the software Statistica 5.1. and the analysis statistics "ANOVA". The optimization was concluded by mean of the fifth assay with an extract production in the optimized conditions (55.2ºC, 9.8% of NaCl in pH 5.1 for 24 hours and, 12.2% of NH3 at 60ºC under agitation at 200 rpm/15 minutes. Tree methods were evaluated for RNA recovering and of the extract fractions and cell wall: 1) autolysis/plasmolysis; 2) thermic shock during 1 minute at 68ºC followed of autolysis/plasmolysis; 3) alkaline chemical hydrolysis. The process of autolysis in combination with 9.8% of NaCl, the RNA extraction yield in 24 hours was of 89.7%, with a yield of 51.3% in extract mass with 57.9% of protein and, 48.7% of dehydrated cell wall with 21.7% of protein. The utilization of 12.2% of NH3 in dried base of yeast allowed the increase in the RNA yield extraction from 89.7 to 93.6%, but a strong darkness was observed in the obtained extract. The RNA recovering after 4.3 pH proteic precipitation with posterior use of 2 ethanol volumes in pH 2.0, it was recovered 15.47%, 13.8% and 7.42% of RNA respectively with purities of 49.85%, 51.70% and 38.70%. The RNA extraction yields of biomass were of 87.45% for the method 1; 91.40% for the method 2 and 78.80% for the third method, indicating a good alternative for RNA content reduction of biomass and rich extract production in nucleotides. The extract fractions were evaluated... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Danillo Pinhal / Banca: Alexandre Rossi Paschoal / Banca: Patrícia Pintor dos Reis / Resumo: MicroRNAs são pequenas moléculas de RNA que regulam pós-transcricionalmente a expressão gênica em diversas vias celulares específicas. Recentemente, alguns miRNAs de ação músculo-específica, especialmente aqueles expressos no músculo estriado esquelético, têm sido associados à regulação da biologia muscular, com papel fundamental no controle de eventos como miogênese e crescimento muscular hipertrófico e hiperplásico, além de constituírem vias metabólicas extremamente conservadas entre os vertebrados. A tilápia do Nilo é considerada um excelente modelo biológico para o estudo de miRNAs em vertebrados devido à sua importância econômica e por apresentar o genoma completo sequenciado. Contudo, pouco é conhecido a respeito da dinâmica evolutiva de miRNAs e sua potencial atuação na regulação dos mecanismos moleculares promotores do desenvolvimento do tecido muscular na espécie. Assim, foram realizados dois estudos direcionados para a (i) avaliação do perfil de expressão de miRNAs músculo-específicos e seus alvos no tecido muscular de adultos da tilápia do Nilo, e para (ii) analisar o padrão de organização genômica desses miRNAs em diferentes espécies de peixes e estabelecer comparações com outros grupos de vertebrados. Os principais resultados obtidos na análise do perfil de expressão no tecido muscular esquelético de cinco miRNAs músculo-específicos (miR-1, -133a, -133b, -206 e -499) evidenciaram um alto nível de expressão do miR-499 no músculo vermelho em comparação aos níveis observados no músculo branco. Esses dados, corroborados pela hibridação in situ e análise da expressão de genes alvo do miR-499, sugerem sua participação como elemento central na regulação de vias metabólicas particularmente ativas no músculo de contração lenta (vermelho) na tilápia do Nilo. De modo geral, as análises genômicas... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: MicroRNAs are small RNA molecules that post-transcriptionally regulate gene expression in various specific cell pathways. Recently, some miRNAs have been described to have a muscle-specific action and has been associated with regulation of muscle biology with fundamental roles in myogenesis. The Nile tilapia is considered an excellent biological model for the study of miRNAs in vertebrates due to their economic importance and to present the complete genome sequenced. However, little is known about the evolutionary dynamics of miRNAs and their potential role in regulating the molecular mechanisms that promote the muscle development on Nile tilapia. Thus, two studies were conducted: (i) a study to evaluate the expression pattern of muscle-specific miRNAs and their targets in different skeletal muscle types in adults of Nile tilapia, and (ii) a study to analyze the comparative evolutionary dynamics and genomic organization of these miRNAs in fish genomes. Our expression analysis by qPCR and in situ hybridization, carried out on five muscle-specific miRNAs (miR-1, -133a, -133b, -206 and -499), revealed a highly differential expression of miR-499 in red skeletal muscle (slow-twitch). These data evidenced the key role played by the miR-499 in the maintenance of the slow-twitch muscle type in Nile tilapia. The comparative genomic analysis performed on six species of fish showed a conserved dynamism for the muscle-specific miRNAs analyzed (miR-1-1/-133a-2, miR-1-2/133a-1, miR-206/133b, miR-214 e miR-499). However, a copy of miR-214 was detected in the genome of five species belonging to the superorder Acanthopterygii. Interestingly, this copy also has a high level of synteny over the species when it was detected. Thus, the obtained data may assist in the understanding of the role of muscle-specific miRNAs in muscle biological pathways... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre