La biodiversité dans les paysages dépend des caractéristiques de ce paysage mais peut aussi être influencée par son histoire. En effet, certaines espèces ne réagissent pas immédiatement à une perturbation mais peuvent montrer un temps de réponse plus ou moins long. De ce fait, la prise en compte de l'évolution de l'habitat des espèces est devenue un enjeu important en écologie depuis quelques années, pour mieux comprendre la présence ou la diversité biologique actuelle. L'objectif de cette thèse en géomatique s'inscrit dans ce contexte applicatif d'écologie historique. Le sujet que nous traitons porte sur l'extraction automatique d'îlots boisés et la caractérisation de leur évolution spatio-temporelle depuis le milieu du XIXe siècle pour modéliser l'effet de leur trajectoire historique sur la diversité actuelle en syrphes forestiers (Diptera : Syrphidae). Le site d'étude est un paysage agri-forestier des Coteaux de Gascogne. La démarche générale proposée se compose de trois étapes principales : (1) la constitution de la base de données spatiales des îlots boisés intégrant plusieurs sources de données hétérogènes, (2) l'appariement des îlots boisés aux différentes dates avec la caractérisation de leur évolution spatio-temporelle, (3) la modélisation statistique des relations espèces-habitats intégrant l'histoire comme un des facteurs explicatifs de la diversité en syrphes observée. Plusieurs contributions méthodologiques ont été apportées à cette démarche. Nous avons proposé une nouvelle méthode de correction géométrique fondée sur la régression ridge à noyau pour rendre compatible les données spatiales anciennes et actuelles mobilisées. Nous avons également développé une approche et un outil de vectorisation automatique des forêts dans les dessins-minutes de la carte d'Etat-Major du XIXe siècle. Enfin, une première évaluation de l'impact de l'incertitude spatiale sur la réponse des modèles espèces-habitats a également été initiée. D'un point de vue écologique, les résultats ont révélé un effet significatif de la continuité temporelle des habitats sur la diversité en syrphes forestiers. Nous avons montré que les forêts les plus isolées présentaient une dette d'extinction ou un crédit de colonisation selon le type d'évolutions apparues au cours de la dernière période étudiée (1979-2010). Il s'est avéré qu'une durée de 30 ans n'était pas suffisante aux syrphes forestiers pour qu'ils retrouvent un été d'équilibre à la suite d'une évolution spatiale de leur habitat isolé. / Biodiversity in landscapes depends on landscape spatial patterns but can also be influenced by landscape history. Indeed, some species are likely to respond in the longer term to habitat disturbances. Therefore, in recent years, landscape dynamics have become a possible factor to explain current biodiversity. The aim of this thesis in GIS is part of this historical ecology context. We are dealing with automatic extraction of forest patches and characterization of their spatiotemporal evolution. The objective is to evaluate forest dynamics effects on current diversity of forest hoverflies. (Diptera: Syrphidae) in the agri-forestry landscape of Coteaux de Gascogne. The proposed general approach consists of three main steps: (1) the forest spatial database production from heterogeneous sources, (2) forest patches matching and characterization of their spatiotemporal evolution, (3) species-habitat modeling while integrating history as one of the factors likely to explain hoverflies diversity. Several methodological contributions were made. We proposed a new geometric correction approach based on kernel ridge regression to make consistent past and present selected data sources. We also developed an automatic extraction approach of forest from Historical Map of France of the 19th century. Finally, spatial uncertainty effects on ecological models responses have been assessed. From an ecological viewpoint, a significant effect from historical continuity of patches on forest hoverflies diversity was revealed. The most isolated fragments presented an extinction debt or a colonization credit according to area dynamics occurred in the last time-period (1970-2010). As it turns out, 30 years was not sufficient for forest hoverflies to reach new equilibrium after isolated habitat changes.

Les analyses et les interprétations des pathologies et de l'état sanitaire des populations du passé sont réalisées par différentes disciplines. Chaque chercheur amené à travailler sur ces domaines de recherche utilise ses méthodes respectives. En effet, les Historiens ont recours aux documents écrits, ou aux représentations iconographiques, les Archéologues ajoutent à ces premières données leurs interprétations découlant de l'étude de la culture matérielle, les Paléoanthropologues travaillent à l'aide de marqueurs pathologiques inscrits sur les os, tels que les paléotraumatismes, les indicateurs de pathologies dégénératives, les marqueurs de stress. De nouvelles disciplines comme la Paléoparasitologie, la Paléomicrobiologie et l'Archéoentomologie, tendent à montrer que ces approches traditionnelles peuvent bénéficier d'informations complémentaires, mais plus particulièrement de données supplémentaires pour le registre des maladies déjà identifiées en contexte archéologique.

En 1991, Philippe Brunet publie une traduction inédite de la poétesse grecque archaïque du VII ème siècle avant J.-C., Sappho. Dans cette traduction, celui-ci a tenté d'imiter et de faire ressentir le mètre grec en français. La difficulté de cette entreprise réside dans le fait que le français n'est pas une langue à accent de mot et qu'il ne ressent pas la quantité des syllabes. Les mètres poétiques du français se basent en effet sur le nombre des syllabes et non sur leur quantité. À la Renaissance, une telle tentative d'imitation du mètre grec avait déjà été entreprise par Jean-Antoine de Baïf. Mais celui-ci, oubliant les particularités accentuelles du français, n'a pas réussi à développer un système adéquat. Philippe Brunet quant à lui a su utiliser ces règles accentuelles françaises pour faire ressentir à son lecteur quelque chose du rythme quantitatif grec. Se servant autant de l'accent tonique que de l'accent initial, son système respecte dans son ensemble la langue française tout en créant un rythme nouveau. Une fois cette traduction comparée à d'autres, on peut également voir à quel point ses recherches sémantiques et prosodiques aident à la réalisation de ce rythme particulier. M ots-clé : Sappho, grec, traduction, rythme, mètre, métrique, accent. / In 1991, Philippe Brunet published a new translation of the seventh century B.C. archaic Greek poet, Sappho. In this translation, he attempted to imitate and instigate the feel of the Greek meter in French. The difficulty of this project stands in the fact that the French language is not one of word accentuation and it doesn't take into account the syllables quantity. The poetic meters in French are indeed based on the syllables number and not on their quantity. During the Renaissance, a similar imitation experiment had already been attempted by Jean-Antoine de Baïf. But dismissing the accentual particularities of the French language, he failed to develop an adequate system. Meanwhile, Phillipe Brunet was able to use the French accentual rules to make his read feel about the quantitative Greek rhythm. Using the tonic accent as well as the initial accent, his system fully respects the French language while creating a new rhythm. When this translation is compared to others, we can see how much his sematic and prosodic research help to the creation of this peculiar system.

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L'ivoire d'éléphant est un matériau biologique composé de fibres de collagène (CF) à 30 % massique et de particules d'hydroxyapatite carbonatées et enrichies en Mg à 70 % massique (Mg-carb-HAP). Il présente une structure hiérarchique complexe de la macro à la nano-échelle. La relation entre le motif macroscopique de Schreger observé à la surface des sections transverses des défenses et la micro-morphologie de l'ivoire en 3D (réseau tubulaire et orientations secondaires des CF) a été établie. Les marqueurs chimiques (Ca, P, Mg, Sr) et structuraux (épaisseurs et organisation des particules de Mg-carb-HAP) témoins des processus de formation de l'ivoire ont été déterminés. La diagenèse précoce en milieu marin a ensuite été étudiée par une approche physico-chimique combinant les analyses MEB, PIXE/RBS-EBS et SAXS. Les mécanismes d'altération identifiés sont les adsorptions des ions du milieu extérieur (Cl, Sr, Fe, Cu) à la surface des défenses, les échanges entre les ions exogènes et endogènes de l'ivoire et l'augmentation de la cristallinité des Mg-carb-HAP. Bien qu'immergées dans le même environnement diagénétique, les trois défenses du site des Poulins présentent différents états d'altération. Un bon état de préservation macroscopique ne reflète pas forcément un bon état de conservation de la dentine à l'échelle moléculaire. Finalement, l'ancienne polychromie et la dorure d'origine des ivoires d'Arslan Tash (Syrie, 800 av. J.C.) ont été restituées par des analyses non-invasives par FX en plein champ et PIXE/RBS-EBS. Les couleurs identifiées sont: le bleu et le vert égyptiens (Cu), avec des teintes plus ou moins claires (Pb), le rouge et l'orange (Fe). / Elephant ivory is a biological material composed of collagen fibers (CF) at 30 wt. % and Mg-enriched carbonated hydroxyapatite particles at 70 wt. % (Mg-carb-HAP). It has a complex hierarchical structure from macro- down to nano-scale. The relationship between the macroscopic Schreger patterns observed on the surface of transverse sections of tuks and the 3D micro-morphology of ivory (tubular network and CF secondary orientations) has been established. Chemical (Ca, P, Mg, Sr) and structural markers (thickness and organization of particles Mg-carb-HAP) which control the formation of ivory have been determined. Early diagenesis in the marine environment was then studied by means of SEM, PIXE/RBS-EBS and SAXS analyses. Diagenetic mechanisms were identified, as ionic adsorptions from marine environment to the tusk surfaces, ionic substitutions between exogenous and endogenous ivory ions and increased crystallinity of Mg-carb-HAP. Different states of preservation were observed among three tusks coming from the same submarine archaeological site. Good macroscopic preservation states of the surface does not necessarily reflect good preservation states of the dentin at the molecular level. Finally, the former polychromy and gilding of ivories from Arslan Tash (Syria, 800 BC.) have been reconstructed by non-invasive FF-FX and PIXE/RBS-EBS analyses. Egyptian blue and green (Cu) with different shades (Pb), as well as red and orange (Fe) have been identified. The gilding technique consisted of applying a 2 µm thick gold leaf. Over time, these decorations altered ivory surfaces inducing, among others, the formation of Au nanoparticles derived from the weathering of the gold leafs.

Un inventaire de 2361 éléments de sculpture non-architecturale découverts chez les Éduens a mis en évidence des concentrations au nord du territoire de cité, dans des zones riches en calcaires de qualité et ouvertes aux apports des cités gallo-romaines septentrionales. On en sait aussi plus sur la chaîne opératoire de la pierre, de l'extraction en carrière à l'abandon de l'objet. L'approvisionnement en pierre était surtout local, mais n'excluait pas des transports sur de longues distances. Les sculpteurs ont élaboré des manières de faire libérées des contraintes du matériau. On a aussi identifié des spécificités, comme une iconographie éduenne particulière, notamment dans les stèles funéraires, ainsi qu'un certain désintérêt pour les portraits. Désormais, il est possible d'aborder l'artisanat de la pierre de façon macroscopique dans la civitas éduenne, en raisonnant sur les questions géographiques, techniques, iconographiques et stylistiques. Le croisement des données issues de ces quatre grands dossiers a permis de reconnaître et de caractériser 33 ateliers et 50 sculpteurs isolés, actifs du Ier s. au début du IVe s. de notre ère. Si la sculpture sur pierre se développe à partir du règne des Flaviens, elle atteint un sommet dans la deuxième moitié du IIe s. avant de chuter au siècle suivant. Dans le territoire éduen, l'artisanat de la pierre n'est pas circonscrit aux villes, et des ateliers de qualité ont œuvré à l'échelle de pagi, de sanctuaires ou de petites agglomérations. Enfin, plusieurs liens entre les ateliers ont été identifiés, montrant des traditions locales, des compétitions entre sculpteurs, des systèmes d'emprunts, de transmissions et d'affiliations. / Achieving an inventory of 2361 non-architectural stone sculptures discovered in the civitas Aeduorum, a distribution map shows that most of these can be found in the northern part of the civitas. There, the sandstone is of the utmost quality, thus explaining this specific concentration. The same area has clearly received influences from the northern civitates. We now know more about the operational chain of stone, from the quarry to the abandon of the sculpted artifact. Stone supply was mostly local, but some long distance transports have been seen. Sculptors have elaborated a craft where the material was no longer a constraint. Some specificities have been put to light, such as a peculiar iconography, especially when it comes to tombstones, and a neglect for portraits. Henceforth, we can discuss stone-craft in this civitas from a macroscopic perspective. This allows an analysis of the spatial distribution as well as new data regarding ancient techniques, iconography and style. Combining those points has led to the identification of 33 workshops and 50 isolated sculptors, active from the Ist century CE to the IVth century. Stone sculpture has mostly developed during the Flavian dynasty, reached its peak during the second half of the IInd century CE before a downfall in the IIIrd century. In the Aedui civitas, stone-carving is not an urban phenomenon, and some high-skilled workshops were active in several pagi, sanctuaries and small settlements. In the end, links between the workshops have been found : they reveal local traditions, competition between sculptors, influences and affiliations.

Le blé (genre Tritucum aestivum, famille des Poaceae) est une céréale d’intérêtagronomique très important. Certaines variétés très anciennes sont mise de côté pour desvariétés plus récentes souvent sélectionnées pour répondre à une culture intensiveconsommatrice de produits phytosanitaires. L’agriculture biologique, système de productionsupposant une réduction des intrants chimiques de synthèse afin de préserver l’écosystème,peut se définir comme une pratique où l’emploi d’engrais synthétiques, de pesticideschimiques et d’organismes génétiquement modifiés est prohibé.Cette pratique gagne de plus en plus en popularité et la superficie des terres cultivéesde cette manière a crû de 60 % entre 2000 et 2004, sur la planète. Les contraintes associées àla production de céréales biologiques comprennent la baisse de rendement attribuable auxcarences d’éléments nutritifs dans le sol et la concurrence des mauvaises herbes. Au cours des90 dernières années, les efforts internationaux d’amélioration du blé se sont concentrés sur lahausse du rendement et les paramètres de qualité.La mise en place d’une base de données des blé basées sur des critèresmorphologiques, taxonomiques et écologiques et l'introduction des mycorhizes à arbuscules(MA), connues pour aider à la sélection et induire une augmentation de rendement et dequalité de la production, dans l'optique de produire plus dans une agriculture respectueuse del’environnement pourrait constituer une partie intégrante d'une stratégie appropriée.Cependant, les effets mycorhiziens sur les rendement et la qualité de la production ne sont pastoujours prévisibles et les mécanismes qui régulent ces paramètres qualitatifs des mycorhizessont largement inconnus.Le criblage au champ de 53 variétés de blés anciens a montré des différences dans leuraptitude à développer des mycorhizes avec des champignons indigènes. Des plantesanalysées, seul cinq variétés étaient toutes mycorhizées au Tallage, alors que toutes l’étaientau stade Epiaison. Au stade Maturation des épis, dix-neuf variétés montraient une diminutionde la mycorhization.L’inoculation avec un inoculum de laboratoire lors de l’expérimentation en serre dansdes pots contenant d’une part leur terre habituelle de culture et de l’autre la terre d’Epoisses4montre, qu’ avec cet inoculum, toutes les variétés de blé se mycorhizent. Pour les variétéstestées, les variétés récentes utilisées en agriculture biologique mycorhizent mieux que lesanciennes, mais l’effet mycorhizien sur le rendement est observé uniquement chez desvariétés anciennes de blé. Démontrant ainsi un effet variétal sur le développement etl’expression de la symbiose. Les bénéfices de la symbiose sont plus accentués au niveau desphénomènes qualitatifs à savoir la viabilité des grains.L’apport d’un inoculum commercial lors d’expérimentation en serre dans des potcontenant le même sol, a modifié ces proportions. Cet inoculum a également permisl’amélioration du développement des blés et la qualité des graines de certaines variétésdémontrant à la fois l’importance du génome de la plante dans l’expression bénéfique de lasymbiose et de l’impossibilité des champignons mycorhizogènes indigènes à assurer ledéveloppement optimal de la symbiose. Au champ, l’effet variétal a été confirmé suite àl’apport d’un inoculum commercial ou, à l’exception d’une variété, l’inoculation a permis uneamélioration du rendement, particulièrement sensible chez la variété qui a été la plusproductive, soulignant l’intérêt qu’il y aurait à développer un projet de croisement pouraugmenter la réponse des blés aux mycorhizes. / Wheat (kind Tritucum aestivum, Poaceae family) is a very important cereal ofagronomic interest. Some very ancient varieties are set aside for recent varieties often selected to meet a consumer intensive cultivation of pesticides. Organic farming production system assuming a reduction of synthetic chemical inputs in order to preserve the ecosystem can be defined as a practice where the use of synthetic fertilizers, chemical pesticides and genetically modified organisms is prohibited. This practice is gaining more and more popularity and the amount of land cultivated in this way has increased by 60% between 2000 and 2004. Constraints associated with the production of organic grains include lower yields due to nutrient deficiencies in the soil and weed competition. During the past 90 years, the international efforts in wheat breeding have focused on increasing yield and quality parameters The establishment of a wheat database based on morphological, taxonomic and ecological criteria and the introduction of arbuscular mycorrhizal (AM), known to help in the selection and induce an increase in yield and quality of production with a perspective to increase production in an agriculture that respects the environment, could be an integral part of an appropriate strategy. However, mycorrhizal effects on yield and quality of production are not always predictable and the mechanisms that regulate these qualitative parameters are largely unknown. Field screening of 53 ancient wheat varieties showed differences in their ability to interact with endogenous mycorrhizal fungi. Among the analysed plants, only five varieties were mycorrhized for all samples at tillering. All samples were mycorrhized at the heading stage for all varieties. Nineteen showed a decrease in the number of mycorrhized samples at the ears maturity. Inoculation with a laboratory inoculum during a greenhouse experiments in pots, containing either the wheat field soil or Ò EpoissesÓ soil, showed that all wheat varieties form mycorrhizal symbiosis. Between varieties tested, recent wheat varieties used in organic farming were better in forming symbiosis than the old, but the mycorrhizal effect on plant yield is seen only for old varieties. Demonstrating a variety effect on the development and 6 expression of symbiosis. The benefits of mycorrhizal symbiosis are more pronounced for the qualitative phenomena as the seed viability. The addition of a commercial inoculum in a similar greenhouse experiment modified these observations. This inoculum helped to improve wheat development but also the seed quality of some varieties, demonstrating both the importance of the plant genome in the beneficial expression of the symbiosis and the impossibility of indigenous mycorrhizal fungi to ensure optimal development of symbiosis. The previously observed field varietal effect was confirmed even after adding an exogenous inoculum as, excepted for one variety, inoculation has improved yield. This was especially noticeable in the variety that was most productive, stressing the importance to develop crossing strategies to increase the wheat response to mycorrhiza.

Faute de travaux scientifiques, Constantine, capitale de l’Est algérien, a quelque peu disparu de la bibliographie archéologique ces dernières décennies. Il est vrai que l’étude archéologique en milieu urbain n’est pas aisée. Pour palier cette absence, cet exposé propose un état des lieux des travaux antérieurs sur le sujet, afin de mettre en place l’ébauche d’une recherche sur la topographie urbaine de la ville, dans l’Antiquité. Le point de départ de ce travail correspond à une prise de conscience de l’éparpillement des sources et de la difficulté à les consulter. Ainsi, regrouper les sources anciennes et récentes était nécessaire pour créer un répertoire de notices de découvertes, agrémentées ou non de planches. Ces notices forment chacune un site à reporter, dans la mesure du possible, sur une carte, elle-même divisée en plusieurs parties, correspondant à diverses sections, mises en place pour faciliter l’organisation de cette étude. Ce catalogue, première évaluation du potentiel archéologique de Constantine, permet finalement former quelques hypothèses qui pourront servir d’appuis aux travaux archéologiques à venir. / For lack of scientific works, Constantine, capital of eastern Algeria, has somewhat disappeared from the archeological bibliography these last decades. It is right to say that the archeological study in urban areas isn’t that easy. To overcome this lack of research, this presentation offers an inventory of fixtures of the previous works on the subject, in order to produce the outline of a research on the urban topography of the city, in Antiquity. The starting point of this work represents an awareness of the dispersal of the sources and the difficulty to consult them. Thus, gathering the old and the recent sources was necessary to create a notebook of discovery notes, accompanied or not by «boards». These notes each form a site to copy out, when possible on a map, that is divided in several parts, corresponding to different sections, made up to facilitate the organisation of this study. This catalog, first estimation of the archological potential of Constantine eventually allows us to establish a few hypothesis that will be used as a support for further archelogical research.

C’est au IVe siècle que le grammairien romain Maurus Servius Honoratus compose son commentaire sur l’Énéide de Virgile. Ce recueil de commentaires, ou scholia, a notamment comme objectif l’enseignement d’une langue normative guidé par les principes de la latinitas : le latin conforme aux principes grammaticaux. Malgré la place centrale qu’occupe depuis longtemps l’Énéide dans l’éducation et la culture latine, Servius voue une grande partie de son commentaire à l’explication des tournures de langue irrégulières que présente le texte de Virgile. S’il excuse ces irrégularités en raison du langage poétique ou de l’antiquité du texte, le grammairien en proscrit toutefois l’usage à ses étudiants. La reconnaissance de l’autorité du texte entretient alors une tension constante avec les règles synthétiques qu’a établies la discipline grammaticale. Cette recherche se propose d’explorer d’abord cette tension sous deux aspects précis : le traitement de la syntaxe des prépositions et le déploiement du langage technique définissant les différentes expressions jugées irrégulières. Pour comprendre de quelle manière langage constitue aux yeux du grammairien le socle du savoir objectif sur le monde antique, un troisième chapitre est consacré à l’apport notionnel et pédagogique des étymologies savantes pour le commentaire. Servius est héritier d’une longue tradition intellectuelle, ce qu’il ne rend pas toujours apparent dans ses notices. Cette recherche s’est fait un souci de déterminer l’origine de principes sur lesquels s’appuie la composition des scholies serviennes. / In the 4th century, Roman grammarian Maurus Servius Honoratus composed his commentary on Virgil's Aeneid. One of the aims of this collection of commentaries, or scholia, was to teach a normative language guided by the principles of latinitas: Latin in accordance with grammatical principles. Despite the Aeneid's long-standing centrality in Latin education and culture, Servius devotes much of his commentary to explaining the irregular turns of language in Virgil's text. Although he excuses these irregularities on the grounds of poetic language or the antiquity of the text, the grammarian nonetheless forbids their use by his students. Recognition of the text's authority thus maintains a constant tension with the synthetic rules established by the discipline of grammar. This research will explore this tension from two specific angles: the syntactic treatment of prepositions and the deployment of technical language to define various expressions deemed irregular. To understand how the grammarian sees language as the foundation of objective knowledge about the ancient world, a third chapter is devoted to the notional and pedagogical contribution of learned etymologies to commentary. Servius is heir to a long intellectual tradition, which he does not always make apparent in his notes. The aim of this research is to determine the origin of some principles underlying the composition of Servian scholia.