Le milieu lagunaire formé par les étangs de Berre et de Caronte est né d'une ingression marine, vers 6000 av. J.-C. Si d'importants vestiges de l'Age de Fer et de l'Antiquité ont été mis à jour sur les rives de Caronte, aucun habitat n'a pu être identifié après l'époque romaine: Caronte n'est semble-t-il, au haut Moyen-Âge, qu'un lieu de passage et de pêche (présence de bourdigues, grandes nasses à poisson). Cet espace est néanmoins convoité par les divers pouvoirs locaux nés de l'effondrement de l'autorité publique, pour des motifs économiques (bourdigues), mais aussi militaires, Caronte et l'Ile formant la porte d'entrée de l'étang de Berre, et donc de la Basse Provence occidentale. La fondation de St-Geniès et du port de Bouc au XIIe s., de l'Ile-St-Geniès au XIIIe s., ainsi que de Ferrières et de Jonquières façonnent cette zone palustre : le centre-ville de la future ville de Martigues se dessine vers 1400. En 1581, la création de Martigues par l'union de l'Ile, Ferrières et Jonquières procure les bases d'un fort développement économique et démographique. La croissance de la cité s'effectue selon un modèle atypique, les phases de pression démographique induisant la création, par remblayage, de secteurs constructibles sur la lagune. Mais du fait de la faible profondeur de Caronte et de la concurrence du port de Marseille, Martigues ne peut suivre l'augmentation du tonnage des navires au XVIIIe s., et son économie connaît jusqu'à l'ère pétrochimique une longue atonie.

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Les habitats de coraux d’eau froide formés par des scléractiniaires coloniaux, des gorgones, des antipathaires et des pennatules sont des hotspots de biodiversité et de biomasse. Ils fournissent des fonctions importantes, comme des refuges et des zones d’alimentation, pour d’autres organismes. Mais, ils sont également vulnérables aux activités humaines, parce qu’ils sont fragiles, croissent lentement et atteignent des records de longévité. Dans les canyons sous-marins, le relief tourmenté, l’hydrodynamisme et l’hétérogénéité des substrats offrent des conditions environnementales propices au développement des habitats coralliens. Dans le Golfe de Gascogne, les coraux d’eau froide sont connus depuis la fin du 19e siècle, mais leur distribution, leur densité et leur rôle fonctionnel avaient été très peu étudiés.Pour augmenter cette connaissance, 24 canyons sous-marins et 3 sites sur l’interfluve/haut de pente contiguë aux canyons adjacents ont été visités par un ROV et une caméra tractée pendant 46 plongées au cours de 7 campagnes océanographiques. Les habitats coralliens définis par le système de classification CoralFISH ont été cartographiés à partir des images prises par les engins sous-marins puis la faune associée, les types de substrat et les déchets ont été annotés.Onze habitats coralliens et 62 morphotypes de coraux ont été observés dans les canyons sous-marins du Golfe de Gascogne hébergeant 191 morphotypes de faune associée, dont 160 morphotypes uniques. Les patrons de distribution à l’échelle locale et à l’échelle régionale pourraient être liés aux régimes hydrodynamiques et sédimentaires. Le type de substrat était important pour les assemblages de coraux et leurs faunes associées, distinguant les habitats biogéniques, sur substrat dur et sur substrat meuble. Les assemblages de coraux étaient similaires entre habitats biogéniques et habitats sur substrat dur, mais la faune associées était plus abondante et diversifiée sur les habitats biogéniques. La diversité-alpha, -beta et –gamma étaient étonnement élevée sur les habitats coralliens sur substrat meuble, égalant ou dépassant la diversité des habitats biogéniques.Les déchets marins étaient abondants et principalement composés de plastiques et de matériels de pêche. Ces déchets pourraient impacter les habitats coralliens : ils ont été trouvés à des profondeurs similaires et les déchets étaient piégés par des reliefs créés par des structures biologiques et géologiques. L’ocurrence des récifs de coraux préférentiellement sur les pentes plus abruptes des canyons sous-marins tandis que les débris de coraux sont plus fréquents sur des aires plus plates de l’interfluve ou du haut de pente, pourraient indiquer un impact de la pêche.Cette étude a contribué à l’initiative en cours de création d’un réseau Natura 2000 qui protégera à terme l’habitat « récif » dont les habitats coralliens biogéniques et sur substrat dur, mais pas les habitats coralliens sur substrat meuble. Pour ces derniers, un complément d’étude et d’autres stratégies de préservation seront nécessaires. / Cold-water coral (CWC) habitats formed by colonial scleractinians, gorgonians, antipatharians and sea pens are biodiversity and biomass hotspots that provide important functions, such as shelter and feeding grounds, to other organisms. But, they are also vulnerable to human activities, because they are long-lived, grow slowly and have a low resistance. Submarine canyons may offer the environmental conditions needed for CWC habitat development, due to their steep topography, complex hydrodynamics and substrate heterogeneity. In the Bay of Biscay, which margin is incised by hundreds of canyons, CWCs are known to exist since the late 19th century, but their distribution, density and functional role remained largely unknown, which impaired their preservation.To increase this knowledge, 24 canyons and three locations between adjacent canyons were visited with an ROV and a towed camera system during 46 dives on 7 cruises. Images were analysed for CWC habitats using the CoralFISH classification system. Within these habitats, corals, associated fauna were identified and substrate cover measured. Litter was identified in 15 out of 24 canyons.Eleven coral habitats constructed by 62 coral morphotypes were observed in the canyons of the Bay of Biscay hosting 191 associated megafaunal morphotypes, including 160 unique morphotypes. The distribution patterns at regional and local scales could be linked to hydrodynamics and sedimentary regimes. Substrate type was an important driver for coral and associated faunal assemblages, distinguishing biogenic, hard substrate and soft substrate habitats. Coral assemblages were similar between biogenic and hard substrate habitats, but the associated fauna was more abundant and diverse on biogenic habitats. The alpha, beta and gamma diversity was surprisingly high on soft substrate habitats, equalling or exceeding that of biogenic habitats.Marine litter was abundant and was mainly composed of plastic items and fishing gear. Litter could co-occur with CWCs and impact them: litter and most CWC habitats were observed at similar water depths and litter was more abundant in areas with a seafloor relief created by biological or geological features. Observations of coral reefs on steeper areas in the canyons and coral debris on flatter areas on the interfluve/upper slope may indicate a potential impact of the fishing industry. This study supports the ongoing effort to create a Natura 2000 network that will protect biogenic and hard substrate habitats, but also points out the need to develop a framework for the preservation of coral habitats on soft substrate.

Les océans sont remplis de sons naturels et sont aujourd’hui de plus en plus envahis par des bruits d'origine humaine (bruits anthropiques). Ce mémoire étaye l’état actuel des connaissances sur les différentes sources de bruits sous-marins et leurs effets négatifs pour les espèces marines, les écosytèmes et les populations côtieres. Bien que le bruit soit un facteur de stress environnemental similaire à d'autres formes de pollution, la gestion du bruit anthropique a été négligée par les États et par le droit international. Cette étude met en lumière les difficultés pour le droit international et les États d’adopter des instruments spécialisés pour contrer le bruit anthropique alors que planent plusieurs incertitudes scientifiques. Le mémoire identifie et analyse les instruments contraignants et de soft law actuellement en vigueur, à l’international et au Canada, pour découvrir s’ils peuvent être mobilisés dans la lutte contre la pollution sonore dans les eaux arctiques canadiennes. L’adoption d’instruments juridiques ciblant spécifiquement les bruits anthropiques sous-marins est prônée mais avec la mise en garde que ce processus nécessitera une coopération inter et intra sectorielle concertée aux niveaux national, régional et international entre les milieux législatifs, scientifiques et décisionnels. / The world oceans are filled with natural sounds, which are being increasingly encroached upon by human sourced noises (anthropogenic noise). This thesis provides an overview of the current state of knowledge on the different sources of underwater noise and their negative effects on marine species, ecosystems and coastal populations. While anthropogenic noise is an environmental stressor similar to other forms of pollution, the management of anthropogenic noise has been neglected by States and by international law. This study highlights how scientific uncertainties and gaps complicate the process of crafting specialized international and domestic instruments to mitigate the impacts of underwater anthropogenic noise. The thesis identifies and analyzes binding and soft law instruments currently in force, internationally and in Canada, to discover whether they can be used to reduce noise pollution in Canadian Arctic waters. The adoption of legal instruments specifically applicable to anthropogenic underwater noise is advocated but with the caveat that it will require concerted inter and intra sectoral cooperation at the national, regional and international levels between legislative, scientific and decision-making circles.