Orientador: Edivaldo Aparecido Amaral da Silva / Banca: Juliana Pereira Bravo / Banca: João Nakagawa / Banca: Ana Dionísia da Luz Coelho Novembre / Resumo: A planta de Solanum paniculatum pertence à família Solanaceae e apresenta crescimento e desenvolvimento em condições ambientais desfavoráveis, tais como estresse hídrico e salino, solos ácidos e solos com deficiência em nutrientes. Por tanto, o objetivo deste trabalho foi estudar o transcriptoma de sementes de S. paniculatum L induzidas a tolerar déficit hídrico. As sementes secas foram acondicionadas em tubos contendo 15 mL de solução de PEG 8000 com potencial osmótico de -0,4; -0,8; -1,0 e - 1,2MPa e mantidas à temperatura de 15 °C durante 15 dias. Em seguida, as sementes foram colocadas para germinar em condições de déficit hídrico, que foi realizado pelo uso de meio germinativo contendo soluções de PEG 8000 nos potenciais de 0,0, -0,2, - 0,4, -0,6, -0,8 e -1.0 MPa na temperatura de 25 °C e luz constante. Após a conclusão dessa etapa, o melhor tratamento (-1,0 MPa) foi utilizado para os estudos moleculares. Posteriormente, foi extraído o RNA total das sementes condicionadas e não condicionadas (NC). Em seguida a integridade do RNA foi verificada em Bioanalyzer e as bibliotecas foram preparadas utilizando o protocolo TruSeq RNA sample prep v2. O sequenciamento foi realizado no HiScanSQ (Illumina) e os dados gerados analisados pela plataforma CLC Genomics Workbench versão 6.0.2 (CLC bio, Denmark). Os contigs foram anotados usando o programa Blast2go e o enriquecimento funcional pelo GO e Bingo. Os genes diferencialmente obtidos foram validados via RT-qPCR. Observou-se aumento na porcentagem de germinação total das sementes condicionadas (-1,0 MPa) em relação às não condicionadas (NC). Foram gerados 34.640 transcritos, onde 208 transcritos foram diferencialmente expressos, porém, 23 apresentaram respostas a estresse em sementes de S. paniculatum L, associados com estresse abiótico (déficit hídrico, estresse térmico e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Solanum paniculatum L belongs to the Solanaceae family and presents growth and development in unfavorable environmental conditions such as drought and salt stress, acid soils and soils poor in nutrients. Therefore, the objective of this work was to study the S. paniculatum L seed transcriptome induced to tolerate drought stress. The dried seeds were placed in tubes containing 15 mL of PEG 8000 solution with osmotic potential of -0.4; -0.8; -1.0 and -1.2MPa followed by incubation at 15° C for 15 days. Then the seeds were subjected to germinate under drought conditions, which was generated by the use of germination medium containing PEG 8000 solutions at potentials of 0,0, -0,2, -0,4, -0,6, -0, 8 and -1,0 MPa at 25° C under constant light. Following, RNA was extracted and had the quality verified in Bioanalyzer and libraries were prepared using the TruSeq RNA sample prep protocol v2. Sequencing was performed on HiScanSQ (Illumina) and the data generated were analyzed in CLC Genomics Workbench platform version 6.0.2 (CLC bio, Denmark). The contigs were recorded using Blast2go program and functional enrichment for GO and Bingo. We observed an increase in the percentage of germination under drought stress of seeds previously subjected to PEG treatment (-1,0MPa) in comparison with seeds that were not treated. There were generated 34.640 transcripts, where 208 were differentially expressed but only 102 transcripts where associated with stress. However, only twenty three transcripts have known function which are associated with response to stress (drought, heat and oxidative stress). Among those, thirteen genes had the expression validated by qPCR. Here, we discuss the possible involvement on these genes on stress tolerance in Solanum paniculatum seeds during germination. / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:30:26Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-25Bitstream added on 2014-06-13T21:01:06Z : No. of bitstreams: 1 000755167.pdf: 2367968 bytes, checksum: 406c0b563423541bacf6a7c59f70fbe2 (MD5) / A ocorrência de dormência se opõe ao pleno sucesso da propagação futura das espécies nativas de interesse para fins comerciais. Assim, o principal objetivo é o estudo fisiológico e molecular de sementes (embrião) de Annona crassiflora durante a superação da dormência morfofisiológica natural no campo. As sementes foram coletadas de áreas do cerrado do Estado de Minas Gerais, secas em temperatura entre 20-25ºC, em condições de laboratório, até atingirem umidade de 10% com base úmida. Foram feitas no mesmo lote de sementes a determinação da curva de embebição em água, germinação em campo, teor de água e crescimento do embrião mensal. As sementes foram colocadas em sacos de poliester com orifícios de 0,5 cm de diâmetro e, enterradas no mês de abril. Em paralelo, sementes foram colocadas para embeber em solução de giberelina (GA4) na concentração de 100μM, por oito dias e tiveram o comprimento do embrião e teor de água avaliados. Em novembro, as sementes enterradas a campo foram desenterradas e as que apresentaram rupturas no tegumento (sem protrusão radicular) tiveram o embrião isolados para a extração de RNA. Em seguida a integridade do RNA foi verificada em Bioanalyzer (Agilent 2100) e as bibliotecas foram preparadas utilizando o protocolo TruSeq RNA sample prep v2. O sequenciamento foi realizado no HiScanSQ (Illumina) e os dados gerados analisados pelo plataforma CLC Genomics Workbench versão 6.0.2 (CLC bio, Denmark) para montagem do transcriptoma referência e quantificação da expressão por valores de RPKM (Reads per Kilobase per Million of mapped reads). Os contigs foram anotados usando o programa BLAST2Go e manualmente. A semente de A. crassiflora estava totalmente embebida em torno de sete dias de embebição e o teor de água variou de acordo com as condições de umidade do solo, sendo maior no período de germinação. O crescimento do embrião iniciou-se... / The occurrence of dormancy opposes to the success of the future propagation of species. Thus, the objective of this study was to performe physiological and molecular studies em seed of Annona crassiflora during overcoming morphological dormancy under field onditions. The seeds were collected from areas of the Cerrado biome from the Minas Gerais State, dried at room temperature until the moisture content of 10% on wet basis. The imbibtion curve, germination in the field, water content and growth of the embryo were made in the same batch of seeds. The seeds were placed in polyester bags with holes of 0.5 cm diameter, buried in April. In parallel, seeds were also imbibed in gibberellin (GA4) at a concentration of 100μM during seven days and had the embryo length measured. In October, embryos were isolated from seeds showing growth of the embryo but without radicle protrusion for RNA extraction. The integrity of the RNAs was verified in Bioanalyzer (Agilent 2100). Following, cDNA libraries were prepared using the TruSeq RNA sample prep protocol v2. Sequencing was performed in HiScanSQ (Illumina) and the analyses of the data was performed by using the CLC Genomics Workbench platform version 6.0.2 (CLC bio, Denmark) for transcriptome assembly and quantification of the expression values for RPKM (Reads per kilobase per Million of mapped reads). The contigs were anotados using the program BLAST2Go and manually. The seed is fully imbibed at seven days imbibitions, and the water content varies with soil conditions being higher during germination. The growth of the embryo starts in August and maintained until January, with peak of germination observed in November. After this period, the seeds that did not germinate formed a soil seed bank and there was no growth of the embryo. After 28 days from the start of imbibitions in GA4 the first seeds showed testa rupture indicating growth of the embryo. From the ...

Orientador: Vera Fernanda Martins Hossepian de Lima / Coorientador: Lindsay Unno Gimenes / Coorientador: Fuller Warren Bazer / Banca: Maria Emília Franco Oliveira / Banca: Marcelo Emílio Beletti / Banca: Benner Geraldo Alves / Banca: Amélia Katiane de Almeida / Resumo: A arginina é um aminoácido nutricionalmente essencial, importante na gestação de mamíferos, pois aumenta a sobrevivência, crescimento e desenvolvimento de embriões, fetos e neonatos. A arginina pode ser utilizada na síntese de poliaminas por uma via metabólica clássica, porém estudos recentes revelaram uma importante via alternativa. Todavia, ambas foram pouco investigadas. Nesse contexto, estudos são necessários a fim de identificar a ocorrência das vias metabólicas da arginina nos tecidos reprodutivos durante a gestação de ovelhas. Assim o presente estudo teve como objetivos: a) avaliar a expressão de genes das vias metabólicas da arginina em conceptos durante o período de peri-implantação em ovelhas; b) identificar a localização das proteínas das vias metabólicas da arginina em conceptos e no endométrio durante o período de peri-implantação em ovelhas; e c) identificar a localização das proteínas das vias metabólicas da arginina em placentomas em ovelhas. Para tanto, ovelhas da raça Rambouillet (n=72) foram sincronizadas e após detecção do estro por machos vasectomizados, foram cobertas por machos da raça Suffolk com fertilidade comprovada. No experimento 1, as ovelhas (n=20) foram histerectomizadas aos 13, 14, 15 ou 16 dias de gestação, e os fragmentos de conceptos coletados foram congelados em nitrogênio líquido a fim de se estudar a expressão gênica. No experimento 2, ovelhas (n=28) também foram histerectomizadas aos 13, 14, 15 ou 16 dias de gestação e, secções de conce... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Arginine is a nutritionally essential amino acid, important for pregnancy in mammalian, to increase the survival, growth and development of embryos, fetuses and neonates. Arginine can be used in the synthesis of polyamines by a classical metabolic pathway, though recent studies revealed an important alternative pathway, however, both have been poorly investigated. In this context, studies are necessary in order to identify an occurrence of arginine metabolic pathways in the reproductive tissues during a pregnancy in ewes. The present study had as objectives: a) evaluate the gene expression in the metabolic pathways of arginine, in concepts during the pre-implantation period of pregnancy in ewes; b) to identify the localization of proteins, from the metabolic pathways of arginine, in concepts and uterine endometrium during the pre-implantation period of pregnancy in ewes; and c) to identify the localization of proteins, from the metabolic pathway of arginine, in placentomes during the pre-implantation period of pregnancy in ewes. Rambouillet ewes (n=72) were synchronized and after estrus detection by vasectomized males, ewes were mated by Suffolk males with proven fertility. In experiment 1, ewes (n=20) were hysterectomized at days 13, 14, 15 or 16 of pregnancy, and the sections of concepts collected were frozen in liquid nitrogen in order to study gene expression. In the experiment 2, ewes (n=28) were also hysterectomized at days 13, 14, 15 or 16 of pregnancy, sections of conceptuses and uterine endometrium were fixed in order to identify the protein localization by immunohistochemical analysis. In experiment 3, ewes (n=24) were hysterectomized on days 40, 60, 80, 100, 120 or 140 days of pregnancy, placentomes were collected and fixed for immunohistochemical analysis. Data analysis of ge... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Jesus Aparecido Ferro / Coorientador: Flávia Maria de Souza Carvalho / Coorientador: Roberto Hirochi Herai / Banca: Henrique Ferreira / Banca: José Belasque Júnior / Banca: Marcos Túlio de Oliveira / Banca: Alessandro de Mello Varani / Resumo: Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) é o agente causal do cancro cítrico, uma das principais doenças que acometem a citricultura mundial. Atualmente não há uma maneira eficiente de controle do cancro, e novos métodos devem ser desenvolvidos para o tratamento desta doença. Assim, o estudo dos mecanismos utilizados pela Xac durante o processo infeccioso pode revelar novos alvos para o desenvolvimento de compostos farmacológicos que possam eliminar ou controlar o patógeno. Neste estudo, a técnica de RNA-Seq foi utilizada para a identificação de genes diferencialmente expressos (GDE) na Xac em condições in vivo e in vitro. Para isso, cinco variedades de citros com níveis diferentes de suscetibilidade ao cancro cítrico, e meios de cultura indutores de fatores de virulência foram utilizados. Muitos dos genes que codificam para proteínas relacionadas ao sistema de secreção tipo 3 (T3SS), enzimas extracelulares, resposta ao estresse oxidativo, transportadores de ferro e fósforo foram induzidos pela Xac nas condições in vivo. No entanto, in vitro, os perfis de expressão para estes mesmos genes foram diferentes. Estes dados permitiram compreender melhor o ambiente intracelular do hospedeiro, e como este se relaciona com os mecanismos de ativação dos fatores de virulência e patogenicidade de Xac. Neste sentido, os dados apresentados neste estudo mostraram que o T3SS é o principal fator de virulência expresso por esta bactéria em condições in vivo. Além disso, nossos resultados sugerem t... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Xanthomonas citri subsp. citri (Xac) is the causal agent of citrus canker, a major disease affecting citrus worldwide. Currently there is no effective way of cancer control, and new methods must be developed for the treatment of this disease. Thus, the study of the mechanisms used by Xac during the infectious process can reveal new targets for the development of pharmacologic compounds that can eliminate or control the pathogen. In this study, RNA-Seq technique was used to identify Xac differentially expressed genes (DEG) in vivo and in vitro conditions. For this purpose, five citrus varieties with different levels of susceptibility to citrus canker and culture mediums inducing virulence factors were used. Many of the genes encoding proteins of the type 3 protein secretion system (T3SS), extracellular enzymes, oxidative stress response, iron and phosphorus transport were induced in Xac in vivo conditions. However, the expression profiles for these same genes were different than observed in vitro conditions. These data allowed us to better understand the intracellular environment of the host, and how this relates to the activation mechanisms of pathogenicity and virulence factors in Xac. In this context, the data presented in this study show the T3SS as the main virulence factor expressed by the bacteria in vivo conditions. Furthermore, our results also suggest that low concentrations of inorganic phosphorus (Pi) and nitrogen, that bacteria sense in the plant apoplast, are ... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:32:15Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-07-02Bitstream added on 2014-06-13T18:43:23Z : No. of bitstreams: 1 celestino_fma_dr_jabo.pdf: 1374304 bytes, checksum: 7550c94032b9f784eb1980b8abaaa6c0 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / A suplementação de vitaminas e minerais pode melhorar a fertilidade do sêmen de suínos. No entanto, os resultados têm se mostrado contraditórios, pois as avaliações do sêmen normalmente são subjetivas. A avaliação mais precisa poderia ser obtida pela análise de transcritos relacionados a fertilidade dos espermatozoides. O objetivo do presente trabalho foi avaliar o efeito de suplementação intramuscular de vitaminas e minerais sobre a qualidade de sêmen e analisar a expressão de alguns transcritos pelo método de qPCR. Para tal, coletas de sêmen de nove machos foram avaliadas segundo a motilidade, concentração e resistência ao resfriamento e submetidas à extração do RNA. Após 60 dias, seis machos sofreram a aplicação de suplementos minerais-vitamínicos comerciais (Selenphós® e Zimag®). Outros três machos não receberam a suplementação e foram utilizados como controle. Os 60 dias foram considerados para respeitar o ciclo espermatogênico. Após este período, outras coletas de sêmen de cada macho foram realizadas e submetidas aos mesmos procedimentos. Os genes alvo escolhidos para acessar a qualidade dos espermatozoides foram: Bcl-2l que é um gene anti apoptótico; gene ativador da proteína de proteção ao choque térmico (HSP 90); gene da enzima peroxiredoxina 5, protetora contra danos oxidativos e gene inibidor da acrosina, relacionado a capacitação espermática. Os resultados mostraram aumento do número de dias em que as amostras de sêmen diluídas com diluente comercial, resfriadas a 15-18ºC, permaneciam com motilidade acima de 70% após a suplementação com vitaminas e minerais. A concentração dos espermatozoides e volume dos ejaculados, após a suplementação, também melhorou, atingindo taxas de 52 e 57%, respectivamente. Porém, os transcritos para os genes estudados não apresentaram diferença de expressão antes e depois do tratamento com as vitaminas e minerais / Vitamin and mineral supplementation could improve the swine semen fertility. However, the results, until now, are controversial because of the subjectivity of the analyses. A precise evaluation could be achieved by the analyses of the spermatozoa transcripts important for the boar fertility. The present work proposes to evaluate the effect of intramuscular vitamin and mineral supplementation on semen quality by analyzing some spermatozoa transcripts, using qPCR methodology. The semen collection of nine boars were evaluated for motility, concentration and resistance to cold, and then, submitted to RNA extraction. After this period, six of these boars received an intramuscular supplement of vitamins and minerals (Zimag® and Selenphos®). Another three animals did not receive the supplementation for control. After 60 days, other semen collections were done and submitted to the same processes of analyses and RNA extraction. The target genes to access spermatozoa quality was

Made available in DSpace on 2015-04-09T12:28:09Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-06-18Bitstream added on 2015-04-09T12:48:06Z : No. of bitstreams: 1 000816635.pdf: 1408307 bytes, checksum: 5daacbf627e5bb9b1039a599a8e5bed4 (MD5) / O presente estudo teve como objetivo avaliar a ocorrência da infecção e realizar a caracterização molecular de Cryptosporidium spp. em caprinos jovens do município de Quixadá, Ceará, Brasil. Participaram do estudo um total de 400 animais, com idade entre três e 360 dias, com e sem padrão racial definido, nos quais 154 eram machos e 246 fêmeas, procedentes de 25 estabelecimentos rurais distribuídos em três circuitos. Amostras de fezes foram obtidas diretamente da ampola retal dos cabritos e cadastradas de acordo com o aspecto e a coloração. Uma quantidade de 200 mg de cada amostra foi distribuída em microtubos de 2 mL e congeladas “in natura” a -20 °C, até o momento das extrações de DNA genômico do parasito com auxílio de kit comercial. Todas as amostras foram submetidas a “Nested”-PCR para amplificação de fragmentos do gene da subunidade 18S RNA ribossômico. As positivas nesta amplificação foram testadas na “Nested”-PCR com os genes actina e HSP 70. As amostras que tiveram amplificação nesses três genes foram submetidas a “Nested”-PCR em triplicata e posterior sequenciamento nas direções “sense” e “anti-sense”. A ocorrência da infecção por Cryptosporidium spp. em cabritos de Quixadá foi de 7,50% (30/400) e 64,00% (16/25) das propriedades tinham cabritos positivos. O distrito Tapuiará foi o que apresentou maior número de animais positivos, e a frequência no período seco e chuvoso foi de 9,55% (19/199) e 5,47% (11/201), respectivamente (P = 0,1218). Das 30 amostras de fezes positivas, 50,00% (15/30) tinham aspecto normal e 70,00% (21/30) coloração normal, sugerindo que cabritos assintomáticos eliminam oocistos no ambiente. Não foi observada positividade para Cryptosporidium spp. em animais com 301 a 360 dias. Por meio do sequenciamento foi possível identificar que as espécies do coccídio detectadas nas fezes dos cabritos foram Cryptosporidium xiaoi ... / The present study aimed to evaluate the occurrence of infection and perform molecular characterization of Cryptosporidium spp. in goats kids from the town of Quixadá – state of Ceará – Brazil. A total of 400 animals, 154 males and 246 females, with aged between three and 360 days, with and without defined breed, from 25 farms distributed in three circuits, participated in this study. Stool samples were obtained directly from the goats rectum and registered in accordance to their appearance and coloring. An amount of 200 mg of each sample, were distributed in micro tubes of 2 mL and frozen “in nature” at -20 °C until the moment of extraction of the parasite genomic DNA using a commercial kit. All samples were submitted to Nested-PCR to amplify fragments of 18S subunit of ribosomal RNA. The positives samples in this amplification were tested in Nested-PCR with actin and HSP 70 genes. Samples that were amplified in these three genes were subjected to Nested-PCR triplicate and subjected to sequencing in sense and anti-sense directions. The occurrence of the infection by Cryptosporidium in goats kids of the town of Quixadá was 7.50% (30/400) and 64.00% (16/25) of the farms with positive goats. The Tapuiará district showed the highest number of positive animals and the frequency in dry and rainy period was 9.55% (19/199) and 5.47% (11/201), respectively (P = 0.1218). Considering 30 samples of positive stools, 50.00% (15/30) had normal appearance and 70.00% (21/30) normal coloring, suggesting that asymptomatic goats can eliminate oocysts in the environment. It was not observed positivity for Cryptosporidium spp. in animals aged between 301 and 360 days. Through sequencing, it was possible to identify that the species of coccidian found in the feces of the goats are Cryptosporidium xiaoi, Cryptosporidium ubiquitum and Cryptosporidium meleagridis. Different species of protozoa are present in rural farms ...

Made available in DSpace on 2015-08-20T17:10:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-03-31. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-20T17:27:00Z : No. of bitstreams: 1 000841959_20160430.pdf: 1456029 bytes, checksum: a82333720180e2665bc8f93ef58ec406 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-05-04T13:08:27Z: 000841959_20160430.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-05-04T13:09:32Z : No. of bitstreams: 1 000841959.pdf: 3389984 bytes, checksum: fa56680174d460303861986c6b6865ed (MD5) / eIF5A é uma proteína altamente conservada entre arqueas e eucariotos e apresenta uma modificação pós-­‐traducional única e essencial para sua função, chamada de hipusinação. eIF5A foi inicialmente identificado como um fator de início de tradução (eukaryotic translation Initiation Factor 5A) porém foi demonstrado que eIF5A atua na elongação da tradução. Recentemente foi demonstrado que eIF5A seja mais importante na tradução específica de proteínas contendo resíduos consecutivos de prolina. No intuito de aprofundar o conhecimento da participação de eIF5A no processo de tradução, o presente trabalho de doutorado estudou a relação funcional entre eIF5A e o tRNA de alanina (tRNAAla), revelada como uma interação genética em Saccharomyces cerevisiae, assim como avaliou a relação de eIF5A com eventos da síntese proteica como Programmed Ribosomal Frameshifting (PRF), misincorporation e readthrough, utilizando repórteres de duas luciferases. Primeiramente, foi analisada a especificidade alélica da supressão em alto número de cópias ocasionada por tRNAAla e a capacidade de tRNAs para outros aminoácidos suprimirem o fenótipo de crescimento de mutantes de eIF5A, e os resultados mostraram que esta supressão não se dá de maneira alelo específica e curiosamente, dentre os outros tRNAs testados, apenas o tRNAiMet é capaz de suprimir o fenótipo de crescimento do mutante tif51AK56A de eIF5A. A supressão observada por estes tRNAs não reflete na melhora do defeito no perfil polissomal, para ambos os casos. Foi testada também a interação física direta entre eIF5A e o tRNAAla, utilizando o sistema de triplo-­‐híbrido, no entanto, nenhuma interação foi detectada, sugerindo que a interação observada entre eIF5A e o tRNA em complexo com 80S seja dependente do ribossomo. Os experimentos de Programmed Ribosomal Frameshifting (PRF) revelaram um aumento na taxa de PRF para... / eIF5A is highly conserved between archaea and eukaryotes and has a unique and essential postranslational modification, called hypusination. eIF5A was initially described as a translation initiation factor (eukaryotic Initiation Factor 5A) but it was shown that eIF5A engaged in translation elongation. Recently findings demonstrated that eIF5A is most important for specific translation of proteins containing consecutive proline residues. In order to deepen the knowledge of function of eIF5A during the translation process, this research studied the functional correlation between eIF5A and the alanine tRNA (tRNAAla), revealed as a genetic interaction in Saccharomyces cerevisiae, and also evaluated the effect of eIF5A in events of protein synthesis as Programmed Ribosomal frameshifting (PRF), misincorporation and readthrough using dual luciferase reporters. First, the allele specificity of the high copy suppression caused by tRNAAla and the ability of tRNAs for other amino acids to suppress the growth of eIF5A mutants were analyzed, and the results showed that this deletion does not occur in an allele specific manner and interestingly, among other tRNAs tested, only tRNAiMet is able to suppress the growth phenotype of the eIF5A mutant tif51AK56A. The suppression induced by these tRNAs does not reflect in improvement of the mutant defect in polysomal profile, for both cases. It was also tested direct physical interaction between eIF5A and tRNAAla using three-­‐hybrid system, however, no interaction was detected, suggesting that the interaction observed between eIF5A and tRNA in the 80S complex is dependent on the ribosome. The Programmed Ribosomal frameshifting (PRF) experiments showed an increase in PRF numbers for the signals of the virus LA and HIV-­‐1 in eIF5A mutant strains, demonstrating that eIF5A function interferes with mRNA recoding events. Furthermore, the same mutants showed an increase...

Made available in DSpace on 2014-08-13T14:50:50Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2014-02-17Bitstream added on 2014-08-13T18:00:20Z : No. of bitstreams: 1 000762069_20150217.pdf: 450546 bytes, checksum: 0784ba228e0e51ebdd609a43adbacb31 (MD5) Bitstreams deleted on 2015-02-18T15:02:18Z: 000762069_20150217.pdf,Bitstream added on 2015-02-18T15:02:50Z : No. of bitstreams: 1 000762069.pdf: 1471964 bytes, checksum: f182902cc34259e8ab4c0e9f6b0f7aee (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O spliceossomo é responsável pela maturação do RNAm através da remoção dos íntrons. Essa maquinaria é formada por um conjunto de proteínas associadas aos pequenos RNAs nucleares (RNAsn). Entre os genes de RNAsn, o U1 RNAsn é uma sequência conservada de 165 pb repetidas em tandem. A fim de contribuir para o entendimento da dinâmica cromossômica e genômica das famílias multigênicas em gafanhotos os genes de RNAsn U1 foram mapeados através da hibridização in situ fluorescente (FISH) em 71 espécies de gafanhotos pertencentes as famílias Proscopiidae, Pyrgomorphidae, Ommexechidae, Romaleidae e Acrididae. Além disso, a organização genômica dessa sequencia foi analisada usando como referência o genoma de Eyprepocnemis plorans sequenciado através do método 454. Foi observada uma grande conservação de clusters de DNAsn U1 localizados principalmente em pares de autossomos (nº 3 ou 4) nas primeiras quatro famílias. Em contraste, extensiva variação foi observada nas espécies de Acrididae, com um único par de cromossomos carregando DNAsn U1 a todos os pares de cromossomos portando a sequência, com a ocorrência de dois ou múltiplos clusters no mesmo cromossomo. No genoma de E. plorans cinco distintas linhagens foram observadas com distintos padrões de variação além da associação de DNAsn U1 com elementos de transposição e DNAr 5S. Esses resultados são discutidos focando os possíveis mecanismos de dispersão dos clusters desse gene, que aparentemente seguiu distintos caminhos de dispersão nas várias famílias e subfamílias analisadas. Este é o estudo mais abrangente sobe mapeamento por FISH até então realizado em gafanhotos e outros organismos, estudando 71 espécies pertencentes a cinco famílias, fornecendo assim importantes informações lançando luz na evolução cromossômica/genômica dessa família gênica pelo uso combinado de dados cromossômicos e genômicos / The spliceosome is responsible for mRNA maturation through intron removal. This machinery is formed by a protein set associated to small nuclear RNA (snRNA). Among the snRNA genes, the U1 snRNA is, in general, a conserved 165 bp tandemly arrayed repetitive sequence. Aiming to contribute to the understanding of chromosome and genome dynamics of multigene families in grasshoppers we mapped the U1 snRNA genes by Fluorescent in situ Hybridization (FISH) in 71 grasshopper species belonging to the families Proscopiidae, Pyrgomorphidae, Ommexechidae, Romaleidae and Acrididae. Moreover we analyzed the genomic organization for this sequence using as reference the sequenced genome through 454 of Eyprepocnemis plorans. High conservation of snDNA clusters mainly located on autosome pairs (no. 3 or 4) was observed in the first four families. In contrast, extensive variation was observed in Acrididae species, from a single chromosome pair carrying U1 snDNA to all chromosome pairs carrying them, with occurrence of two or multiple clusters in the same chromosomes. In the genome of E. plorans five distinct lineages were observed with distinct patterns of variability and association of U1 snDNA with transposable elements and 5S rDNA was also noticed. These results are discussed focusing the possible mechanisms of spread of this gene cluster, which apparently seems to have followed different ways of dispersion in the several families and subfamilies analyzed in here. This is the most comprehensive study on FISH mapping hitherto performed in grasshoppers and other organisms by studying 71 species from five families and has thus provided valuable information shedding light in the chromosomal/genomic evolution of this gene family by combined use of chromosomal and genomic data

Orientador: Edvaldo Aparecido Amaral da Silva / Banca: Juliana Pereira Bravo / Banca: Adriana Rodrigues Passos / Banca: João Nakagawa / Banca: Alessandro de Mello Varani / Resumo: A ocorrência de dormência se opõe ao pleno sucesso da propagação futura das espécies nativas de interesse para fins comerciais. Assim, o principal objetivo é o estudo fisiológico e molecular de sementes (embrião) de Annona crassiflora durante a superação da dormência morfofisiológica natural no campo. As sementes foram coletadas de áreas do cerrado do Estado de Minas Gerais, secas em temperatura entre 20-25ºC, em condições de laboratório, até atingirem umidade de 10% com base úmida. Foram feitas no mesmo lote de sementes a determinação da curva de embebição em água, germinação em campo, teor de água e crescimento do embrião mensal. As sementes foram colocadas em sacos de poliester com orifícios de 0,5 cm de diâmetro e, enterradas no mês de abril. Em paralelo, sementes foram colocadas para embeber em solução de giberelina (GA4) na concentração de 100μM, por oito dias e tiveram o comprimento do embrião e teor de água avaliados. Em novembro, as sementes enterradas a campo foram desenterradas e as que apresentaram rupturas no tegumento (sem protrusão radicular) tiveram o embrião isolados para a extração de RNA. Em seguida a integridade do RNA foi verificada em Bioanalyzer (Agilent 2100) e as bibliotecas foram preparadas utilizando o protocolo TruSeq RNA sample prep v2. O sequenciamento foi realizado no HiScanSQ (Illumina) e os dados gerados analisados pelo plataforma CLC Genomics Workbench versão 6.0.2 (CLC bio, Denmark) para montagem do transcriptoma referência e quantificação da expressão por valores de RPKM (Reads per Kilobase per Million of mapped reads). Os contigs foram anotados usando o programa BLAST2Go e manualmente. A semente de A. crassiflora estava totalmente embebida em torno de sete dias de embebição e o teor de água variou de acordo com as condições de umidade do solo, sendo maior no período de germinação. O crescimento do embrião iniciou-se... / Abstract: The occurrence of dormancy opposes to the success of the future propagation of species. Thus, the objective of this study was to performe physiological and molecular studies em seed of Annona crassiflora during overcoming morphological dormancy under field onditions. The seeds were collected from areas of the Cerrado biome from the Minas Gerais State, dried at room temperature until the moisture content of 10% on wet basis. The imbibtion curve, germination in the field, water content and growth of the embryo were made in the same batch of seeds. The seeds were placed in polyester bags with holes of 0.5 cm diameter, buried in April. In parallel, seeds were also imbibed in gibberellin (GA4) at a concentration of 100μM during seven days and had the embryo length measured. In October, embryos were isolated from seeds showing growth of the embryo but without radicle protrusion for RNA extraction. The integrity of the RNAs was verified in Bioanalyzer (Agilent 2100). Following, cDNA libraries were prepared using the TruSeq RNA sample prep protocol v2. Sequencing was performed in HiScanSQ (Illumina) and the analyses of the data was performed by using the CLC Genomics Workbench platform version 6.0.2 (CLC bio, Denmark) for transcriptome assembly and quantification of the expression values for RPKM (Reads per kilobase per Million of mapped reads). The contigs were anotados using the program BLAST2Go and manually. The seed is fully imbibed at seven days imbibitions, and the water content varies with soil conditions being higher during germination. The growth of the embryo starts in August and maintained until January, with peak of germination observed in November. After this period, the seeds that did not germinate formed a soil seed bank and there was no growth of the embryo. After 28 days from the start of imbibitions in GA4 the first seeds showed testa rupture indicating growth of the embryo. From the ... / Doutor

Orientador: Diogo Cavalcanti Cabral de Mello / Coorientador: Vilma Loreto da Silva / Banca: Dardo Andrea Martí / Banca: Cesar Martins / Resumo: O spliceossomo é responsável pela maturação do RNAm através da remoção dos íntrons. Essa maquinaria é formada por um conjunto de proteínas associadas aos pequenos RNAs nucleares (RNAsn). Entre os genes de RNAsn, o U1 RNAsn é uma sequência conservada de 165 pb repetidas em tandem. A fim de contribuir para o entendimento da dinâmica cromossômica e genômica das famílias multigênicas em gafanhotos os genes de RNAsn U1 foram mapeados através da hibridização in situ fluorescente (FISH) em 71 espécies de gafanhotos pertencentes as famílias Proscopiidae, Pyrgomorphidae, Ommexechidae, Romaleidae e Acrididae. Além disso, a organização genômica dessa sequencia foi analisada usando como referência o genoma de Eyprepocnemis plorans sequenciado através do método 454. Foi observada uma grande conservação de clusters de DNAsn U1 localizados principalmente em pares de autossomos (nº 3 ou 4) nas primeiras quatro famílias. Em contraste, extensiva variação foi observada nas espécies de Acrididae, com um único par de cromossomos carregando DNAsn U1 a todos os pares de cromossomos portando a sequência, com a ocorrência de dois ou múltiplos clusters no mesmo cromossomo. No genoma de E. plorans cinco distintas linhagens foram observadas com distintos padrões de variação além da associação de DNAsn U1 com elementos de transposição e DNAr 5S. Esses resultados são discutidos focando os possíveis mecanismos de dispersão dos clusters desse gene, que aparentemente seguiu distintos caminhos de dispersão nas várias famílias e subfamílias analisadas. Este é o estudo mais abrangente sobe mapeamento por FISH até então realizado em gafanhotos e outros organismos, estudando 71 espécies pertencentes a cinco famílias, fornecendo assim importantes informações lançando luz na evolução cromossômica/genômica dessa família gênica pelo uso combinado de dados cromossômicos e genômicos / Abstract: The spliceosome is responsible for mRNA maturation through intron removal. This machinery is formed by a protein set associated to small nuclear RNA (snRNA). Among the snRNA genes, the U1 snRNA is, in general, a conserved 165 bp tandemly arrayed repetitive sequence. Aiming to contribute to the understanding of chromosome and genome dynamics of multigene families in grasshoppers we mapped the U1 snRNA genes by Fluorescent in situ Hybridization (FISH) in 71 grasshopper species belonging to the families Proscopiidae, Pyrgomorphidae, Ommexechidae, Romaleidae and Acrididae. Moreover we analyzed the genomic organization for this sequence using as reference the sequenced genome through 454 of Eyprepocnemis plorans. High conservation of snDNA clusters mainly located on autosome pairs (no. 3 or 4) was observed in the first four families. In contrast, extensive variation was observed in Acrididae species, from a single chromosome pair carrying U1 snDNA to all chromosome pairs carrying them, with occurrence of two or multiple clusters in the same chromosomes. In the genome of E. plorans five distinct lineages were observed with distinct patterns of variability and association of U1 snDNA with transposable elements and 5S rDNA was also noticed. These results are discussed focusing the possible mechanisms of spread of this gene cluster, which apparently seems to have followed different ways of dispersion in the several families and subfamilies analyzed in here. This is the most comprehensive study on FISH mapping hitherto performed in grasshoppers and other organisms by studying 71 species from five families and has thus provided valuable information shedding light in the chromosomal/genomic evolution of this gene family by combined use of chromosomal and genomic data / Mestre