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Aplicabilidade do software SELEGEN para avaliação de desempenho produtivo, adaptabilidade e estabilidade de genótipos de arroz irrigado / Applicability of SELEGEN software for evaluation of productive performance, adaptability and stability in genotypes of irrigated rice

Busato, Cyrano Cardoso 10 June 2013 (has links)
Submitted by Maria Beatriz Vieira (mbeatriz.vieira@gmail.com) on 2016-10-10T15:20:52Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) dissertacao_cyrano_busato.pdf: 492572 bytes, checksum: 5744ab314d2b9cd92f0f936a4b74b6fe (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2016-10-11T21:14:42Z (GMT) No. of bitstreams: 2 dissertacao_cyrano_busato.pdf: 492572 bytes, checksum: 5744ab314d2b9cd92f0f936a4b74b6fe (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Aline Batista (alinehb.ufpel@gmail.com) on 2016-10-11T21:16:29Z (GMT) No. of bitstreams: 2 dissertacao_cyrano_busato.pdf: 492572 bytes, checksum: 5744ab314d2b9cd92f0f936a4b74b6fe (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-10-11T21:16:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 dissertacao_cyrano_busato.pdf: 492572 bytes, checksum: 5744ab314d2b9cd92f0f936a4b74b6fe (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2013-06-10 / Sem bolsa / Em um programa de melhoramento de híbridos de arroz, os dados provenientes de ensaios de VCU são geralmente analisados pela Análise de Variância (ANOVA), que não permite analisar dados desbalanceados, entretanto a metodologia BLUP (Best linear undebiased predictor) pode possibilitar a análise de dados desbalanceados e indicar além das constituições genéticas de melhor desempenho, também as de desempenho mais estável. O presente trabalho objetiva avaliar a aplicabilidade da metodologia BLUP, através do Software SELEGEN REML/BLUP em um programa de híbridos de arroz. O trabalho foi conduzido na safra 2009/2010, 2010/2011 e 2011/2012 em quatro regiões distintas produtoras de arroz do Rio grande do Sul, sendo, a região SUL, Litoral NORTE, Fronteira OESTE e no município de Capão do Leão. Foram analisados os dados dos ensaios de VCU de todos os locais e dos três anos através de ANOVA e do SELEGEN e analisou-se as diferenças nas seleções de híbridos de arroz quanto ao caráter rendimento de grãos. O delineamento experimental foi de blocos ao acaso, com três repetições, por local a cada ano e região. Os resultados mostram que o SELEGEN possibilita a seleção de híbridos de alto potencial produtivo e estabilidade de produção, além de oferecer fácil interpretação e forma de trabalhar com dados desbalanceados. A utilização de ferramentas estatísticas que possibilitem a análise de grande número de dados é de extrema importância em um programa de melhoramento de híbridos, pois auxilia o melhorista a buscar grupos genéticos de melhor capacidade de combinação de forma objetiva, focando nas constituições de elevado e estável potencial produtivo. Além disso, com o passar dos anos e ciclos de seleção, os dados gerados podem contribuir para a predição de desempenho, proporcionando redução de custos e tempo no desenvolvimento de híbridos superiores em arroz irrigado. / In a breeding program of hybrid rice data from VCU trials are usually analyzed by analysis of variance (ANOVA), which do not allow unbalanced data however the methodology BLUP (Best Linear undebiased predictor) can analyze unbalanced data and indicate beyond genetic constitutions best and more stable performance. This study aims to evaluate the applicability of the BLUP methodology through Software SELEGEN REML/BLUP in a program of hybrid rice. The study was conducted in 2009/2010, 2010/2011 and 2011/2012 seasons at four distinct producing regions of rice in Rio Grande do Sul state, in the SOUTH region, NORTH coast, WEST Border and Capão do Leão District. Data from VCU trials were analyzed including all locations and the three years through ANOVA and through SELEGEN and the differences in the selections of hybrids for grain yield was interpreted. The experimental design was randomized blocks with three replications per location each year and region. The results show that SELEGEN allows selection of hybrids with high yield potential and yield stability among years and locations, and provide an easy interpretation way to unbalanced data. The use of statistical tools that enable the analysis of large amounts of data is extremely important in a hybrid rice breeding program and helps the breeder to seek genetic groups of better combining ability objectively and with focus on the constitutions of high and stable productive potential. In addition, over the years and cycles of selection the data generated can contribute to the prediction of performance saving cost and time in developing superior rice hybrids.
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Heterogeneidade de variâncias na avaliação genética de animais da raça Pardo-Suíça no Brasil / Variances heterogeneity in the genetic evaluation of the Brown Swiss animals in Brazil

Bueno, Rachel Santos 28 February 2003 (has links)
Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-11T17:47:45Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 277590 bytes, checksum: 771d4c385412e18fcc7725b22b7aff0f (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-11T17:47:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 277590 bytes, checksum: 771d4c385412e18fcc7725b22b7aff0f (MD5) Previous issue date: 2003-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Com o intuito de avaliar o efeito da heterogeneidade de variâncias na avaliação genética de animais da raça Pardo-Suíça no Brasil, foram utilizados registros de produção de leite e gordura do leite, para estimação de componentes de variâncias, e valores genéticos dos reprodutores, por meio do programa MTDFREML. Para tanto, foram utilizados três modelos, sem e com interação reprodutor x rebanho ou reprodutor x rebanho-ano, que consideravam como efeitos fixos, grupo genético, estação de parto e classe de rebanho-ano, e como aleatórios, os efeitos de animal, de ambiente permanente, de interação, quando considerada no modelo, e do erro, em análises de características únicas e múltiplas. O teste da razão de verossimilhança foi aplicado para verificar a efetividade da inclusão dos efeitos de interação nos modelos. No estudo do efeito da interação reprodutor x rebanho e reprodutor x rebanho-ano sobre a avaliação genética de reprodutores, modelos de características múltiplas, para produção de leite e gordura, foram utilizados. Os componentes de variâncias praticamente não alteraram e os coeficientes de herdabilidades foram próximos entre si. A estimativa de herdabilidade foi de 0,40 para ambas características e, a correlação genética entre as características de 0,94, exceto quando o modelo considerou o efeito da interação reprodutor x rebanho, onde para produção de gordura, a herdabilidade foi de 0,39, e a correlação genética entre as características de 0,95. O logaritmo natural da função de verossimilhança aumentou (P< 0,01) quando se incluiu os efeitos de interação nos modelos. As correlações de Pearson e Spearman entre os valores genéticos obtidos pelos diferentes modelos foram superiores a 0,99, para produção de leite e gordura, e acima de 0,90, entre as características avaliadas. Deste modo, as interações reprodutor x rebanho e reprodutor x rebanho-ano não causaram mudanças na classificação dos reprodutores, não havendo necessidade de considerá-las nos modelos de avaliação genética. A fim de analisar a importância da heterogeneidade de variâncias entre rebanhos e a efetividade da inclusão da interação reprodutor x rebanho e reprodutor x rebanho-ano como fator de ajustamento para a mesma, os dados foram estratificados em duas classes com base no desvio-padrão fenotípico dos rebanhos, para produção de leite, ajustada a duas ordenhas diárias, a 305 dias de lactação e a idade adulta da vaca. Os componentes de variâncias, para produção de leite e gordura, foram obtidos em análises de característica única geral, em análises de característica única, em cada classe de desvio-padrão e em análises de características múltiplas, em que a característica em cada classe de desvio-padrão fenotípico foi considerada como característica diferente. Os componentes de variâncias genética aditiva e residual foram maiores na classe de alto desvio-padrão fenotípico, e reduziram ou praticamente não variaram, com a inclusão dos efeitos de interação no modelo. Nas análises de características múltiplas, em geral, os componentes de variâncias genéticas foram maiores que os obtidos em análises de características únicas, resultando em estimativas de herdabilidades maiores (0,34 a 0,39). Correlações genéticas entre as duas classes de desvio-padrão foram iguais a 1,0, em todas as análises. Quando os efeitos de interação foram considerados nas análises, as correlações entre os valores genéticos praticamente não alteraram. O logaritmo natural da função de verossimilhança aumentou (P<0,01), para produção de gordura, em análises de características múltiplas, quando se incluiu o efeito da interação no modelo. Assim, verifica-se que as interações reprodutor x rebanho e reprodutor x rebanho-ano não foram eficientes para corrigir a heterogeneidade de variância, e apesar de serem observadas variâncias heterogêneas, estas poderiam ser desconsideradas nas avaliações genéticas, sem afetar a acurácia dos valores genéticos dos animais. / Aiming to evaluate the effect from the variance heterogeneity in the genetic evaluation of the Brown Swiss animals in Brazil, the registers of the milk and milk fat production were used to determine either the variance components and the sire’s genetic values, by using through the MTDFREML program. So, three models were used, without and with interaction of either sire x herd or sire x herd-year, where the genetic group, season of calving, and herd -year class were considered as fixed effects, whereas the effects from the animals, permanent environment, the interaction when considered in the model, and the error were considered as random ones, in the univariate and multitrait analyses. The likelihood ratio test was applied to verify the effectiveness in including the interaction effects into the models. When studying the effects from the interaction of sire x herd and the sire x herd-year upon the genetic evaluation of sires, multitrait models for milk and fat production were used. The variance components practically did not alter and the heritability coefficients were close to each other. The heritability estimate went of 0,40 to both characteristics, and the genetic correlation among the characteristics of 0,94, except when the model considered the effect of the xiiinteraction sire x herd, where for fat production, the heritability went of 0,39, and the genetic correlation among the characteristics of 0,95. The natural logarithm of the likelihood function increased (P<0,01), when the interaction effects were included into models. Pearson and Spearman correlations among the genetic values obtained by these different models were superior to 0.99, for milk and fat production, and above 0.90 between the appraised characteristics. Therefore, the interactions of sire x herd and the sire x herd- year caused no changes in the classification of the sires, and there was no need for considering them into the genetic evaluation models. In order to analyze the importance of the variance heterogeneity between herds and the effectiveness in including the interaction of sire x herd and sire x herd-year as an adjust factor for this heterogeneity, the data were stratified into two classes, based on the phenotypic standard deviation of the herds, for milk production, adjusted to two daily milkings, to a lactation period of 305 days, and the cow’s adult age. The components of variance for milk and fat production were obtained in general univariate analyses, in univariate analyses, in each class of standard deviation and in multitrait analyses, in that the characteristic in each class of the phenotypic standard deviation was considered to be a different characteristic. The components of the genetic addictive and residual variances were higher in the class of high phenotypic standard deviation, and they reduced or practically did not vary with the inclusion of the interaction effects into the model. In the multitrait analyses, the components of the genetic variance were generally higher than those obtained in the univariate analyses, so resulting into higher heritability estimates (0,34 a 0,39). The genetic correlations between both standard deviation classes were equal to 1.0 in all analyses. When considering the interaction effects in the analyses, the correlations among the genetic values practically did not change. When including the effect into the model, the natural logarithm of the likelihood function increased (P<0,01) for fat production in the multitrait analyses. Therefore, it was found that the interactions of sire x herd and sire x herd-year were not efficient to correct the variance heterogeneity, and although the xiiiheterogeneous variances was observed, these might be disregarded in the genetic evaluations without affecting the accuracy of the animals’ genetic values.
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Componentes de variância e valores genéticos para as produções de leite do dia do controle e da lactação na raça holandesa com diferentes modelos estatísticos. / Variance components and breeding value for test day and lactation milk yields in holstein cattle with different statistical models.

Claudio Manoel Rodrigues de Melo 15 July 2003 (has links)
Foram utilizados 263.390 registros de produção de leite do dia do controle (PDC) de 32.448 primeiras lactações de vacas da raça Holandesa obtidas no período de 1991 a 2001 para estimar componentes de variância e parâmetros genéticos, usando diferentes modelos estatísticos e a metodologia REML. Compararam-se as estimativas de valores genético (EVG) dos modelos de repetibilidade (MR) e de regressão aleatória (MRA) com às do modelo para as produções da lactação (P305). Nos MRA utilizaram-se duas curvas para descrever a trajetória da lactação: a polinomial logarítmica de Ali e Schaeffer (AS) e a exponencial de Wilmink (W), sob duas formas: a padrão e com uma modificação para reduzir a amplitude das covariáveis e contornar problemas de convergência (W Ú ). No ajuste da curva AS considerou-se heterogeneidade de variâncias residuais (VR) entre classes de dias em lactação (cDEL). A estimativa de herdabilidade para as P305 (0,27) foi menor do que àquelas para as PDC obtidas com MR, incluindo ou não a curva AS como sub modelo (0,30 e 0,43, repectivamente). As herdabilidades para as PDC por análises uni-caráter (0,22-0,36) e bi-caráter (0,23-0,33) foram menores no início e fim da lactação. As correlações genéticas entre produções de controles consecutivos foram superiores às estimadas entre controles do ínicio e do fim da lactação. As estimativas de herdabilidade por MRA com as curva AS (0,29-0,42) e W Ú (0,33-0,40) foram semelhantes, mas aquelas estimadas com a curva W (0,25-0,65) foram maiores do que as estimadas com as outras curvas pricipalmente no fim da lactação. Com os MRA as correlações genéticas foram próximas da unidade entre produções de controles consecutivos, mas reduziram com o aumento do intervalo entre controles. As estimativas de VR entre cDEL foram muito semelhantes variando de 4,15 a 5,11 para a curvas AS. Os desvios padrão (DP) para as EVG para produção de leite dos touros foram semelhantes entre os modelos AS, W Ú e MR. Entretando, os DP para as EVG foram maiores nos modelos para PDC do que no modelo a P305. As correlações entre as EVG para touros com o modelo P305 e os demais modelos aumentaram com o aumento no número de filhas e variaram de 0,66 (P305-W) a 0,92 (P305-AS e P305- W Ú ). As estimativas de tendência genética foram maiores para os MRA e menores para o MR se comparadas à estimativa obtida pelo modelo para P305. As estimativas de herdabilidade superiores para as PDC e as altas correlações (0,86-0,99) entre estas e a P305 indicam um potêncial de uso das PDC nas avaliações genéticas. Correlações genéticas heterogêneas (0,64-1,00) entre as PDC, medidas ao longo da lactação, não confimam a suposição de que elas são medidas repetidas do mesmo caráter. O MRA com a curva AS e VR homogênea foi o de melhor ajuste entre os avaliados, mas o modelo W Ú resultou em estimativas de herdabilidade mais estáveis ao longo da lactação. Na comparação dos resultados dos modelos conclui-se que o MRA com a curva AS e homonogeneidade de VR é a melhor alternativa, dentre as estudadas, para avaliação genética para produção de leite de gado Holandês no Brasil. / Covariance components and genetic parameters for milk yield from 263,390 test-day records of 32,448 first lactation Holstein cows were estimated using animal models by REML. Test-day repeatability (RM) and random regression (RR) models were compared to a 305-d lactation model (P305) to estimate breeding values. Random regression involved the five-parameter logarithmic Ali and Schaeffer function (AS) and the three-parameter exponential Wilmink function in standard (W) and modified (W*, to reduce the range of covariates and avoid convergence problems) form to model the shape of the lactation curve. Heterogeneous error variance (EV) for classes of days in milk (cDIM) was considered in adjusting the AS function. Heritability for milk yield by P305 (0.27) was smaller than those estimated for daily milk yield by RM including or not including a logarithmic sub-model (0.30 and 0.43, respectively). Heritability estimates for univariate (0.22-0.36) and bivariate models (0.23-0.33) for test-day milk yields were smallest during early and late lactation. Genetic correlations were higher for daily milk yield between consecutive test-days than between test-days at the beginning and end of lactation. Heritability estimates for AS (0.29-0.42) and W* (0.33-0.40) RR models were similar, but heritability estimates obtained for W (0.25-0.65) were higher than those estimated by other functions, particularly at the end of lactation. Genetic correlations between daily milk yield on consecutive test-days were close to unity, but they decreased with an increase of the interval between test-days. Estimates of EV for cDIM were quite similar, rating from 4.15 to 5.11 for the AS function. Standard deviations (SD) of bulls’s EBVs for milk yield were similar for AS, W* models and RM. However, SD of EBVs for bulls and cows were larger for test-day models than for P305 and for bulls they differed by -33.64 to 321.95 from the P305 depending on progeny number. SD of EBVs for bulls and cows for the W model were the largest ones. Correlation between EBVs among P305 and the other models for bulls increased as progeny number increased and ranged from 0.66 (W-P305) to 0.92 (AS-P305, W*-P305). Genetic trends were larger for RR models and smaller for RM than for P305. Larger heritability estimates for test-day models and large genetic correlations between test-day and lactation milk yields (0.86-0.99) indicated a potential use of test-day records in genetic evaluations. Heterogeneous genetic correlations (0.64-1.00) for test-day milk yields across lactation did not support the assumption that test-day records are repeated measures of the same trait. The AS homogeneous EV model was the most parsimonious and the best fit among those evaluated, but the W* model resulted in more stable heritability estimates for daily milk yield across lactation. RR models provide more information than the RM and describe the shape of the lactation curve from which EBVs for persistency can be derived. These results indicated AS as an alternative model for genetic evaluation for milk yield using test-day records of Holstein cattle in Brazil.
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Uma revisão da análise de experimentos unifatoriais com tratamentos de natureza quantitativa: comparações múltiplas ou análise de regressão? / A review of the analysis of unifactorial experiments with quantitative treatments: Multiple Comparisons or Regression Analysis?

Rodrigues, Josiane 21 June 2011 (has links)
O presente trabalho teve por objetivo fazer uma reflexão acerca do uso de testes de comparações múltiplas e da análise de regressão no estudo de experimentos unifatoriais cujos tratamentos são níveis de um fator quantitativo, para comparar os resultados e informações que são trazidas por cada uma dessas análises, verificando suas eventuais vantagens e limitações. De acordo com os objetivos propostos pelo presente trabalho, foi feita, depois de realizada a revisão bibliográfica sobre a análise de regressão e alguns dos testes de comparação de médias, um levantamento acerca de artigos cujo objetivo principal era o de fazer uma investigação de trabalhos publicados em jornais, revistas ou periódicos nos quais se utilizou algum procedimento de comparação de médias verificando assim a adequação desses testes às análises estatísticas realizadas. Essa revisão demonstrou que um número significativo de pesquisadores utiliza de procedimentos de comparações múltiplas em análises estatísticas de experimentos unifatoriais nos quais os tratamentos envolvidos são níveis de um fator quantitativo, o que é considerado por alguns como um procedimento inadequado. Assim sendo, foram analisados também dados de experimentos unifatoriais com tratamentos dessa ordem, que foram submetidos a uma análise de regressão e também a um procedimento de comparação múltipla das médias, com o objetivo de verificar quais as vantagens e limitações de cada um desses procedimentos na análise do experimento em questão. Nessa comparação ficou claro que o uso de procedimentos de comparações múltiplas na análise de experimentos unifatoriais envolvendo tratamentos quantitativos pode resultar na redução de informações e também da eficiência dos resultados, quando procedimentos mais apropriados, nesse caso, a análise de regressão, estão disponíveis para analisar dados dessa natureza. / The present work had like purpose to make a reflection about the use of multiple comparison tests and of the regression analysis on learning of unifactorial experiments whose treatments are levels of a quantitative factor, to compare the results and information are brought for each one of the analysis, verifying the eventual advantages and limitations of them. According to the purposes of the present work, was realized, later the bibliographical revision about regression analysis and some of the mean comparison tests was done, a survey about articles whose principal aim was to make a raising of works published at newspapers, magazines or periodicals where was used some mean comparison procedure verifying the adaptation of these tests to the statistical analysis realized. This revision demonstrated that a revealing number of searchers use multiple comparison procedures at analysis of unifactorial experiments whose treatments involved are levels of a quantitative factor, what is considered for some searchers like an inadequate procedure. Of this way, the data of unifactorial experiments, whose treatments were levels of a quantitative factor, were analyzed too, that were submitted to a regression analysis and to a multiple comparison procedure, with the aim of verifying the advantages and limitations of each one of these procedures at the analysis of the experiment. At this comparison, was clear that the use of multiple comparison procedures at analysis of experiments involving quantitative experiments can result in loss of information and reduced efficiency of the results, when more appropriate procedures, in this case, the regression analysis, are available to analyze this kind of data.
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Métodos de regressão e uni-multivariado para a redução do número de repetições em experimentos intermediários de um programa de melhoramento de soja. / Regression and uni-multivariate methodologies for reduction of the replication number in experiments of the intermediary phase of a soybean breeding program.

Miranda, Fernando Toledo Santos de 28 April 2004 (has links)
A fase intermediária de um programa de melhoramento de soja caracteriza-se pela avaliação de grande número de genótipos (cerca de 100 linhagens) em diversos ambientes, fato que torna esta etapa bastante dispendiosa. A utilização de métodos estatísticos que permitam uma análise da interação genótipos x ambientes (GxE) mais refinada, pode permitir, com o ganho em precisão gerado, uma compensação ao aumento esperado na interação GxE em conseqüência da diminuição do número de repetições nesses experimentos. A metodologia de Eberhart & Russell (1966) (ER) utiliza a regressão linear como ferramenta para modelar a interação GxE, enquanto que a metodologia AMMI utiliza a análise da variância para modelar os efeitos de genótipos e de ambientes e a decomposição de valores singulares para modelar apenas a interação GxE. O objetivo deste trabalho foi avaliar a possibilidade de redução do número de repetições em experimentos com 72 linhagens em delineamento em blocos casualizados com duas repetições subdivididas em conjuntos experimentais (BCCE), conduzidos em quatro locais / épocas de cultivo e três anos agrícolas. Os experimentos foram analisados em BCCE e também em blocos aumentados (BA) considerando-se aleatoriamente uma das duas repetições. Como ferramentas auxiliares foram empregadas as metodologias ER e AMMI. A análise conjunta dos 12 ambientes através da metodologia AMMI foi utilizada como padrão para comparações, através de correlações de Spearman (rs). Em relação a este padrão, a média das rs dos três anos foi estimada em: 54% para as médias dos experimentos em BA; 64% para os experimentos em BCCE; 65% para os experimentos em BA analisados pela metodologia ER; 69% para os experimentos em BCCE analisados pela metodologia ER; 73% para os experimentos em BA analisados pela metodologia AMMI e 74% para os experimentos em BCCE avaliados pela metodologia AMMI. Os resultados obtidos permitiram concluir que as metodologias para o estudo da interação GxE são capazes de aumentar as rs com o padrão, indicando a possibilidade de redução de duas para uma repetição nos experimentos intermediários através do uso de: a) metodologia AMMI ao invés da seleção baseada nas médias das duas repetições; b) metodologia ER (em dois dos três anos avaliados) ao invés da seleção baseada nas médias das duas repetições; c) metodologia AMMI (em dois dos três anos avaliados) ao invés da seleção baseada na metodologia ER. Com a redução do número de repetições (duas para uma) é possível diminuir sensivelmente os custos com a experimentação na fase intermediária de programas de melhoramento. / The intermediary phase of a soybean breeding program involves the evaluation of a large number of genotypes (about 100 lines) in several environments, becoming this a very expensive step. The utilization of statistical methods that allow a refined analysis of the genotype x environment (GxE) interaction, may generate gains in precision as a compensation to the expected increase in the GxE estimate and, thus, to permit the reduction of the replication number. Eberhart & Russell (1966) (ER) methodology utilizes linear regression to study G x E interaction; the AMMI methodology employs the analysis of variance to fit effects of genotypes and environments and singular values decomposition to fit only the GxE interaction. The objective of this research was to evaluate experiments with 72 lines in randomized block design with two replications subdivided in sets with common checks (BCCE); these experiments were carried out in four locations / sow dates during three agriculture years. The experiments were analyzed in BCCE and also in augmented blocks (BA) by considering only one replication taking at random. As auxiliary tools were used ER and AMMI methodologies. The joint analysis of the 12 environments through the AMMI methodology was used as pattern for comparisons through Spearman correlation (rs). In relation to this pattern, the mean of rs in the three years was estimated in: 54% for means of BA experiments, 64% for BCCE experiments, 65% for BA experiments analyzed with ER, 69% for BCCE experiments analyzed with ER methodology, 73% for BA experiments analyzed with AMMI methodology and, 74% for BCCE experiments analyzed with AMMI methodology. The results indicated that the application of auxiliary methods for understanding GxE interaction were able to increase the rs with the pattern, opening the possibility for reducing the replication number in the experiments of the intermediary steps of soybean breeding programs. In conclusion, it was verified the possibility to reduce from two (BCCE) by one (BA) replication by using the following auxiliary methods of analysis: a) AMMI method instead of means of two replications as the unique selection criterion; b) ER method (in two of the three evaluated years) instead of means of two replications as the unique selection criterion; c) AMMI method (in two of the three evaluated years) instead of selection as based on ER method. The reduction from two to one replication makes possible to lower reasonably the experimental costs during the intermediary step of breeding programs.
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Comparação de métodos de estimação de componentes de variância e parâmetros genéticos considerando o delineamento III aplicado a caracteres quantitativos em milho / Comparison of estimation methods for variance components and genetic parameters considering the Design III applied to quantitative characters in maize

Coelho, Angela Mello 09 April 2010 (has links)
Esse trabalho teve como objetivo comparar métodos de estimação de componentes de variância e parâmetros genéticos, considerando tanto o delineamento estatístico fatorial instalado em látice quadrado como o delineamento genético III. Como referência, foram utilizados três conjuntos de dados reais, em melhoramento genético de milho, relativos aos caracteres de produção de grãos (gramas por parcela), altura da folha bandeira ao chão (centímetros) e o número de folhas entre a primeira espiga e o pendão; sendo que a altura da folha bandeira e o número de folhas foram obtidos pela média entre cinco plantas competitivas para cada parcela. O método da Análise da Variância (ANOVA), conforme indicado pelo Delineameno III, foi utilizado na análise dos dados e estimação dos componentes de variância relativos ao modelo matemático, variâncias genéticas, coeficiente de herdabilidade e grau médio de dominância para cada um dos três caracteres estudados. Essas estimativas foram utilizadas na simulação de 1000 conjuntos de dados com características semelhantes a cada um dos conjuntos de dado reais considerados. Os métodos da ANOVA e da máxima verossimilhança restrita (REML) foram utilizados na predição dos parâmetros já mencionados para cada um dos conjuntos de dados simulados dentro de cada caráter. As 1000 estimativas obtidas por cada método, para cada caráter estudado, foram utilizadas no cálculo de estatísticas descritivas (média, desvio-padrão e acurácia relativa) e na montagem de gráficos de Box-plot. Utilizando as informações obtidas a partir das estimativas fornecidas por cada método e em posse dos valores reais que essas estimativas deveriam prever (valor utilizado na simulação dos dados) foi possível comparar ambos os métodos quanto à eficiência das estimativas por eles fornecidas. Ambos os métodos apresentaram características semelhantes na predição da maioria dos componentes de variância relativos ao modelo matemático, sendo que as maiores disparidades se deram para os componentes relativos aos efeitos de progênie (?p2) e as interações entre progênie e linhagem (?pt2) e entre progênie, linhagem e ambiente (?pta2); os quais são os componentes de maior peso no cálculo das variâncias e parâmetros genéticos. O método da ANOVA foi o bastante eficiente na predição de ?p2, sendo que o método da REML se aproxima dos resultados obtidos pelo método da ANOVA conforme diminuem os valores de referência para esse componente; para ?pt2 o método da REML se mostrou mais eficiente conforme maior é o valor de referência, porém, perde eficiência e se aproxima do método da ANOVA conforme o valor de referência do componente diminui. Ambos os métodos se mostraram ineficientes na predição de ?pta2, porém o método da REML foi o menos eficiente. O melhor desempenho do método da ANOVA na predição dos componentes de variância de maior peso no cálculo das variâncias genéticas levou a um melhor desempenho desse método na predição de todos os parâmetros genéticos, com exceção da variância de dominância, a qual depende unicamente de ?pt2. Porém, foi observada uma tendência no método da ANOVA, em média, na superestimação do grau médio de dominância em cerca de 45% do seu valor de referência, independentemente do caráter estudado. / This work aimed to compare estimation methods for variance components and genetic parameters, considering the factorial statistical design set in randomized blocks and the genetic Design III. As reference, three sets of real data were used, on maize genetic improvement, related to the characters: grain yield (grams by plot), plant height, measured from the ground to the °ag leaf in centimeters, and the number of leaves above the uppermost ear. The analysis of variance method (ANOVA), accordingly to the proposed by the Design III, was used on the analysis of the data and estimation of the variance components derived from the mathematical model, genetic variances, heritability and average degree of dominance for each of the studied characters. This estimatives were used on the simulation of 1000 data sets with similar characteristics to the real data analyzed. The ANOVA and restricted maximum likelihood (REML) methods were used on the prediction of the already mentioned parameters for each of the simulated data sets within each character. The 1000 estimatives obtained by each method, for each studied character, were used on the calculation of descriptive statistics (mean, standard deviation and relative accuracy) and for the ¯tting of box-plot graphics. Through the information obtained from the estimatives given by each method and in possession of the actual values that they should predict (values used in the simulation of the data sets) it was possible to compare both methods as to the e±ciency of the estimatives given by them. Both methods presented similar characteristics on the prediction of most of the variance components derived from the mathematical model, being that most di®erences were pertinent to the components related to the e®ects of progeny (¾2 p) and to the interactions between progeny and parental inbred (¾2 pt) and between progeny, parental inbred and environment (¾2 pta); which are the components of greater importance on the calculation of the genetic parameters. The ANOVA method was very e±cient on the prediction of ¾2 p, being that the smaller the reference value for this component, more the REML method approached the results obtained by the ANOVA method; for larger values of ¾2 pt the most e±cient was the REML method, but its e±ciency decayed and approached the ANOVA method for smaller reference values for this component. Both methods were poorly e±cient on the prediction of ¾2 pta, but the REML method was the least e±cient. The better performance of the ANOVA method on the prediction of the variance components of greater importance on the calculation of the genetic variances lead to a better performance of the ANOVA method on the prediction of all genetic parameters, with exception to the dominance variance, which depended solely on ¾2 pt. However, it was observed a tendency on the ANOVA method, in average, on the overestimation of the average degree of dominance of around 45% of the actual reference value, independently of the studied character.
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Painéis de alta densidade para aplicação em pisos: produção e avaliação de desempenho / High density panels for application in floors: production and performance evaluation

Varanda, Luciano Donizeti 12 September 2016 (has links)
Temas relacionados ao desenvolvimento de novos materiais têm sido cada vez mais abordados e discutidos, num contexto em que questões como meio ambiente, sociedade, economia de energia e aproveitamento de resíduos, vêm se tornando relevantes. Neste cenário, faz-se necessário estudar aplicações de insumos alternativos na produção de pisos de madeira, tanto para reduzir o consumo de essências tropicais quanto para suprir o aumento da demanda de madeira nas indústrias deste segmento. O objetivo deste estudo foi produzir painéis de partículas homogêneos de alta densidade, com resíduos de madeira de Pinus elliottii e casca de aveia (Avena sativa), aderidos sob pressão com dois tipos de adesivo, poliuretano à base de óleo de mamona e melamina formaldeído, nos percentuais de 11 e 13%, e avaliar o desempenho físico-mecânico de tais painéis para aplicação em pisos. O desempenho físico-mecânico dos painéis (Planejamento I - 20 tratamentos) foi avaliado com base nas normas ABNT NBR 14810 (2006 e 2013). Realizou-se análise de variância (ANOVA) para testar a influência dos fatores individuais (percentual de casca de aveia, percentual de adesivo e tipo de adesivo), além das interações entre tais fatores (dois a dois e três a três) nas propriedades físico-mecânicas dos painéis. Também foi avaliado o desempenho para pisos, tanto dos painéis (Planejamento II - 12 tratamentos) quanto de três espécies de madeira tropical (Angelim Vermelho, Dinizia excelsa; Cumaru, Dipteryx odorata e Jatobá, Hymenaea sp.), segundo diversas normas relacionadas a pisos de madeira. Os resultados apontaram propriedades físico-mecânicas dos painéis, em alguns tratamentos superiores aos requisitos estipulados por normas nacionais e internacionais. Quanto ao desempenho para pisos, os painéis apresentaram desempenho semelhante as três espécies de madeira, na maioria das propriedades avaliadas. A análise de porosimetria por intrusão de mercúrio confirmou a similaridade entre os painéis (do Planejamento II) e as três espécies de madeira avaliadas, evidenciando a potencialidade dos painéis produzidos para aplicação na indústria de pisos engenheirados. / Matters related to the development of new materials have been increasingly addressed and discussed in a context where issues such as the environment, society, energy and waste recovery economy, is becoming relevant. In this scenario, it is necessary to study alternative inputs for applications in the production of wood floors, both to reduce the consumption of tropical essences as to meet the increasing demand for wood in industries in this segment. The aim this study was to produce high density homogeneous particleboard with waste wood of Pinus elliottii and oat hulls (Avena sativa), adhered under pressure with two types of adhesive, castor oil-based polyurethane and melamine formaldehyde, the percentage of 11 and 13%, and evaluate the physical and mechanical performance of such panels for use in floors. The physical-mechanical performance of the panels (Planning I - 20 treatments) was evaluated based on the NBR 14810 (2006 and 2013) standards. We conducted an analysis of variance (ANOVA) to evaluate the influence of individual factors (oat hulls percentage, adhesive percentage and type of adhesive), and the interactions between these factors (two by two and three by three) on the physical properties-mechanical panels. It was also evaluated the performance for floors, both panels (Planning II - 12 treatments) as three species of tropical wood (Angelim Vermelho, Dinizia excelsa; Cumaru, Dipteryx odorata e Jatobá, Hymenaea sp.), according to various standards related to wood floors. The results indicated physical and mechanical properties of the panels, in some treatments superior to the requirements stipulated by national and international standards. As for performance flooring, panels statistically equivalent to the three species of wood, most of the evaluated properties. Porosimetry analysis by mercury intrusion confirmed the similarity between the panels (from Planning II) and the three wood species evaluated, demonstrating the potential of the panels produced for use in the flooring industry engineered.
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Estudo da variabilidade do efeito BOLD em ressonância magnética funcional em sistemas de 3Teslas / BOLD effect variability in functional magnetic resonance imaging studies conducted in 3Teslas systems

Vivian de Souza Sacomano Sakamoto 03 February 2017 (has links)
INTRODUÇAO: O mapeamento obtido pela imagem de ressonância magnética funcional (RMf) têm contribuído substancialmente para investigação da neurofisiologia e pato-fisiologia de maneira não invasiva em humanos. Entretanto, a variabilidade dos resultados ainda é alta e envolve não apenas variações individuais, mas instrumentais e dependem da função cerebral estudada. OBJETIVO: É avaliar como a variabilidade dos resultados é modulada por tipo de função estudada, indivíduos e instalações no Estado de São Paulo. MATERIAL E MÉTODOS: Estudamos indivíduos jovens saudáveis (variável indivíduo) submetidos a funções de memória e linguagem (variável função) e realizamos estudo em quatro locais (variável instituição). Mantivemos a mesma instrumentação de apresentação de estímulos em bloco, o gênero (masculino) dos participantes, a instrumentação de coleta de dados comportamentais, o campo magnético principal dos equipamentos de RM (3 teslas) e região (Estado de São Paulo). A coleta de dados foi realizada em equipamentos de RM de três fabricantes (GE, Philips e Siemens). A tarefa de linguagem envolveu paradigma de geração silenciosa de palavras: \"pronunciar mentalmente\" palavras que começassem com a letra apresentada visualmente, alternados com controle \"pensar em céu azul\". Na tarefa de memória (two-back) os voluntários foram orientados a memorizar sequência de letras e apertar o botão na caixa de resposta quando a letra apresentada fosse igual a letra apresentada dois estímulos previamente. Na tarefa de controle, os participantes foram instruídos a apertar o botão toda vez que letra \'X\' fosse apresentada. RESULTADOS: A média das idades dos participantes foi de 33,1 anos, desvio padrão de 8,61 anos. Os resultados de imagem mostram áreas cerebrais semelhantes às encontradas na literatura para tarefa de memória e de linguagem. A variância da frequência de resposta BOLD esperada em regiões cerebrais clássicas nas funções de memória (0,091) e linguagem (0,053) não foi diferente (F-test: 1,71; p=0,21). Os indivíduos mostraram resposta BOLD com frequência que variou de 10% a 90% do total de áreas ativadas esperadas na tarefa de linguagem (média de 43%) e entre 0% a 89% na tarefa de memória (média de 42%). CONCLUSÃO: A análise entre as instituições mostrou que houve convergência dos achados principais, mas com variações de localização de agrupamentos de voxels para mesma tarefa e indivíduos. No geral observamos que cada uma destas três variáveis atua de forma independente nos resultados e que a maior parte da variabilidade dos dados vem de indivíduos, sendo menos decorrente de locais (instituição) ou de tarefa. Esta investigação trouxe evidências para prosseguir com estudo de outros parâmetros que possam explicar possíveis fontes de variabilidade do sinal ainda não investigadas / INTRODUTION: Functional magnetic resonance imaging (fMRI) has substantially enhanced our understanding of neurophysiology and pathophysiology in humans using noninvasive methods. However, the results are still highly variable and are not yet clear what is the contribution from individual subjects, methods, instrumentation or type of brain function under evaluation to this variability. OBJECTIVES: The aim of this study is to assess how and if the variability of the results is modulated by type of brain function investigated, individual subjects and institutions 3T MR systems installed in the State of São Paulo, Brazil. MATERIAL AND METHODS: We studied healthy young subjects (variable: individual) using memory and language functions (variable: function) and conducted study at four sites (variable: site). Other possible sources of variance were maintained constant across data acquisition sessions: instruments used to present stimuli in block-design task fMRI, gender (males only), main magnetic field of MRI system (3 Tesla) and the area (cultural background) was restricted to the Sate of São Paulo. Data collection was performed in MRI equipment from three manufacturers (GE, Philips and Siemens). The fMRI language task was a silent word generation paradigm: subjects were instructed to \"pronounce mentally\" words that begin with the letter presented visually - alternating with a control condition \"think of blue sky\". In the memory task (two-back) volunteers were instructed to memorize a sequence of letters and press the button in the answer box when the letter presented was the same as the letter presented two stimuli before the current. In the control task they were instructed to press the button every time a letter \'X\' was presented. RESULTS: The mean age of participants was 33.1 years, with a standard deviation of 8.61 years. The results show similar brain network areas as those described in the literature for memory and language tasks. The variance of the BOLD response (frequency of activity detected in task-related brain classical areas) in the memory (0.091) and language (0.053) functions were not different (F-test: 1.71; p = 0.21). Individuals showed BOLD response frequency rate ranging from 10% to 90% in the expected areas activated by the language task (average 43%) and between 0% to 89% in memory task (mean 42%). CONCLUSION: The analysis targeting institutions showed a partial spatial convergence of the main findings, but we also found location variations of voxel clusters for the same task and individuals. Overall we observed that each of these three variables (subjects, task and site) operates independently and the results show that most of the data variability comes from individuals, and less due to site or task. This research has brought evidence to encourage future investigations using parameters others than those tested that could explain the variability
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ESTIMATIVA DOS PARÂMETROS GENÉTICOS DE CARACTERES MORFOMÉTRICOS EM GUPPY (Poecilia reticulata)

Gomide, Jefferson Mendes 17 December 2008 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-10T10:39:23Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Jefferson Mendes Gomide.pdf: 1020338 bytes, checksum: 0191262649084f3b90170c5b28b340dd (MD5) Previous issue date: 2008-12-17 / The invasion of new environments is related to the genetic variability of the species. The guppy (Poecilia reticulata) is a species introduced accidentally or artificially, arisen from different populations of captivity around the world. In some countries, these introductions are made repeatedly, particularly to control the growth of disease-transmitting mosquitoes in small lakes and streams in tropical countries. The Guppy is feeding the larvae of mosquitoes, preventing it from coming into adult life. Because of the need to obtain a better understanding of the differentiation of introduced populations, and this may reduce the impact of the introduction of exotic species, since it is the third leading cause of extinction of native species, three populations in different cities of the state of Goias were collected, and their metric features analyzed. The review sought to determine the rate of divergence among populations of free life, which contribute to the understanding of the process of colonization of natural environments by this alien species. The results indicated that the divergence between the populations analyzed, for most of the features is very large, ie the rate of divergence is greater than expected by neutral evolution, so that directional selection is expected to be acting on these characteristics. / A invasão de novos ambientes se relaciona com a variabilidade genética das espécies. O Guppy (Poecilia reticulata) é uma destas espécies introduzidas acidentalmente ou artificialmente, advindo de várias populações de cativeiro em todo o mundo. Em alguns países, estas introduções se deram várias vezes, particularmente para o controle do crescimento de mosquitos transmissores de doenças, em lagos e pequenos riachos nos países tropicais. O Guppy se alimenta das larvas desses mosquitos, impedindo que cheguem à fase adulta. Devido à necessidade de se obter uma maior compreensão da diferenciação de populações introduzidas, e com isto poder reduzir o impacto da introdução de espécies exóticas, já que é a terceira causa de extinção de espécies nativas, foram coletadas três populações em cidades diferentes do estado de Goiás, e as suas características métricas analisadas. A análise procurou determinar a taxa de divergência, entre populações de vida livre, que contribuirá para a compreensão do processo de colonização dos ambientes naturais por esta espécie exótica. Os resultados indicaram que a divergência entre as populações analisadas, para a maioria das características é muito grande, ou seja, a taxa de divergência é maior do que a esperada pela evolução neutra, de modo que seleção direcional deve estar atuando sobre estas características.
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Métodos de correção de autovalores e regressão isotônica nos modelos AMMI / Methods of eigenvalue correction and isotonic regression in models AMMI

Araújo, Lúcio Borges de 02 February 2006 (has links)
Em experimentação agrícola, é freqüente a necessidade de análise conjunta de grupos de experimentos. Em muitos casos, o pesquisador deseja generalizar resultados para condições gerais de regiões e/ou em avaliar o desempenho de vários genótipos (tratamentos) em diversos ambientes (locais e/ou ano). Quando um conjunto de experimentos é planejado para vários locais é necessário considerar o delineamento individual em cada local e a combinação total dos genótipos com os locais (interação genótipo × ambiente). Logo, os dados observados podem ser organizados em uma tabela de dupla entrada. Existem várias metodologias de análise e interpretação para a interação genótipo × ambiente proveniente de um grupo de cultivares testados em vários ambientes. Entre essas metodologias destaca-se os modelos AMMI ("additive main effects and multiplicative interaction model"), como o próprio nome diz é um método uni-multivariado, que engloba uma análise de variância para os efeitos principais, que são os efeitos dos genótipos (G) e os ambientes (E) e para efeitos multiplicativos (interação genótipo × ambiente), utiliza-se a decomposição em valor singular (DVS). Essa técnica multivariada baseia-se no uso dos autovalores e autovetores provenientes da matriz de interação genótipo × ambiente. Araújo e Dias (2005) verificaram o problema de superestimação e subestimação de autovalores estimados da maneira convencional. Para superar esses problemas de estimação de autovalores, Muirhead (1987) apresenta três métodos para corrigir autovalores estimados a partir das matrizes de covariâncias amostral e alerta que nem sempre essas correções mantêm a ordem decrescente de valores, assim é sugerido o uso de regressão isotônica para ordenar esses dados, mas propriamente um algoritmo apresentado por Lin e Pearlman (1985). Os resultados indicaram que: A regressão isotônica juntamente com o algoritmo foi necessária e se mostrou muito importante em todos conjuntos de dados; Houve uma redução no número de componentes significativos para serem retidos nos modelos, fazendo com que os modelos AMMI selecionados sejam mais parcimoniosos quando se utiliza qualquer um dos métodos de correção; O método 2 apresentou as menores taxa de correção da soma de quadrados da interação genótipo × ambiente e o método 3 apresentou a maiores taxa de correção; Em relação a medida RMSPDPRESS, os menores valores foram obtidos quando se utilizou o método de correção 2. Já o método de correção 3 apresentou os maiores valores para RMSPDPRESS; O método 2 também se mostrou melhor quando o interesse era verificar o ganho em número de repetições, sendo que este benefício esteve sempre próximo de 3 repetições. Já o método 3 é o que apresenta um menor ganho em número de repetições, em torno de duas repetições. / In agricultural research is common to analyse groups of experiments. In many cases, the researcher intends to generalize results to general conditions of areas and/or evaluate the responses of several genotypes (treatments) in several environments (places and/or years). When a group of experiments is planned for several places it is necessary to consider the of design in each place and the combinations of the genotypes with the places (the interaction of genotype × environment). The observed data can be organized in an array. There are several methods of analysis and interpretation for the genotype × environment interaction from a group of genotype tested in several environments. These methods include AMMI models ("additive main effect and multiplicative interaction models"). As the name says it is a uni-multivariate method, that includes an analysis of variance for the main effects (the effects of the genotypes (G) and environments (E)) and assumes multiplicative effects for the genotype × environment interaction, using a singular value decomposition (DVS). This method estimates the eigenvalues and eigenvectors deriving from the matrix of genotype × environment interaction. Araújo and Dias (2005) found an overestimation and underestimation problem with the eigenvalues in the conventional way. To correct these problems Muirhead (1987) presents three methods to correct the eigenvalues from covariance the matrix and noted that these do not always maintain the order of values. The author suggested the use of isotonic regression to correct the eigenvalues, using an algorithm presented by Lin and Pearlman (1985). The results indicated that: The isotonic regression with the algorithm is necessary and it showed very important in all groups of data; There was a reduction in the number of significant components to be kept in the models and the order that the AMMI model selected is more parsimonious when any of the correction methods is used; The method 2 has the smallest rate of correction to the sum of squares of the genotype × environment interaction and method 3 has the largest correction rate; The measure RMSPDPRESS was smallest when method of correction 2 was used. The method of correction 3 has the largest values for RMSPDPRESS; Method 2 was also better when the interest was to verify the gain in number of replicates, and this benefit was always close to 3 replicates. The method 3 gives the smaller gain in the number of replicates, of around two replicates.

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