A seleção e produção de touros para o mercado pecuário tornam-se foco de muitos estudos, e um grande desafio para o segmento em se tratando da constante busca de melhorias nos desempenhos produtivos dessa categoria animal. A tese teve por objetivo simular o que poderá acontecer com a produção de reprodutores, em termos de quantidades produzidas e custos operacionais efetivos, sob a influência dos métodos de acasalamentos e das biotécnicas reprodutivas disponíveis no mercado nacional. A hipótese em questão é a de testar se acasalar matrizes, classificadas por genótipo, suas produções serão melhores do que quando comparada à produção de matrizes classificadas por fenótipo. Foram simulados 42 cenários produtivos, divididos em 21 cenários com acasalamento genotípico e 21 com acasalamento fenotípico. Em cada divisão constam simulações com uso de Monta Natural, Inseminação Artificial padrão e com sêmen sexado para machos, Transferência de Embriões padrão e com sêmen sexado para machos, Fecundação in vitro padrão e com sêmen sexado para machos, sendo que em todos os casos três níveis diferentes de taxas de concepção foram testados. Os resultados apontaram que o sistema de acasalamento teve influência direta na produção de tourinhos, sendo que o acasalamento por genótipo foi mais eficiente do que o acasalamento por fenótipo. As taxas de concepção influenciaram negativamente mais os resultados dos sistemas de acasalamento fenotípico. Há um grande aumento no custo operacional efetivo dos sistemas que utilizaram as biotécnicas reprodutivas de Transferência de Embriões e Fecundação in vitro, e consequentemente uma redução na lucratividade destes sistemas. As simulações com Monta Natural apresentaram as maiores Margens Brutas e as simulações com Inseminação Artificial com uso de sêmen sexado para machos apresentaram os maiores Lucros Brutos. / The selection and production of bulls for the cattle market have both become the goal of many studies, as well as a great challenge for the segment, providing the constant search for performance improvement of that sort of animal. The target of this thesis is to simulate what may happen to the production of stud, in terms of quantity and effective operational costs, under the influence of the mating methods and the available reproduction biotechniques in the national market. The hypothesis under analysis consists of testing if mating matrices, classed by their genotype, their produce will be better than when compared to the produce of phenotype-classed matrices. 42 productive-scenes, divided into 21 genotype mating and 21 phenotype mating were simulated. In each of the scene divisions there were the following simulations: Natural Breeding, standard Artificial Insemination, Artificial Insemination with male-gendered semen, standard Embryo Transference, Embryo Transference with male-gendered semen, standard In-vitro Fecundation and In-vitro Fecundation with male-gendered semen, so that in all the cases, three different conception rates were tested. The results displayed that the mating system directly influenced the young bull production, once the genotype mating was more efficient than the phenotype mating. The conception rates negatively influenced the results of the phenotype mating mainly. There was a dramatic increase in the effective operational cost of the systems that used the reproductive biotechniques of Embryo Transference and In-vitro Fecundation, and, consequently, profitability reduction of those systems. The Natural Breeding simulations presented the highest Gross Margin, and the simulations of Artificial Insemination with male-gendered semen showed the highest Gross Profit.

O crescente volume de publicações científicas gerado pelo desenvolvimento das pesquisas e as conclusões, algumas vezes destoantes, obtidas em diferentes trabalhos versando sobre um mesmo tema, são as duas principais motivações de pesquisadores em compilar informações publicadas. Em vista disso, procedimentos estatísticos, dentre os quais destaca-se a meta-análise, vêm sendo desenvolvidos para obtenção de uma resposta única e confiável para um conjunto de resultados publicados.No melhoramento genético animal há um grande número de trabalhos contendo estimativas de herdabilidade de características de crescimento em bovinos de corte. Através de pesquisa bibliográfica foram encontrados, em 186 artigos publicados, 869 estimativas de herdabilidade de efeito direto, 186 estimativas de herdabilidade de efeito materno e 123 estimativas do coeficiente de correlação genética entre os efeitos direto e materno, das características de crescimento peso ao nascimento, peso a desmama, peso aos 365 dias e peso aos 550 dias em bovinos de corte de origem indiana. De posse deste conjunto de dados, foram realizadas meta-análises, dentro de cada uma das quatro características de crescimento, cujo objetivo principal foi obter uma resposta combinada, para estes parâmetros genéticos, sob enfoques clássico e bayesiano. No enfoque clássico conduziram-se as meta-análises utilizando modelos fixo e aleatório, em que dois estimadores, o de máxima verossimilhança restrita e o proposto por DerSimonian & Laird, foram empregados para estimar a variância entre os estudos. Também foi realizada meta-análise de acordo com a técnica de agrupamento de Ward. Sob o enfoque bayesiano, as meta-análises foram conduzidas utilizando-se um modelo hierárquico e, a variância entre os estudos, foi obtida via simulação através do modelo proposto. As estimativas combinadas de herdabilidade de efeito direto variaram de 0,18 a 0,33, nos diferentes grupos formados a partir da análise de agrupamento, sendo sempre menores àquelas obtidas para peso à desmama e sempre maiores àquelas obtidas para peso aos 550 dias. As estimativas combinadas de herdabilidade de efeito materno foram 0,09 para peso ao nascimento, 0,13 para peso à desmama, 0,12 para peso aos 365 dias e 0,05 para peso aos 550 dias. As estimativas combinadas para correlação entre os efeitos diretos e maternos foram de -0,16 para peso ao nascimento, à desmama e aos 550 dias e -0,20 para peso aos 365 dias. Os três métodos utilizados para estimar a variância entre os estudos, o da máxima verossimilhança restrita, o proposto por DerSimonian & Laird e o Bayesiano, conduziram a valores distintos para esta variância, sendo sempre maiores os valores obtidos através do método Bayesiano e sempre menores os obtidos por DerSimonian & Laird. Porém, os valores das estimativas combinadas para herdabilidades de efeito direto, obtidas através destes três estimadores, muito próximos, para as quatro características. Devido ao fato de comparar e combinar resultados de estudos distintos, permitindo inferir sobre um conjunto de resultados publicados, recomenda-se a meta-análise, como procedimento estatístico, para obtenção de valores combinados das estimativas de herdabilidade de efeito direto, materno e suas correlações, nas características de crescimento em bovinos de corte. / The increasing volume of research publications as a consequence of scientific development and eventually with divergent conclusions obtained in different studies about the same subject are the two main motivations for compiling the information of these works. Statistical procedures, particularly the meta-analysis, were developed in order to obtain a unique and realistic answer from a set of published results. In the field of animal breeding there is a large amount of research work on heritability estimates for growth traits in beef cattle. A total of 186 articles was found in literature, reporting 869 direct heritability estimates, 186 maternal heritability estimates and 123 direct-maternal genetic correlation for birth weight, weaning weight, weight at 365 and at 550 days of age in zebu beef cattle. Based on this data set, meta-analysis, under Classic and Bayesian approaches, were performed in order to obtain a pooled estimate of those genetic parameters for each trait. Regarding the Classic approach, the meta-analysis were performed using a random effect model, where two estimators, the Restricted Maximum Likelihood and the one proposed by DerSimonian & Laird were used to evaluate the variance between studies. Also, it was performed a meta-analysis using the method of cluster analysis of Ward to group the estimates. Under the Bayesian approach, the meta-analysis was performed using a hierarchical model and the variances between the studies, were obtained by simulation using the proposed model. The pooled estimates for direct heritabilities ranged from 0.18 to 0.33 for the different groups composed by the cluster analysis. The lower values were obtained for weaning weight and higher values were obtained for weight at 550 days of age. The pooled estimates for maternal heritabilities were 0.09 for birth weight, 0.13 for weaning weight, 0.12 for weight at 365 days of age and 0.05 for weight at 550 days of age. The pooled estimates for direct-maternal genetic correlations were -0.16 for birth weight, weaning weight and weight at 550 days of age and -0.20 for weight at 365 days of age. The three methods, Restricted Maximum likelihood, the estimator proposed by DerSimonian & Laird and the Bayesian, used to estimate the variance between studies lead to different values, the greater ones obtained by Bayesian method and the lower by DerSimonian & Laird. In general, pooled estimates values for direct heritabilities, obtained by those three estimators, were very close. Meta-analysis is recommended as a statistical procedure to compare and combine results from different studies in order to obtain pooled values of direct and maternal heritabilities and direct-maternal genetic correlations of growth traits of beef cattle.

Os efeitos genéticos aditivos e de heterozigoses são importantes na avaliação genética de populações compostas. Quando existem fortes relações lineares entre as variáveis explanatórias, os coeficientes de regressão tem erros-padrão elevados, são sensíveis a mudanças nos dados e a adição ou eliminação de variáveis explicativas no modelo. A alternativa usada na tentativa de diminuir esse problema foi aplicar o método de regressão de cumeeira - RC, pois na presença de multicolinearidade, pode permitir a obtenção de estimativas mais estáveis dos efeitos aditivos de origem genética e de heterozigose, em relação às obtidas pelo método dos quadrados mínimos - QM. Foram analisados os dados de pesos ao nascimento - PESNAS, ao desmame - PESDES, perímetro escrotal aos 390 dias - CE e escore para musculosidade aos 390 dias - MUSC de bovinos compostos Montana Tropicalr, com diferentes composições raciais NABCs, obtidos em várias fazendas brasileiras, relativos aos animais nascidos no período de 1994 a 2008. O modelo incluiu os efeitos aditivos e não aditivos. O grau da multicolinearidade foi obtido através do valor do fator de inflação da variância - V IF, dos índices de condição e da decomposição proporcional da variância. Os parâmetros de cumeeira foram obtidos a partir da multiplicação de uma constante, pela razão entre o V IF da covariável correspondente e o maior V IF. O traço de cumeeira foi utilizado para verificar se as estimativas dos coeficientes se estabilizaram, para o parâmetro de cumeeira obtido para cada variável explicativa. Duas análises foram aplicadas: i) os efeitos foram estimados por quadrados mínimos; ii) os efeitos foram estimados por regressão de cumeeira. Para cada variável resposta foi identificado o número de colinearidades, seus respectivos graus e as variáveis explicativas envolvidas em cada uma. As covariáveis envolvidas no modelo, para peso ao nascimento participaram de uma colinearidade forte e quatro colinearidades fracas; para peso ao desmame e escore de musculosidade aos 390 dias, houve duas relações de quase dependência fortes e três fracas, enquanto que para perímetro escrotal aos 390 dias obteve-se três colinearidades fortes e três fracas. O método que estimou os coeficientes por regressao de cumeeira foi melhor que o método dos quadrados mínimos, para todas as caracter´sticas. A m´edia dos V IFs para PESNAS, PESDES, CE e MUSC reduziram de 15, 5; 16; 17, 5 e 23, 9 para 5, 8; 5, 3; 5, 7 e 5, 1 respectivamente, após o uso da RC. Os erros-padrão diminuíram fornecendo estimativas mais estáveis que as obtidas por quadrados mínimos. Apenas para a covariável A sobre a variável resposta peso ao nascimento as soluções obtidas por QM e RC diferiram em direção, no mais, houve diferenças em magnitude / The genetic additive and heterozygosity effects are important in the genetic evaluation of multibreed populations. When there is strong linear relation between the explanatory variables, the regression coefficients have large standard errors and are sensitive to changes in the data set and to the addition or removal of explanatory variables in the model. The alternative used to try to reduce this problem was to apply the method of ridge regression - RC, which could allow for the estimation of more stable coefficients of direct and maternal breed additive effects of genetic origin and heterozygosity in relation to those obtained by the method of least squares QM . The objective is to analyze the data of birth weight - PESNAS, weaning - PESDES, the scrotal perimeter 390 days - CE and scoring for the muscularity 390 days - MUSC of cattle compounds Montana Tropical r, with different racial compositions NABCs, obtained in several Brazilian farms on of animals born from 1994 to 2008. The model included additive and non-additive effects. The degrees of multicollinearity were obtained through the value of the variance inflation factor - V IF, the index conditions - IC and by proportional decomposition of Variance. The ridge parameters were obtained from the multiplication of a constant to the ratio of the VIF from each covariate and the highest VIF. For each explanatory variable, the ridge trace was used to verify that the estimated coefficients were stabilized using the ridge parameter. Two different methods were applied: i) the effects were estimated by least squares; ii) the effects were estimated by ridge regression. For each response variable the number of colinearities was identified, their degrees and the variables involved in each. The covariates used in the model for birth weight participated in a strong colinearity and four other weak colinearities; for weaning weight and muscle score for 390 days, there were two strong relations of dependency and three almost weak, while for the perimeter scrotal 390 days it was observed three strong and three weak colinearities. The ridge regression coefficients method was considered better than that of least squares for all factors. The V IFs average for PESNAS, PESDES, CE and MUSC reduced from 15.5, 16, 17.5 and 23.9 to 5.8, 5.3, 5.7 and 5.1 respectively, after using the RC. The standard errors of the estimators decreased providing estimates more stable than those obtained by least squares. Only for A covariate on the response variable weight at birth the solutions obtained by QM and RC differ in direction, where the other ones differed only in magnitude.

Em um contexto de analise de dados de sobrevivência univariados ou multivariados, dados de tempos de falha caracterizam-se pela possibilidade de poderem ser censurados. Embora comum na pratica, a censura impede o uso de alguns procedimentos estatisticos covencionais o que vem motivando, em especial apos a publicacao do artigo de Cox (1972), o desenvolvimento de metodos estatisticos nessa area. Uma linha de estudo recente e a de que, em algumas situacoes, a variavel resposta esteja sendo inuenciada por variaveis latentes, variaveis estas que sao usadas, em um sentido estatistico, para descreverem efeitos geneticos ou ambientais compartilhados pelos indivduos ou, ainda, covariaveis nao consideradas no estudo. Nesse trabalho, enfase e dada aos modelos de sobrevivencia que consideram tempos de falha multivariados e variaveis latentes. Esses tempos aparecem quando, por exemplo, cada individuo em estudo esta sujeito a diversos eventos ou, quando existe um agrupamento natural ou artificial o qual induz dependencia entre os tempos dos individuos do mesmo grupo. Modelos com variaveis latentes em que tais tempos de falha ocorrem em intervalos de tempo, ou seja, em um contexto de censura intervalar sao especialmente considerados nesse trabalho. O modelo de fragilidade gama para dados de sobrevivencia com censura intervalar e proposto, nesse trabalho, como um criterio para a selecao de bovinos. Como uma alternativa para esta selecao, o modelo de curvas de crescimento com efeitos aleatorios e tambem considerado. Para a estimacao dos parametros envolvidos em ambos os modelos propostos, programas computacionais sao apresentados. Uma abordagem Bayesiana e considerada no processo de estimação sendo, o metodo de Markov chain Monte Carlo (MCMC) utilizado e as distribuicoes a posteriori obtidas, usando-se o amostrador de Gibbs. O modelo de fragilidade gama com censura intervalar e o de curvas de crescimento com efeitos aleatorios sao comparados por meio de um estudo de simulação. Para ilustrar ambos os modelos propostos, estudos com bovinos das racas Nelore e Canchim são utilizados. / In a context of univariate or multivariate survival data analysis, failure times data are characterized by the possibility to be censored. Although common in practice, censoring precludes the use of some conventional statistical procedures and it has been motivating, specially after the publication of the Cox's paper (1972), the development of statistical methods in this area. A recent topic of study is concerned with some situations where the response variable is in uenced by latent variables which are used in a statistical sense to describe genetic or environmental efects shared by individuals or also covariates not considered in the study. In this work emphasis is given to survival models which consider multivariate failure times and latent variables. Such times occur when, for instance, each individual under study is exposed to several events or when there is a natural or artificial clustering that causes dependence among times of those individuals at the same cluster. Models with latent variables where such failure times lie in intervals of time, i.e. in an interval censored context are specially considered in this work. The gamma frailty interval censored survival model is proposed in this work as a selection criterion for cattle. As an alternative selection criterion the growth curves model with random efects is also considered. To estimate the involved parameters in both proposed models, computational programs are presented. A Bayesian approach is considered in the estimation process so that the Markov chain Monte Carlo (MCMC) method is used and the posterior distributions are obtained using Gibbs sampling. The gamma frailty interval-censored survival model and the growth curves model with random efects are compared using a simulation study. To illustrate both proposed models studies with Nelore and Canchim cattle are used.

A produção de leite em geral é a característica mais importante em programa de melhoramento animal de rebanhos leiteiros. Vários estudos tem sido conduzidos para no Gir Leiteiro envolvendo a estimação de parâmetros genéticos para características produtivas nos últimos anos, mas pequena atenção foi dada a saúde do úbere e características reprodutivas. Os índices de seleção são utilizados em vários países para selecionar animais mais lucrativos e para quantificar a resposta correlacionada entre as características a serem incluídas como objetivos de seleção. Este trabalho tem como objetivo desenvolver um estudo visando a construção de índices de seleção para posterior utilização na classificação e seleção dos animais avaliados no programa de teste de progênie de bovinos Gir Leiteiro no Brasil. Componentes de (co) variância para a produção de leite (PL), gordura (G), proteína (P), porcentagem de gordura (G%), porcentagem de proteína (P%), escore de células somáticas (ECS), intervalo de partos (IDP) e idade ao primeiro parto (IPP) foram estimados usando informações de desempenho fornecidas pela Associação Brasileira de Criadores de Gir Leiteiro (ABCGIL). Os dados incluíram registros de 10.146 vacas, filhas de 1005 touros, com partos ocorridos entre 1989 e 2013, distribuídas em 289 rebanhos. As análises estatísticas foram realizadas utilizando modelo animal, em análises bivariadas pelo método de máxima verossimilhança restrita (REML). Sete diferentes índices foram propostos (chamados GPI = Gir Performance Index), com alternativos objetivos de seleção e fatores de ponderação. GPI-1: PL + G +P, incluindo os respectivos valores econômicos (VE$) das características. GPI-2: PL + P + IDP + IPP, incluindo os respectivos valores econômicos (VE$) para as características reprodutivas e ponderação zero para IDP e IPP; GPI-3: PL + P + IDP + IPP, incluindo os respectivos valores econômicos (VE$) para as características produtivas e para IDP, e ponderação zero para IPP. Baseados nas possíveis respostas esperadas obtidas nos índices anteriores, diferentes fatores de ponderação foram atribuídos para as características do GPI-4 ao GPI-7. GPI-4: 0.20*PL + 0.40*P - 0.30*IPP - 0.10*IDP; GPI-5: 0.10*PL + 0.50*P - 0.10*IPP - 0.30*IDP; GPI-6: 0.10*PL + 0.60*P - 0.10*IPP - 0.20*IDP e GPI-7: 0.10*PL + 0.30*P - 0.20*IPP - 0.40*IDP. O GPI-1, GPI-2, GPI-3 e GPI-4 apresentaram maiores respostas para a produção de leite. Pequenas diferenças nas respostas para P foram observadas entre os índices. A resposta para IDP diminuiu do GPI-1 ao GPI-7 o que pode ser favorável, pois diminuiria o IDP. Entretanto, não foram obsevadas grandes diferenças entre as respostas econômicas, indicando que é possível a seleção para características reprodutivas sem diminuir o lucro. Os resultados sugerem que a seleção somente para produção de leite poderia levar a um declínio no desempenho reprodutivo. A inclusão da PL, P, IDP e IPP como objetivos de seleção no programa desenvolvido pela ABCGIL poderia promover um equilíbrio entre o melhoramento das características produtivas e reprodutivas. No entanto, espera-se lenta resposta à seleção devido às baixas estimativas de herdabilidade das características. / Milk production traits in general are the most important trait in dairy cattle breeding program. Several studies have been conducted on Gir cattle involving the estimation of genetic parameters for milk production traits over last years, but small attention was given to udder health and reproductive traits. Selection indexes have been used around the world to select more profitable animals and to quantify the correlated response among all traits included in the breeding goal. Thus, the main goal of the present study was to develop a selection indexes for future use in the classification and selection of animals evaluated in a breeding program of Gir dairy cattle in Brazil. The estimate genetic parameters for 305d milk yield (MILK); fat yield (F), fat content (F%), protein yield (P), protein content (P%), lactation somatic cell score (LSCS), calving interval (CI) and age at first calving (AFC), were calculated using information on milk and reproduction traits provided by the Brazilian Association of Gir Dairy Breeders (ABCGIL). Dataset included records of 10,146 cows, daughters of 1,005 sires, who calved between 1989 and 2013, reared in 289 herds. The statistical analyses were carried out by an animal model, in bivariate analyses using the restricted maximum likelihood method. Seven different situations were created in the present study to define the breeding goals for Gir Dairy cattle (named GPI = Gir Performance Index). GPI-1; MILK + F + P, including the respective economic values (EV$) of traits; GPI-2: Milk + P + AFC + CI, including the respective economic values (EV$) for milk traits and zero for CI and AFC; GPI-3: M + P + AFC + CI, considering EV ($) for MILK, P, CI and zero for AFC. Based on possible expected responses obtained from previous indexes, different weighting factors were attributed to traits in GPI-4 to GPI-7. GPI-4: 0.20*MILK + 0.40*P - 0.30*AFC - 0.10*CI; GPI-5: 0.10*MILK + 0.50*P - 0.10*AFC - 0.30*CI; GPI-6: 0.10*MILK + 0.60*P - 0.10*AFC - 0.20*CI and GPI-7: 0.10*MILK + 0.30*P - 0.20*AFC - 0.40*CI. GPI-1, GPI-2, GPI-3 and GPI-4 provided higher genetic responses for MILK. Small differences on responses were observed for P across all indexes. Responses for CI decreased from GPI-1 to GPI-7, which could be favorable, however no differences among the economic selection response were observed, indicating that is possible include reproduction traits in the index without decrease the profit. These results suggest that the selection based only on the improvement of milk yield could lead to a decrease in reproduction performance. These results suggest that inclusion of MILK, P, CI and AFC traits in the breeding goals in the breeding program developed by ABCGIL could generate a balanced improvement of production and reproduction traits. However, is expected smal response to selection due to low heritability estimates for these traits.

A tendência da indústria em produzir alimentos mais saudáveis, com menos gordura vem aumentando sensivelmente. O desafio do melhoramento nos dias atuais é melhorar a qualidade da carcaça dos frangos juntamente com a redução nos teores de gordura, que é uma exigência do mercado consumidor. A leptina é um hormônio polipeptídico secretado principalmente pelo tecido adiposo com um importante papel na regulação da ingestão de alimentos, metabolismo de energia e reprodução. O gene da leptina e seu receptor vem sendo objeto de intensa investigação representando excelentes genes candidatos para deposição de gordura na carcaça nos programas de seleção assistida por marcadores. A função desses genes tem sido intensamente estudada em mamíferos, porém, em aves poucos estudos foram realizados. O presente trabalho teve como objetivo investigar a ocorrência de polimorfismos no gene da leptina e de seu receptor em galinhas, e avaliar os efeitos desses polimorfismos sobre características de desempenho e carcaça. Duas linhagens de aves, uma de corte (TT) e uma de postura (CC) foram utilizadas para desenvolver a população referência F2 empregada no presente estudo. A polução referência foi desenvolvida no sistema de Melhoramento Genético de Aves da Embrapa Suínos e Aves, em Concórdia/SC. Foram desenhados primers para amplificar o gene da leptina e os íntrons 8 e 19 do do gene do receptor da leptina. Entretanto, após diversas tentativas não foi possível amplificar o DNA genômico e cDNA do gene da leptina. No íntron 8 do gene do receptor da leptina o SNP C352T foi genotipado por seqüenciamento em 247 animais da população F2. O alelo T foi associado ao maior rendimento de carcaça (P=0,0165), rendimento de peito (P=0,0137), gramas de proteína bruta (P=0,0112) e cinza na carcaça (P=0,0150), enquanto o alelo C foi associado somente ao rendimento de fígado (0,0102). No íntron 19 o SNP G915A foi genotipado por PCR-RFLP em 137 animais da população F2. O alelo A foi associado ao consumo de ração (P=0,0339)), o alelo G ao rendimento de pulmão (P=0,287) e os alelos A e G quando em homozigose foram associados com rendimento de coxas e sobrecoxas (0,0302). Por ocorrerem em região de íntron, provavelmente esses SNPs não estão envolvidos diretamente com as características associadas, mas podem estar ligados a outra mutação localizada na região regulatória do gene do receptor da leptina ou em outro gene próximo. No futuro outros polimorfismos deverão ser explorados, em regiões codificadoras desse gene, para serem utilizados como marcadores associados a características de desempenho e carcaça em aves. Em adição o gene do receptor da leptina foi localizado no mapa de ligação do cromossomo 8 da população de aves da Embrapa, o próximo passo será realizar a análise de QTL incluindo os SNPs estudados como marcadores. / The trend of industry in producing healthier nourishment, with less fat has raised sensibly. The challenge of animal breeding in the current days is to improve carcass quality of chickens with concomitant reduction in the fat content, witch is a consumer\'s demand. Leptin is a polypeptide hormone secreted mainly by adipocytes with an important role in the regulation of food ingestion, energy metabolism energy and reproduction. The leptin (LEP) and its receptor (LEPR) genes are being subject of intense investigation representing excellent candidate genes for fat deposition in the carcass in marker assisted selection programs. The function of those genes has been intensely studied in mammals, however, in birds few studies were accomplished. The present work aimed to investigate the occurrence of polymorphisms in the LEP and LEPR genes in Chickens, and also evaluate the effects of those polymorphisms on performance and carcass traits. Two chicken lines, a broiler (TT) and a layer line (CC) were used to develop an F2 reference population used in the present study. The reference population was developed in the Poultry Genetic Breeding System at Embrapa Suínos e Aves, in Concórdia/SC. Primers were designed for the PCR amplification of the LEP gene leptina and introns 8 and 19 of the LEPR gene. However, after several attempts it was not possible to amplify the genomic DNA or cDNA of the leptin gene. In the intron 8 of the LEPR gene, SNP C352T was genotyped by DNA sequencing of 247 animals of the F2 population. The T allele was associated with greater carcass yield (P=0,0165), breast yield (P=0,0137), grams of crude protein (P=0,0112) and ashes in the carcass (P=0,0150), while the C allele was associated only to liver yield (0,0102). The SNP G915A in the intron 19 was genotyped by PCR-RFLP of 137 animals from the F2 population, the allele A was associated to the feed intake (P=0,0339), the allele G to the lung yield (P=0,287), and the alleles A and G, when in homozigose, were associated with drumstick and thigh yield (0,0302). Because these SNP are located within an intron area, they are not likely directly involved with the associated characteristics, but they can be linked the other mutation located in the regulatory area of the LEPR gene. In the future other polymorphisms should be explored, in the coding regions of this gene, so they can be used as markers associated to performance and carcass characteristics in poultry. In addition, the LEPR gene was located in the ligation map of the chromosome 8 for the Embrapa population. The next step will be to accomplish the analysis of QTL including the SNPs studied as markers.

Com o aumento da produtividade na área agropecuária, houve um aumento na busca por sistemas de produção mais eficientes e competitivos. Neste contexto, o melhoramento genético animal tem proporcionado avanços na obtenção de produtos de origem animal, principalmente na seleção de touros. A superioridade genética de touros para produção de leite não pode ser medida diretamente nos animais, assim, o valor genético é medido pelo desempenho de produção de leite de suas filhas pelo teste de progênie. A seleção de touros pelo teste de progênie pode ser considerada como método ideal quando temos características de baixa herdabilidade, populações grandes e um grande número de progênies, que hoje são obtidas pelo uso de inseminação artificial. O correto parentesco entre reprodutores é um pré-requisito para um eficiente programa de melhoramento genético animal. Muitas das questões de parentesco podem ser resolvidas pelos testes convencionais, como grupos sanguíneos e proteínas do soro. Entretanto em alguns casos, esses polimorfismos não são suficientes para esclarecer a correta paternidade e, em função disso outros métodos passaram a ser utilizados, como os marcadores moleculares microssatélites. Esta metodologia tem sido descrita para resolver com maior eficiência os casos de verificação e determinação de parentesco, inclusive em bovinos, devido ao alto polimorfismo que apresenta, aliado a resultados de clara interpretação. Para a investigação de paternidade, foram utilizados os marcadores microssatélites BM8246, BMS963, CSFM50, INRA112. Foram verificadas as paternidades de nove touros da raça Gir leiteiro em teste de progênie, calculada a taxa de erro de paternidade e o efeito que esta teria na estimativa do valor genético dos touros. Foi verificado que das 74 filhas analisadas, houve exclusão para 27 delas, correspondendo a um erro de 36% na identificação de paternidade. No entanto, a mudança observada na classificação dos touros devido à correção das paternidades incorretas e consequente mudanças nos valores genéticos dos touros, não foi significativa quando as duas avaliações foram comparadas pelo método de correlação de Spearman. / Increased production in agribusiness has intensified the search for more efficient and competitive production systems. In animal production, advances are achivied primarily through sire selection. Genetic superiority of bulls for milk production cannot be directly measured in the animal; therefore, genetic value is measured by the milk production of its daughters by a progeny test. Selection of bulls by the progeny test could be considered an ideal method when the following characteristics are present: low hereditability, large productions and a large number of progenies. However, the method presents two drawbacks that limit its use: 1) high cost and 2) increase in generation intervals. Nevertheless, these obstacles can be overcome when a large number of progenies are obtained with artificial insemination (A.I.). Correct relationship among sires is essential for an efficient animal-breeding program. Many questions about relationship can be solved by conventional tests, such as blood type and serum proteins. In some cases these polymorphisms are not enough for accurate results; consequently, other methods are used such as microsatelitte molecular markers. This methodology has been described to determine and verify parentage including bovines with high efficiency due to its greater polymorphism and easily interpreted results. Microsatelitte markers BM8246, BMS963, TEXAN15, BMS483, CSFM50, INRA112 were used to investigate paternity. Paternity of nine Gir dairy sires participating in a progeny test was verified. The paternity error rate was calculated and its effect on estimation of the genetic value of the sires determined. Of the 74 daughters analyzed 27 were excluded, which corresponds to a 36% error in paternity identification. However, the change observed in bull classification due to correction of inaccurate paternity and consequent changes of genetic value of the sires was not significant when the two evaluations were compared by the correlation method of Spearman.

O presente estudo foi subdividido em duas partes: análises genéticas e análises econômicas. A primeira teve por objetivos definir modelos de avaliação genética para as características de desempenho e carcaça em uma linhagem comercial de frangos e estimar os parâmetros genéticos e fenotípicos para essas características. A segunda parte teve por objetivos derivar os ponderadores econômicos para essas características de acordo com dois segmentos de mercado de carne de frango e propor índices econômicos de seleção para esses segmentos. As características avaliadas foram: taxa de conversão alimentar (CA), peso corporal à seleção juvenil (PC), pesos de carcaça (PCAR), carne de peito (PPEI) e pernas (PPER), rendimentos de carcaça (RCAR), carne de peito (RPEI) e pernas (RPER). As estimativas dos componentes de (co)variância foram obtidas pelo método de máxima verossimilhança restrita utilizando os programas MTDFREML e VCE-6. O teste de razão de verossimilhança foi utilizado para verificar qual o modelo mais adequado à avaliação genética para cada característica. Para a obtenção dos ponderadores econômicos foi desenvolvido um modelo bioeconômico determinístico e a análise econômica foi simulada para uma cadeia de produção de frangos integrada. Foi proposto um índice de seleção para o segmento de mercado frango inteiro e outro para cortes de frango. Foram obtidas estimativas de correlação por postos de Spearman entre os valores preditos pelos dois índices para três intensidades de seleção. Os efeitos de ambiente permanente materno e genético aditivo materno foram significativos (P<0,01) para todas as características. As estimativas de herdabilidade direta e materna foram 0,29 e 0,02 para CA, 0,45 e 0,05 para PC, 0,17 e 0,04 para PCAR, 0,26 e 0,06 para PPEI, 0,22 e 0,02 para PPER, 0,31 e 0,02 para RCAR, 0,53 e 0,04 para RPEI, e 0,44 e 0,02 para RPER, respectivamente. Os ponderadores econômicos foram -1,1783 R$/ponto para CA, 0,007 e 0,006 R$/g para PC respectivamente para o segmento de mercado frango inteiro e cortes de frango, 0,0552, 0,0758 e 0,0629 R$/% para RCAR, RPEI e RPER, respectivamente. Os resultados sugerem que todas as características podem ser selecionadas esperando progresso genético na população estudada. Os efeitos maternos foram importantes, mesmo de pequena magnitude (0,02 a 0,06), e devem ser considerados nos modelos de avaliação genética a fim de obter maior acurácia da predição dos valores genéticos individuais. A CA representou relevante impacto econômico para os dois segmentos de mercado. Para o segmento de mercado cortes de frango, as características de carcaça foram quase tão importantes quanto às de desempenho. A classificação das aves gerada pelos dois índices foi alterada à medida que diminuiu a proporção de aves selecionadas. Portanto, índices de seleção distintos devem ser considerados nos programas de melhoramento de frangos enquanto segmentos diferentes de mercado de carne de frango na proposta de maior eficiência econômica da utilização do mérito genético predito. / The present research was subdivided in two parts: genetic analyses and economic analyses. The first part was conducted to determine models for genetic evaluation of performance and carcass traits in a commercial broiler line and to estimate genetic and phenotypic parameters for these traits. The second part was conducted to derive economic weights for these traits according to two market segments of broiler meat and to propose economic selection indexes for these segments. The traits analyzed were: feed conversion ratio (CA), body weight at juvenile selection (PC), carcass (PCAR), breast meat (PPEI) and leg (PPER) weights, and carcass (RCAR), breast meat (RPEI) and leg (RPER) yields. Estimates of the (co)variance components were obtained by the restricted maximum likelihood method by the software MTDFREML and VCE-6. The likelihood ratio test was applied in order to verify which model was more adapted to the genetic evaluation for each trait. A deterministic bioeconomic model was developed for the derivation of economic weights and the economic analysis was simulated for an integrated broiler production system. It was proposed a selection index for the market segment of whole carcass and another for cuts. Spearman correlation estimates among predicted values from the two indexes were obtained for three selection intensities. For all traits, the maternal genetic and permanent environmental effects were significant (P<0.01). The estimates of direct and maternal heritability were 0.29 and 0.02 for CA, 0.45 and 0.05 for PC, 0.17 and 0.04 for PCAR, 0.26 and 0.06 for PPEI, 0.22 and 0.02 for PPER, 0.31 and 0.02 for RCAR, 0.53 and 0.04 for RPEI, and 0.44 and 0.02 for RPER, respectively. The economic weights were -1.1783 R$/point for CA, 0.007 and 0.006 R$/g for PC respectively for the market segment of whole carcass and cuts, 0.0552, 0.0758 and 0.0629 R$/% for RCAR, RPEI and RPER, respectively. The results suggest that traits analyzed can be selected and genetic progress will be expected. Maternal effects were important, even of small magnitude (0.02 to 0.06), and should be considered in genetic evaluation models in order to obtain accurate prediction of the breeding values of the individuals. The CA represented significant economic impact for the two market segments. For the market segment of cuts, carcass traits were almost as important as the performance traits. The classification of chickens generated by the two selection indexes was changed as the proportion of selected chickens decreased. Therefore, different selection indexes should be considered in broiler breeding programs while different segments of broiler meat market in the proposal for greater economic efficiency in the use of predicted genetic merit.

Ostrich (Struthio camelus) breeding is a well-developed industry in South Africa. However, successful genetic management has yet to be implemented. Parentage in colony breeding ostriches is unknown, where for a given offspring, a number of possible parents exist. Molecular markers have been extensively used in the livestock industry to resolve parentage issues and are only beginning to be utilized to address the issues of the ostrich industry. The aims of this investigation were to test known microsatellite markers developed for other ostrich subspecies in a South African Black ostrich population, and to further test these markers for their use in individual and parentage identification. DNA was extracted from venous blood obtained from two pair bred families and a colony of 97 individuals. Eleven polymorphic microsatellite markers were tested by PCR amplification of DNA samples followed by multiplexing on polyacrylamide gels to generate DNA fingerprints for each individual. Alleles were sized and quantified and used to create genotypes for each individual. Parentage analysis was performed using exclusion and likelihood methods. Pedigrees were constructed for the families by comparison of genotypes. Breeding statistics were calculated for the colony individuals. Three microsatellite markers did not amplify in this population and one marker was found to be monomorphic in this population. Four of the microsatellite markers that successfully amplified produced anonymous amplification products suggesting a second annealing site in the genome sequence of Blacks. All loci displayed low observed heterozygosities indicative of little genetic variation in this population. For the colony sample, four individuals were not assigned either parent and one female did not contribute any offspring. On average females produced 4.86 ± 2.71 fertile eggs during the sampling period with a coefficient of variation of 55.86%. A total of 79.2% of individuals were assigned paternity and 88.3% were assigned maternity. A greater number of loci are required to improve the power of parentage analysis within breeding flocks incorporating all eggs laid. / Thesis (M.Sc.)-University of KwaZulu-Natal, Pietermaritzburg, 2005.

Der Bericht fasst die Ergebnisse einer Analyse der Zuchtpopulation des Deutschen Sportpferdes und der Evaluierung der Zuchtstutenprüfungen zusammen: Die Größe der Zuchtpopulation und deren genealogische Struktur ermöglichen es, Spezialzuchtprogramme durchzuführen. Der Einsatz von Veredlern sollte verstärkt werden. Vor allem die leistungsgeprüften Stuten sollten vermehrt zur Züchtung genutzt werden. Erforderlich sind Anreize, um Stuten in größerem Umfang der Stutenleistungsprüfung zuzuführen. Eine Kernaufgabe stellt die Reproduktion der Hengstmutterherde auf der Basis leistungsgeprüfter Elitestuten dar. In der Züchtung sollte eine stärkere Konzentration auf bewährte, leistungsstarke Stutenfamilien erfolgen.